Las ribonucleases humanas son un grupo heterogéneo de proteínas pertenecientes a la superfamilia de la Ribonucleasa A. Estas proteínas se caracterizan por su capacidad de hidrolizar ácidos ribonucleicos y por la presencia de actividad antimicrobiana frente diversos organismos patógenos como bacterias, hongos, parásitos y virus. El primer objetivo del presente estudio doctoral se centra en la caracterización de la actividad antimicrobiana y en modelos de membrana de las formas nativas de la ribonucleasa 3 purificadas a partir de eosinófilos. Las distintas formas nativas presentan modificaciones postraduccionales dadas por diversos grados de glicosilación que se correlacionan con la activación de los eosinófilos durante los procesos inflamatorios. El estudio establece la capacidad antimicrobiana de las formas nativas y su actividad en modelos de membrana. Los resultados indican que las modificaciones postrasduccionales modulan la actividad biológica de la RNasa 3, sugiriendo una contribución in vivo en su función fisiológica. Como segundo objetivo de esta tesis, se evaluó por primera vez en nuestro grupo de investigación la actividad antimicótica de las ribonucleasas 3 y 7 frente al hongo Candida albicans, el cual fue elegido como modelo patógeno eucariota. Se determinó y caracterizó la presencia de actividad frente a Candida por parte de ambas ribonucleasas humanas. Por último, el tercer objetivo de esta tesis se centra en la purificación y caracterización de la ribonucleasa 8, la más reciente ribonucleasa humana descrita, identificada inicialmente en placenta. La RNasa 8 presenta un patrón inusual de enlaces disulfuro respecto a sus proteínas homólogas. Este cambio estructural modifica la estabilidad de la proteína y expone regiones que facilitan el proceso de agregación proteica. Fue necesaria la previa optimización de un protocolo alternativo de purificación. Se analizaron sus propiedades antimicrobianas, sugiriendo su posible participación en la respuesta inmunitaria innata. Los resultados del presente estudio corroboran las propiedades antimicrobianas de diversas ribonucleasas humanas miembros de la familia de la RNasa A, sugiriendo una función ancestral en el sistema de defensa innato. El estudio contribuye a la comprensión de su mecanismo de acción y plantea su potencial uso como herramientas terapéuticas. / Human ribonucleases are a heterogeneous group of proteins belonging to the superfamily of RNase A. These proteins are characterized by their ability to hydrolyse ribonucleic acids and the presence of antimicrobial activity against various pathogens including bacteria, fungi, parasites and viruses. The first objective of this doctoral study is focused on the antimicrobial characterization of native Ribonuclease 3 forms purified from eosinophils. Native forms present posttranslational modifications giving different glycosylation grades that modulate their activity during inflammatory processes. This study aims to establish the antimicrobial properties of native forms purified from eosinophils and their activity in a membrane model system. Results indicate that post-translational modifications contribute to the the protein biological activities, suggesting a related physiological role. As a second objective, we evaluated for the first time the antifungal activity of the antimicrobial RNase 3 and RNase 7 against Candida albicans, an eukaryotic pathogen selected as a simple model to test the antimicrobial mechanism of action. Both human ribonucleases displayed a high antifungal activity. Results highlighted a dual mechanism of action, where cell lysis takes place at high protein concentration, while depolarization, cell internalization and cellular RNA degradation is achieved at sublethal doses. Finally, the last objective is focused on the characterization of ribonuclease 8, also called the placental RNase, the most recent human ribonuclease described. RNase 8 has gained and lost one cysteine residue in non-conserved positions in a mechanism called "disulphide shuffling". The protein tendency to aggregate required the design of an alternative purification protocol. We analysed its antimicrobial abilities, suggesting a possible role in innate defence. The results of this study confirmed the high antimicrobial activity of several human ribonucleases from the RNase A superfamily suggesting an ancestral role in the host immune defence response. The study contributed to the understanding of their mechanism of action and set the basis for applied drug design.

La Serum Amiloide A3 (M‐SAA3) mamària és una proteïna de fase aguda expressada principalment a la glàndula mamària. Els nivells d’expressió de la M‐SAA3 varia en diferents situacions fisiològiques, el que suggereix un rol important a nivell funcional. Per tal d’analitzar les propietats de la proteïna, es van dur a terme quatre estudis. En el primer, la M‐SAA3 va ser expressada de forma recombinant en un sistema bacterià. Aquest pas és important ja que ens proporciona una font de proteïna, en casos en que la purificació de fonts naturals representa clarament un coll d’ampolla. Es va obtenir la seqüència de dues isoformes, però només una va ser expressada recombinantment. La principal diferència entre les dues formes era una deleció en la regió del motiu SNARE, el que suggeria que aquest motiu pot estar implicat en una activitat antibacteriana directe. A més, en el primer estudi es va analitzar la primera funcionalitat. La M‐SAA3 activava la fagocitosi mediada per macròfags, incrementant el nombre de macròfags actiu i la seva capacitat fagocítica. En el segon estudi es va analitzar l’efecte protector a nivell gastrointestinal. La M‐SAA3 clarament reduïa la translocació de bacteris enteropatògens en cèl∙lules CaCo‐2, una línia d’epiteli intestinal comercial. La M‐SAA3 també afectava la expressió de MUC3 i IL‐8, incrementant els seus nivells, el que connecta de forma directa la proteïna amb la resposta immune innata. En el tercer estudi, es va desenvolupar un model intestinal en boví a partir de cultius ex vivo de Plaques de Peyer. Aquests cultius ex vivo ofereixen un ambient únic on coexisteixen diferents tipus cel∙lulars i una aproximació més realista a la situació in vivo. En aquest context la infecció també va ser disminuïda i la M‐SAA3 incrementava els nivells de IL‐8 i INFγ. Per contra, les mucines no es van veure afectades, i la protecció va ser assolida per sobre‐expressió de Occludina i Claudina‐ 2, proteïnes que formen les tight junctions, encarregades de segellar la barrera epitelial. A més, es va demostrar que la M‐SAA3 activa cèl∙lules dendrítiques, incrementant l’expressió de citoquines i marcadors de maduració, migració i presentació d’antigen. En el quart i últim estudi, es va avaluar la possible aplicabilitat a nivell de la industria lletera. La M‐SAA3 va ser infosa intra‐mamàriament durant el secat, un període on es deixa de munyir les vaques per tal d’afavorir la regeneració cel∙lular i augmentar la seva productivitat. La M‐SAA3 va incrementar paràmetres relacionats amb una activació de l’involució tals com les metaloproteinases. Els nivells de proteïna i greix també eren augmentats i es va observar un augment numèric del recompte de cèl∙lules somàtiques. També es va observar que la proteïna incrementava l’expressió de IL‐8 i TNFα en cultius primaris de glàndula mamària, i també inhibia la infecció bacteriana. Finalment, les cèl∙lules dendrítiques també eren activades en absència d’infecció / Mammary Serum Amyloid A3 (M‐SAA3) is an acute phase protein mainly expressed in the mammary gland. The levels of the protein vary in different physiological situations, indicating that may play an important functional role. In order to analyze the protein properties four studies were performed. In the first study, the protein was recombinantly produced in a bacterial expression system. This was important, as difficulty in protein purification from natural sources is a clear bottleneck for functional studies. Two M‐SAA3 isoforms were obtained, but only one succeeded in the recombinant expression. Interestingly, the main difference was in a 3 amino acid deletion in the SNARE motif, which could be implicated in the direct bacterial killing. Moreover, the first functional role was evaluated. M‐SAA3 clearly enhanced macrophages phagocytosis, increasing both the number of active macrophages and the phagocytic capacity. In the second study, the protective effect at a gastrointestinal level was assessed. M‐SAA3 protein inhibited the translocation of enteropathogenic bacteria in CaCo‐2 cells, a commercial intestinal epithelial cell line. In addition, M‐SAA3 protein increased the expression of MUC3 and IL‐8, which directly connected the protein with the innate immune response activation. In the third study, a bovine intestinal model was developed using ex vivo Peyer’s Patches cultures. The ex vivo methodology offered a unique environment where different cell types coexist, and indeed, represent a more similar approach to an in vivo situation. In this context, the infection was also prevented, and a clear innate immune response was activated. M‐SAA3 clearly activated the expression of IL‐8, INFγ but in this case, mucins were not up‐regulated. The bacterial translocation was achieved by an increase in the Occludin and Claudin‐2 expression, tight junction genes that directly participate in the sealing of the epithelial barrier. Furthermore, the M‐SAA3 directly activated dendritic cells functions, increasing their cytokine expression profile and cellular markers related to maturation, migration and antigen presentation. In the fourth and last study, the potential applicability in dairy industry was evaluated. M‐SAA3 was infused in the mammary gland at dry off, a period of milking cessation which permits the mammary gland regeneration for an optimal production in following lactations. M‐SAA3 increased parameters related to an increased involution of the mammary gland, such as metalloproteinases. Also protein and fat were increased and a numerical increase in the somatic cell count was observed. In addition, M‐SAA3 raised the IL‐8 and TNFα levels in primary mammary gland cultures, and inhibited bacterial infection. Finally, dendritic cells were also activated by M‐SAA3 in absence of infection.

