OBJETIVO: Determinar la resistencia antibiótica de las cepas de Shigella aisladas en el Hospital Daniel A. Carrión MATERIALES Y METODOS: Se resembraron las 159 cepas de Shigella aisladas del 01 de Enero 1999 al 31 de Diciembre del 2001, siendo viables 111 de ellas con las que se desarrollo el estudio. RESULTADOS: De las 111 cepas, 89 provenían de muestras de heces (80%), 73 eran flexneri (67%), la resistencia a Ampicilina fue 81%, a Cloramfenicol 72%, a Cotrimoxazol 72%, a Amikacina 13%, a Gentamicina 9%, a Ácido Nalidíxico 14%, a Norfloxacina 1%, a Ciprofloxacina 2%; la resistencia múltiple más frecuente fue a 6 antibióticos con 36 cepas (32.4%), y el patrón de resistencia más frecuente fue Ampicilina, Sultamicilina, Cloramfenicol, Doxiciclina, Cotrimoxazol, Tetraciclina con 22 cepas (19.8%). CONCLUSIONES: Shigella flexneri se constituye en la cepa más frecuentemente aislada, se evidencia una leve disminución de la resistencia a Ampicilina y Cloramfenicol, y una progresión de la resistencia a Ácido Nalidíxico y Cotrimoxazol, sin cambios significativos en la resistencia a los Aminoglucósidos y las Quinolonas.

Orientador: Odair Correa Bueno / Coorientador: Vanderlei Geraldo Martins / Banca: Maria Santina de Castro Morini / Banca: Priscila Cintra Socolowski / Resumo: Wasmannia auropunctata é uma espécie de formiga generalista e nativa da região Neotropical que tem se dispersado mundialmente. Quando introduzida em novas áreas, muitas vezes por ação antrópica, pode causar problemas ambientais, econômicos e de saúde pública. Diferenças encontradas entre populações introduzidas e nativas, ou sexuais e clonais tem aumentado o interesse por essa espécie, assim como alternativas para seu controle. O endossimbionte Wolbachia, além de ser amplamente distribuído entre os artrópodes e ser responsável por causar alterações reprodutivas em seus hospedeiros, tem sido considerado como um possível agente de controle para diversas espécies. Buscando compreender melhor a relação existente entre esses dois organismos e aumentar os perfis moleculares de populações na América do Sul, operárias de W. auropunctata de 31 pontos de coleta provenientes do Brasil e da Colômbia foram analisadas através da amplificação por PCR e sequenciamento de Sanger dos genes nuclear (28S rDNA) e mitocondrial (COI, IGS, tRNA e COII), assim como do gene wsp e coxA do endossimbionte. Através da caracterização molecular das operárias e de seus endossimbiontes e da análise das redes de haplótipos para ambos, observou-se que há evidências de que: o Leu-tRNA e o IGS entre o COI e COII podem ser utilizados para auxiliar na diferenciação inter e intraespecífica, respectivamente; o fragmento do gene 28S rDNA utilizado neste trabalho não deve ser utilizado sozinho para a identificação dessas formigas; amostras que apresentam IGS menor representam uma linhagem mais antiga; dispersão natural e por ação antrópica podem ter ocorrido entre as amostras analisadas; o gene coxA é o mais indicado para a detecção de Wolbachia nessas formigas do que o gene wsp; transmissão vertical e horizontal do endossimbionte são passíveis de estarem ocorrendo; dois dos alelos encontrados para o gene coxA podem estar envolvidos na / Abstract: Wasmannia auropunctata is a generalist ant, native of the Neotropical region that has being spread in worldwide scale and when introduced in new areas, many times by human transportation, can cause environmental, economics and health service troubles. Control alternatives and differences between introduced and native populations as well as between clonal and sexual colonies, has increased the interest about this species. The endosymbiont Wolbachia, the most widespread between arthropods, is responsible for many reproductive manipulations in its hosts and has been considered as a possibility of control agent for several species. Thus, the aim of this work was better understand the relationship between these two organisms and increase the molecular profiles of populations in South America. For this purpose, workers of 31 collection points were analyzed by PCR amplification and