Made available in DSpace on 2013-08-07T18:42:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000444045-Texto+Completo-0.pdf: 8676416 bytes, checksum: 5dc6fddb810c5c4102aeef934f1d8983 (MD5) Previous issue date: 2012 / Metagenomic sequencing technologies are advancing rapidly and the size of output data from high-throughput genetic sequencing has increased substantially over the years. Our optimízations and performance evaluations are focused in some of the most critical and time-consuming steps of a metagenomic analysís: pre-processing, taxonomic classification assignment and post-processing of classification results. Optimizations and functions were implemented and introduced in a new architecture, PANGEA+, based on the PANGEA metagenomic pipeline. The main improvements of the present tool are: support of new input file formats and NCBI taxonomy database, new species classification methods, consensus analysis, implementation of distributed memory (MPI) for species classification step, and low complexity optimizations for the post-processing of classification results. The evaluation of the new architecture, shows remarkable improvements in many features and, mainly, in the species classification accuracy and performance. / As tecnologias de sequenciamento metagenômico tem avançado rapidamente e a quantidade de dados gerados a partir do sequenciamento em larga escala tem aumentado substancialmente ao longo dos anos. As presentes otimizações e avaliações de desempenho tem foco em algumas das etapas mais críticas e que consomem mais tempo em uma análise metagenômica: pré-processamento, classificação taxonômica e pós - processamento dos resultados de classificação. Otimizações e funções foram implementadas e introduzidas em uma nova arquitetura, PANGEA+, baseada no pipeline metagenômico PANGEA. Os principais melhoramentos alcançados com a presente ferramenta foram: suporte a vários formatos de arquivos de entrada e a base de dados taxonômicos do NCBI, novos métodos de classificação de espécies incluídos, análise consenso, implementação de memória distribuída para a fase de classificação de espécies, otimizações de baixa complexidade para o pós-processamento dos resultados de classificação. A avaliação da nova arquitetura, PANGEA+, demonstra melhoramentos consideráveis em várias funcionalidades e, principalmente, na etapa de classificação de espécies, tanto em exatidão quanto em desempenho computacional.

Made available in DSpace on 2012-05-07T15:02:17Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 000012.pdf: 9383091 bytes, checksum: 88e7a35810c189cbcb0ebde99c5d4e73 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. / A validação para adequação dos itens de qualidade é uma orientação do Guia Para Operação de Centros de Recursos Biológicos da OCDE (Organização para Cooperação e Desenvolvimento Econômico). Os Centros de Recursos Biológicos (CRB) devem disponibilizar dados descrevendo o material biológico e sua origem ao Global Biological Resource Centre Network (GBRCN). De acordo com o guia, os CRBs deverão produzir e armazenar dados eletrônicos e catálogos baseados em informações validadas. Os dados também devem ser conservados para rastreabilidade em conformidade com as leis, regulamentos e políticas nacionais. Os depositários são responsáveis por assegurar a qualidade dos dados associados com o material biológico. A orientação da norma da qualidade ABNT NBR ISO/IEC 17025:2005, é que softwares de prateleira utilizados devam ser validados. Utilizando as ISOs para qualidade de produção de software de prateleira, engenharia de software, visão geral e processos, processos de ciclo de vida de software, incluindo a comprovação documental, este trabalho resultou na validação do Sistema de Gerenciamento de Banco de Dados INFOGER_FUNGOS, uma ferramenta de administração da Coleção de Micro-organismos de Referência avaliando sua capacidade de desempenho e qualidade. Este sistema é objeto de um processo de propriedade intelectual para tratamento de dados, gerando informações de qualidade nos serviços de referência desta Coleção. / Validation for adequacy of quality items is an orientation of the Guide to Operation of Biological Resource Centers OECD (Organization for Economic Cooperation and Development). The Biological Resource Centers (BRC) must provide data describing the biological material and its origin to the Global Biological Resource Center Network (GBRCN). According to the guide, the BRCs should produce and store electronic data and catalogs based on validated information. The data also should be retained for traceability in accordance with the laws, regulations and policies. The trustees are responsible for ensuring the quality of the data associated with the biological material. The orientation of the quality standard ISO / IEC 17025:2005, is that shelf software used should be validated. By using the ISOs to production quality of packaged software, software engineering, overview and processes including documentary evidence, this work resulted in the validation of the Database Management System INFOGER_FUNGOS, an administration tool for the Collection of Reference Microorganisms evaluating its performance and quality. This system is subject to a process of intellectual property for data processing, generating high quality information for the reference services of this collection.

