Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Trees native to Brazil, mangaba (Hancornia speciosa Gomes) is a species mainly extractive, occurrence in various regions of the country. The Northeast holds of 99% of all production, being the Sergipe state the largest producer. The potential for the use of the pulp is quite varied, is used for fresh consumption and industrialization of various foods and drinks. The species has been threatened with extinction by several factors that are contributing to reduction of their naturally occurring areas. To enlarge the database for the use and knowledge of the variability of this species, as well as support to its domestication, it is necessary to carry out studies and characterization of genetic diversity. The present work was developed with the purpose to display and evaluate morphological descriptors, physico-chemical and molecular in germplasm of mangaba. The genebank of mangaba (BGmangaba) of Embrapa Coastal Tablelands was implemented in 2006 and has 213 individuals, representing 22 accessions. For morphological and physico-chemical characterization, 21 descriptors were used on 54 plants, from 10 access on fruit-bearing stage. There was wide variation and significance among and with access, without direct relationship with its origins. Fourteen descriptors were considered of significant importance for studies of characterization of mangaba, without loss of information on characterization. The accesses that presented the most significant values were AB, BI, CA, LG, TC, with greater development when compared to the others, the accesses TC, AB, AD, stand out as attractive, due to their physicochemical characteristics and the accesses BI and TC with fruits of larger masses, characteristic of interest for the in natura consumption and agroindustrial processing. All accesses of the BAG were used for molecular characterization and genetic structure, using nine microsatellite markers (SSR). 100% of polymorphism was observed with the use of SSR. 147 alleles were identified, with an average of 16 alleles for loco. Reliability was verified with stress values (0.042) and correlation (0.988). The alleles showed high frequency of heterozygosity (Ho>Ho). Fst values (0.22) and f (0.07) indicated moderate population structure, being presented greater diversity within the traffic. Bayesian analysis indicated a group with k=2, confirmed with the UPGMA. Were formed two distinct groups, grouped according to similarity. The pairs of individuals PM5 and GX2; CN1 and CN9; G18 and PA1; JA14 and JA15; OI8 and OI9, all belonging to the G2 were those closest genetically. The combination of the keywords used in this study, favors the identification of different individuals and with features of interest. The germplasm evaluated has diversity among and within access.The results will collaborate in the conservation of this material strategies and future breeding programs. The proposed descriptors will be used by FAO/Biodiversity. / Frutífera nativa do Brasil, a mangabeira (Hancornia speciosa Gomes) é uma espécie de cultivo predominantemente extrativista, que ocorre em várias regiões do país. A região Nordeste detém 99% de toda a produção, e o estado de Sergipe é o maior produtor. O potencial para o aproveitamento da polpa é bastante variado, é utilizada para o consumo in natura e industrialização de diversos alimentos e bebidas. Para ampliar a base de dados e conhecimento da variabilidade desta espécie, bem como dar suporte à sua domesticação, é necessário que se realizem estudos de caracterização e de diversidade genética. O presente trabalho foi desenvolvido com a finalidade de indicar e avaliar descritores morfológicos, físico-químicos e moleculares em germoplasma de mangaba. O Banco de Germoplasma de Mangaba (BGMangaba) da Embrapa Tabuleiros Costeiros foi implantado em 2006 e possui 213 indivíduos, que representam 22 acessos. Para a caracterização morfológica e físico-química, 21 descritores foram utilizados em 54 plantas, oriundas de 10 acessos em fase de frutificação. Observou-se ampla variação e significância entre e dentro dos acessos, sem relação direta com a sua origem. Quatorze descritores foram considerados de significativa importância para estudos de caracterização de mangabeira, sem perda de informações na caracterização. Os acessos que apresentaram valores mais significativos foram AB, BI, CA, LG TC com maior desenvolvimento quando comparado aos demais, os acessos TC, AB, AD, se destacam como