Les biofilms sont des communautés de microorganismes adhérant à une surface et encastrées dans une substance polymérique produite par les cellules du système, dite matrice extracellulaire. Du fait de leur nature ubiquitaire, les biofilms colonisent de nombreux environnements et causent souvent de sérieux problèmes dans les secteurs de la santé et de l’industrie. La dispersion par ajout d’agent chimique est l’une des stratégies de lutte contre les biofilms. Un acide gras, l’acide cis-2-décénoique (CDA), semble être prometteur pour ce faire, grâce à l’étendue de son action dispersante sur les espèces et règnes du vivant. L’objectif de ce travail de thèse est d’investiguer les mécanismes de dispersion des biofilms de l’espèce bactérienne Escherichia coli (E. coli) par la molécule modèle CDA. Le CDA modifie-t-il les structures du biofilm ou induit-il une réponse génétique des bactéries lors de la dispersion ? Pour répondre à ces questions, la dispersion des biofilms d’E. coli a été étudiée in situ dans des chambres microfluidiques par microscopie confocale à balayage laser (CLSM). Des souches bactériennes spécifiques ont été construites par clonage de promoteurs d’intérêt en fusion transcriptionnelle avec un gène codant pour une protéine fluorescente verte. Les résultats confirment l’activité dispersante du CDA avec une réduction significative de la biomasse, de l’épaisseur moyenne et de l’aire de recouvrement par couche du biofilm. Un outil innovant d’analyse d’images CLSM a été développé en collaboration dans le but de déterminer les propriétés structurales du biofilm et l’intensité de fluorescence in situ du rapporteur étudié. Les résultats indiquent une augmentation de l’intensité moyenne de fluorescence des biofilms après dispersion avec le CDA, au niveau global en considérant tout le biofilm et au niveau local en considérant une segmentation du biofilm en microcolonies, ainsi qu’en profondeur. Ces résultats évoquent un changement d’expression génique des bactéries en présence de CDA. Par ailleurs, les résultats montrent que le CDA ne semble pas avoir d’effet en culture planctonique, ni sur la croissance bactérienne ni sur l’activité des promoteurs sélectionnés. Ceci suggère que les effets du CDA sont biofilm-dépendants. / Biofilms are microbial communities adhering to a surface and embedded in a self-produced polymeric substance, called extracellular matrix. By being ubiquitous in nature, biofilms colonize numerous environments, and they often cause serious problems for both health and industry sectors. Dispersion is one of the strategies for fighting biofilms. A fatty acid, cis-2-decenoic acid (CDA), seems to be promising for dispersing biofilms by the extent of its action on different species of microbes. The aim of this thesis work is to investigate the mechanisms of biofilm dispersion of the bacterial species Escherichia coli (E. coli) by the model molecule CDA. Does CDA modify the biofilm structures or does it induce a genetic response from bacteria during dispersion? To answer these questions, E. coli biofilm dispersal has been studied in situ in microfluidic chambers by confocal laser scanning microscopy (CLSM). Specific bacterial strains have been developed by cloning promoters of interest in transcriptional fusion with a gene encoding for a green fluorescent protein. The results confirm the dispersing activity of CDA with a significant decrease of biomass, biofilm average thickness and area over biofilm depth. A novel tool for analyzing CLSM images has been developed in collaboration in order to measure the biofilm structural properties as a function of in situ fluorescence intensity of the studied reporter. The results indicate an increase in the mean fluorescence intensity of the biofilms after dispersion with CDA, at a global level for the whole biofilm and at a local scale by considering a biofilm segmentation into microcolonies. These results evoke a change in gene expression by bacteria in the presence of CDA. Furthermore, the results show that CDA does not seem to have an effect on planktonic bacteria, neither on the bacterial growth nor on the activity of the selected promoters. This suggests that the CDA effects are biofilm-dependent.

No description available.

