Les modèles de peau in vitro en trois dimensions sont des outils pour étudier des processus biologiques ou pathologiques. La majorité des modèles in vitro actuellement disponibles ne comporte pas de système immunitaire et de réseau vasculaire, tous deux présents dans la peau humaine. Nous avons développé un modèle de peau entièrement composé de cellules d'un même donneur (autologue) et contenant des cellules immunitaires et endothéliales. En nous basant sur le modèle d'auto-assemblage du LOEX, nous avons mis en culture durant quatre semaines des fibroblastes dermiques dans un milieu favorisant le dépôt de matrice extracellulaire. La résultante est un feuillet manipulable composé de cellules entourées de matrice. Un isolat dermique préalablement extrait du derme humain est ensemencé sur un premier feuillet de fibroblastes et les kératinocytes sur un second. L'isolat dermique contient l'ensemble des cellules présentes dans le derme du donneur. Les deux feuillets sont ensuite superposés et mis en culture pendant deux semaines à l'interface air-liquide pour stimuler la différenciation de l'épithélium. Une analyse histologique a mis en évidence un épithélium stratifié sur un derme composé de matrice et de cellules. Des immunomarquages ont également montré la présence de cellules immunitaires CD45+ viables et d'un réseau vasculaire CD31+ au niveau du derme. Une plaie a ensuite été créée au centre de ce modèle de peau et une analyse histologique a montré une migration des cellules épidermiques et dermiques dans la plaie. La création de ce modèle permettra d'avoir une meilleure compréhension de l'homéostasie de la peau et du phénomène de cicatrisation cutanée. / In vitro three-dimensional human skin models provide a tool to investigate biological or pathological processes and to test drug effect or toxicity. In vitro models usually lack an immune system and vasculature, both characteristics of the human skin. We developed a skin model composed of cells from the same donor (autologous) and containing immune cells and endothelial cells. Based on the self-assembly method developed at the LOEX, dermal fibroblasts were first cultured during four weeks in a medium stimulating the production of an extracellular matrix. The result of this culture is a fibroblast sheet used for the development of our model. A dermal fraction enzymatically extracted from a human dermis was seeded onto a first sheet while the keratinocytes were seeded on a second one. The dermal fraction contained all the dermal cells from a donor. The two sheets were then superimposed and raised at the air-liquid interface during two weeks to stimulate epidermis differentiation. Histological studies of the 3D skin model highlighted a stratified epidermis on a dermis composed of matrix and cells. Immunofluorescence staining showed viable CD45+ immune cells and a CD31+ capillary network in the dermis. A wound was then produced at the center of the model and histological studies highlighted the migration of the epidermal and dermal cells into the wound. The creation of this first autologous 3D model containing immune cells paves the way to increase knowledge about skin homeostasis and the role of immune cells in the wound healing process.

Le traitement des ulcères cutanés constitue un défi majeur et les options thérapeutiques efficaces demeurent limitées. Le but du présent projet était de concevoir et d’évaluer le potentiel de pansements biologiques fabriqués à partir de cellules souches extraites du tissu adipeux (CSTA) à favoriser la guérison de plaies cutanées. Des pansements faits de CSTA ou de CSTA différenciées en adipocytes ont été mis au point en utilisant la technique d’auto-assemblage développée au LOEX et évalués sur un modèle d’étude in vitro adapté pour l’étude de pansements. L’effet de ces pansements a été évalué en mesurant la progression de la réépithélialisation des plaies in vitro, en caractérisant leur sécrétome et en réalisant des analyses histologiques et immunohistochimiques. Cette recherche suggère que les CSTA différenciées en adipocytes pourraient être utilisées en complément ou alternativement aux fibroblastes dermiques pour la production de recouvrements autologues utiles dans le traitement des plaies cutanées. / Treatment of chronic wounds remains a major challenge in clinic and efficient treatment options are still limited. The goal of this project was to create and evaluate the potential of bioengineered cellular wound dressings made of adipose-derived stem/stromal cells (ASCs) for cutaneous wound healing. Dressings made of ASCs differentiated or not towards the adipogenic lineage were produced using the self-assembly approach and were evaluated using an adapted in vitro wound healing model. The effect of these dressings was assessed by measuring the progression of reepithelialisation on in vitro wounds, by characterizing dressing’s secreted products and by histological and immunohistochemical analyses. This research suggests that ASCs could be used as an alternative or a complement to dermal fibroblasts for the production of autologous dressings useful for healing of chronic wounds.