atrativos, por suas características físico-químicas, e os acessos BI e TC com frutos de maiores massas, característica de interesse para o consumo in natura e processamento agroindustrial. Todos os acessos do BGMangaba foram utilizados para a caracterização molecular e estrutura genética, utilizando nove marcadores microssatélites (SSR). Observou-se 100% de polimorfismo com o uso dos SSR. Foram identificados 147 alelos, com média de 16 alelos por loco. A confiabilidade foi verificada com valores de estresse (0,042) e de correlação (0,988). Os alelos apresentaram alta frequência de heterozigosidade (He>Ho). Os valores de Fst (0,22) e de f (0,07) indicaram moderada estrutura populacional, sendo apresentada maior diversidade dentro dos acessos. A análise Bayesiana indicou um agrupamento com k=2, confirmado com o UPGMA. Foram formados dois grupos distintos, agrupados de acordo com a similaridade. Os pares de indivíduos PM5 e GX2; CN1 e CN9; G18 e PA1; JA14 e JA15; OI8 e OI9, todos pertencentes ao G2 foram os mais próximos geneticamente. A combinação dos descritores utilizados nesse estudo, favorece a identificação de indivíduos mais divergentes e com características de interesse. A diversidade entre e dentro dos acessos foi confirmada com as análises moleculares. Os resultados irão colaborar nas estratégias de conservação desse material e futuros programas de melhoramento. A proposta de descritores será utilizada pela FAO/Biodiversity. / São Cristóvão, SE

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:44:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_cristiane_brisolara.pdf: 435276 bytes, checksum: ec757953db838368371dc056217a1761 (MD5) Previous issue date: 2009-12-14 / Analysis of data referring to the tests made on reception of soybean seed harvested on Cereal Ouro farms, a company originally from Rio Grande do Sul, currently installed in Rio Verde/Goiás, during 2007/2008 crop, in order to analyze through the results of the tests conducted by the internal quality control (CIQ), the importance of establishing evaluation parameters used at the reception on the quality of soybean seed lots. The CIQ, an important tool of the company, helps to identify problems and its possible causes and, in decision making, reducing large-scale risks at any stage of the production, since it generated information about the performance potential of the seeds. The evaluations about the quality of soybean seed received in seed processing unit (UBS) included tests of percentage of moisture, percentage of mechanical damage (by testing sodium hypochlorite), percentage of broken seeds, percentage of green seed by sieve size and vigor, and viability, by tetrazolium test. The results were compared to tests done after the formation of the lots, which passed by germination, emergence in sand and tetrazolium tests. Concluding that there is a tendency of soybean seeds maintain high quality during the storage, showing that the quality standards adopted on reception must be strict. / Análise de dados referente aos testes feitos na recepção da semente de soja colhida nas fazendas da Cereal Ouro, empresa originária do Rio Grande do Sul e atualmente instalada em Rio Verde, município do Estado de Goiás, durante a safra 2007/2008, com objetivo de analisar através dos resultados dos testes realizados pelo controle interno de qualidade (CIQ), a importância da determinação de parâmetros de avaliação usados na recepção sobre a qualidade final dos lotes da semente de soja. O CIQ, importante ferramenta da empresa, auxilia na identificação de problemas e suas possíveis causas, e na tomada de decisão, reduzindo em larga escala os riscos em qualquer das fases de produção, pois gera informações detalhadas sobre o potencial de desempenho das sementes. As avaliações da qualidade da semente de soja recebida na unidade de beneficiamento de sementes (UBS) incluíram os testes de percentual de umidade, percentual de dano mecânico (através do teste de hipoclorito de sódio), percentual de sementes quebradas, percentual de sementes esverdeadas por tamanho de peneira e vigor e viabilidade pelo teste de tetrazólio. Os resultados destas avaliações foram comparados aos testes feitos após a formação dos lotes da semente de soja, os quais passaram pelos testes de germinação, emergência em areia e tetrazólio. Concluindo-se que Há uma tendência de as sementes de soja manterem elevada qualidade no armazenamento, evidenciando que os padrões de qualidade adotados na recepção devem ser rigorosos.