Syfte: Syftet med studien är att utföra en metodutveckling där individuella skenor framställs för att möjliggöra en standardiserad mätning av plackansamling på titanfixturers ytor samtidigt som det ska ge möjlighet för att bibehålla god munhygien.   Material och metod: Sjuttio titanfixturer ytbehandlades på tre sätt: sandblästring, etsning och implantoplastik. Studien involverade elva deltagare och det framställdes elva gipsmodeller utifrån avtryck. Tolv individuella skenor utformades med modelleringsvax med hänsyn till varje deltagares bettförhållanden. Kallpolymeriserad ortokryl användes vid framställning av skenor och cylindrar. Totalt framställdes sjuttio cylindrar, där två öppningar skapades. För vardera individuella skena innefattades sex fixturer, en från varje behandlingsmetod. Fixturerna placerades enligt en randomisera mall som innefattade sex olika variationer. Den tolfte skenan utgick inte ifrån mallen utan där placerades fyra fixturer, två av implantoplastik, en etsad och en blästrad. Skenorna lämnades ut till de frivilliga deltagarna och användes under tre dygn.   Resultat: Metodutvecklingen för att mäta plackansamling på olika ytbehandlade fixturer med hjälp av individuella skenor i förhållande till god munhygien, gick att genomföra. Resultaten visade att den råa ytan efter sandblästring hade högst plackansamling (0,604 mm), medan implantoplastik hade lägst plackansamling (0,342 mm).  Slutsats: Inom ramen för föreliggande studie kan följande slutsats dras: Genom framställning av individuella skenor är det möjligt att mäta plackansamlingen på etsade, blästrade och implantoplastik-ytbehandlade titanfixturer. Resultaten uppvisar även en tydlig indikation på att passform och komfort är en viktig faktor för deltagarnas medverkan. / Purpose: The purpose of this study is to perform a method development where individual splints are produce to enable a standardized measurements of plaque accumulation on the surfaces of titanium fixtures, while allowing to maintain good oral hygiene.    Material and method: Seventy titanium fixtures were surface-treated in three ways; sandblasting, etching, and implantoplasty. The study involved eleven participants, and eleven gypsum models were created. Twelve individual splints were designed using modeling wax, taking into consideration each participant's occlusal conditions. Cold-polymerized orthocryl was used to fabricate the splints and cylinder. A total of seventy cylinders were prepared, each with two openings. Each individual splint included six fixtures, one from each treatment method. The fixture placement followed a randomized pattern, comprising six different variations. The twelfth splint deviated from the randomized pattern and contained four fixtures: two from implantoplasty, one etched, and one sandblasted.    Results: The method development for measuring plaque accumulation on different surface-treated fixtures using individual splints in relation to good oral hygiene, was successfully conducted. The results demonstrated that the rough surface following sandblasting exhibited the highest plaque accumulation (0,604 mm), whereas implantoplasty showed the lowest plaque accumulation (0,342 mm).    Conclusion: Within the scope of this study, the following conclusion can be drawn: By individual splints, it is possible to measure plaque accumulation on etched, sandblasted, and implantoplasty-treated titanium fixtures. The results show a clear indication that fit, and comfort are important factors for participant’s compliance.

No description available.

Objective: The aim of this study was to investigate the direct and indirect influence of fluoridated toothpastes and fluoride-free toothpaste with hydroxyapatite (HAP) as active ingredient on initial bacterial colonization on enamel in situ. Methods: For this clinical-experimental pilot study, eight subjects were instructed to brush their teeth with three different toothpastes (Elmex®: 1400 ppm AmF, Meridol®: 1400 ppm AmF +SnF2, Karex®: HAP), using each for two consecutive days. As a control, brushing without toothpaste was performed. To evaluate bacterial colonization, subject wore splints with buccally placed bovine enamel platelets overnight. Two modes were tested. In a first pass (regimen A), the splints were inserted after toothbrushing to examine the indirect effects of the dentifrices. In order to investigate the direct effects, the specimens were brushed in situ in a second pass (regimen B). Biofilm formation was visualized and quantified using fluorescence microscopy (DAPI and BacLight) and transmission electron microscopy (TEM). Results: For brushing regimen A (indirect effect of dentifrices), no statistical differences were detected between any of the tested dentifrices or the control. Likewise, no statistically significant differences were recorded for brushing regimen B (direct effect of dentifrices). Furthermore, no differences between the different brushing techniques were determined with regard to the ultrastructure of the overnight biofilm. Conclusion: Within the limitations of the present pilot study, it can be concluded that in patients with good oral hygiene, dentifrices and their chemical composition have no statistically significant effect on the initial bacterial colonization of enamel platelets in situ, irrespectively of the mode of application.

