Au travers d'exemples concrets de plantes menacées choisies dans la flore des Alpes françaises, ce travail présente l'application de trois approches classiquement utilisées en biologie de la conservation : l'étude de la diversité génétique, l'étude des performances reproductives et du système de reproduction et l'étude de la dynamique de populations.<br />Dans un premier temps, nous avons mis en évidence l'utilité des marqueurs moléculaires pour résoudre les ambiguïtés taxonomiques et vérifier le statut d'unité de conservation de Potentilla delphinensis Gren. & Godron. Cette approche a aussi permis d'établir une stratégie de renforcement des populations de Dracocephalum austriacum L.<br />Dans un deuxième temps, nous avons montré que les performances reproductives et le système reproducteur sont de bons indicateurs de la viabilité des populations (Androsace septentrionalis L. et Cypripedium calceolus L.).<br />Dans un troisième temps, nous avons montré la pertinence des modèles matriciels et des analyses de viabilité de populations pour comprendre le fonctionnement d'une espèce et évaluer sa vulnérabilité (Cypripedium calceolus L. et Astragalus alopecurus Pallas).<br />La combinaison des différentes approches sur Dracocephalum austriacum L. indique que les aspects génétiques et démographiques sont indissociables pour prédire la viabilité des populations. <br />L'ensemble de ces résultats a permis de dégager des recommandations théoriques et méthodologiques sur l'application des approches démographiques aux plantes menacées. Des conseils pragmatiques sont proposés aux organismes oeuvrant à la protection de la flore.

Cette thèse a pour objet l'étude théorique de la distribution de la variation génétique dans les populations subdivisées. L'exemple de l'étude d'une fougère aquatique rare <EM>Marsilea strigosa</EM> Willd. (Marsileaceae, Pteridophyta) illustre l'importance des notions <EM>identité génétique</EM> et de <EM>taille efficace</EM> pour comprendre quelles sont les forces évolutives qui façonnent la variation génétique observée. Plus particulièrement, je me suis intéressé, au travers de modèles théoriques, à l'effet de la structure spatiale ou temporelle des populations sur la distribution de la variation génétique. A partir de ces modèles, trois méthodes d'analyse de la variation génétique dans les populations naturelles ont été développées. La première permet d'estimer la <EM>taille efficace</EM>, une quantité qui mesure l'intensité de la <EM>dérive</EM> génétique. La seconde méthode concerne l'estimation des taux de dispersion spécifiques aux individus de sexes différents. Enfin, une méthode de détection de marqueurs moléculaires potentiellement soumis à l'action de la sélection a été développée.

Rares, discrets, fascinants et sanguinaires sont autant d'adjectifs utilisés en Europe pour qualifier les grands carnivores qui arpentent nos forêts. La dégradation de leur habitat et la raréfaction de leurs proies, associées au folklore qui les entoure, ont engendré de nombreux conflits avec l'Homme et les ont menés à disparaître de la plupart de leurs aires historiques de répartition. Depuis, ces espèces ont le statut d'espèces protégées dans la plupart des pays européens. Ce statut est notamment garanti pour la plupart par la Directive Habitat et la convention de Berne. Ces textes législatifs ont permis d'instaurer un contexte favorable pour un retour progressif de ces espèces au sein de nos écosystèmes. Afin de remplir les exigences instaurées par ces différents textes législatifs, il était nécessaire d'améliorer les connaissances scientifiques sur l'écologie de ces espèces et la dynamique de leurs populations. Les pays européens ont ainsi déployé des efforts considérables afin de contribuer à une connaissance globale et à une gestion durable des grands carnivores. Ces efforts ne sont clairement pas homogènes entre l'ours, le loup et le lynx. Le premier enjeu de cette thèse était donc d'évaluer les facteurs pouvant expliquer l'hétérogénéité d'investissement dans la conservation de ces espèces en Europe. Ce chapitre repose à la fois sur des critères écologiques des populations locales et sur des critères économiques des pays considérés. Le premier résultat fort de cette étude montre que l'ours et le lynx auraient un même profil et bénéficieraient du même intérêt pour les scientifiques européens, le loup différant de ces deux espèces. Le second résultat probant révèle que les travaux de recherche seraient davantage orientés vers les populations à forts effectifs plutôt que vers les petites populations. L'investissement scientifique dans ce premier chapitre est en partie quantifié par l'effort investi dans le suivi des populations, qui reste un véritable défi pour les grands carnivores. En effet, le comportement discret de ces espèces, leur faible densité et leur besoin de grands espaces sont autant de contraintes pour leur suivi qui requiert alors d'importants moyens humains et financiers. Le suivi des effectifs du lynx boréal (Lynx lynx), en France, est un exemple révélateur de ces contraintes. Il reposait jusqu'à récemment sur la collecte d'indices de présence