Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:25Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-23Bitstream added on 2014-06-13T20:05:16Z : No. of bitstreams: 1 freitasneto_oc_dr_jabo.pdf: 1961940 bytes, checksum: 7291da4800867b31fbd9a7d43c4a44cd (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / S. Gallinarum (SG) provoca o tifo aviário, doença sistêmica com alta mortalidade em aves. Esse biovar é imóvel devido à falta de flagelos. Foi sugerido que a ausência de flagelo resultaria na indução de resposta pró-inflamatória de menor intensidade na mucosa intestinal, favorecendo o desenvolvimento da infecção sistêmica. Para investigar essa hipótese, um mutante de SG capaz de produzir flagelos (SG Fla+) foi construído. Analisou-se a capacidade deste mutante de invadir células epiteliais renais (CRGs), sobreviver em macrófagos da linhagem HD 11 e induzir a expressão de genes responsáveis por mediadores da resposta imune nestas células, em conjunto com outras estirpes de Salmonella spp. Aliado a isso, comparou-se a patogenicidade de SG Fla+ e SG para aves de uma linhagem para postura comercial, avaliando-se a mortalidade e as alterações macroscópicas. Os resultados demonstraram que o flagelo aumentou a capacidade de invasão das estirpes para CRGs, mas não alterou a sobrevivência de SG Fla+ no interior dos macrófagos HD 11. SG Fla+ induziu a maior aumento da expressão de CXCLi2, IL-6 e de iNOS em CRGs que as estirpes sem flagelos (p<0,05). A expressão de genes responsáveis por mediadores da resposta imune em macrófagos HD11 não esteve ligada a presença de flagelo. SG Fla+ provocou menores taxas de mortalidade que SG (p<0,05). Após 28 dias do desafio, SG Fla+ foi isolada no conteúdo de alguns cecos com alterações sugestivas de inflamação / S. Gallinarum (SG) is the causative agent of fowl typhoid, a systemic disease responsible for high mortality rates in birds. This biovar is non-motile due to the lack of flagella. It has been proposed that the absence of flagellum would provoke less pro-inflammatory immune response in the gut, favoring the development of systemic infection. In order to investigate this, a SG mutant strain capable of producing flagella (SG Fla+) was constructed. The capability of this mutant and other Salmonella spp. strains in invading chicken kidney cells (CKCs), surviving in HD 11 macrophages and inducing inflammatory responses in these cells were assessed. In adittion, the pathogenicity of SG Fla+ and SG was comparatively assessed in commercial laying hens. Mortality rates and gross lesions were evaluated. The results shown that flagellum increased the invasiveness of strains to CKCs while its presence did not change the survival of SG Fla+ in HD11 macrophages. SG Fla+ induced higher levels of CXCLi2, IL- 6 and iNOS gene expression than non-flagellated strains did (p<0.05). The expression of genes responsible for mediators of immune responses in infected HD11 macrophages were not related to the presence of flagella. SG Fla+ caused lower mortality rates than SG (p<0.05). SG Fla+ was recovered from the contents of caeca which presented inflammation-like macroscopic alterations not observed in birds infected with SG

Orientador: Angelo Berchieri Júnior / Coorientador: Paul Barrow / Banca: Guilherme Correa de Oliveira / Banca: Fabiana Horn / Banca: Raphael Lucio Andreatti Filho / Banca: Manoel Victor Franco Lemos / Resumo: S. Gallinarum (SG) provoca o tifo aviário, doença sistêmica com alta mortalidade em aves. Esse biovar é imóvel devido à falta de flagelos. Foi sugerido que a ausência de flagelo resultaria na indução de resposta pró-inflamatória de menor intensidade na mucosa intestinal, favorecendo o desenvolvimento da infecção sistêmica. Para investigar essa hipótese, um mutante de SG capaz de produzir flagelos (SG Fla+) foi construído. Analisou-se a capacidade deste mutante de invadir células epiteliais renais (CRGs), sobreviver em macrófagos da linhagem HD 11 e induzir a expressão de genes responsáveis por mediadores da resposta imune nestas células, em conjunto com outras estirpes de Salmonella spp. Aliado a isso, comparou-se a patogenicidade de SG Fla+ e SG para aves de uma linhagem para postura comercial, avaliando-se a mortalidade e as alterações macroscópicas. Os resultados demonstraram que o flagelo aumentou a capacidade de invasão das estirpes para CRGs, mas não alterou a sobrevivência de SG Fla+ no interior dos macrófagos HD 11. SG Fla+ induziu a maior aumento da expressão de CXCLi2, IL-6 e de iNOS em CRGs que as estirpes sem flagelos (p<0,05). A expressão de genes responsáveis por mediadores da resposta imune em macrófagos HD11 não esteve ligada a presença de flagelo. SG Fla+ provocou menores taxas de mortalidade que SG (p<0,05). Após 28 dias do desafio, SG Fla+ foi isolada no conteúdo de alguns cecos com alterações sugestivas de inflamação / Abstract: S. Gallinarum (SG) is the causative agent of fowl typhoid, a systemic disease responsible for high mortality rates in birds. This biovar is non-motile due to the lack of flagella. It has been proposed that the absence of flagellum would provoke less pro-inflammatory immune response in the gut, favoring the development of systemic infection. In order to investigate this, a SG mutant strain capable of producing flagella (SG Fla+) was constructed. The capability of this mutant and other Salmonella spp. strains in invading chicken kidney cells (CKCs), surviving in HD 11 macrophages and inducing inflammatory responses in these cells were assessed. In adittion, the pathogenicity of SG Fla+ and SG was comparatively assessed in commercial laying hens. Mortality rates and gross lesions were evaluated. The results shown that flagellum increased the invasiveness of strains to CKCs while its presence did not change the survival of SG Fla+ in HD11 macrophages. SG Fla+ induced higher levels of CXCLi2, IL- 6 and iNOS gene expression than non-flagellated strains did (p<0.05). The expression of genes responsible for mediators of immune responses in infected HD11 macrophages were not related to the presence of flagella. SG Fla+ caused lower mortality rates than SG (p<0.05). SG Fla+ was recovered from the contents of caeca which presented inflammation-like macroscopic alterations not observed in birds infected with SG / Doutor

