Resumo: As doenças infecciosas e parasitárias causam perdas importantes em vários setores da produção da pecuária mundial. Estima-se que mais de 600 milhões de bovinos de países tropicais e subtropicais estejam expostos à infecção por Babesia spp., gerando um prejuízo econômico de mais de 1,3 bilhão de dólares por ano. Parte significativa dessa soma destina-se a defensivos e insumos veterinários, os quais poderiam ser substituídos por tecnologias mais eficazes e econômicas, como, por exemplo, animais geneticamente resistentes a parasitas. Os gêneros Babesia e Plasmodium são hemoparasitas pertencentes ao filo Apicomplexa e apresentam características comuns no processo de invasão eritrocitária. A babesiose bovina causada por Babesia bigemina e Babesia bovis apresenta sinais clínicos similares a malária humana causada por Plasmodium vivax e Plasmodium falciparum. O antígeno Duffy é o único receptor para o P. vivax em humanos. A maioria dos indivíduos negros africanos é resistente a este parasita devido a uma mutação que provoca a ausência de expressão deste antígeno na superfície das hemácias.Tendo em vista esse fato, e que animais da subespécie Bos taurus taurus são mais susceptíveis à babesiose quando comparados à animais Bos taurus indicus, este projeto foi desenvolvido com o objetivo de averiguar se essa maior resistência dos animais zebuínos está associada ao fato do antígeno Duffy estar ausente ou expresso em menor quantidade nas hemácias desses animais. Para detecção e quantificação do antígeno Duffy, na superfície das hemácias de bovinos dessas subespécies, foi produzido um anticorpo policlonal anti-Duffy bovino, visto que sua detecção não é possível pelos anticorpos desenvolvidos para a proteína humana, em função dessa diferir da proteína bovina, principalmente na seqüência de aminoácidos da região N-terminal. Para... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Cattle business worldwide has been affected by all sorts of infections. It's estimated that more than 600 million bovines from tropical and sub-tropical areas are exposed to Babesia spp. infection causing loss of more than US$ 1,3 billion a year. An important part of this amount is spent on veterinarian drugs and vaccines. However this scenario could be changed if cheaper and more efficient technologies such as animal breeding for resistance to parasites were used. The genera Babesia and Plasmodium are hemoparasites which belong to phylum Apicomplexa and share features such as the RBCs invasion process. Clinic signs presented by cattle infected with Babesia bigemina and Babesia bovis are very similar to those presented by human beings infected with Plasmodium vivax and Plasmodium falciparum. The glycoprotein Duffy is the only human erythrocyte receptor for P.vivax. The majority of black African people are resistant to this parasite due to a mutation which abolishes expression of the Duffy antigen on its erythrocytes surfaces. Detailed information on molecular interaction between Babesia parasite and its receptors on the bovine host cells surface is limited. Moreover, animals from subspecies Bos taurus taurus are more susceptible to babesiosis infection than those from Bos taurus indicus. This project investigated if this higher resistance of Bos taurus indicus animals is due to the fact that the Duffy antigen is absent or less expressed on its RBC surface. Aiming at detecting and quantifying Duffy antigen on erythrocyte surfaces of Bos taurus indicus and Bos taurus taurus, a polyclonal antibody against bovine Duffy was produced, because antibodies against human Duffy can not recognize this bovine protein which has different aminoacid sequence at N-terminal. Synthetic decapeptide (YNETDVEAAA) corresponding to aminoacid 34 to 43 of the N-terminal extracelullar domain of the bovine protein... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Lígia Souza Lima Silveira da Mota / Coorientador: Débora Colombi / Coorientador: Rogério Abdallah / Banca: Rosângela Zacarias / Banca: Ivan de Godoy Maia / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-03-14Bitstream added on 2014-06-13T20:43:01Z : No. of bitstreams: 1 antonangelo_atbf_me_botib.pdf: 947571 bytes, checksum: 2289cbcd7df8db2d703a841907574c99 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As doenças infecciosas e parasitárias causam perdas importantes em vários setores da produção da pecuária mundial. Estima-se que mais de 600 milhões de bovinos de países tropicais e subtropicais estejam expostos à infecção por Babesia spp., gerando um prejuízo econômico de mais de 1,3 bilhão de dólares por ano. Parte significativa dessa soma destina-se a defensivos e insumos veterinários, os quais poderiam ser substituídos por tecnologias mais eficazes e econômicas, como, por exemplo, animais geneticamente resistentes a parasitas. Os