Biochar is defined as a carbon-rich, fine-grained, porous substance, which is produced by pyrolysis biomass with little or no oxygen. Biochar is usually produced from crop residues, wood biomass, animal litters, and solid wastes. Recently, biochar is increasingly receiving attention as an environmental-friendly approach, especially as a climate change mitigation strategy. Biochar is especilly demonstrated to remove diesel oil (DO) from soil and water. In this report, 4 biofilm forming bacteria including Klepsiella sp. VTD8, Pseudomonas sp. BQN21, Rhodococcus sp. BN5 and Stenotropomonas sp. QND8 were used to attach to biochar produced from husk to estimate the capacity of their DO removal. As the results, removal efficiency of biofilm formed by each strain VTD8, BQN21, BN5 and QND8 were 67, 73, 75 and 68 % with initial concentration of 39 g/l, respectively. On the other hand, mix species biofilm attached to husk carrier and without carrier degraded 98 and 78 %. Using husk without bacteria as absortion control, the amount of DO removal was 23 %. These results gave hint that using biochar produced from husk as carrier for biofilm forming bacteria to attach may increase efficiency of DO pollution treatment. / Than sinh học (biochar) là một chất xốp có các gốc carbon và có nguồn gốc từ quá trình nhiệt phân sinh khối các loại chất thải, động, thực vật,… dưới điều kiện hạn chế oxy hoặc không có oxy. Hiện nay biochar đã được ứng dụng rộng rãi trong xử lý môi trường. Đặc biệt các biochar còn được chứng minh là có thể xử lý dầu diesel (diesel oil - DO) có trong đất và nước. Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng 4 chủng vi khuẩn tạo màng sinh học tốt là Klepsiella sp. VTD8, Pseudomonas sp. BQN21, Rhodococcus sp. BN5 và Stenotropomonas sp. QND8 để gắn lên chất mang là biochar làm từ trấu nhằm đánh giá hiệu quả xử lý DO của chúng. Kết quả cho thấy, sau 7 ngày, các chủng VTD8, BQN21, BN5 và QND8 có khả năng phân hủy 67, 73, 75 và 68 % DO với hàm lượng ban đầu là 39 g/l. Trong khi đó, hiệu suất của màng sinh học tạo thành bởi hỗn hợp các chủng này khi không có chất mang biochar trấu và khi có chất mang biochar trấu lần lượt là 78 và 98 %. Còn sử dụng chất mang biochar trấu không có vi sinh vật làm đối chứng thì thu được hiệu suất hấp phụ DO là 23 %. Như vậy, kết quả này mở ra tiềm năng ứng dụng biochar trấu làm chất mang cho các chủng vi khuẩn tạo màng sinh học để nâng cao hiệu quả xử lý ô nhiễm dầu.

