Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The objective was to determine the antimicrobial resistance and to identify the ribotypes of 96 Salmonella strains isolated from poultry plants with complete production cycle to establish their profile dissemination. The highest percentages of resistance were to sulfonamide (56.25%), tetracycline (53.12%) and amoxicillin (31.25%), while 28.13% of the isolates were sensitive to all antibiotics tested. The profiles of multidrug resistance were observed in 28 strains (29.17%) of serovar Minnesota. In MIC were found strains at concentrations above the maximum (tetracycline >256 μg/mL - 7; sulfamethoxazole >1024 μg/mL - 45; amoxicillin >256μg/mL - 16). The ribotyping identified 63/96 strains. Of the samples tested, 21 were identified as Minnesota and grouped into six ribotypes, and the 208-S-8 was the most prevalent with 11 identifications (52.38%). Fourteen samples of S. Infantis were grouped into seven ribogroups, and the 337-S-2 was the most prevalent, 8/14 (57.14%). Two samples of S. Schwarzengrund and two S. Newport were grouped in the ribogroups 208-S-4 and 204-S-7, respectively. The multidrug resistance of S. Minnesota alert to the needing of implements systematic monitoring of antimicrobial resistance in zoonotic bacteria. The MIC above the maximum concentration suggests that these bacteria may have changed with the emergence of acquired resistance. The results emphasize the needing for responsible use of antibiotics in animal production, especially those used in human medicine. The high prevalence of ribogroup 208-S-8 (S. Minnesota) and 337-S-2 (S. Infantis) characterizes the clonal spread of these serovars, isolated from the farm until slaughter. These results indicate that positive birds at the farm contribute to contamination of carcasses at the slaughterhouse. The identification of clonal strains may establish the epidemiological link between isolates of Salmonella, thereby determining the stage of the chain of industrial production of broiler chickens that contributes to the contamination of the final product. / Objetivou-se determinar a resistência antimicrobiana e identificar os ribotipos de 96 cepas de Salmonella isoladas em plantéis avícolas com ciclo completo de produção para estabelecer seu perfil de disseminação. Os maiores percentuais de resistência foram para sulfonamida (56,25%), tetraciclina (53,12%) e amoxacilina (31,25%), enquanto 28,13% dos isolados foram sensíveis a todos antibióticos. Perfis de multiresistência foram observados para 28 cepas (29,17%) do sorovar Minnesota. Na CIM encontraram-se cepas com concentração acima da máxima (tetraciclina >256 μg/mL - 7; sulfametoxazol >1024 μg/mL - 45; amoxacilina >256 μg/mL - 16). A ribotipagem identificou 63/96 cepas. Das amostras testadas, 21 foram identificadas como Minnesota e agrupadas em seis ribotipos, sendo o 208-S-8 o mais prevalente com 11 identificações (52,38%). Quatorze amostras de S. Infantis foram agrupadas em sete ribogrupos, sendo o 337-S-2 o mais prevalente, 8/14 (57,14%). Duas amostras de S. Schwarzengrund e duas de S. Newport foram agrupadas nos ribogrupos 208-S-4 e 204-S-7, respectivamente. A multirresistência de S. Minnesota alerta para a necessidade de uma monitoria sistemática da resistência antimicrobiana em bactérias zoonóticas. A CIM acima da concentração máxima sugere que essas bactérias podem ter sofrido alterações com o surgimento de resistência adquirida. Os resultados reforçam a necessidade do uso responsável de antibióticos na produção animal, principalmente daqueles usados na medicina humana. A alta prevalência do ribogrupo 208-S-8 (S. Minnesota) e 337-S-2 (S. Infantis) caracteriza a disseminação clonal destes sorovares, isolados desde o ambiente de criação até o abate. Estes resultados indicam que aves positivas na granja contribuem para a contaminação das carcaças no abatedouro. A identificação de cepas clonais permite estabelecer o elo epidemiológico existente entre isolados de Salmonella, determinando assim a etapa da cadeia de produção industrial do frango de corte que contribui para a contaminação do produto final. / Mestre em Ciências Veterinárias

Estafilococos têm sido relatados como os agentes mais prevalentes de mastite bovina. Este gru-po bacteriano pode transportar múltiplos elementos de resistência provenientes inclusive de outras populações bacterianas, tornando-se um grande problema de saúde pública, uma vez que também está envolvido em vários processos de doença em humanos, incluindo infecções da pele e dos tecidos moles, septicemia, osteomielite e pneumonia. A caracterização do perfil de resis-tência dos estafilococos aos antimicrobianos é importante para controlar a sua disseminação. O presente trabalho avaliou a distribuição de multirresistência entre mais de 3.500 isolados de um estudo transversal repetido, realizado entre 2010 e 2011 nas principais regiões produtoras de leite do Brasil. As bactérias foram classificadas de acordo com métodos fenotípicos e os padrões de resistência antimicrobiana foram determinados pelo teste de difusão em disco ao invés de testes moleculares e ensaios quantitativos. Para avaliar os principais fatores relacionados à vari-ável resposta – proporção de bactérias resistentes a três ou mais classes de antimicrobianos, ou multirresistência – diversas variáveis explicativas foram acessadas por meio de um questionário epidemiológico. Um modelo misto foi construído com um componente aleatório multinível, a saber, a variação de multirresistência entre as bacias leiteiras (segundo nível) e a variação dass propriedades em cada bacia (primeiro nível) durante os quatro momentos de amostragem, ou seja, a variação entre-sujeitos e intra-sujeitos, respectivamente. A avaliação dos perfis de resis-tência revelou que as penicilinas, seguidas por tetraciclina e sulfonamida, foram os antimicrobi-anos com menor eficácia em estafilococos (n = 3009). Estafilococos coagulase negativa pare-cem ter semelhanças com