[pt] A refatoração de código é uma transformação de código que visa aprimorar a estrutura interna do código. Uma refatoração isolada raramente é suficiente para remover completamente uma estrutura de código ruim, como uma anomalia de código. Os desenvolvedores então aplicam refatorações compostas para remover totalmente uma anomalia de código. Uma refatoração composta consiste em duas ou mais refatorações inter-relacionadas. Um refatoração composta é considerada completa quando elimina totalmente a anomalia de código alvo. Estudos relatam que os desenvolvedores geralmente falham em remover completamente as anomalias de código alvo por meio de refatorações compostas. Refatorações compostas concluídas podem não ser totalmente benéficas para a estrutura do código. Pois, estas podem induzir efeitos colaterais, como a introdução de anomalias de código ou a propagação de anomalias existentes. Há uma compreensão limitada sobre a completude das refatorações compostas e seus possíveis efeitos colaterais. Esta tese investiga como as refatorações compostas removem totalmente as anomalias de código sem induzir efeitos colaterais. Descobrimos que 64 por cento das refatorações compostas completas são formadas por tipos de refatoração não recomendados anteriormente. Dessa forma, derivamos um catálogo de recomendações para apoiar os desenvolvedores na aplicação de refatorações compostas. Na avaliação do catálogo, 85 por cento de 21 desenvolvedores relataram que usariam as recomendações do catálogo e que suas próprias soluções de refatoração teriam induzido efeitos colaterais. Também avaliamos qualitativamente três abordagens existentes para recomendar automaticamente refatorações compostas. Nesse estudo, a maioria (80 por cento) dos 10 desenvolvedores relatou que as abordagens existentes frequentemente induzem efeitos colaterais. No geral, as descobertas e o catálogo proposto podem ajudar os desenvolvedores a realizar refatorações compostas completas. / [en] Code refactoring is a code transformation that aims to enhance the internal code structure. A single refactoring is rarely sufficient to achieve the full removal of a poor code structure, such as a code smell. Developers then apply composite refactorings to fully remove a code smell. A composite refactoring (or, simply, composite) consists of two or more interrelated single refactorings. A composite is considered complete when it fully eliminates the target smell. However, studies report that developers often fail in completely removing target code smells through composites. Even when composite refactorings are complete they may still not be entirely beneficial to the code structure. They may induce side effects, such as the introduction of new smells or the propagation of existing ones. There is a limited understanding of the completeness of composite refactorings and their possible effects on structural quality. This thesis investigates whether and how composite refactorings fully remove smells without inducing side effects. We found that 64 per cent of complete composites in several software projects are formed of refactoring types not previously recommended in the literature. Based on this study, we derived a catalog of recommendations for supporting developers in applying composite refactorings. Out of twenty one developers evaluating our catalog, 85 per cent reported that they would use the catalog recommendations and that their own refactoring solutions would have induced side effects. We also qualitatively evaluated three existing approaches to automatically recommend composite refactorings. In our study with ten developers, most (80 per cent) developers reported that existing approaches frequently induce side effects. Overall, the findings and the proposed catalog can help developers to perform complete composite refactorings with better awareness of possible side effects.

[pt] Mesmo com o processo de refatoração sendo investigado cada vez mais nos últimos anos, muitas de suas características se mantém pouco compreendidas. Refatoração de software é o processo de melhorar a manutenibilidade de um sistema por meio de mudanças estruturais que não alteram seu comportamento. Estudos recentes revelaram que projetos de software frequentemente recebem refatorações compostas. Em tais refatorações, desenvolvedores aplicam uma série de transformações únicas em conjunção e em um único commit, e se espera que estas refatorações tenham um efeito maior e mais positivo do que refatorações singulares. Porém, refatorações frequentemente causam mudanças que ou mantém a qualidade do software da mesma forma, ou causam a piora do mesmo, levando trabalhos recentes a procurar causas em potencial para este comportamento. Porém, o porquê da complexidade destas mudanças compostas frequentemente afetarem seus resultados de alguma forma positiva ou (inesperadamente) negativa continua não investigado. O mesmo ocorre com o potencial efeito das preocupações dos desenvolvedores durante a aplicação de refatorações. Sobre estas preocupações, alguns trabalhos anteriores foram desenvolvidos em torno da caracterização e detecção de discussões de desenvolvedores relacionadas a refatorações. Porém, não