O objetivo do presente trabalho foi determinar a força de cisalhamento Warner-Bratzler do músculo Longissimus lumborum de animais zebuínos machos inteiros (Bos indicus) durante o período de maturação, nas faixas de pH final (pHf 48 horas post mortem) normal (pH entre 5,5 e 5,8) e anormal (pH entre 5,81 e 6,19) e temperaturas internas de cozimento. Concomitante com a avaliação de força de cisalhamento, foram avaliadas também a degradação da desmina e troponina T, o comprimento do sarcômero, o teor de colágeno total e solúvel, as temperaturas máximas de desnaturação das proteínas e a morfologia geral de agregação das fibras do músculo no cozimento. A degradação da desmina e troponina T foi maior no pHf normal, aparecendo produtos de degradação a partir do dia 7 nessa faixa de pHf. Não houve diferenças nos valores de comprimento do sarcômero, descartando-se assim, a contribuição desse parâmetro sobre a temperatura máxima de desnaturação (Tmáx) das proteínas, determinada utilizando calorímetro exploratório diferencial (DSC). Similarmente, não foram encontradas diferenças para os teores de colágeno total e solúvel, e os valores de colágeno total foram baixos, sugerindo que sua contribuição na segunda transição térmica e nos valores de força de cisalhamento foi mínima. As Tmáx1 e Tmáx2, correspondentes à desnaturação da meromiosina leve e pesada, respectivamente, foram menores no pHf normal, mas o efeito foi maior para a Tmáx2. A Tmáx3 da actina e titina aumentou até 14 dias post mortem na faixa de pHf normal, e posteriormente diminuiu significativamente após 21 dias, sugerindo possível degradação dessas proteínas nesse período de dias. Não foram encontradas diferenças nos valores de Tmáx no pHf anormal, em todos os dias post mortem, o que sugere a contribuição de um possível mecanismo de proteção que estabiliza as miofibrilas no aquecimento. Houve maior agregação das fibras do músculo no pHf normal nas temperaturas internas de cozimento de 65 e 80°C, provavelmente devido à maior desnaturação térmica das miofibrilas. Os valores de força de cisalhamento foram maiores com o aumento da temperatura interna de cozimento, devido ao aumento da desnaturação térmica das miofibrilas do músculo. Independente da temperatura interna de cozimento, os valores de força de cisalhamento foram altos em quase todos os dias post mortem para ambas as faixas de pHf, o que sugere a necessidade de utilizar métodos físicos ou químicos para aumentar a maciez do músculo Longissimus lumborum de animais zebuínos. / The aim of this work was to determine the Warner-Bratzler shear force of Longissimus lumborum muscle of Zebu bulls during ageing, at the normal (pH between 5.5 e 5.8) and abnormal (pH between 5.81 e 6.19) ultimate pH (pHu) groups (pH 48 hours post mortem) and internal temperatures of cooking. Concomitant with the Warner-Bratzler shear force evaluation, the degradation of desmin and troponin T, sarcomere length, total and soluble collagen content, maximum temperature of proteins denaturation, and aggregation of muscle fibers during cooking were also evaluated. The degradation of desmin and troponin T was higher in the normal pHu, appearing degradation products at day 7. There were no differences in the sarcomere length values, discarding the contribution of this parameter on the maximum temperature of proteins denaturation (Tmax) determined by differential scanning calorimeter (DSC). Similarly, no differences were found for total and soluble collagen contents, and the total collagen values were low, suggesting that its contribution in the second thermal transition and in the shear force values was minimal. The Tmax1 and Tmax2, corresponding to the denaturation of light and heavy meromyosin, respectively, were lower in the normal pHu group, but the effect was higher for Tmax2. The Tmax3 of actin and titin increased up to 14 days post mortem in the normal pHu group, which subsequently significantly decreased after 21 days, suggesting the possible degradation of these proteins in that period of time. No differences were found in the Tmax values for the abnormal pHu group at all days post mortem, suggesting the contribution of a possible protective mechanism that stabilizes the myofibrils during heating. There was higher aggregation of muscle fibers in the normal pHu, at internal temperatures of cooking of 65 and 80°C, probably due to a higher thermal denaturation of myofibrils. The shear force values were higher with the increase of the internal temperature of cooking due to the increased denaturation of the muscle myofibrils. Regardless of internal temperature of cooking, the shear force values were higher in almost all days post mortem for both pHu groups, which suggest the need of physical or chemical methods to increase the tenderness of Longissimus lumborum muscle of Zebu bulls.

