Les moyens mis en oeuvre chez les animaux domestiques pour lutter contre les maladies dépendent de leur vitesse de propagation, de leur virulence et surtout de leur capacité à passer la barrière d'espèce. Certaines maladies entraînent des pertes économiques importantes chez l'animal(des centaines de milliers de vaches ont été abattues pendant l'épidémie de BSE). Bien plus, dans le cas des zoonoses, maladies transmissibles à l'homme, il convient d'appliquer des mesures de lutte extrêmement onéreuses s'organisant dans les élevages mais aussi à l'échelle des populations. Plusieurs stratégies de prévention et/ou de traitement des maladies infectieuses sont possibles: les traitements chimiques, la vaccination, la désinfection des bâtiments d'élevage et la conduite des troupeaux, le contrôle sanitaire et la traçabilité des produits alimentaires,l'abattage partiel ou total des troupeaux infectés. Ces mesures peuvent être très onéreuses et parfois peu efficaces. Ces maladies peuvent être mono ou multifactorielles. Quand une maladie est en partie régulée par une prédisposition génétique, il est possible de choisir des reproducteurs les plus résistants et diminuer ainsi l'incidence de la maladie. Si cette prédisposition est monogénique, ou pour le moins sous l'influence d'un gène à effet majeur, comme par exemple dans la tremblante ovine,la sélection assistée par gène peut être une stratégie complémentaire aux stratégies déjà existantes. Mais cette sélection ne peut se faire indépendamment de celle des caractères traditionnels de production qui ont permis d'améliorer par exemple la quantité de lait en races laitières ou le nombre et la croissance des animaux en races bouchères. La question qui se pose alors est d'arriver le plus rapidement possible à une incidence quasi nulle de la maladie en créant une population essentiellement porteuse des allèles de résistance au gène sélectionné tout en évitant de perdre le gain génétique acquis sur les caractères traditionnels de production. L'objectif de cette thèse a été de répondre à cette question en proposant une approche paramétrique permettant de modéliser et d'optimiser la stratégie de sélection. Le paramétrage du modèle permet de décrire de manière détaillée les caractéristiques du/des gène(s) de résistance sélectionné(s) et celles du schéma de sélection sur les caractères de production, souvent complexes chez les animaux domestiques. Les sorties du modèle sont l'évolution des distributions des caractères de production (moyennes, variabilités) et des fréquences des allèles de résistance / sensibilité. Afin de prendre en compte le processus de sélection, une modélisation dynamique a été utilisée. Des approches déterministe et stochastique ont été développées et ont été optimisées à l'aide d'un algorithme génétique. La stratégie optimale difficile à promouvoir sur le terrain a été alors considérée comme référence pour la mise en place de stratégies de sélection acceptables et efficaces. Il est possible ainsi d'évaluer différents scénarios concernant par exemple l'organisation du génotypage (pour le gène de résistance) dans la population sélectionnée, le choix des conjoints selon leur génotype, ainsi que la méthode de diffusion des reproducteurs vers les élevages de production. La méthodologie développée lors de ce travail a été appliquée au cas de la tremblante du mouton, un exemple possible parmi d'autres maladies. Différentes stratégies proches de l'optimale ont été combinée à un modèle épidémiologique afin d'analyser l'impact de ces dernières sur l'évolution de la maladie. / The resources to be used in domestic animals to fight against the diseases depend on their diffusion speed, their virulence and especially their ability to pass the species barrier. Some diseases cause significant economic losses in animals (hundreds of thousands of cows were culled during the BSE epidemic). Moreover, in the zoonotic case, diseases transmissible to humans, measures to be implemented are generally extremely expensive both at the farm and population levels. Several strategies for the prevention and / or treatment of infectious diseases are possible : chemical treatments, vaccination, disinfection of livestock buildings and herd management, health monitoring and traceability of food products, or partial or full slaughtering of herds . These measures can be very costly and sometimes ineffective. These diseases can be mono or multifactorial. In the case of genetic diseases (most often single gene such as sheep scrapie), gene-assisted selection can be a complementary strategy to existing strategies. But this selection can not be done independently of the selection of the traditional production traits such as the quantity of milk in dairy breeds or the number and the growth of animals in beef