Submitted by DIEGO FELIPE ALVES BATISTA null (diegofelipe_vet@hotmail.com) on 2017-07-23T15:53:00Z No. of bitstreams: 1 Tese final.pdf: 4005234 bytes, checksum: 457b822652d4193c9c8e25953f4d3dc1 (MD5) / Rejected by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: Incluir o número do processo de financiamento FAPESP nos agradecimentos da dissertação/tese. Corrija esta informação e realize uma nova submissão com o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2017-07-26T13:34:20Z (GMT) / Submitted by DIEGO FELIPE ALVES BATISTA null (diegofelipe_vet@hotmail.com) on 2017-07-26T14:07:28Z No. of bitstreams: 1 Tese_Diego_Felipe_Alves_Batista.pdf: 4004591 bytes, checksum: 1de74c2da3ba5ba3e56c6bcf6f9ba6f2 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-07-26T19:26:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 batista_dfa_dr_jabo.pdf: 4004591 bytes, checksum: 1de74c2da3ba5ba3e56c6bcf6f9ba6f2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-26T19:26:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 batista_dfa_dr_jabo.pdf: 4004591 bytes, checksum: 1de74c2da3ba5ba3e56c6bcf6f9ba6f2 (MD5) Previous issue date: 2017-07-04 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O tifo aviário, causado por Salmonella Gallinarum biotipo Gallinarum, é uma infecção caracterizada pela alta mortalidade nos lotes de aves suscetíveis acometidos, enquanto S. Gallinarum biotipo Pullorum, o agente da pulorose, infecta as aves de produção industrial com as quais desenvolve relação mais branda. Ainda é escasso o conhecimento sobre os mecanismos moleculares que sustentam essas diferentes interações patógeno-hospedeiro. Nesse estudo, objetivou-se investigar o efeito de deleção parcial das sequências codificantes dos genes idnT (transportador de L-idonato ou D-gluconato), idnO (5-cetogluconato redutase) e ccmH (heme liase necessária na montagem de citocromos do tipo C) sobre a patogenicidade de S. Gallinarum 287/91 (SG287/91), uma vez que seus ortólogos são pseudogenes conservados em S. Pullorum. Os clones mutantes SG∆idnTO, SG∆ccmH e SG∆ccmHidnTO foram obtidos por meio da técnica de mutação sítio-dirigida, denominada de recombinação Lambda-Red e testados em dois experimentos independentes com aves comerciais semipesadas de postura suscetíveis ao tifo aviário. No 1º experimento não se observou alteração da patogenicidade dos clones mutantes após inoculação oral, pois todos os animais infectados desenvolveram sinais clínicos típicos do tifo aviário e vieram a óbito ao longo de 12 dias pós-infecção (dpi). Apesar dos 100% de mortalidade, as infecções desenvolvidas pelos clones SG∆idnTO e SG∆ccmHidnTO levaram os animais a óbito dentro de 48 horas desde o aparecimento dos sinais clínicos, enquanto SG287/91 o fez em 6 dias, sugerindo aumento da virulência dos clones mutantes. No 2º experimento observou-se que as mutantes invadiram o hospedeiro a partir do intestino, embora as quantidades recuperadas de SG∆idnTO e SG∆ccmHidnTO nos fígados e de SG∆idnTO nos baços, no 5º dpi, foram superiores a de SG287/91, reforçando a hipótese de aumento da virulência dos clones contendo a alteração idnTO. Apesar disso, os níveis de transcrição das citocinas CXCLi2 e IL6 produzidos à infecção por SG∆idnTO e SG∆ccmHidnTO não diferiram nas tonsilas cecais nos 1º e 3º dpi e nos baços no 3º dpi em relação à infecção por SG287/91. Somente SG∆ccmH inclinou-se a estimular a transcrição de CXCLi2 e IL6 nas tonsilas cecais no 1° dpi em relação ao grupo controle, enquanto SG287/91 tendeu a suprimi-la. Porém, não houve suporte estatístico para essa observação. Os níveis de mRNA do IFNγ estavam aumentados para todas as estirpes de S. Gallinarum, mutantes ou não, porém sem diferença estatística entre eles. Os resultados do presente estudo indicam que a ruptura nos genes idnTO, e em menor grau do gene ccmH, poderiam levar a perda de “fitness” em S. Gallinarum, lhes justificando a permanência no genoma desse micro-organismo, ao contrário do que ocorre com S. Pullorum. O estudo da patogenicidade de estirpe de S. Pullorum tendo reconstituídos os genes idnTO e ccmH no seu genoma poderia esclarecer os motivos pelos quais esses foram negativamente selecionados por esse micro-organismo. / Fowl typhoid, caused by Salmonella Gallinarum biovar Gallinarum, is an infectious disease which elicits high mortality into a flock of