Comprendre la diversité morphologique des fleurs passe par l'étude de son origine moléculaire et développementale et de ses conséquences fonctionnelles et écologiques. Le périanthe est composé d'organes stériles, sépales et pétales, qui jouent un rôle majeur dans le succès reproducteur des plantes pollinisées par les animaux du fait de leur fonction d'attraction.Cette thèse propose une approche multidisciplinaire visant à comprendre l'origine génétique et moléculaire de la diversité morphologique du périanthe et sa signification évolutive, à l'aide du modèle Nigella damascena L. Cette Renonculacée présente un dimorphisme spontané. La forme probablement ancestrale, trouvée en populations naturelles, a un périanthe bipartite composé de cinq sépales pétaloïdes et huit pétales nectarifères. Dans la forme variante, cultivée à des fins d'horticulture, les pétales sont remplacés par un nombre élevé d'organes allant d'une forme proche des sépales à une forme proche des étamines.La première partie de cette thèse est consacrée à l'étude de l'origine développementale, génétique et moléculaire du dimorphisme, par la caractérisation détaillée de la morphologie florale et de son développement dans les deux morphes dans le cadre d'une approche gène candidat. Par analyse d'expression et validation fonctionnelle, nous avons montré que le gène NdAP3-3 est responsable de l'ensemble des aspects du dimorphisme floral de N. damascena, ce qui suggère que ce gène joue un rôle dans l'identité du pétale mais aussi dans l'architecture du méristème, potentiellement via la régulation du nombre d'organes et de la frontière entre périanthe et étamines.La seconde partie de cette thèse concerne l'impact du dimorphisme floral sur le mode de reproduction des deux morphes et leur maintien potentiel. Nous avons caractérisé les stratégies reproductives et la valeur sélective des deux morphes en conditions naturelles dans des populations expérimentales. Le variant sans pétale est peu visité par les pollinisateurs, et se reproduit majoritairement en autogamie. L'analyse de la vigueur de ses descendants suggère une dépression de consanguinité. Par ailleurs, dans notre matériel, il semble que l'allèle donnant le phénotype sans pétale soit lié à un allèle augmentant la valeur sélective. A la lumière de nos résultats, nous discutons les conditions du maintien de ce polymorphisme. / Understanding flower diversity requires on one hand the study of the molecular and developmental origin of floral architecture, and on the other the study of the functional and ecological consequences of flower morphology. A great deal of that diversity can be found at the perianth level which comprises the sepals and petals, sterile and versatile organs that play a major role in the reproductive success of animal pollinated flowering plants through their attractive characteristics.This thesis is the result of a multidisciplinary effort to understand the genetic and molecular origin as well as the evolutionary significance of perianth diversity, using the Nigella damascena L. as a model. This Ranunculaceae species presents a rare naturally occurring floral dimorphism affecting perianth architecture. The putatively ancestral form found in natural populations has a well differentiated bipartite perianth composed of five petaloid sepals and eight nectariferous petals, while the perianth in the alternative apetalous mutant, cultivated for horticultural purpose, has no petals and but is instead composed of numerous organs showing a continuum of forms from outer sepal-like to inner stamen-like.The first part of this thesis was dedicated to the study of the developmental, genetic and molecular origin of this dimorphism, via a detailed characterization of floral morphology and development in both morphs, which laid a foundation for the interpretation of the results of a candidate gene approach. Using expression analysis and functional validation we showed that NdAP3-3 is fully responsible for the complex N. damascena floral dimorphism, suggesting that it plays a role not only in petal identity but also in meristem patterning, possibly through the regulation of perianth organ number and perianth-stamen boundary.The second half of this thesis focused on the impact of the floral dimorphism on the reproduction mode and evolutionary maintenance of the two morphs. We assessed reproduction strategies and reproductive success in the two morphs by studying a polymorphic experimental population in natural conditions. The absence of petals in the mutant form was associated with a qualitative drop in pollinator visitation which resulted in a shift towards selfing. The study of their progeny suggests that selfing had a negative effect on the descendant’s vigor via inbreeding depression. Additionally, in our material, the allele responsible for the apetalous phenotype seems to be linked to a favorable allele increasing fitness. We discuss the mechanisms of the dimorphism maintenance in light of these results.