breeds. The question that arises is how to reach as quickly as possible an almost zero incidence of the disease by creating a population displaying a high proportion of the resistant allele at the gene of interest while minimizing the loss of genetic progress on traditional production traits. The objective of this thesis was to answer this question by proposing a parametric approach to model and optimize the selection strategy. The parametrization of the model allowed to describe in detail the characteristics of the gene (s) selected for resistance (s) and those of the breeding scheme on production traits, often complex in domestic animals. The model outputs were the evolution of distributions of production traits (means, variability) and allele frequencies of resistance / sensitivity. To take into account the selection process, a dynamic model was used. Deterministic and stochastic approaches have been developed and have been optimized using a genetic algorithm. The optimal strategy may be difficult to apply. The optimal strategy may be taken as a reference for the development of selection strategies. It is thus possible to evaluate different scenarios such as the genotyping organization (for the resistance gene) in the selected population, the choice of the mating according to their genotype, the method of dissemination of reproducers to the production farms. The methodology developed in this work has been applied to the scrapie case, a possible example among other diseases. Different strategies close to optimal have been combined with an epidemiological model to analyze their impact of the spread of the disease.

A. phagocytophilum, une bactérie transmise par les tiques, est responsable de l’anaplasmose granulocytaire, une maladie émergente qui infecte une large gamme de mammifères dont l’homme. Actuellement, la description des cycles épidémiologiques de cette bactérie est incomplète. L’objectif de cette thèse est de caractériser la diversité génétique d’A. phagocytophilum chez différentes espèces d’hôtes, afin de déterminer quelles espèces participent au même cycle épidémiologique. D’abord, nous avons caractérisé la diversité génétique d’A. phagocytophilum chez les animaux domestiques malades à l’aide d’une MLSA. Nous avons identifié trois groupes de génotypes infectant les bovins, dont un groupe est partagé avec les chevaux et les chiens, et un avec les chevreuils. Ensuite, nous avons recherché quelles espèces de tiques pouvaient transmettre la bactérie, et quels pouvaient être les réservoirs parmi les mammifères sauvages. En Camargue, un génotype au fort potentiel zoonotique a été identifié chez cinq espèces de tiques du genre Rhipicephalus, Dermacentor et Hyalomma. La prévalence chez des rongeurs suggère qu’ils peuvent être réservoirs, mais la présence de génotypes infectant les bovins chez les mulots est à vérifier. Enfin, la comparaison des génotypes obtenus chez les tiques et les chevreuils par séquençage 454, a montré que la contribution des chevreuils à l’infection des tiques était faible sur le site des Vallons de Gascogne. L’absence de rongeurs infectés sur ce site suggère que d’autres mammifères réservoirs sont présents. Cette étude montre la complexité des cycles d’A. phagocytophilum et l’intérêt des outils moléculaires. / A. phagocytophilum, a tick-borne bacterium, is responsible of the granulocytic anaplasmosis, an emerging disease that infects a large range of mammals including humans. Currently, the description of the epidemiological cycles of this bacterium is incomplete. The objective of this thesis was to characterize the genetic diversity of A. phagocytophilum in different host species to determine those involved in the same epidemiological cycle. First, we characterized the genetic diversity of A. phagocytophilum in sick domestic animals with a MLSA. We identified three groups of genotypes infecting cattle, including one group shared with horses and dogs, and another shared with roe deer. Then, we investigated what species of ticks can transmit the bacteria, and what wild mammals could be reservoirs. In Camargue, a genotype with high zoonotic potential was identified in five species of ticks of the genus Rhipicephalus, Dermacentor and Hyalomma. The prevalence in French rodents suggests that they may be reservoir hosts, but the presence of genotypes infecting cattle in rodents must be checked. Finally, comparing the bacterial genotypes in ticks and roe deer by 454 sequencing, showed that the contribution of the roe deer to tick infection was low in the site of “Vallons de Gascogne”. The absence of infected rodents in this location suggests that other reservoir mammals are present. This study demonstrates the complexity of the A. phagocytophilum cycle and the contribution of molecular tools.