se sabe se e como estas preocupações de desenvolvedores com refatorações, tornando-se explícitas em tais discussões, podem influenciar os efeitos de refatorações em um sistema. Portanto, este trabalho apresenta dois estudos com o objetivo de preencher a lacuna no conhecimento de que causas levam aos efeitos não-positivos frequentemente encontrados em refatorações, procurando entender: (i) se refatorações mais complexas realmente são mais efetivas do que refatorações simples, como esperado; (ii) em que situações desenvolvedores tendem a explicitar suas preocupações com refatoração do código; e (iii) qual é o impacto de tais preocupações na efetividade de uma refatoração em melhorar a qualidade estrutural do código. Nós analisamos estas características e atingimos os seguintes resultados: Primeiro, conforme a complexidade das refatorações aumenta, a efetividade das mesmas aumenta conjuntamente. Segundo, há uma relação entre a efetividade de refatorações e preocupações explícitas com refatorações, onde a possibilidade de efeitos negativos é menor quando desenvolvedores estão explicitamente preocupados com refatoração. Finalmente, desenvolvedores tendem a explicitar mais frequentemente suas preocupações com o processo de refatoração quando deparados com tarefas de refatoração mais complexas. / [en] Even though the refactoring process has been increasingly investigated in the last years, many of its characteristics remain poorly understood. Software refactoring is the process of improving the maintainability of a system through structural changes that do not alter its behaviour. Recent studies revealed that software projects frequently have to undergo composite refactorings. In such refactorings, developers perform a series of single transformations in conjunction and in a single commit, which are expected to have a larger and more positive impact than single refactorings. However, refactorings frequently cause changes that either keep the software quality the same, or cause it to worsen, which lead recent works to look for potential causes of this behavior. However, the complexity of these composite changes often affecting their outcomes in some positive or (unexpectedly) negative way remains not investigated, much like the developers concerns while performing refactoring. For the latter, some previous work was performed around characterizing and detecting refactoring-related developer discussions. However, it is unknown whether and how developers refactoring concerns made explicit in such discussions can influence the refactorings effects on a system. Thus, this work reports two studies aimed at bridging some of those gaps in knowledge in which causes lead to the non-positive effects frequently found in refactoring, by understanding: (i) if more complex refactorings are indeed more effective than simple refactorings, as one would expect; (ii) in which situations developers tend to have explicit concerns while refactoring the code; and (iii) what is the impact of such concerns on the effectiveness of a refactoring to improve structural quality. We analyze these characteristics and reach the following results: First, as refactoring complexity increases, the effectiveness of such refactorings increases as well. Second, there is a relationship between refactoring effectiveness and explicit refactoring concerns, in which the possibility of negative effects is lower when developers are explicitly concerned about refactoring. Finally, developers tend to be more explicit about their concerns on the refactoring process when they are faced with more complex refactoring tasks.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-08-09T22:42:29Z No. of bitstreams: 1 FelipeAlvesPereiraPinto_TESE.pdf: 3382982 bytes, checksum: 85ac4517804b6893a9d66c8dc3ea1c78 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-08-10T21:37:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 FelipeAlvesPereiraPinto_TESE.pdf: 3382982 bytes, checksum: 85ac4517804b6893a9d66c8dc3ea1c78 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-10T21:37:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FelipeAlvesPereiraPinto_TESE.pdf: 3382982 bytes, checksum: 85ac4517804b6893a9d66c8dc3ea1c78 (MD5) Previous issue date: 2015-11-18 / The maintenance and evolution of software systems have become a critical task over the last years due to the diversity and high demand of features, devices and users. The ability to understand and analyze how newly introduced changes impact the quality attributes of the architecture of those software systems is an essential prerequisite for avoiding the deterioration of the engineering quality of them during their evolution. This thesis proposes an automated approach for the deviation analysis of the quality attribute of performance in terms of execution time (response time). It is implemented by a framework that adopts dynamic analysis and mining software repository techniques to provide an automated way to revel potential sources - commits and issues - of performance deviation in scenarios of an evolving software system. The approach defines four phases: (i) preparation - choosing the scenarios and preparing the