O efeito da injeção do lactato de potássio associado ao uso de atmosfera modificada com alto oxigênio sobre músculos Longissimus lumborum de bovinos machos inteiros foi avaliado. Foram utilizados animais anelorados (com características fenotípicas de Nelore) com diferentes faixas de pH final (pHf - 48h post mortem). Foram coletados 18 músculos e divididos em 3 grupos, sendo eles: baixo (controle; 5,4 < pHf < 5,8), intermediário (5,81 < pHf < 6,3) e alto (pHf > 6,3). Na primeira etapa, foi injetada em cada músculo uma solução de lactato de potássio a 2,5%, em seguida foram cortados em bifes, embalados em atmosfera modificada contendo 80% de oxigênio e 20% de gás carbônico e estocados no escuro a 2 ± 1ºC durante 5 dias. Posteriormente, estes seguiram para um expositor refrigerado com iluminação e temperatura controlada (2 ± 1ºC), onde permaneceram por 9 dias, completando 14 dias de vida útil. Análises de composição gasosa, pH, composição centesimal, sensorial de odor, avaliação microbiológica, oxidação lipídica e cor instrumental foram realizadas nos dias: 0, 5, 8, 11 e 14. Os resultados estatísticos obtidos foram analisados pelo método de medidas repetidas no tempo e também utilizando análise não-paramétrica. A oxidação lipídica foi menor (P < 0,05) e apresentou maior estabilidade em músculos com pHf alto. Não houveram diferenças (P > 0,05) na análise sensorial de odor entre os grupos. A contagem microbiana permaneceu dentro dos limites aceitáveis para consumo humano. Os grupos de pHf intermediário e alto apresentaram uma maior (P < 0,05) estabilidade da cor (maiores valores de a*, croma e oximioglobina). Nas condições do presente estudo, a injeção do lactato de potássio associada à atmosfera com alto oxigênio atuou beneficamente na estabilidade da cor e vida útil de músculos de pHf intermediário e alto. Pode-se concluir que a injeção desta solução é uma alternativa viável para tornar a aparência de bifes provenientes de músculos L. lumborum mais atrativa para o consumidor por meio da estabilização da cor, sem prejudicar a vida útil mesmo nas condições de embalagem utilizadas. / The effect of potassium lactate enhancement in a high oxygen modified packaging on bulls\' Longissimus lumborum was studied. Zebu animals (with phenotypic characteristics of Nellore) animals with different range of ultimate pH (pHu - 48h post mortem) were used. Eighteen muscles were collected and segregated into three groups, wich were: low (control; 5.4 < pHu < 5.8), intermediate (5.81 < pHu < 6.3) and high (pHu > 6.3). In the first stage, a 2.5% potassium lactate solution was injected into each muscle, then they were cut into steaks, packaged in a modified atmosphere containing 80% oxygen and 20% carbon dioxide and stored in the dark at 2 ± 1ºC for 5 days. Later, they were displayed with light and controlled temperature (2 ± 1ºC), where remained for 9 days, completing 14 days of shelf life. Gas composition, pH, proximate analysis, odor sensory, microbiological evaluation, lipid oxidation and instrumental color analysis were performed on days: 0, 5, 8, 11 and 14. The statistical results were analyzed by the method of repeated measurements over time and also using non-parametric analysis. The lipid oxidation decreased (P < 0.05) and showed greater stability on high pHu treatment. There were no differences (P > 0.05) between the treatments on odor sensory analysis. Microbial counts remained within acceptable limits for human consumption. The intermediate and high pHu groups had a higher (P < 0.05) color stability (higher values of a*, chroma and oxymyoglobin). Under the conditions of this study, the potassium lactate enhancement associated with high oxygen atmosphere (Hi-Ox MAP) can be an alternative to increase color stability and shelf life of intermediate and high pHu muscles. It can be concluded that the injection of this solution is a viable alternative to make L. lumborum steaks appearance more attractive to the consumer through the color stabilization, without sacrificing shelf life even under packaging conditions used.

Este trabalho teve como objetivo comparar diferenças entre as progênies de touros representativos raça Nelore e de três grupos genéticos, Nelore, Angus x Nelore e Brahman x Nelore, quanto ao desempenho pós desmame e quanto às características de carcaça medidas in vivo por ultra-som. Foram selecionados 14 touros representativos da raça Nelore, dois da raça Aberdeen Angus e um touro Brahman. Estes touros foram acasalados com 400 vacas Nelore, que deram origem a uma progênie de 158 machos e 148 fêmeas. Os animais foram criados e recriados a pasto até os 19 meses de idade e, então, terminados em confinamento recebendo dieta com 14,2% de PB e 71,2% de NDT, numa relação volumoso:concentrado de 23:77. Durante a fase de recria foram realizadas três pesagens e uma medida de carcaça por ultra-sonografia, aos 483 dias de idade em média. A fase de terminação em confinamento compreendeu cinco pesagens, realizadas aproximadamente a cada 28 dias, e três medidas de carcaça por ultra-sonografia, sendo que os animais apresentavam as seguintes idades médias em cada avaliação: 570, 598 e 677 dias, respectivamente. As medidas tomadas foram: área de olho de lombo (AOL, no músculo Longissimus dorsi) e espessura de gordura subcutânea entre a 12ª e 13ª costela (EG) e na garupa (P8, sobre o músculo Biceps femoris). Os animais permaneceram confinados até atingirem aproximadamente 5 mm de espessura de gordura subcutânea medida entre as 12ª e 13ª costelas no músculo Longissimus dorsi, no caso, por 127 dias, entre os meses de julho e novembro de 2004. Os animais foram abatidos com 24 a 26 meses de idade. Após o abate, foram coletados medidas de peso da carcaça quente (PCQ) e rendimento de carcaça. O grupo genético com melhor desempenho pós-desmama foi o grupo Angus x Nelore, seguido de Brahman x Nelore e por fim os animais Nelore puros, sendo que os machos foram superiores às fêmeas. Entretanto, durante o período de terminação em confinamento, as fêmeas apresentaram ganho de peso semelhante aos machos castrados, porém tiveram taxas de ganho de músculo e gordura superiores, em conseqüência da sua maior taxa de maturação. Foram verificados maiores ganhos em AOL nos Angus x Nelore, mostrando a aptidão para produção de carne da raça taurina. As diferenças em ganhos de gordura foram pequenas, provavelmente devido à qualidade da dieta que não permitiu que todo o potencial genético para terminação fosse expressado. Quando o estudo se baseou somente na raça Nelore, foram verificadas diferenças nas características de crescimento pós-desmama e durante a terminação em confinamento, entre as progênies dos touros da raça Nelore, indicativas da existência da variabilidade genética, o que permitiria esperar uma resposta à seleção de animais para as mesmas. Entretanto não houve efeito de touro para velocidade de acabamento e crescimento muscular entre as progênies estudadas. / This work aimed to evaluate differences among sires selected to represent the Nellore breed and among three breed groups (Nellore, Angus x Nellore, Brahman x Nellore) as to their progenies’ post-weaning performance and carcass traits, measured by real time ultrasound. A total of 14, two and one sires of the Nellore, Angus and Brahman breeds, respectively, were mated to 400 Nellore cows, producing a progeny of 158 steers and 148 heifers. The animals were raised on pasture until 19 months of age, then finished in feedlot on a diet containing 14.2% crude protein and 71.2% TDN, with a roughage:concentrate ratio of 23:77. During the growing phase on pasture, the animals were weighed three times and scanned at 483 days of age for Longissimus muscle area (LMA), back fat thickness over the 12th - 13th ribs (backfat) and rump fat (P8 fat). During the finishing phase in feedlot, between July and November 2004, cattle were weighed every 28 days and scanned for LMA, backfat and P8 fat at 570, 598 and 677 days of age. The backfat thickness end-point (5 mm) was reached after 127 days on feed, Animals were slaughtered at 24 to 26 months of age. At slaughter, hot carcass weight and dressing percentage were measured. There were effects of breed group on performance during the growing phase. Angus-sired calves had better performance than Brahman-sire and Nellore-sired calves and Brahman x Nellore calves were superior to straight bred Nellore. Males had better performance than females. However, during the finishing phase, there was no sex effect on weight gain and females had greater muscle and fat gain rate than males, perhaps due to their greater maturity rate. Angus x Nellore animals had greater LMA, showing the meat producing ability of Bos taurus breeds. Breed differences as to backfat gains were slight. This was likely due to diet quality which didn’t allow the animals’ genetic potential to be fully expressed. Within the Nellore breed, post-weaning growth traits were different among the sires, indicating existence of genetic variability. Nevertheless, there were no effects of sire on backfat gain and muscle growth among the progenies studied.

Dados de desenvolvimento ponderal de 3.844 bovinos da raça Nelore, criados em pastagens em duas fazendas do sudoeste do Brasil, dos quais 1.889 tiveram suas carcaças avaliadas por ultra-sonografia e 674 foram confinados por 90 a 120 dias e abatidos por volta dos 24 meses de idade tiveram análises de associação com dezenas de marcadores genéticos realizadas, visando detectar a associação desses marcadores com características economicamente relevantes. Foram analisadas as características de crescimento, peso ao nascer (PNAS), peso a desmama (PDES), peso ao sobreano (PSOB), ganho de peso pós-desmama (GP345), escores visuais de conformação frigorífica (CONF), precocidade de acabamento (PREC), musculosidade (MUSC) e de carcaça área de olho de lombo medida por ultra-sonografia (AOL_US), espessuras de gorduras medida por ultra-som na região lombar (EGS_US) e na picanha (EGP8). Adicionalmente, foram analisadas as características medidas post-mortem, relacionadas a qualidade de carcaça, peso de carcaça quente (PCQ), área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura no músculo Longissimus dorsi (EGS) e as características ligadas à qualidade de carne, perdas por exsudação após 7, 14 ou 21 dias de maturação da carne (PEX7, PEX14, PEX21), perdas por cocção e maciez após os mesmos períodos de maturação (PCO7, PCO14 e PCO21, MAC7, MAC14 e MAC21), além de teor de lipídeos totais e colesterol em amostras após 7 dias de maturação. Os genótipos dos polimorfismos de base única (SNP) foram obtidos em laboratórios licenciados por empresa parceira, com uso de placas de micro-arranjos dessa empresa. Foram analisados os efeitos de substituição em análises de marcador único e multi-polimorfismos e os efeitos de aditividade e desvio de dominância de cada marcador genético. Vários dos polimorfismos de DNA analisados apresentaram ou fixação ou freqüências muito altas, maiores que 99%, de um dos alelos impossibilitando as análises de associação. No entanto, muitos outros polimorfismos apresentaram freqüências gênicas adequadas às análises de associação. Cada uma das características avaliadas apresentou, no mínimo, dois marcadores com efeitos significativos (P&le;0,05) ou sugestivos (0,05&lt;P&le;0,20), o que indica que polimorfismos de DNA podem ser critérios adicionais e auxiliares nos processos seletivos ligados às 24 características de desenvolvimento ponderal, qualidade de carcaça e carne na raça Nelore. Como os efeitos de substituição alélica são responsáveis apenas por parte da determinação de cada característica, em geral uma pequena parte, recomenda-se que as previsões de efeitos de marcadores sejam feitas com análise conjunta dos mesmos. / Data on of 3,844 Nellore cattle, reared under pasture conditions on two different farms in southwestern Brazil, 1,889 of them measured by ultra-sound for carcass traits and 674 bulls finished in a feedlot for 90 to 120 days and slaughtered around 24 month of age were analyzed to verify the association with genetic markers (DNA Single nucleotide polymorphism or SNP) with the objective of detecting association of those markers with traits economically important relevant for Brazilian beef business. Growth traits considered were birth weight (PNAS), weaning weight (PDES), yearling weight, measured at 18 mo (PSOB), weight gain after weaning (GP345), visual scores for carcass conformation (CONF), finishing (PREC) and muscle (MUSC). Carcass traits, measured by ultra-sound were ribeye area (AOL_US), backfat (EGS_US) and fat depth at rump (EGP8). Additionally, carcass traits measured after slaughter were hot carcass weight (PCQ), ribeye area (AOL), fat depth on Longissimus muscle (EGS). Meat quality traits were measured after 7, 14 and 21 days of ageing: weep loss (PEX7, PEX14 and PEX21), shrink loss (PCO7, PCO14 and PCO21) and tenderness (MAC7, MAC14 and MAC21). Total lipids and cholesterol content on samples aged for 7 days, were, also, included on the analysis. The genotypes of DNA markers were carried out in laboratories licensed by a private company using its micro-array panels. Allele substitution effects were estimated in single or multi-polymorphism analysis. Additive and dominance effects were also estimated. Many DNA polymorphisms analyzed showed to be fixed or the frequencies for one of the alleles were too high, more than 99 %. In those cases, analysis could not be performed. However, for many others polymorphisms there was observed variability on allele frequencies what make possible to do the association analysis. All traits analyzed were influenced by, at least, two polymorphisms with statistically significant (P&le;0,05) or suggestive (0,05&lt;P&le;0,20) effects, thus DNA polymorphisms can be used as additional and auxiliary criteria on selection process of those 24 traits related to animal growth, carcass and meat quality in Nellore cattle. As allele substitution effects explain only a small part of the phenotype, the results of this paper suggest that the effect of those markers should be considered together.

