Orientador: Rodrigo Tavanelli Hernandes / Resumo: Escherichia coli uropatogênica (UPEC) causa a maioria das infecções do trato urinário (ITU), incluindo cistite e pielonefrite, no hospedeiro humano. A UPEC utiliza numerosos fatores de virulência para entrar, aderir, colonizar, adquirir nutrientes essenciais, multiplicar e causar danos ao ambiente do trato urinário. Estudos recentes demonstraram que alguns isolados de UPEC carregam fatores de virulência associados à patótipos diarreiogênicos de E. coli (DEC), como EAEC (E. coli enteroagregativa) e EPEC (E. coli enteropatogênica). Uma grande preocupação nas infecções por UPEC é o aumento da resistência antimicrobiana, levando à falha do tratamento em algumas ITUs causadas por esse patógeno. Nesse estudo, um total de 118 isolados de UPEC de amostras ambulatoriais de urina de pacientes atendidos no Hospital das Clinicas da Faculdade de medicina de Botucatu entre março e maio de 2018. Reação em cadeia da polimerase (PCR) foi usada para detectar 29 genes que codificam fatores de virulência, bem como marcadores de DEC (escN, stx1/2, aatA e aggR); além de genes que codificam adesinas e toxinas associadas ao patótipo EAEC. Os isolados de UPEC foram designados nos diferentes filogrupos de E. coli, utilizando um PCR quadruplex; e a determinação do perfil de susceptibilidade antimicrobiana foi realizada pelo método de disco difusão. Entre os isolados estudados, 39,8% foram atribuídos ao filogrupo B2, enquanto UPEC dos filogrupos B1 (14,4%), A (14,4%), D (12,7%), F (8,5%), G (3,4%), E ( ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Uropathogenic Escherichia coli (UPEC) cause the majority of urinary tract infections (UTIs), including cystitis and pyelonephritis, in the human host. UPEC utilizes numerous virulence factors to entry, adhere, colonize, acquire essential nutrients, multiply and cause damage in the urinary tract environment. Recent studies have shown that some UPEC isolates carry virulence factors associated with the diarrheagenic E. coli (DEC) pathotypes, such as EAEC (enteroaggregative E. coli) and EPEC (enteropathogenic E. coli). A major concern in UPEC infections is the constant increasing of antimicrobial resistance, thus leading to treatment failure in some UTIs caused by this pathogen. In this study a total of 118 UPEC isolates were obtained from outpatient urine samples, attended at University Hospital of Botucatu Medical School between March and May of 2018. Polymerase chain reaction (PCR) was used to detect 29 virulence factor-encoding genes, diarhoeagenic E. coli markers, (escN, stx1/2, aatA and aggR), as well as genes encoding adhesins and toxins associated with the EAEC pathotype. The UPEC isolates were assigned in the distinct E. coli phylogroups, using a quadruplex PCR; and the determination of the antimicrobial resistance profile was performed using the diskdiffusion method. Among the isolates studied, 39.8% were assigned to phylogroup B2, while UPEC isolates from other phylogroups were detected as follows: B1 (14,4%), A (14,4%), D (12,7%), F (8,5%), G (3,4%), E ( 2,5%), E. cla... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Biblioteca da Faculdade de Farmácia (bff@ndc.uff.br) on 2017-04-18T16:42:00Z No. of bitstreams: 1 Fleming, Maria Emília de Castro Kling [Dissertação, 2011].pdf: 3850457 bytes, checksum: 76e7a64373d2898f956190ecd2aa26c3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T16:42:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Fleming, Maria Emília de Castro Kling [Dissertação, 2011].pdf: 3850457 bytes, checksum: 76e7a64373d2898f956190ecd2aa26c3 (MD5) / Introdução: As infecções de corrente sanguínea estão entre as mais graves infecções, principalmente se causadas por microrganismos resistentes a antimicrobianos. O objetivo deste estudo foi avaliar a prevalência e o perfil de resistência de microrganismos isolados em hemoculturas em um hospital público e outro privado localizados em Niterói, Rio de Janeiro, Brasil. MÉTODOS: O estudo foi conduzido em um hospital geral de natureza pública com 227 leitos e um hospital geral, privado contendo 123 leitos, entre Agosto de 2009 a Agosto de 2010. Todas as amostras provenientes de pacientes maiores de 18 anos foram consecutivamente coletadas após identificação por métodos