Les caméras de vidéosurveillance sont de plus en plus présentes dans notre société, à un point tel que les séquences vidéo sont souvent enregistrées sans être regardées par des agents de sécurité. Il convient donc de créer des algorithmes qui vont effectuer le même travail d'analyse que des surveillants humains. Bien qu'il y ait des inquiétudes au niveau de la vie privée, on peut envisager maintes applications, toutes au service de la société. La détection de changement est à la base de bon nombre d'applications en analyse vidéo. Elle consiste à détecter tout changement intéressant dans une séquence capturée par une caméra fixe. Bien que les méthodes gèrent mieux les difficultés inhérentes à ce problème, il n'y a pas encore de solution définitive à la détection de changement. Avec des milliers de méthodes disponibles dans la littérature, il est présentement très difficile, voire impossible, de comparer ces méthodes et d'identifier lesquelles répondent mieux aux différents défis. Les auteurs font face au même problème lorsqu'ils désirent se comparer à l'état de l'art. Pour faire face à cette situation, nous avons créé un banc d'essai en détection de changement. Ceci inclut la création d'une banque de données d'envergure, d'une méthode d'évaluation quantitative équitable et d'un site web pour consulter le classement et télé-charger les résultats de segmentation des compétiteurs. Des outils et de la documentation pour utiliser ces derniers sont aussi offerts, le tout accessible gratuitement et simplement sur Internet. Comme le but est de devenir le standard de facto , le projet est suffisamment complet et intéressant pour convaincre la communauté scientifique de l'adopter. Ce faisant, nous avons créé notre propre programme d'annotation libre, rassemblé et programmé une dizaine de méthodes de détection de changement, puis déterminé les meilleures méthodes et les difficultés auxquelles la communauté devrait s'attaquer au cours des prochaines années. L'atelier organisé à CVPR 2012, le grand nombre de soumissions et le bon achalandage du site sont des indicateurs encourageants quant à la réussite de notre travail. Il est encore trop tôt pour confirmer quoi que ce soit car l'adoption d'un nouveau standard prend du temps, mais notre pronostic est positif.

La présente étude rend compte de l’utilité de trois ressources pour le traducteur médical, soit le Dictionnaire anglais-français des sciences médicales et paramédicales de Gladstone, la banque de données terminologiques et linguistiques du gouvernement du Canada TERMIUM Plus® et le concordancier en ligne WeBiText, sur la base d’une analyse comparative de leur taux de couverture et du niveau d’acceptabilité des solutions qu’elles proposent. Contrairement à d’autres études, cette recherche mise sur une approche double qui combine un volet quantitatif et qualitatif. À partir d’un ensemble de problèmes de traduction tiré d’un corpus d’étude constitué de huit résumés d’articles scientifiques de revues médicales canadiennes, nous démontrons que le taux de couverture du corpus « Santé » de WeBiText est de 62 %, alors que celui de TERMIUM Plus® est de 37 % et celui du Gladstone de 30 %. Nous montrons par ailleurs que le concordancier fournit environ deux fois plus de solutions que les deux autres ressources. En outre, des données rassemblées dans le cadre d’un questionnaire en ligne auprès de 88 langagiers révèlent que les solutions proposées par WeBiText sont tout aussi acceptables que celles offertes par TERMIUM Plus®, tandis que celles qui figurent dans le Gladstone sont souvent considérées comme inacceptables. Nous en concluons que les corpus parallèles tirés du Web ont une meilleure couverture que les ressources traditionnelles et qu’ils présentent une gamme plus variée de solutions uniques et convenables, notamment pour la traduction de textes médicaux hautement spécialisés. ENGLISH This study reports on the usefulness of three resources for the medical translator, namely Gladstone's English-French dictionary of medical and paramedical sciences, TERMIUM Plus®, the Government of Canada's terminology and linguistic data bank, and WeBiText, an online concordancer, on the basis of a comparative analysis of their coverage and the level of acceptability of the solutions they offer. Unlike other studies, this research adopts a two-fold approach combining quantitative and qualitative perspectives. From a set of translation problems drawn from a corpus of eight scientific paper abstracts from Canadian medical journals, we demonstrate that WeBiText's "Health" corpus has a 62% coverage rate, while that of TERMIUM Plus® is 37% and Gladstone's is 30%. We also show that the concordancer provides roughly twice as many solutions as the other two resources. In addition, data collected through an online survey of 88 language professionals indicates that the solutions found in WeBiText are equally acceptable as those provided by TERMIUM Plus®, while Gladstone's are often considered unacceptable. We conclude that Web parallel corpora have a better coverage than traditional resources and that they offer a broader range of unique and suitable solutions, particularly for the translation of highly specialized medical texts.