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-08-29T15:35:31Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação-PPGCASA-Felipe_Malcher_Moraes.pdf: 1480893 bytes, checksum: 15698cfd9a1b381d42d8eae38b636ade (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-08-29T15:35:44Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação-PPGCASA-Felipe_Malcher_Moraes.pdf: 1480893 bytes, checksum: 15698cfd9a1b381d42d8eae38b636ade (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-29T15:35:44Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação-PPGCASA-Felipe_Malcher_Moraes.pdf: 1480893 bytes, checksum: 15698cfd9a1b381d42d8eae38b636ade (MD5) Previous issue date: 2016-07-21 / Collisions between birds and airplanes are one of the biggest concern for aviation worldwide due to some factors such as the risk they cause to people's lives and the financial cost caused by damage and aircraft losses. As birds and aircrafts share the airspace to accomplish their movements, controlling the risk of collision between them becomes a challenge, given that the volume of air traffic grows significantly each year. This dissertation aimed to investigate the environmental management strategies adopted by INFRAERO and Brazilian Air Force within their respective airports. Finds out what actions and techniques are adopted to control aviary risk in the city of Manaus / AM, focusing on the Manaus International Airport / Eduardo Gomes and Ponta Pelada Airport. The dissertation was divided into two chapters. The first analyzes the danger risk and the variables involved in its management, from a grounded methodology for quantitative analysis of statistical data. The second chapter discusses the concepts and environmental management strategies, focusing on solid waste management, and their impact on mitigation aviary risk. For this, it weaves an approach on the general aspects of the aviary danger, with its contextualization in Brazil, followed by solid waste management analysis applied to mitigate this risk from the testimony of managers and team members responsible for the management of the aviary risk in the two airports studied. The methodology used was content analysis. The evaluations performed in this study were made from the measurement and analysis of collisions records between birds and aircrafts occurred in the study period from 2011 to 2014. The file CENIPA 15 is used by the analyzed airports as the main recording instrument and exchange of information on collisions between birds and aircrafts. In summary, the Manaus International Airport / Eduardo Gomes presented the highest number of collisions both per year as the period analyzed, as well as a range of about 24 species involved in collisions with aircrafts in the period studied. In Ponta Pelada Airport all registered collisions were with birds of the species Coragyps atratus, the black-headed vulture. Most collisions occurred on takeoff phase. In both airports studied, the fuselage and the radome of the aircraft were the hardest hit. Most collisions occurred during the day. The improper disposal of solid waste is identified as the main cause of the aviary risk in Manaus-AM. The educational activities of the airport and surrounding communities are considered relevant and primary with regard to the effective management of aviary risk. Finally, the question of the aviary risk goes beyond the disposal of municipal solid waste, passing by the presence of wildlife in and out of the airport sites and the awareness of airport communities and environment on the subject, with a view to the prevention of aircraft accidents that victimizes human beings. / Colisões entre aves e aviões são uma das grandes preocupações para a aviação em todo o mundo devido a alguns fatores como o risco que elas causam à vida das pessoas e o custo financeiro provocado pelos danos e perdas de aeronaves. Como aves e aeronaves compartilham o espaço aéreo para realizarem seus deslocamentos, controlar o risco de colisão entre elas torna-se um grande desafio, haja vista que o volume do tráfego aéreo cresce significativamente, a cada ano. Este trabalho buscou investigar as estratégias de gestão ambiental adotadas pela INFRAERO e Aeronáutica no âmbito de seus respectivos aeroportos. Averigua quais ações e técnicas são adotadas no controle do risco aviário na cidade Manaus/AM, com foco no Aeroporto Internacional de Manaus / Eduardo Gomes e Aeroporto de Ponta Pelada. O trabalho foi estruturado em dois capítulos. O primeiro analisa o risco aviário e as variáveis envolvidas em sua gestão, a partir de uma metodologia calcada em análise quantitativa de dados estatísticos. O segundo capítulo discorre sobre os conceitos e estratégias de gestão ambiental, com foco na