Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-09-21T21:15:54Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Danielle de Jesus Gama Maia.pdf: 1683717 bytes, checksum: 92abcf9e88f84b32e96cb7f23591f17e (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-09-24T17:58:21Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Danielle de Jesus Gama Maia.pdf: 1683717 bytes, checksum: 92abcf9e88f84b32e96cb7f23591f17e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-24T17:58:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Danielle de Jesus Gama Maia.pdf: 1683717 bytes, checksum: 92abcf9e88f84b32e96cb7f23591f17e (MD5) Previous issue date: 2016-08-26 / CNPq / No ambiente marinho, a ausência de barreiras óbvias parece indicar ecossistemas marinhos resilientes que facilitam o fluxo gênico entre populações. Contudo, fatores físicos tais como correntes marítimas, temperatura e salinidade contribuem para a definição dos limites biogeográficos e ecológicos através da formação, manutenção e distribuição de uma fauna em especial. O objetivo deste estudo foi utilizar a metodologia de DNA barcode para investigar o efeito da escala geográfica sobre a variação genética e conectividade entre populações de espécies de peixes marinhos ao longo de um gradiente latitudinal no Atlântico Ocidental. Um total de 1549 sequências do gene citocromo oxidase I (COI) pertencentes a 54 espécies foi obtido para quatro províncias biogeográficas do Atlântico Ocidental (Província da Carolina-CR, Caribe-CA, Brasil-BR e Argentina-AR). Na comparação entre espécimes provenientes de diferentes províncias biogeográficas, foram observadas divergências genéticas profundas (>2%) nas espécies Polydactylus virginicus, Achirus lineatus, Harengula clupeola, Elops Saurus, Haemulon plumieri e Pomatomus saltatrix. O DNA Barcode mostrou-se uma ferramenta útil em detectar descontinuidades genéticas ao longo de uma gradiente latitudinal no Atlântico Ocidental. Além disso, a análise de métodos filogenéticos comparativos mostrou que a variação nas distâncias genéticas entre populações de diferentes províncias biogeográficas pode ser influenciada por características biológicas das espécies, como a capacidade de formar cardumes. Contudo, outras características biológicas, como período de reprodução podem ter influência sobre a divergência genética das espécies. Nossos resultados destacam a eficiência deste marcador em uma primeira avaliação sobre o status taxonômico das espécies, assim como na detecção de unidades evolutivas significativas, que poderá nortear futuras revisões taxonômicas, estudos filogeográficos e consequentemente programas de conservação. / In the marine environment, the absence of obvious barriers seems to indicate resilient marine ecosystems that facilitate gene flow between large marine populations. However, physical factors such as ocean currents, temperature and salinity contribute to the definition of biogeographical and ecological limits through training, maintenance and distribution of a special fauna. The aim of this study was to use the barcode DNA methodology to investigate the effect of geographic scale on genetic variation and connectivity among populations of marine fish species along a latitudinal gradient in the western Atlantic. 1.549 sequences of the gene cytochrome oxidase I (COI) belonging to 54 species of marine fish they were obtained for four biogeographical provinces of the western Atlantic (Carolina Province -PC, Caribbean-CA, Brazil-BR and Argentina-AR). When comparing specimens from different biogeographic provinces, deep genetic differences were observed (>2%) the species Polydactylus virginicus, Achirus lineatus, Harengula clupeola, Elops Saurus, Haemulon plumieri and Pomatomus saltatrix. The DNA Barcode proved to be a useful tool in detecting genetic discontinuities along a latitudinal gradient in the western Atlantic. Moreover, the comparative phylogenetic analysis methods showed that genetic variation in populations of different distances between biogeographic provinces can be influenced by biological characteristics of the species, such as the ability to form schools. However, other biological characteristics, such as breeding period can influence the genetic diversity of the species. Our results highlight the effectiveness of this marker in a first assessment of the taxonomic status of the species, as well as in the detection of significant evolutionary units, which may guide future taxonomic revisions, phylogeographic studies and consequently conservation programs.