indirects. Motivés par la mise en place d'un protocole de suivi non-invasif mais coûteux par piégeage photographique dans le massif jurassien français, nous avons évalué dans un deuxième chapitre une nouvelle méthode d'estimation des effectifs de cette population qui permet d'inclure l'information spatiale dans l'analyse. Cette méthode a permis de fournir la première estimation fiable des effectifs de lynx en France. Cette estimation est fournie néanmoins avec une précision toute relative au vu du peu de données collectées lors de ce suivi. L'écart entre le budget nécessaire pour obtenir un recensement de la population et le budget disponible pour le suivi de l'espèce étant considérable, il a fallu dans un troisième chapitre développer un nouvel outil pour optimiser l'utilisation des données disponibles. La combinaison des données de présence-absence et des données de piégeage photographique a permis d'améliorer considérablement les estimations d'effectifs qui sont, dans le Jura français, plutôt en hausse ces dernières années. La situation n'est pas aussi favorable pour l'espèce dans la région des Vosges. Cette population, issue d'une réintroduction, semble décliner de manière drastique depuis les 5 dernières années. Dans un quatrième chapitre, nous avons donc étudié l'efficacité de deux stratégies de conservation visant d'une part à favoriser la connectivité entre les populations vosgienne et jurassienne et d'autre part à réintroduire des individus dans la forêt Palatine allemande, située en continuité du massif vosgien. / Rare, discrete, fascinating and bloodthirsty are all adjectives used in Europe to describe the large carnivores that roam our forests. Degradation of their habitat and depletion of their prey, combined with these wild and "bloodthirsty" aspects, have led to numerous conflicts with humans and led them to disappear from most of their historical range. Since then, most of them have a protected status in most European countries. This status is guaranteed for most of these countries by the Habitats Directive and the Berne Convention. These laws created a favorable context for a gradual return of these species in our ecosystems. To fulfill the requirements established by these laws, it was necessary to improve scientific knowledge of the ecology of these species and to develop methodological tools to understand the dynamics of their populations. European countries then made considerable efforts to contribute to global knowledge and sustainable management of large carnivores. These efforts, in the case of the bear, wolf and lynx, are clearly not homogenous within Europe. The first challenge of this thesis was to evaluate the factors that might explain the heterogeneity of investment in the conservation of large carnivores in Europe. This chapter is based both on ecological criteria of local species and economic criteria of the countries of interest. The first strong result of this study revealed that the bear and lynx have the same profile and receive the same interest from European scientists, wolf differing from the two other species. The second convincing result revealed that the research would be more oriented towards abundant populations rather than small populations as previously assumed by the scientific community. The scientific investment in this first chapter is partly quantified by the amount of effort invested in monitoring populations. It turns out to be a real challenge for large carnivores. The secretive behavior of these species, their low density and their need for large spaces are all constraints to monitoring requiring substantial human and financial resources. Eurasian lynx (Lynx lynx) monitoring in France is a typical example of these constraints. Until now, monitoring was based on the collection of indirect presence signs. Recently, a non-invasive but expensive camera-trapping protocol has been settled in the French Jura Mountains. We then evaluated in a second chapter a new method for estimating the size of this population. This method has provided the first reliable estimate of the abundance of lynx in France. This estimate, however, came with a relative precision given the limited quantity of data collected during this session. The gap between the needs for a census of the population and the budget available for the monitoring of the species is huge so we had to develop a new modeling tool to achieve our goal. In the third chapter, the objective was to improve these estimates, optimizing the use of the available data. The combination of presence-absence data and camera trapping data has greatly improved the French Jura population estimates that go rising in recent years. The situation is not as favorable for the species on the Vosges part. This population, after reintroduction, appears to be declining drastically over the last 5 years. In a fourth chapter, we therefore investigated the effectiveness of two conservation strategies: the first one was to instate some connectivity between the Vosges and Jura populations and the second one to reintroduce individuals in the German Palatinate Forest, situated in continuity with the Vosges.