Le sanglier (Sus scrofa scrofa) est une espèce à part entière. C'est une espèce de gibier particulièrement appréciée des chasseurs, un cauchemar pour les agriculteurs et un sujet de débat pour la société en général. La multiplication par dix des populations au cours des dernières décennies en France et dans toute l'Europe, malgré une pression de chasse accrue, a engendré de nombreux conflits entre les humains et la faune sauvage. Le sanglier est responsable de grandes pertes économiques dues aux collisions avec les véhicules, à la transmission de maladies et de dommages aux cultures et écosystèmes. L'amélioration des stratégies de gestion devient un intérêt majeur pour éviter, ou contrôler, de tels conflits. La récolte d'informations sur l'espèce problématique est un premier pas vers de bonnes stratégies de gestion. L'objectif de mon travail est, dans un premier temps, de caractériser le système d’appariement du sanglier et d'identifier certains paramètres influençant les processus de reproduction, notamment la chasse. Dans un deuxième temps, mon travail se concentre sur l'étude de l'influence du système d’appariement sur les traits d'histoire de vie du sanglier. Mes recherches sont basées sur l'étude de plusieurs populations contrastées dans leurs pratiques de chasse et sur des données longitudinales d'une population intensivement suivie. L'étude est basée sur des données recueillies sur des sangliers tués à la chasse. Les génotypes ont été obtenus pour les femelles gestantes et leur portée et des analyses de paternité ont été réalisées pour mesurer le nombre de pères dans une portée et estimer les taux de paternité multiples (proportion de portées engendrées par plus d'un père). J'ai été en mesure de montrer que le système d’appariement est principalement de promiscuite (plusieurs mâles s'accouplent avec plusieurs femelles) contrastant avec la polygynie (un mâle dominant monopolisant un groupe de femelles) habituellement décrite chez cette espèce. De plus, les processus de reproduction, estimés par le nombre de partenaires d'une femelle et les taux de paternité multiples, sont influencés par les variations de chasse dans une population. J'ai aussi montré que le nombre de pères avait un effet positif sur la fécondité des femelles. Des taux élevés de paternité multiple et une grande diversité génétique ont été constatés ensemble dans une population fortement chassée, ce qui suggère que la paternité multiple peut tamponner les goulots d'étranglement annuels. Cependant, l'augmentation du nombre de père n'est pas associée à une augmentation de la variation intraportée / The wild boar (Sus scrofa scrofa) is a peculiar species. It is an appreciated game species for hunters, a nightmare for farmers and a subject of debate for the society in general. The tenfold increase of the population over the last decades in France and all over Europe, despite increased hunting pressure, generated great human-wildlife conflict. The wild boar is responsible for great economic losses due to vehicle collision, diseases transmission and damaged crops and ecosystems. Improving management strategies becomes a prime interest to avoid such conflicts, or at least keep them under control. Obtaining information on the species is a first step toward good management strategies. The objective of my work is, in a first part, to characterize the mating system of the wild boar and to identify some parameters, especially hunting, influencing the reproductive processes. The second part focus on the investigation of the influence of the mating system on wild boar life history traits. My researches are based on the study of several populations contrasting in their hunting practices and on longitudinal data of a highly monitored population. The study is based on data collected on wild boars killed by hunting. Genotypes were obtained for pregnant females and their litter and paternity analyses were realized to measure the number of fathers in a litter and estimate multiple paternity rates (proportion of litter sired by more than one father). I was able to show that the mating system is mainly promiscuous (several males mate with several females) contrasting with the polygyny (a dominant male monopolizing a group of females) usually described in this species. Moreover, reproductive processes, estimated by the number of mates of a female and the multiple paternity rates, are influenced by hunting variations in a population. I also showed that number of fathers has positive effect on female fecundity. High rates of multiple paternity together with high genetic diversity were found in a heavily hunted population, suggesting multiple paternity may buffer yearly bottlenecks. However, the increase of number of fathers is not associated with increase of within-litter variation