Els microorganismes estan exposats a canvis en l’ambient que poden implicar una situació d’estrès. El llevat Saccharomyces cerevisiae prefereix condicions acides per proliferar; per tant, l’alcalinització del medi extern li empitjora el creixement. Per superar aquest estrès, el llevat activa diverses vies de senyalització que conformen una complexa xarxa reguladora, provocant un remodelament transcripcional. La via de la calcineurina, activada per l’increment de calci citosòlic en condicions alcalines, governa l’expressió gènica a través del factor de transcripció Crz1. Un estrès alcalí és detectat per la proteïna transmembrana Rim21, un component de la via Rim101, que desencadena una cascada de senyalització provocant l’activació per proteòlisi de Rim101. Aquest factor de transcripció reprimeix l’expressió de NRG1, un altre repressor transcripcional, induint així l’expressió de determinats gens indirectament. La quinasa Snf1 també s’activa per estrès alcalí i té varies dianes a través de les quals controla diferents processos. Entre aquestes, Snf1 inhibeix els repressors Mig1/Mig2 i Nrg1/Nrg2, alleugerint la repressió d’un grup divers de gens. Addicionalment, un increment del pH extern activa la via de senyalització PHO, relacionada amb l’escassetat de fosfat, provocant la inactivació del complex Pho80-Pho85 i la subseqüent acumulació de Pho4 al nucli. Aquest factor de transcripció, conjuntament amb Pho2, és responsable de l’expressió del reguló PHO, la funció del qual és mantenir els nivells de fosfat intracel·lular. El gen ENA1, que codifica una Na+-ATPasa, és un clar exemple de coregulació per diferents vies de senyalització. La seva inducció alcalina depèn de Crz1 i de l’alliberament de la repressió de Nrg1, Mig i Mig2, els quals son inhibits per Rim101 i Snf1. Pho89 és un cotransportador de sodi/fosfat d’alta afinitat membre del reguló PHO. Apart de ser induït per Pho4, sota condicions alcalines l’expressió de PHO89 també depèn de Crz1, sent l’únic gen del reguló PHO que mostra aquesta regulació. En aquest treball ens centrem en la xarxa reguladora que controla la inducció alcalina de PHO89 i el seu possible paper en la resposta a aquest estrès. Mostrem com l’expressió de PHO89 en condicions d’escassetat de fosfat és més feble i retardada en comparació amb l’expressió a pH bàsic. Per altra banda, l’expressió de Pho84, l’altre transportador de fosfat d’alta afinitat, és més potent en condicions de baix fosfat que en condicions d’estrès alcalí. L’efecte de la via de la calcineurina sobre PHO89 es produeix exclusivament a través de Crz1, i aquest factor de transcripció s’uneix al seu promotor poc després de l’estrès alcalí. La via Rim101 també indueix PHO89 en condicions de pH bàsic a través de NRG1. En condicions alcalines, la quinasa Snf1 és fosforilada i és responsable de la fosforilació dels repressors Mig1 i Mig2, que surten del nucli. Tot i això, només Mig2 té un paper rellevant en la repressió de PHO89. A més a més, la mutació reg1, que presenta una Snf1 hiperactiva, provoca un increment dels nivells de PHO89 al llarg del temps. En aquest treball també mostrem la possible relació entre Pho89 i Ena1 en un ambient alcalí. Tots dos gens comparteixen els mateixos factors reguladors que permeten la seva expressió sincrònica després d’un estrès per pH bàsic. Quan l’adquisició de fosfat depèn exclusivament de Pho89, l’absència de ENA1 confereix un fort fenotip de sensibilitat a pH alcalí. En aquesta mateixa situació, les cèl·lules presenten un increment substancial en la concentració de sodi intracel·lular, suggerint que aquesta pot ser la causa dels seus problemes de creixement. Aquests resultats indiquen que la coregulació entre Ena1 i Pho89 permetria el seu acoblament funcional, ja que la capacitat per expulsar sodi de Ena1 serviria de mecanisme de detoxificació, permetent un continu cotransport Na+/Pi en condicions alcalines. / Microorganisms are exposed to slight changes in the environment, which may imply a stressful situation. The budding yeast Saccharomyces cerevisiae prefers acidic conditions to proliferate; hence, an alkalinization of the external medium impairs its growth. To cope with this stress, S. cerevisiae activates several signaling pathways that create a complex regulatory network, leading to a profound remodeling of the transcriptional profile. The calcineurin pathway, activated by an increase of cytosolic calcium occurring in alkaline conditions, governs gene expression through the transcription factor Crz1. Moreover, high pH stress is sensed by the transmembrane protein Rim21, a component of the Rim101 pathway, which starts a signaling cascade resulting in the proteolytic activation of Rim101. This transcription factor represses the expression of NRG1, another transcriptional repressor, thus indirectly inducing the expression of certain genes. The Snf1 kinase is also activated by alkaline stress and has several targets through which it controls different processes. Among them, Snf1 inhibits the repressors Mig1/Mig2 and Nrg1/Nrg2, alleviating the repression of a diverse group of genes. Furthermore, an increase of the external pH also triggers the PHO signaling pathway, related to phosphate scarcity, causing the inactivation of the Pho80-Pho85 complex and the subsequent accumulation of Pho4 into the nucleus. This transcription factor, along with Pho2, is responsible for the expression of the PHO regulon, the function of which is to maintain the intracellular phosphate pool. The Na+-ATPase-encoding gene ENA1 is an excellent example of coregulation by different signaling pathways. The alkaline induction of this gene depends on Crz1 and on release from the repression by Nrg1, Mig1, and Mig2, triggered by activation of Rim101 and Snf1. Pho89 is a high-affinity sodium/phosphate cotransporter belonging to the PHO regulon. Apart from being upregulated by Pho4, under alkaline conditions PHO89 expression is also dependent on Crz1, being the only PHO gene to display such regulation. In this work we focus on the regulatory network driving the alkaline induction of PHO89 and its possible role in the high pH stress response. We show that the transcriptional profiles of PHO89 between alkaline and phosphate starvation conditions differ considerably, with a much weaker and delayed expression on the latter. In contrast, the expression of Pho84, the other high-affinity phosphate transporter, is stronger in low phosphate conditions than under alkaline stress. The calcineurin effect on PHO89 is mediated exclusively through Crz1, and this transcription factor is bound to its promoter shortly after the alkaline induction. The Rim101 pathway also upregulates PHO89 during high pH stress by impinging on NRG1. After the alkaline stress, the Snf1 kinase is phosphorylated and mediates the phosphorylation of the repressors Mig1 and Mig2, which exit the nucleus under these same conditions. However, only Mig2 has a relevant role in repressing PHO89. Furthermore, the reg1 mutation, which leads to a hyperactive Snf1, results in increased Pho89 levels over time, indicating the importance of Snf1 in the alkaline expression of this transporter. In this study we also show the putative relationship between Pho89 and Ena1 in an alkaline environment. Both genes share several regulatory factors which allow their synchronous expression after high pH stress. Interestingly, when cells rely exclusively on Pho89 for phosphate uptake, the absence of ENA1 confers a strong alkali-sensitive phenotype. In this same situation, cells display a substantial increase in their intracellular sodium concentration, suggesting that this might be the cause of impaired growth. These results point towards the idea that the coregulation exhibited by Ena1 and Pho89 could allow their functional coupling, and that the Na+ extrusion ability of Ena1 could serve as a detoxifying mechanism necessary to support continuous Pho89 Na+/Pi cotransport under alkaline conditions.