gêneros Babesia e Plasmodium são hemoparasitas pertencentes ao filo Apicomplexa e apresentam características comuns no processo de invasão eritrocitária. A babesiose bovina causada por Babesia bigemina e Babesia bovis apresenta sinais clínicos similares a malária humana causada por Plasmodium vivax e Plasmodium falciparum. O antígeno Duffy é o único receptor para o P. vivax em humanos. A maioria dos indivíduos negros africanos é resistente a este parasita devido a uma mutação que provoca a ausência de expressão deste antígeno na superfície das hemácias.Tendo em vista esse fato, e que animais da subespécie Bos taurus taurus são mais susceptíveis à babesiose quando comparados à animais Bos taurus indicus, este projeto foi desenvolvido com o objetivo de averiguar se essa maior resistência dos animais zebuínos está associada ao fato do antígeno Duffy estar ausente ou expresso em menor quantidade nas hemácias desses animais. Para detecção e quantificação do antígeno Duffy, na superfície das hemácias de bovinos dessas subespécies, foi produzido um anticorpo policlonal anti-Duffy bovino, visto que sua detecção não é possível pelos anticorpos desenvolvidos para a proteína humana, em função dessa diferir da proteína bovina, principalmente na seqüência de aminoácidos da região N-terminal. Para... / Cattle business worldwide has been affected by all sorts of infections. It´s estimated that more than 600 million bovines from tropical and sub-tropical areas are exposed to Babesia spp. infection causing loss of more than US$ 1,3 billion a year. An important part of this amount is spent on veterinarian drugs and vaccines. However this scenario could be changed if cheaper and more efficient technologies such as animal breeding for resistance to parasites were used. The genera Babesia and Plasmodium are hemoparasites which belong to phylum Apicomplexa and share features such as the RBCs invasion process. Clinic signs presented by cattle infected with Babesia bigemina and Babesia bovis are very similar to those presented by human beings infected with Plasmodium vivax and Plasmodium falciparum. The glycoprotein Duffy is the only human erythrocyte receptor for P.vivax. The majority of black African people are resistant to this parasite due to a mutation which abolishes expression of the Duffy antigen on its erythrocytes surfaces. Detailed information on molecular interaction between Babesia parasite and its receptors on the bovine host cells surface is limited. Moreover, animals from subspecies Bos taurus taurus are more susceptible to babesiosis infection than those from Bos taurus indicus. This project investigated if this higher resistance of Bos taurus indicus animals is due to the fact that the Duffy antigen is absent or less expressed on its RBC surface. Aiming at detecting and quantifying Duffy antigen on erythrocyte surfaces of Bos taurus indicus and Bos taurus taurus, a polyclonal antibody against bovine Duffy was produced, because antibodies against human Duffy can not recognize this bovine protein which has different aminoacid sequence at N-terminal. Synthetic decapeptide (YNETDVEAAA) corresponding to aminoacid 34 to 43 of the N-terminal extracelullar domain of the bovine protein... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-06-30Bitstream added on 2014-06-13T19:32:30Z : No. of bitstreams: 1 guerra_dm_me_botib.pdf: 2345678 bytes, checksum: 3a29cbd28a1d454f240afad94975996e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A compreensão dos mecanismos moleculares controladores do desenvolvimento, função e regressão do CL bovino é necessária para o aprimoramento da manipulação hormonal ovariana. Fortes evidências sugerem o envolvimento de fatores de crescimento fibroblástico (FGFs) na regulação do crescimento e regressão do CL. “Splicing” alternativo de 4 genes formam sete subtipos de FGFRs com afinidade variável por diferentes FGFs. Os membros da subfamília do FGF8 (FGF8, 17 e 18) ativam eficientemente o FGFR3C e 4 e podem atuar em cooperação nos tecidos que expressão estes receptores. O objetivo deste trabalho foi determinar o padrão de expressão dos FGFRs e dos membros da subfamília do FGF8 no CL bovino (CL). Os CLs foram obtidos de ovários de abatedouro e classificados em 4 estádios de desenvolvimento (estádio/1= corpo hemorrágico, estádio/2= CL em desenvolvimento, estádio/3= CL maduro/início da luteólise funcional e estádio/4= luteólise estrutural). O RNAm foi mensurado por PCR semiquantitativo e a proteína localizada por imunohistoquímica. A expressão do RNAm codificante das isoformas ‘B’ e ‘C’ de FGFR1 e FGFR2 foi detectada no CL bovino por PCR associado à eletroforese e foi acompanhada pela localização da proteína nas pequenas e grandes células luteínicas. A expressão do RNAm do FGFR1C e 2C não variou durante o desenvolvimento