Dissertação apresentada para obtenção do grau de Doutor em Engenharia Electrotécnica e de Computadores, na Faculdade de Engenharia da Universidade do porto, sob a orientação do Prof. Dr. Raul Fernando de Almeida Moreira Vidal

Submitted by Pós-Com Pós-Com (pos-com@ufba.br) on 2012-01-11T13:48:39Z No. of bitstreams: 1 Jan_Alyne.pdf: 8076039 bytes, checksum: edd22cf3b8094a9baeaf82d0ef39b28c (MD5) / Made available in DSpace on 2012-01-11T13:48:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jan_Alyne.pdf: 8076039 bytes, checksum: edd22cf3b8094a9baeaf82d0ef39b28c (MD5) / Esta tese tem por objetivo principal discutir e propor modelos de pesquisa destinados a investigar a metáfora do agendamento através da observação e análise das propriedades, funcionalidades e construções comunicativas que caracterizam determinados sistemas e ambientes informativos da Web; mais especificamente, a tese busca fornecer instrumentos conceituais e metodológicos destinados a operacionalizar a percepção de importância dos temas,predicados e agendas entre o público/usuário de tais sistemas/ambientes informativos. Tais proposições se justificam em função de profundas mudanças e complexificações subjacentes às práticas de produção, difusão, acesso e consumo de informação através do ambiente Web. Delimitamos quatro modalidades de sistemas e ambientes informativos da Web como potenciais corpora empírico para a transposição da metáfora da agenda do público, através dos quais observaremos, analisaremos e discutiremos as potencialidades, limitações e desafios para a expansão centrífuga e centrípeta do paradigma do agenda-setting assente em bases de dados e algoritmos da Web.