Sanger’s sequencing of the nuclear (28S rDNA) and mitochondrial (COI, IGS, tRNA e COII) genes, as well as wsp and coxA genes from the endosymbiont. The molecular characterization of workers and their endosymbionts and the Network analysis from both showed that there is evidences for believe that: the Leu-tRNA and the IGS between the COI and COII genes could be used to help in the inter and intraspecific distinction of these ants, respectively; the region of 28S rDNA should not be used alone as a marker to the identification of these ants; the samples that presented shorter IGS could represent ancient populations; natural dispersal and human transportation are likely to be occurring between the samples screened; the coxA gene is more appropriate than the wsp gene for detection of Wolbachia in this ants; vertical and horizontal transmission of the endosymbiont can be occurring; two of the alleles found in this work may be involved in ants specialization. Although this work brings new data and interesting hypothesis, more studies are needed to achieve a better... / Mestre

Con el objetivo de caracterizar cepas de Escherichia coli uropatógenas aisladas de pacientes mujeres con infección del tracto urinario que asistieron al Policlínico Parroquial Nuestra Señora de la Paz – Comas durante el periodo agosto 2006 – agosto 2007, se recolectaron 52 cepas confirmadas como E. coli uropatógenas, se verificaron sus características fenotípicas en agar Mac Conkey y otras pruebas bioquímicas convencionales, además se determinó la susceptibilidad antimicrobiana a fármacos de primera elección: amoxicilina-ácido clavulánico, ácido nalidíxico, ciprofloxacino, norfloxacino, sulfametoxazol-trimetopim, nitrofurantoína y cefuroxima. Se encontró que todos los aislados presentan altos niveles de resistencia a los siguientes antimicrobianos: sulfametoxazol-trimetopim (60%), ciprofloxacino (63%), amoxicilina-ácido clavulánico (75%).Para la caracterización molecular el perfil plasmídico de las 52 cepas fue determinado usando el método alcalino y electroforesis en geles de agarosa con la finalidad de asociarlos a su perfil de resistencia antimicrobiana del análisis de estos datos se obtuvo 5 grupos según el número y tamaño de los plásmidos, siendo el más representativo fue el grupo B con 25% del total de la población. Finalmente, se determinó la presencia del gen pap que codifica la fimbria P factor de virulencia asociado a pielonefritis, para lo cual se empleó la técnica de reacción en cadena de la polimerasa, empleando cebadores específicos. Se encontró que este gen se encuentra presente en el 61.5% de las cepas estudiadas. / The aim of this study was characterize strains of uropathogenic Escherichia coli (UPEC) isolated from woman patient with urinary tract infection (UTI) coming from the health centre: “Policlínico Parroquial Nuestra Señora de la Paz” located in Comas, during the period August 2006 – August 2007. Sixty UPEC isolates were recollected and their phenotypic features were verified in agar Mac Conkey and others biochemical tests. Fifty-two in addition so determine their antimicrobials susceptibility to antibiotics of first line: amoxicillin / clavulanic acid, nalidixic acid, ciprofloxacine, norfloxacine, trimethopim/ sulfamethoxazole, nitrifurantoin and cefuroxime. It was found an increasing resistance with the following antimicrobials: trimethopim/ sulfamethoxazole (60%), ciprofloxacin (63%), amoxicillin / clavulanic acid (75%). On the other hand, molecular features and plasmid profile of 52 strains was determined by processing the samples with alkaline method and visualizing them in agarose gels with the purpose of associate to resistance antimicrobials profile from the data analyses, it was found five groups according to the number and size to the plasmid, the most representative group was B with 25% of all strains. Finally, it was determined the presence of gene pap, that encode the P fimbria, virulence factor associated with pyelonephritis, by using polymerase chain reaction with specific primers, 61.5% of the total population were positive for this gen.

