Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-04-11T14:56:43Z No. of bitstreams: 1 2016_ElianeLuizFreitas.pdf: 3734175 bytes, checksum: 9f2f03e6b1acaf4ee103ce293df08789 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-04-11T16:57:27Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_ElianeLuizFreitas.pdf: 3734175 bytes, checksum: 9f2f03e6b1acaf4ee103ce293df08789 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-11T16:57:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_ElianeLuizFreitas.pdf: 3734175 bytes, checksum: 9f2f03e6b1acaf4ee103ce293df08789 (MD5) / A ordem Passeriformes agrupa cerca de 60% das espécies de aves. É uma das ordens com maior dificuldade na compreensão das relações filogenéticas entre os táxons devido às mínimas diferenças morfológicas, que estendem-se para famílias e gêneros. O gênero Elaenia é composto por 18 espécies e 38 subespécies, as quais apresentam morfologia uniforme, de coloração basicamente verde-oliva e com poucas variações entre cristas projetadas e pouca coloração branca ou amarela nestas cristas. Estas espécies estão amplamente distribuídas nas Américas sendo que muitas delas apresentam grande área de sobreposição de suas distribuições. A dificuldade de diferenciação morfológica entre alguns táxons deste gênero, torna a identificação destas espécies uma tarefa difícil em áreas de simpatria. Além disso, a possível ocorrência de híbridos pode dificultar ainda mais a diferenciação destes táxons. Diante disso, este trabalho teve por objetivo verificar o nível de diferenciação morfométrica e a existência de híbridos entre três espécies do gênero Elaenia: E. cristata, E. chiriquensis e E. flavogaster. Para as análises morfométricas, foram amostrados 636 indivíduos das três espécies alvo deste estudo. Foram coletadas seis medidas morfológicas de cada indivíduo. O nível de diferenciação morfométrico das espécies foi verificado pelos testes de variância multivariada – MANOVA, análise de variância – ANOVA seguida de teste de Tukey, análise discriminante linear – LDA e construção e validação do modelo de atribuição. Erros de identificação e possíveis híbridos foram investigados por meio da análise da variação de sequências do gene mitocondrial ND2. Para tanto, foram selecionados 99 indivíduos das três espécies alvo amostrados em campo. Morfometricamente, houve diferença estatística significativa quando E. chiriquensis foi comparada à E. cristata e E. flavogaster. O modelo de atribuição teve performance de acerto de 83% de atribuições corretas para a espécie E. chiriquensis, 81% para E. flavogaster e 76% para E. cristata. As reconstruções filogenéticas por Máxima Verossimilhança e por Inferência Bayesiana indicam que as três espécies constituem linhagens independentes. A estimativa do tempo de divergência entre as linhagens foi de aproximadamente 7,82 milhões de anos para E. cristata, 3,91 milhões de anos para E. flavogaster e 3,39 milhões de anos para E. chiriquensis. Alguns indivíduos identificados morfologicamente em campo como E. flavogaster e E. cristata, mostraram compartilhamento de haplótipos para o gene mitocondrial ND2 referente à linhagem de E. chiriquensis. Erros de identificação, ocorrência de híbridos ou possível dimorfismo sexual podem ser explicações para estes casos. _______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Passeriformes order has about 60% of all bird species. This order is one of the most difficult to understand the phylogenetic relationships among taxa due to minimal morphological differences, these difficulties extend to families and genera. The Elaenia genus composed of 18 species and 38 subspecies, which shown uniform morphology, characterized by olive coloring and little variation in the color of the crest, ranging from white to yellow. These species are widely distributed in the Americas, many of which has large area of overlap of their distributions. The difficulty of morphological differentiation between some taxa of this genus makes identification of these species a difficult task in areas of sympatric. Furthermore, the possible occurrence of hybrids can further complicate the differentiation of these taxa. This study aims to determine the level of morphometric and hybrid occurrence between three species of the genus Elaenia: E. cristata, E. chiriquensis and E. flavogaster. For morphometric analysis, we collected 636 individuals of the three species. Six morphological measurements of each individual were performed. The level of morphometric differentiation of species was identified by multivariate variance Tests - MANOVA, analysis of variance - ANOVA followed by Tukey's test, linear discriminant analysis - LDA, construction and validation of the attribution model. Misidentification and possible hybrids were investigated by analyzing the sequence variation of mitochondrial gene ND2, we selected 99 individuals from the three target species sampled in the field. There was a statistically significant morphometric difference between E. chiriquensis and E. cristata and E. flavogaster. The attribution model had 83% correct performance of correct assignments for E. chiriquensis, 81% for E. flavogaster and 76% for E. cristata. Phylogenetic reconstructions were created using maximum likelihood and Bayesian Inference. Results indicated independents lineages for all three species. The estimated time of divergence between the lineages was approximately 7.82 million years for E. cristata, 3.91 million years for E. flavogaster and 3.39 million years for E. chiriquensis. Some individuals morphologically identified in the field as E. flavogaster and E. cristata shared the same haplotype for E. chiriquensis lineage for mitochondrial gene ND2. Misidentification, hybrids occurrence or possible sexual dimorphism may be explanations for these cases.