luteínico, distintamente a expressão do FGFR1B aumentou no estádio 3. Embora os FGFRs 3B, 3C e 4 tenham sido detectados de forma inconsistente por PCR associado à eletroforese, o RNAm do FGFR3C e FGFR4 foram detectados por PCR em tempo real em todos os estádios do desenvolvimento luteínico. O RNAm do FGF18 foi detectado por PCR em tempo real em todos os estádios do desenvolvimento luteínico e sua abundancia do RNAm do FGF18 foi maior no estádio 3 comparado com os estádios 1, 2 e 4. Em contraste, os RNAm do FGF8 e 17... / The molecular mechanisms controlling the development, function and regression of the bovine corpus luteum are necessary for the improvement of reproductive biotechnologies. Strong evidence suggests the involvement of fibroblast growth factors (FGFs) in the regulation of growth, and regression of the corpus luteum (CL). Alternative splicing of 4 genes give rise to seven subtypes of FGFRs with varying affinity for different FGFs. FGF8 subfamily members (FGF8, 17 and 18) efficiently activate FGFR3C and FGFR4 and may act in cooperation in tissues expressing these receptors. The objective of the present study was to determine the pattern of expression of FGF8 subfamily members and FGFRs in the bovine CL. Bovine CLs were obtained from abattoir ovaries and classed into four stages of development (stage 1= corpus hemorragicum, stage 2= developing CL, stage 3= mature/early functional luteolysis CL, and stage 4= structural luteolysis). Expression of mRNA was measured by semiquantitative reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) followed by gel analysis (FGFR1-4) and real time RT-PCR (FGF8 subfamily members, FGFR3C and FGFR4) and proteins were localized by immunohistochemistry. Expression of mRNA encoding ‘B’ and ‘C’ spliced forms of FGFR1 and FGFR2 was readily detected in the bovine CL and was accompanied by isoform non-specific protein localization. FGFR1C and FGFR2C mRNA expression did not vary throughout CL lifespan, whereas FGFR1B was upregulated in the mature CL (stage III). FGFR3B, FGFR3C and FGFR4 expression was inconsistent in the bovine CL as assessed by PCR associated with gel analysis. FGF18, FGFR3C and FGFR4 mRNA was detected by real time PCR in all four developmental stages, and FGF18 mRNA abundance was higher in stage 3 (2.89  0.05; mean ± SEM) compared with stages 1 (0.3  0.27), 2 (0.56  1.27) and 4 (0.99  0.32). The m RNA expression ... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-02Bitstream added on 2014-06-13T19:16:12Z : No. of bitstreams: 1 oliveira_psn_me_jabo.pdf: 143666 bytes, checksum: 8917daa47b0787a19d0ef98f6d336e3a (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O estudo foi conduzido para avaliar o efeito de duas proporções de concentrado, 70 e 80%, com duas fontes energéticas, milho e farelo de gérmen de milho, e volumoso à base de silagem de milho, sob o consumo de nutrientes, desempenho, características de carcaça, não componentes de carcaça e qualidade da carne de 28 novilhas Nelore confinadas, com aproximadamente 14 meses de idade e peso corporal médio de 200 kg, objetivando o abate. O delineamento experimental utilizado foi o inteiramente casualizado segundo esquema fatorial 2 x 2 ( 2 proporções de concentrado x 2 fontes energéticas) totalizando 4 tratamentos e 7 repetições, sendo as médias comparadas pelo teste de Tukey a 5%. Não houve interação da proporção de concentrado x fonte energética da dieta sobre o consumo de MS. Houve efeito significativo da interação proporção de concentrado x fonte energética da dieta para os consumos de proteína bruta (PB) e fibra em detergente neutro (FDN), sendo que a maior proporção de concentrado, associada ao milho, possibilitou maior consumo diário de PB (1,17 kg/dia) e FDN (4,05 kg/dia). Observou-se valor médio de consumo de fibra em detergente ácido superior para as dietas com 80% de concentrado, tanto para a dieta com milho quanto com farelo de gérmen de milho. Houve efeito significativo da fonte energética da dieta sobre o peso final dos animais, sendo que os animais alimentados com as dietas contendo milho apresentaram valor médio de peso final (326,14 kg) superior aos alimentados com as dietas contendo farelo de gérmen de milho (292,07 kg). A associação de altas proporções de concentrado, com milho como fonte energética, proporciona resultados satisfatórios de ganho em peso e desempenho de novilhas Nelore, já a substituição total do milho pelo farelo de gérmen de milho, associado à altas proporções de concentrado ricos em fibra... / The objective of this study was to evaluate the effect of two proportions of concentrate, 70 and 80%, with two energy sources, corn and corn germ meal, and roughage basis of corn silage on the intake of nutrients, performance, characteristics of a carcass, non components of carcass and meat quality of confined 28 