El present treball es centra en l’estudi de la producció de proteïnes recombinants en línies cel·∙lulars de mamífer. Concretament, s’ha realitzat l’estudi de tres estratègies de bioprocés, totes elles basades en el cultiu de cèl·∙lules HEK293. Com a proteïna model per a l’expressió de proteïnes heteròlogues s’ha triat la proteïna CapPCV2, la qual conforma la càpsida viral del Circovirus porcí serotip 2 (PCV2). Aquest virus és l’agent causal de PCVDS (porcine circovirus diseases o malaties derivades de circovirus porcí). Aquest terme engloba un conjunt de malalties i síndromes que tenen un elevat impacte econòmic en la indústria porcina. El projecte s’ha enfocat des de la perspectiva de desenvolupament i optimització del bioprocés i, en conseqüència, l’increment de la producció volumètrica ha estat la força impulsora de tot el treball. En primer lloc es presenten els estudis per a la selecció del medi de cultiu i suplements nutricionals. El creixement cel·∙lular depèn en gran mesura de les característiques nutricionals i fisicoquímiques del medi en que se les cultiva. Per tant, trobar el medi adequat és un dels factors clau per a l’expansió del cultiu cel·∙lular. L’estudi inicial de medis de cultiu va permetre augmentar sis vegades la densitat de cèl·∙lules viables en comparació al medi original en que es cultivaven. D’altra banda, s’han explorat diferents estratègies de cultiu, i com a resultat s’ha implementat una estratègia de fed-­‐batch que ha permès arribar a densitats cel·∙lulars de 26.8x106 cell/mL. En el segon i tercer capítol de resultats, s’avaluen tres estratègies diferents per a la producció de la proteïna recombinant CapPCV2 (r-­‐CapPCV2). La primera estratègia ha estat la infecció de cèl·∙lules HEK293 amb un vector adenoviral que codifica el gen de la CapPCV2 (vector generat dins del treball d’aquesta tesis doctoral). Els paràmetres d’infecció s’han estudiat en profunditat per tal de trobar els paràmetres d’infecció (medi de cultiu, MOI (multiplicitat d’infecció), TOI (temps d’infecció) i TOH (temps de recollida)) per a la millora de la producció de la proteïna i el vector adenoviral. La segona i tercera estratègia estan basades en la generació de línies cel·∙lulars estables. Concretament, s’ha generat una línia cel·∙lular productora de r-­‐CapPCV2 a partir de la integració a l’atzar del vector plasmídic en el genoma de la cèl·∙lula. D’altra banda, s’han generat línies cel·∙lulars amb la integració dirigida del gen en llocs prèviament caracteritzats com d’altra transcripció genètica. La integració dirigida s’ha efectuat mitjançant la tecnologia RMCE (recombinant mediated cassette exchange, o bescanvi de casset mitjançada per recombinació). Després de la comparació de les productivitats específiques i volumètriques aconseguides amb cada estratègia, el millor productor va ser seleccionat. Nogensmenys, r-­‐CapPCV2 es produeix en quantitats molt baixes i per tant no ha sigut possible dissenyar un procés de producció rentable i altres alternatives de producció s’haurien d’estudiar en un futur. Finalment, l’estudi d’un comportament metabòlic particular observat en les cèl.lules en cultiu s’ha adreçat des d’una perspectiva fisiològica i metabòlica. A certes condicions extracel·∙lulars, s’ha observat que les cèl·∙lules HEK293 poden consumir de manera simultània glucosa i lactat durant el seu creixement exponencial. Després d’un ampli estudi d’aquestes condicions, s’ha determinat que el canvi de la producció d’àcid làctic (que és el principal problema dels cultius d’alta densitat de cèl·∙lules de mamífer) cap al consum d’aquest metabòlit pot ser generat des de el començament del cultiu quan el pH és de 6.6 i la concentració de lactat és de 4-­‐8mM. En aquestes condicions, ni el creixement cel·∙lular ni la producció de proteïna es veuen afectades negativament. A la llum d’aquests resultats, es genera la hipòtesi de que les cèl·∙lules HEK293 poden co-­‐transportar el lactat extracel.lular i els protons com un mecanisme de detoxificació del pH. D’altra banda, l’aplicació de l’anàlisi de balanç de fluxos (FBA) ha revelat que quan la glucosa i el lactat es consumeixen simultàniament s’aconsegueix un metabolisme “equilibrat”, és a dir els fluxos de la glicòlisi i el cicle TCA esdevenen similars, evitant l’acumulació de piruvat en el citosol, la seva transformació a làctic i finalment la secreció d’aquest metabòlit. Aquest comportament és totalment oposat al que s’observa de forma general en els cultius de cèl.lules de mamífer en creixement exponencial, on els elevats fluxos de la glicòlisi troben una limitació en els fluxos d’entrada a la mitocòndria (és a dir, del cicle TCA) i conseqüentment el lactat és produït i secretat al medi. La construcció d’un model metabòlic i l’aplicació de FBA permetrà fer prediccions in silico de comportaments metabòlics causats per la sobreexpressió o el silenciament de gens diana. Aquesta estratègia obre la possibilitat de generar línies cel·∙lulars que presentin un metabolisme optimitzat per tal d’estudiar estratègies de cultiu més eficients per a l’increment de la densitat cel·∙lular i productivitat de proteïna recombinant. / The thesis is focused on the study of recombinant protein production in mammalian cell lines. In particular, the study of three different approaches of different bioprocesses based on HEK293 cells has been addressed. As a model protein for recombinant expression, CapPCV2 has been selected. This protein makes up the viral capsid of Porcine circovirus serotype 2 (PCV2), which is the causative agent of PCVDs (porcine circovirus diseases), a group of diseases with major impact in pig’s industry worldwide. This project has been addressed from the perspective of bioprocess development and optimization and therefore, the increment of volumetric production of cells, virus and proteins have been the driving force of the research. Firstly, cell culture media and nutritional supplementation studies are presented. Cell growth relies in high extent to the nutritional and physicochemical characteristics of the media in which cells are cultured and therefore, finding the proper cell media is one of the key factors for cell culture expansion. The initial media study resulted in a 6-­‐fold increment of the maximal viable cell achieved in the original media. Besides, different cell culture strategies have been explored, which resulted in a fed-­‐batch strategy that allowed reaching maximal viable cell densities of 26.8x106 cell/mL, which represents 13-­‐fold increment on maximal viable cell density originally reached. In the second and third chapter of results, three different approaches for the expression of recombinant CapPCV2 (r-­‐CapPCV2) are evaluated and discussed. As a first approach, a viral recombinant adenovirus encoding for the gene CapPCV2 has been generated and used as viral vector for the production of the recombinant protein in HEK293 