Comprendre la diversité morphologique des fleurs passe par l'étude de son origine moléculaire et développementale et de ses conséquences fonctionnelles et écologiques. Le périanthe est composé d'organes stériles, sépales et pétales, qui jouent un rôle majeur dans le succès reproducteur des plantes pollinisées par les animaux du fait de leur fonction d'attraction.Cette thèse propose une approche multidisciplinaire visant à comprendre l'origine génétique et moléculaire de la diversité morphologique du périanthe et sa signification évolutive, à l'aide du modèle Nigella damascena L. Cette Renonculacée présente un dimorphisme spontané. La forme probablement ancestrale, trouvée en populations naturelles, a un périanthe bipartite composé de cinq sépales pétaloïdes et huit pétales nectarifères. Dans la forme variante, cultivée à des fins d'horticulture, les pétales sont remplacés par un nombre élevé d'organes allant d'une forme proche des sépales à une forme proche des étamines.La première partie de cette thèse est consacrée à l'étude de l'origine développementale, génétique et moléculaire du dimorphisme, par la caractérisation détaillée de la morphologie florale et de son développement dans les deux morphes dans le cadre d'une approche gène candidat. Par analyse d'expression et validation fonctionnelle, nous avons montré que le gène NdAP3-3 est responsable de l'ensemble des aspects du dimorphisme floral de N. damascena, ce qui suggère que ce gène joue un rôle dans l'identité du pétale mais aussi dans l'architecture du méristème, potentiellement via la régulation du nombre d'organes et de la frontière entre périanthe et étamines.La seconde partie de cette thèse concerne l'impact du dimorphisme floral sur le mode de reproduction des deux morphes et leur maintien potentiel. Nous avons caractérisé les stratégies reproductives et la valeur sélective des deux morphes en conditions naturelles dans des populations expérimentales. Le variant sans pétale est peu visité par les pollinisateurs, et se reproduit majoritairement en autogamie. L'analyse de la vigueur de ses descendants suggère une dépression de consanguinité. Par ailleurs, dans notre matériel, il semble que l'allèle donnant le phénotype sans pétale soit lié à un allèle augmentant la valeur sélective. A la lumière de nos résultats, nous discutons les conditions du maintien de ce polymorphisme.

Le but de cette étude était d'utiliser les techniques moléculaires dans deux populations de chevreuil, pour estimer la variance du succès reproducteur des mâles et identifier les principaux déterminants de cette variance.<br /> Comme attendu du fait de son faible dimorphisme sexuel, la variance dans le succès reproducteur à vie des mâles, et donc l'opportunité pour la sélection sexuelle, sont faibles chez le chevreuil, suggérant un faible degré de polygynie.<br /> Les mâles peuvent se reproduire dès 2 ans, mais avec un succès reproducteur inférieur à celui des mâles plus âgés.<br /> Le succès reproducteur tend aussi à décroître après 8 ans.<br /> La masse corporelle, la taille des bois, et la taille du territoire des mâles, affectent positivement leur succès reproducteur, mais pas la qualité de l'habitat dans leur territoire.<br /> Cette étude apporte de nouveaux éléments sur l'évolution de la territorialité et la sélection sexuelle chez les ongulés sauvages.

Au travers d'exemples concrets de plantes menacées choisies dans la flore des Alpes françaises, ce travail présente l'application de trois approches classiquement utilisées en biologie de la conservation : l'étude de la diversité génétique, l'étude des performances reproductives et du système de reproduction et l'étude de la dynamique de populations.<br />Dans un premier temps, nous avons mis en évidence l'utilité des marqueurs moléculaires pour résoudre les ambiguïtés taxonomiques et vérifier le statut d'unité de conservation de Potentilla delphinensis Gren. & Godron. Cette approche a aussi permis d'établir une stratégie de renforcement des populations de Dracocephalum austriacum L.<br />Dans un deuxième temps, nous avons montré que les performances reproductives et le système reproducteur sont de bons indicateurs de la viabilité des populations (Androsace septentrionalis L. et Cypripedium calceolus L.).<br />Dans un troisième temps, nous avons montré la pertinence des modèles matriciels et des analyses de viabilité de populations pour comprendre le fonctionnement d'une espèce et évaluer sa vulnérabilité (Cypripedium calceolus L. et Astragalus alopecurus Pallas).<br />La combinaison des différentes approches sur Dracocephalum austriacum L. indique que les aspects génétiques et démographiques sont indissociables pour prédire la viabilité des populations. <br />L'ensemble de ces résultats a permis de dégager des recommandations théoriques et méthodologiques sur l'application des approches démographiques aux plantes menacées. Des conseils pragmatiques sont proposés aux organismes oeuvrant à la protection de la flore.

