La familia de proteínas TMBIM (del inglés TransMembrane Bax-Inhibitor 1 Motive) es altamente conservada y ha sido pobremente caracterizada. Los genes de la familia TMBIM están presente en mamíferos, insectos, plantas y virus y no presentan homología aparente con los miembros de la familia BCL-2, los cuales clásicamente han sido reconocidos como los reguladores maestros de la muerte celular programada. Al igual que para los miembros de la familia BCL-2, para algunos miembros de la familia TMBIM ha sido descrito que presentan actividad antiapoptótica y la capacidad de modificar la homeostasis del Ca2+. El miembro más estudiado de la familia TMBIM es TMBIM6/BI-1. Esta proteína puede inhibir la muerte celular bajo condiciones de estrés de RE, el cual es una condición inducida por la acumulación de proteínas mal plegadas en el interior del RE. El miembro de la familia TMBIM menos estudiado es TMBIM3/GRINA y existen antecedentes de que se expresa principalmente en el sistema nervioso central. Sin embargo, se desconoce si comparte alguna de las actividades descritas para los miembros de la familia TMBIM. En esta tesis, se propuso estudiar el papel de TMBIM3/GRINA en la muerte inducida por estrés de RE. La hipótesis propuesta fue determinar si TMBIM3/GRINA puede inhibir la muerte celular inducida por estrés de RE mediante un mecanismo dependiente del control de la homeostasis del Ca2+. Los resultados obtenidos muestran que TMBIM3 inhibe la muerte celular inducida por estrés de RE y la apoptosis mediada por sobrecarga de Ca2+, sin afectar la muerte celular inducida por estímulos intrínsecos de apoptosis. La disminución de la expresión de TMBIM3 en células deficientes en TMBIM6 indujo apoptosis espontánea, lo cual podría sugerir actividades antiapoptóticas complementarias. Los niveles del ARNm de tmbim3 son altamente incrementados bajo condiciones de estrés de RE, tanto en modelos celulares, como en modelos animales. Esta regulación de los niveles del ARNm de tmbim3 son controlados por la vía de PERK/ATF4, la cual es activada bajo condiciones de estrés de RE. Además, TMBIM3 controla la homeostasis del Ca2 e interactúa físicamente con el receptor de IP3, lo cual podría explicar su actividad antiapoptótica bajo condiciones de estrés de RE. Estudios de pérdida de función en D. melanogaster revelaron que TMBIM3 y TMBIM6 tienen actividades sinérgicas respecto a la protección frente a estrés de RE. De manera similar, la deficiencia de TMBIM3 en embriones de pez zebra generó apoptosis espontánea durante el desarrollo y drásticas alteraciones en la morfología del cerebro y la viabilidad neuronal. Además, la sobreexpresión de TMBIM3 protegió a los embriones de pez zebra en condiciones experimentales de estrés de RE. Todos estos resultados permiten establecer un rol crítico de TMBIM3 en el control de la apoptosis inducida por estrés de RE, lo cual sugiere la existencia de un grupo conservado de reguladores funcionales de la muerte celular, más allá de la familia de proteínas BCL-2

Os linfócitos humanos apresentam na sua superfície a enzima NTPDase1 (ecto-apirase, ecto-difosfoidrolase; CD39; EC 3.6.1.5), responsável pela hidrólise do ATP e ADP extracelular e/ou outros nucleotídeos di ou tri fosfatados. A determinação da atividade da enzima foi padronizada através de método colorimétrico, o qual quantifica o fosfato livre liberado durante a reação. A NTPDase1 foi caracterizada através da demonstração de condições ótimas de incubação, como dependência de cálcio, pH, tempo de incubação e temperatura ótimos, além da obtenção de parâmetros cinéticos. Os resultados obtidos foram confirmados por uma baixa expressão de CD39 nos linfócitos humanos, verificada por análise citométrica, com utilização de anticorpo monoclonal correspondente. Este fato indica um baixo estado de ativação dos linfócitos, uma vez que o CD39 é considerado um marcador de ativação destas células. Posteriormente, foi determinada a atividade da NTPDase1 em linfócitos de pacientes imunodeprimidos pela infecção causada pelo HIV, os quais são acompanhados pelo monitoramento de sua carga viral no plasma e contagem de células T CD4+. A infecção pelo HIV resulta em alterações nas células imunes e na secreção de citocinas importantes na resposta patógenos. Nesta situação pode haver alterações bioquímicas na resposta imune, como por exemplo, alterações na hidrólise de nucleotídeos, ou seja, na atividade das enzimas que degradam nucleotídeos extracelulares. Os linfócitos encontram-se em estado de ativação crônica, o que faz com que até mesmo células não-infectadas pelo vírus, possam sofrer apoptose por ativação de caspases efetoras. Através da determinação da atividade da NTPDase nos linfócitos imunodeprimidos, verificou-se um aumento de sua atividade, acompanhado por uma maior expressão de CD39 na superfície destas células. Estes resultados sugerem que a NTPDase1 é importante para a manutenção da resposta imune, mantendo concentrações adequadas de ATP extracelular, o qual é essencial para certas funções imunes, mas também pode ser prejudicial no momento que induz apoptose nos linfócitos, o que poderia aumentar o estado de imunodepressão. Devido ao fato de que muitos dos pacientes HIV-positivos recebem terapia anti-retroviral, foi necessário verificar in vitro possíveis efeitos destas drogas sobre a atividade da NTPDase1. Neste caso, observou-se que as concentrações terapêuticas destas drogas não afetaram a atividade da enzima. Sendo assim, a atividade aumentada da NTPDase1 nestes pacientes, não é devida à interferência da terapia anti-retroviral.