S. aureus e alguns outros estafilococos coagulase positiva testados, demonstrando um padrão de grupo com moderada resistência a múltiplas drogas. Ilustrativa-mente, alguns estreptococos (n = 480) também foram submetidos a testes de suscetibilidade a antimicrobianos, os quais mostraram moderada a alta resistência à tetraciclina, gentamicina e clindamicina. O modelo misto indicou que o tratamento de mastite feito de imediato, a aplicação de terapia antimicrobiana pelo próprio produtor ao invés de um veterinário, e a interação entre este último fator e o sistema de produção intensivo aumentou a probabilidade de resistência múltipla em nível de rebanho. O coeficiente de correlação intraclasse (ICC) foi baixo e mostrou que a maior parte da variação de resistência múltipla é explicada pelas características em nível de hospedeiro, seguido por fatores em nível de rebanho (ICC = 0,126). Esses fatores são exem-plos importantes de como o uso leigo de antimicrobianos em vacas leiteiras tem grande poten-cial para seleção, expansão e manutenção de populações de bactérias resistentes a múltiplas drogas em ambientes de produção animal, em especial nos mais intensivos. / Staphylococci have already been reported as the most prevalent mastitis agents. Such bacterial species can carry multidrug-resistant elements coming from other bacteria species, and so on are becoming a great public health concern, once it is also involved in several human disease. The characterization of their antimicrobial resistance profile is important to better control their dissemination. The present work evaluated the distribution of multidrug-resistance among more than 3500 isolates from a repeated cross-sectional study performed from 2010 to 2011 in the main dairy regions of Brazil. The bacteria were classified according to phenotypic methods and the antimicrobial resistance patterns were determined by disk diffusion. To evalu-ate the main factors related to the response variable – the proportion of bacteria resistant to three or more antimicrobial classes, or multidrug resistance – several explanatory variables were accessed by means of an epidemiological questionnaire. A multivariable mixed model was created to access the strength of association between several putative risk factors and re-sistance to multiple drugs. Resistance profiles evaluation revealed that penicillins, followed by tetracycline and sulfonamide, were the antimicrobials with lower effectiveness in staphylococci (n = 3009). Coagulase negative staphylococci seemed to have similarities with coagulase posi-tive tested, performing moderate resistance pattern to multiple drugs. Some streptococci (n = 480) were also submitted to antimicrobial susceptibility tests, and showed moderate to high resistance to tetracycline, gentamycin and clindamycin. The mixed model indicated that mastitis treatment made immediately rather than cautiously; applicaton of antimicrobial therapy by the producer itself rather than a veterinarian practitioner; and the interaction between the produc-er as applicator and the intensive, modern production system increased the likelihood of multi-ple-resistance at herd level. The low intraclass correlation coefficient at region level showed that resistance variance is most explained at herd level, and it characteristics, rather than re-gion level. Probably the host level factors not evaluated in this study explains more than the herd level factors, but, considering the coverage of our study, these factors give us insights of how cattle antimicrobial consumption can affect the maintenance and expansion of multidrug resistant bacteria populations in animal production environments.

Além de micro-organismos causadores de Doenças Transmitidas por Alimentos, a presença de bactérias resistentes a antimicrobianos deve ser monitorada para garantir a inocuidade da carne suína. O objetivo deste estudo foi determinar a frequência de Salmonella enterica e Listeria monocytogenes em amostras de fezes e carcaças suínas, e avaliar a resistência a antimicrobianos entre isolados de Escherichia coli provenientes das mesmas origens. Dois ciclos de amostragem foram conduzidos em três matadouros-frigoríficos localizados no Estado de Santa Catarina. Em cada ciclo, fezes colhidas a partir do piso da pocilga de espera, e suabes de superfície de 14 carcaças no pré-resfriamento foram amostrados em três lotes abatidos. As amostras foram analisadas quanto à presença dos gêneros Salmonella e Listeria e foi determinada a média de coliformes totais nas carcaças em cada ciclo de amostragem. Isolados de E. coli foram avaliados quanto à frequência de resistência a antimicrobianos pelo método de difusão em ágar. Das fezes colhidas 83,33% (15/18) apresentaram Salmonella sp., e 5,5% (1/18) L. monocytogenes. Do total de 252 carcaças, 27,38% (69/252) foram positivas para Salmonella sp. e 19,84% (50/252) para L. monocytogenes. Em 3,17% (8/252) carcaças houve o isolamento concomitante dos dois patógenos. Os isolados de Salmonella foram classificados em dez sorovares distintos, predominando S. Typhimurium nas fezes e S. Derby nas carcaças. A média de coliformes totais nas carcaças variou de 5,27x101 a 9,73x103. Em relação ao teste de resistência frente a antimicrobianos realizado em isolados de E. coli, observou-se maior frequência de resistência em isolados de fezes do que nos originados de carcaças, com diferença significativa para tetraciclina (P<0,001), ampicilina (P<0,001) e sulfonamida (P=0,022). Entre os matadouros-frigoríficos, houve diferença na frequência de isolados resistentes para florfenicol e gentamicina (P<0,05) em isolados de fezes, e para ácido nalidíxico, sulfonamida e tetraciclina (P<0,05) em isolados de carcaça. A elevada frequência de resistência a princípios ativos utilizados na suinocultura indicam pressão de seleção exercida pelo uso indiscriminado de antimicrobianos e podem resultar na co-seleção de genes de resistência localizados em cassetes gênicos. Os isolados