Human papillomavirus (HPVs) is the most common causing agents for cervical cancer. Although the introduction of vaccination is reducing its prevalence, there is still no reliable treatment for HPV infections. Understanding the life cycle of HPV, especially the regulation of the viral E6 and E7 gene expression, is crucial because its dysregulation is associated with tumor development. This study aims to investigate the complex mechanism of HPV16 E6/E7 mRNA splicing with a focus on the regulatory role of RNA binding proteins, particularly members of the serine and arginine (SR) rich protein family. Our results indicate that SRSF2 enhances HPV16 SD226-SA409 mRNA splicing is of significance since the SD226-SA409-spliced mRNA is coding for the HPV16 oncogenes, thus 226-409 splicing is a  potential therapeutic target.

Glioblastoma is the most aggressive type of primary tumor in the central nervous system (CNS tumors). It is hard to treat and has a poor prognosis for survival. Primary CSN tumors occur in approximately 1400 adults in Sweden every year and is the third most common cause of cancer-related deaths in individuals between 15-24 years of age.   There is no prophylaxis for primary CNS tumors. The causes of most CNS-tumors are unknown, but there are several risk factors that have been identified. Both heredity and environmental factors are likely to come into play, but clinical data does not suggest any convincing evidence of CNS tumor formation. Some cases of CNS tumors are related to known genetic conditions that cause rare syndromes and have an increased risk of getting a brain tumor.   The treatments for glioblastoma are surgery, radiotherapy, chemotherapy, TTField treatment and immunotherapy. Immunotherapy is a type of cancer treatment that uses the patient’s immune system to fight CNS tumors. New cancer immunotherapies, such as dendritic cell (DC)-based vaccines are under development to enhance anti-tumor presentation and to prime anti-tumor T-cell responses.   The objective of this study was to investigate the efficacy of DC vaccines for the treatment of glioblastoma.    Seven clinical studies from PubMed were found after searching in the Pubmed database, and filtering through the inclusion and exclusion criteria. All seven studies explored the efficacy of DC vaccines on overall survival and progression-free survival for patients with glioblastoma. In addition to investigating the safety and adverse events, the clinical trials evaluated the immune response to the DC vaccines against glioblastoma.   Combining standard of care (SOC) with DC vaccines prolonged the overall survival by several months compared to SOC alone. Severe adverse reactions (grade 3) were reported in two studies, while the rest of the studies showed that patients tolerated the DC vaccines and had only mild grade 1-2 adverse events. Half of the studies correlated prolonged median survival or progressions- free survival with immune response.   Further research is required to compare the efficacy of DC vaccines and other immunotherapies in order to conclude whether DC vaccines are a feasible effective treatment of glioblastoma in the future.

Cellers tillväxthastighet varierar avsevärt mellan olika celltyper. Fullt specialiserade celler delar sig sällan och fokuserar i stället på sina specifika funktioner, medan stamceller aktivt delar sig för att upprätthålla en balans av nya och gamla celler. Denna studie syftar till att odla och analysera två mänskliga blodcancercellinjer: erytroleukemiska K562-celler och L428-celler från Hodgkins lymfom. Studien fokuserar på de två cellinjernas olika tillväxthastighet samt transkriptionsaktivitet under olika förhållanden och behandlingar. Projektet inkluderar även att ta fram ett helt nytt, effektiviserat protokoll för extraktion och kvantifiering av DNA, nascent RNA, mRNA och protein från ett enda prov. Projektet tar också upp utmaningen att se om det finns en koppling mellan cellernas tillstånd och deras transkriptionsaktivitet, eftersom nuvarande sekvenseringsnormaliseringstekniker gör att de totala nivåerna av transkription inte blir jämförbara mellan olika cellinjer. Genom att kvantifiera cellernas tillväxthastighet och transkriptionsaktivitet identifierades en potentiell koppling mellan högre tillväxthastighet och ökad mängd RNA-produktion, vilket tyder på ett samband som ser till att tillräckligt