Orientador: Danilo Moretti-Ferreira / Coorientador: Anand Kumar Srivastava / Banca: Angela Maria Vianna Morgante / Banca: Lucia Regina Martelli / Banca: Claudia Domingues Bonini / Resumo: A síndrome de Smith-Magenis (SMS) foi descrita , em 1986, como uma síndrome que envolvia uma mutação na região 17p em 9 pacientes. Sua prevalência esta estimada em um caso a cada 25.000 nascidos vivos. A SMS apresenta fenótipo que inclui características físicas, no desenvolvimento e comportamentais. Os sinais faciais se caracterizam por uma face larga e de forma quadrangular, braquicefalia, frontal proeminente, sinofre, fendas palpebrais alongadas para cima, ponte nasal larga, hipoplasia de face média, nariz largo e achatado, micrognatia na infância com relativa prognatia com a idade e lábio superior protruso e em „v‟ invertido. Os sinais clínicos mais importantes na SMS são comportamentais que levam a autoagressão, hiperatividade e déficit atenção. Foram estudados 31 pacientes brasileiros com suspeita diagnóstica de SMS. As análises genéticas realizadas para avaliar este grupo incluíram técnicas de citogenética molecular (FISH), aCGH, PCR quantitativa e busca por mutações na região de transcrição do gene RAI1. Os resultados demostraram que mais de 90% dos casos neste estudo tinham deficiência mental, atraso no desenvolvimento da fala e comportamento de auto-injúria. Além disso, 30% (9/30) tiveram deleção ou mutação de ponto na região 17p11.2 e RAI1 gene, sendo que 67% apresentaram uma deleção clássica (6/9), 11% tinham uma deleção atípica (1/9) e 22% (2/9) tinham uma mutação no gene RAI1. Foi possível determinar o ponto de quebra das deleções observadas e determinar os genes envolvidos. A deleção atípica descrita neste trabalho atingiu parte do gene RAI e até o momento não havia sido descrita. Além disso, duas mutações de ponto, no exon 3 do gene foram descritas. Por fim, dentro grupo estudado, foi diagnosticado um caso com síndrome da deleção 1p36, sendo possível a sugestão de um novo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Smith-Magenis syndrome (SMS) was described in 1986 as a syndrome involving a deletion in the 17p region in 9 patients. Its prevalence is estimated at one case per 25.000 live births. The SMS has phenotype that includes physical and behavioral development. The facial features are characterized by brachycephaly, midface hypoplasia, relative prognatism, everted, "tented" upper lip and deep-set, close-spaced eyes. The most important clinical features in SMS are leading behavioral self-injury, hyperactivity and attention deficit. We studied 31 Brazilian patients with suggested diagnostic to SMS. The genetic analysis performed to evaluate this group included molecular cytogenetic techniques (FISH), aCGH, quantitative PCR and the search for mutations in the gene transcription RAI1. Results showed that over 90% of the cases in this study had intellectual disability, delayed speech-language development, and self-injurious behavior. Furthermore, 30% had deletion or point mutation in the 17p11.2 region and RAI1 gene. Within this group, we found that 67% carried a classic deletion, 11% had an atypical deletion and 22% had a mutation in the RAI1 gene. It was possible to determine the breakpoint of the deletions observed and to determine the genes involved. The atypical deletion described reached part of the gene RAI1 and to date had not been described. In addition, two point mutations in exon 3 gene have been described. Finally, in this study group, one case was diagnosed with 1p36 deletion syndrome hinting of a possible new Differential Diagnosis for SMS. These findings add information for the etiology of SMS and may facilitate the development of new diagnostic tools, including FISH probes and sequencing-based screening for mutations. / Doutor