multi-resistentes foram mais presentes nas fezes quando comparados com carcaças (P<0,001), sugerindo que há diminuição da frequência de isolados resistentes ao longo do processo de abate. Com os resultados obtidos no presente estudo, conclui-se que maior atenção deve ser dispensada ao monitoramento das etapas do abate para identificar possíveis falhas que estão determinando a presença de carcaças contaminadas na fase de pré-resfriamento, além da necessidade do uso mais prudente dos antimicrobianos na suinocultura. / Besides the contamination of pig carcasses with food borne pathogens, the presence of bacteria resistant to antimicrobials represent a new hazard that should be monitored in order to ensure the safety of pork. This study aimed at determining the frequency of Salmonella enterica and Listeria monocytogenes in samples of swine feces and carcasses, and at evaluating antimicrobial resistance among isolates of Escherichia coli from the same origin. Two cycles of sampling were carried out in three slaughterhouses located in the State of Santa Catarina. For each cycle, feces collected from the floor of the pen, and surface swabs of 14 carcasses at the pre-chill were sampled in three slaughtered batches. The samples were analyzed for the presence of Salmonella and Listeria, and the average of total coliforms on carcasses in each sampling cycle was determined. Isolates of E. coli were evaluated for the frequency of antimicrobial resistance by the agar diffusion method. Out of the feces collected 83.33% (15/18) had Salmonella sp., and 5.5% (1/18) L. monocytogenes. Out of the total of 252 carcasses, 19.84% (50/252) were positive for Salmonella sp. and 27.38% (69/252) for L. monocytogenes. In 3.96% (10/252) carcasses both pathogens were isolated. Salmonella isolates were classified in ten serovars, predominantly S. Typhimurium in the feces and S. Derby on the carcasses. The average of total coliforms on carcasses varied between 5.27x101 to 9.73x103. Regarding the antimicrobial resistance tests carried out in isolates of E. coli, we observed a higher frequency of resistance in isolates from feces than from carcasses, with a significant difference for tetracycline (P<0.001), ampicillin (P<0.001) and sulfonamide (P=0.022). Among the slaughterhouses, there were differences in the frequency of resistance against florfenicol and gentamicin (P<0.05) in isolates from feces, and against nalidixic acid, sulfonamide and tetracycline (P<0.05) in isolated from carcasses. The high frequencies of resistance to drugs used in swine production indicate selection pressure exerted by the indiscriminate use of antibiotics and may result from co-selection of resistance genes located in gene cassettes. Multi-resistant isolates were more frequent in the feces compared to carcasses (P<0.001), suggesting that there is a decrease in the frequency of resistant isolates during the slaughter process. From the results obtained in this study, it is concluded that more attention should be paid to monitoring the stages of the slaughter in order to identify possible flaws that are causing the presence of contaminated carcasses at the pre-chill, as well as the need for more prudent use of antimicrobials in swine production.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-07-16T11:25:09Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Adailton Pereira dos Santos - 2018.pdf: 2470326 bytes, checksum: b19858377cb05cc2abd767e4560cd12a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2018-07-17T13:12:23Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Adailton Pereira dos Santos - 2018.pdf: 2470326 bytes, checksum: b19858377cb05cc2abd767e4560cd12a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-17T13:12:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Adailton Pereira dos Santos - 2018.pdf: 2470326 bytes, checksum: b19858377cb05cc2abd767e4560cd12a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-06-29 / β-lactamases are enzymes that hydrolyze the β-lactam ring, inactivating the action of β-lactam antibiotics. The objective of this work was to diagnose phenotypically and molecularly 14 β- lactamase resistance genes expressed in Pseudomonas aeruginosa and to correlate the results found. A total of 99 samples of Pseudomonas aeruginosa were selected and the antibiogram was performed. Real-time PCR is being performed using the Sybr Green system to amplify the genes corresponding to the resistances found in phenotyping. Three/14 (21.4%) genes blaSME, blaOXA, blaGIM were found simultaneously in three samples. According to the statistical test, when evaluating the amplification results obtained for PPT, the molecular method was more sensitive for the detection of the gene coding for multidrug resistance, presenting values of (p <0.05). This information suggests that gene research is more sensitive and specific compared to the antibiogram. / As β-lactamases são enzimas que hidrolisam o anel β-lactâmico, inativando a ação de antibióticos β-lactâmicos. O objetivo deste trabalho foi diagnosticar fenotipicamente e molecularmente 14 genes de resistência à β-lactamases expressos em Pseudomonas aeruginosa e correlacionar os resultados encontrados. Um total de 99 amostras de Pseudomonas aeruginosa foi selecionado e o antibiograma foi realizado. A PCR em tempo real foi realizada usando o sistema Sybr Green para amplificar os genes correspondentes às resistências encontradas na fenotipagem. Das 99 amostras, 14 foram identificadas como fenotipicamente resistentes ao ATM antimicrobiano. Três/14 (21,4%) genes blaSME, blaOXA, blaGIM foram encontrados simultaneamente em três amostras. De acordo com o teste estatístico, ao avaliar os resultados de amplificação obtidos para o PPT, o método molecular foi ma s sensível para a detecção do gene que codifica a resistência a múltiplos fármacos, apresentando valores de (p <0,05). Esta informação sugere que a pesquisa genética é mais sensível e específica em comparação com o antibiograma.