O Brasil ocupa a segunda posição mundial na produção de carne bovina, a implantação de novas ferramentas para a seleção de animais zebuínos (Bos indicus) com carne de melhor qualidade tem uma importante contribuição para a competividade da pecuária de corte. Neste contexto, compreender os padrões de expressão de microRNAs específicos envolvidos nos processos que afetam a maciez da carne é fundamental para a sua produção, uma vez que essa característica organoléptica é de grande valor na aceitação deste alimento pelos consumidores. O advento das tecnologias de sequenciamento de nova geração em conjunto com o uso de ferramentas de bioinformática tem permitido o estudo do genoma em larga escala de forma mais rápida e com menor custo. Para este estudo, foram utilizadas amostras do músculo Longissimus dorsi de 34 animais da raça Nelore com medidas extremas de valor genético estimado (EBV) para força de cisalhamento (FC). Os RNAs totais foram extraídos, as bibliotecas de microRNA foram construídas e os sequenciamentos foram realizados em equipamento da plataforma Illumina (MiSeq). O processamento dos dados foi feito por meio dos softwares FastQC, Cutadapt e miRDeep2 e as análises de expressão diferencial foram realizadas por meio do programa estatístico QuasiSeq. Utilizando um critério de taxa de descoberta de falsos positivos (FDR) inferior a 0,1, três microRNAs (bta-mir-182, bta-mir-183, bta-mir-338) foram identificados como diferencialmente expressos entre os grupos de animais com valores extremos de EBV para FC. Um total de 1204 genes alvos foi previsto e análises funcionais de enriquecimento foram realizadas por ferramentas de bioinformática. Várias redes e vias metabólicas como a sinalização de apoptose e regulação dos mecanismos celulares pela protease calpaína foram obtidas, demonstrando assim que os genes alvos identificados estariam envolvidos em muitos processos metabólicos relacionados com a maciez da carne bovina. / Brazil occupies the second world position in beef production and thus, the implementation of new tools to select zebuine animals (Bos indicus) with better beef quality has an important contribution to the competitiveness of beef cattle. Inside this context, to comprehend the microRNAs expression patterns involved in the processes that are related to beef tenderness is essential to the meat production since this organoleptic characteristic has a high value in meat acceptance by the consumers. The advent of new generation sequencing technologies along with the biotechnology tools usage has allowed large-scale genome studies as well as faster and cheaper analysis. In this study, samples of the Longissimus dorsi muscle from 34 animals of Nellore cattle breed with extreme estimated genetic value (EBV) for shear force (FC) were used. The total RNAs were extracted, libraries of microRNA were built and finally the sequencing was performed using the Illumina (MiSeq) platform equipment. Data processing was done using FastQC, Cutadapt and miRDeep2 softwares while the differential expression analyzes were realized through the statistical package QuasiSeq. Using a false discovery rate (FDR) criteria below 0.1, three microRNAs (bta-mir- 182, bta-mir-183, bta-mir-338) were identified as differentially expressed among the group of animals with extreme EBV values for FC. A total of 1024 target genes were predicted and functional analyzes of enrichment were performed using bioinformatics tools. Many metabolic networks and pathways such as the apoptosis signalization and cell regulation mechanisms by calpain protease were obtained, demonstrating therefore that the identified target genes would be involved in many metabolic processes related with the beef tenderness.

