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University, Diss., 2006--Würzburg. / Erscheinungsjahr an der Haupttitelstelle: 2005.

Würzburg, Univ., Diss., 2001. / Erscheinungsjahr an der Haupttitelstelle: 2001

Objective: Describe the prevalence of Bordetella pertussis via PCR in children under 5 years old hospitalized as probable cases of pertussis and report the most common clinical features among them. Results: A positive PCR result for B. pertussis was observed in 20.5% of our samples (18/88), one-third of them were from infants between 2 and 3 months old. The most common symptoms were paroxysms of coughing (88.9%), difficulty breathing (72.2%), cyanosis (77.8%) and fever (50%). The mother was the most common symptomatic carrier (27.8%), followed by uncles/aunts (22.2%) among children with pertussis. / This work was supported by fourth research incentive of the Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas (UPC), Lima‑Peru. / Revisión por pares

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / El objetivo de este estudio fue implementar una protocolo de diagnóstico para Bordetella spp a través de la detección del gen flaA, que codifica la proteína estructural flagelina, mediante la reacción en cadena de la polimerasa semianidada. Para esto se diseñaron 3 partidores in silico mediante el uso del programa OligoPerfect™, los cuales fueron posteriormente sintetizados por la empresa BIOSCAN. Utilizando como muestras tres cepas de Bordetella bronchiseptica, se obtuvieron los fragmentos de los tamaños esperados (362 pb y 170 pb) y, tras la secuenciación del fragmento de 362 pb, se determinó un porcentaje de identidad nucleotídica del 95% respecto al dato oficial registrado en GenBank, a través del programa Clustal Ω . Este valor fue corroborado al ingresar la misma secuencia al programa online BLAST, el cual también entregó un porcentaje de identidad nucleotídica del 95% respecto al gen de la proteína flagelina de Bordetella spp / The objective of this study was to implement a diagnostic protocol for Bordetella spp, by the chain reaction of the semi-nested polymerase, through the detection of the flaA gene, which encodes the structural protein flagellin. For this, 3 in silico primers were designed through the use of the OligoPerfect ™ program, which were later synthesized by the BIOSCAN company. Using three strains of Bordetella bronchiseptica as samples, fragments of the expected sizes were obtained (362 bp and 170 bp) and, after the sequencing of the larger amplicon, a percentage of 95% nucleotide identity was determined with respect to the official data registered in GenBank, through the Clustal Ω program. This value was corroborated when entering the same sequence to the BLAST online program, which also delivered a 95% nucleotide identity percentage with respect to the flagellin protein gene of Bordetella spp

Made available in DSpace on 2016-03-28T12:41:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 diego_cambuy_ioc_mest_2014.pdf: 2689625 bytes, checksum: 9a0d86cf1fe73771c946b0bd687aec4b (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-04-14 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A coqueluche, ou pertússis, é uma doença do trato respiratório causada principalmente pela bactéria Bordetella pertussis. Após 50 anos de vacinação, pertussis reemergiu, passando a ser a doença imunoprevinível mais frequente mesmo em países desenvolvidos. Várias são as hipóteses para a reemergência de pertússis, uma delas é a adaptação do patógeno frente à vacinação. Linhagens contemporâneas de B. pertussis diferem de linhagens do período pré-vacinal, especialmente em genes codificadores de proteínas usadas na produção de vacinas acelular. Esta re-emergência também tem sido observada no Brasil, assim, realizamos a caracterização genética por MLST baseado nesses genes, de 26 isolados B. pertussis de surtos de três regiões brasileiras (Norte, Sul e Nordeste). Foram identificados dois perfis alélicos, em 24 isolados: prn2-ptxS1A-fim3B-ptxP3, de surtos (2008-2013) de Alagoas, Pernambuco e Rio Grande do Sul - e o perfil prn2-ptxS1A-fim3A-ptxP3 , em dois isolados de Pará/2004. Análises filogenéticas agruparam esses perfis com isolados do período pós vacinal de outras partes do globo. Deste conjunto, três do perfil