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-06-18Bitstream added on 2015-04-09T12:48:06Z : No. of bitstreams: 1 000816635.pdf: 1408307 bytes, checksum: 5daacbf627e5bb9b1039a599a8e5bed4 (MD5) / O presente estudo teve como objetivo avaliar a ocorrência da infecção e realizar a caracterização molecular de Cryptosporidium spp. em caprinos jovens do município de Quixadá, Ceará, Brasil. Participaram do estudo um total de 400 animais, com idade entre três e 360 dias, com e sem padrão racial definido, nos quais 154 eram machos e 246 fêmeas, procedentes de 25 estabelecimentos rurais distribuídos em três circuitos. Amostras de fezes foram obtidas diretamente da ampola retal dos cabritos e cadastradas de acordo com o aspecto e a coloração. Uma quantidade de 200 mg de cada amostra foi distribuída em microtubos de 2 mL e congeladas “in natura” a -20 °C, até o momento das extrações de DNA genômico do parasito com auxílio de kit comercial. Todas as amostras foram submetidas a “Nested”-PCR para amplificação de fragmentos do gene da subunidade 18S RNA ribossômico. As positivas nesta amplificação foram testadas na “Nested”-PCR com os genes actina e HSP 70. As amostras que tiveram amplificação nesses três genes foram submetidas a “Nested”-PCR em triplicata e posterior sequenciamento nas direções “sense” e “anti-sense”. A ocorrência da infecção por Cryptosporidium spp. em cabritos de Quixadá foi de 7,50% (30/400) e 64,00% (16/25) das propriedades tinham cabritos positivos. O distrito Tapuiará foi o que apresentou maior número de animais positivos, e a frequência no período seco e chuvoso foi de 9,55% (19/199) e 5,47% (11/201), respectivamente (P = 0,1218). Das 30 amostras de fezes positivas, 50,00% (15/30) tinham aspecto normal e 70,00% (21/30) coloração normal, sugerindo que cabritos assintomáticos eliminam oocistos no ambiente. Não foi observada positividade para Cryptosporidium spp. em animais com 301 a 360 dias. Por meio do sequenciamento foi possível identificar que as espécies do coccídio detectadas nas fezes dos cabritos foram Cryptosporidium xiaoi ... / The present study aimed to evaluate the occurrence of infection and perform molecular characterization of Cryptosporidium spp. in goats kids from the town of Quixadá – state of Ceará – Brazil. A total of 400 animals, 154 males and 246 females, with aged between three and 360 days, with and without defined breed, from 25 farms distributed in three circuits, participated in this study. Stool samples were obtained directly from the goats rectum and registered in accordance to their appearance and coloring. An amount of 200 mg of each sample, were distributed in micro tubes of 2 mL and frozen “in nature” at -20 °C until the moment of extraction of the parasite genomic DNA using a commercial kit. All samples were submitted to Nested-PCR to amplify fragments of 18S subunit of ribosomal RNA. The positives samples in this amplification were tested in Nested-PCR with actin and HSP 70 genes. Samples that were amplified in these three genes were subjected to Nested-PCR triplicate and subjected to sequencing in sense and anti-sense directions. The occurrence of the infection by Cryptosporidium in goats kids of the town of Quixadá was 7.50% (30/400) and 64.00% (16/25) of the farms with positive goats. The Tapuiará district showed the highest number of positive animals and the frequency in dry and rainy period was 9.55% (19/199) and 5.47% (11/201), respectively (P = 0.1218). Considering 30 samples of positive stools, 50.00% (15/30) had normal appearance and 70.00% (21/30) normal coloring, suggesting that asymptomatic goats can eliminate oocysts in the environment. It was not observed positivity for Cryptosporidium spp. in animals aged between 301 and 360 days. Through sequencing, it was possible to identify that the species of coccidian found in the feces of the goats are Cryptosporidium xiaoi, Cryptosporidium ubiquitum and Cryptosporidium meleagridis. Different species of protozoa are present in rural farms ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:33:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-27. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:06Z : No. of bitstreams: 1 000832607.pdf: 719321 bytes, checksum: d7e4c029c3b43e8c3689e262c904f4c9 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Wasmannia auropunctata é uma espécie de formiga generalista e nativa da região Neotropical que tem se dispersado mundialmente. Quando introduzida em novas áreas, muitas vezes por ação antrópica, pode causar problemas ambientais, econômicos e de saúde pública. Diferenças encontradas entre populações introduzidas e nativas, ou sexuais e clonais tem aumentado o interesse por essa espécie, assim como alternativas para seu controle. O endossimbionte Wolbachia, além de ser amplamente distribuído entre os artrópodes e ser responsável por causar alterações reprodutivas em seus hospedeiros, tem sido considerado como um possível agente de controle para diversas espécies. Buscando compreender melhor a relação existente entre esses dois organismos e aumentar os perfis moleculares de populações na América do Sul, operárias de W. auropunctata de 31 pontos de coleta provenientes do Brasil e da Colômbia foram analisadas através da amplificação por PCR e sequenciamento de Sanger dos genes nuclear (28S rDNA) e mitocondrial (COI, IGS, tRNA e COII), assim como do gene wsp e coxA do endossimbionte. Através da caracterização molecular das operárias e de seus endossimbiontes e da análise das redes de haplótipos para ambos, observou-se que há evidências de que: o Leu-tRNA e o IGS entre o COI e COII podem ser utilizados para auxiliar na diferenciação inter e intraespecífica, respectivamente; o fragmento do gene 28S rDNA utilizado neste trabalho não deve ser utilizado sozinho para a identificação dessas formigas; amostras que apresentam IGS menor representam uma linhagem mais antiga; dispersão natural e por ação antrópica podem ter ocorrido entre as amostras analisadas; o gene coxA é o mais indicado para a detecção de Wolbachia nessas formigas do que o gene wsp; transmissão vertical e horizontal do endossimbionte são passíveis de estarem ocorrendo; dois dos alelos encontrados para o gene coxA podem estar envolvidos na / Wasmannia auropunctata is a generalist ant, native of the Neotropical region that has being spread in worldwide scale and when introduced in new areas, many times by human transportation, can cause environmental, economics and health service troubles. Control alternatives and differences between introduced and native populations as well as between clonal and sexual colonies, has increased the interest about this species. The endosymbiont Wolbachia, the most widespread between arthropods, is responsible for many reproductive manipulations in its hosts and has been considered as a possibility of control agent for several species. Thus, the aim of this work was better understand the relationship between these two organisms and increase the molecular profiles of populations in South America. For this purpose, workers of 31 collection points were analyzed by PCR amplification and Sanger s sequencing of the nuclear (28S rDNA) and mitochondrial (COI, IGS, tRNA e COII) genes, as well as wsp and coxA genes from the endosymbiont. The molecular characterization of workers and their endosymbionts and the Network analysis from both showed that there is evidences for believe that: the Leu-tRNA and the IGS between the COI and COII genes could be used to help in the inter and intraspecific distinction of these ants, respectively; the region of 28S rDNA should not be used alone as a marker to the identification of these ants; the samples that presented shorter IGS could represent ancient populations; natural dispersal and human transportation are likely to be occurring between the samples screened; the coxA gene is more appropriate than the wsp gene for detection of Wolbachia in this ants; vertical and horizontal transmission of the endosymbiont can be occurring; two of the alleles found in this work may be involved in ants specialization. Although this work brings new data and interesting hypothesis, more studies are needed to achieve a better...