Submitted by Tatiana Silva (tsilva@icict.fiocruz.br) on 2013-01-25T17:22:15Z No. of bitstreams: 1 rafael_r_c_cuadrat_ioc_bcm_0020_2010.pdf: 3574577 bytes, checksum: 65d8a71b5e600c5b8c4651cfa407aa78 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-01-25T17:22:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 rafael_r_c_cuadrat_ioc_bcm_0020_2010.pdf: 3574577 bytes, checksum: 65d8a71b5e600c5b8c4651cfa407aa78 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz.Instituto Oswaldo Cruz. Rio de janeiro, RJ, Brasil / O uso abusivo de antibióticos nos últimos tempos tem causado o surgimento de cepas multi-resistentes, inclusive em relação às moléculas de última geração, como por exemplo as cepas de Staphylococcus aureusresistentes à Vancomicina. Isto torna importante abusca por novas moléculas com ação antimicrobiana. A indústria farmacêutica, durante décadas, tem trabalhado com a modificação química dos produtos naturais (produzidos a partir de microorganismos cultivados) na tentativa de aumentar a potência destes compostos, para torná-los eficazes contra as cepas resistentes aos atuais fármacos. Porém, a descoberta de novos compostos naturais se mostra mais eficiente emenos onerosa do que a modificação de compostos já conhecidos. Entretanto, estudos vêm demonstrando que somente uma pequena porcentagem (1%-10%) dos microrganismos presentes na natureza pode ser isolada e mantida em meios de cultura artificiais, fazendo com que estes isolados e suas respectivas moléculas sejam sempre “redescobertos”, limitando o desenvolvimento de novos fármacos. Contudo, abordagens moleculares como a metagenômica e ferramentas de bioinformática têm sido utilizadas combinadamente para o acesso direto ao DNA dos microrganismos não cultiváveis. Através da clonagem de fragmentos de DNA ambiental e posterior triagem por hibridização, PCR e sequenciamento, podemos obter informações referentes a genes que codificam moléculas de interesse biotecnológico e farmacológico, como por exemplo: lipases, esterases, celulases, quitinases, policetídeo sintases, etc. As famílias de genes que codificam as enzimas PKSs (polyketides synthases) e halogenases flanqueadoras são consideradas de interesse biotecnológico pois são produzidas no metabolismo secundário de diversos organismos e são fundamentais para a síntese de compostos antimicrobianos e antitumor. Visando a identificação e análise da variabilidade das PKSs, é interessante que se utilize amostras de DNA de ambientes com alta diversidade genética, como é o caso dos ambientes marinhos costeiros. Trabalhos preliminares realizados por nosso grupo mostram considerável diversidade em águas superficiais marinhas, composta por fungos, dinoflagelados, cianobactérias e actinobactérias não cultivados. O objetivo deste trabalho é analisar a diversidade de PKSs em ambientes marinhos, realizando inferências sobre evolução e filogenia destas enzimas. Foi possível sequenciar 5novas regiões KS de PKS tipo I iterativa e modular, além de constatar uma grande diversidade de PKS nos bancos de dados ambientais estudados. / Overuse of antibiotics in recent times has caused the emergence multi-resistents strain, including some molecules of last generation, such as strains of Staphylococcus aureus resistant to Vancomycin. This makes it important tosearch for new molecules with anti-microbial activity. The pharmaceutical industry, for decades, has worked with the chemical modification of natural products (produced from cultivated microorganisms) in an attempt to increase the potency of these compounds to make them effective against strains resistant to current drugs. However, the discovery of new natural compounds is more efficient and less costly than the modification of compounds known. However, research has shown that only a small percentage (1% -10%) of microorganisms in nature can be isolated and kept in artificial culture medium, making these isolates and their molecules are always "rediscovered" by limiting the development of new drugs. However, molecular approaches such as metagenomic and bioinformatics tools have been used in combination for direct access to the DNA of non-cultivable microorganisms. By cloning DNA fragmentsand subsequent environmental screening by hybridization, PCR and sequencing, we can obtain information about the genes that encode molecules of pharmacological and biotechnological interest, for example, lipases, esterases, cellulases, chitinases, polyketide synthases, etc. The families of genes that encode enzymes PKSs (polyketides synthases) and flanking halogenases are considered of biotechnological interest because they are producedin the secondary metabolism of different organisms and are essential for the synthesis of antimicrobial compounds and antitumor. For the identification and analysis of variability of PKSs, it is interesting to use DNA samples from environments with high genetic diversity, as is the case of coastal marine environments. Preliminary work performed by our group show considerable diversity in marine surface waters, composed of fungi, dinoflagellates, cyanobacteria and uncultured actinobacteria. The objective of this study is to analyze the diversityof PKSs in marine environments, making inferences about evolution and phylogeny of these enzymes. It was possible to sequence 5 new regions of KS type I iterative and modular, and seea great diversity of PKSs in environmental databases studied.