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000423353-Texto+Completo-0.pdf: 12113877 bytes, checksum: 1519b3672c119c105e4ed307af262825 (MD5) Previous issue date: 2010 / The family Rhinocryptidae (Class Aves, Order Passeriformes, Suborder Tyranni, Infraorder Furnariides) comprises small passerine birds which are exclusively Neotropical in distribution. Presently 12 genera are included in this group, most of which are monotypic: Liosceles (monotypic), Psilorhamphus (monotypic), Merulaxis (two included species), Eleoscytalopus (two included species), Myornis (monotypic), Eugralla (monotypic), Scytalopus (38 included species), Pteroptochos (three included species), Scelorchilus (two included species), Acropternis (monotypic), Rhinocrypta (monotypic) and Teledromas (monotypic). According to a recent phylogenetic study of the entire infraorder Furnariides using RAG-1 and RAG-2 genes, the family comprises two main clades, each being recognized as subfamilies. The study reported here focused on a phylogenetic analysis of the Rhinocryptidae on the basis of morphological characters. The entire skeleton and the syrinx of representatives of all 12 genera, among which the type-species of four out of five politypic genera, as well as 16 outgroup taxa (representing each of the remaining families of Furnariides), were examined for discrete characters. The final data matrix contained 41 taxa and 88 characters (60 osteological and 28 syringeal), and this entire dataset was analysed under the parsimony optimality criterion using computer programs of cladistic analysis. This analysis recovered 3,714 maximally parsimonious trees of 222 steps, consistency index of 0. 50 and retention index of 0. 84. Monophyly of the Rhinocryptidae was recovered in all trees and this hypothesis obtained high support (Goodman-Bremer support = 8). The strict consensus of the optimal trees showed a complete internal resolution at the genus level for the family, of which all politypic genera were recovered as monophyletic.On the other hand, there was no internal resolution of relationships in the genus Scytalopus. The first basal divergence within the family was between Liosceles and the remaining genera, and the next dichotomy occurred between the clade (Psilorhamphus (Merulaxis + Eleoscytalopus)) and a group composed by all other genera. Of these, Acropternis was recovered as a basal taxon, followed by the branch Rhinocrypta + Teledromas which, in turn, was basal to a clade with the topology ((Pteroptochos + Scelorchilus) (Eugralla (Myornis + Scytalopus))). For completeness, a combined (total evidence) analysis of the morphological data presented here and the RAG-1 / RAG-2 dataset from the study mentioned above was conducted. Although the monophyly of the Rhinocryptidae was recovered again, internally the strict consensus of the 198 optimal trees was largely unresolved both relative to the morphological hypothesis described above and the original molecular hypothesis: the genera Psilorhamphus, Liosceles and the clades Pteroptochos + Scelorchilus, Acropternis + Teledromas + Rhinocrypta, Merulaxis + Eleoscytalopus and Myornis + Eugralla + Scytalopus formed a polytomy. These results did not support the division of the family into the subfamilies Rhinocryptinae and Scytalopodinae. A classification based on the results of the morphological phylogeny is developed for the family. / A família Rhinocryptidae (Classe Aves, Ordem Passeriformes, Subordem Tyranni, Infraordem Furnariides) compreende aves de pequeno porte exclusivamente Neotropicais. São reconhecidos 12 gêneros na família, a maioria monotípicos, a saber: Liosceles (monotípico), Psilorhamphus (monotípico), Merulaxis (duas espécies), Eleoscytalopus (duas espécies), Myornis (monotípico), Eugralla (monotípico), Scytalopus (38 espécies), Pteroptochos (três espécies), Scelorchilus (duas espécies), Acropternis (monotípico), Rhinocrypta (monotípico) e Teledromas (monotípico). Segundo uma recente análise filogenética de toda a infraordem Furnariides usando os genes RAG-1 e RAG-2, a família compreenderia dois clados principais, cada qual reconhecível como uma subfamília. O presente estudo teve como foco a realização de uma análise filogenética com base em caracteres morfológicos envolvendo todos os gêneros da família e o maior número possível de espécies. Para tanto, foram levantados caracteres da siringe e do esqueleto em representantes dos 12 gêneros da família, entre os quais as espécies-tipo de quatro dos cinco gêneros politípicos, bem como de 16 táxons escolhidos como grupo externo, representando cada uma das demais famílias da infraordem Furnariides. Foi gerada uma matriz com 41 táxons e 60 caracteres do esqueleto e 28 da siringe, sendo essa matriz submetida à análise de parcimônia por meio de programas computacionais de análise cladística. Dessa análise, foram obtidas 3. 