Nellore heifers. The experimental design was a completely randomized design in factorial scheme 2 x 2 (2 proportions of concentrate x 2 energy sources) 4 replications and 7 treatments, and the averages has been compared by Tukey 5% test.. There was no interaction proportion of concentrate x energy source on the intake of dry matter. There was a significant effect of interaction proportion of concentrate x energy source intake for crude protein (CP) and neutral detergent fiber (NDF), suggesting that a higher proportion of concentrate, with the corn, allowed greater intake of CP (1.17 kg / day) and NDF (4,05 kg / day). It was observed average intake of acid detergent fiber than for diets with 80% concentrate, with both the diet with corn as the corn germ meal. There was a significant effect of dietary energy source on the final weight of animals, and the animals fed the diets with corn had average final weight (326.14 kg), above the fed with diets with corn germ meal (292.07 kg). The association of high proportions of concentrate with corn as an energy source, provided satisfactory results in performance of Nellore heifers, since the replacement of the corn germ meal, associated with high proportions of concentrate rich in fiber, not was recommended for young Nellore heifers. There was a significant effect the energy source of the diet on the weight of empty body, and the animals that received the diets with corn showed the average value of empty body weight (309.44 kg) than the diets of with corn germ meal (276.42 kg). The carcass yield, the thickness... (Complete abstract click electronic access below)

Resumo: A acetilação das histonas é um dos principais mecanismos de reprogramação epigenética do genoma dos gametas a fim de estabelecer um estado totipotente para o desenvolvimento normal. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da utilização da Tricostatina A (TSA) sobre os níveis de acetilação das histonas e o desenvolvimento embrionário, avaliando-se a contagem do número de células da massa celular interna (MCI), trofectoderma (TE), e células totais, e os níveis da reação de imunocitoquímica para H3K9ac. Para isso, três experimentos foram delineados. No primeiro experimento, verificou-se que o grupo tratado com 5nM de TSA por 144h durante o cultivo in vitro (CIV) aumentou (p<0,01) o nível de H3K9ac em relação ao grupo controle. A taxa de clivagem e o desenvolvimento embrionário foram avaliados em um segundo experimento, e o grupo tratado com 5nM de TSA não apresentou diferença na produção de embriões comparado ao grupo controle. No experimento 3, o tratamento com a TSA não apresentou efeitos significativos em relação ao número de células da MCI, porém houve redução (p<0,01) tanto do número de células da TE quanto de células totais comparado ao grupo controle. Portanto, conclui-se que o tratamento com TSA não altera o desenvolvimento embrionário pré-implantacional de embriões fêmeas de bovinos, mostrando efeito negativo sobre o desenvolvimento dos embriões tratados / Abstract: Histone acetylation is one of the major mechanisms of epigenetic reprogramming of gamete genome to establish a totipotent state for normal development. The aim of this work was to evaluate the use of Trichostatin A (TSA) on the levels of histone acetylation and embryonic development, the assessment of counting the cell number of inner cell mass (ICM), trophectoderm (TE), and total cells, and the levels of H3K9ac for immunocytochemical reaction. Therefore, three experiments were designed. In the first experiment, it was verified that the group treated with TSA for 5nM for 144h during in vitro culture (IVC) increased (p <0.01) the level of H3K9ac in the control group. Cleavage rate and embryo development were evaluated in a second experiment, and the group treated with 5nM TSA showed no difference in embryo production compared to control. In Experiment 3, treatment with TSA had no significant effect on the cell number of ICM, but decreased (p <0.01) both the cell number of TE and total cells as compared to control. Therefore, it is concluded that treatment with TSA does not alter the preimplantation embryonic development female bovine embryos, showing a negative effect on the development of embryos treated / Orientador: Jeffrey Frederico Lui / Coorientador: Joaquim Mansano Garcia / Banca: Gilson Hélio Toniollo / Banca: Sandro Henrique Antunes Ribeiro / Mestre

Orientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Resumo: A redução da idade ao primeiro parto (IPP) está diretamente ligada à eficiência e lucratividade da produção de carne bovina. Apesar da sua importância, as características ligadas à precocidade sexual das fêmeas, vêm sendo pouco utilizadas nos programas de melhoramento genético de gado de corte no Brasil, como consequência de sua baixa herdabilidade e baixo índice de seleção em fêmeas. O perímetro escrotal (PE) e a IPP são características de fácil mensuração e as mais importantes como indicadoras de idade à puberdade em bovinos. O peso ao sobreano (PS) assume importante papel no melhoramento genético por ser o peso mais próximo ao abate. Atualmente, no Brasil, são publicados vários sumários de touros para a raça Nelore, com diversas características de importância econômica, todos incluindo grandes conjuntos de dados de animais distribuídos em diversas regiões do país. Em gado de corte, não existem estudos de correlações genéticas dessas características sob interação genótipo-ambiente (IGA). O objetivo do presente trabalho foi verificar a importância da interação genótipo-ambiente sobre a IPP, PE e PS em bovinos da raça Nelore, usando normas de reação em modelos de regressão aleatória multicaracterística. Os dados foram colhidos em propriedades localizadas no Norte, Nordeste, Centro-Oeste, e Sudeste do Brasil que participam do Programa de Melhoramento Genético da Conexão Delta G. Os grupos ambientais (GAs) foram definidos em função dos animais nascidos na mesma fazenda e ano, do mesmo grupo de manejo (do nascimento ao sobreano) e do mesmo sexo para IPP, PE e PS. A média de ganho de peso pós-desmama foi utilizada como medida de gradiente ambiental. Para as análises de normas de reação foram utilizados polinômios lineares de Legendre regredidos sobre os GAs para modelar o efeito genético aditivo. Polinômios lineares de Legendre também ... / Abstract: Reducing the age at first calving (IPP) is directly linked to the efficiency and profitability of beef production. Despite its importance, the characteristics linked to early sexual activity in females, have been little used in breeding beef cattle programs in Brazil, as a consequence of its low heritability and low rate of selection in females. The scrotal circumference (PE) and IPP are easy to measure and the most important indicator of age at puberty in cattle. The yearling weight (PS) plays an important role in the genetic improvement to be the closest weight of slaughter weight. Currently, in Brazil, are published several summaries for Nelore bulls with various traits of economic importance, including all large data sets of animals distributed in various regions of the country. In cattle, there is no studies of genetic correlations of these traits on genotype-environment interaction (IGA). The objective of this study was to verify the genotype-environment interaction on the age at first calving, scrotal circumference and yearling weight in Nelore cattle, using multitrait random regression models. Data were collected on properties located in the North, Northeast, Midwest, and Southeast of Brazil participating in the Program for Genetic Improvement of Conexão Delta G. Environmental groups (AGs) were defined in relation to animals born in the same herd and year, management group (birth, weaning and yearling) and the same sex for IPP, PE and PS. The average gain after weaning weight was used as an environmental gradient. For the analysis of reaction norms linear Legendre polynomials regressed on GAs to model the additive genetic effects were used. Linear Legendre polynomials were used to model also fixed effect of the average population trend. The residual variances were modeled in homogeneous classes. The (co)variances were estimated using the software Wombat. The model for PE and PS included ... / Mestre

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Arione Augusti Boligon / Banca: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Roberto Carvalheiro / Resumo: As características de crescimento são fundamentais ao melhoramento genético de bovinos de corte, pois estão diretamente relacionadas à economia do sistema. Recentes avanços tecnológicos possibilitaram a utilização de dados genômicos na avaliação de animais de produção. Objetivou-se com este estudo avaliar modelos para predição de valores genéticos a partir de dados genômicos, bem como a detecção de polimorfismos de DNA associados à características de crescimento de animais da raça Nelore. Para tanto, foram genotipadas 5.064 animais, utilizando-se SNPs de alta densidade Illumina Bovine HD assay (Illumina, SanDiego, CA, USA) e, após o controle de qualidade, foram utilizados 412.993 SNPs. No Capítulo 2, foram utilizados três modelos para estimação dos efeitos dos marcadores para as características de peso ao nascer (PN), ganhos em peso do nascimento à desmama (GND) e da desmama ao sobreano (GDS), altura ao sobreano (ALTS) e peso da vaca (PV): melhor estimador linear não viesado (GBLUP), BAYESCπ e Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). Foram utilizados os valores genéticos desregredidos como pseudo-fenótipos. Os métodos Bayesianos foram os mais adequados para estimação