La pollution lumineuse, induite par l’utilisation massive d’éclairage artificiel la nuit, est un changement global qui affecte une partie importante des écosystèmes terrestres et marins, et qui soulève de nombreuses inquiétudes quant à son influence sur la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes. En effet, la pollution lumineuse induit de nombreux impacts sur les rythmes circadiens et saisonniers des organismes, et affecte leurs mouvements et leurs distributions spatiales. L’accumulation de ces impacts dans le temps et dans l’espace sur les différentes espèces peut ainsi entrainer des perturbations en cascade sur les dynamiques spatiotemporelles des communautés et sur les écosystèmes.Dans ce contexte, l’objectif de cette thèse est de caractériser les impacts de l’éclairage artificiel sur les activités de chauves-souris (ordre: chiroptère) à de multiples échelles spatiales afin d’élaborer des mesures de gestion de l’éclairage public qui limitent ses impacts négatifs sur la biodiversité. Nous avons utilisé les chauves-souris comme modèle d’étude car elles sont nocturnes et directement exposées à la pollution lumineuse, et sont considérées comme des espèces bio indicatrices de la réponse des espèces aux pressions anthropiques.Dans un premier temps, nous avons caractérisé l’impact relatif de la pollution lumineuse à l’échelle du paysage par rapport aux autres pressions de changements d’usage des sols en utilisant une base de données nationale de sciences participatives. Nous avons trouvé que la pollution lumineuse avait un impact négatif sur l’activité et la probabilité de présence des espèces de chiroptères les plus communes en France, et que cet impact était significativement plus fort que celui de l’artificialisation des sols, mais moins important que celui de l’agriculture intensive. Ces résultats confirment l’importance de prendre en compte l’éclairage public dans les stratégies d’aménagement du territoire pour restaurer efficacement de l’obscurité dans les paysages anthropisés.Ainsi, nous avons élaboré une expérience in situ pour déterminer si i) restaurer de l’obscurité dans le temps en éteignant les lampadaires pour une partie de la nuit (extinction nocturne), ou ii) limiter l’étendue spatiale de l’éclairage à proximité d’éléments naturels pouvaient être des mesures efficaces pour créer des zones corridors et des zones de refuges obscurs dans les paysages anthropisés. Nos résultats ont montré que les mesures actuelles d’extinction ne limitaient pas efficacement l’impact de l’éclairage sur les espèces de chiroptères sensibles à la lumière. Par contre, nous avons déterminé que les lampadaires devraient être séparés d’au moins 50 m des corridors écologiques, et que l’intrusion de lumière dans la végétation autour des zones éclairées ne devrait pas dépasser 0.1 lux pour permettre l’utilisation de ces espaces par les espèces sensibles à la lumière.En conclusion, cette thèse a mis en lumière l’importance de traiter la question de la pollution lumineuse à de multiples échelles spatiales pour bien caractériser ses impacts sur la biodiversité. Elle a par ailleurs permis de souligner l’importance de la prise en compte de cette pollution dans l’aménagement du territoire, et de proposer des critères écologiques qui pourraient être intégrés dans les futur normes et standards européens pour l’éclairage public. / Light pollution induced by the widespread use of nighttime artificial lighting is a global change affecting substantial part of terrestrial and marine ecosystems. As a result, major concerns have been raised about its hidden impacts on biodiversity and ecosystem functioning. Light pollution has major impacts on the circadian and seasonal cycles of organisms, and on their movements and spatial distributions. As a whole, light pollution likely disrupts the spatiotemporal dynamics of biological communities and ecosystems. In this context, the aim of this PhD was to characterize the impacts of nighttime artificial lighting on bat activity (order: chiroptera) at multiple spatial scales in order to propose reduction measures that can effectively limit the adverse impacts of light pollution on biodiversity. We used bats as model species as they are nocturnal and directly exposed to light pollution and they are considered to be good indicators of the response of biodiversity to anthropogenic pressure.We first intended to characterize the extent of effect of light pollution at a landscape scale relative to major land-use pressures that are threatening biodiversity worldwide. Using a French national-scale citizen science database, we found that landscape-scale level of light pollution negatively affected common bat species, and that this effect was significantly stronger than the effect of impervious surfaces but weaker than the effect of intensive agriculture. This highlighted the crucial need to account for outdoor lighting in land-use planning in order to restore darkness in human-inhabited landscapes.Thus, through an in situ experiment, we investigated whether i) restoring darkness in a landscape for a part of the night through part-night lighting schemes, or ii) restraining the spatial extent of lighting at the vicinity of natural elements were effective options to enhance dark ecological corridors in human-inhabited landscapes. We found that part-night lighting schemes were unlikely to effectively mitigate the impacts of artificial lighting on light-sensitive species. However, we revealed that streetlights should be separated from ecological corridors by at least 50 m, and that the light trespass should be lower than 0.1 lux to allow their effective use by light-sensitive species.Overall, this PhD thesis revealed the major importance of addressing light pollution issues at multiple spatial scales to characterize its impacts on biodiversity. It also exposed the crucial importance of integrating outdoor lighting in land-use planning strategies and proposed to implement ecological criteria in future European standards for outdoor lighting.