La présente étude rend compte de l’utilité de trois ressources pour le traducteur médical, soit le Dictionnaire anglais-français des sciences médicales et paramédicales de Gladstone, la banque de données terminologiques et linguistiques du gouvernement du Canada TERMIUM Plus® et le concordancier en ligne WeBiText, sur la base d’une analyse comparative de leur taux de couverture et du niveau d’acceptabilité des solutions qu’elles proposent. Contrairement à d’autres études, cette recherche mise sur une approche double qui combine un volet quantitatif et qualitatif. À partir d’un ensemble de problèmes de traduction tiré d’un corpus d’étude constitué de huit résumés d’articles scientifiques de revues médicales canadiennes, nous démontrons que le taux de couverture du corpus « Santé » de WeBiText est de 62 %, alors que celui de TERMIUM Plus® est de 37 % et celui du Gladstone de 30 %. Nous montrons par ailleurs que le concordancier fournit environ deux fois plus de solutions que les deux autres ressources. En outre, des données rassemblées dans le cadre d’un questionnaire en ligne auprès de 88 langagiers révèlent que les solutions proposées par WeBiText sont tout aussi acceptables que celles offertes par TERMIUM Plus®, tandis que celles qui figurent dans le Gladstone sont souvent considérées comme inacceptables. Nous en concluons que les corpus parallèles tirés du Web ont une meilleure couverture que les ressources traditionnelles et qu’ils présentent une gamme plus variée de solutions uniques et convenables, notamment pour la traduction de textes médicaux hautement spécialisés. ENGLISH This study reports on the usefulness of three resources for the medical translator, namely Gladstone's English-French dictionary of medical and paramedical sciences, TERMIUM Plus®, the Government of Canada's terminology and linguistic data bank, and WeBiText, an online concordancer, on the basis of a comparative analysis of their coverage and the level of acceptability of the solutions they offer. Unlike other studies, this research adopts a two-fold approach combining quantitative and qualitative perspectives. From a set of translation problems drawn from a corpus of eight scientific paper abstracts from Canadian medical journals, we demonstrate that WeBiText's "Health" corpus has a 62% coverage rate, while that of TERMIUM Plus® is 37% and Gladstone's is 30%. We also show that the concordancer provides roughly twice as many solutions as the other two resources. In addition, data collected through an online survey of 88 language professionals indicates that the solutions found in WeBiText are equally acceptable as those provided by TERMIUM Plus®, while Gladstone's are often considered unacceptable. We conclude that Web parallel corpora have a better coverage than traditional resources and that they offer a broader range of unique and suitable solutions, particularly for the translation of highly specialized medical texts.

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Les approches bioinformatiques développées au cours de cette thèse ont permis d’une part le développement de banques de données concernant les ARNt classiques ainsi que les ARNt mitochondriaux de métazoaires. Celles-ci sont basées sur de nouveaux outils pour la détection de gènes d’ARNt «bizarres» et des alignements de séquences basés sur les propriétés structurales préservées. Les analyses des séquences collectées ont conduit non seulement à une vision globale de la diversité des ARNt dans les génomes mitochondriaux couvrant l’ensemble des groupes taxonomiques des métazoaires, mais également une meilleure connaissance de l’organisation des génomes et d’en proposer des liens évolutifs. Elles ont également permis de confirmer et d’élargir l’existence d’ARNt les plus petits connus à ce jour et de poser les bases de compréhension des repliements tridimensionnaux des ARNt mitochondriaux. Ces travaux permettent de mieux appréhender la compréhension des relations structure/fonction des ARNt mitochondriaux humains, et en particulier les dysfonctionnements dans les pathologies mitochondriales. / The bioinformatic approaches presented in this thesis include the development of databases for classical tRNAs and the mitochondrial tRNAs of metazoans. They are based on new tools for the detection of "bizarre" tRNA genes and sequences, and for the calculation of alignments based on their structural features. The analysis of collected sequences have led to an global overview on the diversity of tRNAs in mitochondrial genomes covering all taxonomic groups of metazoans, but also to a better understanding of genome organization and their evolution. The present study revealed the existence of the smallest known tRNA so far and provides the basis for understanding the three-dimensional folding of mitochondrial tRNA. This work helps to better understand the structure/function relationships of human mitochondrial tRNAs and, in particular, the dysfunctions in mitochondrial pathologies.