A adenosina está presente em todos os tipos celulares exercendo um papel homeostático. Em sistema nervoso central e periférico seu papel neuromodulador é observado. A presença de adenosina no meio extracelular permite a ativação de receptores adenosinérgicos específicos, classificados em: A1, A2A, A2B e A3. A ativação dos receptores A1 e A2A, receptores de alta afinidade, está diretamente envolvida com o papel neuromodulador, visto que a sua ativação produz inibição e facilitação da liberação de neurotransmissores, respectivamente. A seleção de qual receptor será ativado, visto que exibem co-expressão em muitas regiões neurais, pode ser feita de acordo com os sítios de liberação ou produção de adenosina extracelular. Desta forma, receptores A1 seriam preferencialmente ativados pela adenosina liberada através dos transportadores bidirecionais de nucleosídeos e os receptores A2A preferencialmente ativados pela adenosina proveniente da degradação do ATP realizada por uma cascata enzimática. A hidrólise de ATP a adenosina é realizada pelas enzimas ectonucleosídeo trifosfato difosfoidrolases e ecto-5’-nucleotidase. Em ratos, a ativação do sistema adenosinérgico exerce seus efeitos neuromoduladores desde fases iniciais de desenvolvimento embrionário, alcançando o padrão adulto mesmo antes do nascimento. A ativação de receptores de adenosina na fase fetal e neonatal foi demonstrada ter como conseqüência o retardo no desenvolvimento global dos animais, bem como, ventriculomegalia e perda de massa cerebral branca. Esta informação levanta a questão da suscetibilidade do cérebro imaturo a certas drogas, tais como a cafeína. A cafeína é uma metilxantina com efeitos estimulantes, a qual exibe como base para seus efeitos o bloqueio inespecífico dos receptores de adenosina. No presente estudo, avaliou-se o efeito da administração de cafeína em diversos parâmetros. A administração aguda de cafeína, mas não a crônica, em ratos adultos foi capaz de alterar significativamente as atividades de hidrólise de ATP no hipocampo e de ADP no estriado. Este resultado poderia estar relacionado com a capacidade plástica do sistema adenosinérgico em restabelecer seu tônus em ratos adultos tratados cronicamente com cafeína. Além disto, verificou-se que a ação direta da cafeína afetou a produção de adenosina. A administração crônica de cafeína na água de beber de ratas mães durante a fase gestacional e lactacional alterou o padrão de hiperlocomoção induzido por MK-801, um antagonista de receptores NMDA glutamatérgicos, nos ratos filhotes aos 21 dias de vida, mesmo quando o acesso a cafeína foi retirado sete dias antes do teste. Além disto, o mesmo tratamento não alterou o limiar de dor de filhotes aos 14 e 50 dias de vida, bem como a analgesia induzida nestes animais aos 50 dias. Entretanto, quando os animais ainda recebiam cafeína no dia do teste, foi observado efeito analgésico somente nos ratos de 14 dias. A análise dos efeitos do tratamento sobre a degradação de acetilcolina e sobre a degradação de nucleotídeos em hipocampo de ratos jovens demonstrou que ambas as atividades foram alteradas. O conjunto de resultados desta tese indica que a intervenção no sistema adenosinérgico durante as fases gestacional e neonatal é capaz de desenvolver adaptações, provavelmente relacionadas ao aumento da expressão de receptores para adenosina, na tentativa de restabelecer o controle modulador adenosinérgico, considerada a importância dos sistemas avaliados para a manutenção do organismo.