susceptible birds whereas S. Gallinarum biovar Pullorum, the aetiological agent of pullorum disease, infects poultry of commercial importance with which such a bacterium sets off a more permissive host-pathogen interaction. Little is known about the molecular mechanisms driving these distinct interplays with the host. Herein, we aimed at investigating the effect of partial deletions in the idnT (L-idonate / D-gluconate transporter), idnO (5-ketogluconase reductase) and ccmH (heme liase involved in the c-type cytochrome maturation) coding sequences on S. Gallinarum 287/91 (SG287/91) pathogenicity since they are conserved pseudogenes in S. Pullorum genomes. SG∆idnTO, SG∆ccmH and SG∆ccmHidnTO mutant strains were constructed through a one-step inactivation technique, known as Lambda-Red-mediated recombination, and tested on two independent experiments by using a commercial brown egg-producing layer line susceptible to fowl typhoid. On the experiment 1, no changing was observed in the pathogenicity of the mutant strains upon oral inoculation as the infected animals developed typical fowl typhoid clinical signs and died along 12 days post-infection (dpi). In spite of causing 100% mortality, SG∆idnTO and SG∆ccmHidnTO killed all the animals within 48 hours since the clinical signs appearance while SG287/91 did so in 6 days, indicating an increased virulence by these mutant strains. On the experiment 2 every mutant strain were able to invade the host system from the intestine albeit SG∆idnTO and SG∆ccmHidnTO were recovered from livers and SG∆idnTO alone from spleens at higher numbers than was SG287/91, supporting the hypothesis of increased virulence for those clones harbouring the idnTO mutation. Despite the results above, CXCLi2 and IL6 transcription levels during infection by SG∆idnTO and SG∆ccmHidnTO were similar to that induced by SG287/91 in caecal tonsils at 1 and 3 dpi and in spleens at 3 dpi. In contrast, SG∆ccmH trended to stimulate CXCLi2 and IL6 transcription in caecal tonsils at 1 dpi when compared to the negative, control group whereas SG287/91 tended to suppress it, but no statistical significance was found for such an observation. IFNγ mRNA were augmented for all S. Gallinarum strains, mutant or not, but without statistical difference amongst them. These findings indicate that gene decay into idnTO, and at a lesser extent, into ccmH sequences might lead to the loss of fitness by S. Gallinarum, raising an explanation for their maintenance on this bacterium chromosome when the opposite happens to S. Pullorum. Studying the pathogenicity of a S. Pullorum strain possessing both the idnTO and ccmH genes in its genome could bring to light the reasons whereby such genes were negatively selected by this microorganism. / FAPESP: 2013/22920-4 / FAPESP: 2013/26127-7

Submitted by Edineia Teixeira (edineia.teixeira@unioeste.br) on 2018-03-08T13:28:27Z No. of bitstreams: 2 Natalia_Pereira2017.pdf: 799104 bytes, checksum: 15013d3c1d177715840510264bdc11bd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-08T13:28:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Natalia_Pereira2017.pdf: 799104 bytes, checksum: 15013d3c1d177715840510264bdc11bd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-02-14 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The insertion crambe (Crambe abyssinica Hochst ex R.E.Fr.) on the production systems wich be of no tillage crop makes possible the residual fertilizations harnessing of the previously implanted crop. Generally, on the most production systems, the nutrition offer for the plants is made by chemical fertilizations that represents majority of the production costs. One alternative to reduce the costs and to provide qualitys nutrients is by the waste animals utilization. The aim of this study is evaluated the harnessing nutrient level of the residues extracted by crambe and its productive performance after the crop bean fertilizated with different doses application of poultry litter, pig slurry and chemical fertilization. The experimental area is located at the Experimental Station of the Agronomic Institute of Paraná, in Santa Tereza do Oeste - PR. The treatments were generated by factorial (2x3)+1+1, being two waste (liquid swine and poultry litter) with three doses of each (poultry litter: 3.3, 6.6 and 9.9 t/ha (wet basis) and pig slurry: 