de rotina de cada laboratório de microbiologia. As cepas de E. coli, K. pneumoniae, K. oxytoca e P. mirabilis foram testadas quanto a produção de ESBL (Extended Spectrum Betalactamase) de acordo com as recomendações do CLSI. As enterobactérias foram testadas quanto a produção de carbapenemases pelo teste modificado de Hodge (CLSI). As amostras de P. aeruginosa foram testadas para a produção de MBLs pelo teste fenotípico de disco combinado. A reação em cadeia da polimerase (PCR) foi utilizada para a detecção dos genes (blaIMP, blaVIM, blaSPM), relacionados com a produção de metalo-beta-lactamases (MBLs). A similaridade genética entre as cepas de P. aeruginosa foi avaliada pela técnica de eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). RESULTADOS: Foram coletadas 195 amostras de microrganismos isolados em hemoculturas no hospital público e 123 amostras no hospital privado. Os nãofermentadores foram a maior causa de bacteremias na unidade de terapia intensiva (UTI) da instituição pública. As enterobactérias foram os microrganismos mais prevalentes nas enfermarias da unidade privada. No hospital público foram detectadas amostras produtoras de ESBL, enquanto no hospital privado foram identificadas cepas produtoras de carbapenemases. Dentre as cepas de P. aeruginosa, 40 amostras foram testadas para a produção de MBLs. Treze cepas (32,5%) foram positivas no teste fenotípico e no PCR, todas positivas para o gene blaSPM-1, sendo que apenas uma foi proveniente da instituição pública e 12 do hospital particular. Nenhuma amostra carreadora dos genes blaIMP-1 e blaVIM-2 foram detectadas. Os resultados de PFGE mostraram que todas as cepas carreadoras do gene blaSPM-1, isoladas no hospital privado, foram geneticamente relacionadas (Pulsotipo A), o que pode indicar uma transmissão cruzada entre os pacientes e profissionais de saúde. CONCLUSÕES: As características dos microrganismos isolados em hemoculturas variou entre as unidades de internação e entre os hospitais, demonstrando que os dados locais podem orientar a terapia antimicrobiana e as medidas de controle e prevenção das infecções. Devido ao impacto das infecções de corrente sanguínea e a presença de microrganismos resistentes no ambiente hospitalar, estudos adicionais e medidas de vigilância são necessárias / Introduction: Bloodstream infections are one of the most serious bacterial infections, especially if caused by resistant microorganisms. The purpose of this study was to assess the prevalence and resistance profile of pathogens isolated from blood cultures in a public and a private hospital of Niterói, Rio de Janeiro, Brazil. METHODS: A case-series of patients with blood stream infection was conducted at a 227-bed public general hospital and at a 123-bed private general hospital from August 2009 to August 2010. All isolates were consecutively detected from patients minimum age of 18 years and identified by the routine methodology used at each laboratory. Every E. coli, K. pneumoniae, K. oxytoca and P. mirabilis isolates were tested for ESBL (Extended Spectrum Beta-lactamase) production using the CLSI guidelines. The Enterobacteriaceae was tested for carbapenemase production using the Modified Hodge test (CLSI). Every P. aeruginosa were tested for metallo-betalactamases (MBLs) producing by the phenotypic method of combined disk. The polymerase chain reaction (PCR) was used to detect the MβLs genes (blaIMP, blaVIM, blaSPM). The genetic similarity between the strains was evaluated in samples which were positive for MBLs using the pulsed field gel electrophoresis technique (PFGE). RESULTS: Were collected 195 samples of microorganisms isolated in blood cultures in the public hospital and 123 samples in the private hospital. The non-fermentatives were the major cause of bacteremia in the ICU of public hospital. The Enterobacteriaceae were the most prevalent in the the wards of private hospital. In the public hospital, we found strains producing ESBL and in the private hospital, strains producing carbapenemase. Forty samples of P. aeruginosa were tested for MBL producing. Thirteen strains (32,5%) were positive in phenotypic test and in PCR, every sample were positive for blaSPM-1, and only one was from the public institution and 12 of the particular