714 árvores maximamente parcimoniosas com 222 passos, índice de consistência de 0,50 e índice de retenção de 0,84. O monofiletismo dos Rhinocryptidae, como atualmente entendidos (i. e. , com a exclusão de Melanopareia), foi recuperado e obteve alto suporte (índice de Goodman-Bremer = 8), sendo sustentado por oito sinapomorfias.A resolução interna à nível de gênero foi completa e todos os gêneros politípicos comportaram-se como monofiléticos. Por outro lado, não houve resolução alguma dentro do único gênero representado por mais de duas espécies na análise (Scytalopus) com todos os táxons compondo uma única grande politomia. A divergência mais basal dentro dos Rhinocryptidae ocorreu entre Liosceles e os demais gêneros, e a dicotomia seguinte ocorreu entre o ramo (Psilorhamphus (Merulaxis + Eleoscytalopus)) e um grupo formado pelos demais oito gêneros da família. Destes últimos, Acropternis é o táxon mais basal, seguido pelo clado Rhinocrypta + Teledromas o qual, por sua vez, é basal a um clado apical com o arranjo interno ((Pteroptochos + Scelorchilus) (Eugralla (Myornis + Scytalopus))). À título de complementaridade, foi efetuada uma análise combinada (evidência total) dos dados morfológicos do presente trabalho com os dados moleculares (RAG-1 e RAG-2) do estudo mencionado acima. Embora os Rhinocryptidae tenham permanecido monofiléticos nessa análise, internamente houve uma perda de resolução tanto em relação à hipótese morfológica acima descrita quanto em relação a hipótese molecular original, com Psilorhamphus, Liosceles e os clados Pteroptochos + Scelorchilus, Acropternis + Teledromas + Rhinocrypta, Merulaxis + Eleoscytalopus e Myornis + Eugralla + Scytalopus formando uma politomia. Esses resultados não corroboram a divisão dos Rhinocryptidae nas subfamílias Rhinocryptinae e Scytalopodinae. Uma classificação baseada nos resultados da análise morfológica é desenvolvida para a família.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ecologia, 2016. / Submitted by Camila Duarte (camiladias@bce.unb.br) on 2016-07-21T12:55:38Z No. of bitstreams: 1 2016_NadiaRominaCardozoEscobar.pdf: 2821361 bytes, checksum: 601571d77cf3f07b6973b59ee1d35c64 (MD5) / Approved for entry into archive by Ruthléa Nascimento(ruthleanascimento@bce.unb.br) on 2017-03-06T19:11:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_NadiaRominaCardozoEscobar.pdf: 2821361 bytes, checksum: 601571d77cf3f07b6973b59ee1d35c64 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-06T19:11:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_NadiaRominaCardozoEscobar.pdf: 2821361 bytes, checksum: 601571d77cf3f07b6973b59ee1d35c64 (MD5) / O Chaco paraguaio, que faz parte da diagonal de formações abertas de América do Sul, destaca-se por ter sofrido a maior supressão de vegetação nativa nos últimos anos. A ocupação da paisagem se traduz em perda de hábitat para as aves endêmicas, aspecto que é agravado pela fragmentação e perda de conectividade. O objetivo geral deste estudo foi mapear os sítios potenciais para conservação das aves endêmicas baseados na fragmentação e conectividade da paisagem, resultado da dinâmica de cobertura da terra no Chaco paraguaio. Para o primeiro capítulo o objetivo foi analisar espacial e temporalmente as mudanças de cobertura da terra entre 1995-2014 e verificar se a legislação é cumprida. Foram utilizadas imagens dos satélites Landsat 5 e 8 para gerar mapas de mudança de cobertura da terra das primeira e segunda trajetórias (1995-2005 e 2005-2014, respectivamente), a fim de avaliar as mudanças na paisagem e seu impacto sobre as áreas protegidas públicas (APs). As mudanças na cobertura foram quase triplicadas na segunda trajetória, 0,74%-1,99%, que foi determinada por drivers em escalas locais, regionais e globais. A paisagem está conectada por quebra-ventos e no Chaco Central a conectividade é ameaçada pela perda dos mesmos. Além disso, foram identificados parcelas de desmatamento dentro das APs, cujos limites foram ameaçados por mudanças de cobertura da terra ocorrendo a uma distância de até 1 km, indicando que as zonas de proteção não funcionam como uma área de prevenção. A falta de planejamento para mudanças ameaça a conectividade da paisagem para a biodiversidade, e a falta de incentivos para a conservação expõem ao Chaco paraguaio às consequências ecológicas da conversão de terras em ambientes semi-áridas. Para o segundo capitulo nosso principal objetivo foi avaliar sítios potenciais para a conservação das aves endémicas com base na riqueza da comunidade e fragmentação da paisagem no Chaco paraguaio. Nós modelamos a distribuição de aves endêmicas e foram identificadas as regiões com maior riqueza, combinando o mapa resultante com o da cobertura do solo de 2014, excluindo a área perdida pelo desmatamento. Foram caracterizados os fragmentos da paisagem com potencial para abrigar populações estáveis e foi aplicado um índice de conectividade entre eles com base em uma abordagem de menor custo. A região com a maior riqueza de aves foi o Chaco Seco, que também é a região com a maior perda de habitat. Fragmentos são maiores na região Norte, que é composta principalmente de APs, enquanto os fragmentos menores, composta principalmente por quebra-ventos, foram concentrados no Chaco Central, uma região altamente antropogênica. As ligações entre faixas de vegetação são favorecidos no Norte devido à proximidade entre eles, enquanto, no Chaco Central foram consideradas ligações fracas devido a taxas de isolamento mais elevadas. Os sítios potenciais para a conservação são representados por clusters no Norte e lugares potenciais para restauração e de manejo estão em Central Chaco. Nosso estudo permitiu o mapeamento da paisagem do Chaco paraguaio, bem como a identificação de locais com alta importância biológica. Estas áreas podem ser usadas como base para novas políticas de zoneamento que promovam a criação de estratégias para a conectividade da paisagem. / The Paraguayan Chaco is a region with endemic birds