Glicoesfingolipídios (GSL) são constituintes da membrana plasmática e possuem bases de cadeia longa (bases esfingóides) como componente estrutural lipídico. Açúcares podem ser adicionados à ceramida sintetizada de novo (rota 1), sintetizada pela reciclagem da esfingosina (rota 2) e em GSL reciclados através do Golgi (rota 3). A serina palmitoiltransferase (SPT) é a enzima marca-passo e catalisa o primeiro passo na biossíntese de novo destes componentes. A linhagem celular GRX, representativa das células estreladas hepáticas, expressa o fenótipo miofibroblástico e pode ser induzida in vitro a adquirir o fenótipo lipocítico. Ambos fenótipos possuem gangliosídios da série-a (GM2, GM1 e GD1a) bem como o seu precursor GM3, que são expressos como doublets em HPTLC (bandas 1 e 2, respectivamente). Para o estudo da biossíntese dos GSL neste modelo biológico, foram determinadas as condições ideais para a atividade da SPT, e foi avaliada sua atividade na fração microssomal nos dois fenótipos. Também foi determinada a contribuição de cada rota de biossíntese para as duplas bandas. As células foram pré-incubadas com 5mM de -cloroalanina (inibidor da SPT) ou com 25M de fumonisina B1 (inibidor da ceramida sintase) e então, [U-14C]galactose foi adicionada no meio de cultura na presença contínua dos inibidores. Culturas controles (sem inibidores) foram realizadas simultaneamente. Os lipídios foram extraídos, os gangliosídios purificados em colunas Sep-Pack C18 e analisados por HPTLC, a qual foi revelada por auto-radiografia e após, submetida à análise densitométrica. Em ambos fenótipos, a síntese de novo, a reciclagem da esfingosina e a reciclagem pelo Golgi contribuem com a biossíntese dos GSL No miofibroblasto, os doublets dos gangliosídios complexos (GD1a e GM1) são, principalmente, sintetizados pelas rotas de reciclagem; enquanto as bandas do GM2 e do GM3 têm uma participação importante da síntese de novo. No lipócito, as rotas de reciclagem são as mais importantes. Contudo, no lipócito, ambas bandas do GM2 e a banda 2 do GM3 apresentam considerável síntese pela rota de novo. Esta rota tem uma contribuição menor no lipócito do que no miofibroblasto, o que está de acordo com os níveis da atividade da SPT detectados nestes fenótipos. Isto sugere que os fenótipos miofibroblasto e lipócito utilizam pools de ceramida distintos para a síntese de seus GSL e que apresentam importantes diferenças entre as rotas biossintéticas, o que pode se refletir no seu comportamento celular.