Made available in DSpace on 2016-04-07T13:21:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 milene_jezuz_ioc_dout_2013.pdf: 1977625 bytes, checksum: 319190da9936c6ea521704bed4808f50 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / As doenças negligenciadas, como a dengue, malária e doença de Chagas, entre outras, que prevalecem em países menos desenvolvidos e em ambientes cercados por condições de pobreza, afetam um sexto da população mundial, matando cerca de três mil pessoas a cada dia no mundo. Porém, pouco investimento tem sido feito em pesquisas sobre essas doenças com o fim de obter fármacos menos agressivos aos seres humanos e com ações mais eficazes. Os fármacos existentes utilizados atualmente em tratamentos para essas doenças datam de 30, 40 ou até 50 anos atrás. Existe um grande volume de trabalhos científicos disponibilizados em bibliotecas digitais que armazenam artigos voltados à descrição da biologia, imunologia e genética dos parasitas que causam estas doenças. Esses trabalhos podem ser acessados através de técnicas para mineração de textos, em busca de compostos bioativos ainda não completamente explorados que venham contribuir para o desenvolvimento de novos tratamentos contra essas doenças Com esse fim, neste trabalho é apresentada uma metodologia organizada a partir do workflow WIMBAT que utiliza métodos e técnicas de mineração de textos para possibilitar a extração de termos que descrevam tais compostos a partir de informações obtidas em bancos de dados biológicos, culminando com a construção de grafos para possibilitar a análise de associações entre os compostos identificados e a sua função aos agentes causadores destas doenças / Neglected diseases such as Dengue, Malaria and Chag as disease among others are prevalent in less developed countries and in environments sur rounded by poverty, affecting one-sixth of the world population, killing about 3000 people eac h day worldwide. However, a small investment has been made in research on these disea ses to obtain less aggressive drugs to humans and accomplish most effective actions and th us, the existing drugs used in treatments date back 30, 40 or even 50 years back. There is a large volume of scientific papers availa ble in digital libraries that store articles related to the description of the biology, immunolo gy and genetics of the parasites that cause these diseases and can be accessed through text min ing techniques, aiming the search of bioactive compounds not properly exploitedyet that might contribute to the development of new treatments against these diseases. To this end, this thesis presents the workflow bas ed methodology called WIMBAT that uses methods and text mining techniques to enable the ex traction of terms describing such compounds from information obtained from biologica l databases, ending within the construction of graphs that enable the specialistth e associations analysis between the identified compounds and their function to the caus ative agents of these diseases

Submitted by Pós-Com Pós-Com (pos-com@ufba.br) on 2015-04-17T14:53:37Z No. of bitstreams: 1 Yuri de Goes Novaes Beserra de Almeida - Dissertação.pdf: 2164902 bytes, checksum: 1ee2763dcd97e683cbec71dafb051225 (MD5) / Approved for entry into archive by Vania Magalhaes (magal@ufba.br) on 2018-01-30T12:39:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Yuri de Goes Novaes Beserra de Almeida - Dissertação.pdf: 2164902 bytes, checksum: 1ee2763dcd97e683cbec71dafb051225 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-30T12:39:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Yuri de Goes Novaes Beserra de Almeida - Dissertação.pdf: 2164902 bytes, checksum: 1ee2763dcd97e683cbec71dafb051225 (MD5) / CNPQ / Esta dissertação visa ponderar a questão relativa à reconfiguração do jornalismo colaborativo a partir de associações com base de dados. Ao identificar e compreender os usos, reconfigurações e funções das bases de dados no Jornalismo Colaborativo, propõe-se uma nova fase para a produção colaborativa de conteúdo.Após a análise de aplicativos gerados por cidadãos, após a abertura de bases de dados governamentais na América Latina e das experiências desenvolvidas por organizações jornalísticas, são apresentadas funcionalidades e categorias, que configuram as bases de dados como dispositivos para a colaboração. / This dissertation has the objective to talk about the journalism colaborative reconfiguration, based on databases associations. Identifiyng and understanding databases uses, reconfigurations and functions, it suggests a new phase to colaborative content production. After citizens generated applications analisys, Latin American goverments databases openness and jornalistic organizations developed experiences, categories and functionalities are presented that assign to databases as colaboration apparatus.