gestão de resíduos sólidos, e seus impactos na mitigação do risco aviário. Para isso, tece-se uma abordagem sobre os aspectos gerais do perigo aviário, com sua contextualização no Brasil, seguido das análises da gestão de resíduos sólidos aplicada à mitigação desse risco a partir do depoimento de gestores e membros de equipes responsáveis pelo gerenciamento do risco aviário nos dois aeroportos estudados. A metodologia adotada foi a análise de conteúdo. As avaliações realizadas neste estudo foram feitas a partir da mensuração e análise dos registros de colisões entre aves e aeronaves ocorridas no período de estudo de 2011 a 2014. A Ficha CENIPA 15 é utilizada pelos aeroportos analisados como o principal instrumento de registro e troca de informações sobre colisões entre aves e aeronaves. Em síntese, o Aeroporto Internacional de Manaus / Eduardo Gomes apresentou o número mais elevado de colisões tanto por ano quanto no período analisado, bem como uma variedade de cerca de 24 espécies envolvidas em colisões com aeronaves no período estudado. No Aeroporto de Ponta Pelada todas as colisões registradas foram com aves da espécie Coragyps atratus, o urubu-de-cabeça-preta. A maioria das colisões ocorreu na fase de decolagem. Nos dois aeroportos estudados, a fuselagem e o radome das aeronaves foram as mais atingidas. A maior parte das colisões ocorreu durante o dia. A disposição incorreta de resíduos sólidos é apontada como principal causa do risco aviário em Manaus-AM. As ações educativas das comunidades aeroportuária e de entorno são tidas como relevantes e primordiais no tocante à gestão eficaz do risco aviário. Enfim, a questão do risco aviário vai além da deposição de resíduos sólidos urbanos, perpassando pela presença de fauna dentro e fora dos sítios aeroportuários e a conscientização das comunidades aeroportuárias e de entorno acerca do tema, com vistas à prevenção de acidentes aeronáuticos que vitimem seres humanos.

Este estudo teve como objetivo pesquisar a ocorrência e diversidade molecular de coronavírus aviários em codornas e galinhas criadas nas mesmas propriedades e determinar o papel epidemiológico das codornas na bronquite infecciosa das galinhas (BIG). Para isso, foram coletados em granjas localizadas no estado de São Paulo e Espírito Santo pools de aparelho reprodutivo, pulmões, rins, traquéia e conteúdo entérico de codornas e galinhas com histórico de manifestações clínicas compatíveis com BIG. Estas amostras foram testadas para coronavírus aviário mediante uma semi-nested RT-PCR dirigida a região não-traduzida 3 (3´UTR) e as amostras positivas foram submetidas a RT-PCR do gene codificador da proteína RNA-polimerase RNA-dependente (RdRp) e duas RT-PCR, incluindo uma tipo multiplex dirigidas a proteína de espícula S do vírus da BIG, para genotipagem. Amplicons ou fragmentos amplificados da 3\'UTR (a partir de amostras de codorna) foram clonados e sequenciados. Outras duas RT-PCR foram utilizadas para detecção de metapneumovírus aviário (aMPV) e o vírus da doença de Newcastle (NDV). Coronavírus aviários foram encontrados em todos os tipos de amostras estudadas em galinhas e codornas criadas nas mesmas propriedades, sendo que aMPV subtipo B foi encontrado em galinhas e o NDV não foi encontrado em nenhuma amostras. Todos os coronavírus aviários encontrados, foram classificados como variantes pela multiplex RT-PCR, não sendo entretanto, obtidas sequências de DNA para o gene S. Com base em sequências de DNA para os genes codificadores da proteína RdRp e da região 3´UTR pode-se demonstrar que as codornas estudadas apresentaram o coronavírus aviário identificados como próximo àqueles relacionados à bronquite infecciosa das galinhas, havendo diversidade molecular filogeográfica para os vírus de codornas. Desta forma, sugere-se que as codornas podem servir como reservatórios para coronavírus aviários onde haja criações em proximidade com outras espécies aviárias. / This study aimed to investigate the occurrence and molecular diversity of avian coronavirus in quails and laying hens, raised on the same farms and determine the role of quails in the epidemiology of avian infectious bronchitis (IB). To this end, pools of lungs, trachea, female reproductive tracts, kidneys and enteric contents were collected from quails and laying hens flocks with IB-like symptoms, co-housed in farms located in Sao Paulo and Espírito Santo states, Brazil, during 2009-2010. Chickens and quails samples were screened for IBV with an RT-PCR to the 3UTR and positive samples were submitted to RT-PCRs to the RNA-dependent RNA-polymerase gene (RdRp) and two different RT-PCRs to the spike gene, including a typing-multiplex one. Amplicons of 3UTR (from quails samples) were cloned and sequenced. Two other RT-PCRs were used to detect the avian metapneumovirus (aMPV) and Newcastle disease virus (NDV). Avian coronavirus was found in all types of samples analyzed in chickens and quails raised on the same farms, aMPV subtype B was found in chickens and the NDV was not observed in any samples. All avian coronavirus found were classified as variants by multiplex RT-PCR, however, DNA sequences for gene S were not obtained. Based on the DNA sequences for genes encoding the protein RdRp and the 3\'UTR region can be show that avian coronavirus in quails are closely related to avian infectious bronchitis virus, with a molecular phylogeographic diversity for quails viruses; thus, quails might act as reservoirs for avian coronaviroses when in close contact with other avian species.