En outre, nous avons fait une expérience sur les nouveaux outils pour identifier les tiques par MALDI-TOF MS protéines profilage et des méthodes moléculaires. Notre étude visant à explorer les bactéries dans les ixodidae prélevés sur des animaux domestiques en Éthiopie a révélé une prévalence globale de 6% (46/767) des rickettsies de SFG, 3,8% (29/767) ADN de Borrelia et 6,4% (54/842) de C. burnetii dans différentes espèces de tiques. L'étude pour étudier les bactéries dans 303 puces prélevés sur des chiens et des chats domestiques en Ethiopie qui ont été identifiés comme étant morphologiquement Ctenocephalides felis felis, Ctenocephalides canis, Pulex irritans et Echidnophaga gallinacé montré Rickettsia felis dans 21% des puces, principalement dans Ctenocephalides felis, avec un semblable prévalence dans les puces de chiens et de chats. La présence d'Acinetobacter spp. dans M. ovinus, Heterodoxus spiniger, Bovicola ovis et Linognathus vituli. La séquence du gène rpoB partiel a révélé la présence de A. soli, A. lowffii, A. Pitti et 3 nouveaux Acinetobacter spp. dans les poux et Keds. Bartonella melophagi a été identifié par une PCR standard, suivi par un séquençage du fragment de la gltA et gène rpoB chez M. ovinus. Dans l'ensemble, nos résultats alerte les médecins en charge des patients avec fièvre d'étiologie inconnue en Ethiopie et ceux qui se soucient de voyageurs en provenance de l'Ethiopie à prendre en compte la présence de plusieurs espèces zoonotiques à transmission vectorielle de bactéries, y compris SFG rickettsies, C. burnetii, R. felis, B. henselae et B. melophagi comme agents pathogènes potentiels. / Our study to explore bacteria in ixodid ticks collected from domestic animals in Ethiopia revealed an overall prevalence of 6% (46/767) SFG rickettsiae, 3.8% (29/767) Borrelia DNA and 6.4% (54/842) C. burnetii in different tick species. The study to investigate bacteria in 303 fleas collected from domestic dogs and cats in Ethiopia that were morphologically identified as Ctenocephalides felis felis, Ctenocephalides canis, Pulex irritans and Echidnophaga gallinacean showed Rickettsia felis in 21% of fleas, mainly in Ctenocephalides felis, with a similar prevalence in fleas from dogs and cats. The study to investigate bacteria in lice and sheep ked (Melophagus ovinus) revealed Acinetobacter spp. in M. ovinus, Heterodoxus spiniger, Bovicola ovis and Linognathus vituli. Partial rpoB gene sequence revealed A. soli, A. lowffii, A. pitti and 3 new Acinetobacter spp. in the lice and keds. Molecular identification of lice using an 18S rRNA gene analysis confirmed the morphological methods of lice identification. Bartonella melophagi was identified by standard PCR followed by sequencing of fragments of the gltA and rpoB genes in M. ovinus.Overall, our findings alert physicians managing patients with fever of unknown aetiology in Ethiopia and those who care for travellers from Ethiopia to consider the presence of several vector-borne zoonotic species of bacteria including SFG rickettsiae, C. burnetii, R. felis, B. henselae and B. melophagi as potential causative agents.