Contexte: La fragmentation des habitats induisant une diminution de leur surface, de leur connectivité et une augmentation de la zone de contact avec d’autres milieux constitue l’une des menaces majeures pour le maintien de la biodiversité. Les effets de la fragmentation ne doivent pas être confondus avec les perturbations transitoires liées à un morcellement de l’habitat par une déforestation récente. Les îlots forestiers du Chaco humide, situés sur des monticules légèrement surélevés par rapport à la savane environnante qui est régulièrement inondée et brûlée, constituent un système naturellement fragmenté propice à l’étude des effets de la fragmentation sensu stricto. Dans ces forêts subtropicales sèches, comme dans la plupart des écosystèmes terrestres, les fourmis constituent l’un des organismes les plus abondants.<p>Objectif: Le but principal de la thèse a été de déterminer, à trois échelles spatiales, les facteurs influençant la structure des assemblages de fourmis terricoles :(1) à l’échelle du microhabitat constitué par la litière de feuilles et la couverture végétale dominée par des broméliacées terrestres ;(2) à l’échelle du fragment forestier dont la surface, la forme et l’isolement est variable ;(3) à l’échelle du paysage, constitué de forêt et de savane, soumis à des feux périodiques, et au niveau duquel nous nous sommes intéressés aux effets de bord se produisant à l’interface entre les deux milieux.<p>Méthode: Le site d’étude est la forêt naturellement fragmentée du Parc national Rio Pilcomayo localisé dans le Chaco humide argentin. Onze fragments forestiers de taille (± 2.5ha, 25ha et 250ha), de forme et de degré d’isolation divers ont été échantillonnés ainsi que la savane environnante, récemment brûlée ou non. La diversité et la densité des fourmis a été quantifiée au moyen d’un protocole standardisé<p>(« protocole A.L.L. ») qui a été préalablement calibré pour en définir la représentativité. Ce protocole consiste en un transect de 200m le long duquel sont placés, à intervalles de 10m, des pièges à fosse et des quadrats délimitant 1m² de litière de feuilles. La faune vivant dans la litière est ensuite extraite au moyen d’un dispositif appelé Winkler. Le calibrage du protocole a été réalisé en suréchantillonnant 8<p>fois le transect (160 points d’échantillonnage au lieu de 20). Cet échantillonnage quasi exhaustif de 200m² a permis de comparer l’estimation du nombre d’espèces obtenue par le transect standardisé ALL avec sa valeur réelle et d’étudier la distribution des espèces à l’échelle du mètre. Les facteurs du microhabitat les plus susceptibles d’influencer la distribution des fourmis (quantité de litière et densité de broméliacées) ont été mesurés systématiquement le long des transects. Pour l’étude de la distribution des fourmis depuis le coeur d’un grand fragment jusque dans la savane, des transects de 500m ont été utilisés et ont permis de mesurer des effets de bords éventuels. Un total de 800 Winkler et 560 pièges à fosses ont été analysés lors de cette étude.<p>Résultats: Un transect standardisé A.L.L. permet d’obtenir, à partir de 20 échantillons et de méthodes analytiques adéquate, une estimation fiable de la richesse locale au sein de 200m² mais n’est pas toujours représentatif de la fréquence relative des espèces. Au total, 150 espèces de fourmis ont été récoltées dont 130 en forêt et 79 en savane (dont 59 espèces communes aux deux milieux). Au niveau du micro-habitat, on observe pour certaines espèces des pics périodiques d’abondance (maximum tous les 10m) correspondant vraisemblablement à l’emplacement des colonies qui s’espacent pour diminuer la compétition intraspécifique. Associé aux micrconvexités topographiques l’on observe également des pics de densité de broméliacées et de quantité de litière qui favorisent une grande densité d’espèces différentes de fourmis. À l’échelle de l’habitat, les îlots forestiers petits et isolés sont les moins riches, principalement en espèces typiquement forestières. Dans les larges fragments, les espèces typiquement forestières se distribuent indépendamment de la distance les séparant du bord. Quelques espèces typiques de savane pénètrent en bordure de forêt et provoquent une plus grande variabilité de la faune récoltée au sein des quadrats de litière situés à cet endroit. Cependant, aucun pic de diversité<p>correspondant à une zone de superposition d’espèces de bord et de centre n’a été observé au sein des fragments forestiers. Les feux de savane modifient la fréquence relative des espèces les plus communes mais n’affectent pas la richesse globale du milieu et ne pénètrent pas dans la forêt.