cells. Besides, a deep study of the main parameters that affect the infection performance has been carried out and discussed in order to find the best media, MOI (multiplicity of infection), TOI (time of infection) and TOH (time of harvest) for adenovirus and recombinant protein production. This study was performed with an adenovirus expressing the reporter gene GFP and thereafter, the best infection parameters encountered were applied for the production of r-­‐CapPCV2 (media: SFMTransFx-­‐293 supplemented with 4mM glutaMAX, 5% FBS and 10%CB5; MOI:1; TOI:1x106 cell/mL) and TOH:48hpi). The second and third strategies are both based on the generation of stable producer cell lines, but one strategy relies on illegitimate (or random) integration of the gene in the HEK293 genome ,whereas the other strategy is a site-­‐directed integration of the gene in previously characterized hot-­‐spots (i.e. high-­‐active transcribed regions from genome). The site-­‐directed integration was performed using RMCE technology (Recombinant mediated cassette exchange). After the comparison of the specific and volumetric productivities achieved with each approach, the best producer has been selected. Nevertheless, r-­‐CapPCV2 was poorly produced so it was unfeasible to develop/design a cost-­‐effective industrial bioprocess and other alternatives must be studied in the future. Finally, the study of an unexpected metabolic behaviour observed in HEK293 cells cultured in our lab has been addressed from a physiologic and metabolic perspective. HEK293 cells could concomitantly consume glucose and lactate in exponentially growing cultures at particular environmental conditions. After a deep study of these conditions, it was found out that the switch from lactate secretion (which is the main drawback of mammalian high cell density cultures) to lactate consumption can be triggered from the beginning of cell culture at pH0=6.6 together with the addition of 4-­‐12mM of lactate to media. Remarkably, under these conditions nor cell growth neither protein production were negatively affected. Form these results, we hypothesize that HEK293 can co-­‐transport lactate and H+ to the cytosol as a pH-­‐detoxification mechanism. Moreover, the application of flux balance analysis permitted to find out that when lactate and glucose are consumed together a “more balanced” metabolism is achieved, meaning that glycolytic and TCA fluxes became similar, avoiding pyruvate accumulation at the cytosol and consequently, lactate formation. This is totally opposed to the extensively observed metabolism of exponentially growing mammalian cell lines, where the high flux through the glycolytic pathway encounters a limitation on the fluxes entering the mitochondria (hence, the TCA cycle) and consequently lactate is produced and secreted to media. The construction of a HEK293 metabolic model and the application of FBA will allow making in silico predictions of metabolic beahaviours after the upregulation or downregulation of target genes. This strategy may open the possibility of generate engineered HEK293 cell lines with an optimised metabolism in order to study more efficient cell culture strategies towards the achievement of higher cell densities and product titres.

La via de la PI3K/PKB juga un paper molt important en el sistema nerviós central durant el desenvolupament neuronal. PDK1 és la màster quinasa que s’encarrega de coordinar les diverses senyals de la PI3K, regulant diferencialment l’activació de diferents AGC quinases. A fi d’estudiar el paper de PDK1 al sistema nerviós central, vàrem generar dos models de ratolí que presentaven mutats dos dominis funcionals d’aquesta quinasa: el PH-domain i el PIF-pocket. En aquesta tesi es desenvolupa la caracterització del model de ratolí knock-in condicional que expressa la mutació L155E de PDK1 a sistema nerviós central. Aquesta mutació resulta en la inhabilitació del domini PIF-pocket de PDK1 i per tant en una disrupció del mecanisme d’activació de totes les AGC quinases que no presenten PH-domain, com són RSK, SGK i S6K, però no PKB. La manca d’activació d’aquestes quinases no resulta essencial per les respostes de supervivència i viabilitat cel·lular, però sí que impedeix el correcte desenvolupament neuronal, el que es tradueix en un dèficit de la polarització i diferenciació neuronal. Els defectes en aquests processos neuronals resulten en una reducció de la mida cerebral i en alteracions fisiològiques de regions del cervell com el còrtex o l’hipocamp. Aquestes alteracions impliquen una reducció en la connectivitat neuronal i en la comunicació entre interneurones gabaèrgiques i neurones piramidals, possiblement causada per dèficits en els processos de migració durant el desenvolupament. Tot això condueix a un model de ratolí que presenta alterada la seva conducta davant l’estrès i emula els símptomes negatius i cognitius de trastorns psiquiàtrics com l’esquizofrènia. Aquests resultats mostren la rellevància de PDK1, orquestrant la via de la PI3K, tant durant el desenvolupament neuronal com en la consolidació del correcte funcionament del cervell. / The PI3K/PKB signalling pathway plays an indispensable role in the central nervous system during neuronal development. PDK1 is the master kinase which orchestrates the PI3K signals by regulating the activation of AGC kinases. In order to elucidate the role of PDK1 in the central nervous system, two conditional knockin mice models were generated based on the disruption of two functional domains of PDK1 that are essential for substrate activation: the PH-domain and the PIF-pocket. In this thesis, I generated and characterized the brain-specific PDK1 conditional knockin mice which express the L155E mutation within the nervous system. This mutation disrupts the PDK1 PIF-pocket domain impairing the activation of RSK, SGK and S6K, whereas PKB activation was not affected. Deficits in the PIF-pocket dependent kinases activation were not translated into a significant deregulation of the neuronal survival, whilst neuronal polarization and differentiation were severely impaired. The abnormal neuronal development resulted in microcephaly as well as a huge neuronal circuitry reduction in the cortex and hippocampus brain areas. These physiological alterations broke the communication between the gabaergic and the pyramidal neurons, probably due to a deregulation in the neuronal migration process. Mice expressing the PDK1 L155E mutation in the central nervous system were vulnerable in front of stress insults, with behavioural outputs that reproduced a new model for negative and cognitive symptoms related to psychiatric disorders such as schizophrenia. Altogether, these studies show us the relevance of PDK1, acting as the master kinase involved in PI3K signalling pathway regulation, in neuronal development leading to the appropriate consolidation of cerebral functions.