divided into five ecoregions: Wet Chaco, Dry Chaco, Pantanal, Médanos and Cerrado, threatened by high rates of land cover conversion. The aim of this study was to map the potential sites for conservation of endemic birds based on fragmentation and connectivity of the landscape as a result of land cover dynamics in the Paraguayan Chaco. For the first charter was analyzed the spatial-temporal land cover changes between 1995-2014, and verified whether the legislation is being complied with. Was used Landsat 5 and 8 imagery to generate maps of the first and second trajectories of land cover change (1995-2005 and 2005-2014 respectively) in order to evaluate local landscape changes and their impact on public protected areas. Changes in cover almost tripled in the second trajectory, from 0.74% to 1.99%, which was determined by drivers at local, regional and global scales. The landscape is connected by windbreaks, but least so in the Central Chaco, where connectivity is threatened. Moreover, we identified plots which were converted into Protected Areas, but whose boundaries were threatened by subsequent land cover changes taking place at a distance of up to 1 km, indicating that the buffer zones are not working as a prevention area. The lack of planning for landscape changes threatens landscape connectivity for biodiversity, and the lack of incentives for conservation expose the Paraguayan Chaco to the ecological consequences of land conversion in semi-arid environments. For the second charter our main goal was to evaluate potential sites for the conservation of endemic birds based on community richness and landscape fragmentation in the Paraguayan Chaco. We modeled the distribution of endemic birds, identified the regions with higher richness, and crossed the resulting map with that of the 2014 land cover, excluding the area lost by deforestation. We characterized the landscape fragments with potential to harbor stable populations and measured a connectivity index between them based on a least-cost approach. The region with the greatest richness of birds was the Dry Chaco, which is also the region with the greatest loss of habitat. Fragments are larger in the Northern region, which is comprised primarily of protected areas, while the smaller fragments, mainly composed of windbreaks, were concentrated in the Central Chaco, a highly anthropogenic region. The connections between patches are favored in the North because of the proximity between them, while in the Central Chaco they were considered weak connections due to higher isolation rates. Potential sites for conservation are represented by clusters in the North, and noteworthy sites for restoration are in Central Chaco. Our study allowed the mapping of the Paraguayan Chaco landscape and the identification of sites with high biological significance. These areas can be used as a basis for new zoning policies that promote and create strategies for landscape connectivity.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000383016-Texto+Completo-0.pdf: 3072217 bytes, checksum: f0908c89e821c622afedebebe9114f90 (MD5) Previous issue date: 2005 / Scytalopus is a taxonomically difficult bird genus due to the low morphological differentiation among the species. Identification and species delimitation have been done basically by geographic distribution and bioacustic data, but these approaches are not enough to solve these issues as well as have not produced a consistent picture of their phylogeny. Besides, some species of the group are endemic and present conservation issues. This study intended to study the evolution of the Brazilian Scytalopus, including phylogeny and species delimitation. We studied all five known Brazilian species (S iraiensis, S. novacapitalis, S. speluncae, S. indigoticus and S. psychopompus) and two new species: S. sp. nov. 1 from Serra do Espinhaço and S. sp. nov. 2 from southern Brazil (both are being described elsewhere). Fragments of the genes ND2 and cytochrome b, and control region of the mitochondrial DNA obtained (approximately 1300 base pairs) were analysed using methods as distance, maximum likelihood, maximum parsimony. Brazilian Scytalopus were divided into two clades: (1) S. indigoticus/S psychopompus, (2) S. speluncae, S. iraiensis, S. novacapitalis and the two new species. S. speluncae was subdivided into three very divergent (about 10% in ND2) clades: (1) S. speluncae northern group, (2) S. speluncae southern group and (3) the specimen from Serra da Ouricana Mountain, in Bahia State. These latter two clades likely represent two different new species.The taxonomic status of S. psychopompus as a valid species was corroborated as it represents a clade of haplotypes with 8. 