La biodiversité de l'île de La Réunion a récemment été reconnue comme d'intérêt mondial. Depuis 2010 le territoire du Parc National de La Réunion est en effet classé au patrimoine mondial de l'UNESCO. Cette riche biodiversité fournit des services à l'homme, notamment par le biais des plantes aromatiques et médicinales, utilisées traditionnellement sur l'île. Aujourd'hui, la responsabilité de La Réunion vis à vis de sa biodiversité est grande et l'enjeu majeur consiste à la gérer et à la valoriser durablement. Le faham est une orchidée emblématique et patrimoniale, endémique des Mascareignes (Réunion, Maurice), bien connue des réunionnais et largement consommée pour ses propriétés aromatiques et médicinales. L'appellation faham regroupe en réalité deux espèces : une espèce de haute altitude, Jumellea rossii, et une espèce de basse altitude, Jumellea fragrans. Actuellement, le faham est récolté en milieu naturel sur les domaines publics ou privés car il n'existe pas de système de production agricole. L'utilisation continue de cette ressource depuis maintenant plusieurs siècles menace fortement sa survie en milieu naturel. C'est dans ce contexte qu'a été créé le projet ORCHIFAH, qui vise à mettre en place une filière de production de faham respectueuse de l'environnement et offrant des garanties quant à sa conservation. Partie intégrante de ce projet, le présent travail a pour objectif d'étudier certains aspects de la biologie et la chimie des deux espèces de faham préalablement à la mise en place d'une filière agricole. Ainsi, le système de reproduction, la germination asymbiotique in vitro, les rythmes de croissance et de production de biomasse foliaire, et la composition métabolomique des deux espèces ont été étudiés. Les résultats concourent à améliorer la connaissance des espèces, et fournissent une base solide pour leur mise en culture, ainsi que pour la conduite d'actions de conservation appropriées. / Reunion Island's biodiversity has recently been recognized as of worldwide interest. Since 2010, the National Park of Reunion area is classified as World Heritage of UNESCO. This rich biodiversity provides services to humans, including through aromatic and medicinal plants, which are traditionally used on the island. Today, the responsibility of Reunion to its biodiversity is important and the major challenge is to manage and promot it in a sustainable way. Faham is an iconic and of local importance orchid, endemic to the Mascarene Islands (Réunion, Mauritius), well-known and widely consumed in Reunion for its aromatic and medicinal properties. The name faham actually includes two species: the high altitude species, Jumellea rossii, and the low altitude species, Jumellea fragrans. Currently, faham is harvested in the wild on public or private land because there is no agricultural production system for this resource. Continued use of faham for centuries now threatens heavily its survival in the wild. In this context, the ORCHIFAH project has been created, and aims to establish a sustainable faham production chain and to provide guarantees for its preservation. Part of this project, the aim the present work is to study some aspects of the biology and chemistry of the two species of faham, prior to the establishment of an agricultural production. Thus, the reproductive system, the asymbiotic in vitro germination, growth rates and leaf biomass production, and metabolomics composition of both species were studied. The results contribute to improve the knowledge of the species, and provide a solid foundation for their cultivation, and to conduct appropriate conservation actions.