Salmonella enterica serovar Enteritidis (S. Enteritidis) es un bacilo Gram negativo, perteneciente a la familia Enterobacteriaceae que infecta una gran variedad de hospederos, incluyendo aves de corral, roedores (ratones) y humanos. S. Enteritidis es un patógeno intracelular facultativo, capaz de invadir células epiteliales y generar una enfermedad sistémica en aves y ratones, mientras que en el hombre provoca un cuadro de enterocolitis con diarrea, fiebre y dolor abdominal. La transmisión de la bacteria al humano ocurre principalmente a través del consumo de huevos contaminados. Por su parte, la contaminación de los huevos puede ocurrir por vía transovárica (vertical) o a través de la cáscara (horizontal). En la actualidad, S. Enteritidis representa la causa mayoritaria de salmonelosis asociada a alimentos a nivel mundial y es el serovar de Salmonella aislado con mayor frecuencia en Chile. Este problema se ha tratado de abordar mediante el diseño de vacunas para aves de postura, ya sea utilizando mutantes vivas atenuadas o bacterias muertas por agentes químicos o calor. En las primeras se ha obtenido una menor colonización intestinal, en tanto que bacterias muertas no han tenido efecto alguno sobre la liberación del patógeno en las deposiciones, lo cual no es suficientemente eficaz para interferir en la transmisión del patógeno. Los mecanismos moleculares de patogenicidad utilizados por Salmonella enterica involucran una gran cantidad de genes, generalmente agrupados en regiones denominadas islas genómicas. Éstas pueden contribuir directamente a la virulencia del patógeno (islas de patogenicidad) u otorgar nuevas características que le permitan cursar un ciclo infectivo exitoso. Se piensa que existe similitud entre los mecanismos de patogenicidad utilizados por S. Enteritidis en aves y roedores y los utilizados por S. Typhimurium para causar una enfermedad sistémica en el ratón. No obstante, el papel que cumplenmuchas de las islas genómicas y de patogenicidad de S. Enteritidis en virulencia sigue siendo desconocido. Este desconocimiento, sumado a la aparición de cepas resistentes a los antibióticos empleados en el tratamiento de la enfermedad, determina que aún no se cuente con una vacuna eficaz. Considerando los antecedentes mencionados, en el presente proyecto se propuso identificar genes codificados en islas genómicas de S. Enteritidis que participaran en virulencia. Para ello se realizó un análisis global de cepas mutantes que presentaron deficiencias en la colonización de órganos internos de ratón mediante hibridaciones en un “microarreglo” genómico diseñado para Salmonella y una posterior confirmación del fenotipo por análisis de mutantes con deleciones específicas de los genes previamente identificados. Como resultado de este trabajo, se identificaron genes necesarios para la colonización de hígado y bazo en ratones BALB/c. Algunos de ellos se encontraron en islas genómicas pertenecientes a S. Enteritidis. Dentro de este grupo, existen genes que no han sido relacionados previamente con la virulencia del patógeno, como genes que codifican: un sistema de restricción y modificación de tipo I, los componentes de una fimbria no descrita en la literatura e islas genómicas que podrían codificar factores de virulencia hipotéticos. También se encontraron genes individuales y otros codificados en islas de patogenicidad conservados entre los distintos serovares de Salmonella. El análisis global de genes involucrados en la enfermedad sistémica realizada en esta tesis, permitió identificar genes o regiones genómicas específicas de S. Enteritidis que participarían en virulencia. Estos resultados ayudarán a detectar nuevos blancos para el potencial desarrollo de vacunas.

O alelo mutante termo-condicionalmente letal pso4-1 do gene PRP19, que codifica uma proteína associada ao spliceossoma, permitiu investigar a influência deste gene no processamento de pré-mRNA, reparação do DNA e esporulação. Fenótipos relacionados a genes portadores de introns foram correlacionados à temperatura. Sistemas repórteres para processamento de pré-mRNA e RT-PCR mostraram que eficiência de processamento de mRNA no mutante pso4-1 é inversamente correlacionada com a temperatura de crescimento. Uma mutação pontual, substituindo uma leucina por uma serina foi identificada dentro da região codificadora N-terminal do alelo Pso4-1 e afeta as propriedades bioquímicas de Pso4-1p. Entre 24 clones isolados utilizando o sistema doishíbridos, 7 foram identificados como partes dos genes RAD2, RLF2 e DBR1. RAD2 codifica uma endonuclease indispensável para a via reparação por excisão de nucleotídeos (NER), RLF2 codifica a subunidade maior do fator de montagem da cromatina I, cuja deleção resulta em sinsibilidade à radiação UVC, enquanto que DBR1 codifica uma enzima que atua sobre substratos de RNA na forma lariat, degradando estruturas