This study was developed in order to explore chromosomal regions associated with carcass and meat traits in Nellore cattle breed, identifying metabolic and genetic pathways related to its characteristics expression, as well as generate additional phenotypes for future genome association studies, in order to fully describe parameters related to final product quality. Thereunto, 995 bulls were genotyped for more than 770,000 single nucleotide polymorphisms (SNPs), were evaluated for body weight at birth, weight gain at weaning and yearling, conformation, finishing precocity and muscling at weaning and yearling. These traits are correlated, therefore, genomic mapping method were applied in order to identify pleiotropic regions. Results highlighted previously described genomic regions associated to beef cattle weight gain and growth traits, particularly PLAG1 gene, sheltered by the most significantly associated marker region, which in other studies were associated to weight, height and sexual precocity in Nellore breed. To evaluate carcass and meat quality traits, 576 young bulls were evaluated for hot carcass weight, ribeye area, fat thickness, pH 24 hours after slaughter and color parameters (L*, a*, b*), for shearing force, dripping and cooking loss, evaluations were performed for different maturation times (7, 14 and 21 days). Animals were genotyped on two platforms, Illumina&reg; BovineHD BeadChip (HD) and Bovine GeneSeek&reg; Genomic Profiler &trade; HD Illumina Infinium&reg; (GGP). Animals genotyped at a lower density (GGP) were imputed to high density chip (HD). Shear force, dripping and cooking loss measures which relates to meat tenderness, were associated to cytoskeleton structure and proteolytic enzymes activity, pointing to serine/serpin enzyme complex as main candidates for regulate proteolysis and muscle fiber structure degradation. Were performed an evaluation of Longissimus thoracis et lumborum intramuscular fat content of 148 animals. It was approached by a human health perspective where samples received a classification regarding fatty acids effects on human organism (\"beneficial\", \"evil\" or \"neutral\"), as well as provided phenotypic information for future genome association studies. The identification of 42 fatty acids and 16 indexes, generated detailed information on these animals\' meat fat composition. Principal component analysis (PCA) results showed that large variation proportion between samples fat composition occurs due to expression differences among desaturase and elongase enzymes. Thus, it is expected that generated data, information and knowledge hereby, can assist animal breeding programs to improve Brazilian herds according meat chain interests. / O presente trabalho foi desenvolvido com o objetivo de explorar regiões cromossômicas associadas à características de carcaça e carne em bovinos da raça Nelore, explorar suas funções em vias metabólicas e gênicas relacionadas às manifestações dessas características, assim como gerar novos fenótipos para futuros estudos de associação genômica, com vistas a descrever, de forma completa, as características relacionadas à qualidade do produto final. Para isso, 995 animais machos não castrados, genotipados para mais de 770.000 marcadores de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP), foram avaliados quanto ao peso corporal ao nascimento, ganho de peso à desmama e ao sobre ano, conformação, precocidade de terminação e musculosidade à desmama e ao sobre ano. Como estas características são correlacionadas, foram aplicadas metodologias de mapeamento genômico com o objetivo de identificar regiões pleiotrópicas. Os resultados destacaram regiões do genoma bovino que contêm genes descritos por influenciarem em características de crescimento e ganho de peso nestes animais, com destaque para o gene PLAG1, pertencente à região do marcador mais significativo associado aos fenótipos, anteriormente associado ao peso, altura e precocidade sexual em animais dessa raça. Para acessar atributos de qualidade de carcaça e carne, 576 machos não castrados foram avaliados quanto ao peso de carcaça quente, área de lombo, espessura de gordura subcutânea, pH após 24 horas do abate, cor (L*, a*, b*) e perdas de peso por exsudação e cozimento e força de cisalhamento em diferentes tempos de maturação (7, 14 e 21 dias). Os animais foram genotipados em duas plataformas, Illumina&reg; BovineHD BeadChip (HD) e GeneSeek&reg; Genomic Profiler Bovine HD&trade; Illumina Infinium&reg; (GGP), sendo os genótipos deste último imputados para o conjunto de maior densidade. As avaliações de perdas de peso por exsudação e cozimento e força de cisalhamento, utilizada para mensurar maciez, revelam a influencia da estrutura do citoesqueleto e da ação das enzimas proteolíticas, apontando o complexo enzimático serinas/serpinas como candidato na regulação do processo de proteólise e degradação da estrutura da fibra muscular. Foi realizada avaliação dos ácidos graxos no músculo Longissimus thoracis et lumborum de 148 animais com vistas à classificação das amostras quanto aos efeitos esperados no organismo humano (\"benéfico\", \"maléfico\" ou \"neutro\"), assim como prover informação fenotípica para futuros estudos de associação genômica. A identificação de 42 ácidos graxos e 16 índices gerou informação detalhada sobre a gordura presente na carne destes animais, sendo observado, por análise de componentes principais (PCA), que a maior variação entre a composição das amostras avaliadas parece ser em decorrência da diferença de expressão das enzimas elongases e dessaturases. Dessa forma, espera-se que os dados, informações e conhecimento gerados por este trabalho, possam auxiliar os programas de melhoramento genético animal a aprimorar o rebanho brasileiro segundo características de interesse da cadeia produtiva de carne.