mais frequente e um do perfil menos frequente, tiveram seus genomas sequenciados na plataforma GS 454 Junior. A comparação desses genomas com outros genomas de B. pertussis disponíveis em dados públicos não identificou SNPs ou genes únicos que caracterizassem os isolados do Brasil Este estudo desenvolveu uma metodologia que permitiu definir a posição da IS481 nos genomas, e uma delas corresponde a um gene relacionado a regulação da transcrição da família MarR, Análise filogenômica, baseada em 826 SNPs, demonstrou que os isolados recentes do Brasil da linhagem pandêmica que presente em todos os continentes, exceto a África. Foi observado também que as relações filogenéticas inferidas pelo MLST são semelhantes àquelas inferidas quando se utiliza o genoma completo, isso denota a pressão seletiva sobre esses genes. Sendo assim, a cepa utilizada na produção da vacina no Brasil, que apresenta o perfil alélico prn1-ptxS1D - fim3A-ptxP2, pode não ser capaz de gerar uma resposta imune protetora frente às linhagens circulantes no país. Este estudo traz, pela primeira vez, informações genéticas e genômicas de isolados de B. pertussis do Brasil, país que apresenta cobertura vacinal bastante heterogênea, que utiliza, oficialmente, a vacina celular, mas que, também, aplica a vacina acelular. As informações reveladas neste estudo podem auxiliar a tomada de ações para o controle de pertússis no Brasil, além do conhecimento sobre epidemiologia e evolução de B. pertussis / Pertussis more commonly referred as whooping cough is respiratory tract disease mainly caused by the bacteria B. pertussis. After 50 years of vaccination pert ussis remerged, becoming the most frequent vaccine preventable disease in developed countries. Many hypotheses have been proposed for the re - emergence of pertussis, one being the pathogen adaptation in a vaccinated environment. Current pertussis strains ar e different than those from the prevaccination era, especially in genes that code for proteins used in acelluar pertussis vaccines. This re - emergence is also observed in Brazil, therefore we characterized 26 isolates from 3 regions of Brazil (North,South,N ortheast) using an MLST approach based on these genes. We identified two allelic profiles, 24 isolates from the states of Rio Grande do Sul (2008 - 2009), Alagoas (2008 - 2009), Pernambuco (2013) and Pará (2004) presented the prn2 - ptxS1A - fim3B - ptxP3 allelic pr ofile, while 2 isolates from Pará (2004) presented the prn2 - ptxS1A - fim3A - ptxP3 allelic profile. Phylogenetic analysis branch these two allelic profiles along with other post vaccination isolates around the globe. Four isolates, three from the dominant prof ile and one from the less frequent profile, had their genomes completed sequenced on the GS 454 Junior Platform. We compared these genomes with others available in public databases and no SNP or unique genes were identified in the Brazilian genomes. This s tudy also developed a methodology that identifies the location of the repetitive region IS481, and what genes it interrupted. One of them was the MarR transcriptional regulator gene. Phylogenomic analysis based on 826 SNPs revealed that Brazilian B. pertus sis lineages are part of the current pandemic linage present in all continents, except Africa. We also observed that phylogenomic relationships are similar to MLST’s. Therefore, strain used for pertussis vaccine in Brazil, that presents the prn1 - ptxS1D - f im3A - ptxP2 allelic profile, might not be able to induce immune response to the current linage circulating in the country. This is the first study with genetic and genomic informations of B. pertussis isolates in Brazil, which is a country with heterogeneou s vaccine coverage and mixed and has both cellular and acellular vaccine administrated to the population. Information brought with this study can help the decision making on the control of pertussis in Brazil and gives new insights on the epidemiology and evolution of B. pertussis