<p>Conclusions: Le protocole standardisé ALL, utilisé couramment par de nombreuses équipes de<p>chercheurs à travers le monde, mais qui n’avait encore jamais été réellement calibré avant notre étude, apparaît comme une méthode minimale mais suffisante pour déterminer la richesse locale en fourmis d’une forêt du Chaco humide. Ce calibrage a permis, en outre, de mettre en évidence un taux important de renouvellement des espèces à l’échelle du mètre carré. Nos résultats soutiennent l’idée que la disponibilité en ressources favorables, plus que la compétition interspécifique, est un mécanisme majeur<p>structurant les assemblages de fourmis des litières. À l’échelle du micro-habitat, un grand nombre d’espèces de fourmis forestières coexistent dans les zones riches en matière organique associée à la présence de broméliacées qui apparaissent comme un facteur structurant majeur de la distribution des fourmis. Au niveau de la litière, les colonies de différentes espèces ont des aires de fourragement qui se<p>superposent tandis que les colonies de même espèce ont tendance à s’espacer limitant la compétition pour les mêmes ressources. Un effet de bord, lié à des modifications locales des conditions climatiques et de la structure de la végétation, ne se marque pas au niveau de la myrmécofaune dans ce type de milieu, ce qui explique que l’on n’observe pas le traditionnel pic de diversité au niveau de la zone de transition entre deux milieux. Du point de vue de la conservation des espèces, des fragments forestiers de 15ha, bien connectés, apparaissent comme des conditions minimum pour conserver l’ensemble des espèces de fourmis de l’assemblage. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Le déplacement animal joue un rôle déterminant dans la structuration spatiale et la dynamique des populations biologiques, en particulier des espèces fortement mobiles. L’espace et l’environnement font ainsi partie intégrante du cycle de vie des tortues marines. Ce travail de thèse propose de caractériser l’écologie spatiale des tortues marines, du stade juvénile au stade adulte, dans le Sud-ouest de l’océan Indien, principalement par l’usage de deux méthodes : la télémétrie satellitaire et la modélisation individu-centrée. Il montre en premier lieu que la phénologie de la reproduction de la tortue verte à travers la région est principalement liée à la température de surface de la mer au voisinage des sites de reproduction. Sont ensuite étudiés les patrons de dérive des nouveau-nés générés par les courants océaniques qui impacteraient inégalement leurs traits d’histoire de vie selon l’emplacement du site de naissance. Concernant le stade immature, les résultats suggèrent un cycle de développement trans-équatorial pour la tortue caouanne dans l’océan Indien. Pour le stade adulte, cette étude caractérise les couloirs et la connectivité migratoires de la tortue verte dans la région. Enfin, l’intégration de ces résultats permet de comprendre la structuration des patrons migratoires régionaux et leur influence sur la dynamique des populations. L’ensemble des connaissances acquises fournit un support concret d’aide à la décision pour la mise en place de plans de gestion et de conservation des tortues marines dans le Sud-ouest de l’océan Indien. Cela souligne l’importance d’une approche à grande échelle pour la protection d’un patrimoine biologique partagé par plusieurs nations. / Animal movement is crucial to the ecology of spatially structured population, particularly for highly mobile species. Marine turtles’ life cycle is indeed closely related to spatial and environmental factors. This work analyses the spatial ecology of marine turtles, from early juvenile to adult stages, in the Southwest Indian Ocean, primarily through the use of two methods: satellite tracking and individual-based modeling. Firstly, this analysis argues that green turtle’s reproductive phenology across the region is mainly related to the sea surface temperature in the vicinity of the nesting site. Then, it shows how drifting trajectories of hatchlings in oceanic currents unevenly influence their life history traits depending on the position of the natal site. By tracking late juvenile stage, this work also suggests a trans-equatorial developmental cycle for loggerhead turtle in the Indian Ocean. At adult stage, it describes migratory corridors and connectivity for green turtle across the region. Finally, an integrative approach considering all these results allows for an understanding of the regional migratory patterns and their influence on population dynamics. The results of this work provide a practical policy decision tool for management and conservation of marine turtles in the Southwest Indian Ocean and highlight the need for a large-scale approach in the protection of biological resources and heritage shared by multiple nations.