Orientador: Katia Denise Saraiva Bresciani / Coorientador: Luiz da Silva Vieira / Coorientador: Marcelo Vasconcelos Meireles / Banca: Márcia Benedita de Oliveira Silva / Banca: Jancarlo Ferreira Gomes / Banca: Luis Antonio Mathias / Banca: Gilson Helio Toniollo / Resumo: O presente estudo teve como objetivo avaliar a ocorrência da infecção e realizar a caracterização molecular de Cryptosporidium spp. em caprinos jovens do município de Quixadá, Ceará, Brasil. Participaram do estudo um total de 400 animais, com idade entre três e 360 dias, com e sem padrão racial definido, nos quais 154 eram machos e 246 fêmeas, procedentes de 25 estabelecimentos rurais distribuídos em três circuitos. Amostras de fezes foram obtidas diretamente da ampola retal dos cabritos e cadastradas de acordo com o aspecto e a coloração. Uma quantidade de 200 mg de cada amostra foi distribuída em microtubos de 2 mL e congeladas "in natura" a -20 °C, até o momento das extrações de DNA genômico do parasito com auxílio de kit comercial. Todas as amostras foram submetidas a "Nested"-PCR para amplificação de fragmentos do gene da subunidade 18S RNA ribossômico. As positivas nesta amplificação foram testadas na "Nested"-PCR com os genes actina e HSP 70. As amostras que tiveram amplificação nesses três genes foram submetidas a "Nested"-PCR em triplicata e posterior sequenciamento nas direções "sense" e "anti-sense". A ocorrência da infecção por Cryptosporidium spp. em cabritos de Quixadá foi de 7,50% (30/400) e 64,00% (16/25) das propriedades tinham cabritos positivos. O distrito Tapuiará foi o que apresentou maior número de animais positivos, e a frequência no período seco e chuvoso foi de 9,55% (19/199) e 5,47% (11/201), respectivamente (P = 0,1218). Das 30 amostras de fezes positivas, 50,00% (15/30) tinham aspecto normal e 70,00% (21/30) coloração normal, sugerindo que cabritos assintomáticos eliminam oocistos no ambiente. Não foi observada positividade para Cryptosporidium spp. em animais com 301 a 360 dias. Por meio do sequenciamento foi possível identificar que as espécies do coccídio detectadas nas fezes dos cabritos foram Cryptosporidium xiaoi ... / Abstract: The present study aimed to evaluate the occurrence of infection and perform molecular characterization of Cryptosporidium spp. in goats kids from the town of Quixadá - state of Ceará - Brazil. A total of 400 animals, 154 males and 246 females, with aged between three and 360 days, with and without defined breed, from 25 farms distributed in three circuits, participated in this study. Stool samples were obtained directly from the goats rectum and registered in accordance to their appearance and coloring. An amount of 200 mg of each sample, were distributed in micro tubes of 2 mL and frozen "in nature" at -20 °C until the moment of extraction of the parasite genomic DNA using a commercial kit. All samples were submitted to Nested-PCR to amplify fragments of 18S subunit of ribosomal RNA. The positives samples in this amplification were tested in Nested-PCR with actin and HSP 70 genes. Samples that were amplified in these three genes were subjected to Nested-PCR triplicate and subjected to sequencing in sense and anti-sense directions. The occurrence of the infection by Cryptosporidium in goats kids of the town of Quixadá was 7.50% (30/400) and 64.00% (16/25) of the farms with positive goats. The Tapuiará district showed the highest number of positive animals and the frequency in dry and rainy period was 9.55% (19/199) and 5.47% (11/201), respectively (P = 0.1218). Considering 30 samples of positive stools, 50.00% (15/30) had normal appearance and 70.00% (21/30) normal coloring, suggesting that asymptomatic goats can eliminate oocysts in the environment. It was not observed positivity for Cryptosporidium spp. in animals aged between 301 and 360 days. Through sequencing, it was possible to identify that the species of coccidian found in the feces of the goats are Cryptosporidium xiaoi, Cryptosporidium ubiquitum and Cryptosporidium meleagridis. Different species of protozoa are present in rural farms ... / Doutor