This study aimed to investigate the occurrence and molecular diversity of coronavirus in quail and laying hens raised on the same farms and quail only farms, to determine the role of quail as reservoir for avian infectious bronchitis virus (IBV). To this end, two investigations were carried out, one in the São Paulo state, Southeastern Brazil, in 2013, when some farmers started quail vaccination with Massachusetts IBV serotype after surveillance carried out in 2009-2010 and the other in two regions of Northern Italy, in 2015. In the Brazilian study, samples were collected as pools of tracheas, lungs, reproductive tract, kidneys and enteric contents from quail (Coturnix coturnix Japonica) and laying hens showing IB-like symptoms, while, in the Italian study, samples were collected as pools of tracheal and cloacal swabs and intestine/enteric content from European quail (Coturnix coturnix), showing enteric disorders. All samples were tested by a nested RT-PCR targeted to the 3\'UTR of the Gammacoronavirus genus. Positive samples were submitted to RT-PCR to the RNA-dependent RNA-polymerase gene (RdRp) and two different RT-PCRs to the spike gene, including a typing-multiplex one. Two other RT-PCRs were used to detect the avian metapneumovirus (aMPV) and Newcastle disease virus (NDV). Avian coronavirus was found in all types of samples analyzed in quail and chickens from both type of creations, aMPV subtype B was found in chickens (Brasil) and the NDV was not observed in any samples. Based on the DNA sequences for the RdRp gene, Brazilian and Italian quail strains clustered within either Gammacoronavirus or Deltacoronavirus genus, while, for one Brazilian sample, it was detected co-infection with the two genuses. Phylogeny based on partial S1 subunit sequences showed that the gammacoronaviruses detected in the Brazilian and Italian quail belong to the Brazil type and 793/B, respectively. These results suggest that quail are susceptible to Gamma and Deltacoronavirus and that quail avian coronavirus share spike genes identical to chicken infectious bronchitis virus (IBV); thus, quail might act as reservoirs for avian coronaviruses. Also, Massachusetts vaccination was not efficient to control IBV in Brazilian quail. / Este estudo teve como objetivo pesquisar a ocorrência e diversidade molecular de coronavírus em codornas e galinhas criadas nas mesmas propriedades e em codornas criadas em propriedades isoladas, para determinar o papel das codornas como reservatório para o vírus da bronquite infecciosa das galinhas (IBV). Para isso, duas pesquisas foram realizadas, uma em 2013, no estado de São Paulo, Sudeste do Brasil, onde algumas granjas iniciaram a vacinação em codornas contra o IBV com o sorotipo Massachusetts, após um estudo realizado em 2009-2010; e a outra, em 2015, em duas regiões do Norte da Itália. No estudo brasileiro, foram coletados pools de aparelho reprodutor, pulmões, rins, traqueia e conteúdo entérico de codornas (Coturnix coturnix japonica() e galinhas com histórico de manifestações clínicas compatíveis com a Bronquite Infecciosa das galinhas (BIG). Por outro lado, no estudo italiano, as amostras foram coletadas em forma de pools de swabs traqueais e cloacais e intestino/conteúdo entérico de codornas (Coturnix coturnix) com sinais entéricos. Estas amostras foram testadas para os coronavírus aviário (Gammacoronavirus) mediante uma semi-nested RT-PCR dirigida a região não-traduzida 3 (3´UTR). As amostras positivas foram submetidas a RT-PCR do gene codificador da proteína RNA-polimerase RNA-dependente (RdRp) e duas RT-PCRs, incluindo uma multiplex dirigidas a proteína de espícula (S) do vírus da BIG, para genotipagem. Além disso, a detecção de metapneumovírus aviário (aMPV) e o vírus da doença de Newcastle (NDV) também foi realizada por meio de RT-PCRs. Coronavírus aviários foram encontrados em todos os tipos de amostras estudadas em codornas e galinhas de todos os tipos de criações, aMPV subtipo B foi encontrado em galinhas (Brasil) e o NDV não foi encontrado em nenhuma amostras. Com base nas sequências de DNA para o gene codificador da proteína RdRp, as amostras brasileiras e italianas foram agrupadas no gênero Gamma ou Deltacoronavirus, enquanto que, em uma amostra brasileira, foi detectada coinfecção pelos dois gêneros. A filogenia com base nas sequências parciais da subunidade S1da proteína de espícula, evidenciou que os Gammacoronavirus detectados nas codornas brasileiras e italianas pertencem ao genótipo Brasil e 793/B, respectivamente. Estes resultados sugerem que as codornas são suscetíveis aos coronavírus do gênero Gamma e Delta e os coronavírus aviários das codornas compartilham genes de espícula idênticos aos do IBV. Desta forma, sugere-se que as codornas podem servir como reservatórios para coronavírus aviários e que a vacinação com o sorotipo Massachusetts não foi eficiente no controle de IBV nas codornas brasileiras.