L’objectif principal de la thèse était de caractériser les impacts de différents types de gestion pastorale (bovins, équins, caprins) sur les communautés végétales de « nouveaux écosystèmes » fortement anthropisés que sont les digues et remblais de la réserve de Donzère-Mondragon dans la basse vallée du Rhône. Différents outils ont été utilisés (relevés de végétation, analyses de sols, analyses minérales des herbages, télédétection, SIG, etc.) à des échelles spatiales différentes afin de dégager les interrelations entre les différents niveaux d’organisation et fonctionnalités de la végétation. En effet, l’émergence des « nouveaux écosystèmes » oblige les gestionnaires à reconsidérer les principes initiaux de la gestion conservatoire. Dans notre étude, il a pu être démontré que les systèmes de pâturage faisant appel à des troupeaux d’herbivores dont l’organisation est adaptée pour maintenir l’ouverture des milieux, augmentent la richesse spécifique, la diversité et l’hétérogénéité de la végétation à court terme (3-5 années) par rapport à l’absence de gestion ou aux interventions mécaniques. Les analyses montrent également que les espèces annuelles qui apparaissent sont appétentes et contribuent à augmenter la valeur fourragère de certains faciès du site pâturé par les chevaux. Ces herbivores ont également un impact sur la banque de graines permanente du sol en augmentant son hétérogénéité et la densité de graines viables sous les faciès les plus pâturés. Le pâturage des vaches et des chevaux confirme une corrélation entre l’indice de végétation (NDVI) obtenu après l’analyse de photographies aériennes, la biomasse et la richesse en espèces végétales. Les estimations d’indices de consommation de la ronce sous SIG ont permis d’apprécier l’efficacité de l’action des chèvres. Ces différents résultats, pour les modalités testées, correspondent bien à ceux déjà obtenus lors d’applications de systèmes pastoraux en milieux naturels. Des expérimentations devraient également être menées à l’avenir via des systèmes de pâturage mixtes notamment bovin-caprin et équin-caprin pour accroître l’effet de la restauration aux dépens de la colonisation d’arbustes compétitifs dont la ronce. La gestion pastorale appliquée devrait néanmoins être pensée sur le moyen terme, si possible via des contrats pluriannuels, favorisant la durabilité de cette méthode de gestion et de ses effets dans le temps. / The main objective of the thesis was to characterize the impacts of different types of pastoral management (cattle, horses, goats) on "new ecosystems" plant communities. Our experimentations were conducted in highly anthropized dykes and embankments of the Donzère-Mondragon reserve in the lower Rhone valley. Various tools were used (i.e. vegetation surveys, soil analyzes, grassland mineral analyzes, remote sensing, GIS, etc.), and at different spatial scales in order to identify the interrelationships between the different levels of vegetation organization and functions. Indeed, the emergence of "new ecosystems" requires managers to reconsider the initial principles of conservation management. Our study showed that, in the short term (3-5 years), grazing systems using herds of herbivores, whose organization is adapted to maintain open habitats, increase species richness, diversity and heterogeneity of plant communities compared to lack of management or mechanical interventions. Moreover, the annual species that appear are appetizing and contribute to increase the forage value of the site grazed by horses. These herbivores also have an impact on the permanent seed bank by increasing both its heterogeneity and the density of viable seeds under the most grazed patches. Grazing of cattle and horses confirm a correlation between the vegetation index (NDVI), biomass and plant species richness. Finally, we evaluated the efficacy of goats’ action on bramble via consumption indices calculated using GIS. Our different results are in the line with those already obtained in natural environments. Future experiments should test the effects of mixed grazing systems, particularly cattle, goats and horses, on the colonization dynamic of competitive shrubs such as brambles. Applied pastoral management should be considered in the medium term, via multi-year contracts to promote the sustainability of this management method and its effects over time.