stor mängd cellkomponenter produceras för dottercellerna. Dessutom syftar studien till att undersöka de två cellinjernas respons på behandling med differentieringsinducerande hemin, känt för att inducera erytroid differentiering hos myeloida celler såsom K562-cellinjen. Trots deras olika hematopoetiska ursprung visade sig både K562- och L428-cellinjerna reagera på behandlingen och utvecklas mot röda blodkroppar. Detta kan påvisas genom att hemin gör att deras respektive tillväxthastigheter påverkas på samma sätt, samt att cellerna får en djupröd färg, vilket indikerar produktion av hemoglobin och är ett välkänt tecken på erytroid differentiering. / Cell proliferation rates vary significantly among different cell types. Terminally differentiated cells rarely divide, focusing on their specialized functions, while stem cells actively proliferate to maintain tissue homeostasis. This study aims to culture and analyze two human blood cancer cell lines: erythroleukemia K562 cells and Hodgkin's lymphoma L428 cells. The investigation focuses on their proliferation rates and transcriptional activities under various conditions and treatments. The project also includes the establishment of a novel, streamline protocol for extracting and quantifying DNA, nascent RNA, mRNA and protein from one single sample. The study also addresses the challenge of correlating cell state with transcriptional activity, noting that current sequencing normalization techniques renders total levels of transcription incomparable between cell lines. By quantifying proliferation rates and transcriptional activity, a potential connection between proliferation rate and transcriptional activity was found. Higher proliferation rate corresponded to samples with larger amounts of RNA and higher transcription of nascent RNA, indicating an association that facilitates the production of sufficient cellular components necessary for the two daughter cells.  Additionally, the study investigates the two cell lines’ responsiveness to differentiation-inducing hemin, known to induce differentiation toward the erythrocyte lineage for myeloid cells such as the K562 cell line. The findings from this study show that, despite belonging to different parts of the hematopoietic lineage, both the K562 cells and the L428 cells are responsive to hemin-induced differentiation toward the erythrocyte lineage. This is demonstrated by the fact that their proliferation rates are equally affected upon hemin treatments, and because both K562 and L428 cells turn red as a reflection of the induced production of hemoglobin, which is a recognized effect of hemin-induced erythrocytic differentiation.

Kronisk myeloisk leukemi-celler kan överleva drogbehandling och utveckla resistens till dagens behandlingar som består av tyrosinkinasinhibitorer. Denna studie utforskar sättet på vilket K562 celler svarar till två tyrosinkinasinhibitorer, Imatinib och Bosutinib, på en transkriptionell nivå. Genom att designa studien kring ett tidsförlopp då prov för mRNA sekvensering togs vid en kontrolltidpunkt, 1, 6 och 24 timmar av behandling, samt en vecka efter 24 timmars behandling, med respektive läkemedel. K562 cellernas tillväxt var starkt hämmad av Bosutinib, även efter en veckas återhämtning från behandlingen. Imatinib-behandlade celler kunde växa nästan oförändrat både under och efter behandling. Skillnaden i inhibition av tillväxt mellan drogerna verkar även vara oberoende av dos, baserat på två testa koncentrationer för varje läkemedel: 1 µM och 3,9 µM för Imatinib, 1 µM och 0,27 µM av Bosutinib. Cellmorfologi var också ändrad av Bosutinib, då den var oförändrad vid behandling med Imatinib. Transkriptomiska analyser utfördes och gene set enrichment analysis (GSEA) användes tillsammans med over-representation analysis (ORA) för att identifiera mönster i genuttryck. Grupper av gener kopplade till nukleinsyrametabolism, RNA bearbetning och i synnerhet cellaktivering och proliferering var nedreglerade under behandling med båda läkemedlen. Efter återhämtning från behandling med Imatinib, K562 celler kunde återgå till deras ursprungliga transkriptionella profil, medan Bosutinib-behandlade celler upprätthöll långsiktig transkriptionell omprogrammering. MYC transkriptionsfaktorn var nedreglerad av både Imatinib och Bosutinib under behandlingen, och MYC kunde förknippas med en grupp av gener som var nedreglerade