target releases; (ii) dynamic analysis - determining the performance of scenarios and methods by calculating their execution time; (iii) deviation analysis - processing and comparing the results of the dynamic analysis for different releases; and (iv) repository mining - identifying development issues and commits associated with performance deviation. Several empirical studies have been developed to assess the approach from different perspectives. An initial study shows the feasibility of the approach to support traceability of quality attributes with static analysis. An exploratory study analyzed the usefulness and domain independence of the proposal in automatically identifying source code assets with performance deviation and the changes that have affected them during an evolution. This study was performed using three systems: (i) SIGAA - a web academic management system; (ii) ArgoUML - an UML modeling tool; and (iii) Netty - a network application framework. A third study has performed an evolutionary analysis of applying the approach to multiple releases of Netty, and the web frameworks Wicket and Jetty. It has analyzed twenty-one releases (seven releases of each system) and addressed a total of 57 scenarios. Overall, we have found 14 scenarios with significant performance deviation for Netty, 13 for Wicket, and 9 for Jetty. In addition, the feedback obtained from an online survey with eight developers of Netty, Wicket and Jetty is also discussed. Finally, in our last study, we built a performance regression model in order to indicate the properties of code changes that are more likely to cause performance degradation. We mined a total of 997 commits, of which 103 were retrieved from degraded code assets, 19 from optimized, while 875 had no impact on execution time. Number of days before release and day of week were the most relevant variables of commits that cause performance degradation in our model. The receiver operating characteristic (ROC) area of our regression model is 60%, which means that deciding if a commit will cause performance degradation or not by using the model is 10% better than a random guess. / A manuten??o e evolu??o de sistemas de software tornou-se uma tarefa bastante cr?tica ao longo dos ?ltimos anos devido ? diversidade e alta demanda de funcionalidades, dispositivos e usu?rios. Entender e analisar como novas mudan?as impactam os atributos de qualidade da arquitetura de tais sistemas ? um pr?-requisito essencial para evitar a deteriora??o de sua qualidade durante sua evolu??o. Esta tese prop?e uma abordagem automatizada para a an?lise de varia??o do atributo de qualidade de desempenho em termos de tempo de execu??o (tempo de resposta). Ela ? implementada por um framework que adota t?cnicas de an?lise din?mica e minera??o de reposit?rio de software para fornecer uma forma automatizada de revelar fontes potenciais ? commits e issues ? de varia??o de desempenho em cen?rios durante a evolu??o de sistemas de software. A abordagem define quatro fases: (i) prepara??o ? escolher os cen?rios e preparar os releases alvos? (ii) an?lise din?mica ? determinar o desempenho de cen?rios e m?todos calculando seus tempos de execu??o? (iii) an?lise de varia??o ? processar e comparar os resultados da an?lise din?mica para releases diferentes? e (iv) minera??o de reposit?rio ? identificar issues e commits associados com a varia??o de desempenho detectada. Estudos emp?ricos foram realizados para avaliar a abordagem de diferentes perspectivas. Um estudo explorat?rio analisou a viabilidade de se aplicar a abordagem em sistemas de diferentes dom?nios para identificar automaticamente elementos de c?digo fonte com varia??o de desempenho e as mudan?as que afetaram tais elementos durante uma evolu??o. Esse estudo analisou tr?s sistemas: (i) SIGAA ? um sistema web para ger?ncia acad?mica? (ii) ArgoUML ? uma ferramenta de modelagem UML? e (iii) Netty ? um framework para aplica??es de rede. Outro estudo realizou uma an?lise evolucion?ria ao aplicar a abordagem em m?ltiplos releases do Netty, e dos frameworks web Wicket e Jetty. Nesse estudo foram analisados 21 releases (sete de cada sistema), totalizando 57 cen?rios. Em resumo, foram encontrados 14 cen?rios com varia??o significante de desempenho para Netty, 13 para Wicket e 9 para Jetty. Adicionalmente, foi obtido feedback de oito desenvolvedores desses sistemas atrav?s de um formul?rio online. Finalmente, no ?ltimo estudo, um modelo de regress?o para desempenho foi desenvolvido visando indicar propriedades de commits que s?o mais prov?veis a causar degrada??o de desempenho. No geral, 997 commits foram minerados, sendo 103 recuperados de elementos de c?digo fonte degradados e 19 de otimizados, enquanto 875 n?o tiveram impacto no tempo de execu??o. O n?mero de dias antes de disponibilizar o release e o dia da semana se mostraram como as vari?veis mais relevantes dos commits que degradam desempenho no nosso modelo. A ?rea de caracter?stica de opera??o do receptor (ROC ? Receiver Operating Characteristic) do modelo de regress?o ? 60%, o que significa que usar o modelo para decidir se um commit causar? degrada??o ou n?o ? 10% melhor do que uma decis?o aleat?ria.