Prendre de bonnes décisions dans des environnements multiagents est une tâche difficile dans la mesure où la présence de plusieurs décideurs implique des conflits d'intérêts, un manque de coordination, et une multiplicité de décisions possibles. Si de plus, les décideurs interagissent successivement à travers le temps, ils doivent non seulement décider ce qu'il faut faire actuellement, mais aussi comment leurs décisions actuelles peuvent affecter le comportement des autres dans le futur. La théorie des jeux est un outil mathématique qui vise à modéliser ce type d'interactions via des jeux stratégiques à plusieurs joueurs. Des lors, les problèmes de décision multiagent sont souvent étudiés en utilisant la théorie des jeux. Dans ce contexte, et si on se restreint aux jeux dynamiques, les problèmes de décision multiagent complexes peuvent être approchés de façon algorithmique. La contribution de cette thèse est triple. Premièrement, elle contribue à un cadre algorithmique pour la planification distribuée dans les jeux dynamiques non-coopératifs. La multiplicité des plans possibles est à l'origine de graves complications pour toute approche de planification. Nous proposons une nouvelle approche basée sur la notion d'apprentissage dans les jeux répétés. Une telle approche permet de surmonter lesdites complications par le biais de la communication entre les joueurs. Nous proposons ensuite un algorithme d'apprentissage pour les jeux répétés en ``self-play''. Notre algorithme permet aux joueurs de converger, dans les jeux répétés initialement inconnus, vers un comportement conjoint optimal dans un certain sens bien défini, et ce, sans aucune communication entre les joueurs. Finalement, nous proposons une famille d'algorithmes de résolution approximative des jeux dynamiques et d'extraction des stratégies des joueurs. Dans ce contexte, nous proposons tout d'abord une méthode pour calculer un sous-ensemble non vide des équilibres approximatifs parfaits en sous-jeu dans les jeux répétés. Nous montrons ensuite comment nous pouvons étendre cette méthode pour approximer tous les équilibres parfaits en sous-jeu dans les jeux répétés, et aussi résoudre des jeux dynamiques plus complexes. / Making good decisions in multiagent environments is a hard problem in the sense that the presence of several decision makers implies conflicts of interests, a lack of coordination, and a multiplicity of possible decisions. If, then, the same decision makers interact continuously through time, they have to decide not only what to do in the present, but also how their present decisions may affect the behavior of the others in the future. Game theory is a mathematical tool that aims to model such interactions as strategic games of multiple players. Therefore, multiagent decision problems are often studied using game theory. In this context, and being restricted to dynamic games, complex multiagent decision problems can be algorithmically approached. The contribution of this thesis is three-fold. First, this thesis contributes an algorithmic framework for distributed planning in non-cooperative dynamic games. The multiplicity of possible plans is a matter of serious complications for any planning approach. We propose a novel approach based on the concept of learning in repeated games. Our approach permits overcoming the aforementioned complications by means of communication between players. We then propose a learning algorithm for repeated game self-play. Our algorithm allows players to converge, in an initially unknown repeated game, to a joint behavior optimal in a certain, well-defined sense, without communication between players. Finally, we propose a family of algorithms for approximately solving dynamic games, and for extracting equilibrium strategy profiles. In this context, we first propose a method to compute a nonempty subset of approximate subgame-perfect equilibria in repeated games. We then demonstrate how to extend this method for approximating all subgame-perfect equilibria in repeated games, and also for solving more complex dynamic games.