under läkemedelsbehandling. Resultaten i denna studie tydliggör att transkriptionell omprogrammering sker i K562 celler under behandling med TKI, och att denna omprogrammering sker på ett koordinerat sätt i grupper av gener relaterade till signaleringsvägar och viktiga cellulära processer. Hållbara förändringar i genuttryck efter Bosutinib-behandling kan länkas samman med drogens effektiva inhibition av cellernas tillväxt. / Chronic myeloid leukaemia cells are able to survive and develop resistance to current treatments consisting of tyrosine kinase inhibitors (TKIs). This study investigates the way in which K562 cells respond to two TKIs, Imatinib and Bosutinib, on a transcriptional level. Using a time course study design, mRNA sequencing (mRNA-seq) was performed on control, 1h, 6h and 24h treatment time points for each drug, as well as after one week of recovery following 24h of treatment. K562 proliferation was vastly inhibited by Bosutinib, even after one week of recovery from the 24-hour treatment period, while Imatinib-treated cells were able to proliferate almost normally during and after treatment. The difference in inhibitory effect between the two drugs seems to be dose-independent based on two tested concentrations, 1 µM and 3,9 µM Imatinib, as well as 1 µM and 0,27 µM Bosutinib. Cell morphology was also altered by Bosutinib while being unchanged during and after Imatinib treatment. Transcriptomics analysis was performed, and gene set enrichment analysis (GSEA) was used together with overrepresentation analysis (ORA) to identify patterns in gene expression. Groups of genes related to nucleic acid metabolism, RNA processing and notably regulation of cell activation and proliferation are repressed during both Imatinib and Bosutinib treatment. After recovery from Imatinib treatment, K562 cells are able to revert the transcriptional changes, while Bosutinib-treated cells sustain long-term transcriptional reprogramming. The MYC transcription factor is down-regulated by both drugs during treatment, and MYC is also linked to a collection of genes that are down-regulated during Imatinib and Bosutinib treatment. The findings from this study elucidate that transcriptional reprogramming occurs in K562 cells during TKI treatment, and that this reprogramming occurs in a concerted fashion across groups of genes related to signalling pathways and important cellular processes. Sustained changes in gene expression after Bosutinib treatment can linked to the drug’s effectiveness at inhibiting K562 cell growth.

Post-exertional malaise (PEM) är ett av de symtom som kännetecknar postcovid (PCC). PEM avser försämring av symtom efter fysisk eller mental ansträngning och därför rekommenderas det i nuläget att vara försiktig med fysisk ansträngning. Regelbunden måttlig motion stärker i allmänhet immunförsvaret och minskar risken för akut -och kronisk sjukdom och det är därför viktigt att bedöma vilken typ och intensitet av träning PEM-patienter kan tolerera.  Syftet med detta projekt är att belysa immunsvaret vid akut träning hos postcovid och kontrollpatienter. Mononukleära celler i perifert blod (PBMC) från individer med post-Covid-tillstånd och från friska individer skördades före, efter och 48 timmar efter en akut omgång av styrketräning (ST), högintensiv intervallträning (HIIT) eller måttlig intensitetskontinuerlig träning (MICT). Proverna analyserades med flödescytometri för att bestämma den relativa frekvensen av olika lymfocytpopulationer och subpopulationer. Resultatet analyserades i FlowJo och R med oberoende t-test, linjär mixad modell och post-hoc analys. Resultaten visade en likhet mellan grupperna vid vila för alla populationer utom CD56+-populationen vid MICT och ST. Ingen modulering av immunsvaret efter träning observerades på gruppnivå, med liknande uttryck för alla populationer utom CD3+/- i MICT, där PCC-gruppen uppvisade minskad respons. Förändringen i CD3-populationerna kan förklaras av trenden med en minskad CD56+-population och/eller en lägre relativ intensitet beräknad utifrån den maximala arbetsbelastningen för PCC via MICT. Dessutom observerades ingen skillnad i immuncellsfördelning mellan grupperna vid 48-timmarstidpunkten. Dessa fynd visar inga tecken på ett förvärrat immunsvar mot träning i PCC-populationen. Den minskade reaktionsförmågan hos vissa populationer kräver dock ytterligare undersökning