O nosso conhecimento sobre a distribuição das espécies vem avançando desde as primeiras observações feitas séculos atrás. Recentemente uma melhoria nos métodos e na cobertura geográfica das amostragens tem melhorado significativamente nosso conhecimento sobre padrões de distribuição. O que tem permito diversos tipos de análises, revelando padrões macroecológicos com os observados aqui onde riqueza de répteis e anfíbios apresenta uma forte relação com o ambiente, sendo maiores em aras mais baixas, com temperatura e precipitação estáveis e maior estrutura no ambiente, enquanto que para endemismo e diversidade beta a relação é mais fraca. Porém este conhecimento sobre a distribuição das espécies não está homogeneamente distribuído por todas as regiões, sendo especialmente baixo na região Amazônica, que é justamente a região que abriga a maior riqueza local de espécies, estando concentrado ao longo das margens dos rios. Isto que pode indicar que os valores que temos disponíveis ainda são subestimados, e que quaisquer inferências sobre estes valores devem ser interpretados com cautela / Our knowledge on species distribution has advanced since the first observations made centuries ago. Recently the improvement on techniques and geographical coverage of samplings activities has improved significantly our knowledge on distribution patterns. This advance has allowed several analyses to be done, and macroecological patterns to emerge, such as the one observed ibn here with reptile and amphibian richness presenting a strong relationship with environmental conditions, with higher values at lower areas, with more stable precipitation and temperature, an higher environmental structure, while endemism and beta diversity have a weaker signal. However the knowledge on species distribution is not homogeneously distributed across all regions, being especially low at the Amazon, which is precisely the area that harbors the highest richness values, being concentrated at the rivers\' shores, suggesting that the values we have today may be far underestimated, and thus any inference using them should be interpreted with caution

O gênero Myotis é extremamente diverso, sendo atualmente reconhecidas 103 espécies, além de 94 subespécies as quais não foram avaliadas satisfatoriamente quanto seu status taxonômico. Para a América do Sul são reconhecidas 12 espécies, das quais cinco são consideradas politípicas, dentre elas Myotis nigricans, táxon considerado um complexo de espécies. Com o objetivo de caracterizar, morfologicamente e molecularmente, os táxons do gênero Myotis que ocorrem no Brasil e aqueles relacionados a Myotis nigricans, examinei 1.018 exemplares depositados em coleções científicas nacionais e internacionais. Analisei 25 caracteres de morfologia externa e craniana, e aferi 13 medidas corporais e 19 cranianas. Submeti as medidas cranianas a testes estatísticos uni e multivariados com o intuito de investigar variações inter e intraespecíficas, e verificar a existência de dimorfismo sexual em cada táxon analisado. Selecionei um gene mitocondrial, citocromo b (402pb), e um gene nuclear, RAG2 (620pb), com a finalidade de caracterizar a diversidade genética intra e interespecífica dos táxons de Myotis, dos quais obtive 78 seqüências: 58 mitocondriais e 20 nucleares. A partir deste conjunto de dados reconheci 8 espécies válidas para o gênero Myotis no Brasil (Myotis albescens, Myotis alter, Myotis levis, Myotis nigricans, Myotis riparius, Myotis ruber, Myotis simus, e Myotis sp.n.). Elevei Myotis osculati ao nível específico, táxon até então considerado uma subespécie de Myotis nigricans; e considerei Myotis punensis e Myotis chiriquensis espécies válidas, as quais eram consideradas sinonímias de Myotis nigricans nigricans. Neste contexto, reconheço 15 espécies sul-americanas do gênero Myotis, o que representa um acréscimo de 25% na diversidade anteriormente reconhecida para o grupo na região. Não encontrei dimorfismo sexual significativo nas medidas cranianas de M. albescens, M. levis, M. nigricans, M. riparius e M. ruber. Para melhor delimitar morfometricamente os táxons estudados, em especial M. nigricans de M. riparius, propus a utilização de dois índices: um craniano e outro maxilar. Os caracteres qualitativos cranianos, como a presença de crista sagital e o posicionamento dos pré-molares superiores, associados aos de morfologia externa, como a disposição de pêlos ao longo do uropatágio, o formato do pavilhão auditivo, e a angularidade da porção distal da maxila inferior, apresentaram-se como os mais robustos na delimitação dos táxons com ocorrência no Brasil. As relações filogenéticas entre as espécies de Myotis após inclusão dos táxons validados neste trabalho, ainda permanecem imprecisas. Através dos métodos de Máxima Parcimônia (MP), de distância de Neighbor-Join (NJ) e análise Bayesiana (B), houve o resgate de dois grandes clados compostos por espécies com crista sagital ausente ou discreta (clado A), e crista sagital presente (clado B). Atribuí a politomia encontrada dentro do clado A à rápida diversificação do grupo na região, com possíveis eventos simultâneos de especiação. Associo a inclusão de M. levis no clado de M nigricans com um evento de introgressão mitocondrial dado a natureza do gene, e ao número de mutações, incompatível com homoplasia do gene. O tempo de divergência estimado em 1,2Ma (±0,8), coincide com os eventos de mudanças climáticas e de retração de florestas durante o Pleistoceno, que propiciariam a hibridização destas duas linhagens. Apliquei o Teste de Mantel nas populações de M. nigricans e M. riparius presente nos domínios da Mata Atlântica, com o intuito de verificar a existência de correlação entre distância genética e distância geográfica entre as populações, testando a hipótese de isolamento por distância, a qual foi rejeitada tanto para M. nigricans (p=0,9449; r=0,23) como para M. riparius (p=0,9997; r=0,60). As populações de Myotis riparius apresentaram uma baixa divergência genética (0,8 a 1,5%) ao longo da distribuição, com compartilhamento de haplótipos entre as populações de Paraíba, São Paulo, Paraná e Paraguai. Em relação à Myotis nigricans destaco o