Les pressions anthropiques agissent en synergie du gène à l’écosystème, des régions polaires aux régions tropicales et induisent une érosion biologique telle, qu'elle est qualifiée de sixième extinction de masse.Ce constat pose la question de l’évolution de la biodiversité face aux changements environnementaux en cours. C’est dans ce contexte que s’inscrit ce travail de thèse focalisé sur les populations de surface (5 -60 m) de corail rouge, Corallium rubrum (Linnaeus, 1758), en Méditerranée Nord-Occidentale.Le corail rouge (Octocorallia, Coralliidae) est une espèce sessile à phase larvaire caractérisée par sa longévité importante, sa dynamique de population lente et son rôle structurant au sein des communautés de substrats durs de Méditerranée. Soumis à une importante pression de récolte, Corallium rubruma récemment subi deux évènements de mortalité massive concordant avec des anomalies thermiques positives, potentiellement liées au réchauffement climatique. La combinaison de ces deux pressions environnementales est donc susceptible d’affecter fortement l’évolution des populations de surface de cette espèce. Basé sur une approche intégrant génétique des populations et écologie de terrain, ce travail a pour objectif principal d’étudier les processus microévolutifs en jeu chez le corail rouge, de l’inter- à l’intra- populationel, afin de contribuer à l'amélioration de nos connaissances sur la biologie de cette espèce dans le contexte environnemental actuel.Ce travail de thèse élargit le champ de connaissances relatif à l’écologie de Corallium rubrum et fournit un ensemble d’outils et de données pour sa conservation face aux perturbations environnementales en cours.Il contribue, par la même occasion, à une avancée significative dans la compréhension de la biologie des organismes marins sessiles à phase larvaire.Il illustre notamment la pertinence d'approches mises place à des échelles spatiales réduites, pour répondre à des questions fondamentales sur l’évolution de ces organismes, souvent clés au sein de communautés sous pression / Anthropic pressures act synergistically from gene to ecosystems and from polar to tropical regions, inducing a strong biological loss, which is considered by many as the sixth mass extinction. The evolution of biodiversity facing the ongoing global change is thus an open question.The present study is focused on the shallow populations (5 - 60 m) of Corallium rubrum (Octocorallia,Coralliidae) in the North Western Mediterranean Sea. The red coral is a sessile and long-lived species with a larval phase, a slow population dynamics and an important structuring role in the Mediterranean hard substrates communities. This species faces a strong harvesting pressure, and recently underwent two massmortality events linked to positive thermal anomalies putatively due to ongoing climate change. These two pressures may have deep implications on the evolution of the shallow populations of this species. Using population genetics and field ecology, the main objective of this study was to define microevolutionary processes acting between and within red coral populations, to enhance our knowledge on the biology of this species facing the environmental changes. This work extends our knowledge concerning the ecology of Corallium rubrum, and provides new toolsand data for its conservation in the context of the ongoing global change. Moreover, this work improves our understanding in the biology of sessile marine organisms with a larval phase, illustrating for example the relevance of approaches conducted at fine geographical scales to address questions regarding the evolution of these organisms.