La gorgone rouge, Paramuricea clavata (Cnidaire, Octocoralliaire), est une espèce sessile, longévive à faible croissance dont les populations présentent une lente dynamique. Cette espèce est caractérisée par une phase larvaire pélagique qui représente l’unique phase de dispersion potentielle au cours du cycle de vie de cette espèce. P. clavata est une espèce clé des assemblages à coralligène de Méditerranée, qui subit les effets combinés des activités de plongée sous-marine et du changement climatique. Dans ce contexte, il était donc fondamental d’approfondir les connaissances sur les traits d’histoire de vie, la biologie et l’écologie de cette espèce. L’objectif de ce travail était d’étudier, à l’aide d’une approche génétique, les facteurs biologiques et écologiques clés qui devraient être importants pour la réponse de l’espèce aux changements environnementaux. Parmi ces facteurs, la dispersion larvaire joue un rôle fondamental dans la dynamique et la connectivité des populations marines. Dans le contexte actuel des fortes pressions anthropiques, la compréhension des degrés de connectivité entre les populations est primordiale pour évaluer le devenir des populations, face au changement climatique, et pour mettre en place des plans de conservation et des réseaux d’aires marines protégées. / The red gorgonian, Paramuricea clavata (Cnidaria, Octocorallia), is a sessile, long-lived and slow growing species which displays slow population dynamics. This species is characterized by a pelagic larval phase that represents the sole potential phase of dispersal during the life cycle of this species. P. clavata is a key species of coralligenous assemblages of the Mediterranean Sea which undergoes the combined effects of diving activities and climate change. In this context, extending the knowledge about life history traits, biology and ecology of the red gorgonian was of fundamental importance. Using a genetic approach, the goal of this work was to study some key biological and ecological factors which should be important for the response of this species to environmental changes. Among these factors, larval dispersal plays a major role in driving marine population dynamics and connectivity. In the current context of strong anthropic pressures, understanding the level of population connectivity is primordial to evaluate population outcome, facing climate change, and to develop conservation plans as well as to design marine reservenetworks.

Alexandrium minutum est un dinoflagellé qui est à l'origine des efflorescences toxiques observées de façon récurrente le long des côtes Bretonnes. Cette microalgue produit des toxines paralysantes qui sont parmi les plus puissantes au monde. Originaire de Méditerranée, cette espèce a progressivement envahi les côtes européennes atlantiques. Cette algue invasive a été observée en Bretagne dans les années 80, puis a atteint successivement l'Angleterre, l'Irlande et le Danemark. Aujourd'hui, elle semble durablement installée dans de nombreux estuaires bretons, produisant de façon récurrente des efflorescences toxiques, bien que dans certains sites les proliférations semblent être limitées par la présence de parasite. Dans cette étude nous nous sommes interrogés sur les processus pouvant influencer la diversité génétique des populations d'A. minutum et les répercussions de ces capacités d'adaptation vis à vis des facteurs biotiques et abiotiques. Nous avons en particulier, réalisé des expériences de croisement en laboratoire afin de mieux comprendre sa reproduction et de déterminer son système de reproduction. Puis nous avons utilisé des outils moléculaires afin de déterminer quelle était l'importance de la reproduction sexuée dans les populations naturelles en Bretagne (reproduction sexuée versus asexuée). Enfin, nous avons étudié la variabilité génétique des efflorescences annuelles pendant deux années consécutives dans les estuaires de la Rance et de la Penzé. Les expériences de croisement in vitro ont permis de mettre en évidence que la reconnaissance gamétique était un processus complexe où les fusions ne sont pas régit par un système bipolaire comme c'est généralement le cas chez de nombreux organismes. D'autre part nos résultats suggèrent que les kystes temporaires auraient une capacité de survie de plusieurs mois au froid et à l'obscurité dans les conditions de laboratoire. Grâce à l'utilisation des marqueurs microsatellites, nous avons montré que les efflorescences d'A. minutum présentaient une diversité génétique et génotypique très élevée et que les génotypes étaient tous différents les uns des autres au sein de ces efflorescences. Ces résultats suggèrent que la reproduction clonale n'est pas dominante au cours des évènements d'efflorescence. L'analyse génétique spatio-temporelle (entre Penzé et Rance, entre années et entre période d'efflorescence) montre des différenciations significatives aux différentes échelles. La différence spatiale indique un flux de gènes restreint entre les deux sites et cela principalement au cours des blooms. En effet, les efflorescences qui se développent généralement pendant les marées de morte-eau restent relativement isolées. Ces résultats ont été confirmés par l'étude de la structure génétique des populations A. minutum le long des côtes Bretonnes qui révèle des flux de gènes limités entre populations. Ces résultats suggèrent que la migration est relativement restreinte entre estuaires. De plus, la différenciation génétique entre estuaires pourrait également étroitement être liée aux traits d'histoire de vie de cette espèce. En effet, le développement rapide des efflorescences dans un nouveau site colonisé, suivi par la formation d'un grand nombre de kystes de résistance qui s'accumulent au sein des estuaires pourrait constituer un système particulier présentant une forte inertie au changement (tampon génétique) et limitant, par compétition, l'arrivée de nouveaux migrants (hypothèse de monopolisation des sites (De Meester et al. 2002). Enfin, nos résultats suggèrent que les efflorescences toxiques observées en Rance, en Baie de Morlaix et en Rade de Brest correspondraient à des évènements d'introduction différents.