compartilhamento de haplótipos entre as populações da Bahia, São Paulo e Paraná, e a baixa divergência (1,9 a 2,4%) entre as populações ao leste da Serra do Mar. Contudo, os níveis de divergência entre estas populações e as populações provenientes da Serra do Japi e Serra da Mantiqueira são acentuados (5,7 a 8,1%), similares aos níveis interespecíficos para o gênero. Estes dados sugerem um alto fluxo gênico no sentido Norte-Sul da Mata Atlântica ao leste da Serra do Mar, podendo esta atuar como barreira para as populações interioranas. A compreensão dos processos envolvidos na diversificação do grupo será favorecida com a inclusão a estas análises de amostras provenientes de outras populações distribuídas nas porções Leste Oeste da Mata Atlântica. / Myotis is a highly diverse genus, with 103 species recognized so far, in addition to another 94 subspecies whose taxonomical status has not yet been completely evaluated. Twelve species are known to South America, among which five are considered polytypic, including Myotis nigricans. This taxon in considered a species complex. In order to characterize, both morphologically and molecularly, the taxa of the genus Myotis, I examined 1,018 individuals from national and foreign scientific collections. Twenty-five characters from external and cranial morphology were analyzed and 13 body and 19 cranial measures were checked. In order to investigate inter and intraspecific variations and the existence of sexual dimorphism in each taxon analyzed, I submitted the cranial measures to uni and multivariate statistic tests. To characterize intra and interspecific genetic diversity of the taxa in the genus Myotis, I selected one mitochondrial gene, cytochrome b (402pb), and a nuclear gene, RAG2 (602pb). From these two genes, I obtained 78 sequences: 58 mitochondrial and 20 nuclear. From the data obtained, I recognized as valid eight Brazilian species in the genus Myotis (Myotis albescens, Myotis alter, Myotis levis, Myotis nigricans, Myotis riparius, Myotis ruber, Myotis simus, and Myotis sp.n.). I elevated Myotis osculati, a taxon hitherto considered a subspecies of Myotis nigricans, to specific level and diagnosed Myotis punensis and Myotis chiriquensis as valid species, which were previously considered synonyms of Myotis nigricans nigricans. In this context, I recognize 15 species for the genus Myotis in South America, representing an increase of 25% in the previously known diversity for the group in the continent. I have not found significant sexual dimorphism in the cranial measures for M. albescens, M. levis, M. nigricans, M. riparius and M. ruber. To better delimitate morphometricaly the taxa herein studied, specially M. nigricans from M. riparius, I proposed the use of two indexes: one cranial and one maxillary. Qualitative characters from skull, such as presence or absence of a sagittal crest and the arrangement of upper premolars, associated to those from external morphology, such as the arrangement of the hair along the uropatagium, the shape of external ear, and the angling from the distal portion of the lower maxillae, were fundamental for diagnosing the taxa occurring in Brazil. The phylogenetic relationship among the species of genus Myotis is still imprecise, even after the inclusion of those taxa diagnosed as valid in this thesis. Through Maximum Likelihood (ML), Neighbor-Join (NJ) and Bayesian analysis methods, two clades were defined, one formed by species with absent or shallow sagittal crest (clade A), and another (clade B) with the presence of sagittal crest. I correlate the polytomy found within clade A with a fast diversification of this group in the region, possibly with simultaneous events of speciation. I correlate the inclusion of M. levis in the clade of M. nigricans with an event of mitochondrial introgression, given the nature of this gene and the number of mutations, which are not compatible with the homoplasy for this gene. The estimated divergence time of 1.2 Ma (±0.8), coincides with climatical changes and forest retraction during the Pleistocene, which allowed the hybridization of these two lineages. I ran the Test of Mantel for the populations of M. nigricans and M. riparius from the Atlantic Forest dominium, aiming at verifying the existence of a correlation between genetic distance and geographical distance in the populations, testing the hypothesis of isolation by distance, which was rejected both for M. nigricans (p=0.9449; r=0.23) and for M. riparius (p=0.9997; r=0.60). The populations of Myotis riparius showed a low genetic divergence (0.8 to 1.5%) along their distribution, with the populations from Paraíba, São Paulo, Paraná and Paraguay sharing haplotypes. Regarding Myotis nigricans, I point out that populations from Bahia, São Paulo and Paraná share haplotypes and low divergence (1.9 to 2.4%) between the populations from the western portion of Serra do Mar. Yet, the level of divergence between such populations and those from Serra do Japi and Serra da Mantiqueira is high (5.7 to 8.1%), therefore similar to the interspecific levels for the genus. These data suggest a high gene flow from the North-South direction to eastern Serra do Mar, which may be acting as a barrier to interior populations. The understanding of the processes involved in the diversification of the group will be favored by the inclusion of samples of other populations distributed in the East-West portions of the Atlantic Forest.