Les prédateurs introduits, tels que les chats (Felis silvestris catus) et les rats (Rattus spp), constituent la principale cause de raréfaction et d'extinction d'oiseaux insulaires. L'impact de la prédation sur les populations d'oiseaux est généralement quantifié grâce à l'identification morphologique des restes d'oiseaux dans les échantillons alimentaires de prédateurs. Une synthèse bibliographique réalisée dans cette thèse soulève les biais qualitatifs et quantitatifs liés à la difficulté d'identification des restes d'oiseaux. Les méthodes moléculaires permettent aujourd'hui de détecter et d'identifier avec précision l'ADN de proies cibles dans le régime alimentaire des prédateurs. Une part importante de cette thèse a consisté à optimiser le protocole moléculaire et en particulier les étapes de sélection des amorces taxon-spécifiques et de l'extraction de l'ADN des proies. La comparaison des performances des méthodes morphologique et moléculaire a mis en évidence la puissance de cette dernière dans la détection et l'identification des espèces d'oiseaux consommées par les chats et rats de l'île de Niau (Polynésie Française). L'étude des interactions trophiques directes (prédation) et indirectes (compétition alimentaire) entre trois prédateurs invasifs (R. exulans, R. rattus et F. s. catus) et un oiseau menacé d'extinction, le Martin-chasseur des Gambier (Todiramphus gambieiri) a montré un très faible impact sur cet oiseau par prédation, mais un fort potentiel de compétition alimentaire avec les 2 Rattus sp., en particulier pour les lézards Scincidae et certains arthropodes terrestres. Des perspectives de conservation du Martin-chasseur sont proposées et discutées. / Introduced predators, particularly cats (Felis silvestris catus) and rats (Rattus spp) are recognized as a major factor of rarefaction and extinction of island bird species. The impact of predation on bird populations is usually assessed through the morphological identification of bird remains in predator diet samples. A review conducted in this thesis highlighted the qualitative and quantitative biases related to the difficulty of detecting and identifying the consumed bird species in predator diet samples. Molecular methods allow the accurate detection and identification of targeted prey DNA in the diet of predators. A large part of the work entailed here has been to optimize the molecular protocol and particularly the key steps of the selection of.taxon-specific primer pairs and the extraction of prey DNA. A comparative study of the performances of both morphological and molecular methods highlighted the strength of the latter in the detection and identification of the bird species preyed by cats and rats on Niau island (French Polynesia). The study of the direct (predation) and indirect (competition for food) trophic interactions between three invasive predators (R. exulans, R. rattus and F. s. catus) and a critically endangered bird, the Tuamotu Kingfisher (Todiramphus gambieiri), demonstrated a very low impact of cats and rats on the population of Tuamotu Kingfisher through predation, but a high potential for food competition between this bird and the two species of rats, particularly for lizards (Scincidae) and some terrestrial arthropods. Finally, management perspectives regarding the conservation of Kingfisher Gambier are proposed and discussed.

L’écologie du Desman des Pyrénées (Galemys pyrenaicus), mammifère semi-aquatique endémique de la péninsule ibérique et des Pyrénées, demeure encore très peu connue. Les objectifs de cette thèse, dans le cadre d’un Plan National d’Actions, ont été d’identifier les variables environnementales agissant sur la répartition de l’espèce à différentes échelles spatiales, en considérant sa détectabilité imparfaite (i.e. fausses absences et fausses présences). Une probabilité de détection élevée, mais spatialement hétérogène à l’échelle des Pyrénées françaises, a été mise en évidence. La distribution du Desman des Pyrénées s’est également révélée spatialement structurée et majoritairement influencée par des facteurs propres aux milieux aquatiques, mais en forte régression depuis les années 80. Ces résultats ont permis de proposer des mesures de conservation pour cette espèce menacée. / The ecology of the Pyrenean desman (Galemys pyrenaicus), a small semi-aquatic mammal endemic to the Iberian Peninsula and the Pyrenees, remains still largely unknown. The aim of this PhD thesis conducted within the framework of a National Action Plan was to identify the environmental variables influencing the Desman distribution at various spatial scales, by accounting for its imperfect detection (i.e. false absences and false presences). A high, but spatially heterogeneous at the French Pyrenees extent, probability of detection was highlighted. The distribution of the Pyrenean Desman was also emphasized to be spatially structured and mainly influenced by aquatic factors, but severely contracting for the last 25 years. These results enabled to suggest conservation measures for this endangered species.