lariat em introns durante o processamento de mRNA. A caracterização dos fenótipos após tratamentos com mutágenos em linhagens mutantes simples e duplos de rad2∆, rlf2∆ e pso4-1 mostraram sensibilidade aumentada para para mutantes rad2∆/pso4-1 e rlf2∆/pso4-1, sugerindo uma interferência funcional destas proteínas no processo dereparação do DNA em Saccharomyces cerevisiae. O mecanismo exato de reparação de pontes inter-cadeia (ICL) em S. cerevisiae não é ainda totalmente conhecido. Identificando novos fenótipos e isolando proteínas potencialmente capazes de interagir com Pso2p através da técnica do sistema dois-híbridos, foi possível extender a caracterização deste gene específica para reparação de pontes intercadeia. Tratamentos com acetaldeído (ACA), um metabólito natural da via glicolítica, foi mais tóxico a linhagem mutante pso2 em comparação com a linhagem selvagem e também capaz de induzir a expressão da fusão contendo o promotor de PSO2 à lacZ (PSO2-lacZ) por um fator comparável à tratamentos com outros agentes indutores de ICLs, indicando que o metabólito natural ACA pode causar danos do tipo ICL em S. cerevisiae. A utilização do sistema dois-híbridos permitiu isolar partes de proteínas codificadas por nove diferentes genes, entre eles a proteína quinase Pak1p, um supressor de mutações termosensíveis da DNA Polimerase alfa. Pak1p interage com a extremidade C-terminal conservada de Pso2p, uma região da proteína recentemente nomeada β-CASP entre v ortólogos conhecidos do gene PSO2. A integridade do domínio β-CASP é essencial para a reparaçãode DNA proficiente como demonstrado em ensaios de complementação com mutantes pso2 ∆. Comparação da sobrevivência após tratamento com agentes mutagênicos de simples mutantes pso2 ∆ e pak1 ∆ assim com o dulpo mutante pso2 ∆/pak1 ∆ revelaram que o gene PAK1 é necessário para reparação do DNA proficiente como na linhagem selvagem. A interação epistática dos dois alelos mutantes na linhagem duplo mutante sugere que Pak1p atua na mesma via de reparação a qual PSO2 pertence e que PAK1 constitui um novo locus envolvido na reparação do DNA em S. cerevisiae.

(João Quevedo - Estudo do Processamento das Memórias de Curta e Longa Duração) - Este trabalho apresenta a compilação dos 4 principais experimentos carreados ao longo de 1999-2002: 3 deles envolvem o modelo animal e um quarto utilizase de voluntários humanos. Entretanto, o uso desses diferentes paradigmas não prejudica a unidade do conjunto. O Capítulo 1 apresenta sucintamente o marco teórico dos 4 trabalhos. Inicialmente são discutidos aspectos modulatórios da consolidação da memória. Após, alguns elementos da bioquímica da consolidação da memória são apresentados no intuito de permitir establecer um entendimento das vias da PKA e da MAPK e suas correlações com a via final comum – a síntese protéica. Adicionalmente, a dissociação STM e LTM é discutida a partir do referencial farmacológico. Uma última unidade apresenta conceitos primitivos do papel da amígdala na modulação da memória e das evidências da implicação das emoções, via amígdala, na modulação da memória em humanos. Os experimentos utilizando a esquiva inibitória como paradigma e o rato como sujeito ocupam os Capítulos 2, 3 e 4. No Capítulo 2 é apresentado um corpo de resultados que permite observar uma dissecção farmacológica da STM e LTM. Os dados demonstram um envolvimento de fenômenos dependentes de PKA em ambas STM e LTM, dependentes de MAPK apenas na STM, e dependentes de síntese protéica apenas na LTM. O Capítulo 3 apresenta um trabalho realizado em colaboração com o Prof. Steven P. R. Rose (Open University, UK), que envolve a determinação dos momentos sensíveis à inibição da síntese protéica na consolidação da LTM. Foram observados dois momentos: um inicial, junto ao treino, e um tardio apos 3h. Além disso, foi possível demonstrar que um treino prévio de baixa intensidade, mas não a pré-exposição ao aparato, pode impedir o estabelecimento de amnésia induzida pelo bloqueio da síntese protéica. O Capítulo 4 estende os achados com anisomicina observados no Capítulo 3, estudando também o inibidor da PKA, Rp-cAMPs, e o inibidor da MAPKK, PD 098059. Os dados obtidos confirmam também para essas cascatas a indução em um treino prévio de baixa intensidade de algum fenômeno celular de longa duração que torna o aprendizado de um segundo treino independente de PKA, MAPK ou síntese protéica. O estudo da dissociação da STM e LTM foi ampliado, agora no modelo humano, no experimento descrito no Capítulo 6. Nesse experimento, observamos uma clara influência do conteúdo emocional na LTM, mas a ausência desse efeito na STM. A discussão geral (Capítulo 7) busca integrar esses achados descritos nos capítulos anteriores dentro da nova perspectiva molecular da neurobiologia da memória. Além disso, abre discussão acerca de possíveis novas possibilidades de pesquisa.