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2015-12-18T15:29:29Z No. of bitstreams: 2 Dissertaçao_Arielli Fabrício Machado.pdf: 1670342 bytes, checksum: b9c2284ff1dbc504885975b0a32d93e2 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-18T15:29:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertaçao_Arielli Fabrício Machado.pdf: 1670342 bytes, checksum: b9c2284ff1dbc504885975b0a32d93e2 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-08-21 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Historical and ecological factors affect distribution and diversification of species. Hylaeamys megacephalus is a rodent from Amazonian forests and Cerrado, with distinctive lineages to the north and south of Amazonas River. Previous studies suggested allopatric divergence by the Amazonas River for northern Amazonia, and parapatric between southern Amazonia and Cerrado. We investigated the evolutionary history of the species integrating phylogeography and ecological niche models (ENMs). Through cytochrome b mitochondrial gene, we constructed a phylogenetic tree, haplotype network, estimating divergence time, historical demography, ancestor areas and dispersion and vicariance events. We ran ENMs of the species and its lineages, projecting it to the past. We analyzed niche similarity and habitat corridors. Our results show the three structured lineages, revealing sharing haplotypes only between south of the Amazon and Cerrado. All lineages diverged by vicariance in Pleistocene, however individuals with associated haplotypes diverged by dispersion and vicariance. We found low niche similarity between northern and southern Amazonia, but high between southern Amazonia and Cerrado. We corroborate vicariant diversification in northern Amazonia, associated with the establishment of Amazon river. However, due to the wide distribution of ancestral species, we suggest that environmental factors have also influenced this process, causing ecological variation between north and south of the Amazon before the rise of the barrier. About the lineages of the southern Amazon and Cerrado, previous studies have suggested diversification Parapatric, however, these lines showed high similarity ecological and model Parapatric Speciation requires selective variation. We suggest that these lineages diverged by the emergence of Xingu River, going through successive dispersion and vicariance events caused by change of the river’s water level during the Pleistocene. / Fatores históricos e ecológicos influenciam na distribuição e diversificação das espécies. Hylaeamys megacephalus é um roedor que apresenta linhagens divergentes entre o norte e sul do rio Amazonas e também no Cerrado. Estudos prévios sugeriram diversificação alopátrica entre o norte e sul do rio Amazonas e parapátrica entre o sul da Amazônia e Cerrado. Investigamos a história evolutiva da espécie e as hipóteses de diversificação sugeridas para suas linhagens, integrando filogeografia e modelos de nicho ecológico (ENMs). Utilizando um marcador mitocondrial, construímos uma árvore filogenética e uma rede de haplótipos, estimando tempo de divergência, demografia histórica, áreas de distribuição ancestral e eventos de dispersão e vicariância. Rodamos ENMs para a espécie e suas linhagens projetando-os para o passado. Avaliamos a similaridade de nicho ecológico e corredores de habitat entre as linhagens. Nossos resultados corroboram a existência das três linhagens e revelam compartilhamento de haplótipos apenas entre as linhagens do sul da Amazônia e do Cerrado. Todas as linhagens divergiram por vicariância durante o Pleistoceno, porém indivíduos com haplótipos relacionados divergiram por dispersão e vicariância. Houve baixa similaridade de nicho entre o norte e sul da Amazônia, mas alta entre sul e Cerrado. Corroboramos diversificação vicariante para o norte da Amazônia, associado ao estabelecimento do rio Amazonas. Porém, devido à ampla distribuição ancestral da espécie, sugerimos que fatores ecológicos também tenham influenciado neste processo, causando variação ecológica entre norte e sul da Amazônia antes do surgimento da barreira. Quanto às linhagens do sul da Amazônia e do Cerrado, estudos prévios sugeriram diversificação parapátrica, entretanto, estas linhagens apresentaram alta similaridade ecológica e o modelo de especiação parapátrica requer variação seletiva. Sugerimos que estas linhagens divergiram pelo surgimento do rio Xingu, passando por eventos sucessivos de dispersão e vicariância causados pela alteração do curso deste rio durante o Pleistoceno.

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-06-19T12:32:37Z No. of bitstreams: 2 EduardoPrata_Tese2017.pdf: 59763452 bytes, checksum: 7280d67b335a3969443e85d5e75212c8 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-19T12:32:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 EduardoPrata_Tese2017.pdf: 59763452 bytes, checksum: 7280d67b335a3969443e85d5e75212c8 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-10-14 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / Species complexes are groups in which species limits and hence species numbers are unclear. Untangling species limits within species complexes can be challenging, but is the basis for investigating the processes underlying species differentiation and the discovery of new species. The Pagamea guianensis species complex is one of the most widespread and common taxa in the Amazonian white-sand flora. Previous analysis suggested the occurrence of ten species within this group, but species limits remain unclear due to poor sampling, morphological overlap and low molecular resolution. Here we present the most comprehensive sampling of individuals across the geographical distribution of the P. guianensis complex in order to: test the monophyly of this species complex; clarify species limits within it; reconstruct the spatio-temporal history of the white-sand specialist Pagamea guianensis complex in order to investigate where, when and how diversification events took place. Using a high-throughput DNA sequencing approach, we sequenced 431 loci (>34 M bases) for 179 individuals. We applied phylogenetic and species tree analyses to resolve phylogenetic relationships among the sampled individuals. Species delimitation was estimated based on molecular data, and we subsequently tested whether these hypothesized species could be differentiated by morphological and/or NIR spectroscopy data, and whether they have different ecological niches. Ancestral habitat were reconstructed for the variables vegetation structure, flooding and annual precipitation. We run admixture analysis in order to analyze population structure within the most widely distributed species: Pagamea angustifolia, P. guianensis and P. pilosa. We also run an isolation-by-distance model to investigate the correlation between geographic distance and cophenetic distance