Estafilococos têm sido relatados como os agentes mais prevalentes de mastite bovina. Este gru-po bacteriano pode transportar múltiplos elementos de resistência provenientes inclusive de outras populações bacterianas, tornando-se um grande problema de saúde pública, uma vez que também está envolvido em vários processos de doença em humanos, incluindo infecções da pele e dos tecidos moles, septicemia, osteomielite e pneumonia. A caracterização do perfil de resis-tência dos estafilococos aos antimicrobianos é importante para controlar a sua disseminação. O presente trabalho avaliou a distribuição de multirresistência entre mais de 3.500 isolados de um estudo transversal repetido, realizado entre 2010 e 2011 nas principais regiões produtoras de leite do Brasil. As bactérias foram classificadas de acordo com métodos fenotípicos e os padrões de resistência antimicrobiana foram determinados pelo teste de difusão em disco ao invés de testes moleculares e ensaios quantitativos. Para avaliar os principais fatores relacionados à vari-ável resposta – proporção de bactérias resistentes a três ou mais classes de antimicrobianos, ou multirresistência – diversas variáveis explicativas foram acessadas por meio de um questionário epidemiológico. Um modelo misto foi construído com um componente aleatório multinível, a saber, a variação de multirresistência entre as bacias leiteiras (segundo nível) e a variação dass propriedades em cada bacia (primeiro nível) durante os quatro momentos de amostragem, ou seja, a variação entre-sujeitos e intra-sujeitos, respectivamente. A avaliação dos perfis de resis-tência revelou que as penicilinas, seguidas por tetraciclina e sulfonamida, foram os antimicrobi-anos com menor eficácia em estafilococos (n = 3009). Estafilococos coagulase negativa pare-cem ter semelhanças com S. aureus e alguns outros estafilococos coagulase positiva testados, demonstrando um padrão de grupo com moderada resistência a múltiplas drogas. Ilustrativa-mente, alguns estreptococos (n = 480) também foram submetidos a testes de suscetibilidade a antimicrobianos, os quais mostraram moderada a alta resistência à tetraciclina, gentamicina e clindamicina. O modelo misto indicou que o tratamento de mastite feito de imediato, a aplicação de terapia antimicrobiana pelo próprio produtor ao invés de um veterinário, e a interação entre este último fator e o sistema de produção intensivo aumentou a probabilidade de resistência múltipla em nível de rebanho. O coeficiente de correlação intraclasse (ICC) foi baixo e mostrou que a maior parte da variação de resistência múltipla é explicada pelas características em nível de hospedeiro, seguido por fatores em nível de rebanho (ICC = 0,126). Esses fatores são exem-plos importantes de como o uso leigo de antimicrobianos em vacas leiteiras tem grande poten-cial para seleção, expansão e manutenção de populações de bactérias resistentes a múltiplas drogas em ambientes de produção animal, em especial nos mais intensivos. / Staphylococci have already been reported as the most prevalent mastitis agents. Such bacterial species can carry multidrug-resistant elements coming from other bacteria species, and so on are becoming a great public health concern, once it is also involved in several human disease. The characterization of their antimicrobial resistance profile is important to better control their dissemination. The present work evaluated the distribution of multidrug-resistance among more than 3500 isolates from a repeated cross-sectional study performed from 2010 to 2011 in the main dairy regions of Brazil. The bacteria were classified according to phenotypic methods and the antimicrobial resistance patterns were determined by disk diffusion. To evalu-ate the main factors related to the response variable – the proportion of bacteria resistant to three or more antimicrobial classes, or multidrug resistance – several explanatory variables were accessed by means of an epidemiological questionnaire. A multivariable mixed model was created to access the strength of association between several putative risk factors and re-sistance to multiple drugs. Resistance profiles evaluation revealed that penicillins, followed by tetracycline and sulfonamide, were the antimicrobials with lower effectiveness in staphylococci (n = 3009). Coagulase negative staphylococci seemed to have similarities with coagulase posi-tive tested, performing moderate resistance pattern to multiple drugs. Some streptococci (n = 480) were also submitted to antimicrobial susceptibility tests, and showed moderate to high resistance to tetracycline, gentamycin and clindamycin. The mixed model indicated that mastitis treatment made immediately rather than cautiously; applicaton of antimicrobial therapy by the producer itself rather than a veterinarian practitioner; and the interaction between the produc-er as applicator and the intensive, modern production system increased the likelihood of multi-ple-resistance at herd level. The low intraclass correlation coefficient at region level showed that resistance variance is most explained at herd level, and it characteristics, rather than re-gion level. Probably the host level factors not evaluated in this study explains more than the herd level factors, but, considering the coverage of our study, these factors give us insights of how cattle antimicrobial consumption can affect the maintenance and expansion of multidrug resistant bacteria populations in animal production environments.