60,120 and 180 m3/ha. Others additional treatments were the control (no fertilization) and mineral fertilization (215 kg/ha of the formulated 08-28-16). Was evaluated the leaf content of nitrogen, phosphorus, potassium, copper and zinc, the lodging, grain yield and oil yield. The data were submitted to variance analysis (ANOVA); the effect and kind of animal waste were evaluated by the Tukey test with 5 % of probability; and the adicional treatments were compared by contrast analysis. The residual fertilizers with animal manure results in crambe plant with bigger leaf content of P and Zn. And also was a bigger percentation of lodging in relation to control and mineral residual fertilization. The grain productivity and oil yeld was equivalent, compared with residual fertilization with animals waste and mineral. / A inserção de crambe (Crambe abyssinica Hochst ex R.E.Fr.) nos sistemas de produção sob sistema plantio direto possibilita o aproveitamento da adubação residual da cultura anteriormente implantada. De modo geral, a oferta de nutrientes às plantas é feita por meio de adubação química e esta representa grande parte dos custos para produção. Uma alternativa para reduzir os custos e fornecer nutrientes de qualidade é por meio da utilização de dejetos de animais. O objetivo do presente trabalho é avaliar o nível de aproveitamento nutricional residual pelo crambe e o seu desempenho produtivo após o cultivo de feijão adubado com diferentes doses de adubação com dejetos de animais e adubação química. A área experimental localiza-se na Estação Experimental do Instituto Agronômico do Paraná, no município de Santa Tereza do Oeste - PR. Os tratamentos foram gerados pelo esquema fatorial (2x3)+1+1, sendo dois dejetos (líquido de suínos e cama de aviário) e três doses de cada (cama de aviário: 3,3; 6,6 e 9,9 t/ha (base úmida) e dejeto líquido de suínos: 60; 120 e 180 m3/ha). Os tratamentos adicionais utilizados foram a testemunha (sem adubação) e o com adubação mineral (215 kg/ha do formulado 08-28-16). Foram avaliados os teores foliar de nitrogênio, fósforo, potássio, cobre e zinco, o acamamento, produtividade de grãos e produtiviade de óleo. Os dados foram submetidos à análise de variância (ANOVA); o efeito do tipo e das doses dos dejetos animais foi avaliado pelo teste de Tukey a 5 % de probabilidade; e os tratamentos adicionais foram comparados por meio de análise de contraste. A adubação residual com dejetos de animais resultou em maior teor foliar de P e Zn em plantas de crambe. Houve um maior percentual de plantas acamadas, em relação à testemunha e à adubação residual mineral. A produtividade de grãos e o rendimento de óleo foram equivalentes, em relação às adubações residuais com dejetos de animais e mineral

Orientadores: Clarice Weis Arns, Fernando Rosado Spilki / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-22T19:38:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva_LucianaHelenaAntoniassida_D.pdf: 3352165 bytes, checksum: 1c8836441214fc41a7890899268f1163 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Os membros da família Paramyxoviridae são vírus que causam infecções em humanos e animais de importância econômica global. Entre os membros desta família incluem patógenos de importância mundial para os humanos, como o vírus respiratório sincicial humano (hRSV), o metapneumovírus humano (hMPV) e vírus de importância em Medicina Veterinária, como o vírus respiratório sincicial bovino (bRSV) e o metapnemovírus aviário (aMPV). Os membros da família Paramyxoviridae, subfamília Pneumovirinae são vírus envelopados, não-segmentados dotados de genoma de RNA de fita simples com sentido negativo. Na primeira parte do estudo, desenvolvemos um adenovírus recombinante expressando a proteína F do aMPV. A expressão da proteína F foi determinada por Western Blot. Os níveis de transcrição do gene F foram avaliados por RT-PCR em tempo real, em células HEK-293 e células HEP-2. Foi realizada a imunização experimental de Ad-aMPV-F e foi analisada a indução de resposta de anticorpos em camundongos BALB/c. Os títulos de anticorpos neutralizantes foram detectados após a imunização com Ad-aMPV-F. Na segunda parte do trabalho o objetivo foi à construção de adenovírus recombinantes expressando a proteína F do bRSV. A proteína F parece ser um antígeno ideal para fins de