among individuals of the clade P. angustifolia+P. guianensis distributed around the Guiana Shield in a ring-like distribution. Our results confirmed the monophyly of the P. guianensis complex and our integrative approach using evidences from independent datasets show 15 distinct and well-supported lineages, here circumscribed as 14 species and one subspecies (six species and one subspecies newly described and one species with new status). All diversification events took place during the Pleistocene (last 2.5 Ma). The ancestral area of the Pagamea guianensis complex was inferred in the Western Amazon around 2.5 Ma, from where it started to disperse eastward reaching the Atlantic Coast on the Guiana Shield around 1.3 Ma and the Northeastern Brazilian Atlantic Coast (Bahia State) the Last Interglacial (~130,000 years). The ancestor was in tall forests over dry soils, with subsequent diversification to lower or open vegetation and to moist or flooded soils. We found a gradient of species diversity following the west-east dispersal route, with higher diversity in the Western and Northwestern Amazon (7 and 5 spp), intermediate in Central Amazon (4) and few species in the Eastern Amazon and Atlantic Forest (1). Population structure analysis revealed more genetic structure in the North of the Amazonas River than in the South region. Populations from the P. angustifolia+P. guianensis clade in the Eastern Guiana Shield follow an isolation-by-distance model with strong correlation among cophenetic and geographical distances around the ring, a pattern never detect before for plants in the Amazon. Finally, in this work we were able to delimit and discover new species using advanced techniques of DNA sequencing and phylogenetic inferences from multiple markers, combining with independent analysis from morphological, spectral and ecological datasets. After species delimitation, we finally could reconstruct a more detailed and less uncertain biogeographic history for the P. guianensis complex. / Complexos de espécies são grupos onde os limites entre as espécies não são claros e, portanto, o número de espécies é incerto. Desvendar limites entre espécies em complexo de espécies é atualmente um dos maiores desafios da taxonomia moderna, especialmente a partir do uso de técnicas moleculares avançadas de seqüenciamento do DNA e de inferências filogenéticas e de árvores de espécies. Além disso, complexos de espécies são grupos ideais para o entendimento dos processos evolutivos geradores da diversidade de espécies na Amazônia. O complexo Pagamea guianensis é um dos táxons mais comuns e amplamente distribuídos em vegetação sobre solos arenosos na Amazônia, como as campinas, campinaranas e igapós. Trabalhos anteriores sugerem a ocorrência de dez espécies nesse grupo, mas o limite entre algumas espécies permanece incerto em função da baixa amostragem, da sobreposição morfológica e da baixa resolução na filogenia molecular. Neste trabalho, realizamos a mais completa amostragem de indivíduos ao longo da distribuição geográfica do complexo Pagamea guianensis com os objetivos de: testar a monofilia do grupo; resolver os limites entre as espécies e; reconstruir a história espaço-temporal do complexo Pagamea guianensis para entender onde, quando e como se deram os eventos de diversificação na Amazônia. Seqüenciamos 431 loci (>34 M bases) de um total de 179 indivíduos. A delimitação das espécies foi estimada a partir de árvores filogenéticas e de espécies e, em seguida, testamos se as espécies hipotetizadas podem ser diferenciadas a partir de variáveis morfológicas, ecológicas e espectrais. Reconstruímos a história evolutiva, o habitat ancestral e analisamos a estrutura genética populacional das espécies mais amplamente distribuídas Pagamea angustifolia, P. guianensis e P. pilosa. Para testar o efeito das terras altas do Escudo das Guianas como barreira para populações de P. angustifolia+P. guianensis, utilizamos um modelo de isolamento por distância. Nossos resultados confirmam a monofilia do complexo P. guianensis, e nossa abordagem utilizando evidências a partir de dados independentes revelou 15 linhagens distintas e bem suportadas, aqui circunscritas em 14 espécies e uma subespécie (sendo seis espécies e uma subespécie novas e uma espécie com novo status). Todos os eventos de diversificação se deram no Pleistoceno e a área ancestral do complexo P. guianensis foi inferida para o oeste da Amazônia há ca. 2.5 milhões de anos, de onde as populações começaram a dispersar em direção leste, alcançando a costa Atlântica do Escudo das Guianas por volta de 1.3 milhões de anos atrás. A divergência entre populações de P. guianensis da Amazônia e da Mata Atlântica do Nordeste do Brasil foi datada em aproximadamente 1 milhão de anos, mas é provável que as populações tenham alcançado a região costeira da Bahia passando pela região da Chapada Diamantina na Bahia, durante o último Interglacial há aproximadamente 130 mil anos. O ancestral provavelmente habitava florestas altas sobre solos arenosos não inundáveis no oeste da Amazônia. A riqueza de espécies segue um gradiente oeste-leste, com sete espécies no Oeste, cinco no Noroeste, quatro na Amazônia Central e uma espécie no Nordeste da Amazônia e Mata Atlântica. As populações ao norte do Rio Amazonas apresentaram maior estrutura genética em relação as do sul. Populações do clado P. angustifolia+P. guianensis do leste da Amazônia distribuídas ao redor do Escudo das Guianas seguiram um modelo de isolamento por distância com forte correlação entre a distância cofenética e a distância geográfica, seguindo um padrão de distribuição em anel, um padrão nunca detectado antes em plantas na Amazônia. Por fim, neste trabalho mostramos como o uso de técnicas avançadas de seqüenciamento do DNA e inferências filogenéticas a partir de múltiplos marcadores, combinado com análises de dados morfológicos, espectrais e ecológicos, possibilitaram a delimitação de espécies no complexo P. guianensis, incluindo a detecção e descrição de novas espécies. A partir da delimitação taxonômica, pudemos reconstruir uma história biogeográfica mais detalhada e com menos incertezas para o complexo P. guianensis.