4% (ND2) sequence divergence of S. indigoticus (its sister species). The genetic diversity of Scytalopus sp. nov. 2 from southern Brazil is structured in three geographic groups, consisting of distinct evolutionary units. The status of the new species suggested in this study (from Serra da Ouricana and southern S. speluncae) is consistent with morphology and bioacoustic data. The results presented here, mainly the discovery of new species and corroboration of the specific status of others would help the design of conservation strategies for this neglected group. / Em decorrência da grande semelhança morfológica e da condição críptica de algumas de suas espécies o gênero Scytalopus representa um dos grupos de aves de taxonomia mais difícil. Até o presente, a identificação das espécies vinha sendo obtida basicamente através de sua distribuição geográfica e bioacústica, o que se mostrou pouco efetivo para o conhecimento mais detalhado das espécies e suas relações. Com este estudo pretende-se conhecer as relações filogenéticas das espécies brasileiras de Scytalopus, até então indefinidas, e colaborar para o reconhecimento de novas espécies. Foram estudadas as cinco espécies descritas atualmente: S iraiensis, S. novacapitalis, S. speluncae, S. indigoticus e S. psychopompus e duas espécies novas sendo descritas: S. sp. nov. 1 da Serra do Espinhaço e S. sp. nov. 2 do sul do Brasil. Foram analisados os segmentos dos genes mitocondrial ND2, citocromo b e da região controle utilizando-se métodos de Distância, Máxima Parcimônia e Máxima Verossimilhança, resultando em uma hipótese filogenética consistente. As espécies de Scytalopus brasileiras apresentam-se divididas em dois grandes grupos: (1) S. indigoticus/psychopompus; (2) S. speluncae lato sensu, compreendendo as espécies S. speluncae, S. iraiensis, S. novacapitalis e as duas espécies novas. Scytalopus speluncae stricto sensu mostrou-se subdividida em três clados geograficamente estruturados: (1) ao norte, (2) ao sul da distribuição e (3) um indivíduo amostrado na Serra da Ouricana (BA). Estes clados muito provavelmente representam três diferentes espécies, sendo duas novas (sul e da Serra de Ouricana). Corroborou-se a validade do status específico de S. psychopompus, que apresentou divergência genética de 8,4% (ND2) de sua espécie irmã (S. indigoticus). A espécie S. sp. nov. 2, apresentou-se subdividida em três populações genética e geograficamente diferenciadas, constituindo assim unidades evolutivas distintas.A filogenia e as delimitações de espécies novas propostas neste estudo, são corroboradas por evidências morfológicas e bioacústicas obtidas em campo por especialistas. Além da contribuição para sistemática, os resultados poderão auxiliar diretamente na conservação destas espécies, pois existe um consenso na literatura que uma incorreta taxonomia pode levar a decisões errôneas na conservação. Um exemplo claro disto é o indivíduo de S. speluncae da Serra da Ouricana (espécie nova a ser descrita), que pertence a uma população isolada, de local problemático para conservação, com várias outras espécies endêmicas ameaçadas, necessitando de medidas imediatas de conservação.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ecologia, 2015. / Os Pipridae são pequenos pássaros frugívoros de sub-bosque que habitam ambientes florestais da região Neotropical. Esta família se destaca por apresentar um sistema de acasalamento em leques poligínicos, com displays de corte, sons não vocais (“mecânicos”) e elaborada plumagem ornamental dos machos (Prum 1998). Apresentam a maior diversidade na região Amazônica com mais da metade das espécies encontradas no Brasil (ao norte do rio Negro e entre os rios Xingu e Purus) e entre os rios Madre de Dios, na Bolívia e Marañon, ao norte do Peru (Snow 2004). Neste estudo investigou-se, por meio da análise de fragmentos do gene mitocondrial ND2 (subunidade 2 da NADH desidrogenase), a estrutura populacional de quatro espécies de Pipridae (Machaeropterus pyrocephalus, Lepidothrix nattereri, Ceratopipra rubrocapilla e Pipra fasciicauda) na região de contato do bioma Amazônico com o bioma Cerrado, incluindo também, áreas de Cerrado e de floresta Amazônica. Para as três primeiras espécies de Pipridae, as análises genéticas foram conduzidas com o intuito de determinar o modelo de estruturação populacional que as mesmas apresentaram na região de ecótono. Para isso, a variabilidade genética, grau de isolamento, fluxo gênico e distância genética entre as subpopulações destas espécies foram analisadas, bem como sua demografia histórica. A população de M. pyrocephalus apresentou-se fortemente subdividida entre a região de transição leste (alto rio Xingu) e oeste (sub-bacia do rio Guaporé e Juruena) e exibiu uma estrutura populacional em conformidade com o modelo de metapopulações, com baixas taxas de migração e isolamento pela distância. Entretanto, em direção às áreas de Cerrado, a migração foi bem mais acentuada, ocorrendo de modo mais restrito no sentido oposto. Com isso, os haplótipos constatados nas regiões de transição leste e oeste também estiveram presentes no Cerrado. Nesta região, não foram detectados haplótipos exclusivos, somente aqueles compartilhados com as áreas de transição dos extremos leste e oeste dos estados de Mato Grosso e Rondônia. Estas evidências sugerem a relevância das áreas amazônicas para a diversidade genética das subpopulações de M. pyrocephalus, situadas no Cerrado. Moderada estruturação genética foi evidenciada em L. nattereri, que também exibiu características concordantes com o modelo de metapopulações. Em C. rubrocapilla não houve subdivisão entre as regiões de transição leste e oeste em decorrência da combinação entre as maiores taxas de migração e menor tamanho populacional efetivo (do que L. nattereri). A organização espacial desta espécie, na região de transição, apresentou-se em conformidade com o modelo de populações em manchas, com taxas mais elevadas de migração entre as subpopulações, formando um único agrupamento genético. As diferenças quanto à estrutura populacional destas aves podem ser consequência de suas particularidades ecológicas, tais como, maior associação ao ambiente de sub-bosque (em M. pyrocephalus - particularmente durante sua fase juvenil); dieta insetívora e menor massa corporal (em L. nattereri); habitat- generalista e maior massa corporal (em C. rubrocapilla). Todos