El reloj circadiano es un mecanismo celular endógeno presente en prácticamente todos los organismos. Una función clave del reloj es la sincronización del metabolismo, fisiología y desarrollo con los cambios medioambientales diurnos y estacionales generados por la rotación de la tierra sobre su propio eje. Se ha propuesto que las oscilaciones circadianas proporcionan una ventaja adaptativa al permitir que los organismos anticipen las transiciones durante el ciclo diurno/nocturno y coordinen procesos simultáneos, secuenciales o temporalmente incompatibles. En los últimos años, numerosos estudios bioquímicos, moleculares y genéticos han proporcionado una visión cada vez más completa de la función y organización circadiana en plantas. Los ritmos circadianos se generan en primera instancia mediante las regulaciones recíprocas entre componentes centrales del reloj que producen una ritmicidad en expresión génica, procesamiento de mRNA, abundancia de proteína y actividad. A pesar de estos avances, aún se dispone de muy poca información sobre los componentes y mecanismos que conectan las señales medioambientales con las rutas de salida del reloj, y en concreto, con los ritmos del metabolismo celular en plantas. El trabajo realizado durante esta Tesis Doctoral se ha centrado en el estudio del papel de los componentes circadianos REVEILLE 8 (RVE8) y NIGHT LIGHT-INDUCIBLE AND CLOCK-REGULATED (LNKs) en la regulación de la oscilación rítmica de la biosíntesis de antocianinas a lo largo del día. Al amanecer, RVE8 activa la expresión de genes de la ruta de síntesis de antocianinas mediante la unión directa a los promotores de algunos de los genes de esta ruta metabólica. La regulación positiva de RVE8 es antagonizada hacia la mitad del día por la acción represora de las proteínas LNK, tal y como se deduce del dramático incremento en la expresión de genes de antocianinas en plantas dobles mutantes lnk1/lnk2. Mediante técnicas de inmunoprecipitación de cromatina usando plantas con la expresión de RVE8 y LNKs alterada, se observa que la unión de RVE8 a los promotores disminuye en presencia de los LNK y aumenta en su ausencia, lo que pone de manifiesto un mecanismo mediante el cual las proteínas LNK antagonizan la función activadora de RVE8 sobre los genes implicados en la biosíntesis de antocianinas. Dado que RVE8 y LNKs han sido descritos como co-activadores transcripcionales de genes del reloj, nuestro estudio define un cambio en la actividad reguladora de la interacción RVE8-LNK, desde una función sinérgica activadora de genes de reloj que se expresan por la tarde, a una función represora que modula la expresión de genes implicados en la biosíntesis de antocianinas a mitad del día. / Circadian clocks sustain 24-h rhythms in physiology and metabolism that are synchronized with the day/night cycle. In plants, the regulatory network responsible for the generation of rhythms has been broadly investigated over the past years. However, little is known about the intersecting pathways that link the environmental signals with rhythms in cellular metabolism. Here, we examine the role of the circadian components REVEILLE8/LHY-CCA1-LIKE5 (RVE8/LCL5) and NIGHT LIGHT–INDUCIBLE AND CLOCK-REGULATED genes (LNK) shaping the diurnal oscillation of the anthocyanin metabolic pathway. Around dawn, RVE8 up-regulates anthocyanin gene expression by directly associating to the promoters of a subset of anthocyanin biosynthetic genes. The upregulation is overcome at midday by the repressing activity of LNK proteins, as inferred by the increased anthocyanin gene expression in lnk1/lnk2 double mutant plants. Chromatin immunoprecipitation assays using LNK and RVE8 misexpressing plants show that RVE8 binding to target promoters is precluded in LNK overexpressing plants and conversely, binding is enhanced in the absence of functional LNKs, which provides a mechanism by which LNKs antagonize RVE8 function in the regulation of anthocyanin accumulation. Based on their previously described transcriptional coactivating function, our study defines a switch in the regulatory activity of RVE8–LNK interaction, from a synergic coactivating role of eveningexpressed clock genes to a repressive antagonistic function modulating anthocyanin biosynthesis around midday.

La piriculariosis del arroz, causada por el hongo Magnaporthe oryzae, es la enfermedad que más pérdidas genera devastando miles de hectáreas de cultivo anualmente. Los tratamientos antifúngicos frente a esta enfermedad suelen ser de poca utilidad y se vuelven ineficaces en poco tiempo debido a la alta tasa de variación del hongo. Además, dentro del contexto legislativo actual a nivel europeo, se está restringiendo cada vez más la utilización de compuestos antifúngicos de amplio espectro debido a los posibles daños que pueden ocasionar sobre el ecosistema y la salud humana. Una alternativa prometedora al uso de los antifúngicos convencionales son los péptidos antimicrobianos, y más concretamente los péptidos dirigidos capaces de bloquear un proceso esencial para la infección del patógeno. Un paso fundamental en el proceso infectivo del hongo M. oryzae es la formación del apresorio, cuya finalidad es romper la superficie foliar y así penetrar en el mesófilo de la hoja. El desarrollo de compuestos capaces de bloquear específicamente este proceso sin afectar al ciclo vital del hongo constituiría una estrategia ventajosa en el control de la piriculariosis, a priori no tóxica para otros organismos incluido el ser humano. En este trabajo, hemos abordado este objetivo mediante dos aproximaciones, el cribado de una biblioteca combinatoria de péptidos y la modificación de secuencias de AMPs naturales mediante diseño racional. Gracias al conocimiento que se tiene sobre la secuencia y el modo de acción de los péptidos antimicrobianos, hemos diseñado una serie de péptidos capaces de controlar el desarrollo de la piriculariosis mediante inhibición específica de la formación del apresorio en M. oryzae, pero sin afectar a la viabilidad celular. Nuestros resultados indican que péptidos pequeños, como el heptapéptido PAF104, son capaces de reprimir la expresión de los genes MoMSB2 y MoMST11, implicados en la ruta de señalización de la MAPK Pmk1 imprescindible para la formación del apresorio en M. oryzae. Además, demostramos un comportamiento diferencial frente a distintas estructuras infectivas (i.e., apresorio, estructuras similares al apresorio e hifopodios), lo que apoya la idea propuesta por otros investigadores de que los mecanismos moleculares que regulan estás estructuras no son exactamente iguales. Mediante microscopía confocal mostramos que el tratamiento del hongo con MgAPI16 da lugar a apresorios aberrantes y no funcionales. En conclusión la principal aportación de esta investigación es el diseño de una serie de péptidos sintéticos, los heptapéptidos diseñados de novo PAF104, MgAPI24, MgAPI40 y MgAPI47, y el péptido MgAPI16 derivado del péptido antimicrobiano natural CecA, capaces de controlar el desarrollo de la piriculariosis en arroz mediante la inhibición específica de la formación del apresorio. Este trabajo contribuye por tanto al diseño de estrategias de control en protección vegetal basadas en péptidos dirigidos, las cuales deberían ser sostenibles y respetuosas con el medio ambiente. / Rice blast caused by the fungus Magnaporthe oryzae is the most devastating rice disease, causing losses and ravaging thousands of hectares every year. Antifungal treatments are often ineffective and become useless soon due to the high fungus variation rate. Furthermore, within the current legislative framework at European level, it is increasingly restricting the use of broad-spectrum antifungal compounds because of the potential damage that can cause to the ecosystem and human health. One promising alternative to conventional antifungal compounds are the use of antimicrobial peptides, and in particular the target-orientated peptides able to block an essential infective process. A basic step on the development of rice blast diseases is the formation of appressoria, necessary to break the leaf surface and penetrate the mesophyll. To develop novel compounds able to block this process without affecting the life cycle of the fungus could be a promising alternative to control rice blast diseases, a priori no toxic to other organisms including humans. In this work, we board this objective by performing two approaches, the screening of a peptide combinatorial library and the rational design of natural known antimicrobial peptides. We have design a set of peptides able to control the infection caused by M. oryzae by specific inhibition of appressorium formation, but without a lytic effect. Our results show that small peptides, such as the heptapeptide PAF104, represses the gene expression of MoMSB2 and MoMST11, involved in the Pmk1 MAPK pathway essential to M. oryzae appressorium formation. Moreover, the designed peptides showed a differential effect on some infective structures (i.e., appressoria, appressorium-like structures and hyphopodia), supporting that the molecular regulation of these structures is different, an idea previously proposed by other researchers. By confocal microscopy we showed that the appressoria treated with MgAPI16 present aberrant physical and not functional structures. As a conclusion, the main contribution of this work is the design of a set of synthetic peptides, de novo designed heptapeptides PAF104, MgAPI24, MgAPI40 y MgAPI47 and the peptide MgAPI16 derived from the natural antimicrobial peptide Cecropin A, which are able to control rice blast development through the specific inhibition of the appressorium formation in M. oryzae. Therefore, this work contributes to the design of novel strategies based in targeted-orientated peptides for plant protection, which should be environmentally friendly.