A Amazônia abriga uma grande parcela da biodiversidade mundial, no entanto, existem grandes incertezas sobre os processos de geração e manutenção dessa enorme diversidade, com várias hipóteses propostas até o momento. Diversas características como tamanho pequeno, baixa capacidade de dispersão e fidelidade ao ambiente estritamente florestal fazem de lagartos do gênero Loxopholis (Squamata: Gymnophthalmidae) candidatos ideais para rastrear a história de modificações da paisagem no norte da América do Sul durante o Neogeno. Nesta tese, revisamos a variação morfológica, taxonomia e a distribuição geográfica das espécies do gênero Loxopholis, assim como estimamos as relações filogenéticas e o tempo de divergência entre as espécies com base em sequências de DNA provenientes do genoma mitocondrial e nuclear. Com essa base de dados, construímos um modelo de como ocorreu a história evolutiva de Loxopholis, discutindo os resultados a partir de reconstruções geológicas provenientes da literatura, e fornecendo uma datação independente para eventos geológicos que potencialmente influenciaram a história evolutiva do gênero. Neste estudo, também revelamos que a atual diversidade descrita para Loxopholis está severamente subestimada. Encontramos que a espécie L. osvaldoi representa um complexo de espécies crípticas, contendo de 8 a 14 potenciais espécies novas, com profundas divergências genéticas tanto nos genomas mitocondrial e nuclear, praticamente dobrando a diversidade conhecida no gênero. No entanto, a morfologia em Loxopholis é extremamente conservada, dificultando a diagnose das espécies novas. Finalmente, descrevemos a primeira população bissexual da espécie partenogenética L. percarinatum, discutindo as implicações deste achado para o entendimento relativo a aparição da partenogênese em Loxopholis / The Amazon rainforest houses a significant portion of the world biodiversity, however, there is still a lot of uncertainty about the processes involved in its generation and maintenance, with several hypotheses proposed so far. Loxopholis lizards (Squamata: Gymnophthalmidae) are small-sized; show low vagility, and high fidelity to the humid forest environment, making them ideal to test hypotheses on the history of landscape modifications in Northern South America, during the Neogene. In this thesis, we revise the morphological variation, the taxonomy, and the geographic distribution of Loxopholis species, as well as estimated a phylogenetic hypothesis and divergence times for these species based on sequences from mitochondrial and nuclear DNA. With this dataset, we build a model for the evolutionary history of Loxopholis and compared the results with geologic reconstructions of the Amazon available in the literature, which provided independent time estimates for geological events that potentially affected the evolutionary history of genus. In this study, we also showed that the actual diversity described for Loxopholis was severely underestimated. We found that L. osvaldoi represents a complex of cryptic species with 8-14 potential new species, and strong divergences in both the mitochondrial and the nuclear genomes, virtually doubling the actual diversity in the genus. Finally, we describe the first bisexual population for the parthenogenetic species L. percarinatum, discussing its implications to the origin of parthenogenesis in the genus

A Amazônia abriga uma grande parcela da biodiversidade mundial, no entanto, existem grandes incertezas sobre os processos de geração e manutenção dessa enorme diversidade, com várias hipóteses propostas até o momento. Diversas características como tamanho pequeno, baixa capacidade de dispersão e fidelidade ao ambiente estritamente florestal fazem de lagartos do gênero Loxopholis (Squamata: Gymnophthalmidae) candidatos ideais para rastrear a história de modificações da paisagem no norte da América do Sul durante o Neogeno. Nesta tese, revisamos a variação morfológica, taxonomia e a distribuição geográfica das espécies do gênero Loxopholis, assim como estimamos as relações filogenéticas e o tempo de divergência entre as espécies com base em sequências de DNA provenientes do genoma mitocondrial e nuclear. Com essa base de dados, construímos um modelo de como ocorreu a história evolutiva de Loxopholis, discutindo os resultados a partir de reconstruções geológicas provenientes da literatura, e fornecendo uma datação independente para eventos geológicos que potencialmente influenciaram a história evolutiva do gênero. Neste estudo, também revelamos que a atual diversidade descrita para Loxopholis está severamente subestimada. Encontramos que a espécie L. osvaldoi representa um complexo de espécies crípticas, contendo de 8 a 14 potenciais espécies novas, com profundas divergências genéticas tanto nos genomas mitocondrial e nuclear, praticamente dobrando a diversidade conhecida no gênero. No entanto, a morfologia em Loxopholis é extremamente conservada, dificultando a diagnose das espécies novas. Finalmente, descrevemos a primeira população bissexual da espécie partenogenética L. percarinatum, discutindo as implicações deste achado para o entendimento relativo a aparição da partenogênese em Loxopholis / The Amazon rainforest houses a significant portion of the world biodiversity, however, there is still a lot of uncertainty about the processes involved in its generation and maintenance, with several hypotheses proposed so far. Loxopholis