estes fatores relacionam-se à vagilidade e, indiretamente, à habilidade de dispersão das aves. As características apresentadas pelas duas primeiras espécies estão vinculadas a uma menor vagilidade, o que pode conduzir à estruturação populacional. As características apresentadas pela última são comuns em espécies com maior vagilidade, o que pode direcionar para uma ausência de estruturação genética, dependendo do tamanho efetivo da população. No caso de C. rubrocapilla, a não subdivisão populacional ocorreu devido à combinação de uma taxa de migração ligeiramente mais elevada com um menor tamanho populacional efetivo. Em Pipra fasciicauda, ao se realizar as primeiras estimativas de variabilidade genética, verificou-se que suas populações se encontravam altamente diferenciadas e, portanto, deveriam ser avaliadas de modo diferenciado, com o uso de outras ferramentas de análise, que permitissem melhor investigar o nível de diferenciação destas populações. Deste modo, com a reconstrução das relações evolutivas dos espécimes, por meio dos métodos de máxima verossimilhança e de inferência Bayesiana, verificou-se a existência de duas linhagens notoriamente distintas, uma encontrada na região de ecótono, no oeste do estado de Mato Grosso e sudeste do estado de Rondônia, no cerrado ao sul do estado de Mato Grosso e no Pantanal, situado no sudoeste do estado de Mato Grosso (linhagem Sul-Oeste). A outra, detectada na região de ecótono no nordeste do estado de Mato Grosso, cerrado no noroeste do Estado de Tocantins e na região Amazônica e no estado do Pará (linhagem Norte-Leste). Estas linhagens devem corresponder às subespécies P. f. calamae (linhagem Sul-Oeste) e P. f scarlatina (linhagem Norte-Leste) e possivelmente, se separaram durante o período do Pleistoceno. As análises de demografia histórica indicaram que a linhagem Sul-Oeste apresentou sinais de expansão populacional e sua rede haplotípica demonstrou que também teria sofrido uma expansão em sua distribuição, alcançando a região da linhagem Norte-Leste. Por último, também foi avaliado, o papel do médio rio Araguaia na estruturação genética das subpopulações da linhagem Norte-leste. A ausência de estruturação genética e o compartilhamento de haplótipo entre as subpopulações oriundas de margens opostas do médio rio Araguaia, sugeriram um baixo potencial deste rio em promover divergência populacional desta espécie. A presença de ilhas ao longo do rio deve aumentar sua permeabilidade para os indivíduos de P. fasciicauda, que podem estar utilizando-as como stepping stones para se deslocar de uma margem a outra. / The Pipridae are small fruit-eating birds that live in the understory environment of the Neotropics’s forest. Some notable characteristics of the manakins are their lek-based mating systems, extraordinary courtship displays, not vocal sounds ("mechanical") and males with ornamental plumage (Prum 1998). This family exhibits the greatest diversity in the Amazon region with more than half of the species found in Brazil (north of the Negro River and between the Xingu and Purus rivers) and between the Madre de Dios rivers, Bolivia and Marañon, in northern Peru (Snow 2004). In this study it was investigated the population structure of four species of Pipridae (Machaeropterus pyrocephalus, Lepidothrix nattereri, Ceratopipra rubrocapilla and Pipra fasciicauda), through the analysis of mitochondrial fragment ND2 gene (NADH dehydrogenase subunit 2), in the ecotone region of Amazon biome and the Cerrado biome. The analysis also includes areas of the Cerrado and the Amazon forest. For the first three Pipridae’s species genetic analyzes were conducted in order to determine the population structure model that they showed in the ecotone region. For this, the genetic variability, degree of isolation, gene flow and genetic distance between subpopulations of these species were examined as well as its historical demographic. The population of M. pyrocephalus was strongly divided between the east transition region (upper Xingu River) and west region (sub-basin of the River Juruena and Guaporé). These species exhibited a population structure in accordance with the metapopulation model, with low rates migration and isolation by distance. However, towards the Cerrado areas, the migration was much more accentuated, being more limited in the opposite direction. Thus, the haplotypes observed in the east and west transition regions also occurred in the Cerrado. In this region unique haplotypes were detected, only those shared with the transition areas of the extreme east and west of Mato Grosso and Rondônia states. This evidence suggests the importance of the Amazon areas to the genetic diversity of subpopulations of M. pyrocephalus, located in the Cerrado. Moderate genetic structure was observed in L. nattereri, which also showed characteristics consistence with the metapopulation model. The C. rubrocapilla species showed no division between the regions of east and west transition due to the combination of the highest migration rates and lower effective population size (than L. nattereri). The spatial organization of this species, in the transition region, agreed with the model populations in patches with higher rates of migration between subpopulations, forming a single genetic group. The differences in the population structure of these birds must be due to their ecological characteristics, such as greater association with understory environment in the case of M. pyrocephalus (particularly during their juvenile stage). Another case