Dados de desenvolvimento ponderal de 3.844 bovinos da raça Nelore, criados em pastagens em duas fazendas do sudoeste do Brasil, dos quais 1.889 tiveram suas carcaças avaliadas por ultra-sonografia e 674 foram confinados por 90 a 120 dias e abatidos por volta dos 24 meses de idade tiveram análises de associação com dezenas de marcadores genéticos realizadas, visando detectar a associação desses marcadores com características economicamente relevantes. Foram analisadas as características de crescimento, peso ao nascer (PNAS), peso a desmama (PDES), peso ao sobreano (PSOB), ganho de peso pós-desmama (GP345), escores visuais de conformação frigorífica (CONF), precocidade de acabamento (PREC), musculosidade (MUSC) e de carcaça área de olho de lombo medida por ultra-sonografia (AOL_US), espessuras de gorduras medida por ultra-som na região lombar (EGS_US) e na picanha (EGP8). Adicionalmente, foram analisadas as características medidas post-mortem, relacionadas a qualidade de carcaça, peso de carcaça quente (PCQ), área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura no músculo Longissimus dorsi (EGS) e as características ligadas à qualidade de carne, perdas por exsudação após 7, 14 ou 21 dias de maturação da carne (PEX7, PEX14, PEX21), perdas por cocção e maciez após os mesmos períodos de maturação (PCO7, PCO14 e PCO21, MAC7, MAC14 e MAC21), além de teor de lipídeos totais e colesterol em amostras após 7 dias de maturação. Os genótipos dos polimorfismos de base única (SNP) foram obtidos em laboratórios licenciados por empresa parceira, com uso de placas de micro-arranjos dessa empresa. Foram analisados os efeitos de substituição em análises de marcador único e multi-polimorfismos e os efeitos de aditividade e desvio de dominância de cada marcador genético. Vários dos polimorfismos de DNA analisados apresentaram ou fixação ou freqüências muito altas, maiores que 99%, de um dos alelos impossibilitando as análises de associação. No entanto, muitos outros polimorfismos apresentaram freqüências gênicas adequadas às análises de associação. Cada uma das características avaliadas apresentou, no mínimo, dois marcadores com efeitos significativos (P&le;0,05) ou sugestivos (0,05&lt;P&le;0,20), o que indica que polimorfismos de DNA podem ser critérios adicionais e auxiliares nos processos seletivos ligados às 24 características de desenvolvimento ponderal, qualidade de carcaça e carne na raça Nelore. Como os efeitos de substituição alélica são responsáveis apenas por parte da determinação de cada característica, em geral uma pequena parte, recomenda-se que as previsões de efeitos de marcadores sejam feitas com análise conjunta dos mesmos. / Data on of 3,844 Nellore cattle, reared under pasture conditions on two different farms in southwestern Brazil, 1,889 of them measured by ultra-sound for carcass traits and 674 bulls finished in a feedlot for 90 to 120 days and slaughtered around 24 month of age were analyzed to verify the association with genetic markers (DNA Single nucleotide polymorphism or SNP) with the objective of detecting association of those markers with traits economically important relevant for Brazilian beef business. Growth traits considered were birth weight (PNAS), weaning weight (PDES), yearling weight, measured at 18 mo (PSOB), weight gain after weaning (GP345), visual scores for carcass conformation (CONF), finishing (PREC) and muscle (MUSC). Carcass traits, measured by ultra-sound were ribeye area (AOL_US), backfat (EGS_US) and fat depth at rump (EGP8). Additionally, carcass traits measured after slaughter were hot carcass weight (PCQ), ribeye area (AOL), fat depth on Longissimus muscle (EGS). Meat quality traits were measured after 7, 14 and 21 days of ageing: weep loss (PEX7, PEX14 and PEX21), shrink loss (PCO7, PCO14 and PCO21) and tenderness (MAC7, MAC14 and MAC21). Total lipids and cholesterol content on samples aged for 7 days, were, also, included on the analysis. The genotypes of DNA markers were carried out in laboratories licensed by a private company using its micro-array panels. Allele substitution effects were estimated in single or multi-polymorphism analysis. Additive and dominance effects were also estimated. Many DNA polymorphisms analyzed showed to be fixed or the frequencies for one of the alleles were too high, more than 99 %. In those cases, analysis could not be performed. However, for many others polymorphisms there was observed variability on allele frequencies what make possible to do the association analysis. All traits analyzed were influenced by, at least, two polymorphisms with statistically significant (P&le;0,05) or suggestive (0,05&lt;P&le;0,20) effects, thus DNA polymorphisms can be used as additional and auxiliary criteria on selection process of those 24 traits related to animal growth, carcass and meat quality in Nellore cattle. As allele substitution effects explain only a small part of the phenotype, the results of this paper suggest that the effect of those markers should be considered together.

