A Madagascar, un programme de sélection sur les eucalyptus est conduit à l'aide de vergers à graines, en pollinisation libre qui constituent les populations d'amélioration. L'obtention de gains génétiques et le maintien de la diversité génétique sont réalisés si la reproduction tend vers le modèle panmictique. Or, le faible niveau de domestication des essences forestières et les conditions environnementales conduisent à une variabilité phénotypique importante ayant des conséquences probables sur la phénologie. Dans un premier temps, notre approche est basée sur la caractérisation biologique d'un verger de 349 Eucalyptus grandis. Ensuite, il s'agit d'effectuer, sur un échantillon de 724 descendants récoltés sur 30 géniteurs, une analyse de paternité basée sur 6 marqueurs microsatellites. Nous en déduisons les conséquences sur la variabilité génétique et la croissance des descendants. En première approche, les résultats confirment les inquiétudes que nous avions quant à la panmixie et à l'équi-participation des géniteurs. Le taux de pollution pollinique atteint 39% et les contributions des géniteurs au nuage pollinique diffèrent de leur effectif dans le verger. En revanche, plus de 50% d'entre eux y ont participé et nous n'avons pas observé d'effet de voisinage sur la pollinisation. Le taux moyen d'allogamie est de 97% et les croisements entre demi-frères représentent 3,5% des recombinaisons. Seule la croissance des descendants issus d'autofécondation est significativement affectée par les effets de la dépression consanguine. En dépit du taux de contamination, nous pouvons estimer que le brassage génétique, confirmé par le maintien de la variabilité allélique et le faible taux d'autofécondation, correspond à ce qui est attendu sous l'hypothèse de la panmixie. Néanmoins, certaines recommandations sont proposées pour atteindre les objectifs multiples attribués aux vergers à graines et pour limiter la contamination pollinique.

Le sanglier (Sus scrofa scrofa) est une espèce à part entière. C'est une espèce de gibier particulièrement appréciée des chasseurs, un cauchemar pour les agriculteurs et un sujet de débat pour la société en général. La multiplication par dix des populations au cours des dernières décennies en France et dans toute l'Europe, malgré une pression de chasse accrue, a engendré de nombreux conflits entre les humains et la faune sauvage. Le sanglier est responsable de grandes pertes économiques dues aux collisions avec les véhicules, à la transmission de maladies et de dommages aux cultures et écosystèmes. L'amélioration des stratégies de gestion devient un intérêt majeur pour éviter, ou contrôler, de tels conflits. La récolte d'informations sur l'espèce problématique est un premier pas vers de bonnes stratégies de gestion. L'objectif de mon travail est, dans un premier temps, de caractériser le système d’appariement du sanglier et d'identifier certains paramètres influençant les processus de reproduction, notamment la chasse. Dans un deuxième temps, mon travail se concentre sur l'étude de l'influence du système d’appariement sur les traits d'histoire de vie du sanglier. Mes recherches sont basées sur l'étude de plusieurs populations contrastées dans leurs pratiques de chasse et sur des données longitudinales d'une population intensivement suivie. L'étude est basée sur des données recueillies sur des sangliers tués à la chasse. Les génotypes ont été obtenus pour les femelles gestantes et leur portée et des analyses de paternité ont été réalisées pour mesurer le nombre de pères dans une portée et estimer les taux de paternité multiples (proportion de portées engendrées par plus d'un père). J'ai été en mesure de montrer que le système d’appariement est principalement de promiscuite (plusieurs mâles s'accouplent avec plusieurs femelles) contrastant avec la polygynie (un mâle dominant monopolisant un groupe de femelles) habituellement décrite chez cette espèce. De plus, les processus de reproduction, estimés par le nombre de partenaires d'une femelle et les taux de paternité multiples, sont influencés par les variations de chasse dans une population. J'ai aussi montré que le nombre de pères avait un effet positif sur la fécondité des femelles. Des taux élevés de paternité multiple et une grande diversité génétique ont été constatés ensemble dans une population fortement chassée, ce qui suggère que la paternité multiple peut tamponner les goulots d'étranglement annuels. Cependant, l'augmentation du nombre de père n'est pas associée à une augmentation de la variation intraportée / The wild boar (Sus scrofa scrofa) is a peculiar species. It is an appreciated game species for hunters, a nightmare for farmers and a subject of debate for the society in general. The tenfold increase of the population over the last decades in France and all over Europe, despite increased hunting pressure, generated great human-wildlife conflict. The wild boar is responsible for great economic losses due to vehicle collision, diseases transmission and damaged crops and ecosystems. Improving management strategies becomes a prime interest to avoid such conflicts, or at least keep them under control. Obtaining information on the species is a first step toward good management strategies. The objective of my work is, in a first part, to characterize the mating system of the wild boar and to identify some parameters, especially hunting, influencing the reproductive processes. The second part focus on the investigation of the influence of the mating system on wild boar life history traits. My researches are based on the study of several populations contrasting in their hunting practices and on longitudinal data of a highly monitored population. The study is based on data collected on wild boars killed by hunting. Genotypes were obtained for pregnant females and their litter and paternity analyses were realized to measure the number of fathers in a litter and estimate multiple paternity rates (proportion of litter sired by more than one father). I was able to show that the mating system is mainly promiscuous (several males mate with several females) contrasting with the polygyny (a dominant male monopolizing a group of females) usually described in this species. Moreover, reproductive processes, estimated by the number of mates of a female and the multiple paternity rates, are influenced by hunting variations in a population. I also showed that number of fathers has positive effect on female fecundity. High rates of multiple paternity together with high genetic diversity were found in a heavily hunted population, suggesting multiple paternity may buffer yearly bottlenecks. However, the increase of number of fathers is not associated with increase of within-litter variation