Soybean meal (SBM) is residua product after oil extraction, the SBM with 48% protein is used for poultry, cattle. The SBM contains significant amount of anti-nutritional factors. Degradation of most antigenic proteins and protease inhibitors in SBM fermented by fungal, yeast and bacterial strains. Soybean fermented products are used as feed for livestock or aquaculture. Recently, biofilm forming microorganisms were broadly applied for fermentation process using substrates such as rice bran, corn, soybean meal ... to produce probiotics. In this study, we isolated and selected beneficial microbial strains that are capable of well biofilm forming, produce digestive enzymes and resist pathogenic microorganisms to ferment of soybean meal. The result showed that, four microorganism strains including NA5.3; TB2.1; TB4.3 TB4.4 had ability of forming higher biofilm, producing digestive enzymes such as amylase, protease and cellulose. Among them, NA5.3 and TB 4.4 strains had anti-pathogenic bacteria capacity such as Vibrio parahaemolyticus; Enterococcus faecalis; Bacillus cereus and Escherichia coli. Four selected strains were checked effection of pH, temperature, NaCl and bile salt concentration to their biofilm formation. The result indicated suitable conditions for forming biofilm at pH 6-8 range; temperature range 30-37°C; NaCl concentration of 0-3%, bile salt concentration of 0.5-2%. The selected strains grew well during solid fermentation process, achieved 1011 CFU/gram. / Khô đậu nành là sản phẩm còn lại từ quá trình ép dầu chứa tới 48% protein thô và thường được sử dụng làm thức ăn cho gia cầm, gia súc. Nhưng trong khô đậu nành còn chứa một lượng đáng kể một số chất ức chế dinh dưỡng, các chất ức chế này lại được phân hủy bởi quá trình lên men nhờ một số loài vi khuẩn, nấm mốc hay nấm men. Sản phẩm lên men khô đậu tương được sử dụng làm thức ăn cho gia cầm, gia súc hay nuôi trồng thủy sản. Trong những năm gần đây, các vi sinh vật tạo màng sinh học đã được ứng dụng để lên men các cơ chất như cám gạo, ngô, khô đậu nành… tạo sản phẩm probiotics. Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã phân lập và tuyển chọn một số vi sinh vật có lợi tạo màng sinh học cao, sinh các enzyme tiêu hóa và kháng lại một số vi khuẩn gây bệnh cho mục đích lên men khô đậu nành. Kết quả đã lựa chọn được 4 chủng vi khuẩn NA5.3; TB2.1; TB4.3 TB4.4 có khả năng tạo màng sinh học cao, sinh các enzyme như amylase, protease và cellulose.Trong đó,hai chủng NA5.3 và TB4.4 có khả năng kháng lại một số vi khuẩn gây bệnh như Vibrio parahaemolyticus; Enterococcus faecalis; Bacillus cereus và Escherichia coli. Bốn chủng vi khuẩn lựa chọn được nghiên cứu ảnh hưởng của các điều kiện lên khả năng tạo màng sinh học của chúng, chúng thích hợp ở pH 6-8; nhiệt độ 30-37°C; NaCl 0-3%, muối mật 0,5-2%. Sử dụng các chủng vi khuẩn này cho quá trình lên men rắn khô đậu tương, mật độ vi khuẩn sau khi lên men đạt 1011 CFU/gram.

A biofilm is any group of microorganisms in which cells stick to each other and adhere to a surface by excreting a matrix of extracellular polymeric substances (EPS). The chemoautotrophic nitrifying bacteria hardly form biofilms due to their extremely low growth rate; however, biofilm formation of nitrifying bacteria trends to attach in carrier by extracellular polysaccharides that facilitate mutual adhesion, the forming biofilm is also beneficial in nitrogen removal in biological filter systems, especially in aquaculture water treatment systems. The microbial activity within bio-carrier is a key factor in the performance of biofilm reactor. Selection the nitrifier bacteria that biofilm formation and immobilization on the carrier for application in ammonium polluted water treatment technologies, especially in aquaculture is our research objective. Therefore, in this study, ten and six strains of ammonia oxidizing bacteria (AOB) and nitrite oxidizing bacteria (NOB) respectively were isolated from six different aquaculture water samples collected from Quang Ninh and Soc Trang. Basing on their high nitrification activity and biofilm forming capacity, six bacterial strains have been selected to take photo by scanning electron microscope (SEM) and carry out in 2 – liter tanks with and without carriers. As the results, the system with carriers (30% of total volume) increased nitrogen compounds elimination efficiency from 1.2 times to 2 times in comparison with the system without carrier. Two representatives of ammonia oxidizing bacterial group (B1.1; G2-1.2) were classification based on characteristics and they were classified as Nitrosomonas sp. and Nitrosococcus sp. / Màng sinh học được hình thành từ vi sinh vật nhờ các tế bào tiết ra các chất cao phân tử ngoại bào (EPS) và dính vào nhau đồng thời được gắn lên một bề mặt vật thể lỏng hoặc rắn. Vi khuẩn nitrate hóa tự dưỡng có thể tạo ra màng sinh học nhưng khá khó khăn do tỷ lệ sinh trưởng rất chậm của chúng. Tuy nhiên vi khuẩn nitrate hóa tạo màng sinh học thường có xu thế bám lên giá thể nhờ sự gắn kết của các polisaccarit ngoại bào. Sự hình thành màng sinh học cũng là lợi thế để loại bỏ các hợp chất nitơ trong các hệ thống lọc sinh học, đặc biệt là trong các hệ thống xử lý nước nuôi trồng thủy sản. Hoạt tính vi sinh vật cùng với giá thể sinh học là một yếu tố quan trọng để thực hiện trong các bể phản ứng màng sinh học. Trong nghiên cứu này, mục tiêu của chúng tôi là lựa chọn được các vi khuẩn nitrate hóa có khả năng tạo màng sinh học và cố định chúng lên giá thể để ứng dụng trong các công nghệ xử lý nước bị ô nhiễm ammonia đặc biệt là trong nuôi trồng thủy sản. Kết quả cho thấy, từ sáu mẫu nước nuôi trồng thủy sản khác nhau từ Quảng Ninh và Sóc Trăng, 10 chủng vi khuẩn oxy hóa ammonia (AOB) và 6 chủng vi khuẩn oxy hóa nitrite (NOB) đã được phân lập. Dựa vào hoạt tính nitrate hóa và khả năng tạo màng sinh học của các chủng vi khuẩn phân lập được 6 chủng điển hình đã được lựa chọn để chụp ảnh kính hiển vi điện tử quét và được ứng dụng trong hai bể sinh học với dung tích 2 lít có chứa và không chứa chất mang (giá thể). Sau 7 ngày, hệ thống sinh học chứa giá thể (chiếm 30% thể tích) có hiệu suất loại bỏ các hợp chất nitơ tăng hơn từ 1,2 đến 2 lần so với bể sinh học không chứa chất mang. Hai đại diện của nhóm vi khuẩn oxy hóa ammonia (B-1.1 và G2-1.2) đã được phân loại sơ bộ dựa vào một số đặc điểm sinh học và chúng đã được xác định thuộc chi Nitrosomonas và chi Nitrosococcus.