hospital. No blaIMP-1 and blaVIM gene were detected. The PFGE analysis showed that all blaSPM-1 gene-carrying strains isolated in private hospital were genetically related (Pulsetype A), suggesting a cross transmission between patients and health professionals. CONCLUSIONS: The characteristics of the microorganisms isolated from blood culture varied from hospital to hospital and between inpatient units, showing that local data can help with therapeutic choices and with the prevention and control of infection. Due to the impact of bloodstream infections and the presence of resistant microorganisms in the hospitals, additional studies and monitoring measures are necessary

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-10-17T13:53:14Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_EpidemiologiaInfeccoesCorrente.pdf: 766099 bytes, checksum: 05ecc342e2ed41b2ef10f89f10b2c8a1 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-10-25T14:47:32Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_EpidemiologiaInfeccoesCorrente.pdf: 766099 bytes, checksum: 05ecc342e2ed41b2ef10f89f10b2c8a1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-25T14:47:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_EpidemiologiaInfeccoesCorrente.pdf: 766099 bytes, checksum: 05ecc342e2ed41b2ef10f89f10b2c8a1 (MD5) Previous issue date: 2012 / Bacilos gram-negativos, em especial enterobactérias, estão entre os agentes mais comuns de sepse neonatal. O objetivo desta pesquisa foi estudar as infecções de corrente sanguínea (ICS) por enterobactérias produtoras de betalactamase de espectro expandido (ESBL) em pacientes internados em unidade neonatal da região norte do Brasil. Estudo retrospectivo, caso-controle de neonatos admitidos em unidade neonatal, entre 01 janeiro de 2007 e 31 de dezembro de 2011, com ICS tardia com hemoculturas positivas para Klebsiella sp., Serratia sp., Enterobacter sp. ou E. coli, isoladas, segundo os critérios do National Committee for Clinical Laboratory Standards. Foram identificados 153 neonatos com ICS por enterobactéria, dos quais 87 (56,8%) estavam infectados por enterobactéria produtora de ESBL, com incidência de 8,6 casos para cada 1000 recém-nascidos admitidos. Foram estudados 132 pacientes, divididos em casos (ESBL +) e controles (ESBL -), com 66 em cada (1:1). A maioria dos casos foi acometida nos primeiros dias de vida (34,8% vs. 9,1%, p=0,001), principalmente em 2007 (19,7%) e fez uso de dois antibióticos (59,1% vs. 33,3%, p=0,01). O grupo controle fez mais uso de cateter venoso central (62,1% vs. 45,4%, p= 0,037) e de nutrição parenteral (75,7% vs. 48,5%). A curva de distribuição de enterobactérias de acordo com a produção de ESBL evidenciou maior número de casos em 2007 e 2008 (56%), com uma maior chance de aquisição de enterobactéria ESBL (+) nestes anos (78% e 72%, respectivamente), e maior número de isolados ESBL negativo em 2010 e 2011 (72,7%). A evolução a óbito foi maior entre os casos (40,9% vs. 24,2%, p= 0,031) e a maioria morreu até 30 dias após o episódio de ICS (92,6% vs. 50,0%, p= 0,002). Na análise multivariada, a evolução a óbito por ESBL positivo permaneceu como variável independente (OR=3,47 IC 1,33 – 9,06). Concluiu-se que houve uma maior incidência de ICS por enterobactéria produtora de ESBL nos dois primeiros anos do estudo (2007 – 2008), com probabilidade de aquisição deste tipo de infecção de até 78%. A mortalidade neonatal foi elevada, sendo três vezes maior quando comparada a infecções por enterobactérias sensíveis. A mudança do perfil de resistência das enterobactérias, com redução do número de casos de infecção por ESBL ao longo do tempo foi resultado da implementação de medidas de controle de disseminação e seleção de resistência bacteriana na unidade neonatal, e coincidiu com a revisão dos protocolos assistenciais, como maior utilização de cateter central de inserção percutânea e protocolo de nutrição parenteral no período de 2010 e 2011. / Gram-negative bacilli, especially Enterobacteriacea, are frequently associated with neonatal sepsis. A retrospective case-control study was performed to study bloodstream infections (BSI) caused by extended-spectrum beta-lactamase-producing (ESBL) enterobacteria in a neonatal unit the northern region of Brazil. This research