Os astrovírus são agentes virais associados com enteropatias e infecções extra-intestinais em aves, ocasionando prejuízos no desenvolvimento produtivo e saúde animal. Porém, são escassos os estudos no Brasil que visem a detecção e caracterização deste vírus com maior amplitude. Nesse contexto, detectaram-se e caracterizaram-se cepas de astrovírus a partir de 60 amostras fecais de aves procedentes de diferentes criações comerciais brasileiras (postura, corte e matrizes), mediante o emprego de uma reação PanAstrovírus como triagem inicial, que consistiu numa reação de RT-hemi-nested-PCR, visando a amplificação e posterior sequenciamento de um segmento parcial do gene RdRp (RNA polimerase dependente de RNA) do gene ORF1b, uma região gênica conservada entre todos os astrovírus. Subsequentemente, nas amostras positivas na triagem, realizou-se a amplificação, clonagem e sequenciamento do gene ORF2 codificante do capsídeo viral, analisado mediante análise filogenética. Os dados obtidos demonstraram uma frequência de infecção por astrovírus em 48,3% (29/60) das amostras analisadas. As espécies virais detectadas foram as seguintes: Avastrovírus 2 (Avian Nephritis Virus, ANV) em 72,4% (21/29), Chicken Astrovírus (CAstV) em 6,8% (2/29) e Avastrovírus 1 (Turkey Astrovírus tipo 1, TAstV-1) em 20,8% (6/29) das amostras positivas. O sequenciamento total do gene ORF2 foi possível em oito amostras (8/21) positivas a ANV, em uma amostra (1/6) positiva a TAstV-1 e uma amostra (1/2) positiva para CAstV. A análise deste gene revelou, nas sequências ANV, a presença de três genótipos bem diferenciados, segundo critérios do Astroviridae Study Group, sendo que um deles, agrupou-se dentro do genótipo 5. Além disso, quando analisado com sequências procedentes de outras regiões, as sequências deste estudo formaram seis clusters, dois deles, relacionados com sequências procedentes de Austrália e Reino Unido. O análise do ORF2 em CAstV, revelou também um agrupamento com cepas procedentes do Reino Unido. Já o análise da ORF2 de TAstV-1, revelou divergência genética com cepas isoladas em Estados Unidos, que foram as únicas sequências disponíveis no GenBank. O presente estudo traz a luz vários dados epidemiológicos concernentes aos astrovírus aviário de origem brasileira o que permitirá a realização de outros estudos relacionados a epidemiologia deste vírus, seus possíveis riscos potenciais em saúde pública e a adoção de medidas de controle direcionadas a este agente / The astroviruses are viral agents associated with enteropathy and extraintestinal infections in poultry, causing injuries to the productive development and animal health. However, are scarce the studies in the Brazil that aimed to detection and characterization of this virus with greater scale. In this context, were detected and characterized astrovirus strains from 60 fecal samples of poultry from differents Brazilian commercial flocks (laying hens, broilers and breeders) by using of the Pan-Astrovirus reaction as initial screening, consisting of RT-Hemi-nested PCR reaction, aiming the amplification and subsequent sequencing of a partial segment of the RdRp gene (RNA polymerase RNA dependent) of the ORF1b gene, a genic conserved region among all of the astroviruses. Thereafter, in the positive samples in the screening, amplification, cloning and sequencing of the ORF2 gene, codificant of the viral capsid, was performed, and analyzed by phylogenetic analysis. The data obtained demonstrated a astroviruses frequency infection in 48,3% (29/60) of the analyzed samples. The viral species detected were the following: Avastroviruses 2 (Avian Nephritis Virus, ANV) in 72,4 % (21/29), Chicken Astrovirus (CAstV) in 6,8% (2/29) and Avastrovirus 1 (Turkey Astrovirus type 1, TAstV-1) in 20,8% (6/29) of the positive samples. The total sequencing of the ORF2 gene was possible in eight positive samples (8/21) to ANV, in one positive sample (1/6) to TAstV-1 and a one positive sample (1/2) to CAstV. The analyze of this gene showed, in the ANV sequences, the presence of three distinct genotypes, according to the Astroviridae Study Group criteria, being one of them, was grouped within of the genotype 5. Furthermore, when analyzed with sequences from other regions, the sequences of this study, formed six clusters, two of them, related with sequences from Australia and United Kingdom. The ORF2 analyze in CAstV showed likewise a grouping with strains from United Kingdom. And the analyze of TAstV-1 ORF2, showed genetic divergence with strains isolated in United States of America, that were the only sequences available in the GenBank. The present study brings to light several data concerning to the Brazilian avian astroviruses, allowing to realization of the others studies related to the epidemiology of this virus, theirs potential public health risks and the adoption of the control measures targeted to this agent