In this study, a well biofilm-forming bacterial strain was isolated from oil contaminated water and sediment samples collected in petroleum storage Duc Giang, Hanoi. It was identified as Paracoccus sp. DG25 and registered in the GenBank database with the accession numbers KJ608354. Several biophysical and bio-chemical conditions for the biofilm formation of the strain were estimated such as pH, temperature, carbon sources and nitrogen sources. As the results the biofilm forming capacity was highest at pH 7, 37 oC, on maltose and supplemented with KNO3. Using these optimal conditions, the formed biofilm degraded 76.07 % of pyrene after 7 day-incubation, with the initial concentration of 300 ppm by high-performance liquid chromatography (HPLC) analysis. To our knowledge, there is rare publication on pyrene degradation by biofilm-forming bacteria. Therefore, the obtained results show that biofilm formed the strain Paracoccus sp. DG25 may considerably increase the degrading efficiency of pyrene and may lead to a new approach to treat polycyclic aromatic hydrocarbons containing in petroleum oil contaminated water in Vietnam. / Trong nghiên cứu này, từ các mẫu đất và nước nhiễm dầu lấy tại kho xăng Đức Giang, Hà Nội, chúng tôi đã phân lập được chủng vi khuẩn có khả năng tạo màng sinh học tốt. Chủng vi khuẩn này đã được phân loại và định tên là Paracoccus sp. DG25 với số đăng ký trên ngân hàng Gen là KJ608354. Chúng tôi cũng đã nghiên cứu một số điều kiện hóa lý ảnh hưởng tới khả năng hình thành màng sinh học như pH, nhiệt độ, nguồn Carbon và nguồn Nitơ. Kết quả cho thấy, chủng DG25 có khả năng tạo màng tốt nhất ở các điều kiện pH 7, 37 oC, nguồn Carbon là maltose và nguồn Nitơ là KNO3. Sử dụng các điều kiện tối ưu này để tạo màng và đánh giá khả năng phân hủy pyrene của màng tạo thành. Bằng phương pháp sắc ký lỏng cao áp, chúng tôi đã đánh giá được hàm lượng pyrene bị phân hủy sau 7 ngày nuôi tĩnh bởi màng sinh học của chủng DG25 lên tới 76,07 % với nồng độ ban đầu là 300 ppm. Cho tới nay, chưa có nhiều công bố về hiệu quả phân hủy pyrene của các chủng vi khuẩn tạo màng sinh học. Do vậy, kết quả đạt được này mở ra khả năng sử dụng màng tạo thành bởi chủng DG25 để nâng cao hiệu quả phân hủy pyren và có thể mở ra phương pháp mới nhằm xử lý các hợp chất hydrocarbon thơm có trong nước ô nhiễm dầu ở Việt Nam.

No description available.