lizards (Squamata: Gymnophthalmidae) are small-sized; show low vagility, and high fidelity to the humid forest environment, making them ideal to test hypotheses on the history of landscape modifications in Northern South America, during the Neogene. In this thesis, we revise the morphological variation, the taxonomy, and the geographic distribution of Loxopholis species, as well as estimated a phylogenetic hypothesis and divergence times for these species based on sequences from mitochondrial and nuclear DNA. With this dataset, we build a model for the evolutionary history of Loxopholis and compared the results with geologic reconstructions of the Amazon available in the literature, which provided independent time estimates for geological events that potentially affected the evolutionary history of genus. In this study, we also showed that the actual diversity described for Loxopholis was severely underestimated. We found that L. osvaldoi represents a complex of cryptic species with 8-14 potential new species, and strong divergences in both the mitochondrial and the nuclear genomes, virtually doubling the actual diversity in the genus. Finally, we describe the first bisexual population for the parthenogenetic species L. percarinatum, discussing its implications to the origin of parthenogenesis in the genus

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-08-11Bitstream added on 2014-06-13T19:46:40Z : No. of bitstreams: 1 giasson_lom_dr_rcla.pdf: 2766767 bytes, checksum: 22e537abf2216690d23b729eaf8f2f38 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A Mata Atlântica é um dos biomas mais biodiversos e, ao mesmo tempo, mais ameaçados do planeta. Estudos com anuros têm corroborado este padrão de diversidade, demonstrando que há grande variação na composição de espécies, mesmo entre localidades próximas neste bioma. Sob estas condições estudos de comunidades com anuros são de alta relevância e oportunos para investigar os fatores que estruturam as comunidades. Deste modo, foram caracterizadas as espécies de anuros de uma área de Mata Atlântica, detalhando a estrutura da comunidade. Investigou-se a organização sazonal das espécies, o padrão de uso do ambiente e a partilha dos recursos e a similaridade com outras taxocenoses do Sul e Sudeste. Para tanto, foram feitas 25 amostragens no Núcleo Santa Virgínia do Parque Estadual da Serra do Mar. As espécies em atividade vocal e demais evidências de reprodução foram registradas e as vocalizações gravadas. Nas excursões, durando de quatro a oito dias, eram amostrados e registrados os ambientes usados pelos anuros. Foram registradas 50 espécies de anuros sendo a ampla maioria tipicamente associada à Mata Atlântica. Na atividade sazonal ocorreu uma gradação entre espécies restritas aos meses do verão, passando por espécies com período mais amplo de atividade, até espécies restritas ao inverno. O padrão de uso do ambiente em geral refletiu a filogenia e a maior sobreposição nesta dimensão do nicho ocorreu entre espécies aparentadas, apesar de também ocorrerem convergências entre espécies pouco aparentadas. Restrições herdadas são mais razoáveis para explicar os padrões gerais de uso do ambiente do que competição interespecífica ou predação ocorrendo no presente. A taxocenose de anuros deste estudo se assemelhou àquelas situadas em áreas serranas da Mata Atlântica. A similaridade na composição de espécies entre as localidades está fortemente relacionada às distâncias geográficas entre elas. / The Atlantic forest is one the world’s most diverse biomes and at the same time on of the most threatened. Studies on frogs are confirming this pattern, showing great variance in species composition, even among close localities in this biome. From this perspective, studies on frog communities are of extreme importance to elucidate the factors structuring these communities. Thus, herein we characterize the frog species from a locality in the Atlantic Forest, providing details on community structure. Seasonal activity of species, pattern of habitat use, resource partitioning, and species composition similarity between regions in the South and Southeast Brazil were investigated. Twenty-five samples were carried out at Núcleo Santa Virgínia, at the Serra do Mar State Park, São Paulo state, southeast Brazil. Calling activity of species, other reproductive evidences, and vocalizations were registered. During the surveys, which lasted from four to eight days, habitats used by the species were sampled and characterized. A total of 50 anuran species was registered; the great majority typical of the Atlantic Forest. Regarding seasonality, we detected a continuum from species with activity during the summer, to species exhibiting a more prolonged season, up to species restricted to the winter. Habitat use, in general, reflected the phylogeny and the greater overlap occurred among close related species, although convergence among distant species was also observed. Restrictions related to phylogeny are more plausible to explain the general pattern of habitat use observed here, than are present interspecific competition or predation. Community composition at the study site was more similar to those from montane areas located in the Atlantic Forest and species composition similarity was strongly related to the geographic distances among them. Localities under the influence of the Atlantic Forest are less similar among them than are those ...