Tesi realitzada a l'Institut de Recerca Biomèdica de Barcelona (IRBB) / Prostate cancer (PCa) is the second most common cancer in men after lung cancer. Around 1.1 million men worldwide were diagnosed with PCa in 2012. PCa depends essentially on androgen stimulation for growth and cell survival. The androgen receptor (AR) is a nuclear hormone receptor that is activated by androgenic hormones and the protein through which the physiological effects of androgens are mediated. The AR is necessary for normal prostate development, growth and physiology but also has an important role in the progression of PCa. It is an essential regulator of tumor growth, spread and survival of cancer cells in castration-resistant prostate cancer (CRPC), a stage of the disease that has become resistant to the current therapies, and thus represents a potential therapeutic target. The AR is composed of four domains: the N-terminal domain (NTD), which is thought to be intrinsically disordered, the DNA-binding domain (DBD) containing two zinc fingers, the hinge region and the ligand-binding domain (LBD) that binds both testosterone and dihydrotestosterone (DHT). The AR NTD plays a crucial role in the constitutive activity of the AR in tumors from patients with castration resistance. Currently, there is no effective treatment for CRPC. The transactivation by the NTD is independent on androgens and therefore circumvents the two current therapeutic strategies that directly target the androgen signaling axis and aim to prevent binding of androgens to the AR LBD. For this reason, we have characterized the conformational properties of the intrinsically disordered NTD, and in particular the activation function 1 (AF1) region, which contains transactivation units Tau-1 and Tau-5 important for AR transactivation. Due to the intrinsically disordered nature of these regions, nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy has been used to assign the protein backbone of AF1* (AR 142-448) and to describe its secondary structure and dynamic characteristics. We found that, in vitro, AF1* has a low tendency to self-associate into a dimer. In addition, regions of AF1* with higher secondary structure propensity and less flexibility are also involved in dimerization of AF1* and coincide with regions previously identified to be functional (core Tau-1 and Tau-5). In this thesis, the role of the AR NTD in transcriptional activation was also investigated at the molecular level. We have studied its interaction with RAP74, a subunit of the general transcription factor IIF (TFIIF). Interaction of the 433WHTLF437 motif of AR, located within the Tau-5 region, with RAP74 enables transactivation in CRPC cells. This novel mechanism could explain aberrant transactivation in cells of castration-resistant patients. Our data suggest that phosphorylation of residues N-terminal to the motif may be necessary for this interaction to occur. Finally, we wished to understand how the AR NTD can be targeted by small molecules. We have studied the mechanism of interaction of EPI-001, a small molecule that has recently been described as a potent inhibitor of AR interacting with the NTD of AR and causing the regression of CRPC. The results showed a specific recognition mechanism by which EPI-001 interacts with a low populated conformation of Tau-5, a conformation that is possibly related to the dimeric state of AF1. / El cáncer de próstata (PCa) es el segundo tipo de cáncer más común en hombres después del cáncer de pulmón. Alrededor de 1.1 millones de hombres en todo el mundo se les diagnosticó PCa durante el año 2012. El cáncer de próstata depende esencialmente de la estimulación de los andrógenos para el crecimiento y la supervivencia celular. El receptor androgénico (AR) es un receptor de hormonas nuclear que es activado por las hormonas andrógenas y la proteína mediante la cual los efectos fisiológicos de los andrógenos se producen. El AR es necesario para el desarrollo normal de la próstata, su crecimiento y fisiología pero también tiene un papel muy importante en la progresión del cáncer de próstata. Por ello, es un regulador esencial para el crecimiento, diseminación y supervivencia de células cancerígenas en tumores de cáncer de próstata resistente a la castración (CRPC), y por tanto, representa una potencial diana terapéutica. Desde el punto de vista estructural y functional, el AR está compuesto por cuatro dominios: el dominio N-terminal (NTD) que se piensa que es intrínsicamente desordenado, el dominio de unión a DNA (DBD) que contiene dos dedos de zinc, la región bisagra y el dominio de unión de ligando (LBD) que une tanto testosterona como dihidro-testosterona (DHT). El NTD de AR juega un papel crucial en la actividad constitutiva del AR en tumores de pacientes con resistencia a la castración, el cancer de prostata más avanzado. Actualmente no existe un tratamiento efectivo para CRPC. La transactivación del NTD es independiente de los andrógenos y por tanto evita las estrategias actuales de tratamiento dirigidos al eje de señalización de andrógenos. Por esta razón, se ha realizado la caracterización de las propiedades conformacionales del NTD intrínsecamente desordenado del AR y en particular del AF1, la región más potente para la activación del AR que contiene los regiones Tau-1 y Tau-5. Debido a la naturaleza intrínsecamente desordenada de estos regiones, se ha realizado la caracterización por resonancia magnética nuclear (NMR) midiendo los parámetros de NMR que permiten la asignación del esqueleto proteico de AF1 que permiten describir sus características dinámicas y de estructura secundaria. Hemos encontrado que, in vitro, AF1* (AR 142-448) posee una tendencia reducida pero notable a asociarse a sí misma formando un estado dimérico. Además, las regiones de AF1* con una tendencia mayor de estructura secundaria y menor flexibilidad también están involucradas en la dimerización de AF1* y coinciden con las regiones que fueron previamente identificadas como funcionales (regiones centrales de Tau-1 y Tau-5). En esa tesis también se ha investigado el papel del NTD del AR en la activación transcripcional a nivel molecular. Se ha estudiado su interacción con RAP74, una subunidad del factor de transcripción general IIF (TFIIF). La interacción del motivo 433WHTLF437 de AR, localizado en la región Tau-5, permite la transactivación por unión con RAP74 en células CRPC. Este novedoso mecanismo podría explicar la transactivación incorrecta en células de pacientes resistentes a la castración. Nuestros datos sugieren que la fosforilación de residuos en el lado N-terminal del motivo puede ser necesario para que se produzca esta interacción. Por último, se ha buscado una explicación de cómo los compuestos actuales que interaccionan con el AR se unen al NTD. Para ello hemos probado a estudiar el mecanismo de interacción de EPI-001, una molécula pequeña que recientemente se ha descrito como un potente inhibidor de AR que interacciona con el dominio NTD de AR y produce la regresión del proceso cancerígeno durante el estado más avanzado. Los resultados obtenidos muestran un mecanismo de reconocimiento específico por el cual EPI-001 interacciona con una conformación poco poblada de Tau-5, conformación que posiblemente esté relacionada con el estado dimérico de AF1.