Durante a análise investigativa, duas temáticas foram ressaltadas: tema e projetos. Ambos, em sua maioria, foram propostos pelos alunos do programa de pós-graduação em Bioquímica. Todos os professores envolvidos nos projetos afirmaram que estes trouxeram benefícios importantes, não só para suas disciplinas, como também para o processo de ensino-aprendizagem. É muito importante ressaltar que dos projetos analisados nove foram incorporados às disciplinas de graduação, sendo que um deles gerou uma nova disciplina. É importante destacar que tanto nas atividades teóricas, práticas, e teórico-práticas, ocorreram alterações de natureza metodológica e de conteúdos. A continuidade da disciplina Prática de Ensino em Bioquímica, é de suma importância para a construção pedagógica e aperfeiçoamento de docentes do ensino superior. Este processo é de importância relevante, uma vez que os alunos do programa de pós-graduação, ao concluírem seus cursos, encontram-se geralmente muito distanciados da realidade de ensino-aprendizagem da graduação. / This investigation showed that post graduation students were the main responsible for the elaboration and implemantation of their teaching projects. All teachers responsible for graduation disciplines where the projects were implemented recognized that all projects brought some benefit to their students and to their disciplines of graduation, mainly in the teaching/learning process. The results obtained with practical and theoretical classes were mainly due to the new methodogy and knowledge by the post graduation students. It is important to emphasize that 30% of the projects were incorporated to the graduation disciplines, and one of them generated a new discipline. These results lead all teachers to emphasize the importance of maintain and improve this sort of probation for post graduation students on disciplines of graduation.

LIMA, Karine Thiers Leitão. Polimorfismos do gene da plastoquinol oxidase (PTOX) em ecotipos de Arabidopsis thaliana (projeto 1001 genomas): correlações de expressão gênica e de variantes estruturais da proteína com a distribuição geográfica dos ecotipos. 2017. 110 f. Dissertação (Mestrado em Bioquímica)-Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2017. / Submitted by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2017-03-28T19:52:31Z No. of bitstreams: 1 2017_dis_ktllima.pdf: 4068096 bytes, checksum: f6b3738f233a7c99cf008ea14382bf0d (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2017-03-28T19:56:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_dis_ktllima.pdf: 4068096 bytes, checksum: f6b3738f233a7c99cf008ea14382bf0d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-28T19:56:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_dis_ktllima.pdf: 4068096 bytes, checksum: f6b3738f233a7c99cf008ea14382bf0d (MD5) Previous issue date: 2017 / Arabidopsis thaliana was the first plant to have its entirely genome sequenced and fits as the main model for plant studies. In addition, it inhabits several environments making it an interesting target to investigate genetic variations, such as polymorphisms. The study of DNA polymorphisms is important for research because it helps to identify and develop specific molecular markers. The single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the main types of polymorphisms explored and once identified are used to understand the adaptation and evolution of species, in addition contribute to the improvement of a particular cultivar. Plastoquinol oxidase (PTOX) is an oxidoreductase that acts on the stress response in plants. Thus, investigating the SNPs in this gene in A. thaliana may contribute to the discovery of molecular markers and suggests it as a possible target gene for plant breeding. The aim of this study was to identify the SNPs in the PTOX gene of 1190 accessions of A. thaliana, to predict the three-dimensional structures for the main polymorphisms, to analyze the gene expression in several conditions and to correlate them with the environment. We collected the genomic data and annotated the PTOX gene manually. And using the Columbia-0 ecotype as a reference all non-synonymous SNPs were identified. The coordinates of the accessions were used to classify the climate, rainfall and geographical morphology. The three-dimensional structure was predicted by the servers PHYRE2, I-TASSER and Modeller 9.16; and the polymorphic structural variants were performed by the PyMOL mutagenesis tool. The structures were submitted to molecular docking by the DockThor server. Gene expression was performed by TopHat software. In the bioinformatics analyzes 32 SNPs were found, of which 16 were non-synonyms and of these 11 changed to a different class amino acid. The amino acids from positions 13, 78, 81 and 323 were those with the highest mutation rate of all: 40%, 