Pentadesma butyracea Sabine est l’une des quatre espèces du genre Pentadesma endémique de l’Afrique. Elle est distribuée de la Sierra Léone au Gabon dans deux grands types d’habitats :les forêts denses humides discontinues du domaine guinéo-congolais (Haute- et Basse-Guinée) et le domaine soudanien du couloir sec du Dahomey (assimilé à une barrière à l’échange de gènes et d’espèces entre les deux blocs guinéo-congolais). Dans ce dernier, l’espèce se retrouve dans des galeries forestières et occupe une place capitale dans le développement socio-économique des communautés locales en raison des multiples biens et services que procurent ses produits (alimentation, médecine et pharmacopée traditionnelle, etc.). Cependant, des pressions d’origines multiples, telles que le ramassage des graines pour fabriquer du beurre, la fragmentation de l’habitat et sa destruction en faveur du maraîchage, les pratiques culturales inadaptées, les incendies, font peser de lourdes menaces sur l’espèce.<p>Le but de ce travail est d’acquérir les connaissances requises pour la conservation et la gestion durable des ressources génétiques de l’espèce. Trois objectifs ont été définis :(i) étudier la phylogéographie de l’espèce, (ii) étudier sa variabilité morphologique et génétique au Bénin et (iii) caractériser sa biologie de reproduction. En amont de ces travaux, nous avons développé onze marqueurs microsatellites nucléaires chez P. butyracea (chapitre 2). Ils ont été utilisés pour l’étude de la phylogéographie et la diversité génétique de P. butyracea (chapitres 3 et 5), ainsi que pour étudier la dépression de consanguinité et les paramètres de son système de reproduction (chapitre 7).<p>La caractérisation de la répartition spatiale des lignées génétiques de régions intergéniques de l’ADN chloroplastique et de l’ADN ribosomal (ITS) a détecté deux lignées génétiques allopatriques entre le Haut et le Bas-Guinéen, indiquant une forte différenciation génétique et un signal phylogéographique. L’analyse des microsatellites détecte trois pools géniques correspondant aux trois régions étudiées (Haute Guinée, Dahomey Gap et Basse Guinée). La diversité génétique est faible dans le Dahomey Gap, modérée dans le Haut-Guinéen et élevée dans le Bas-Guinéen. Ces résultats indiquent une séparation très ancienne des populations d’Afrique centrale et d’Afrique de l’ouest, alors que celles du Dahomey Gap pourraient résulter des forêts denses humides de l’Afrique de l’ouest lors de la période Holocène humide africaine. Dans ce couloir sec, les populations ont subi une forte dérive génétique, potentiellement due à des évènements de fondation. Au Bénin, deux groupes éco-morphologiques ont été détectés suivant un gradient nord-sud, contrastant avec deux pools géniques présentant une distribution est-ouest. <p>P. butyracea est une espèce auto-compatible majoritairement allogame. La corrélation de paternité est plus élevée aux niveaux intra-fruit vs. inter-fruits, et au sein d’une population de petite taille vs. de grande taille. Les principaux pollinisateurs au Bénin sont deux oiseaux (Cyanomitra verticalis, Cinnyris coccinigastrus) et trois abeilles (Apis mellifera, Meliponula togoensis, Hypotrigona sp.). La productivité totale en fruits augmente en fonction de l’âge de l’arbre et varie en fonction de l’année, atteignant un pic pour les arbres ayant un diamètre de 60-80 cm. Les graines sont récalcitrantes et ont une teneur en eau de 42.5 ± 2.9 %. <p>L’analyse des paramètres de reproduction et de diversité génétique, associés aux facteurs écogéographiques, nous a permis de proposer un échantillon de neuf populations représentatives de la diversité à l’échelle du Bénin, dans la perspective d’une conservation in situ. Le succès de celle-ci dépendra des efforts conjugués des communautés locales, de la recherche forestière et de la définition d’un cadre législatif par le politique pour la protection des habitats. La conservation ex situ est envisagée sous forme d’un verger rassemblant