Le but de cette étude était d'utiliser les techniques moléculaires dans deux populations de chevreuil, pour estimer la variance du succès reproducteur des mâles et identifier les principaux déterminants de cette variance.<br /> Comme attendu du fait de son faible dimorphisme sexuel, la variance dans le succès reproducteur à vie des mâles, et donc l'opportunité pour la sélection sexuelle, sont faibles chez le chevreuil, suggérant un faible degré de polygynie.<br /> Les mâles peuvent se reproduire dès 2 ans, mais avec un succès reproducteur inférieur à celui des mâles plus âgés.<br /> Le succès reproducteur tend aussi à décroître après 8 ans.<br /> La masse corporelle, la taille des bois, et la taille du territoire des mâles, affectent positivement leur succès reproducteur, mais pas la qualité de l'habitat dans leur territoire.<br /> Cette étude apporte de nouveaux éléments sur l'évolution de la territorialité et la sélection sexuelle chez les ongulés sauvages.

L’hybridation est un processus aux conséquences diverses sur l’évolution des espèces qui est difficile à étudier lorsque les espèces se distinguent mal au niveau morphologique. Afin de comprendre le rôle de l'hybridation dans l’évolution du complexe d’espèces des chênes blancs européen, nous avons utilisé des outils de la génétique des populations pour quantifier les flux de gènes interspécifiques contemporains et étudier le système de reproduction de quatre espèces. Un protocole d'analyse génétique rapide a été développé et des méthodes d’assignations génétiques, permettant de déterminer l’espèce de chaque arbre et d’identifier les hybrides, ont été testées par simulations. Cette méthode a été appliquée en populations naturelles révélant un pourcentage d'hybrides variant de 10 à 30% en fonction des populations et impliquant tous les couples d'espèces. Nous avons montré que les effectifs des espèces dans les parcelles influencent la dynamique d'hybridation et la directionalité de l'introgression. Nous avons étudié le système de reproduction de ces espèces en croisements contrôlées et en forêt pour expliquer le maintien des espèces malgré la présence de flux de gènes interspécifiques. L'existence de plusieurs barrières reproductives contribue à un isolement partiel des espèces qui dépend principalement de barrières pré-reproductives et prézygotiques. Une analyse de paternité pratiquée sur des descendances récoltées en forêt montre que l'hybridation de première génération est rare mais que ces hybrides F1 sont fertiles et se reproduisent principalement avec l'une des espèces parentales, produisant de nombreux rétrocroisements qui expliquent le fort pourcentage d'hybrides observé dans les populations naturelles étudiées. L'hybridation et l'introgression sont donc des processus à l'œuvre chez les chênes qui contribuent à l'évolution du complexe d'espèces. / Hybridisation is a complex process with diverse consequences on species evolution. Hybridisation is difficult to study when species are not clearly morphologically distinguished. Our aim was to study the role of hybridisation in the evolution of the European white oak species complex. We used population genetic tools to quantify contemporary interspecific gene flow and to study the mating system of four oak species. A fast genetic analysis protocol was developed and genetic assignment methods were first tested by simulation and then used to determine the species of each tree and to identify hybrids. These methods revealed that hybrid percentages were between 10 to 30% depending on the natural population studied and that all species pairs were involved. We showed that the census number of species in the stands had an influence on hybridisation dynamics and on introgression direction. We studied the mating system of these species in controlled crosses and in the forest to understand the maintenance of species despite interspecific gene flow. Several reproductive barriers contribute to a partial isolation of species, mostly pre-reproductive and prezygotic. A paternity analysis of maternal progenies sampled in the forest showed that first generation hybridisation was rare but that F1 hybrids were fertile and were mating mostly with one of the two parental species, creating numerous backcrosses that explain the high percentages of hybrids observed in the natural populations studied. Hybridisation and introgression are active processes in oaks and contribute to the evolution of the species complex.