Con el objetivo de caracterizar cepas de Escherichia coli uropatógenas aisladas de pacientes mujeres con infección del tracto urinario que asistieron al Policlínico Parroquial Nuestra Señora de la Paz – Comas durante el periodo agosto 2006 – agosto 2007, se recolectaron 52 cepas confirmadas como E. coli uropatógenas, se verificaron sus características fenotípicas en agar Mac Conkey y otras pruebas bioquímicas convencionales, además se determinó la susceptibilidad antimicrobiana a fármacos de primera elección: amoxicilina-ácido clavulánico, ácido nalidíxico, ciprofloxacino, norfloxacino, sulfametoxazol-trimetopim, nitrofurantoína y cefuroxima. Se encontró que todos los aislados presentan altos niveles de resistencia a los siguientes antimicrobianos: sulfametoxazol-trimetopim (60%), ciprofloxacino (63%), amoxicilina-ácido clavulánico (75%).Para la caracterización molecular el perfil plasmídico de las 52 cepas fue determinado usando el método alcalino y electroforesis en geles de agarosa con la finalidad de asociarlos a su perfil de resistencia antimicrobiana del análisis de estos datos se obtuvo 5 grupos según el número y tamaño de los plásmidos, siendo el más representativo fue el grupo B con 25% del total de la población. Finalmente, se determinó la presencia del gen pap que codifica la fimbria P factor de virulencia asociado a pielonefritis, para lo cual se empleó la técnica de reacción en cadena de la polimerasa, empleando cebadores específicos. Se encontró que este gen se encuentra presente en el 61.5% de las cepas estudiadas. / The aim of this study was characterize strains of uropathogenic Escherichia coli (UPEC) isolated from woman patient with urinary tract infection (UTI) coming from the health centre: “Policlínico Parroquial Nuestra Señora de la Paz” located in Comas, during the period August 2006 – August 2007. Sixty UPEC isolates were recollected and their phenotypic features were verified in agar Mac Conkey and others biochemical tests. Fifty-two in addition so determine their antimicrobials susceptibility to antibiotics of first line: amoxicillin / clavulanic acid, nalidixic acid, ciprofloxacine, norfloxacine, trimethopim/ sulfamethoxazole, nitrifurantoin and cefuroxime. It was found an increasing resistance with the following antimicrobials: trimethopim/ sulfamethoxazole (60%), ciprofloxacin (63%), amoxicillin / clavulanic acid (75%). On the other hand, molecular features and plasmid profile of 52 strains was determined by processing the samples with alkaline method and visualizing them in agarose gels with the purpose of associate to resistance antimicrobials profile from the data analyses, it was found five groups according to the number and size to the plasmid, the most representative group was B with 25% of all strains. Finally, it was determined the presence of gene pap, that encode the P fimbria, virulence factor associated with pyelonephritis, by using polymerase chain reaction with specific primers, 61.5% of the total population were positive for this gen. / Tesis

Con el propósito de genotipificar las mutaciones de resistencia a antiretrovirales existentes en una porción de la Trancriptasa Reversa (TR) del Virus de la Inmunodeficiencia Humana 1 Subtipo B (codones 151 a 261), se colectaron once muestras (n=11) provenientes del Comité de Prevención y Control de SIDA (COPRECOS) del Hospital Militar Central como parte del proyecto: “Detección de Mutaciones Puntuales en VIH-1 relacionadas a Resistencia a Antiretrovirales”. Todas las muestras se sometieron a amplificación por PCR y secuenciamiento mediante el método de Sanger para proceder al análisis de las mutaciones con el Software HIV db versión 4.1.2 de la Universidad de Stanford (disponible online). De acuerdo a los resultados de genotipificiación de la secuencia parcial de la TR, sólo dos de las 11 muestras presentaron mutaciones primarias relacionadas a resistencia a antiretrovirales, el resto de muestras mostraron mutaciones de tipo compensatorias para posiblemente alguna otra mutación fuera de esta región genética de la TR, encontrandose además algunos otros polimorfismos. Este es el primer estudio en el Perú que demuestra la presencia de mutaciones de resistencia en sujetos con tratamiento a antirretrovirales usando un sistema de genotipificación de VIH desarrollado en laboratorio. / In order to genotype the resistance mutations to antiretrovirals drugs from a portion of the Reverse Transcriptase (RT) from the Human Immunodeficiency Virus 1 Subtype B (codons 151 to 261), eleven samples coming from the “Committee of Prevention and Control of AIDS” (COPRECOS) were collected from the “Hospital Central Militar” as part of the Project: “Detection of Punctual Mutations in HIV-1 related to resistance to antiretrovirals drugs “. All samples were subjected to amplification by PCR and sequencing trough the Sanger method. Then RT sequences were analyzed using the HIV db Software version 4.1.2. from Stanford University (available online). According to genotyping results of the partial sequence of RT only two samples were found to have punctual primary related to resistance mutations for antiretroviral drugs, the remainder samples showed some mutations that might be compensatory to other mutations abroad of this RT genetic region and also finding some other polimorfisms. This is the first study made in Peru that detects punctual resistance mutations from patients receiving antirretroviral treatment by using genotyping system entirely developed in laboratory.