31%, 31% and 49%, respectively, and were found associated with rainfall and light intensity. The modified structure at position 323 seems favors a stronger interaction of the enzyme with the substrate, plastoquinol, than Columbia-0. For expression data the PTOX gene is constitutively expressed under normal conditions and induced under stress conditions, especially those involving light intensity. We concluded that the changes (SNPs) in the PTOX gene sequence suggest to be related to the environmental adaptation, that is, this influences the selection of mutant genotypes. / Arabidopsis thaliana foi a primeira planta a ter seu genoma inteiramente sequenciado e se encaixa como principal modelo para estudos de plantas. Além disso, habita vários ambientes tornando-se um alvo interessante para investigar variações genéticas, como os polimorfismos. Esse estudo de polimorfismos no DNA é importante para a pesquisa, pois ajuda a identificar e desenvolver marcadores moleculares específicos. Aqueles polimorfismos de um único nucleotídeo (SNPs) são os principais tipos de polimorfismos explorados e uma vez identificados são utilizados para compreender a adaptação e evolução da espécie, além de contribuir no melhoramento de determinado cultivar. A plastoquinol oxidase (PTOX) é uma oxidoredutase que atua na resposta ao estresse em plantas. Dessa forma, investigar os SNPs nesse gene em A. thaliana podem contribuir para descoberta de marcadores moleculares e indicá-lo como possível gene alvo para melhoramento em plantas. O objetivo deste estudo foi identificar os SNPs no gene PTOX de 1190 acessos de A. thaliana, prever as estruturas tridimensionais para os principais polimorfismos, analisar a expressão gênica em diversas condições e correlacioná-los com o ambiente. Coletamos os dados genômicos e anotamos o gene da PTOX manualmente, tomando como referência o ecotipo Columbia-0. Em seguida, todos os SNPs não-sinônimos foram identificados. As coordenadas dos acessos foram utilizadas para classificar o clima, a pluviosidade e a morfologia geográfica. A estrutura tridimensional foi predita pelo servidor PHYRE2, I-TASSER e Modeller 9.16; e as variantes estruturais polimórficas foram realizadas pela ferramenta mutagênese do PyMOL. As escolhidas foram submetidas ao “docking” molecular pelo servidor DockThor. A expressão gênica foi realizada pelo software TopHat. Nas análises de bioinformática 32 SNPs foram encontrados, dentre estes 16 foram não-sinônimos e destes 11 acarretaram a mudança para um aminoácido de classe diferente. Os aminoácidos das posições 13, 78, 81 e 323 foram aqueles que apresentaram maior taxa de mutação de todos: 40%, 31%, 31% e 49%, respectivamente, e apresentaram associação com a pluviosidade e a intensidade da luz. A estrutura modificada na posição 323 parece favorecer uma interação mais forte da enzima com o substrato, o plastoquinol, do que Columbia-0. Para os dados de expressão o gene da PTOX é expresso constitutivamente em condições normais e induzido em condições de estresse, especialmente aquelas que envolvem intensidade de luz. Concluímos que as mudanças (SNPs) na sequência do gene da PTOX sugerem estar relacionadas com a adaptação ambiental, ou seja, esta influencia a seleção de genótipos mutantes.

CARVALHO, A. C. Efeito do tratamento com antirretrovirais em pacientes portadores de HIV nos parâmetros hematológicos e bioquímicos. 2014. 94 f. Dissertação (Mestrado em Farmacologia) - Faculdade de Farmácia, Odontologia e Enfermagem, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014. / Submitted by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2017-02-06T13:53:46Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_accarvalho.pdf: 1260853 bytes, checksum: 0bde0f95a2de7aff254255a5df290bf8 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2017-02-06T13:53:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_accarvalho.pdf: 1260853 bytes, checksum: 0bde0f95a2de7aff254255a5df290bf8 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-06T13:53:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_accarvalho.pdf: 1260853 bytes, checksum: 0bde0f95a2de7aff254255a5df290bf8 (MD5) Previous issue date: 2014-11-18 / The combined treatment of Acquired Immunodeficiency Syndrome has the function of combating HIV replication in individuals who have developed AIDS, reestablishing immunocompetence, but can also cause harmful effects to the human body. The aim of this study was to verify the occurrence of hematological and biochemical alterations in patients with HIV / AIDS using antiretrovirals. The cross-sectional, observational, analytical study model was used. The sample consisted of 200 (two hundred) patients attended at a referral hospital in the Teresina-PI contagious diseases. This hospital has an agreement with the Central Laboratory of Piauí (LACEN-PI). The