O Brasil ocupa a segunda posição mundial na produção de carne bovina, a implantação de novas ferramentas para a seleção de animais zebuínos (Bos indicus) com carne de melhor qualidade tem uma importante contribuição para a competividade da pecuária de corte. Neste contexto, compreender os padrões de expressão de microRNAs específicos envolvidos nos processos que afetam a maciez da carne é fundamental para a sua produção, uma vez que essa característica organoléptica é de grande valor na aceitação deste alimento pelos consumidores. O advento das tecnologias de sequenciamento de nova geração em conjunto com o uso de ferramentas de bioinformática tem permitido o estudo do genoma em larga escala de forma mais rápida e com menor custo. Para este estudo, foram utilizadas amostras do músculo Longissimus dorsi de 34 animais da raça Nelore com medidas extremas de valor genético estimado (EBV) para força de cisalhamento (FC). Os RNAs totais foram extraídos, as bibliotecas de microRNA foram construídas e os sequenciamentos foram realizados em equipamento da plataforma Illumina (MiSeq). O processamento dos dados foi feito por meio dos softwares FastQC, Cutadapt e miRDeep2 e as análises de expressão diferencial foram realizadas por meio do programa estatístico QuasiSeq. Utilizando um critério de taxa de descoberta de falsos positivos (FDR) inferior a 0,1, três microRNAs (bta-mir-182, bta-mir-183, bta-mir-338) foram identificados como diferencialmente expressos entre os grupos de animais com valores extremos de EBV para FC. Um total de 1204 genes alvos foi previsto e análises funcionais de enriquecimento foram realizadas por ferramentas de bioinformática. Várias redes e vias metabólicas como a sinalização de apoptose e regulação dos mecanismos celulares pela protease calpaína foram obtidas, demonstrando assim que os genes alvos identificados estariam envolvidos em muitos processos metabólicos relacionados com a maciez da carne bovina. / Brazil occupies the second world position in beef production and thus, the implementation of new tools to select zebuine animals (Bos indicus) with better beef quality has an important contribution to the competitiveness of beef cattle. Inside this context, to comprehend the microRNAs expression patterns involved in the processes that are related to beef tenderness is essential to the meat production since this organoleptic characteristic has a high value in meat acceptance by the consumers. The advent of new generation sequencing technologies along with the biotechnology tools usage has allowed large-scale genome studies as well as faster and cheaper analysis. In this study, samples of the Longissimus dorsi muscle from 34 animals of Nellore cattle breed with extreme estimated genetic value (EBV) for shear force (FC) were used. The total RNAs were extracted, libraries of microRNA were built and finally the sequencing was performed using the Illumina (MiSeq) platform equipment. Data processing was done using FastQC, Cutadapt and miRDeep2 softwares while the differential expression analyzes were realized through the statistical package QuasiSeq. Using a false discovery rate (FDR) criteria below 0.1, three microRNAs (bta-mir- 182, bta-mir-183, bta-mir-338) were identified as differentially expressed among the group of animals with extreme EBV values for FC. A total of 1024 target genes were predicted and functional analyzes of enrichment were performed using bioinformatics tools. Many metabolic networks and pathways such as the apoptosis signalization and cell regulation mechanisms by calpain protease were obtained, demonstrating therefore that the identified target genes would be involved in many metabolic processes related with the beef tenderness.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:07:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 pre text Beatriz Ramos.pdf: 242782 bytes, checksum: 4f6eca15517b15a8eaaf87c4005fdd33 (MD5) Previous issue date: 2009-02-13 / Most Brazilian states have common features, as the problems that affect the health of animals. Infectious and contagious diseases, parasites, and metabolic deficiencies, are of great importance, directly interfering in economic indicators. Respiratory diseases have highlighted the various systems of breeding cattle, because they have lung particular characteristics making them more vulnerable to diseases of the respiratory system. There are no confirmed reports that in feedlot of dirt would be a case of pneumonia higher compared to other systems to create due to the high population density, stress and dust. Therefore, the objective of this project is to assess the level of changes in lung tissue of cattle Nelore finished under confinement conditions compared to the finished under grazing. We used 96 animals, 48 animals raised on pasture (AP) and 48 animals from confinement (AC). These were identified in the corral of waiting, with the slaughter line and perform a collection of fragments of the cranial lobe and the median on the ramp inspection. The samples were fixed in buffered solution of formol 10%, preserved in alcohol at 70% and histological processed, making the color of slides with hematoxylin and eosin (H&E) and the optical microscope analysis. Initially the data were submitted to descriptive statistics and later to the chi-square, Wilcoxon and Mann-Whitney. None of the evaluated parameters was influenced by the different lobes and different systems of termination / A maioria dos estados brasileiros apresentam características comuns, quanto aos problemas que afetam a saúde dos animais. Enfermidades infecto-contagiosas, parasitárias, metabólicas e carências, são de grande importância, interferindo diretamente nos indicadores econômicos. As doenças respiratórias possuem destaque nos vários sistemas de criação de bovinos, devido estes terem características pulmonares particulares tornando-os mais vulneráveis às patologias do sistema respiratório. Existem relatos não comprovados de que em confinamentos de terra batida haveria uma casuística maior de pneumonias comparado a outros sistemas de criação devido à alta densidade populacional, estresse e poeira. Portanto, o objetivo desse projeto é avaliar o nível de alterações teciduais em pulmões de bovinos da raça Nelore terminados sob condições de confinamento em comparação aos terminados a pasto. Foram utilizados 96 animais, sendo 48 animais criados a pasto (AP) e 48 animais terminados em confinamento (AC), abatidos na empresa frigorífica FRIBOI. A colheita de fragmentos do lobo cranial e médio foi efetivada na plataforma de inspeção e logo após fixados em solução tamponada de formol a 10%, conservados em álcool a 70% e processados histotologicamente, fazendo a coloração das lâminas com hematoxilina e eosina (H&E). Foram avaliadas as alterações do interstício alveolar e as alterações dos condutos respiratórios. Inicialmente os dados foram submetidos à estatística descritiva e posteriormente ao teste de Qui-quadrado, Fisher-Yates, Wilcoxon e Mann-Whitney. A maioria dos parâmetros avaliados não sofreram influência em relação aos diferentes lobos e diferentes sistemas de terminação.