La proteïna catiònica d'eosinòfil (ECP) és una ribonucleasa que es troba als grànuls secundaris dels eosinòfils. Els nivells d'ECP en fluids corporals s'utilitza com a indicador del número i activació dels eosinòfils. L'ECP és tòxica per diversos patògens com són bacteris, paràsits, virus i per cèl·lules de mamífer.Per identificar immunològicament l'ECP s'ha seleccionat una regió específica de la proteïna (D112-P123) com a possible epítop antigènic. La regió D112-P123 no es troba en l'RNasa A, 1, 4 i 5 i és on s'observa una màxima desviació de l'esquelet de la cadena principal de l'ECP i la neurotoxina derivada d'eosinòfil (EDN) amb la qual comparteix un 67% d'identitat de seqüència. S'han immunitzat conills amb un pèptid sintètic (D112-P123) conjugat a una proteïna transportadora i s'han purificat els anticossos policlonals amb una columna d'afinitat amb l'ECP immobilitzada.L'anticòs D112-P123 reconeix específicament l'ECP en condicions reductores i no reductores i no presenta reactivitat creuada amb l'EDN, l'RNasa A i altres proteïnes control. La immunodetecció per transferència Western amb l'anticòs D112-P123 ha mostrat que hi ha una relació lineal entre la quantitat de proteïna (1-75 ng) i el senyal obtingut. S'ha assajat la reactivitat de l'anticòs D112-P123 en fluids corporals i granulòcits. L'anticòs D112-P123 detecta la forma nadiua no glicosilada i les formes glicosilades de l'ECP en granulòcits, esput i plasma. S'ha obtingut una bona correlació entre els nivells d'ECP determinants amb l'anticòs D112-P123 i amb un anticòs que comercialitza Pharmacia & Upjohn (Uppsala, Suècia).Per estudiar la relació entre l'estructura i les activitats biològiques de l'ECP s'han obtingut variants de la proteïna en residus específics de l'ECP. S'han escollit residus catiònics i aromàtics exposats en la superfície de la proteïna (W10K, W35A/R36A, R75A/F76A, R101A/R104A) i de la regió del loop D115-Y122 (R121A, R121A/Y122A, (_ 115-122) ECP i (115-122 EDN) ECP . S'ha estudiat l'efecte de l'ECP i les seves variants en l'activitat ribonucleasa, la disrupció de membranes, la citotoxicitat per bacteris gramnegatius i grampositius i l'inhibició del creixement de cèl·lules de mamífer. També s'ha realitzat una predicció de l'estructura tridimensional dels mutants per modelatge molecular. Les variants de l'ECP no modifiquen substancialment ni l'estructura tridimensional de la proteïna ni l'activitat ribonucleasa.L'activitat sobre membranes de l'ECP i les seves variants s'ha analitzat utilitzant vesícules sintètiques. L'ECP mostra una clara preferència per desestabilitzar vesícules acídiques resultat que suggereix que les càrregues positives de la proteïna són importants per la interacció amb les membranes. L'estudi de l'efecte de les mutacions en l'activitat sobre les membranes ha mostrat que aminoàcids catiònics específics i els triptòfans de la proteïna (W10, W35R36 i R101R104) estan relacionats amb la desestabilitazació de la membrana.Aquests resultats correlacionen bé amb l'efecte dels mutants en la inhibició del creixement de cèl·lules de mamífer. Les regions W35R36 i W10 són essencials per la inhibició de la proliferació. Altres residus catiònics i aromàtics R75F76, R101R104, Y122 tenen un paper secundari en l'inhibició del creixement que es pot explicar per la possible interacció d'aquests residus amb els carbohidrats de la superfície de les cèl·lules de mamífer.La regió W35R36 té un paper essencial en l'activitat bactericida per grampositius i gramnegatius. Els altres residus estudiats tenen efectes diferents en l'activitat bactericida de l'ECP depenent es tracti d' E. coli o S. aureus. Mentre els residus R101R104 i R75F76 són importants per l'activitat bactericida sobre E. coli, els residus W10 i la regió del bucle D115-Y122 són necessaris per l'activitat bactericida sobre S. aureus. Podem concloure que les regions catiòniques i hidrofòbiques estudiades participen en la capacitat de l'ECP per desestabilitzar membranes biològiques i/o en la interacció de la proteïna amb components de la paret bacteriana o amb els carbohidrats de la superfície de cèl·lules de mamífer. / Eosinophil cationic protein (ECP) is a ribonuclease located in the secondary granules of eosinophils. ECP levels in body fluids are used as an indicator of number and activation of eosionophils. ECP is toxic for many pathogens including bacteria, parasites, virus and for mammalian cells.To identify ECP we have selected a specific loop region of the protein (D112-P123) as a putative antigenic epitope. This sequence is absent in RNase A, 1, 4 and 5 and the polypeptide main chain adopts a specific conformation in ECP and also in eosinophil-derived neurotoxin (EDN) which shares 67 % sequence homology with ECP. A synthetic peptide containing the sequence and linked to a carrier protein was used to obtain rabbit polyclonal antibodies which were further purified by an affinity column with ECP as a ligand. D112-P123 antibody specifically recognizes ECP in reducing and nonreducing conditions and does not cross-react with EDN, RNase A or other control proteins. The immunodetection of recombinant ECP by Western blot has shown a lineal relationship between the quantity of protein (1-75 ng) and the signal obtained. The reactivity of the antibody was assayed in different body fluids and granulocytes. D112-P123 antibody detects the glycosylated and nonglycosylated forms of the native ECP in granulocytes, plasma and sputum. A good correlation has been obtained between ECP levels determined by the antibody D112-P123 and by an antibody obtained from a commercial source. To study the relationship between the structure and biological activities of ECP we have obtained variants of the protein in specific amino acids residues. We have chosen cationic and aromatic amino acids located at the protein surface (W10K, W35A/R36A, R75A/F76A and R101A/R104A) and in the loop region D115-Y122 (R121A, R121A/Y122A, (_ 115-122) ECP and (115-122 EDN) ECP.For the wild type form and mutants we have determined the ribonuclease and membrane-lytic activity, the cytotoxicity for gram negative and gram positive bacteria and the mammalian cell growth inhibition. The three dimensional structure of ECP mutants has been predicted by molecular modelling.ECP variants do not show important changes neither on the three dimensional folding nor on the ribonuclease activity of the protein.The lytic-activity of ECP and mutants on cell membranes has been analysed using synthetic lipid vesicles. ECP shows a notable preference to destabilize acidic liposomes which suggests that the electrostatic interaction between membrane and the protein are important for protein binding. The study of the effect of the mutations in the membrane-lytic activity has shown that specific arginine residues and the two tryptophan residues of the protein (W10, W35R36 and R101R104) are related to the membrane destabilization.This results correlate well with the effect of the mutants in the mammalian cell growth inhibition. W35R36 and W10 are essentials for the inhibition of proliferation while other cationic and aromatic residues, R75F76, R101R104 and Y122, play a secondary role which might be explained for the possible interactions of these residues with the carbohydrates on the surface of mammalian cells.W35R36 are essentials for the bactericidal activity for gram positive and negative bacteria. Other amino acid residues have different effects depending on the bacterial strain E. coli or S. aureus. While R101R104 and R75F76 are necessary for the bactericidal activity for E. coli the W10 residue and the loop region D115-Y122 are necessaries for the cytotoxic activity for S. aureus.We can conclude from the studied ECP mutants that specific cationic and hydrophobic residues studied participate on the ability of the protein to destabilize biological membranes and/or in the interaction of the protein with components of the bacterial cell wall or the surface of mammalian cells.