för att avgöra om den är inneboende i PCC eller resultatet av en lägre relativ träningsintensitet. / Post-exertional malaise (PEM) is one of the symptoms characterizing post-COVID condition (PCC). PEM refers to the worsening of symptoms following physical or mental exertion. Therefore, patients with PCC are currently recommended to be cautious about physical exertion. However, regular moderate exercise generally enhances the function of the immune system and reduces the risk of illness and chronic diseases, to avoid unnecessary deterioration of the patient's physical condition, we here aim to investigate what type and intensity of exercise PEM patients might tolerate.  The current project aims to elucidate the immune response to acute exercise in post-covid and control patients. Peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from individuals with Post-Covid Condition and from healthy individuals were harvested pre-, immediately post, and 48 hours after an acute bout of strength training (ST), high-intensity interval training (HIIT) and moderate-intensity continuous training (MICT). The samples were analyzed with flow cytometry, to determine the relative frequency of different lymphocyte populations and subpopulations. The result was analyzed in FlowJo and R with an independent t-test, linear mixed models, and post-hoc analysis. The results showed a similarity between the groups at baseline for all populations except the CD56+ population at MICT and ST. No modulation of the immune response after exercise was observed at group level, with similar expression for all populations except CD3+/- in MICT, where the PCC group showed reduced responsiveness. The change in the CD3 populations could be explained by the trend of a decreased CD56+ population and/or a lower relative intensity calculated from the maximal workload for PCC at MICT. In addition, no difference in immune cell distribution was observed between the groups at the 48-hour timepoint. These findings show no indication of an exacerbated immune response to exercise in the PCC population. However, the reduced responsiveness of some populations requires further investigation to determine whether it is inherent to the PCC or the result of a lower relative exercise intensity.

Hemofili A är en X-länkad ärftlig sjukdom som påverkar blodkoagulationen och beror på avsaknaden eller bristen på proteinet faktor VIII (fVIII). Nuwiq® är en rekombinant fVIII B- domän borttagen produkt från Octapharma AB som behandlar hemofili A och produceras med en cellinje av mänskliga njurceller från embryon. FVIII är 170 kDa som hel-längds protein, men klyvs till 90 kDa och 80 kDa kedjor innan de släpps ut i kroppen för cirkulation. Enligt reglementen måste 170 kDa kedjan vara under en specifik gräns under odlings processen för den farmaceutiska produkten och den relative distributionen av de tre olika isoformerna behövs mätas. Idag upparbetas proverna och analyseras med en droppkolon och reverse-phase high performance liquid chromatography (HPLC). Droppkolonen är en tidskrävande process och målet med detta projekt var att hitta en metod som kan förkorta tiden för detta analyssteg. I denna studie ska möjligheterna utvärderas för att använda Western Blot metod och att använda ett ÄKTA pure system för att rena proverna innan de analyseras med HPLC. Resultatet från Western Blot visa liknades resultat som HPLC analysen gör och en linjäritets, noggrannhets och precisions studie utfördes. Linjäritets studien resulterade i att provkoncentrationen bestämdes till 2 IU/mL. Noggrannhets testerna visade att det var liknande resultat men med mindre skillnader mellan de två metoderna och viss olikhet är förväntad då HPLC analyserar med avseende på hydrofobisitet och Western Blot använder antikroppar och kemiluminiscens. En mer omfattande precisions studie behövs innan några beslut kan tas angående en ändring av analysmetod. Western Blot visade lovande resultat och skulle förkorta metodtiden med ungefär 1-2 dagar. De första ÄKTA reningarna med odlingsprover visade inget protein i eluatet, men med en högre protein mängd pålagd på kolonen från ett prov med mindre cell rester hade eluatet en bra mängd protein i sig. Analysen av eluatet med Western Blot visade goda resultat. Fortsatta tester behövs göras med ÄKTA reningen för att metoden ska kunna betrakta det som en möjlig metod att använda på laboratoriet för att analysera faktor VIII protein. / Hemophilia A is a X-linked hereditary disease that effects the coagulation of the blood and is due to the absence or deficiency of the protein factor VIII (FVIII). Nuwiq® is a recombinant FVIII B-domain deleted product from Octapharma AB that treats hemophilia A and are produced with human embryonic kidney cell lines. The fVIII protein is 170 kDa full length but are cleaved into a 90 kDa chain and an 80 kDa chain before release into circulation in the body. Due to regulations the 170 kDa chain needs to be below a certain limit during the cultivation process of the pharmaceutical product and the relative distribution between the three isoforms needs to be measured. Today the sample is prepared and analysed through a drop column and reverse-phase high performance liquid chromatography (HPLC). The drop column is a time-consuming process and the aim for this project was to find a method that can reduce the time for this analysis step. This study investigated the possibilities to use Western Blot as a method and to use an ÄKTA pure system for the preparation of the samples and then analyse with HPLC. Results from Western Blot showed similar results as the HPLC analysis and a linearity, accuracy and precision study were performed. The linearity study showed promising results for a sample concentration of 2 IU/mL to be used. Accuracy testing showed similar but slightly different results between the two methods and some differences are expected since the HPLC analyses on hydrophobicity and Western Blot uses antibodies and chemiluminescence. There would need to be a more extensive precision study before any decision could be made about changing the analysis method. Western Blot showed promising results and would shorten the method time with around 1-2 days. The first ÄKTA purification runs with cultivation samples did not show any protein levels in the eluate, but with a higher protein amount put on the column from a sample with less cell debris the eluate had good amount of protein in it. The analysis of the eluate with Western Blot showed good results. Further testing of the ÄKTA purific tion is needed to consider it an option to use at the laboratory for analysis of factor VIII protein.

Transkription är stokastisk, där utbrottsmässiga episoder av RNA-transkription genererar RNA-molekyler. Trots att detta är en kärndel av eukaryotiskt liv, är lite känt om hur DNA-bindande transkriptionsfaktorer och transkriptionella kofaktorer formar gen-specifik transkriptionell utbrottskinetik. Syftet med detta examensarbete var att tyda rollerna hos kofaktorerna Med14 och P300/CBP inom transkriptionell utbrottskinetik. För detta ändamål användes Auxin inducible degron systemet för snabb nedbrytning av Med14 eller P300/CBP-proteiner i HCT116-celler, följt av Smart-seq3xpress single cell-RNA-sekvensering. Ett särskild fokus i denna avhandling var även att utvärdera förmågan att härleda direkta  genuttrycksförändringar genom analys av introniska reads – detta då introner ko-transkriptionellt splitsas och dess nyttjande skulle fånga effekter av mycket närliggande transkription. Resultaten visar en tidsberoende minskning av introniskt innehåll och en nedreglering av genuttryck för majoriteten av generna i de behandlade cellinjerna, medan opåverkade kontroller inte visar sådana trender. Utbrottskinetikresultaten indikerar att det inte finns någon korrelation mellan P300/CBP-pertuberade cellers geners ursprungliga utbrottsstorlek och några trender i genuttryckets relativa förändring, medan detsamma kan sägas för Med14-pertuberade cellers geners utbrottsfrekvens. Svaga trender från P300/CBP-påverkade cellers utbrottskinetik och uttrycksändring kan antyda att deras utbrottsfrekvens och inte utbrottsstorlek har påverkats. Resultaten antyder att perturbationen var framgångsrik och att P300/CBP inte påverkar utbrottsstorlek samt att Med14 kan reglera utbrottsfrekvensen för alla påverkade gener i lika hög grad. Vidare forskning behövs inom utbrottskinetikdata för att utöka vår förståelse av denna studies implikationer gällande Med14:s och P300/CBP:s reglerande roller på transkriptionella utbrott. / Transcription is stochastic with episodes of RNA transcription generating bursts of RNA molecules. Despite being a core part of eukaryotic life, little is known about how DNA-binding transcription factors and transcriptional co-factors shape gene-specific transcriptional bursting kinetics. The aim of this thesis was to decipher the roles of the co-factors Med14 and P300/CBP in transcriptional burst kinetics. To this end, the Auxin inducible degron system was used for rapid Med14 or P300/CBP protein degradation in HCT116 cells, followed by Smart-seq3xpress single-cell RNA-sequencing. A particular focus of this thesis was to evaluate the abilities to infer direct gene expression changes by analysis of intronic reads – since introns are co-transcriptionally spliced and would capture very recent transcription. Results show a time dependent decrease of intronic contents and a downregulation in gene expression for a majority of genes in the perturbed cell lines, while unperturbed controls show no such trends. Bursting kinetics results indicate that there is no correlation between P300/CBP perturbed cells’ gene’s original bursting size and any trends in gene expression fold change while the same can be said for Med14 perturbed cell’s gene’s burst frequency. Weak trends from P300/CBP perturbed cells’ bursting kinetics and expression fold change could imply that their bursting frequency and not bursting size has been affected. The results imply that the perturbation was successful and that P300/CBP does not affect bursting size as well as that Med14 could regulate bursting frequency for all affected genes to an equal degree. Further research is needed into the bursting kinetics data to expand our understanding of this study’s implications regarding regulatory roles of Med14 and P300/CBP on transcriptional bursting.

Aptamerer är nukleinsyra-baserade molekyler som binder specifikt till en målstruktur. Aptamerer har flera fördelar över antikroppar, så som snabb och billig framtagning och produktion. Multimera aptamer-baserade strukturer har visats ge bättre resultat än monomera aptamerer, men framtagningen av sådana strukturer är tidskrävande och icke-skalbar. Denna studie utforskar generering och selektion av multimera aptamer-baserade strukturer genom slumpmässig ligering och in vitro-evolution, med virusliknande partiklar av norovirus GII.2 och GII.4 som målstruktur. Optimering av ligeringsförhållanden visade att en större andel aptamerer, flerarmade fragment, och linjära fragment resulterade i störst diversitet i den ursprungliga strukturblandingen. Selektionsexperiment uppvisade kraftig positiv selektion för strukturer innehållande aptameren Buf-2, vilket indikerar att den har hög affinitet för båda genotyper. Aptameren SMV21 uppvisade också positiv selektion för båda genotyper. Studien finner också positiv selektion av multimera aptamer-baserade strukturer, vilket bekräftar att de binder starkare till sin målstruktur. Potentiella sekvenser med hög affinitet togs fram genom att generera konsensus-sekvenser från sekvenseringsdatan av de selekterade strukturerna. SPR användes för att mäta affiniteten av de selekterade strukturerna till norovirus, men på grund av ospecifik binding kunde inga slutsatser dras. / Aptamers are nucleic acid-based targeted binders that hold advantages over antibodies, such as cheap and fast development and production. Multimeric aptamer-based structures have shown improved performance compared to monomeric aptamers, but the development of such structures is time-consuming and unscalable. This study explores the generation and selection of multimeric aptamer-based structures through random ligation and in vitro evolution, targeting norovirus GII.2 and GII.4. Optimization of ligation conditions was performed, revealing that a bigger proportion of aptamers, multi-armed fragments, and linear fragments ensures a diverse initial structure pool. Selection experiments demonstrated a strong positive selection for structures containing the Buf-2 aptamer, indicating its high affinity for both norovirus genotypes. The SMV21 aptamer also showed positive selection for both genotypes. The study further found that multimeric aptamer-based structures experience positive selection, confirming their stronger binding to the desired target. Potential strong-binding sequences were obtained by generating consensus sequences from sequencing data of the selected strong binders. SPR was employed to determine the affinity of the selected binders to the norovirus, but the results were inconclusive due to unspecific binding.

Denna studie undersöker cellstorlekens inverkan på metabola processer, med särskilt fokus på skillnader mellan senescenta och icke-senescenta celler under varierande glukosförhållanden. Genom fluorescerande färgning, avbildning och flödescytometri analyserades nukleär och cellulär morfologi, DNA-innehåll, glukosupptag och cellvolym i cellinjerna HeLa Kyoto och DU-145. Resultaten visar signifikanta morfologiska förändringar i senescenta celler, inklusive ökad nukleär och cellulär storlek, högre aspektförhållanden och minskad nukleär konvexitet. Senescens associeras med minskat glukosupptag och förändrad metabolisk aktivitet, där större celler uppvisar lägre metabola hastigheter. Dessa fynd indikerar att cellulär senescens väsentligt påverkar metaboliska processer och morfologi, oberoende av glukoskoncentration. Forskningen förbättrar vår förståelse av cellulär metabolism och senescens, och erbjuder potentiella implikationer för terapeutiska strategier mot metabola störningar och cancer. Framtida studier bör undersöka de specifika mekanismerna bakom dessa förändringar och deras bredare tillämpningar inom medicinsk vetenskap.

Integrationen av artificiell intelligens (AI) i bioprocessapplikationer har framträtt som en transformerande metod inom bioteknik- och läkemedelsindustrin, och lovar betydande framsteg i effektivitet, verkan och hållbarhet. Genom att utnyttja avancerade algoritmer, såsom djupinlärning och förstärkningsinlärning, kan AI-system förutsäga och generera nya ligandstrukturer med hög affinitet för sina mål, såsom monoklonala antikroppar (mAbs) i detta projekt. Detta projekt syftar till att utvärdera potentialen hos AI-genererade affinitetsproteiner och validera de datorsimulerade förutsägelserna genom att undersöka bindningseffektiviteten och stabiliteten hos dessa ligander under verkliga förhållanden. Flera våtlabbstekniker användes för att uttrycka och rena de AI-designade proteinerna. Affinitetskromatografi var en teknik som användes för rening, följt av ytplasmonresonans (Biacore) för att studera interaktionen mellan de genererade affinitetsproteinerna och mAbs. Analyseresultat från SDS-PAGE och masspektrometri visade att de flesta proteiner kunde renas med hjälp av affinitetskromatografi. Emellertid visade karaktärisering med Biacore att de flesta proteiner inte interagerade med mAbs, förutom ett designat protein. Cirkulär dikroism (CD) spektrometri som användes för att visualisera sekundärstrukturen i proteiner visade att de flesta proteiner var veckade och bibehöll alfahelixar och betaflak jämfört med det vilda typen proteinet. Sammanfattningsvis ger denna forskning värdefulla insikter i utmaningarna vid utvärdering och karaktärisering av AI-genererade proteiner. Ytterligare forskningsinsatser bör fokusera på att förfina experimentella förhållanden och visualisera sekundärstrukturerna hos de genererade proteinerna för en djupare förståelse av deras stabilitetsproblem. / The integration of artificial intelligence (AI) into bioprocess applications has emerged as a transformative approach in the biotechnology and pharmaceutical industries, promising significant advancements in efficiency, efficacy, and sustainability. By leveraging advanced algorithms, such as deep learning and reinforcement learning, AI systems can predict and generate novel ligand structures with high affinity for their targets, such as monoclonal antibodies(mAbs) in this project. This project aims to evaluate the potential of AI-generated affinity protein ligands and validate the computational predictions by examining the binding efficiency and stability of these ligands in real-world conditions. Several wet lab techniques were employed to express and purify the AI-designed proteins. Affinity chromatography was one technique used for purification, followed by surface plasmon resonance (Biacore) to study the interaction between the generated affinity proteins and mAbs. Analysis results from SDS-PAGE and mass spectrometry showed that most proteins could be purified using affinity chromatography. However, characterization using Biacore revealed that most proteins did not interact with mAbs, except for one designed protein. Circular dichroism (CD) spectrometry used to visualize the secondary structure in proteins showed that most proteins were folded and retained alpha helices and beta sheets when compared to the wild type protein. In conclusion, this research provides valuable insights into the challenges in evaluating and characterizing AI-generated proteins. Further research efforts should focus on refining experimental conditions and visualizing the secondary structures of the generated proteins for a more in-depth understanding of their stability issues.