Une des objectifs poursuivis par la recherche en apprentissage automatique est la construction de bons classificateurs à partir d'un ensemble d'exemples étiquetés. Certains problèmes nécessitent de réunir un grand ensemble d'exemples étiquetés, ce qui peut s'avérer long et coûteux. Afin de réduire ces efforts, il est possible d'utiliser les algorithmes d'apprentissage actif. Ces algorithmes tirent profit de la possibilité de faire quelques demandes d'étiquetage parmi un grand ensemble d'exemples non-étiquetés pour construire un classificateur précis. Il est cependant important de préciser que les algorithmes d'apprentissage actif actuels possèdent eux-mêmes quelques points faibles connus qui peuvent les mener à performer inadéquatement dans certaines situations. Dans cette thèse, nous proposons un nouvel algorithme d'apprentissage actif. Notre algorithme atténue certains points faibles des précédents algorithmes d'apprentissage actif, et il se révèle trés compétitif aux algorithmes d'apprentissage actif bien-connus. De plus, notre algorithme est facile à implémenter. / One of the goals of machine learning researches is to build accurate classifiers form an amount of labeled examples. In some problems, it is necessary to gather a large set of labeled examples which can be costly and time-consuming. To reduce these expenses, one can use active learning algorithms. These algorithms benefit from the possibility of performing a small number of label-queries from a large set of unlabeled examples to build an accurate classifier. It should be mentioned that actual active learning algorithms, themselves, have some known weak points which may lead them to perform unsuccessfully in certain situations. In this thesis, we propose a novel active learning algorithm. Our proposed algorithm not only fades the weak points of the previous active learning algorithms, but also performs competitively among the widely known active learning algorithms while it is easy to implement.

La communication entre agents est primordiale à l'intérieur des systèmes multiagents. Les agents d'un système multi-agents doivent communiquer pour se coordonner et pour échanger de l'information. Dans ce mémoire, nous avons travaillé à l'élaboration et à l'amélioration d'un langage de communication agent nommé DIAGAL (DIAlogue- Game based Agent Language) dont la sémantique se base sur les engagements sociaux. En fait, notre approche se base sur les jeux de dialogue qui sont des structures qui permettent la négociation d'engagements sociaux par le dialogue. Les agents peuvent donc, à l'aide des jeux de dialogue, communiquer pour créer, annuler ou modifier des engagements sociaux. De plus, nous proposons le concept de réseau d'engagements pour modéliser les conversations entre agents. Les réseaux d'engagements permettent de spécifier les dialogues à l'intérieur d'un système multi-agents en analysant les liens de causalité qui existent entre les différents engagements pouvant exister dans le système. Finalement, nous avons défini différentes métriques qui permettent d'analyser les dialogues entre agents.

Savoir lire est une compétence qui va de la capacité à décoder des caractères à la compréhension profonde du sens de textes. Avec l'émergence de l'intelligence artificielle, deux questions se posent : Comment peut-on apprendre à une intelligence artificielle à lire? Qu'est-ce que cela implique? En essayant de répondre à ces questions, une première évidence nous est rappelée : savoir lire ne peut pas se réduire à savoir répondre à des questions sur des textes. Étant donné que les modèles d'apprentissage machine apprennent avec des exemples d'essai erreur, ils vont apprendre à lire en apprenant à répondre correctement à des questions sur des textes. Cependant, il ne faut pas perdre de vue que savoir lire, c'est comprendre différents types de textes et c'est cette compréhension qui permet de répondre à des questions sur un texte. En d'autres termes, répondre à des questions sur des textes est un des moyens d'évaluation de la compétence de lecture plus qu'une fin en soi. Aujourd'hui, il existe différents types de jeux de données qui sont utilisées pour apprendre à des intelligences artificielles à apprendre à lire. Celles ci proposent des textes avec des questions associées qui requièrent différents types de raisonnement : associations lexicales, déductions à partir d'indices disséminés dans le texte, paraphrase, etc. Le problème est que lorsqu'une intelligence artificielle apprend à partir d'un seul de ces jeux de données, elle n'apprend pas à lire mais est plutôt formée à répondre à un type de question, sur un certain type de texte et avec un certain style d'écriture. Outre la problématique de la généralisation des compétences de lecture, les modèles d'intelligence artificielle qui apprennent à lire en apprenant à répondre à des questions retournent des réponses sans systématiquement indiquer sur quelles phrases du texte sources ils se basent. Cela pose un problème d'explicabilité et peut entrainer une mécompréhension des capacités de ces modèles. Dans ce mémoire, nous proposons de résoudre le problème de généralisation de l'apprentissage en proposant une méthodologie générale adaptée à n'importe quel jeu de données. Ainsi, en ayant une méthodologie commune à tous les types de jeux de données pour apprendre à répondre à tout type de question, sur tout type de texte, nous pourrions apprendre aux modèles d'intelligence artificielle à se concentrer sur les compétences générales de lecture plutôt que sur la capacité spécifique à répondre aux questions. Afin de résoudre également le problème de l'explicabilité, la méthodologie que nous proposons impose à tout modèle de compréhension de lecture automatique de renvoyer les extraits du texte source sur lequel ces réponses sont basées. / Reading is a skill that ranges from the ability to decode characters to a deep understanding of the meaning of a text. With the emergence of artificial intelligence, two questions arise: How can an artificial intelligence be taught to read? What does this imply? In trying to answer these questions, we are reminded of the obvious: knowing how to read cannot be reduced to knowing how to answer questions about texts. Since machine learning models learn with trial-and-error examples, they will learn to read by learning to answer correctly questions about the text they read. However, one should not forget the fact that knowing how to read means understanding different types of texts sufficiently well, and it is this that enables answering questions about a text. In other words, answering questions about texts is one of the means of assessing reading skills rather than an end in itself. Today, there are different types of datasets that are used to teach artificial intelligences to learn to read. These provide texts with associated questions that require different types of reasoning: lexical associations, deductions from discrete clues in the text, paraphrasing, etc. The problem is that when an artificial intelligence learns from only one of these datasets, it does not learn to read but is instead trained to answer a certain type of question, on a certain type of text and with a certain writing style. In addition to the problem of generalizing reading skills, artificial intelligence models that learn to read by learning to answer questions return answers without systematically indicating which sentences in the source text they are based on. This poses a problem of explicability and can lead to a misunderstanding of the capabilities of these models. In this thesis, we propose to solve the generalization issue of learning from one dataset by proposing a general methodology suiting to any machine reading comprehension dataset. Thus, by having a methodology common to all types of datasets to learn how to answer any type of question, on any type of text, we could teach artificial intelligence models to focus on general reading skills rather than on the specific ability to answer questions. In order to also solve the issue of explanability, the methodology we propose impose any machine reading comprehension model to return the span of the source text its answers are based on.

Un système multiagents (SMA) est constitué de plusieurs agents qui interagissent dans un environnement pour atteindre leurs objectifs. Une interaction peut être une coopération si les agents coopèrent. L'interaction peut aussi être une négociation si les agents sont en compétition. Il est toutefois possible que les agents soient situés dans un environnement semi compétitif où ils peuvent, à la fois, coopérer et être en compétition. Dans ce mémoire, nous présentons un modèle dynamique de pilotage d'un SMA semicompétitif qui permet à l'agent de choisir ses partenaires d'interaction et d'élaborer son comportement vis-à-vis des agents. Le modèle ainsi développé est basé sur l'évaluation de la réputation des agents. Si l'agent est bien réputé, alors il constituera un bon partenaire d'interaction. L'évaluation de la réputation est effectuée à partir de plusieurs sources d'informations comme l'historique des expériences directes avec l'agent à évaluer, et le témoignage des autres agents de la société classés selon des groupes. Le modèle dynamique de pilotage a été validé en considérant les trois scénarios les plus représentatifs du contexte étudié. Le premier scénario suppose qu'il n'existe aucune collaboration entre les agents (1). Le deuxième scénario implique les agents dans une relation de compétition (2). Enfin, le troisième scénario utilise le modèle dynamique de pilotage pour permettre à l'agent de choisir son comportement vis-à-vis ses partenaires d'interaction (3). Les résultats de la simulation ont montré que les agents ayant des bonnes réputations ont gagné en termes d'utilité. / A multi-agent system (MAS) consists of several agents interacting in an environment to achieve their goals. An interaction can be cooperation if the agents cooperate. It can be also a negotiation if the agents are in competition. However, it is possible that the agents are located in a semi-competitive environment. They can both be in competition and cooperate. In this memory, we present a dynamic model of piloting a semicompetitive MAS which allows the agent to choose its interaction partners and to define its behaviour towards the agents. This developed model is based on the evaluation of the reputation of the agents. If the agent has a good reputation, then it will be considered as a good interaction partner. The evaluation of the reputation is carried out starting from several sources of information like the direct experience with the evaluated agent and the witness of the other agents. The dynamic model was validated by a simulation of three scenarios. The first scenario supposes that there is not any collaboration between the agents. The second scenario implies the agents in competition. Lastly, the third scenario uses the dynamic model of piloting to allow agent to choose its behaviour toward its interaction partners. The simulation results showed that the agents having good reputations improved their utility.

Le réseau vasculaire est composé non seulement des vaisseaux sanguins mais aussi des vaisseaux lymphatiques. Les premiers assurent l'approvisionnement des cellules en nutriments et oxygène et la récolte de leurs déchets métaboliques tandis que les seconds collectent les fluides, macromolécules et cellules immunitaires extravasés dans les tissus interstitiels pour les ramener à la circulation sanguine. Au cours de ces travaux de recherche, nous avons mis au point un substitut cutané reconstruit par génie tissulaire, contenant un réseau sanguin fonctionnel, exempt de toute matière exogène et potentiellement autologue. Ses applications cliniques sont particulièrement prometteuses puisque l'une des raisons majeures d'échec des greffes de peau sur les patients grands brûlés par exemple est la nécrose du greffon. Au cours d'une étude in vivo, nous avons démontré que le réseau contenu dans notre substitut cutané est fonctionnel, s'inoscule en moins de quatre jours avec le réseau vasculaire de l'hôte et qu'il apporte un avantage à la néovascularisation par rapport à un substitut non microvascularisé. Un substitut cutané microvascularisé tumoral a ensuite été développé pour étudier la biologie du mélanome. Notre modèle est particulièrement pertinent et complet pour ce type d'étude puisque les cellules cancéreuses interagissent avec les trois principaux types cellulaires du derme et de l'épidémie et évoluent au sein d'une matrice extracellulaire sécrétée par ces cellules. Ainsi, il a été vérifié que les cellules cancéreuses conservent le même type de comportement, tant au niveau du potentiel invasif que du potentiel pro-angiogénique, dans notre modèle tridimensionnel de peau qu'/« situ chez les patients. Les capillaires lymphatiques fournissent une voie privilégiée pour le processus métastatique de cancers comme les mélanomes, c'est pourquoi nous travaillons à ajouter un réseau lymphatique à notre substitut cutané microvascularisé. Jusque là, nous avons démontré que les cellules endothéliales lymphatiques s'organisent spontanément en réseau dans un substitut 3D de tissu conjonctif.

La majorité des aînés canadiens préfèrent recevoir des interventions de fin de vie non agressives. Pour eux, leur qualité de vie est plus importante que la durée. Les études montrent que les préférences des patients âgés ne sont pas souvent inscrites dans leurs dossiers médicaux. Par conséquent, des interventions agressives comme la réanimation cardiorespiratoire (RCR) et la ventilation mécanique invasive (VMI) sont utilisées plutôt que des soins de confort. La prise de décision partagée (PDP) est une approche contribuant à diminuer la surutilisation de certaines interventions médicales par des décisions plus éclairées. Lors d’une décision critique sur une intervention de santé, la PDP permet au patient et à son médecin de travailler ensemble pour faire le choix le plus approprié. Les décisions éclairées favorisent des meilleurs effets sur la santé par la réduction de conflit décisionnel, la diminution de l’anxiété et une amélioration de la satisfaction du patient. Les outils d’aide à la décision utilisés dans le contexte de la PDP facilitent la discussion entre un médecin et son patient. Ils ne sont pas limités au contexte de la PDP, car ils peuvent être une ressource en santé très utile, pour aider les patients confrontés à des décisions de santé difficiles et complexes. Vu que la PDP et les outils d’aide à la décision supportent la prise de décision informée, des outils validés et multidimensionnels doivent être créés et validés pour des personnes qui font face à des décisions des interventions de fins de vie agressives. Cet article détaille l’adaptation et la validation du Multi-Dimensional Measure of Informed Choice à la RCR et à la VMI avec des aînés canadiens francophones. / Most elderly Canadians wish to avoid aggressive life-sustaining interventions at the end of their lives because they favor quality of life over quantity when they consider the potential suffering that may come with attempts to prolong their lives. Nonetheless, studies show that patient preferences for the care they receive at end-of-life (EOL) often go unrecorded in their medical dossiers and aggressive life-sustaining interventions such as cardiopulmonary resuscitation (CPR) and invasive mechanical ventilation (IMV) are used in lieu of the comfort care that the patient may prefer. Shared decision-making (SDM) is an approach that research shows leads to patient informed decisions. When faced with the need to make a critical decision about care plans, treatment options, or the uptake of a medical intervention/procedure, SDM allows a patient and their physician to work together to make the most appropriate choice for the patient. This has been shown to lead to improved patient health outcomes such as decreased decisional conflict, decreased anxiety, and higher patient satisfaction. Patient decision aids (PtDAs) are health information tools that, when used in the SDM context, facilitate the conversation between a physician and their patient. PtDAs are not limited to use in shared decision making because they may also be valuable health resources to patients facing a difficult or complicated health decision. Because both SDM and the use of PtDAs are shown to lead to patient informed decisionmaking, validated and multidimensional tools that measure informed choice are needed for those facing decisions about aggressive EOL medical interventions, especially the elderly. This paper explicates, in detail, our attempt to adapt and validate the Multi-Dimensional Measure of Informed Choice (MMIC) to CPR and IMV in an elderly French-Canadian population.

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2009-2010 / Les propriétés biomécaniques des tissus produits par génie tissulaire sont une des caractéristiques qui permet d'évaluer leur fonctionnalité. Ces propriétés peuvent dépendre, entre autres, de la méthode de fabrication utilisée lors de l'assemblage des tissus, du type de cellules utilisé lors de la reconstruction des tissus et des facteurs environnementaux cellulaires et tissulaires en présence lors de la culture des tissus. Dans le but de produire des tissus possédant des propriétés optimales pour d'éventuelles applications cliniques, il est important d'analyser et de comprendre le comportement biomécanique des tissus et de développer des méthodes de fabrication qui permettent de les produire de façon fiable et reproductible. L'objectif principal de cette thèse de doctorat était d'optimiser la fabrication des substituts vasculaires et cutanés reconstruits par la méthode d'auto-assemblage, par la compréhension de leur comportement biomécanique. Les travaux ont d'abord été dirigés vers le développement d'une nouvelle méthode de fabrication qui a permis d'augmenter l'efficacité de la production des substituts vasculaires et d'améliorer leurs propriétés mécaniques et viscoélastiques. Par la suite, des travaux ont été réalisés dans le but d'optimiser la production des substituts cutanés. Les résultats obtenus ont démontré qu'il était possible, par de nouvelles méthodes d'assemblage, d'augmenter la surface des substituts cutanés sans influencer leur structure ni leur contractilité. Un autre objectif poursuivi était de déterminer si l'utilisation de diverses sources cellulaires pouvait avoir une incidence sur les caractéristiques structurales et biomécaniques des substituts vasculaires. Ces travaux ont montré que les cellules artérielles et veineuses permettaient de produire des substituts vasculaires adéquats et que ceux produits à partir de cellules artérielles possédaient des propriétés mécaniques et élastiques supérieures à celles de tissus produits à partir de cellules veineuses. Dans le but de poursuivre l'optimisation de la fonctionnalité et des propriétés biomécaniques des tissus reconstruits, des méthodes permettant de stimuler mécaniquement les tissus pendant leur culture ont été développées. L'étude de la structure et des propriétés mécaniques des tissus résultant de cette culture dynamique a démontré une orientation axiale des composantes tissulaires, en plus d'une augmentation de la production des éléments de la matrice extracellulaire et d'une amélioration des propriétés mécaniques des tissus. En conclusion, le développement de ces nouvelles méthodes de fabrication a permis d'optimiser et de mieux définir certaines propriétés biomécaniques des substituts vasculaires et cutanés et a ainsi contribué à en améliorer leur fonctionnalité pour d'éventuelles applications cliniques.