El objetivo de esta investigación retrospectiva, fue determinar la asociación existente entre mutaciones puntuales en los genes dihidrofolato reductasa (Pfdhfr) y dihidropteroato sintasa (Pfdhps) de Plasmodium falciparum y la respuesta clínica en pacientes con diagnóstico de malaria no complicada causada por P. falciparum, admitidos en un estudio de eficacia in vivo de sulfadoxina-pirimetamina (SP) llevado a cabo en dos áreas de la región Loreto en 1999. Se tomaron muestras de sangre de 86 pacientes antes de administrarles SP, las que se analizaron usando PCR-anclado específico de alelo para estudiar a los codones S108N/T, N51I, C59R, I164L y C50R del gen Pfdhf y los codones A436G, A437G, K540E, A581G y A613S/T del gen Pfdhps, encontrándose que las infecciones causadas por parásitos con 3 mutaciones en Pfdhfr (108Asn/51Ile/164Leu) y 2 (581Gli/437Gli) ó 3 mutaciones en Pfdhps (581Gli/437Gli/540Glu) denominados el quíntuple mutante y el séxtuple mutante, respectivamente, se encontraban asociadas con la falla del tratamiento con SP. Además, se estableció que cuanto más alto era el número de mutaciones tanto en Pfdhfr como en Pfdhps, más alto era el riesgo de fallar al tratamiento con SP, según resultado del análisis de regresión logística empleado para asociar a estas dos variables. Este estudio contribuye en brindar evidencias científicas de la asociación existente entre las variables en la región Loreto contribuyendo a su validación y su futuro uso para estudios de vigilancia de fármaco resistencia a SP no solo en el Perú sino en general para los países de América del Sur que comparten territorio de la selva Amazónica. / -- The objective of this retrospective study was to determine the asociation between point mutations in dihydrofolate reductase (Pfdhfr) and dihydropteroate synthase (Pfdhps) Plasmodium falciparum genes, and clinical outcome of patients with non complicated P.falciparum malaria diagnosis, admitted to a in vivo sulphadoxine-pirymethamine (SP) drug efficacy study conducted in 1999, in two areas of Loreto region. We used allelic specific-nested PCR to analize 86 blood samples collected before SP treatment, and study mutations at codons S108N/T, N51I, C59R, I164L and C50R in Pfdhfr and codons A436G, A437G, K540E, A581G y A613S/T in Pfdhps genes, and found that Infections caused by parasites harbouring 3 mutations in Pfdhfr (108Asn/51Ile/164Leu) and either 2 or 3 mutations in Pfdhps (581Gly/437Gly and 540Glu) called the quintuple and sextuple mutants, respectively, were associated to failure with SP treatment. Logistic regression analysis was used to look for association between the variables, helping to establish the higher the number of mutations in both Pfdhfr and Pfdhps genes, the higher the risk of treatment failures when using SP.The contribution of this study is to provide scientific evidences of the association between both variables in Loreto region supporting its validation and future application in surveillance studies for SP drug resistance, that can be conducted not only in Peru but also in South American countries that share the Amazon basin territory.