Made available in DSpace on 2013-09-17T11:19:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000450555-Texto+Completo-0.pdf: 3122283 bytes, checksum: 9eaeb2d71061a1937700024d7aad7dfc (MD5) Previous issue date: 2013 / Despite help systems have been considered a way to help users to better understand and use applications in general, users are still resistant in using them. Aiming to promote and encourage their use, peer help systems promote aid from applications users through the formation of pairs of users that will interact to complement the assistance provided by online help system. In this context, this study aims to support the process of users search and selection to form these pairs using recommender systems and, thus, try to qualify users understanding about the environment where they are inserted. In this regard, it was proposed a selection process of pairs that use similarity index and relevant criteria mentioned by users. This process was directed to a collaborative learning environment that was chosen because it is growing and has a wide range of user profiles and tasks making it a fertile environment for the implementation of a help system. The proposed process was implemented in a prototype of a peer help system, allowing the analysis of the pair formation that was made and thus getting information about the effectiveness of its use, and therefore making it possible to analyze the potential of the use of recommendation techniques with the process of forming pairs. / Apesar de serem uma forma de ajudar os usuários a entenderem melhor e, por consequência, fazerem um melhor uso das aplicações que necessitam usar, os sistemas de ajuda ainda enfrentam a resistência dos usuários. Visando promover melhorias e incentivar seu uso, os sistemas de ajuda em pares promovem ajuda proveniente dos próprios usuários da aplicação através da formação de pares de usuários, que irão interagir, de forma a complementar a ajuda oferecida pelo sistema de ajuda on-line. Neste contexto, o objetivo do presente trabalho é apoiar, com o uso de sistemas de recomendação, o processo de busca e seleção de usuários para a formação destes pares e desta forma tentar qualificar a compreensão dos usuários sobre o ambiente em que estão inseridos. Para isto foi proposto um processo de seleção de pares utilizando índices de similaridade (provenientes de algoritmos de recomendação) e critérios de escolha apontados pelos usuários. Este processo foi direcionado para ambientes colaborativos de ensino, os quais foram escolhidos por estarem em expansão e possuírem uma variada gama de perfis de usuários e de tarefas, o que os torna um ambiente fértil para a aplicação de um sistema de ajuda. O processo proposto foi implementado em um protótipo de sistema de ajuda em pares, permitindo analisar a formação de pares feitas e, assim obter informações a respeito da efetividade de seu uso, sendo possível com isso analisar as potencialidades do uso de técnicas de recomendação agregadas ao processo de seleção de pares.

Made available in DSpace on 2014-06-12T16:01:03Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo7148_1.pdf: 2212386 bytes, checksum: 6b2b0d7c2a94dfe1e1f831000f3dabe2 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Data mining surgiu da necessidade de extração do conhecimento a partir de volumosas massas de dados. Na verdade data mining faz parte de um processo mais amplo e complexo denominado KDD (Knowledge Discovery in Databases). O problema é que não há na prática uma metodologia completa para apoiar o usuário no desenvolvimento do processo de KDD. Neste contexto, o principal objetivo do presente trabalho é propor uma metodologia genérica para desenvolvimento de soluções em KDD integrada a um sistema para apoio ao usuário na documentação dos processos. A proposta assegura o desenvolvimento de projetos em KDD de alta qualidade, que atenda às expectativas do cliente dentro do tempo e orçamento previstos. Ao final, é aplicada a proposta em um estudo prático no problema de diagnóstico de falhas

Made available in DSpace on 2014-06-12T16:25:03Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo2027_1.pdf: 2315962 bytes, checksum: 9d0d1f0d0ede92c731ca98c2ae78d498 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / O entendimento da realidade para representá-la em documentos cartográficos é fundamental para a elaboração da Base de Dados Espaciais. A pesquisa desenvolvida surgiu da necessidade de abstrair o mundo real de forma organizada e estruturada para elaboração dos documentos cartográficos. O objetivo da pesquisa foi investigar a utilização de mapas cognitivos na fase da Abstração do Mundo Real para a construção de documentos cartográficos no planejamento turístico, apresentando os procedimentos para a construção, identificando e discutindo as variáveis relevantes para a geração da Base de Dados Espaciais. Para demonstrar a metodologia aplicada foi desenvolvido o mapa cognitivo causal para o planejamento turístico do município do Conde, Paraíba, em programa computacional específico, considerando os dados documentais e entrevistas