Este estudo teve como objetivo pesquisar a ocorrência e diversidade molecular de coronavírus aviários em codornas e galinhas criadas nas mesmas propriedades e determinar o papel epidemiológico das codornas na bronquite infecciosa das galinhas (BIG). Para isso, foram coletados em granjas localizadas no estado de São Paulo e Espírito Santo pools de aparelho reprodutivo, pulmões, rins, traquéia e conteúdo entérico de codornas e galinhas com histórico de manifestações clínicas compatíveis com BIG. Estas amostras foram testadas para coronavírus aviário mediante uma semi-nested RT-PCR dirigida a região não-traduzida 3 (3´UTR) e as amostras positivas foram submetidas a RT-PCR do gene codificador da proteína RNA-polimerase RNA-dependente (RdRp) e duas RT-PCR, incluindo uma tipo multiplex dirigidas a proteína de espícula S do vírus da BIG, para genotipagem. Amplicons ou fragmentos amplificados da 3\'UTR (a partir de amostras de codorna) foram clonados e sequenciados. Outras duas RT-PCR foram utilizadas para detecção de metapneumovírus aviário (aMPV) e o vírus da doença de Newcastle (NDV). Coronavírus aviários foram encontrados em todos os tipos de amostras estudadas em galinhas e codornas criadas nas mesmas propriedades, sendo que aMPV subtipo B foi encontrado em galinhas e o NDV não foi encontrado em nenhuma amostras. Todos os coronavírus aviários encontrados, foram classificados como variantes pela multiplex RT-PCR, não sendo entretanto, obtidas sequências de DNA para o gene S. Com base em sequências de DNA para os genes codificadores da proteína RdRp e da região 3´UTR pode-se demonstrar que as codornas estudadas apresentaram o coronavírus aviário identificados como próximo àqueles relacionados à bronquite infecciosa das galinhas, havendo diversidade molecular filogeográfica para os vírus de codornas. Desta forma, sugere-se que as codornas podem servir como reservatórios para coronavírus aviários onde haja criações em proximidade com outras espécies aviárias. / This study aimed to investigate the occurrence and molecular diversity of avian coronavirus in quails and laying hens, raised on the same farms and determine the role of quails in the epidemiology of avian infectious bronchitis (IB). To this end, pools of lungs, trachea, female reproductive tracts, kidneys and enteric contents were collected from quails and laying hens flocks with IB-like symptoms, co-housed in farms located in Sao Paulo and Espírito Santo states, Brazil, during 2009-2010. Chickens and quails samples were screened for IBV with an RT-PCR to the 3UTR and positive samples were submitted to RT-PCRs to the RNA-dependent RNA-polymerase gene (RdRp) and two different RT-PCRs to the spike gene, including a typing-multiplex one. Amplicons of 3UTR (from quails samples) were cloned and sequenced. Two other RT-PCRs were used to detect the avian metapneumovirus (aMPV) and Newcastle disease virus (NDV). Avian coronavirus was found in all types of samples analyzed in chickens and quails raised on the same farms, aMPV subtype B was found in chickens and the NDV was not observed in any samples. All avian coronavirus found were classified as variants by multiplex RT-PCR, however, DNA sequences for gene S were not obtained. Based on the DNA sequences for genes encoding the protein RdRp and the 3\'UTR region can be show that avian coronavirus in quails are closely related to avian infectious bronchitis virus, with a molecular phylogeographic diversity for quails viruses; thus, quails might act as reservoirs for avian coronaviroses when in close contact with other avian species.

This study aimed to investigate the occurrence and molecular diversity of coronavirus in quail and laying hens raised on the same farms and quail only farms, to determine the role of quail as reservoir for avian infectious bronchitis virus (IBV). To this end, two investigations were carried out, one in the São Paulo state, Southeastern Brazil, in 2013, when some farmers started quail vaccination with Massachusetts IBV serotype after surveillance carried out in 2009-2010 and the other in two regions of Northern Italy, in 2015. In the Brazilian study, samples were collected as pools of tracheas, lungs, reproductive tract, kidneys and enteric contents from quail (Coturnix coturnix Japonica) and laying hens showing IB-like symptoms, while, in the Italian study, samples were collected as pools of tracheal and cloacal swabs and intestine/enteric content from European quail (Coturnix coturnix), showing enteric disorders. All samples were tested by a nested RT-PCR targeted to the 3\'UTR of the Gammacoronavirus genus. Positive samples were submitted to RT-PCR to the RNA-dependent RNA-polymerase gene (RdRp) and two different RT-PCRs to the spike gene, including a typing-multiplex one. Two other RT-PCRs were used to detect the avian metapneumovirus (aMPV) and Newcastle disease virus (NDV). Avian coronavirus was found in all types of samples analyzed in quail and chickens from both type of creations, aMPV subtype B was found in chickens (Brasil) and the NDV was not observed in any samples. Based on the DNA sequences for the RdRp gene, Brazilian and Italian quail strains clustered within either Gammacoronavirus or Deltacoronavirus genus, while, for one Brazilian sample, it was detected co-infection with the two genuses. Phylogeny based on partial S1 subunit sequences showed that the gammacoronaviruses detected in the Brazilian and Italian quail belong to the Brazil type and 793/B, respectively. These results suggest that quail are susceptible to Gamma and Deltacoronavirus and that quail avian coronavirus share spike genes identical to chicken infectious bronchitis