diverses origines, présentant l’intérêt supplémentaire de permettre d’étudier les contributions de la diversité génétique et de la plasticité phénotypique à la variation phénotypique. / Pentadesma butyracea Sabine is one of the four species of the endemic genus Pentadesma in Africa. The species is distributed from Sierra Leone to Gabon in two major types of habitats: the discontinuous and dense Guineo-Congolian rainforests (Upper and Lower Guinea) and the Sudanian domain of the dry corridor of Dahomey (considered as a barrier to the exchange of genes and species between Upper and Lower Guinea). In the latter, the species is found in gallery forests and plays a vital role in the socio-economic livelihood of local communities due to the various resources and services that provide its products (food, medicine and traditional, etc.). However, pressure from many sources including the collection of seeds to make butter, habitat fragmentation and its destruction for market gardening, inadequate agricultural practices, fires, are serious threats to the species.<p>The aim of this work was to acquire appropriate knowledge for the conservation and sustainable management of genetic resources of the species. Three objectives were defined (i) study the phylogeography of the species; (ii) evaluate its morphological and genetic variability in Benin; and (iii) characterize its reproductive biology. In a preliminary work, eleven nuclear microsatellite markers of P. butyracea were developed (Chapter 2). They were used for the study of phylogeography and genetic diversity of P. butyracea (chapters 3 and 5), and to study the inbreeding depression and parameters of its breeding system (Chapter 7).<p>The characterization of the genetic lineages and their spatial distribution using intergenic regions from chloroplast DNA and ribosomal DNA (ITS) region detected two allopatric genetic lineages between Upper and Lower Guinea, indicating a high genetic differentiation and a phylogeographic signal. Microsatellite markers allowed us to detect three genepools matching with the three studied regions (Upper Guinea, Dahomey-Gap and Lower Guinea). Genetic diversity was low in the Dahomey Gap, moderate in Upper Guinea and high in Lower Guinea. These results indicate an ancient separation of populations from Central and West Africa, while those from Dahomey Gap could originate West African rainforests (Upper Guinea) during the African humid Holocene period. In this dry corridor, populations experienced high genetic drift, possibly due to founding events. In Benin, two eco-morphological groups were detected following a north-south gradient, contrasting with two gene pools presenting an east-west distribution.<p>Pentadesma butyracea is a self-compatible, mainly allogamous species. The correlation of paternity was higher within-fruit vs. among-fruits, and in population of small size vs. large size. The main pollinators in Benin are two birds (Cyanomitra verticalis, Cinnyris coccinigastrus) and three bees (Apis mellifera, Meliponula togoensis, Hypotrigona sp.). Total productivity in fruit increases with tree age and varies yearly, reaching a peak for trees of 60-80 cm of diameter class. Seeds are recalcitrant (i.e. they cannot be conserved at low temperature), having a water content of 42.5 ± 2.9% at maturity.<p>The analysis of reproduction and genetics parameters, associated with eco-geographic factors, enabled us to select nine populations representative of the diversity in Benin, from the perspective of in situ conservation. The success of the latter will depend on combined efforts of local communities, forest research and an adequate legislative framework for the protection of habitats. Ex situ conservation is envisaged as an orchard assembling various origins, and would have the additional advantage of allowing to study the contribution of genetic diversity and phenotypic plasticity to phenotypic variation. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished