Made available in DSpace on 2014-07-29T15:26:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Marcia Alves Dias Matos.pdf: 1405580 bytes, checksum: cff6253aff8dbc7e48a7a6c687cebfa0 (MD5) Previous issue date: 2007-12-18 / Hepatitis B virus (HBV) infection occurs throughout the world. In Africa, this infection is highly endemic, with the majority of individuals becoming infected during childhood. Although Brazil has been globally considered a country of HBV intermediate endemicity, variable rates have been found in all five Brazilian regions and even inside the same region. This study aimed to investigate the epidemiological and molecular profile of the HBV infection among the Kalunga population in Goiás, Central Brazil, which is considered the largest Afro-Brazilian isolated community. A total of 878 individuals were interviewed about sociodemographic characteristics, risk factors and HBV vaccination. Blood samples were collected from all participants and serum samples were screened by enzyme-linked immunosorbent assay for the presence of HBsAg, anti-HBc and anti-HBs serological markers. HBsAg-positive samples were submitted to HBeAg and anti-HBe detection. HBsAg and anti-HBc positive samples were tested for HBV DNA detection by polymerase chain reaction and genotyping by subsequent restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis and nucleotide sequencing of preS/S region. The overall prevalence of HBV infection was 35.4% (95% CI: 32.3-38.7). HBsAg carrier rate was 1.8% (95% CI: 1.1- 3.0). Multivariate analysis of risk factors showed that increased age, male gender, illiteracy and history of multiple sexual partners were associated with this infection. Isolated anti-HBs was found in 301 (34.3%) individuals who were immune for hepatitis B. HBV DNA was detected in 75% (12/16) of the HBsAg positive samples, in 100% (2/2) of the HBeAg and in 83.3% (10/12) of the anti-HBe positive samples. An occult HBV infection rate of 1.7% (5/295) was found among anti-HBc positive individuals. All genotyped isolates belonged to genotype A by RFLP analysis. Nucleotide sequencing of preS/S region confirmed the circulation of genotype A (subgenotype Aa) in this community. The epidemiological findings indicate that preventive measures, such as additional health education and HBV vaccination programs, are needed to control HBV infection in this population. In addition, the molecular results suggest the introduction of genotype A, subgenotype Aa in Brazil from Africa during the slave trade. / infecção pelo vírus da hepatite B (HBV) apresenta distribuição mundial. Na África, é altamente endêmica, sendo a maioria dos indivíduos infectada durante a infância. Embora o Brasil seja considerado um país de endemicidade intermediária, taxas variadas de prevalência têm sido encontradas nas cinco regiões geográficas e mesmo dentro de uma mesma região. Este estudo teve como objetivo investigar o perfil epidemiológico e molecular da infecção pelo HBV na população Kalunga em Goiás, Brasil Central, que é considerada a maior comunidade afro-descendente isolada no Brasil. Um total de 878 indivíduos foi entrevistado sobre características sócio-demográficas, fatores de risco e vacinação contra hepatite B. Amostras sanguíneas foram coletadas de todos os participantes e os soros triados para detecção dos marcadores HBsAg, anti-HBc total e anti-HBs por ensaio imunoenzimático. As amostras HBsAg positivas foram submetidos à detecção dos marcadores HBeAg e anti-HBe. O DNA viral foi detectado nas amostras HBsAg e anti-HBc reagentes pela reação da polimerase em cadeia, sendo as amostras HBV DNA positivas genotipadas pela análise do polimorfismo de comprimento dos fragmentos de restrição (RFLP) e sequenciamento da região Pré-S/S. A prevalência global da infecção pelo HBV foi de 35,4% (IC 95% 32,3-38,7), sendo de 1,8% (IC 95% 1,1-3,0) para o HBsAg. A análise multivariada mostrou que aumento da idade, gênero masculino, analfabetismo e história de múltiplos parceiros sexuais foram fatores associados a esta infecção. Em 301 (34,3%) indivíduos, verificou-se positividade isolada ao marcador anti-HBs, sugerindo imunidade ao HBV. O HBV DNA foi detectado em 75% (12/16) das amostras HBsAg reagentes, em 100% (2/2) das HBeAg e 83,3% (10/12) das anti-HBe positivas. Um índice de 1,7% (5/295) para infecção oculta pelo HBV foi encontrado nos indivíduos anti-HBc reagentes. Todas as amostras genotipadas por RFLP foram do genótipo A. O sequenciamento da região Pré-S/S confirmou a circulação do genótipo A (subgenótipo Aa) nesta comunidade. Os achados epidemiológicos indicam que medidas preventivas, como programas de educação em saúde e de vacinação contra hepatite B, são necessárias para o controle da infecção pelo HBV nesta população. Além disso, os resultados moleculares sugerem que o genótipo A, subgenótipo Aa foi introduzido no Brasil durante o tráfico de escravos da África.