dos efeitos dos SNPs e dos valores genômicos para as características estudadas. No Capítulo 3, aplicou-se o modelo ssGBLUP para estimar os efeitos de marcadores e associá-los às características PN, GND, GDS, ALTS e PV. Observaram-se associações com PN no BTA ("Bos taurus chromosomes") 14, com GND nos BTA 5 e 29, com GDS no BTA 11 e com ALTS no BTA 8, sendo destacados os genes TMEM68 (transmembrane protein 8B) associado ao PN e ALTS, XKR4(XK, Kell blood group complex subunit-related family, member 4) associado ao PN e NPR2 (natriuretic peptide receptor B) associado a ALTS / Abstract: Growth traits are fundamental to the genetic improvement of beef cattle, because they are directly related to the economy of the system. Recent technological advances have enabled the use of genomic data in the assessment of animals. The objective of this study was to evaluate models to predict breeding values from genomic data, and detection of DNA polymorphisms associated with growth traits in Nellore animals. Thus, it was genotyped 5,064 animals, using high-density SNPs Illumina Bovine HD assay (Illumina, San Diego, CA, USA), and after quality control 412,993 SNPs were used. In Chapter 2, three models were used to estimate the effects of markers for birth weight (BW), weight gains from birth to weaning (WGBW) and from weaning to yearling (WGWY), yearling height (YH) and cow weight (CW): better linear estimator not biased (GBLUP), BAYESCπ and Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). Breeding values were desregressed and used as pseudo-phenotypes. Bayesian methods were the most suitable for estimating the effects of SNPs and genomic values for the studied traits. In Chapter 3, we applied the ssGBLUP model to estimate the effects of markers and associate them with BW, WGBW, WGWY, YH and CW. There were associations with BW in BTA ("Bos taurus chromosomes") 14, with WGBW in BTA 5 and 29, with WGWY in BTA 11 and YH in BTA 8, distinguishing the genes TMEM68 (transmembrane protein 8B) associated with BW and YH, XKR4(XK, Kell blood group complex subunit-related family, member 4) associated with BW and NPR2 (natriuretic peptide receptor B) associated with the YH / Doutor

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Fernando Sebastian Baldi Rey / Coorientador: Arione Augusti Boligon / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Luciana Correia de Almeida Regitano / Banca: Ricardo Ventura / Resumo: O consumidor tem se tornado mais exigente com relação a qualidade da carne, fatores como maciez, cor e sabor são as características mais requeridas. Pouco tem sido feito em relação à qualidade da mesma, pois essas características não são consideradas nos programas de avaliação genética para gado de corte no Brasil, por serem de mensuração difícil, alto custo, e por exigir o abate dos animais. Uma alternativa para inclusão destas medidas em programas de melhoramento pode ser o uso dos SNPs em estudos de associação e seleção genômica. Foram utilizados 1.875 animais machos da raça Nelore foram terminados em confinamento e abatidos em planta frigorífica comercial, com idade média de 731±81 dias. As amostras coletadas foram analisadas para maciez, lipídeos, marmoreio, coloração L* (luminosidade), a* (vermelha) e b* (amarela). Os animais foram genotipados com um painel de 777.962 SNPs (Illumina BovineHD Beadchip) e após o controle de qualidade restaram 1.634 animais com genótipos e 369.722 SNPs. No capítulo 2, três métodos de seleção genômica foram avaliados: GBLUP (assume distribuição normal com variância única para todos os efeitos de SNPs), BayesCπ (apresenta uma distribuição mista para os efeitos dos SNPs) e Bayesian Lasso (assume distribuição dupla exponencial para os efeitos dos SNPs). O fenótipo corrigido para os efeitos fixos (Yc) e o valor genético predito (EBV) foram utilizados como pseudo-fenótipos. Para a validação cruzada, a população foi dividida aleatoriamente em cinco grupos de tamanhos similares. Para comparar a habilidade de predição dos métodos foram calculadas: a correlação entre os valores genômicos (GEBV) e os fenótipos corrigidos e o valor da correlação dividido pela raiz quadrada da herdabilidade; a correlação entre GEBV e EBV; o coeficiente de regressão do GEBV sobre o fenótipo corrigido e do GEBV sobre o EBV. O EBV como pseudo-fenótipo foi mais acurado... / Abstract: Consumers have become stricter for higher quality meat and are seeking for traits such as tenderness, color and flavor. Few has been done for improving meat quality traits, due to the difficultness and high cost to measure, as well as to the necessity of culling animals. An alternative to inclusion of these measures in breeding programs may be the use of SNPs in association studies and genomic selection. Animals Nellore (1,875) were feedlot finished and slaughtered at