is the insectivorous diet and lower body mass of L. nattereri and also the habitat generalist and higher body mass characteristics of the C. rubrocapilla. All these factors relate to vagility and indirectly to the dispersion ability of the bird. The characteristics shown by the first two species are linked to a lower vagility, which can lead to population structure. The features displayed in the latter are common in vagile species, which can direct to an absence of genetic structure, depending on the effective population size. In the case of C. rubrocapilla, the subdivision of the population did not occurred, due to the combination of a slightly higher migration rate with a smaller effective population size. In Pipra fasciicauda, to be held the first estimates of genetic variability, it was found that their populations were highly differentiated and therefore should be assessed using other analysis tools, which allowed investigate the level of difference of these populations. Thus, the reconstruction of specimens’ evolutionary relationships by the methods of maximum likelihood and Bayesian analysis indicated the existence of two markedly distinct lineages. One of them (S-O lineage) was found in the ecotone region, (in the western state of Mato Grosso and southeastern state of Rondônia), in the Cerrado region (southern Mato Grosso) and in Pantanal region (southwestern Mato Grosso). The other one (N-L lineage) was detected in the ecotone region (in northeastern Mato Grosso), in the Cerrado region (northwestern state of Tocantins) and in the Amazon region (state of Pará). These lineages must correspond to P. f. calamae (S-O lineage) and P. f. scarlatina (N-L lineage) and possibly their sorting occurred during the Pleistocene period. The historical demographic analysis showed signs of population expansion for the S-O lineage, and the haplotype network suggested that this lineage experienced lineage experienced expansion of its distribution and it reached the area of occurrence of the N-L lineage. Finally, it was also evaluated the role of the middle Araguaia river in the genetic structure of the N-L lineage subpopulations. The lack of genetic structure and haplotype sharing among subpopulations from opposite banks of the middle Araguaia river, suggests a low potential of this river to promote population divergence for this species. The presence of islands along the river should increase its permeability for individuals of P. fasciicauda that may use them as stepping stones to move between the banks.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000431115-Texto+Parcial-0.pdf: 40111 bytes, checksum: 341f5e66198379e8e905a199036cafa5 (MD5) Previous issue date: 2011 / The Brazilian Atlantic Forest harbors one of the world´s highest bird species richness, but to date there is a deficient understanding of the spatial patterns of genetic diversity and the evolutionary history of this biome. Here we estimated the phylogenetic and populational history of the wide-spread mouse-colored Tapaculo Scytalopus speluncae complex from 56 localities throughout its range across the Atlantic Forest, using data from two mitochondrial gene sequences (Cyt b and ND2). Our findings uncover at least seven cryptic, allopatric and well-supported lineages within S. speluncae that have originated in Early to Middle Pleistocene. Its phylogeographic pattern is broadly concordant with the hypothesis of more stable and ancient refugia in the northern region. At the same time our results refuted the scenario of non-persistence throughout glacial cycles of southern Atlantic Forest refugia in which they would have been very recently colonized from northern areas. Our results shown cryptic diversification in S. speluncae much higher than could be suspected by phenotypic analysis and suggest the high level of divergence and isolation among some lineages reflect potential species-level differences. The existence of such distinct lineages that could even represent different species suggests that the conservation of these lineages must be accessed in an independent way. / A Mata Atlântica abriga uma das maiores riquezas de espécies de aves do mundo, mas até agora, pouco é conhecido sobre seus padrões espaciais de diversidade genética e sua história evolutiva neste bioma. Utilizando-se de dados de sequências de genes mitocondriais (Cyt b e ND2), foi estimada a história evolutiva e populacional do complexo Scytalopus speluncae de 56 localidades ao longo de toda sua distribuição na Mata Atlântica. Os resultados mostram que S. speluncae é um complexo de pelo menos sete linhagens crípticas, alopátricas e bem suportadas, que se originaram no Pleistoceno Tardio e Médio. O padrão filogeográfico do grupo é amplamente concordante com a hipótese dos refúgios estáveis e antigos da parte norte da Mata Atlântica. Ao mesmo tempo, os resultados refutam o cenário de nãopersistência ao longo dos ciclos glaciais nos refúgios da parte sul, que por este cenário teriam sido colonizados muito recentemente por populações do norte. Além disso, a diversificação em S. speluncae mostrou-se muito maior do que era previsto através de análises fenotípicas, sugerindo um elevado nível de divergência e isolamento entre algumas linhagens. A existência de tais linhagens distintas que podem até representar espécies diferentes, portanto, implica que a conservação de cada linhagem deve ser avaliada de forma independente.