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Introdução: a coqueluche é uma doença causada pela Bordetella pertussis (BP), sendo mais frequente e grave em lactentes menores de um ano de idade. Com a introdução da vacina, houve redução na incidência mundial da doença, porém nos últimos 10 anos observa-se uma recrudescência. Pode apresentar-se de forma menos característica em lactentes, especialmente antes do final do esquema vacinal para o primeiro ano de vida. O quadro clínico, nesses pacientes, pode ser semelhante ao das infecções por vírus respiratórios (VR) que são os agentes etiológicos mais frequentes nas infecções de vias aéreas, nessa faixa etária. São necessários estudos que avaliem a importância da pesquisa de VR em lactentes com suspeita clínica de coqueluche. Objetivos: em lactentes com suspeita de coqueluche: identificar as prevalências de BP, VR e codetecções; analisar e comparar as características clínicas e a evolução, segundo a etiologia identificada e analisar o impacto do diagnóstico etiológico sobre o uso de macrolídeos. Métodos: estudo de coorte prospectivo, com crianças menores de um ano de idade, hospitalizadas com suspeita clínica de coqueluche entre junho de 2014 e junho de 2016 e submetidas à pesquisa etiológica para identificação de BP (\"swab\" de nasofaringe para cultura e/ou PCR) e pesquisa de VR (aspirado de nasofaringe para imunofluorescência indireta). Dados clínicos, demográficos e evolutivos foram coletados com o preenchimento de protocolo clínico-laboratorial padronizado. Resultados: no período de estudo foram analisados 59 lactentes. Em 18 (30,5%) houve identificação de BP, em 23 (39%) de algum vírus respiratório. Em quatro (7%), houve codetecção de BP e algum VR. O vírus mais frequentemente identificado foi o VSR (73%). As características com maior sensibilidade para o diagnóstico de infecção por BP foram tosse seguida de cianose e ser filho de mãe não vacinada com dTpa. Sibilos e desconforto respiratório apresentaram alta sensibilidade para a identificação de VR. Na análise bivariada apresentaram maior chance de infecção por BP: menor idade (OR = 1,86), ausência de febre (OR = 4,9), não ser vacinado para coqueluche (OR = 4,4), leucocitose superior a 20.000/mm3 (OR = 5,4), linfocitose superior a 10.000/mm3 (OR = 4,0) e de infecção por VR: sibilos (OR = 4,33). Após o ajuste para confundidores, os maiores preditores para BP de forma independente foram: ausência de sibilos (OR =5,7) e leucocitose superior a 20.000/mm3 (OR = 5,38). O número de pacientes com codetecção não permitiu a análise comparativa de gravidade com aqueles com agente único. Em apenas um paciente o resultado da pesquisa viral positiva resultou em suspensão de macrolídeo. Conclusão: além da BP, os VR também foram etiologias frequentes nos lactentes com suspeita clínica de coqueluche, além de casos de codetecção de BP e VR. Foram identificadas características clínicas/laboratoriais sugestivas, porém não patognomônicas das etiologias identificadas o que corrobora a necessidade da pesquisa etiológica para VR, nessa situação clínica / Introduction: Pertussis is a disease caused by Bordetella pertussis (BP), being more frequent and severe in infants less than one year old. After vaccine introduction, there was a reduction in the global incidence of the disease, but in the last ten years there was a resurgence. It may present less characteristically in infants, especially before the end of the vaccine scheme for the first year of life. The clinical picture in these patients may be similar to that of respiratory virus infections (VR), which are the most frequent etiologic agents in airway infections in this age group. Studies is necessary to evaluate the importance of RV research in infants with clinical suspicion of pertussis. Objectives: In infants with suspected pertussis: identify the prevalence of BP, VR and codetections; analyze and compare the clinical characteristics and evolution according to the identified etiology and analyze the impact of the etiological diagnosis on the use of macrolides. Methods: A prospective cohort study with children under one year of age hospitalized with suspected clinical pertussis between June 2014 and June 2016 and submitted to etiological research to identify BP (nasopharynx swab for culture and/or PCR) and VR (nasopharyngeal aspirate for indirect immunofluorescence). Clinical, demographic and evolution data were collected with the completion of a standardized clinical-laboratory protocol. Results: During the study period, 59 infants were analyzed. In 18 (30.5%) there was identification of BP, in 23 (39%) of some respiratory virus. In four (7%), there was BP detection and some RV. The virus most frequently identified was RSV (73%). The characteristics with greater sensitivity for the diagnosis of BP infection were cough followed by cyanosis and the mother\'s non-vaccinated dTpa. Wheezing and respiratory distress presented high sensitivity for RV identification. In the bivariate analysis they presented a greater chance of BP infection: lower age (OR = 1.86), absence of fever (OR = 4.9), not being vaccinated for pertussis (OR = 4.4), leukocytosis higher than 20,000/mm3 (OR = 5.4), lymphocytosis greater than 10,000/mm3 (OR = 4.0) and RV infection: wheezing (OR = 4.33). After adjustment for confounders, the largest predictors for BP independently were: no wheezing (OR = 5.7) and leukocytosis higher than 20,000/mm3 (OR = 5.38). The number of patients with codetection did not allow the comparative analysis of severity with those with single agent. In only one patient, the result of positive viral research resulted in macrolide suspension. Conclusion: In addition to BP, RVs were also frequent etiologies in infants with clinical suspicion of whooping cough, as well as cases of BP and VR codetection. Clinical/laboratory characteristics suggestive, but not pathognomonic, of the identified etiologies have been identified, which corroborates the need for etiological research for RV in this clinical situation

A Bordetella avium é o agente etiológico da bordetelose aviária, uma doença altamente contagiosa que afeta o trato respiratório superior das aves. B. avium adere-se preferencialmente às células do epitélio ciliado traqueal, promovendo inflamação e deformação da mucosa respiratória. As infecções do trato respiratório das aves resultam em grandes prejuízos para toda indústria avícola, desta forma, o presente estudo teve como objetivo a caracterização genotípica e de sensibilidade a antimicrobianos de isolados de B. avium provenientes de perus com histórico de aerossaculite. Dentre os 300 animais examinados, isolou-se B. avium de 13 aves e foram selecionadas 20 cepas do agente para os estudos posteriores. Através do antibiograma realizado pela técnica de disco difusão observou-se um alto número de cepas resistentes aos antimicrobianos beta lactâmicos (amoxacilina, ampicilina, penicilina e ceftiofur), assim como para lincomicina, sulfonamidas e combinação sulfonamidas/trimetoprima (cotrimoxazol) e uma grande heterogeneidade resultando em 15 perfis distintos. Os antimicrobianos com maiores níveis de sensibilidade foram o florfenicol, seguidos pelas quinolonas, doxiciclina e pelas tetraciclinas. Todas as cepas foram caracterizadas através da PFGE e do AFLP, apresentando 15 pulsotipos e 16 perfis genotípicos respectivamente. Os métodos fenotípicos e genotípicos apresentaram capacidade discriminatória semelhante e revelaram uma grande diversidade dentre os isolados analisados. / Bordetella avium is the etiologic agent of avian bordetellosis, a highly contagious disease that affects the upper respiratory tract of birds. B. avium adheres preferentially to ciliated tracheal epithelial cells, promoting inflammation and deformation of the respiratory mucosa. Infections of the respiratory tract of birds resulting in large losses for the entire poultry industry in this way, this study aimed to characterize genotypic and antimicrobial susceptibility of isolates of B. avium from turkeys with a history of Airsacculitis. Among the 300 animals examined, B. avium was isolated from 13 turkeys and 20 strains were selected for further studies. Through the antibiogram performed by disk diffusion technique was observed a high number of strains resistant to beta-lactamic antibiotics (amoxicillin, ampicillin, penicillin and ceftiofur), as well as, lincomycin, sulfonamides and sulfonamide combination/ trimethoprim (cotrimoxazole) and a high level of heterogeneity resulting in 15 different profiles. The antimicrobials with higher levels of sensitivity were florfenicol, followed by quinolones, doxycycline and tetracycline. All strains were characterized through to PFGE and AFLP, presenting 15 pulsotypes and 16 genetic profiles, respectively. Phenotypic and genotypic methods showed similar discriminatory capacity and presented a high diversity among isolates examined.