La recherche du premier chapitre de ce mémoire a été menée en collaboration avec les co-chercheurs suivants: Catherine Olivier et Michel Bergeron. / Ce mémoire examine plusieurs questions d'éthique auxquelles font face les chercheurs universitaires en ce qui concerne la valorisation (le partage, la réutilisation et la commercialisation) des bases de données et des banques de matériel. Dans un premier temps, nous présentons les résultats d'une étude qualitative du point de vue de vingt deux chercheurs à l'Université de Montréal, qui révèle les nombreuses limitations à la valorisation, y compris le manque de ressources, le consentement à la recherche, la confidentialité des participants ou patients et la compétition entre chercheurs. Malgré ces limitations, le partage de bases et de banques est la forme de valorisation la plus acceptée par les chercheurs à l’Université de Montréal. De plus, ce partage est préconisé dans la documentation scientifique comme un idéal de la science. Dans un deuxième temps, nous démontrons que si le partage de bases et de banques est primae facie une norme éthique généralement acceptée, les limitations à cette norme devraient être davantage comprises et justifiées. Pour ce faire, nous présentons une analyse des limitations principales du partage des bases et des banques qui révèle que la plupart de ces limitations sont causées par des manquements à l’intégrité de la recherche (manque de collégialité ou de confiance). Dans un troisième temps, nous terminons en proposant des recommandations et des pistes de réflexion afin de susciter un plus grand partage éthique des bases de données et des banques de matériel tout en respectant certaines contraintes justifiables. / This master’s thesis focuses principally on the ethical issues faced by university researchers in the valorization (sharing, reuse and commercialization) of databases and material banks. First, I present the results of a qualitative study on the perceptions of 22 researchers at the Université de Montréal regarding various limitations to valorization, including the lack of resources, consent processes, participant confidentiality and competition between researchers. Despite these shortcomings, the sharing of databases and material banks is the mode of valorization most accepted by researchers at the University of Montreal. This sharing is advocated in the scientific literature as an ideal or norm of science. Second, I argue that if such sharing is prima facie ethical and beneficial, then practices which would limit sharing should be better understood and justified. I present an analysis of the main limitations to sharing which reveals that instances of a lack of integrity in research (that undermine collegiality or trust) are at the root of many of these limitations. Third, I conclude with reflections and general recommendations to achieve greater ethical sharing while still acknowledging the existence of certain justifiable constraints.

Ce mémoire examine plusieurs questions d'éthique auxquelles font face les chercheurs universitaires en ce qui concerne la valorisation (le partage, la réutilisation et la commercialisation) des bases de données et des banques de matériel. Dans un premier temps, nous présentons les résultats d'une étude qualitative du point de vue de vingt deux chercheurs à l'Université de Montréal, qui révèle les nombreuses limitations à la valorisation, y compris le manque de ressources, le consentement à la recherche, la confidentialité des participants ou patients et la compétition entre chercheurs. Malgré ces limitations, le partage de bases et de banques est la forme de valorisation la plus acceptée par les chercheurs à l’Université de Montréal. De plus, ce partage est préconisé dans la documentation scientifique comme un idéal de la science. Dans un deuxième temps, nous démontrons que si le partage de bases et de banques est primae facie une norme éthique généralement acceptée, les limitations à cette norme devraient être davantage comprises et justifiées. Pour ce faire, nous présentons une analyse des limitations principales du partage des bases et des banques qui révèle que la plupart de ces limitations sont causées par des manquements à l’intégrité de la recherche (manque de collégialité ou de confiance). Dans un troisième temps, nous terminons en proposant des recommandations et des pistes de réflexion afin de susciter un plus grand partage éthique des bases de données et des banques de matériel tout en respectant certaines contraintes justifiables. / This master’s thesis focuses principally on the ethical issues faced by university researchers in the valorization (sharing, reuse and commercialization) of databases and material banks. First, I present the results of a qualitative study on the perceptions of 22 researchers at the Université de Montréal regarding various limitations to valorization, including the lack of resources, consent processes, participant confidentiality and competition between researchers. Despite these shortcomings, the sharing of databases and material banks is the mode of valorization most accepted by researchers at the University of Montreal. This sharing is advocated in the scientific literature as an ideal or norm of science. Second, I argue that if such sharing is prima facie ethical and beneficial, then practices which would limit sharing should be better understood and justified. I present an analysis of the main limitations to sharing which reveals that instances of a lack of integrity in research (that undermine collegiality or trust) are at the root of many of these limitations. Third, I conclude with reflections and general recommendations to achieve greater ethical sharing while still acknowledging the existence of certain justifiable constraints. / La recherche du premier chapitre de ce mémoire a été menée en collaboration avec les co-chercheurs suivants: Catherine Olivier et Michel Bergeron.