L’LDL electronegativa (LDL(-)) és una LDL modificada present en circulació amb propietats inflamatòries incloent la inducció de l’alliberament de citoquines en cèl·lules relacionades amb l’arteriosclerosi, tals com monòcits i cèl·lules endotelials. Es coneix poc sobre les vies intracel·lulars activades per l’LDL(-), en especial en monòcits. En aquesta tesi s’han estudiat els primers passos a través dels quals l’LDL(-) indueix l’alliberament d’IL-6, IL-10 i MCP-1 en monòcits humans. Concretament, s’han estudiat els components inflamatoris de l’LDL(-) i la seva interacció amb receptors cel·lulars de monòcits. En relació amb els components inflamatoris, es va observar que la ceramida (CER) és, en part, responsable dels efectes inflamatoris de l’LDL(-). La CER es relaciona amb un augment en la susceptibilitat a l’agregació de l’LDL(-) i a la seva inducció de citoquines en monòcits. Aquestes propietats de l’LDL(-) augmenten a 37ºC i disminueixen per la incubació d’aquesta lipoproteina amb l’HDL. El contingut en CER en l’LDL(-) augmenta per acció de l’activitat tipus fosfolipasa C (PLC), intrínseca en l’LDL(-) i que també es veu inhibida per l’HDL. Aquest fet suggereix que l’activitat PLC de l’LDL(-) participa en les modificacions que tenen lloc en l’LDL nativa (LDL(+)) per a la formació de LDL(-). L’enriquiment d’LDL en CER (CER-LDL)) i el tractament d’LDL amb PLC promouen una LDL que mimetitza l’alliberament de citoquines de l’LDL(-). Tanmateix, l’efecte de la CER-LDL és menor al de l’LDL(-), proposant la possible acció d’altres components en l’LDL(-) que podrien contribuir al seus efectes inflamatoris. En l’estudi dels receptors involucrats en l’alliberament d’IL-6, IL-10 i MCP-1 induït per l’LDL(-) en monòcits es va determinar que CD14 i TLR4 juguen un paper central. L’adició dels anticossos antiTLR4 i antiCD14 va disminuir un 70%-80% l’alliberament de citoquines, mentre que antiTLR2 va disminuir l’alliberament sols en un 15-25%. L’alliberament de citoquines també va disminuir al tractar les cèl·lules amb un inhibidor específic de TLR4. Aquest alliberament de citoquines va augmentar en la línia de monòcits THP1 que sobreexpressen CD14 (THP1-CD14). Aquests resultats es van confirmar per silenciament gènic de TLR4 i CD14. Experiments d’unió van mostrar que l’LDL(-) presenta una gran afinitat per CD14 i TLR4; la neutralització d’aquests receptors va disminuir la quantitat d’LDL(-) unida a monòcits. Per immunoassaig es va demostrar que CD14 és el principal receptor involucrat en la unió de LDL(-). L’LDL(-) uneix CD14, es forma un complex amb TLR4 i d’aquesta manera s’activa la senyalització intracel·lular que donarà lloc a l’alliberament de citoquines per aquestes cèl·lules. L’LDL(-) pot, d’altrabanda, interaccionar directament amb TLR4 per activar la senyal intracel·lular. CD14 i TLR4 són receptors que mitjancen l’alliberament de citoquines induït pel lipopolisacàrid (LPS) present en la membrana bacteriana. Els resultats mostren una competència entre LDL(-) i LPS tant per l’efecte inflamatori com per la unió al receptor CD14 de monòcits i de plaques multipou recobertes de CD14. Aquesta competència podria representar una acció compensatòria de l’LDL(-) en casos d’excessiva inflamació. El contingut augmentat en CER present en l’LDL(-) sembla ser el responsable de l’activació del sistema CD14-TLR4, el qual provoca l’alliberament de citoquines en monòcits. L’alliberament de citoquines induït per la CER-LDL en monòcits va disminuir per l’adició de l’inhibidor de TLR4. La secreció de citoquines induïda per la CER-LDL és similar a la de l’LDL(-), excepte pel fet que la CER-LDL no pot activar l’alliberament de citoquines directament per TLR4 i necessita CD14 per a aquest efecte. En conclusió, l’augment del contingut en CER per l’LDL(-) exerceix un paper central en l’alliberament d’IL-6, IL-10 i MCP-1 a través de CD14- TLR4 en monòcits. / Electronegative LDL (LDL(-)) is a minor modified LDL present in circulation with pro-inflammatory effects, including the induction of cytokine release in cells involved in atherosclerosis, such as endothelial and mononuclear cells. However, the cellular pathways activated by LDL(-) are scarcely understood, particularly in monocytes. In this thesis, we aimed to determine the first steps of the mechanisms by which LDL(-) induces IL-6, IL-10 and MCP-1 release in human monocytes. We focussed the study on the inflammatory components of LDL(-) and their interaction with cell receptors in monocytes. Regarding the inflammatory components, we found that ceramide (CER) is, in part, responsible for the inflammation promoted by LDL(-). CER has been related to the increased LDL(-)-susceptibility to aggregation and the induction of cytokine release in monocytes. These properties of LDL(-) are enhanced at 37ºC and diminished by the incubation of this lipoprotein with HDL. CER levels increase in LDL(-) because of the LDL(-)-intrinsic PLC-like activity, which is also counteracted by HDL. This suggests that PLC-like activity of LDL(-) participates in the modifications undertaken in native LDL (LDL(+)) to form LDL(-). The enrichment of LDL with CER (CER-LDL) and its treatment with PLC-like activity mimics the cytokine secretion of LDL(-), although the effect of CER-LDL does not reach that of LDL(-). This suggests that other components linked to LDL(-) could contribute to its inflammatory effects. The study of the receptors involved in the IL-6, IL-10 and MCP-1 release induced by LDL(-) in monocytes revealed that CD14 and TLR4 were pivotal. The addition of antiTLR4 and antiCD14 antibodies decreased cytokine release by 70%-80%, whereas that of TLR2 inhibited it by 15%-25%. The cytokine release was also diminished when cells were treated with a specific TLR4 inhibitor, but this release increased in a monocytic THP1 cell line overexpressing CD14 (THP1-CD14). These results were confirmed by TLR4 and CD14 gene silencing studies. Binding studies showed that LDL(-) presents high affinity to CD14, and in a lesser extent to TLR4; the neutralisation of these receptors decreased the amount of LDL(-) bound to monocytes. Immunoassay techniques elucidated that CD14 is the main receptor involved in LDL(-) binding. LDL(-) binds to CD14 and, then, form a complex with TLR4 to activate the intracellular signalling leading to cytokine release in these cells. However, LDL(-) can alternatively interact with TLR4 to activate the intracellular signalling. CD14 and TLR4 are receptors that mediate the cytokine release induced by the lipopolysaccharide (LPS) present in the bacterial membrane. The results showed a competition between LDL(-) and LPS for both the inflammatory effect and the binding to CD14 receptor in monocytes and in CD14-coated microtiter wells. This competition could represent an LDL(-)-counteracting role in cases of overwhelming inflammation. The increased content of CER present in LDL(-) seems to be responsible for the activation of the CD14-TLR4 system which leads to cytokine secretion in monocytes. The cytokine release induced by CER-LDL in monocytes decreased with the addition of the TLR4 inhibitor. The CER-LDL-induced cytokine secretion in THP1-CD14 cells was much greater than in THP1 cells, which showed almost null cytokine release. This behaviour of CER-LDL is similar to LDL(-), excepting the fact that CER-LDL is not able to induce its cytokine release directly through TLR4 and needs CD14 for this effect. To sum up, the increased content of CER present in LDL(-) plays a key role in the induction of IL-6, IL-10 and MCP-1 release through CD14-TLR4 in monocytes.