Além de micro-organismos causadores de Doenças Transmitidas por Alimentos, a presença de bactérias resistentes a antimicrobianos deve ser monitorada para garantir a inocuidade da carne suína. O objetivo deste estudo foi determinar a frequência de Salmonella enterica e Listeria monocytogenes em amostras de fezes e carcaças suínas, e avaliar a resistência a antimicrobianos entre isolados de Escherichia coli provenientes das mesmas origens. Dois ciclos de amostragem foram conduzidos em três matadouros-frigoríficos localizados no Estado de Santa Catarina. Em cada ciclo, fezes colhidas a partir do piso da pocilga de espera, e suabes de superfície de 14 carcaças no pré-resfriamento foram amostrados em três lotes abatidos. As amostras foram analisadas quanto à presença dos gêneros Salmonella e Listeria e foi determinada a média de coliformes totais nas carcaças em cada ciclo de amostragem. Isolados de E. coli foram avaliados quanto à frequência de resistência a antimicrobianos pelo método de difusão em ágar. Das fezes colhidas 83,33% (15/18) apresentaram Salmonella sp., e 5,5% (1/18) L. monocytogenes. Do total de 252 carcaças, 27,38% (69/252) foram positivas para Salmonella sp. e 19,84% (50/252) para L. monocytogenes. Em 3,17% (8/252) carcaças houve o isolamento concomitante dos dois patógenos. Os isolados de Salmonella foram classificados em dez sorovares distintos, predominando S. Typhimurium nas fezes e S. Derby nas carcaças. A média de coliformes totais nas carcaças variou de 5,27x101 a 9,73x103. Em relação ao teste de resistência frente a antimicrobianos realizado em isolados de E. coli, observou-se maior frequência de resistência em isolados de fezes do que nos originados de carcaças, com diferença significativa para tetraciclina (P<0,001), ampicilina (P<0,001) e sulfonamida (P=0,022). Entre os matadouros-frigoríficos, houve diferença na frequência de isolados resistentes para florfenicol e gentamicina (P<0,05) em isolados de fezes, e para ácido nalidíxico, sulfonamida e tetraciclina (P<0,05) em isolados de carcaça. A elevada frequência de resistência a princípios ativos utilizados na suinocultura indicam pressão de seleção exercida pelo uso indiscriminado de antimicrobianos e podem resultar na co-seleção de genes de resistência localizados em cassetes gênicos. Os isolados multi-resistentes foram mais presentes nas fezes quando comparados com carcaças (P<0,001), sugerindo que há diminuição da frequência de isolados resistentes ao longo do processo de abate. Com os resultados obtidos no presente estudo, conclui-se que maior atenção deve ser dispensada ao monitoramento das etapas do abate para identificar possíveis falhas que estão determinando a presença de carcaças contaminadas na fase de pré-resfriamento, além da necessidade do uso mais prudente dos antimicrobianos na suinocultura. / Besides the contamination of pig carcasses with food borne pathogens, the presence of bacteria resistant to antimicrobials represent a new hazard that should be monitored in order to ensure the safety of pork. This study aimed at determining the frequency of Salmonella enterica and Listeria monocytogenes in samples of swine feces and carcasses, and at evaluating antimicrobial resistance among isolates of Escherichia coli from the same origin. Two cycles of sampling were carried out in three slaughterhouses located in the State of Santa Catarina. For each cycle, feces collected from the floor of the pen, and surface swabs of 14 carcasses at the pre-chill were sampled in three slaughtered batches. The samples were analyzed for the presence of Salmonella and Listeria, and the average of total coliforms on carcasses in each sampling cycle was determined. Isolates of E. coli were evaluated for the frequency of antimicrobial resistance by the agar diffusion method. Out of the feces collected 83.33% (15/18) had Salmonella sp., and 5.5% (1/18) L. monocytogenes. Out of the total of 252 carcasses, 19.84% (50/252) were positive for Salmonella sp. and 27.38% (69/252) for L. monocytogenes. In 3.96% (10/252) carcasses both pathogens were isolated. Salmonella isolates were classified in ten serovars, predominantly S. Typhimurium in the feces and S. Derby on the carcasses. The average of total coliforms on carcasses varied between 5.27x101 to 9.73x103. Regarding the antimicrobial resistance tests carried out in isolates of E. coli, we observed a higher frequency of resistance in isolates from feces than from carcasses, with a significant difference for tetracycline (P<0.001), ampicillin (P<0.001) and sulfonamide (P=0.022). Among the slaughterhouses, there were differences in the frequency of resistance against florfenicol and gentamicin (P<0.05) in isolates from feces, and against nalidixic acid, sulfonamide and tetracycline (P<0.05) in isolated from carcasses. The high frequencies of resistance to drugs used in swine production indicate selection pressure exerted by the indiscriminate use of antibiotics and may result from co-selection of resistance genes located in gene cassettes. Multi-resistant isolates were more frequent in the feces compared to carcasses (P<0.001), suggesting that there is a decrease in the frequency of resistant isolates during the slaughter process. From the results obtained in this study, it is concluded that more attention should be paid to monitoring the stages of the slaughter in order to identify possible flaws that are causing the presence of contaminated carcasses at the pre-chill, as well as the need for more prudent use of antimicrobials in swine production.

Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-07-29T13:47:39Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Vânia Cristina Ribeiro Brilhante.pdf: 447163 bytes, checksum: 5374102907554be85557bd94f255ce52 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-29T19:31:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Vânia Cristina Ribeiro Brilhante.pdf: 447163 bytes, checksum: 5374102907554be85557bd94f255ce52 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-29T19:50:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Vânia Cristina Ribeiro Brilhante.pdf: 447163 bytes, checksum: 5374102907554be85557bd94f255ce52 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-29T19:50:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Vânia Cristina Ribeiro Brilhante.pdf: 447163 bytes, checksum: 5374102907554be85557bd94f255ce52 (MD5) Previous issue date: 2011-02-28 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The inappropriate use of antimicrobials is a determinant factor for the spread of bacterial resistance. The emergence of bacterial resistance represents, worldwide, a public health problem. Several countries have used strategies such as restriction policies to make more rational use, particularly in hospitals where the use is more prevalent. The aim of this study was to evaluate the degree of knowledge of basic principles of antibiotic therapy and role Commission on Hospital Infection Control of doctors in the state of Pará. This study was conducted through questionnaires completed by physicians, pediatricians and surgeons who work in emergency rooms in hospitals of Belem city and the metropolitan region, of Pará State, who have urgent and emergency care, during the period September 2009 to February 2010. 468 questionnaires were returned, of which 235 physicians, 120 pediatricians and 113 of surgeons. The prescription of 7 days duration corresponded to 56.9% among clinicians, which was the most prescribed antibiotic was azithromycin (35.7%) and 64% among pediatricians whose antimicrobial was prescribed amoxicillin. Antibiotic prophylaxis was 51.3% during induction, showing that nearly half, inappropriately prescribe prophylaxis. Of the 113 surgeons, only 30% follow the guidelines of the Commissions of Infection Control to the prescription of antibiotics post-operatively and cefazolin is the most prescribed antibiotic (47%), followed by ceftriaxone (23%). The CBC influences the prescription of antibiotics in 98.4% of surgeons, 93.6% among clinicians and 81.6% among pediatricians and difficulty of follow-up was an important factor for 286 physicians. Factors such as family pressure and volume of visits did not show an influence on prescription. Asymptomatic bacteriuria is treated with 66% of clinicians, 50.4% of surgeons and 71.7% of pediatricians, as well as over 50% of all specialties treat the symptoms of dysuria and fever, no microbiological confirmation of infection. The standardization of antimicrobials exists in 83.3% and only 24 physicians responded that the Pharmacy and Therapeutics Committee is responsible for the standardization of antimicrobial, and 20.4% do not know strategies for rational use in their hospital. The antibiotics most frequently prescribed by pediatricians was amoxicillin (44%), followed by azithromycin (31%), but the time was inappropriate prescribing among clinicians. Mismatches occurred between surgeons with regard to antibiotic prophylaxis and duration. Only 30% of surgeons following the guidelines of the Commission on Hospital Infection Control, and cefazolin is the most prescribed antibiotic (47%), followed by ceftriaxone in 23%. Regarding the request of cultures only 43% do so before prescribing. The use of inappropriate empirical therapy was found to be cause of mortality in patients with bacteremia caused urinary tract. This study has, among its limitations, the fact that based on these data, which contain a considerable degree of uncertainty, through the bias of information. Data collection was performed at two hospitals with high volume of visits to emergency rooms. It was found difficult to compare the data because both the national and the international literature are relatively rare in studies with the same goals and same design. In conclusion, the study clearly demonstrated that, in Belem, the doctors working in emergency rooms, compared to the basic principles of antimicrobial therapy should be updated in order to unnecessary treatment of viral infections and asymptomatic bacteriuria, and Commission on Hospital Infection Control should be more active with respect to policies of antimicrobials. / O uso inadequado de antimicrobianos é fator determinante para disseminação da resistência bacteriana. Esta emergência de resistência bacteriana representa, mundialmente, um problema de saúde pública. Vários países têm usado como estratégias políticas de restrição para tornar o uso mais racional, principalmente em hospitais onde o uso é mais prevalente. O objetivo deste estudo foi avaliar o grau de conhecimento de princípios básicos de antibioticoterapia e do papel da CCIH por médicos no Estado do Pará. Este estudo foi realizado através de questionários respondidos por médicos clínicos, pediatras e cirurgiões, que atuam em urgência e emergência em hospitais de Belém e região metropolitana do Estado do Pará, que possuem atendimento de urgência e emergência no período de Setembro de 2009 a Fevereiro de 2010. Foram respondidos 468 questionários, sendo 235 de médicos clínicos, 120 de médicos pediatras e 113 de médicos cirurgiões. A prescrição de duração de 7 dias correspondeu a 56,9% entre os clínicos, onde antimicrobiano mais prescrito foi a azitromicina (35,7%) e 64% entre os pediatras cujo antimicrobiano mais prescrito foi a amoxicilina. A antibioticoprofilaxia foi de 51,3% durante a indução anestésica, demonstrando que quase a metade, prescrevem inadequadamente a profilaxia. Dos 113 cirurgiões, apenas 30% seguem as orientações da CCIH para a prescrição de antimicrobianos no pós operatório e a cefazolina é o antibiótico mais prescrito (47%), seguido do ceftriaxone (23%). O hemograma influencia na prescrição de antibiótico em 98,4% entre os cirurgiões, 93,6% entre os clínicos e 81,6% entre os pediatras, e a dificuldade de acompanhamento ambulatorial foi fator importante para 286 médicos. Fatores como a pressão da família e volume de atendimentos não mostraram ser influentes na prescrição. A bacteriúria assintomática é tratada por 66% dos clínicos, 50,4% dos cirurgiões e 71,7% dos pediatras, assim como mais de 50% de todas as especialidades tratam os sintomas de disúria e febre, sem confirmação microbiológica de infecção. A padronização de antimicrobianos existe em 83,3% e apenas 24 médicos responderam que a Comissão de Farmácia e Terapêutica é responsável pela padronização dos antimicrobianos, sendo que 20,4% desconhecem estratégias voltadas para o uso racional em seu hospital. O antimicrobiano mais prescrito entre os pediatras foi a amoxacilina (44%), seguido de azitromicina (31%), entretanto o tempo de prescrição foi inadequado entre os clínicos. As inadequações entre os cirurgiões ocorreram em relação a antibioticoprofilaxia e duração desta. Apenas 30% dos cirurgiões seguem as orientações da CCIH, e a cefazolina é o antibiótico mais prescrito (47%), seguido do ceftriaxone em 23%. Em relação a solicitação de culturas apenas 43% o fazem antes da prescrição. O uso de terapia empírica inapropriada foi encontrado como sendo causa de mortalidade em pacientes com bacteremia originada no trato urinário. O presente estudo tem, entre suas limitações, o fato de basear-se em dados referidos, os quais encerram um considerável grau de incerteza, através do viés da informação. A coleta de dados foi realizada em dois hospitais com grande volume de atendimentos em urgência e emergência. Encontrou-se dificuldade em comparar os dados obtidos pelo fato de tanto a literatura nacional quanto a internacional serem relativamente escassas em trabalhos com os mesmos objetivos e o mesmo delineamento. Em conclusão, o estudo demonstrou claramente que, em Belém, os médicos que atuam em urgência e emergência, em relação aos princípios básicos de terapia antimicrobiana devem ser atualizados, visando o tratamento desnecessário de infecções virais e bacteriúria assintomática, e as CCIH’s devem estar mais atuantes no que diz respeito a políticas de antimicrobianos.

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2016-05-12T20:45:00Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Mariana de Andrade Ferreira - 2015.pdf: 2863875 bytes, checksum: 62c67ecc0abf8022b7bf54c6de62a20c (MD5) license_rdf: 19874 bytes, checksum: 38cb62ef53e6f513db2fb7e337df6485 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-05-13T12:05:05Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Mariana de Andrade Ferreira - 2015.pdf: 2863875 bytes, checksum: 62c67ecc0abf8022b7bf54c6de62a20c (MD5) license_rdf: 19874 bytes, checksum: 38cb62ef53e6f513db2fb7e337df6485 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-13T12:05:05Z (GMT). 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Fifty-six artisanal raw milk cheeses sold at street fairs and 10 industrialized cheeses commercialized in supermarkets of Goiânia, Goiás were analyzed between June and August 2014. S. aureus was confirmed in 19 samples (33.9%) of artisanal cheese by detection of femA gene, in which 29 isolates were obtained. These isolates were submitted to the antimicrobial susceptibility test and classified into nine different profiles (A - I). Thirteen isolates (44.8%) were resistant to penicillin and three (10.3%) to tetracycline, with two (7.4%) resistant to both. The Multiplex PCR technique was performed to detect virulence genes that code for the production of hemolysins (Hla and Hlb), toxic shock syndrome toxin (TSST-1), exfoliative toxins (ETa and ETb) and enterotoxins (SEA - SEE, SEG - SEJ, SEM - SEO). Genes encoding TSST-1 and exfoliative toxins were not detected. All the isolates amplified for the hla gene and 14 (48.3%) for the hbl gene. The seh gene was the most frequently detected (n=11, 37.9%) followed by seo gene (n = 3; 10.3%), seg, sem and sen genes (n = 2, 6.9%) and sec and sei genes (n = 1, 3.4%). In one isolate (3.4%), four enterotoxins genes were detected, and in another, six (3.4%). The comparison performed by Pulsed Field Gel Electrophoresis technique revealed 18 different DNA banding patterns which were grouped into five clusters. The genotyping found high genetic similarity among the isolates. Identical isolates were obtained from different samples and one sample showed more than one genetically different isolate. It was identified up to four different isolates from the same sample. The high prevalence of S. aureus in a widely consumed product like Minas fresh cheese, as well as the detection of toxin encoding genes identified in this study, warns of the necessity to reduce the contamination levels in this type of cheese through monitoring and controling the production and trade of the product. / S. aureus é um importante patógeno de origem alimentar com capacidade de produção de toxinas extracelulares e resistência antimicrobiana. Entre os alimentos envolvidos em intoxicação alimentar estafilocócica, destaca-se o queijo, principalmente quando fabricado em condições higienicossanitárias impróprias. Os objetivos deste estudo foram caracterizar S. aureus isolados de queijo Minas frescal artesanal e industrializado, determinar o perfil de suscetibilidade a antimicrobianos, bem como determinar a similaridade genética entre os isolados. Os isolados foram também testados para genes de enterotoxinas estafilocócicas (SE) e outros fatores de virulência. Foram analisadas 56 amostras de queijo Minas frescal de fabricação artesanal e dez de fabricação industrial comercializados em feiras livres e supermercados de Goiânia-GO, coletadas entre junho e agosto de 2014. S. aureus foi confirmado em 19 amostras (33,9) de queijo artesanal através da detecção do gene femA, onde 29 isolados foram obtidos. Estes isolados foram submetidos ao teste