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal. / L'anémie est un problème courant qui peut entrainer des conséquences graves et persistantes sur le développement physique et intellectuel de l'enfant. La plupart des pays développés ont souligné l'importance d'un système efficient de surveillance de l'anémie infantile et la banque MED-ECHO offre une source de données susceptibles d'être utilisées à cette fin au Québec, si la qualité des données portant sur l'anémie infantile est validée. Les objectifs de la présente étude étaient d'estimer la complétude de la banque de données MED-ECHO relativement aux diagnostics d'anémie infantile de même que la validité des diagnostics d'anémie nutritionnelle inscrits dans MED-ECHO chez les enfants anémiques. Les données issues de MED-ECHO, portant sur 2010 enfants âgés de 6 mois à 5 ans, hospitalisés au CHU mère-enfant entre 1991 et 1994 ont été comparées aux données des dossiers médicaux. Dans le sous-échantillon de 1308 dossiers représentatif de l'ensemble des patients hospitalisés, la fréquence des cas d'anémie estimée d'après les taux d'hémoglobine (Hb) inscrits aux dossiers était de 14, 1 %, contre 5% pour MED-­ECHO, ce qui conduisait à un faible coefficient de concordance (kappa: 0,4). Toutefois, en excluant les cas d'anémie associée à des pathologies infectieuses ou inflammatoires, qui exigent un traitement médical de la pathologie plutôt que le traitement spécifique de l'anémie, les fréquences d'anémie sont respectivement de 5% et 8,3%, pour un coefficient de concordance de 0,62 qualifié de "bon". La banque de données MEO-ECHO répertoriait 193 cas d'anémie ferriprive parmi les les 3 13 cas d'anémie. La valeur prédictive positive des diagnostics ferriprive était de 100% lorsque l'anémie était le diagnostic principal et de 76,7% lorsqu'elle était un diagnostic secondaire. Aucun cas d'anémie par carence en folates, en cobalarnine ou en protéines n'était répertorié dans MED-ECHO et peu de dossiers comportaient des résultats de dosages de ces nutriments. La banque de données MED-ECHO pourrait constituer un instrument utile pour la surveillance de l'anémie infantile, et possiblement de l'anémie ferriprive. La validation de la banque devrait toutefois être complétée dans d'autres milieux.

Introduction: La démence peut être causée par la maladie d’Alzheimer (MA), la maladie cérébrovasculaire (MCEREV), ou une combinaison des deux. Lorsque la maladie cérébrovasculaire est associée à la démence, les chances de survie sont considérées réduites. Il reste à démontrer si le traitement avec des inhibiteurs de la cholinestérase (ChEIs), qui améliore les symptômes cognitifs et la fonction globale chez les patients atteints de la MA, agit aussi sur les formes vasculaires de démence. Objectifs: La présente étude a été conçue pour déterminer si la coexistence d’une MCEREV était associée avec les chances de survie ou la durée de la période jusqu’au placement en hebergement chez les patients atteints de la MA et traités avec des ChEIs. Des études montrant de moins bons résultats chez les patients souffrant de MCEREV que chez ceux n’en souffrant pas pourrait militer contre l’utilisation des ChEIs chez les patients atteints à la fois de la MA et la MCEREV. L'objectif d'une seconde analyse était d'évaluer pour la première fois chez les patients atteints de la MA l'impact potentiel du biais de « temps-immortel » (et de suivi) sur ces résultats (mort ou placement en hebergement). Méthodes: Une étude de cohorte rétrospective a été conduite en utilisant les bases de données de la Régie de l’Assurance Maladie du Québec (RAMQ) pour examiner la durée de la période jusqu’au placement en hebergement ou jusqu’au v décès des patients atteints de la MA, âgés de 66 ans et plus, avec ou sans MCEREV, et traités avec des ChEIs entre le 1er Juillet 2000 et le 30 Juin 2003. Puisque les ChEIs sont uniquement indiquées pour la MA au Canada, chaque prescription de ChEIs a été considérée comme un diagnostic de la MA. La MCEREV concomitante a été identifié sur la base d'un diagnostic à vie d’un accident vasculaire cérébral (AVC) ou d’une endartériectomie, ou d’un diagnostic d'un accident ischémique transitoire au cours des six mois précédant la date d’entrée. Des analyses séparées ont été conduites pour les patients utilisant les ChEIs de façon persistante et pour ceux ayant interrompu la thérapie. Sept modèles de régression à risque proportionnel de Cox qui ont varié par rapport à la définition de la date d’entrée (début du suivi) et à la durée du suivi ont été utilisés pour évaluer l'impact du