study participants were divided into 4 (four) groups, one control group of non-drug patients and three experimental groups using different combination treatments. Data collection was performed through a questionnaire, laboratory tests and a drug control system. The Kolmogorov-Smirnov tests were applied to verify the normal distribution of the data. The Wilkis test was used to verify the distribution of changes in the exams between the groups, the Tukey test, the Wilkis test and the Mann-Whitney test to detect significant differences between the groups. For the indexes that do not have normal distribution the analysis was done through the Kruskal-Wallis non-parametric test. The level of minimum significance adopted for all tests will be 5% (p <0.05). The statistical program used was SPSS (version 13.0). The study was conducted according to the regulatory criteria specified in Resolution of the National Health Council 466/12. A sociodemographic profile was made up of people aged between 30 and 40 (37.8%), male (59%), single (50.8%), brown (46.2%) and teaching (22.1%). Group 01 was formed by patients who did not initiate antiretroviral therapy; Group 2 who used Zidovudine, Lamivudine and Efavirenz; Group 03 used Zidovudine, Lamivudine and combination of lopivanir and ritonavir; And Group 04 used other medications. The results showed significant differences in the biochemical profile of Group 2, the only group that does not have protease inhibitors and has no nucleosides, with a reduction in HDL. Groups 3 and 4 presented alterations only in non-normal distribution indices, such as triglycerides, VLDL and total bilirubin. It was concluded that the major alterations were in relation to the hematological profile, similar for the three experimental groups, with alterations (p <0.05) in the erythrocyte exams in millions / mL, vol. Glob. Average in u3, Hem. Glob. Average in uug and C.H. Glob. Mean in%, detecting a picture of microcytosis and hyperchromia. / O tratamento combinado da Síndrome da Imunodeficiência Adquirida possui a função de combater a replicação do HIV em indivíduos que desenvolveram a AIDS, reestabelecendo a imunocompetência, mas também, pode ocasionar efeitos adversos nocivos ao organismo humano. O objetivo desta pesquisa consistiu em verificar a ocorrência de alterações hematológicas e bioquímicas em pacientes portadores de HIV/AIDS em uso de antirretrovirais. Utilizou-se o modelo de estudo analítico, observacional, de corte transversal, cuja amostra foi constituída por 200 (duzentos) pacientes atendidos em um hospital de referência em doenças contagiosas de Teresina-PI, hospital este que possui convênio com o Laboratório Central do Piauí (LACEN-PI). Os participantes da pesquisa foram divididos em 4 (quatro) grupos, sendo um grupo controle de pacientes que não fazem uso de medicamentos e três grupos experimentais que usam diferentes tratamentos combinados. A coleta de dados foi realizada por meio de questionário, exames laboratoriais e sistema de controle de medicamentos. Aplicou-se os testes de Kolmogorov-Smirnov para verificação da distribuição normal dos dados. O teste de Wilkis para verificar a distribuição de alterações nos exames entre os grupos, o teste de Tukey, confirmatório das análises de Wilkis e o teste Mann-Whitney para detectar as diferenças significativas entre cada grupo. Para os índices que não possuem distribuição normal a analise foi feita através do teste não paramétrico de Kruskal- Wallis. O nível de significância mínimo adotado para todos os testes será de 5% (p<0,05). O programa Estatístico utilizado foi SPSS (versão 13.0). O estudo foi conduzido de acordo com os critérios regulatórios especificados na Resolução do Conselho Nacional de Saúde 466/12. Identificou-se um perfil sociodemográfico composto por pessoas na faixa etária de 30 a 40 anos (37,8%), sexo masculino (59%), solteiros (50,8%), raça parda (46,2%) e com ensino médio (22,1%). O Grupo 01 foi formado por pacientes que não iniciaram terapia antirretroviral; o Grupo 02 que utilizavam Zidovudina, Lamivudina e Efavirenz; o Grupo 03 utilizava Zidovudina, Lamivudina e combinação de lopivanir e ritonavir; e o Grupo 04 fazia uso de outros medicamentos. Os resultados demonstraram diferenças significativas no perfil bioquímico do Grupo 2, único grupo que não possui inibidores de protease e possui não nucleosídeos, com ocorrência de redução do HDL. Os Grupos 3 e 4 apresentaram alterações apenas nos índices de distribuição não normal, como triglicerídeos, VLDL e bilirrubina total. Concluiu-se que as maiores alterações foram em relação ao perfil hematológico, semelhantes para os três grupos experimentais, com alterações (p<0,05) nos exames de hemácias em milhões/mL, vol. Glob. Média em u3, Hem. Glob. Média em uug e C.H. Glob. Média em %, detectando-se um quadro de microcitose e hipercromia.