diagnóstico. Utilizando anticorpo anti-V-5, uma banda de ~90 kDa foi detectada no sobrenadante de cultura de células HEK-293 infectadas com Ad-bRSV-F. Na terceira parte do estudo, o objetivo foi à construção de dois vetores adenovirais expressando as proteínas G do aMPV e bRSV, a expressão destas proteínas em células HEK-293 infectadas foi analisada pela expressão do gene repórter, da proteína verde fluorescente (GFP) / Abstract: The members of the family Paramyxoviridae are viruses that cause infectious in human and animals of importance to global economics. Among the member of this family include pathogens of importance global for humans such as human respiratory syncytial virus (hRSV), the human and metapneumovirus (hMPV) and of viruses importance in veterinary medicine, such as bovine respiratory syncytial virus (bRSV) and avian metapnemovírus (aMPV). The members of the Paramyxoviridae are enveloped, non-segmented viruses, with negative-sense single stranded genomes. In the first part of the study, we developed a recombinant adenovirus expressing the F protein of AMPV. The expression of F gene was determined by Western Blot. The levels of transcription were evaluated by RT-PCR in real time in HEK-293 cells and HEP-2 cells. Immunization experiment was carried out Ad-AMPV-F was analyzed and the induction of antibody response in BALB/c mice. The neutralizing antibody titers detected after immunization with Ad-AMPV-F. In the second part, the objective was to construct recombinant adenoviruses expressing the F protein of bRSV. Protein F appears to be an ideal antigen for diagnostic purposes. Using the anti-antibody AdV-5, a single band of ~ 90 kDa was detected in the culture supernatant in 293 cells infected with Ad-bRSV-F. In the third part of the study, the objective was to build two adenoviral vectors expressing the G protein of aMPV and bRSV and the expression of these proteins in infected HEK-293 cells were analyzed for expression of the reporter gene, green fluorescent protein (GFP) / Doutorado / Microbiologia / Doutora em Genética e Biologia Molecular

Submitted by Claudia Rocha (claudia.rocha@udesc.br) on 2018-03-08T14:08:25Z No. of bitstreams: 1 PGCS17MA161.pdf: 277204 bytes, checksum: 295ae0923cdfa15e00efc516619613f4 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-08T14:08:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCS17MA161.pdf: 277204 bytes, checksum: 295ae0923cdfa15e00efc516619613f4 (MD5) Previous issue date: 2016-12-21 / Capes / The revegetation of degraded areas is a fundamental recovery strategy to improve the physical and chemical attributes of the soils, besides providing through the vegetation cover, the necessary protection to reduce the loss of sediments due to water erosion. The present work had the objective of evaluating the revegetation of a degraded area that originated a slope with soil de - tailing within the CAV / UDESC Agroveterinary Sciences Center, from isolated and intercropping of summer forage species in association with organic / mineral fertilization And mineral fertilization. The experimental design was in randomized blocks with subdivided plots, with 9 treatments and 4 replications. The main treatments were arranged in the subplots, being: isolated cultivation of Brachiaria decumbens, isolated Crotalaria spectabilis cultivation, and intercropped Brachiaria + Crotalaria intercrop. The secondary treatments were arranged in the plots, and they refer to fertilization, they are: fertilization with bed of aviary supplemented with mineral fertilization, mineral fertilization (N-P-K) and without fertilization (control). At the beginning and at the end of the experiment, soil samples were collected to verify the changes in their chemical attributes. In the chemical analyzes were determined the pH and the contents of N, P, K, Ca, Mg, Al, Organic matter and organic C. The soil was previously scarified and the pH corrected in all plots, as a result of soil chemical analysis. The fertilizations followed the recommendations of the CQFS (2004) and were applied in the subplots. The sowing was in line with spacing of 20cm between rows, totaling 5 rows per subplot. Plant samples were collected from the three central lines of each subplot. The accumulation of fresh and dry mass of the aerial part and the nutrient contents were determined: nitrogen, phosphorus and potassium (N, P, K, Ca and Mg) present in the dry matter. The results were submitted to analysis of variance and comparison of means by Fisher DMS test, at a significance level of 5%. The isolated cultivation of brachiaria and consortium showed the highest production of biomass and dry mass of aerial part. Crotalaria presented the highest concentrations of N, P, Ca, and Mg in plant tissue. The contents of K in the plant tissue showed interaction between fertilization and species, and the fertilization effect was significant for brachiaria and consortium, which accumulated the highest levels in the plots without fertilization (control). Crotalaria and consortium presented the highest concentrations of K in the fertilized plots with bed of birds and crotalaria had the highest concentration in the plots fertilized with mineral fertilizer (N-P-K). It was verified that the revegetation of the degraded area, associated to liming and fertilization, improved some soil chemical attributes, such as: elevation of pH, increase of Mg, K, P, organic matter and organic carbon; And Al reduction. However, it was not possible to determine differences in terms of improvement of soil chemical conditions related to organic fertilization / A revegetação de áreas degradadas é uma estratégia de recuperação fundamental para melhorar os atributos físicos e químicos dos solos, além de fornecer através da cobertura vegetal, a proteção necessária para diminuir a perda de sedimentos por erosão hídrica. O presente trabalho teve por objetivo avaliar a revegetação de uma área degradada que originou um talude com solo decapeado dentro do Centro de Ciências Agroveterinárias CAV/UDESC, a partir do cultivo isolado e consorciado de espécies forrageiras de verão, em associação com adubação orgânica/mineral e adubação mineral. O delineamento experimental utilizado foi em blocos casualizados com parcelas subdivididas, com 9 tratamentos e 4 repetições. Os tratamentos principais foram dispostos nas subparcelas, sendo eles: cultivo isolado de capim-braquiária (Brachiaria decumbens), cultivo isolado de crotalária (Crotalaria spectabilis) e cultivo consorciado capim-braquiária + crotalária. Os tratamentos secundários foram dispostos nas parcelas, e referem-se à adubação, são eles: adubação com cama de aviário complementada com adubação mineral, adubação mineral (N-P-K) e sem adubação (testemunha). No início e ao final do experimento foram efetuadas coletas de solo para verificar as alterações ocorridas nos seus atributos químicos. Nas análises químicas foram determinados o pH e os teores de N, P, K, Ca, Mg, Al, Matéria orgânica e C orgânico. O solo foi previamente escarificado e o pH corrigido em todas as parcelas, conforme resultado da análise química do solo. As adubações seguiram as recomendações do CQFS (2004) e foram aplicadas nas subparcelas. A semeadura foi em linha com espaçamento de 20cm entrelinhas, totalizando 5 linhas por subparcela. As amostras de plantas foram coletadas das três linhas centrais de cada subparcela. Foi determinado o acúmulo de massas fresca e seca da parte aérea e os teores de nutrientes: nitrogênio, fósforo e potássio (N, P, K, Ca e Mg) presentes na matéria seca. Os resultados foram submetidos à análise de variância e comparação de médias por teste de DMS de Fisher, ao nível de significância de 5%. O cultivo isolado de braquiária e consórcio apresentaram a maior produção de biomassa e de massa seca de parte aérea. A crotalária apresentou as maiores concentrações de N, P, Ca, e Mg no tecido vegetal. Os teores de K no tecido vegetal apresentaram interação entre adubação x espécie, sendo que o efeito adubação foi significativo para braquiária e consórcio que acumularam os maiores teores nas parcelas sem adubação (testemunha). Crotalária e consórcio apresentaram as maiores concentrações de K nas parcelas adubadas com cama de aves e crotalária teve a maior concentração nas parcelas adubadas com fertilizante mineral (N-P-K). Verificou-se que a revegetação da área degradada, associada a calagem e a adubação, melhorou alguns atributos químicos do solo, como: elevação do pH, aumento dos teores de Mg, K, P, matéria orgânica e carbono orgânico; e redução Al. Contudo, não foi possível determinar diferenças em termo de melhoria das condições químicas do solo, relativas a adubação orgânica