virus (IBV); thus, quail might act as reservoirs for avian coronaviruses. Also, Massachusetts vaccination was not efficient to control IBV in Brazilian quail. / Este estudo teve como objetivo pesquisar a ocorrência e diversidade molecular de coronavírus em codornas e galinhas criadas nas mesmas propriedades e em codornas criadas em propriedades isoladas, para determinar o papel das codornas como reservatório para o vírus da bronquite infecciosa das galinhas (IBV). Para isso, duas pesquisas foram realizadas, uma em 2013, no estado de São Paulo, Sudeste do Brasil, onde algumas granjas iniciaram a vacinação em codornas contra o IBV com o sorotipo Massachusetts, após um estudo realizado em 2009-2010; e a outra, em 2015, em duas regiões do Norte da Itália. No estudo brasileiro, foram coletados pools de aparelho reprodutor, pulmões, rins, traqueia e conteúdo entérico de codornas (Coturnix coturnix japonica() e galinhas com histórico de manifestações clínicas compatíveis com a Bronquite Infecciosa das galinhas (BIG). Por outro lado, no estudo italiano, as amostras foram coletadas em forma de pools de swabs traqueais e cloacais e intestino/conteúdo entérico de codornas (Coturnix coturnix) com sinais entéricos. Estas amostras foram testadas para os coronavírus aviário (Gammacoronavirus) mediante uma semi-nested RT-PCR dirigida a região não-traduzida 3 (3´UTR). As amostras positivas foram submetidas a RT-PCR do gene codificador da proteína RNA-polimerase RNA-dependente (RdRp) e duas RT-PCRs, incluindo uma multiplex dirigidas a proteína de espícula (S) do vírus da BIG, para genotipagem. Além disso, a detecção de metapneumovírus aviário (aMPV) e o vírus da doença de Newcastle (NDV) também foi realizada por meio de RT-PCRs. Coronavírus aviários foram encontrados em todos os tipos de amostras estudadas em codornas e galinhas de todos os tipos de criações, aMPV subtipo B foi encontrado em galinhas (Brasil) e o NDV não foi encontrado em nenhuma amostras. Com base nas sequências de DNA para o gene codificador da proteína RdRp, as amostras brasileiras e italianas foram agrupadas no gênero Gamma ou Deltacoronavirus, enquanto que, em uma amostra brasileira, foi detectada coinfecção pelos dois gêneros. A filogenia com base nas sequências parciais da subunidade S1da proteína de espícula, evidenciou que os Gammacoronavirus detectados nas codornas brasileiras e italianas pertencem ao genótipo Brasil e 793/B, respectivamente. Estes resultados sugerem que as codornas são suscetíveis aos coronavírus do gênero Gamma e Delta e os coronavírus aviários das codornas compartilham genes de espícula idênticos aos do IBV. Desta forma, sugere-se que as codornas podem servir como reservatórios para coronavírus aviários e que a vacinação com o sorotipo Massachusetts não foi eficiente no controle de IBV nas codornas brasileiras.

Made available in DSpace on 2017-07-10T15:14:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissertacaoIdelvanBlanco.pdf: 1724472 bytes, checksum: d46e852bf7845784bc35b71392ae2cc3 (MD5) Previous issue date: 2015-03-12 / The increase in productivity of soy beans in recent years happened, basically, for the adoption of technologies such as the use of inputs and equipments, which are directly related to the cost of production. Among the inputs used, fertilizers are more expensive. The western Parana has a large number of pigs and poultry integrators, generating a lot of animal waste. The use of animal waste as fertilizer is a rational alternative of great interest in terms environmental, economic, social and agronomic. Thus the objective of this study was evaluate the effects of different doses application of poultry litter and pig slurry, in to the macronutrient content into soil and soy bean leaves as on grains and soy bean oil compared to mineral fertilization. The experimental area is located at the Experimental Station of the Agronomic Institute of Paraná, in Santa Tereza do Oeste - PR. The treatments were generated by factorial (2x3)+1+1, being two waste (liquid swine and poultry litter) with three doses of each (poultry litter: 1.2, 2.4 and 3.6 t / ha (wet basis) and pig slurry: 48, 96 and 144 m3 (cubic meter) / ha). Others additional treatments were the control (no fertilization) and mineral fertilization (300 kg/ha of the formulated 04-30-10). Experimental delineation adopted was random blocks with three repetitions. The animal manure fertilization resulted in higher levels of P and K into soil and greater absorption of N and P by plants, beyond a higher percentage of lodged plants in relation to the control and mineral fertilization. Grains productivity and soy bean oil income were similar between animal waste and mineral fertilization and higher than the control. It demonstrated both fertilizations are effective providing nutrients for the soy bean culture. / O aumento da produtividade de soja nos últimos anos ocorreu, basicamente, pela adoção de tecnologias como o uso de insumos e equipamentos, o que está diretamente relacionado ao custo de produção. Dentre os insumos utilizados, os fertilizantes são os mais onerosos. A região Oeste do Paraná possui grande número de integradores de suínos e aves, gerando uma grande quantidade de dejetos. A utilização de dejetos de animais como fertilizantes