de susceptibilidade aos antimicrobianos e classificados em nove diferentes perfis (A - I). Treze isolados (44,8%) foram resistentes à penicilina e três (10,3%) à tetracilina, sendo dois (7,4%) resistentes a ambos. A técnica de multiplex PCR foi realizada para a detecção de genes de virulência que codificam a produção de hemolisinas (Hla e Hlb), TSST-1, toxinas esfoliativas (ETa e ETb) e enterotoxinas (EEA - EEE, EEG - EEJ, EEM - EEO). Genes que codificam as toxinas TSST-1 e esfoliativa não foram detectados. Todos os isolados amplificaram para o gene hla e 14 (48,3%) para o gene hlb. O gene seh foi o mais frequentemente detectado (n=11; 37,9%), seguido do gene seo (n=3; 10,3%), genes seg, sem, sen (n=2; 6,9%) e os genes sec e sei (n=1; 3,4%). Um isolado (3,4%) amplificou genes para quatro enterotoxinas e outro (3,4%) para seis. A comparação dos 29 isolados de S. aureus feita por PFGE revelou 18 padrões de bandas diferentes de DNA agrupados em cinco clusters. A genotipagem demonstrou alta similaridade genética entre os isolados. Isolados idênticos foram obtidos de amostras diferentes e uma mesma amostra apresentou mais de um isolado geneticamente diferente. Identificou-se até quatro diferentes isolados da mesma amostra. A alta prevalência de S. aureus nas amostras de queijo Minas Frescal, bem como a detecção de genes para produção de toxinas, alertam para a necessidade de reduzir os níveis de contaminação neste tipo de queijo através de monitoramento e controle da produção e comércio do produto.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2016-10-13T11:49:58Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Maria de Souza Almeida - 2014.pdf: 1577589 bytes, checksum: e516be5588e40ed18ce2aa223a3be386 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2016-10-14T19:56:45Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Maria de Souza Almeida - 2014.pdf: 1577589 bytes, checksum: e516be5588e40ed18ce2aa223a3be386 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-14T19:56:45Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Maria de Souza Almeida - 2014.pdf: 1577589 bytes, checksum: e516be5588e40ed18ce2aa223a3be386 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2014-08-07 / Duck is the most important species of waterfowl reared in Brazil, however, there are no studies about the risk of duck eggs in the food chain. The main objective of this study was to outline the main characteristics of waterfowl farms, integrating the risk factors associated with E. coli infection in birds and humans, verify the presence of E.coli in 38 and 25 dozen of duck eggs from markets and subsistence farms in Federal District and Goiás State, determining the pathogenic profile and the antimicrobial resistance profile. Each dozen eggs accounted for three samples: a sample pool of eggshell, pool of albumen and a pool of yolk, totaling samples.The information obtained by questionnaires applied during the visit to the farms revealed no vaccination program, or supply of balanced feed for ducks were employed. Duck were reared with chicken and the contact between the animals occurred since incubation. Through bacteriology, we isolated and identified E.coli in 17.10% (97/567) of samples of duck eggs. In PCR for the detection of the virulence genes papC, tsh, and eae and of the resistance gene iss, of 97 positives samples to E. coli, 35 samples were positive for virulence genes, 31.8% (14/44) came from farms and 39.6% (21/53) from markets. The search of genes in E.coli isolates revealed 15.4% positive to papaC, (15/97) , 21.6% (21/97) positive to tsh, 17.5% (17/97) positive to iss, and 2% (2/97) positive to eae .It conclusion, there are pathogenic strains for both birds and humans, circulating in anseriformes eggs. The investigation of antimicrobial resistance combined with the research of virulence and resistance genes in E. coli isolates obtained from eggs of ducks is an important tool to determine the risk these birds may bring to both poultry health and of public health. / O pato é a espécie de aves aquáticas mais criada no Brasil, porém não existem estudos aprofundados a respeito do risco dos ovos de patas na cadeia alimentar. O objetivo deste trabalho foi delinear as principais características das criações integrando os fatores de risco associados a infecção de Escherichia coli em aves e humanos, investigar a presença dessa bactéria em 38 e 25 dúzias de ovos de patas procedentes de feiras livres e propriedades de subsistência no Distrito Federal e estado de Goiás, determinando seu perfil patogênico e perfil de resistência aos antimicrobianos. Cada dúzia de ovos correspondeu a três amostras: uma amostra de pool casca, uma de pool de albúmen e uma de pool gema, totalizando 567 amostras. Mediante as informações obtidas pelos questionários aplicados durante a visita nas propriedades de subsistência, observou-se que não existem programas de vacinação, nem fornecimento de ração balanceada para os patos, a criação geralmente é consorciada com galinhas e o contato entre os mesmos ocorria desde a incubação. Obteve-se, pela bacteriologia o isolamento e identificação de E.coli em 17,10% (97/567) de amostras de ovos de patas. Na PCR para detecção dos genes de virulência papC, tsh e eae, e de resistência o gene iss, das 97 amostras positivas para E.coli, 35 amostras possuiam genes de virulência, 31,8% (14/44) delas eram de propriedades de subsistência e 39,6% (21/53) de feiras livres. Em meio aos genes pesquisados nos isolados de E.coli foram positivos 15,46% (15/97) para papC, 21,65% para tsh, 17,52% para iss, 2,06% para eae. Conclui-se que existem cepas patogênicas tanto para aves quanto para humanos, circulantes em ovos de anseriformes. A investigação de resistência aos antimicrobianos aliada à pesquisa dos genes de virulência e de resistência em isolados de E.coli obtidos de ovos de patos é importante ferramenta para determinação de risco, tanto para sanidade avícola quanto para saúde pública, que essas aves podem exercer.

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