Orientador: Helmut Troppmair / Banca: Adler Guilherme Viadana / Banca: Lucy Marion Calderini Philadelpho Machado / Banca: Marta Felícia Marujo Ferreira / Banca: Juliana Augusta Verona / Resumo: Os objetivos da presente pesquisa compreenderam o resgate, o levantamento, a análise e a avaliação sistemática das contribuições e originalidades geradas pela produção científica na área de Biogeografia, desenvolvida no período de 1969 a 2004, por professores, pesquisadores e alunos do Departamento de Geografia e de Pós-Graduação em Geografia, Instituto de Geociências e Ciências Exatas de Rio Claro, da Universidade Estadual Paulista, mais diretamente envolvidos com a temática biogeográfica. A partir do levantamento anterior houve a classificação das pesquisas dentro das áreas específicas da Biogeografia, a fim de identificar as subáreas mais contempladas e as que vêm apresentando maior desenvolvimento. Também houve alusão às abordagens espaciais e às escalas mais comumente utilizadas nessas pesquisas. A divulgação do papel de destaque dos pesquisadores vinculados ao denominado Núcleo de Estudos Biogeográficos de Rio Claro na orientação e condução das pesquisas, tanto no estado de São Paulo como em outros estados, acabou naturalmente compondo o rol dos objetivos. A gênese da Biogeografia deu-se pelos esforços de pesquisadores que se dedicaram à investigação sobre a distribuição dos seres vivos, desde os primórdios, tais como os naturalistas, mas seu desenvolvimento e evolução somente foram possíveis pela dedicação de outros pesquisadores, como os do Núcleo de Estudos Biogeográficos de Rio Claro, sobretudo quanto à investigação sobre o relacionamento e funcionamento global das Biogeocenoses e dos Geossistemas. / Abstract: The objective of this study was recovery the academic production in Biogeography, developed since 1969 until 2004, by professors, researchers and students of the Geography Department, Master and Doctor Degree of Geography Program, Geosciences and Accurate Sciences Institute of São Paulo State University, at Rio Claro, more directly involved with Biogeography subjects. Before this investigation, a systematic analysis and estimation of the contributions and originalities were made, and a classification of the works in the specific disciplines in Biogeography as well, for the purpose to identify the more contemplate areas and those that are showing more progress. It was given also an emphasis to the analysis of the space and the scales more common in these researches. Spreading the importance of the researchers in Nucleus of Biogeography Studies at Rio Claro to the development and conduction of these researches was a natural process of this work. The Biogeography's genesis was possible due the efforts of the researchers, since a long time, in studying alive-beings' distribution, like the naturalists did. But the development and evolution only had continuity by the dedication of other researchers (the Rio Claro's researchers, for example) in studies about the relationship and the global functionality of the Biogeocenoses and Geossystems. / Doutor

Submitted by Johnsson Rodrigo (r.johnsson@gmail.com) on 2013-09-06T02:44:20Z No. of bitstreams: 1 LAIS_DEFINITIVO.pdf: 2773370 bytes, checksum: f38a6f17c41bf3c17bc2b46b5b5f31b7 (MD5) / Approved for entry into archive by Alda Lima da Silva(sivalda@ufba.br) on 2013-10-03T19:07:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 LAIS_DEFINITIVO.pdf: 2773370 bytes, checksum: f38a6f17c41bf3c17bc2b46b5b5f31b7 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-03T19:07:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LAIS_DEFINITIVO.pdf: 2773370 bytes, checksum: f38a6f17c41bf3c17bc2b46b5b5f31b7 (MD5) / CAPES / Identificamos e caracterizamos padrões espaciais de variação morfológica e acústica em amostras populacionais de D. elegans ao longo de toda sua distribuição geográfica a fim de determinar se o táxon em questão compreende uma única espécie válida e, caso positivo, o que a diferencia das demais espécies do grupo, mais especificamente, de D. leucophyllatus. Usamos métodos descritivos de análise e métodos de ordenação para buscar por padrões de variação morfométrica (forma e tamanho) e acústica (parâmetros espectrais e temporais do canto de anúncio) em D. elegans. Buscamos por padrões espaciais de variação usando curvas de contorno, correlogramas espaciais e projeções das variáveis de interesse contra o eixo de latitude. As análises revelaram que não há hiatos morfológicos ou acústicos para as diferentes amostras populacionais de D. elegans ao longo de sua distribuição geográfica, porém alguns gradientes direcionais de variação foram evidenciados. As distâncias geográficas entre as populações locais de D. elegans não foram capazes de explicar os padrões espaciais de variação morfológica. Determinados rios parecem desempenhar papel importante na dispersão entre as populações de D. elegans localizadas no litoral atlântico e as mais interioranas, como o rio Doce. Evidências obtidas pelo exame da morfologia externa e bioacústica nos permitiu concluir que todas as populações de D. elegans da Floresta Atlântica pertencem a uma única espécie e que D. elegans constitui espécie válida. / Salvador