commercial slaughterhouses were used, with an average age of 731 ± 81 days. The samples were analyzed for tenderness, lipid content, marbling, lightness (L*), redness (a*) and yellowness (b*). The animals were genotyped with a panel of 777,962 SNPs (IlluminaBovineHDBeadchip) and after quality control remained 1,634 animals with genotypes and 369,722 SNPs. In chapter 2, three genomic selection methods were evaluated: GBLUP (assumes normal distribution with variance only for all SNPs effects), BayesCπ (mixed distribution to the SNPs effects) and Bayesian Lasso (assumes double exponential distribution for SNPs effects). The adjusted phenotype for the fixed effects (Yc) and the estimated breeding value (EBV) were used as pseudo-phenotypes. For cross-validation, the population was randomly divided into five groups of similar sizes. To compare the predictive ability of the methods, the following procedures were used: correlation between the genomic values (GEBV) and the adjusted phenotypes and the correlation value divided by the square root of the heritability; correlation between EBV and GEBV; regression coefficient of the GEBV on adjusted phenotype and GEBV on EBV. The EBV as pseudo-phenotype was more accurate than the adjusted phenotype. The GBLUP showed better predictive ability for meat color. For the other traits, the Bayesian methodologies had higher predictive ability. Among the Bayesian methodologies, BayesCπ was more accurate than Lasso for all traits. In Chapter ... / Doutor

Orientador: Ricardo da Fonseca / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Francisco Ribeiro de Araujo Neto / Banca: Aldrin Viera Pires / Resumo: Os escores visuais são usados como critério de seleção com o objetivo de melhorar as características de carcaça. Estas características têm a particularidade de serem atribuídas com base em uma referência relativa, e não absoluta, o que pode trazer dificuldades na estimação de parâmetros e valores genéticos. Dada a importância dos escores, dois estudos foram conduzidos com os seguintes objetivos: 1) determinar se a forma de atribuir os escores, tem consequências na estimação de parâmetros e valores genéticos; e 2) identificar as regiões do genoma associadas com os escores de conformação, precocidade e musculosidade em bovinos da raça Nelore. Para o primeiro objetivo foi realizado um estudo de simulação, considerando populações com e sem seleção e três tamanhos de grupo de atribuição dos escores (10, 40 e 100 animais), as populações foram acasaladas ao longo de 12 gerações sobrepostas. A cada geração parâmetros e valores genéticos foram estimados usando um modelo de limiar. Os resultados indicaram que as estimativas de parâmetros e valores genéticos não são afetadas pela forma de atribuir os escores, entretanto os valores genéticos estimados são afetados pelo tamanho do grupo, sendo desejável a formação de grupos de avaliação superiores a 40 animais. Para o segundo objetivo foi realizado um GWAS usando dois modelos, BayesC e LASSO Bayesiano com duas classes de variáveis dependentes, o fenótipo dos escores e os valores genéticos desregredidos (dEBV). Nas análises foram utilizados 2873 registros de machos e fêmeas Nelore. Os animais foram genotipados com o painel BovineHD da Illumina, após o controle de qualidade restaram 309.865 SNPs. O critério de associação foi a porcentagem de variância genética explicada por janelas de 1 Mb de comprimento. Após as análises, o modelo BayesC foi o que se ajustou melhor aos dados, porque explicou uma maior proporção de variância fenotípica para... / Abstract: The visual scores are used as selection criteria in Brazilian cattle and aiming to improve the carcass traits. These traits have the particularity of being attributed depending on relative data and not on absolute references. This property could lead to difficulties in the estimation of genetic parameters and breeding values as well. Considering the importance of the visual scores, two studies were performed with the following objectives: 1) determine if the forms in which these scores are attributed have consequences in the genetic parameters and breeding values estimation, and, 2) identify regions of the genome that are associated with the scores of conformation, finishing precocity and muscling in Nellore cattle. For the first objective, a simulation study was conducted considering populations with and without selection, and three sizes of group attribution scores (10, 40 and 100 animals), these populations were mated for 12 overlapping generations. Genetic parameters and breeding values for each generation were estimated using a threshold model. The results indicate that the estimates of genetic parameters and breeding values are not affected by how the scores are attributed; however, the estimated breeding values are affected