Resumo: O gênero Potyvirus é um dos maiores dentre os vírus de planta com genoma composto por RNA. O genoma dos potyvirus codifica um único polipeptídeo que é processado por três proteinases virais que originam todas as proteínas necessárias para complementar o ciclo da infecção. A proteína HC-Pro (Helper Component proteinase) é uma dessas proteínas multifuncionais que está envolvida na amplificação do genoma, transmissão por afídeo, movimento sistêmico e local, supressão do silenciamento gênico e proteólise. Nesse trabalho, foi realizada a substituição funcional de parte da região codificadora da HC-Pro do Lettuce mosaic virus (LMV) com a porção correspondente à HC-Pro do Potato virus Y (PVY), com o objetivo de melhor compreender os papéis dessa proteína no ciclo de infecção dos potyvirus. O LMV e o PVY diferem tanto em patogenicidade quanto em círculo de hospedeiros. O LMV infecta, principalmente, espécies da família Asteraceae (alface) enquanto o PVY infecta Solanaceae. Para avaliar o efeito de tal substituição na infectividade, dois vírus quiméricos foram construídos: um clone infeccioso de LMV contendo a HC-Pro selvagem do PVY (estendendo-se dos aminoácidos 1 a 352) e um segundo clone contendo a HC-Pro de PVY com mutação no motivo conservado IGN (mutado para RPN). Os vírus recombinantes e o LMV selvagem foram inoculados via biobalística em folhas de plântulas de alface cv. Trocadero (suscetível ao LMV). A presença e a natureza das progênies virais... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The genus Potyvirus is one of the largest genera of plant RNA viruses. The potyvirus genome encodes a single polypeptide that is processed by three viral proteinases to yield all viral proteins needed for the infection cycle. One of these proteins is the multifunctional helper component proteinase (HC-Pro), which is involved in genome amplification, aphid transmission, local and systemic movement, suppression of gene silencing and proteolysis. To gain further understanding of the roles of this protein in the Potyvirus life cycle, the functional replacement of the HC-Pro coding region of Lettuce mosaic virus (LMV) with its corresponding counterpart of Potato virus Y (PVY) was performed. These viruses differ both in pathogenicity and in host range. LMV infects mainly Asteraceae while PVY infects Solanaceae. To assess the functional requirement of a homologous HC-Pro in infectivity, two different chimeric viruses were constructed i. e: a full-length LMV containing a wild type PVY HC-Pro (1aa to 352aa) and a full-length LMV containing a PVY HC-Pro with a mutation in the IGN motif (exchanged to RNP). The chimeras, and wild type LMV, were inoculated by biolistic in young lettuce plants. The presence and nature of viral progenies were checked by RT-PCR amplification followed by sequencing. All recombinant viruses were infectious and displayed systemic infection although the symptoms were weak when compared to the wild type LMV. The viruses accumulation were evaluated by differential cycles in the RT-PCR. The LMV wild type was amplified by 30 cycles while the chimerics viruses needed 40 cycles. Therefore this result indicating that the chimeric viruses titer were lower than LMV wild type. The results 4 described here demonstrated that the main biological functions of HC-Pro can be accomplished by heterologous protein. / Orientador: Marcelo Agenor Pavan / Coorientador: Ivan de Godoy Maia / Banca: Renate Krause Sakate / Banca: José Osmar Gaspar / Banca: João Roberto Spotti Lopes / Banca: Addolorata Colariccio / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:34:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-11-29Bitstream added on 2014-06-13T19:24:02Z : No. of bitstreams: 1 frangioni_dss_dr_botfca.pdf: 2302780 bytes, checksum: a3bab8cdfaa8a760d70900c13de09d8d (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O gênero Potyvirus é um dos maiores dentre os vírus de planta com genoma composto por RNA. O genoma dos potyvirus codifica um único polipeptídeo que é processado por três proteinases virais que originam todas as proteínas necessárias para complementar o ciclo da infecção. A proteína HC-Pro (Helper Component proteinase) é uma dessas proteínas multifuncionais que está envolvida na amplificação do genoma, transmissão por afídeo, movimento sistêmico e local, supressão do silenciamento gênico e proteólise. Nesse trabalho, foi realizada a substituição funcional de parte da região codificadora da HC-Pro do Lettuce mosaic virus (LMV) com a porção correspondente à HC-Pro do Potato virus Y (PVY), com o objetivo de melhor compreender os papéis dessa proteína no ciclo de infecção dos potyvirus. O LMV e o PVY diferem tanto em patogenicidade quanto em círculo de hospedeiros. O LMV infecta, principalmente, espécies da família Asteraceae (alface) enquanto o PVY infecta Solanaceae. Para avaliar o efeito de tal substituição na infectividade, dois vírus quiméricos foram construídos: um clone infeccioso de LMV contendo a HC-Pro selvagem do PVY (estendendo-se dos aminoácidos 1 a 352) e um segundo clone contendo a HC-Pro de PVY com mutação no motivo conservado IGN (mutado para RPN). Os vírus recombinantes e o LMV selvagem foram inoculados via biobalística em folhas de plântulas de alface cv. Trocadero (suscetível ao LMV). A presença e a natureza das progênies virais... / The genus Potyvirus is one of the largest genera of plant RNA viruses. The potyvirus genome encodes a single polypeptide that is processed by three viral proteinases to yield all viral proteins needed for the infection cycle. One of these proteins is the multifunctional helper component proteinase (HC-Pro), which is involved in genome amplification, aphid transmission, local and systemic movement, suppression of gene silencing and proteolysis. To gain further understanding of the roles of this protein in the Potyvirus life cycle, the functional replacement of the HC-Pro coding region of Lettuce mosaic virus (LMV) with its corresponding counterpart of Potato virus Y (PVY) was performed. These viruses differ both in pathogenicity and in host range. LMV infects mainly Asteraceae while PVY infects Solanaceae. To assess the functional requirement of a homologous HC-Pro in infectivity, two different chimeric viruses were constructed i. e: a full-length LMV containing a wild type PVY HC-Pro (1aa to 352aa) and a full-length LMV containing a PVY HC-Pro with a mutation in the IGN motif (exchanged to RNP). The chimeras, and wild type LMV, were inoculated by biolistic in young lettuce plants. The presence and nature of viral progenies were checked by RT-PCR amplification followed by sequencing. All recombinant viruses were infectious and displayed systemic infection although the symptoms were weak when compared to the wild type LMV. The viruses accumulation were evaluated by differential cycles in the RT-PCR. The LMV wild type was amplified by 30 cycles while the chimerics viruses needed 40 cycles. Therefore this result indicating that the chimeric viruses titer were lower than LMV wild type. The results 4 described here demonstrated that the main biological functions of HC-Pro can be accomplished by heterologous protein.

Orientadores: Eliana Maria Zanotti Magalhães, Roseli Tuan / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-23T20:56:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Palasio_RaquelGardiniSanches_M.pdf: 32439761 bytes, checksum: e30767ddf6f947a1346867f1f0a27494 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: O planorbídeo Biomphalaria tenagophila (Orbigny, 1835) (Gastropoda: Planorbidae) é a espécie hospedeira intermediaria do Schistosoma mansoni Sambon, 1907 predominante no estado de São Paulo. No estado de São Paulo a espécie está relacionada com a transmissão da maioria dos casos autóctones de esquistossomose. Exemplares de B. tenagophila provenientes de várias localidades da bacia Litorânea Paulista foram analisados quanto ao polimorfismo de um trecho do gene mitocondrial rRNA16S e o segmento ITS2 que integra o cistron de DNA ribossômico nuclear. Paralelamente foi testada a suscetibilidade de populações de B. tenagophila das localidades de Itariri, Caraguatatuba, Ilha Bela e São Sebastião com linhagens diferenciadas de S. mansoni. As localidades amostradas representam pontos importantes na transmissão da esquistossomose no estado de São Paulo, devido as condições de infraestrutura, por serem áreas inundáveis e pela presença de contingente humano de outras áreas do Brasil. Nesta situação, destacam-se o município de Itariri, onde ocorreram os maiores números de casos de esquistossomose no Vale do Ribeira e os municípios de Caraguatatuba e São Sebastião que ao longo dos anos vem tendo um aumento no número de casos autóctones. Do total de 1635 espécimes de Biomphalaria coletados nas coleções de água doce do Litoral Norte e Sul do estado de São Paulo observamos a predominância de 84% da espécie B. tenagophila e 16% da espécie Biomphalaria straminea (Dunker, 1848). As análises moleculares indicaram que existem duas subpopulações de B. tenagophila nesta área, com haplótipos exclusivos para Juquiá e Registro, e sequências que compartilham o mesmo haplótipo do Litoral Norte e de Itariri. As taxas de infecções para as linhagens SJ e SJS mostraram que os caramujos do Litoral Norte foram mais suscetíveis que os caramujos do município de Itariri, talvez pode ser devido a proximidade dos municípios do Litoral Norte com o Vale do Rio Paraíba, local de origem da linhagem. A maior taxa de infecção correspondeu uma maior mortalidade nos moluscos de Caraguatatuba e Ilha Bela, indicando que o parasita afetou a sobrevida dos moluscos. Os resultados deste trabalho mostraram que todas as populações testadas foram resistentes às linhagens BH e SE. Os resultados sugerem haver uma correlação positiva entre a suscetibilidade ao S. mansoni e a redução da variabilidade genética nas populações de caramujos testadas. Desta forma, o risco de infecção dos hospedeiros intermediários por S. mansoni estaria relacionado com populações de caramujos geneticamente homogêneas. Desta forma o grau de diversidade genética pode ser um indicador de risco para a transmissão da esquistossomose / Abstract: The planorbid Biomphalaria tenagophila (Orbigny, 1835) (Gastropoda: Planorbidae) is the predominant intermediate host specie of Schistosoma mansoni Sambon, 1907 in São Paulo state, where is most related to autochthonous cases of schistosomiasis transmission. Specimens of B. tenagophila were obtained from several locations of São Paulo Coastal Basin and analyzed for the polymorphism of a portion of the mitochondrial gene rRNA16S and the ITS2 segment, wich integrates the cistron of nuclear ribosomal DNA. In parallel it was tested the susceptibility of B. tenagophila populations from the municipalities of Itariri, Caraguatatuba, Ilha Bela and São Sebastião, with different strains of S. mansoni. These sampling sites represent important points of schistosomiasis transmission in São Paulo state due to infrastructure conditions, floodable areas and the presence of human contingent of other Brazilian areas, in particular the municipality of Itariri, where occurred the highest number of cases of schistosomiasis in the Ribeira Valley and in the cities of São Sebastião and Caraguatatuba that over the years it has had an increase in the number of autochthonous cases. Of the total 1635 of Biomphalaria specimens collected in freshwater pools from the North and South Coasts of the state of São Paulo, it was observed the predominance of 84% B.tenagophila species and the presence of Biomphalaria straminea (Dunker, 1848) in 16%. The molecular analysis indicates that there are two subpopulations of B. tenagophila in this area, one with an exclusive and unique haplotype from Juquiá and Registro, and the other with sequences which share the same haplotype from the North Coast and Itariri. The infection rates of SJ and SJS strains show the snails from the North Coast are more susceptible than the snails from the municipality of Itariri. This, in hypothesis, can be caused due to the proximity of the cities of the North Coast and the Paraíba River Valley, site of origin of those strains. The highest infection rate corresponded to a higher mortality rate of the mollusks from Caraguatatuba and Ilha Bela, indicating the effect of the parasite in the snails' survival. The results of this study show that all tested populations were resistant to the BH and SE strains. The results suggest a positive relationship between S. mansoni susceptibility and the reduction of genetic variability in the snails populations tested. Therefore, the S. mansoni infection risk of the intermediate hosts would be related to genetically homogeneous snails' populations. And with that, genetic diversity can be an indicator of risk for the transmission of schistosomiasis / Mestrado / Biodiversidade Animal / Mestra em Biologia Animal

Menciona que Leishmania braziliensis es un protozoario causante de la leishmaniasis o uta, enfermedad endémica crónica de baja patogenicidad, alta morbilidad, metaxénica y zoonótica que compromete piel, mucosas y vísceras. Es transmitida por un díptero del género Lutzomyia, afecta alrededor de 12 millones de personas alrededor del mundo y a 12 departamentos en el Perú. Leishmania braziliensis tiene patrones moleculares de membrana asociadas a patógenos que son reconocidos por los receptores tipo toll (TLR) presentes en el hospedero, tanto en la superficie celular como a nivel intracelular. Los TLRs están conformados por una familia de 23 tipos que van a reconocer ligandos presentes en patógenos en común. Cuando se da la unión del ligando con un TLR desencadenará una secuencia de señales activando la expresión de moléculas coestimuladoras y citoquinas promoviendo una inflamación y activando la respuesta adaptativa. El presente trabajo tiene como objetivos caracterizar a la cepa C234 de Leishmania braziliensis mediante secuenciamiento y detectar y cuantificar los niveles de expresión de mRNA de los genes TLR-3, TLR-4 y TLR-9 y de las citoquinas IL-12 y TNF-α en macrófagos murinos enfrentados a la cepa C234 de Leishmania braziliensis, endémica del Perú. Se infectó macrófagos peritoneales de ratones Balb/c con promastigotes de Leishmania braziliensis y se cultivaron por 24 horas, se midió los niveles de óxido nítrico (ON), se extrajo mRNA de los macrófagos y se detectó y cuantificó los niveles de expresión en los genes de TLR-3, TLR- 4 y TLR-9, y de las citoquinas proinflamatorias IL-12 y TNF-α, a través de la técnica de retrotranscripción mediante la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real (RT-qPCR). Los resultados indicaron que el estudio filogenético de la cepa C234 mostró alta homología (96%) para Leishmania braziliensis. Además, los macrófagos infectados con Leishmania braziliensis presentaron mayor producción de ON sólo en las primeras horas de infección, descendiendo a las 24 y 48 horas; y se detectó expresión de mRNA para los genes TLR-3, TLR-4 y TLR-9 y de las citoquinas IL-12 y TNF-α. Se concluye que la cepa nativa C234 pertenece a la especie Leishmania braziliensis y que la disminución de la producción de ON está relacionada al mayor tiempo de infección y bajos niveles de expresión del gen TLR-4, así mismo, el incremento del nivel de expresión de mRNA de los genes TLR-3 y TLR-9 podrían estar implicados en la activación de la expresión génica de la citoquina IL-12 en macrófagos peritoneales murinos infectados con Leishmania braziliensis. / Tesis

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Analiza 35 muestras de productos cárnicos tales como: salchicha, jamonada y chorizo; y 35 muestras de queso fresco procedentes de diferentes mercados de Lima Norte con la finalidad de detectar Listeria monocytogenes en estos productos. El análisis microbiológico se llevó a cabo teniendo en cuenta la metodología recomendada por el Manual de Bacteriología Alimentaria utilizando el caldo ONE Broth-Listeria Base y el agar para Listeria OXFORD como medios selectivos. El control microbiológico permitió el aislamiento de esta bacteria en 9 muestras, siendo 3 en productos cárnicos y 6 en derivados lácteos, correspondientes al 8,6% y 17,1% respectivamente. Las colonias aisladas obtenidas por el método microbiológico fueron confirmadas por biología molecular utilizando la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) que se basa en un dúplex PCR para un fragmento específico para L. monocytogenes (gen plcA) y un fragmento común para toda la Listeria spp. (gen 16S ADNr). Con esta prueba, se confirmaron 2 muestras pertenecientes a productos cárnicos y 3 en quesos frescos. Con ello, la presencia de L. monocytogenes en productos cárnicos es 5,7% y en derivados lácteos es 8,6%. Estos resultados permiten confirmar al queso fresco y embutidos un riesgo potencial para la salud de aquellas personas que la consumen frecuentemente. / Tesis

Orientadores: Lucia Helena Innocentini Mei, Joceli Maria Giacomini Angelini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Quimica / Made available in DSpace on 2018-08-15T13:39:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Noronha_Fabio_M.pdf: 6615415 bytes, checksum: f72688fb0000126501c64a7267950cb0 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Atualmente, os materiais utilizados como isoladores elétricos vêm sendo substituídos por materiais poliméricos por apresentarem vantagens em relação aos isoladores cerâmicos. Dentre estas vantagens, podem-se citar maior desempenho, melhor resistência ao vandalismo e menor peso. O objetivo desta dissertação foi o estabelecimento de desenvolver requisitos de desempenho para os Isoladores Poliméricos (EPDM- Monômero Dieno/Etileno/Propileno e Silicone) usados na rede elétrica, através de resultados obtidos em ensaios de envelhecimento natural e artificial, tendo como enfoque as linhas de transmissão de 69 kV e 138 kV. Foi realizado um estudo do estado da arte em Isoladores Poliméricos e do estado atual de aplicação e desempenho dos mesmos em campo. Estudos experimentais foram desenvolvidos em produtos retirados de campo e produtos novos, envelhecidos artificialmente em laboratório, segundo metodologias aplicáveis a polímeros. Em paralelo foram estudadas mantas elastoméricas de Silicone e EPDM para elaboração de critérios comparativos. Através dos resultados obtidos, foram sugeridos alguns requisitos de desempenho que poderão ser utilizados em especificações dos mesmos. Nesta dissertação, são apresentados, principalmente, estes resultados obtidos por meio das técnicas de ensaio de Tensões Elétricas, Rugosidade, Densidade, Dureza, FTIR-Infravermelho com Transformada de Fourier, DSC-Calorimetria Exploratória, DMTA-Análise Térmica Dinâmico Mecânica e Resistência à Tração. Os resultados obtidos mostraram a importância de controle da rugosidade bem como da necessidade de aditivação do polímero com sistema de termo e foto estabilização / Abstract: Currently, the materials used as electrical insulators are being replaced by polymeric materials have advantages as compared to ceramic insulators. Among these advantages, we can cite higher performance, better resistance to vandalism and lower weight. The objective of this thesis was the establishment of developing performance requirements for Polymeric Insulators (EPDM monomer diene / ethylene / propylene and Silicone) used in power systems, through results from trials of natural and artificial aging, focusing on the lines transmission of 69 kV and 138 kV. We conducted a study of the state of the art in Polymeric Insulators and current state of implementation and performance of the same field. Experimental studies have been developed into products removed from the field and new, artificially aged in the laboratory, according to the methods