Made available in DSpace on 2014-06-28T02:02:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000458917-Texto+Completo-0.pdf: 1917825 bytes, checksum: 2ca6f58d7f644c84a939a28ad578855d (MD5) Previous issue date: 2014 / The Uruguayan savanna ecoregion has been affected by land use changes, particularly livestock production and monocultures, such as soybean. As consequence, the habitat quality and the avian assemblages in the region are also being affected, and if we are to protect this habitat and its bird species, studies that generate information that can be used for conservation interventions in the region are essential. We sampled bird species in semi-natural grassland and soybean sites with grassland patches, in Rio Grande do Sul and Uruguay, between 2010 and 2012. In two chapters we evaluated (1) the differences in species richness, density and composition of the avian assemblage in semi-natural grasslands and soybean fields, and (2) the patterns of habitat use by grassland birds, through assessment of species richness and abundance. In the first chapter, we found that soybean fields have the lower species richness. Moreover, species considered as grassland specialists had the greatest value of density in semi-natural grassland sites, and species that are common and habitat generalists were more abundant in the soybean fields. Turning to species composition, our results demonstrated that the types of land use were clearly separated. Among the species recorded, five are classified as threatened or near-threatened according to global and/or regional red lists: Rhea americana, Athene cunicularia and Xolmis dominicanus were recorded in both soya and semi-natural grassland sites, whereas Cistothorus platensis and Xanthopsar flavus were recorded only in semi-natural grassland sites. In the second chapter we analyzed the habitat use of grassland birds by establishing a buffer of 100 meters in each of the 160 points sampled.We calculated the percentage of each land use type in each buffer and found that most of the grassland’s bird species analyzed occurred preferentially in sites with large percentage of natural grasslands and/or wet grasslands, and none of them used the soybean fields preferentially. Moreover, more than 60% of the records occurred in the buffers composed by over 90% of natural grassland, and the same pattern was found for the total number of individuals of all bird species. Based on our results, we can conclude that the natural grassland sites are important for the maintenance of the avian assemblage in the region. For the conservation of the grasslands in the region, some important measures are needed, such as 1) control on agricultural management practices (e. g. maintain patches of grasslands in the soybean fields), and 2) development of policies combining agriculture production and conservation of biodiversity. / A ecoregião da Savana Uruguaia vem sendo constantemente alterada, principalmente quanto ao uso do solo para implantação de pastagens e agricultura intensiva. Consequentemente, a qualidade dos habitats e as populações de aves também são afetadas. Estudos que gerem informações sobre como a densidade das espécies varia em ambientes alterados, e que possam proporcionar ações de conservação das áreas naturais são necessários. Entre 2010 e 2012 amostramos as espécies de aves, através de pontos de contagem, em áreas de campos semi-naturais e de cultivos de soja com manchas de campos, no Rio Grande do Sul e no Uruguai. Avaliamos, em dois capítulos, (1) as diferenças na riqueza, densidade e composição das assembleias de aves nestes dois tipos de uso do solo e (2) os padrões de uso do habitat pelas aves campestres através da avaliação da riqueza e abundância das mesmas nestes diferentes ambientes. Com referência ao primeiro capítulo, os cultivos de soja apresentaram menor riqueza de espécies do que os campos semi-naturais. O mesmo ocorreu com a densidade das espécies, sendo que espécies consideradas mais especialistas apresentaram os maiores valores de densidade em áreas de campo semi-natural e espécies mais comuns e generalistas foram abundantes na soja. Quanto à composição de espécies, os tipos de uso do solo foram claramente separados. Cinco das espécies registradas são consideradas ameaçadas ou quase ameaçadas global e/ou regionalmente - Rhea americana, Athene cunicularia e Xolmis dominicanus foram registradas tanto nas áreas de soja quanto nas de campos semi-naturais, já Cistothorus platensis e Xanthopsar flavus foram registradas apenas nos campos semi-naturais).Quanto ao segundo capítulo, estabelecemos um buffer de 100 metros para cada um dos 160 pontos amostrados, e calculamos a porcentagem de cada tipo de uso do solo nos tampões, em cada ponto. Dentre as espécies de aves campestres analisadas, a maioria delas ocorreu preferencialmente em campos naturais e/ou campos naturais úmidos, e nenhuma usou primeiramente as áreas de soja. Além disso, mais de 60% dos registros de ocorrência e do número total de indivíduos destas aves foram registrados nos buffers compostos por mais de 90% de campo natural. A partir destes resultados, concluímos o quão importantes são as áreas de campo natural para a manutenção da assembleia de aves. Para a conservação dessas espécies, porém, são necessárias algumas medidas importantes dentre as quais podemos destacar: 1) práticas de manejo (por exemplo, a manutenção de manchas de campo entre os cultivos de soja) e 2) políticas que aliem a produção da agricultura e a conservação da biodiversidade. Além disso, é importante entender a resposta das diferentes espécies de aves frente às alterações do habitat que estão acontecendo na região.