by the group size, being recommended the formation of evaluation groups more than 40 animals. For the second objective, a GWAS was conducted using BayesC and Bayesian LASSO models with two types of dependent variable. These variables were the phenotype and the deregressed breeding values (dEBV). In the analyses, a total of 2873 records of males and females from Nellore cattle were used. The animals were genotyped using the chip BovineHD of Illumina, after the quality control, a total of 309,865 SNPs were maintained. The association criterion was the proportion of genetic variance explained by 1 Mb genome windows. After the analyses, the BayesC model was the best fitted the data, as it explained a greater ... / Doutor

Orientador: Sandra Aidar de Queiroz / Coorientador: William Koury Filho / Coorientador: Marcos Eli Buzanskas / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Patrícia Tholon / Resumo: Neste estudo, foram estimadas herdabilidades e correlações genéticas, fenotípicas e ambientais para as características estrutura, precocidade e musculosidade à desmama (ED, PD, MD) e ao sobreano (ES, PS e MS), peso padronizado aos 210 e 450 dias de idade (P210 e P450, respectivamente), idade ao primeiro parto (IPP), probabilidade de parto precoce (3P) e habilidade de permanência no rebanho (STAY) em bovinos da raça Nelore participantes de programa de melhoramento genético. O conjunto de dados utilizado foi composto por registros de 37.826 animais e pedigree contendo 88.213 animais. O método dos quadrados mínimos foi utilizado para definição de efeitos fixos considerados nos modelos de estimação de parâmetros. Foram testados quatro modelos de estimação, em análises uni-característica por meio do método da máxima verossimilhança restrita, sob modelo animal. Para as características mensuradas ao desmame, verificou-se a necessidade de inclusão dos efeitos genético materno e de ambiente permanente materno no modelo de estimação. Para as características medidas ao sobreano e características reprodutivas, o modelo foi composto pelo efeito aleatório genético direto de animal e residual. As estimativas dos parâmetros genéticos, ambientais e fenotípicos foram obtidas em análises uni e bi-características, por meio de análise bayesiana. Estimativas de herdabilidade média, obtidas por análises bi-característica, foram iguais a 0,28, 0,30, 0,27 e 0,28, para ED, PD, MD e P210, respectivamente. Para as características mensuradas ao sobreano, as estimativas médias de herdabilidade variaram entre 0,40 e 0,37 (ES), 0,44 e 0,42 (PS), 0,39 e 0,37 (MS) e 0,50 e 0,48 (P450). As características medidas em diferentes idades (desmame e sobreano) apresentaram altas correlações genéticas, sendo iguais a 0,96 entre ED e ES, PD e PS e P210 e P450; e 0,94 entre MD e MS. As herdabilidades das características reprodutivas foram... / Abstract: The aim of this study was to estimate the heritability and the genetic, phenotypic and environmental correlations for visual scores (structure, precocity and musculature at weaning and yearling), body weight at 210 and 450 days of age, age at first calving, heifer pregnancy and stayability in Nelore beef cattle participating in a breeding program. The data set consisted on information of 37,826 animals and 88,213 animals in the pedigree. The least square method was used to define the fixed effects for parameters estimation. For traits measured at weaning, four estimation models were tested using single-trait analysis, by means of the restricted maximum likelihood method, using the animal model. Was considered additive and residual random effects (Model 1); additive, maternal and residual random effects (Model 2); additive, maternal permanent environment and residual random effects (Model 3); and additive, maternal, maternal permanent environment and residual random effects (Model 4). Model 1 was used for yearling and reproductive traits. The genetic parameters were determined by single and two-trait analyses using Bayesian methodology. Estimates of average heritability obtained in two-trait analyses, were equal to 0.28, 0.30, 0.27, and 0.28, for structure, precocity and musculature at weaning and body weight at 210 days of age. For yearling traits, the average heritability estimates varied from 0.40 to 0.37 (structure), 0.44 to 0.42 (precocity), 0.39 to 0.37 (musculature), and 0.50 to 0.48 (body weight at 450 days of age). The traits measured at different ages (weaning and yearling) had high genetic correlation: 0.96 for structure, precocity and weight, and 0.94 for musculature. The mean heritability estimate for IPP, 3P and STAY were equal to 0.18, 0.38 and 0.20, respectively. The genetic correlations between visual scores and reproductive traits were favorable, indicating that when selecting animals of greater weight and higher ... / Mestre