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:13:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese paula rogerio fernandes.pdf: 1613821 bytes, checksum: 51e95ba0a0870ec6f2dac8e6b7f10cf8 (MD5) Previous issue date: 2010-02-26 / One of the main causes of reproductive failure in cattle is infection by the protozoan Neospora caninum (Phylum Apicomplexa, Family Sarcocystidae). The bovine neosporosis is characterized by an asymptomatic infection in the non pregnant cow; however, during pregnancy, the vertical transmission of the parasite is responsible for the maintenance of the infection for successive generations. The highest frequency of infection occurs in the dairy production system and in the intensive management of animal breeding, with most of the available data for N. caninum related to Bos taurus, even for beef cattle. Thus, the presence of N. caninum has been little studied in Bos indicus. In Goiás, the prevalence of N. caninum is 29.61% in beef cattle and 30.4% in dairy cattle. As the prevalence of infection in adults should have a positive correlation to the incidence of fetal infection, this study aimed to evaluate the occurrence of vertical transmission of N. caninum in zebuine fetuses of various ages, obtained from females slaughtered in a slaughterhouse in the municipality of Senador Canedo, Goiás. For that, the serological analysis of abdominal fluid and molecular and histopathological analysis in tissue samples (brain, heart and liver) were performed. The fetal age was estimated by the measurement of crown-rump length. A total of 195 fetal fluids was randomly collected and tested by IFAT with a cut-off point of 1:16. 585 tissue samples were submitted to nested-PCR analysis of ITS-1 rRNA region and to histopathology. The results were related to the fetal age (first, second and third stages of pregnancy). Anti-N. caninum antibodies were detected in 12 (6.15%) fetal fluids, with IFAT titers observed at 1:64 (n=1), 1:128 (n=2), 1:512 (n=3), 1:1024 (n=5) and 1:2048 (n=1). The presence of the parasite was detected by PCR in 40 (20.5%) fetuses. On histopathological examination, 82 (42.05%) fetuses had characteristic and consistent lesions, compatible with protozoan infection, characterized by encephalitis, myocarditis and hepatitis with mononuclear cell infiltrates, with or without necrosis. Comparing the different gestational ages, there was a greater number of positive reactions by IFAT, PCR and compatible histopathological lesions in the sixth and seventh month of pregnancy. From the total of 585 tissue samples examined, 56 were positive, being 12 at serology and 44 (35 brains, seven hearts and two livers) at PCR from 45 fetuses. In histopathology, 10 samples (three brains, six hearts and one liver) showed characteristic lesions of protozoan infection such as N. caninum. The DNA from six PCR positive fetuses was analyzed by microsatellite markers for genetic characterization of isolates of N. caninum, demonstrating the existence of genetic profiles different from other isolates of the world and of Brazil infecting zebuine animals. The results confirm the occurrence of vertical transmission of N. caninum, the diagnosis of infection in zebuine fetuses, the need of association of techniques for determining fetal neosporosis and characterization of different regional isolates circulating in zebu herd from Goiás. / Uma das principais causas mundiais de falhas reprodutivas em bovinos é a infecção pelo protozoário Neospora caninum (Filo Apicomplexa, Família Sarcocystidae). A neosporose bovina é caracterizada por infecção assintomática na fêmea não prenhe, no entanto, durante a gestação, a transmissão vertical do parasito é a responsável pela manutenção da infecção por gerações sucessivas. A maior freqüência da infecção ocorre no sistema de produção leiteiro e no manejo intensivo de criação dos animais, sendo a maioria dos dados disponíveis para N. caninum referentes a Bos taurus, mesmo para gado de corte. Assim, a presença de N. caninum tem sido pouco estudada em Bos indicus. Em Goiás, a prevalência de N. caninum é de 29,61% em gado de corte e 30,4% em leite. Como a prevalência da infecção em adultos deve ter correlação positiva com a incidência da infecção fetal, objetivou-se avaliar a ocorrência da transmissão vertical de N. caninum em fetos zebuínos de variadas idades, obtidos de fêmeas abatidas em um frigorífico no município de Senador Canedo, Goiás. Para tanto, realizaram-se análise sorológica em líquidos toráco-abdominais e análises molecular e histopatológica em amostras teciduais (cérebro, coração e fígado). A idade fetal foi determinada a partir da distância entre a região occipital e a base da cauda. Um total de 195 líquidos fetais foi colhido aleatoriamente e testado por RIFI com um ponto de corte de 1:16. Foram submetidas 585 amostras de tecidos à análise pela nested-PCR da região ITS-1 rRNA e à histopatologia. Os resultados encontrados foram relacionados com a idade fetal (primeiro, segundo e terceiro estágios gestacionais). Anticorpos anti-N. caninum foram detectados em 12 (6,15%) líquidos fetais, com titulação observada a 1:64 (n=1), 1:128 (n=2), 1:512 (n=3), 1:1024 (n=5) e 1:2048 (n=1). Foi detectada a presença do parasito por PCR em 40 (20,5%) fetos. No exame histopatológico, 82 (42,05%) fetos apresentaram lesões características e consistentes com infecção por protozoário, caracterizadas por encefalite, miocardite e hepatite com infiltrado mononuclear, com ou sem necrose. Na comparação entre as diferentes idades gestacionais, observaram-se maior número de reações positivas por RIFI, PCR e lesões compatíveis por histopatológico, no sexto e sétimo mês de gestação. Do total das 585 amostras de tecidos examinadas, 56 foram positivas, sendo 12 na sorologia e 44 (35 cérebros, sete corações e dois fígados) na PCR, provenientes de 45 fetos. No histopatológico, 10 amostras (três cérebros, seis corações e um fígado) apresentaram lesões características de infecção por protozoários como o N. caninum. O DNA de seis fetos PCR positivos foi submetido à análise por marcadores microssatélites para a caracterização genética dos isolados de N. caninum presentes, demonstrando a existência de perfis genéticos diferentes de outros isolados do mundo e do Brasil infectando zebuínos. Os resultados obtidos comprovam a ocorrência da transmissão vertical de N. caninum, o diagnóstico da infecção em fetos zebuínos, a necessidade de associação de técnicas para a determinação da neosporose fetal e a caracterização de diferentes isolados regionais circulantes no rebanho zebuíno de Goiás.