was undertaken of all neonates admitted between 1st January 2007 and 31st December 2011 to the neonatal care unit, who had late-onset sepsis with blood cultures positive for Klebsiella sp., Enterobacter sp., Serratia sp. and Escherichia coli, performed according to National Committee for Clinical Laboratory Standards criteria. There were 153 neonates with gram-negative septicaemia, 87 newborns were infected with ESBL-producing enterobacteria, with incidence of 8.63 cases per 1000 newborns admitted. These were studied 132 patients, divided in two groups, cases (ESBL +) and controls (ESBL -), of 66 each (1:1). Most cases were affected in the first days of life (34,8% vs. 9,1%, p=0,001), especially in 2007 (19,7%), and made use two antibiotics (59,1% vs. 33,3%, p=0,01). The control group made more use of central venous catheter (62,1% vs. 45,4%, p=0,037) and parenteral nutrition (75,7% vs. 48,5%, p=0,001). The distribution curve of enterobacteria in accordance with the production of ESBL throughout the study period showed a greater number of cases in 2007 and 2008 (56,05%), with a higher chance of acquiring ESBL-producing enterobacteria these years (78% e 72%, respectively), and a higher number of controls for 2010 and 2011 (72,7%). The evolution to more deaths occurred among the cases (40,9% vs. 24,2%, p=0,031) and the majority died within 30 days of the episode of ICS (92,6% vs. 50,0%, p=0,002). In multivariate analysis, the evolution to death by ESBL-producing remained as an independent variable (OR=3,47 IC 1,33 – 9,06). It was concluded that there was a higher incidence of ESBL-producing enterobacteria BSI for the first two years of the study (2007 - 2008), with probability of acquiring this type of infection of up to 78%. The neonatal mortality was high, being three times greater when compared to infections by non-ESBL-producing enterobacteria. The change of the resistance profile of BSI by enterobacteria, reducing the number of cases of ESBL over time was a result of the implementation of control measures for dissemination and selection of bacterial resistance in the neonatal unit, and coinciding with the revision of care protocols as increased use of PICC and parenteral nutrition protocol in the period from 2010 to 2011.

Antibiotic resistance is a global and accelerating matter. Over time, the bacteria have evolved several defense mechanisms against the antibiotics. One of the defense mechanisms is that the bacteria can produce enzymes with the ability to hydrolyze the characteristic b-lactam ring of the antibiotics. These enzymes are called b-lactamases. There are three different generations of antibiotics clinically available, and b-lactamases have co-evolved with the antibiotics over the generations. The third generation of antibiotics are called the carbapenems and b-lactamases which hydrolyze carbapenems are called carbapenemases. Carbapenemases are promiscuous, which means that they hydrolyze a variety of antibiotics. The b-lactamase IMI-1 is an imipenem-hydrolyzing enzyme and imipenem is a carbapenem, hence IMI-1 is a carbapenemase. In this project, IMI-1 was investigated in complex with the carbapenems imipenem, meropenem and biapenem using computational methods. More specifically, a homology model of IMI-1 was generated and the carbapenems were docked into the model. The system was then used for MD simulations where the important molecular interactions were identified, and the binding free energies were calculated using the LIE method. The results indicate that IMI-1 has flexible loops that enables an open and a closed conformation of IMI- 1. All three carbapenems were docked and simulated in both conformations of IMI-1. The results indicate that open and closed conformations confirms the promiscuity of carbapenemases since the flexibility enables various initial binding mechanisms. in other words, the hydrolysis may occur so quickly that the binding does not have much bearing of the activity of the enzyme. Furthermore, the calculated binding free energies indicate that IMI-1 is optimized for the catalytic process rather than the binding affinity. In conclusion, IMI-1 and similar systems requires further research using computational methods to counteract antibiotic resistance based on knowledge.