applied to polymers. Were studied in parallel webs of silicone elastomer and EPDM for developing benchmarks. Through the results, suggested some performance requirements that could be used in the same specifications. In this thesis, are presented, mainly, these results obtained by the techniques of test voltages, roughness, density, hardness, FTIR-Fourier Transform Infrared, Scanning Calorimetry-DSC, DMTA Dynamic-Mechanical Thermal Analysis and Tensile Strength . The results showed the importance of controlling the roughness and the need for additives with the polymer system and picture stabilization term / Mestrado / Ciencia e Tecnologia de Materiais / Mestre em Engenharia Química

Orientadores: Ana Maria Lima de Azeredo-Espin, Nilson Ivo Tonin Zanchin / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-19T22:51:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marinho_MarcoAntonioTonus_D.pdf: 17816653 bytes, checksum: e915a871c22b7741c1be765f87c95ff5 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A superfamília Oestroidea (Diptera:Brachycera:Calyptratae), com +13.000 espécies descritas, compreende um dos grupos mais numerosos e ecologicamente diversos da ordem Diptera. O grupo possui grande interesse para atividades humanas por englobar espécies de importância médica, veterinária e forense, muitas das quais compõem a família Calliphoridae. Apesar do grande número de estudos disponíveis, as relações evolutivas no grupo, o qual é composto predominantemente por linhagens de rápida diversificação e radiação, ainda são controversas e pouco compreendidas, encorajando a caracterização de novos marcadores moleculares para análises de filogenia molecular. Neste contexto, esta tese foi desenvolvida e organizada em três capítulos descrevendo estudos genéticoevolutivos em espécies da superfamília Oestroidea, com ênfase em Calliphoridae. O primeiro capítulo trata da caracterização e avaliação do segundo espaçador transcrito interno (ITS2) do DNA ribossomal como um marcador molecular para análises filogenéticas em Calliphoridae, incorporando informações tanto da sequência primária quanto da estrutura secundária adquirida pela região. A análise do ITS2 revelou um padrão hierarquicamente organizado das distâncias genéticas nos níveis de espécies, gêneros e subfamílias, enquanto pouca variação intra-específica foi encontrada. As árvores inferidas recuperaram muitas das relações comumente aceitas entre os táxons amostrados, sendo que a inclusão da informação estrutural nas análises resultou na recuperação de topologias mais confiáveis. Sendo assim, o potencial da região ITS2 como um marcador molecular para análises evolutivas na família Calliphoridae foi confirmado e seu uso em análises de maior escala, incluindo marcadores de diferentes naturezas de evolução, encorajado. O segundo capítulo da tese descreve a caracterização in vitro da estrutura secundária adquirida pelo ITS2, através de padrões de digestão enzimática e análise dos fragmentos gerados, em espécies representantes das três superfamílias de Calyptratae: Glossina morsitans, Musca domestica e Cochliomyia hominivorax. A análise do padrão de fragmentos gerados pelas enzimas RNAse I, A, T1 e V1, quando mapeados na estrutura secundária predita in silico, corroborou muitos dos domínios inicialmente preditos pelo método computacional, ressaltando a importância e confiabilidade desses métodos na predição de estruturas secundárias. O terceiro capítulo da tese descreve análises de filogenia molecular na superfamília Oestroidea, com ênfase na amostragem de espécies de Calliphoridae, utilizando quatro marcadores moleculares, dois nucleares (ITS2 e 28S) e dois mitocondriais (COI e 16). As análises, que incluíram uma extensa avaliação dos efeitos de diferentes estratégias de particionamento dos dados em análises de inferência Bayesiana (por conformação estrutural e posição no códon), revelaram a existência de dois clados principais em Oestroidea: Tachinidae + Mesembrinellinae e Oestridae + Rhiniinae + Sarcophagidae + Calliphoridae (definida em senso estrito). O status de família recentemente atribuído à Rhiniinae foi encontrado, enquanto há também evidências para sugerir o mesmo para a subfamília Mesembrinellinae, como proposto anteriormente por outros autores. As diferentes estratégias de particionamento do conjunto de dados amostrados resultaram em diferenças discretas em termos de topologia, comprimentos de ramo e suporte geral das filogenias inferidas. Embora o resultado geral indique uma melhor resolução das análises quando do uso de combinações de partições e modelos mais complexas, as mesmas podem ocasionar também um aumento considerável na incerteza associada às análises / Abstract: The Oestroidea superfamily (Diptera: Brachycera: Calyptratae), with +13,000 described species, comprises one of the most numerous and ecologically diverse groups in the Diptera order. The group is actually of great interest for human activities since it includes species of medical, veterinary and forensic importance, most of them included in the Calliphoridae family. Despite the existence of several studies addressing the issue, evolutionary relationships in Oestroidea, a group mainly composed of rapidly diverged lineages, remains contentious and poorly understood, encouraging the characterization of new molecular markers for phylogenetic inference analyses. In this context, this thesis was developed and organized in three chapters describing genetic and evolutionary studies in species of the Oestroidea superfamily, with emphasis in Calliphoridae. The first chapter deals with the characterization and evaluation of the second internal transcribed spacer region (ITS2) of the ribosomal DNA cluster as a molecular marker for phylogenetic inference in Calliphoridae, including information of both primary sequence and secondary structure. The analyses revealed an hierarchically organized pattern of genetic distances in the specific, generic and subfamilial level, while little intraspecific variation was detected. Inferred trees were able to recover most of the commonly accepted relationships among the sampled taxa, with the consideration of structural information resulting in better supported topologies. Thereby, the potential of the ITS2 region as a molecular marker for phylogenetic inference in the Calliphoridae family was corroborated and its use in larger scale analyses, including other markers with different evolutionary patterns, encouraged. Chapter II describes the in vitro characterization of the secondary structure of the ITS2 region, through patterns of enzymatic digestion and analysis of the generated fragments, in representative species of the three superfamilies of the Calyptratae clade: Glossina morsitans, Musca domestica and Cochliomyia hominivorax. Analyses of the patterns of the fragments generated by enzymatic digestions with the RNAses I, A, T1 and V1, when mapped in the in silico predicted secondary structure, corroborated the folding of most of the domains predicted by computational methods, highlighting the importance and reliability of these methods in secondary structure prediction. Chapter III describes molecular phylogenetic analyses in the Oestroidea superfamily, with emphasis on the Calliphoridae family, using four different molecular markers, two nuclear (ITS2 and 28S) and two mitochondrial (COI and 16S) regions. The analyses, which included a comprehensive evaluation of the effects of different data partitioning strategies in a Bayesian framework (by structural conformation and codon position), revealed the existence of two main clades in Oestroidea: Tachinidae+Mesembrinellinae and Oestridae+Rhiniinae+Sarcophagidae+Calliphoridae (defined in a strict sense). The recently attributed family status to Rhiniinae was confirmed, and there are evidence to also suggest the same for Mesembrinellinae, as previously pointed out by other studies. The different data partitioning strategies used in the sampled dataset resulted in small differences in terms of inferred topologies, estimated branch lengths and average support. Although the overall results indicate a significant increase in phylogeny resolution when more complex and parameter-rich models / partitions combinations are used, they can also lead to an increased uncertainty in the phylogenetic estimation process / Doutorado / Genetica Animal e Evolução / Soutor em Genética e Biologia Molecular