biais de temps-immortel. Résultats: 4,428 patients ont répondu aux critères d’inclusion pour la MA avec MCEREV; le groupe de patients souffrant seulement de la MA comptait 13,512 individus. Pour le critère d’évaluation composite considérant la durée de la période jusqu’au placement en hebergement ou jusqu’au décès, les taux de survie à 1,000 jours étaient plus faibles parmi les patients atteints de la MA avec MCEREV que parmi ceux atteints seulement de la MA (p<0.01), mais les différences absolues étaient très faibles (84% vs. 86% pour l’utilisation continue de ChEIs ; 77% vs. 78% pour la thérapie avec ChEIs interrompue). Pour les critères d’évaluation secondaires, la période jusqu’au décès était plus courte chez les patients avec la MCEREV que sans la MCEREV, mais la période jusqu’au vi placement en hebergement n’était pas différente entre les deux groupes. Dans l'analyse primaire (non-biaisée), aucune association a été trouvée entre le type de ChEI et la mort ou le placement en maison d'hébergement. Cependant, après l'introduction du biais de temps-immortel, on a observé un fort effet différentiel. Limitations: Les résultats peuvent avoir été affectés par le biais de sélection (classification impropre), par les différences entre les groupes en termes de consommation de tabac et d’indice de masse corporelle (ces informations n’étaient pas disponibles dans les bases de données de la RAMQ) et de durée de la thérapie avec les ChEIs. Conclusions: Les associations entre la coexistence d’une MCEREV et la durée de la période jusqu’au placement en hebergement ou au décès apparaissent peu pertinentes cliniquement parmi les patients atteints de la MA traités avec des ChEIs. L’absence de différence entre les patients atteints de la MA souffrant ou non de la MCEREV suggère que la coexistence d’une MCEREV ne devrait pas être une raison de refuser aux patients atteints de la MA l’accès au traitement avec des ChEIs. Le calcul des « personne-temps » non exposés dans l'analyse élimine les estimations biaisées de l'efficacité des médicaments. / Introduction: Dementia may be caused by Alzheimer’s disease (AD), cerebrovascular disease (CVD), or a combination of both. When CVD is associated with dementia, survival is thought to be reduced. It is unclear whether treatment with cholinesterase inhibitors (ChEIs), which has been found to improve cognitive symptoms and global function in AD patients, has similar benefits in vascular forms of dementia. Objectives: The present study was designed to determine whether co-existing CVD is associated with survival or time to nursing home placement (NHP) among AD patients treated with ChEIs. Findings of poorer outcomes in patients with versus without CVD might argue against the use of ChEIs for AD patients in whom CVD co-exists. The objective of a second analysis was to assess for the first time in patients with AD the potential impact of immortal time (and followup) bias on risk for these outcomes. Methods: A retrospective cohort study was undertaken using the Régie de l’Assurance Maladie du Québec (RAMQ) databases to examine the time to NHP or death for AD patients aged 66+, with or without CVD, treated with ChEIs between July 1, 2000, and June 30, 2003. Because ChEIs are approved only for AD in Canada, a ChEI prescription was used as a surrogate for an AD diagnosis. Concomitant CVD was identified on the basis of a lifetime diagnosis of stroke or ii endarterectomy, or a diagnosis of transient ischemic attack within the six months prior to the index date. Separate analyses were performed for patients with persistent ChEI use and those who discontinued ChEI therapy. Seven Cox proportional hazard regression models which varied in the definition of the index date (start of follow-up) and the duration of follow-up were used to evaluate the impact of immortal time bias. Results: 4,428 patients met inclusion criteria for AD with CVD; 13,512 were classified as having AD alone. For the composite endpoint of NHP or death, 1,000-day survival rates were lower among AD patients with versus without CVD (p<0.01), but absolute differences were very small (84% vs. 86% with continuous ChEI use; 77% vs. 78% with discontinuous ChEI therapy). Of the secondary endpoints, time to death was shorter for patients with versus without CVD, but time to NHP did not differ between groups. In the primary, unbiased analysis, no association was found between ChEI treatment type and death or NHP. However, after introduction of immortal time bias, a strong differential effect was observed. Limitations: Results may have been affected by selection (misclassification) bias, between-group differences in smoking and body mass index (information on which was not available in the RAMQ databases), and duration of ChEI therapy. Conclusions: Associations between co-existing CVD and time to NHP or death appeared to be of little clinical relevance among AD patients treated with ChEIs. iii The lack of difference between AD patients with and without CVD suggests that CVD should not be used as a reason to deny AD patients access to ChEI treatment. Properly accounting for unexposed person-time in the analysis eliminates biased estimates of drug efficacy.

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