Au Moyen-âge, les hommes ont coutume de courir avec les taureaux à travers les rues de leur village. Dès le XVIe siècle, l’Eglise et la Monarchie interdisent cette pratique au motif qu’elle occasionne de trop nombreuses blessures et des pertes humaines. Toutefois, ce divertissement est tellement ancré dans les mœurs qu’il finit par être toléré. Sous la pression de la Société protectrice des animaux, la loi du 2 juillet 1850, dite loi Grammont, va sanctionner les mauvais traitements commis publiquement et abusivement envers les animaux domestiques. A cette même époque, les courses de taureaux à la mode espagnole s’implantent dans le pays. Diverses actions sont alors intentées sur le fondement de ce nouveau texte pour condamner l’ensemble des acteurs des spectacles taurins, mais certains juges refusent d’appliquer cette loi à de telles manifestations malgré la position contraire de la Chambre criminelle. Face à cette situation paradoxale, les courses de taureaux avec mise à mort sont finalement légalisées sous certaines conditions à partir de 1951. Cette exception est confirmée par la loi du 19 novembre 1963 lorsqu’une tradition locale ininterrompue est rapportée. Contestant fermement ce compromis dégagé par le législateur, les opposants à la corrida réclament la suppression de cette dérogation prévue au régime protecteur des animaux domestiques. La reconnaissance de la sensibilité et du bien-être de l’animal dans sa dimension d’être vivant par la loi du 10 juillet 1976 et le traité d’Amsterdam, va fragiliser cet équilibre instauré par le législateur français, même si l’Union européenne entend préserver les traditions culturelles propres à chaque Etat membre. / In the Middle Ages, it was commonplace for the men to run with the bulls in the streets of their villages. From the 16th century, the Church and the monarchy forbade this practice on the grounds that it caused too many casualties. Nevertheless, this entertainment was so weaved into the fabric of society that it ended up being tolerated. Following pressure from the animal welfare organisations, the Act of 2 July 1850 – or the Grammont Act - sanctioned any public ill-treatment wrongly perpetrated against domestic animals. At the same time, Spanish-style bullfights were established in the country. Various legal actions were initiated on the basis of this new law in order to condemn the bullfight actors, but some judges refused to apply this legislation to such events despite the contrary opinion of the Criminal Division. In response to this paradoxical situation, from 1951 the bullfights ending with the killing of the bull were eventually legalized under certain conditions. This exception is confirmed by the Act of 19 November 1963 when an unbroken local tradition is claimed. Firmly contesting this compromise reached by the legislator, the opponents of bullfighting asked for this derogation planned in the animal protection regime to be abolished. The recognition of the animal welfare and sensitivity by the Act of 10 July 1976 and the Treaty of Amsterdam weakens the balance established by the French legislator even if the objective of the European Union is to maintain the cultural traditions specific to each Member State.

A Old Crow, petite communauté de Vuntut Gwich’in située aux confins du Yukon, s’étend un vaste territoire à la population multiple et variée. Parmi eux se trouve un impitoyable stratège : le loup. Il est aussi difficile de suivre ses traces que celles qu’il laisse chez les humains qui le côtoient. Le loup se révèle alors de multiples manières, à condition que le chercheur s’éloigne de ses idées préconçues et qu’il adopte une certaine flexibilité. Flexibilité d’autant plus nécessaire que le principal intéressé, ici les loups, ne se montre pas. Nous nous retrouvons alors non seulement à faire l’ethnographie d’individus à l’altérité radicale, mais invisible qui plus est. En face, se trouve pourtant un autre, à l’altérité insoupçonnée : le chien. Réputé comme étant le fidèle ami de l’homme depuis des siècles, ce sont pourtant des chiens bien différents qui errent dans les allées d’Old Crow. Indépendants et opportunistes, ces chiens n’ont pas grandchose à voir avec ces animaux de compagnies qui occupent les foyers à travers l’Occident. Des chiens autrement chiens. Des loups autrement loups. Un terrain à la croisée des chemins, de l’humain à l’animal, du tangible à l’intangible. Ces animaux n’usent pas de mots, et pourtant cette expérience ethnographique nous plonge dans un univers sensible, riche de sens et d’informations, nous invitant ainsi à reconsidérer la place de ces animaux dans nos ethnographies.