é uma alternativa racional, de grande interesse em termos ambientais, econômicos, sociais e agronômicos. Desse modo, o objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos da aplicação de diferentes doses de cama de aviário e dejetos de suínos, nos teores de macronutrientes no solo e nas folhas de soja, bem como sobre a produtividade de grãos e óleo, em comparação à adubação mineral. A área experimental localiza-se na Estação Experimental do Instituto Agronômico do Paraná, no município de Santa Tereza do Oeste - PR. Os tratamentos foram gerados pelo esquema fatorial (2x3)+1+1, sendo dois dejetos (líquido de suínos e cama de aviário) e três doses de cada (cama de aviário: 1,2; 2,4 e 3,6 t/ha (base úmida) e dejeto líquido de suínos: 48; 96 e 144 m3/ha). Os tratamentos adicionais utilizados foram a testemunha (sem adubação) e o com adubação mineral (300 kg/ha do formulado 04-30-10). O delineamento experimental adotado foi o de blocos ao acaso, com três repetições. A adubação com dejetos de animais resultou em maior teor de P e K no solo e maior absorção de N e P pelas plantas, além de um maior porcentual de plantas acamadas em relação à testemunha e à adubação mineral. A produtividade de grãos e o rendimento de óleo foram equivalentes, entre adubação com resíduos animais e adubação mineral e superiores à testemunha, demonstrando que ambos são eficazes em fornecer nutrientes para a cultura da soja.

Made available in DSpace on 2017-07-10T15:14:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissertacaodelvanBlanco.pdf: 1724467 bytes, checksum: f790bc7ea9e5fad4db1ebecded618e88 (MD5) Previous issue date: 2015-03-12 / The increase in productivity of soy beans in recent years happened, basically, for the adoption of technologies such as the use of inputs and equipments, which are directly related to the cost of production. Among the inputs used, fertilizers are more expensive. The western Parana has a large number of pigs and poultry integrators, generating a lot of animal waste. The use of animal waste as fertilizer is a rational alternative of great interest in terms environmental, economic, social and agronomic. Thus the objective of this study was evaluate the effects of different doses application of poultry litter and pig slurry, in to the macronutrient content into soil and soy bean leaves as on grains and soy bean oil compared to mineral fertilization. The experimental area is located at the Experimental Station of the Agronomic Institute of Paraná, in Santa Tereza do Oeste - PR. The treatments were generated by factorial (2x3)+1+1, being two waste (liquid swine and poultry litter) with three doses of each (poultry litter: 1.2, 2.4 and 3.6 t / ha (wet basis) and pig slurry: 48, 96 and 144 m3 (cubic meter) / ha). Others additional treatments were the control (no fertilization) and mineral fertilization (300 kg/ha of the formulated 04-30-10). Experimental delineation adopted was random blocks with three repetitions. The animal manure fertilization resulted in higher levels of P and K into soil and greater absorption of N and P by plants, beyond a higher percentage of lodged plants in relation to the control and mineral fertilization. Grains productivity and soy bean oil income were similar between animal waste and mineral fertilization and higher than the control. It demonstrated both fertilizations are effective providing nutrients for the soy bean culture. / O aumento da produtividade de soja nos últimos anos ocorreu, basicamente, pela adoção de tecnologias como o uso de insumos e equipamentos, o que está diretamente relacionado ao custo de produção. Dentre os insumos utilizados, os fertilizantes são os mais onerosos. A região Oeste do Paraná possui grande número de integradores de suínos e aves, gerando uma grande quantidade de dejetos. A utilização de dejetos de animais como fertilizantes é uma alternativa racional, de grande interesse em termos ambientais, econômicos, sociais e agronômicos. Desse modo, o objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos da aplicação de diferentes doses de cama de aviário e dejetos de suínos, nos teores de macronutrientes no solo e nas folhas de soja, bem como sobre a produtividade de grãos e óleo, em comparação à adubação mineral. A área experimental localiza-se na Estação Experimental do Instituto Agronômico do Paraná, no município de Santa Tereza do Oeste - PR. Os tratamentos foram gerados pelo esquema fatorial (2x3)+1+1, sendo dois dejetos (líquido de suínos e cama de aviário) e três doses de cada (cama de aviário: 1,2; 2,4 e 3,6 t/ha (base úmida) e dejeto líquido de suínos: 48; 96 e 144 m3/ha). Os tratamentos adicionais utilizados foram a testemunha (sem adubação) e o com adubação mineral (300 kg/ha do formulado 04-30-10). O delineamento experimental adotado foi o de blocos ao acaso, com três repetições. A adubação com dejetos de animais resultou em maior teor de P e K no solo e maior absorção de N e P pelas plantas, além de um maior porcentual de plantas acamadas em relação à testemunha e à adubação mineral. A produtividade de grãos e o rendimento de óleo foram equivalentes, entre adubação com resíduos animais e adubação mineral e superiores à testemunha, demonstrando que ambos são eficazes em fornecer nutrientes para a cultura da soja.