Orientador: José Buratini Júnior / Banca: Paula de Carvalho Papa / Banca: João Carlos Pinheiro Ferreira / Resumo: A compreensão dos mecanismos moleculares controladores do desenvolvimento, função e regressão do CL bovino é necessária para o aprimoramento da manipulação hormonal ovariana. Fortes evidências sugerem o envolvimento de fatores de crescimento fibroblástico (FGFs) na regulação do crescimento e regressão do CL. "Splicing" alternativo de 4 genes formam sete subtipos de FGFRs com afinidade variável por diferentes FGFs. Os membros da subfamília do FGF8 (FGF8, 17 e 18) ativam eficientemente o FGFR3C e 4 e podem atuar em cooperação nos tecidos que expressão estes receptores. O objetivo deste trabalho foi determinar o padrão de expressão dos FGFRs e dos membros da subfamília do FGF8 no CL bovino (CL). Os CLs foram obtidos de ovários de abatedouro e classificados em 4 estádios de desenvolvimento (estádio/1= corpo hemorrágico, estádio/2= CL em desenvolvimento, estádio/3= CL maduro/início da luteólise funcional e estádio/4= luteólise estrutural). O RNAm foi mensurado por PCR semiquantitativo e a proteína localizada por imunohistoquímica. A expressão do RNAm codificante das isoformas 'B' e 'C' de FGFR1 e FGFR2 foi detectada no CL bovino por PCR associado à eletroforese e foi acompanhada pela localização da proteína nas pequenas e grandes células luteínicas. A expressão do RNAm do FGFR1C e 2C não variou durante o desenvolvimento luteínico, distintamente a expressão do FGFR1B aumentou no estádio 3. Embora os FGFRs 3B, 3C e 4 tenham sido detectados de forma inconsistente por PCR associado à eletroforese, o RNAm do FGFR3C e FGFR4 foram detectados por PCR em tempo real em todos os estádios do desenvolvimento luteínico. O RNAm do FGF18 foi detectado por PCR em tempo real em todos os estádios do desenvolvimento luteínico e sua abundancia do RNAm do FGF18 foi maior no estádio 3 comparado com os estádios 1, 2 e 4. Em contraste, os RNAm do FGF8 e 17 ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The molecular mechanisms controlling the development, function and regression of the bovine corpus luteum are necessary for the improvement of reproductive biotechnologies. Strong evidence suggests the involvement of fibroblast growth factors (FGFs) in the regulation of growth, and regression of the corpus luteum (CL). Alternative splicing of 4 genes give rise to seven subtypes of FGFRs with varying affinity for different FGFs. FGF8 subfamily members (FGF8, 17 and 18) efficiently activate FGFR3C and FGFR4 and may act in cooperation in tissues expressing these receptors. The objective of the present study was to determine the pattern of expression of FGF8 subfamily members and FGFRs in the bovine CL. Bovine CLs were obtained from abattoir ovaries and classed into four stages of development (stage 1= corpus hemorragicum, stage 2= developing CL, stage 3= mature/early functional luteolysis CL, and stage 4= structural luteolysis). Expression of mRNA was measured by semiquantitative reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) followed by gel analysis (FGFR1-4) and real time RT-PCR (FGF8 subfamily members, FGFR3C and FGFR4) and proteins were localized by immunohistochemistry. Expression of mRNA encoding 'B' and 'C' spliced forms of FGFR1 and FGFR2 was readily detected in the bovine CL and was accompanied by isoform non-specific protein localization. FGFR1C and FGFR2C mRNA expression did not vary throughout CL lifespan, whereas FGFR1B was upregulated in the mature CL (stage III). FGFR3B, FGFR3C and FGFR4 expression was inconsistent in the bovine CL as assessed by PCR associated with gel analysis. FGF18, FGFR3C and FGFR4 mRNA was detected by real time PCR in all four developmental stages, and FGF18 mRNA abundance was higher in stage 3 (2.89  0.05; mean ± SEM) compared with stages 1 (0.3  0.27), 2 (0.56  1.27) and 4 (0.99  0.32). The m RNA expression ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientadora: Jane Maria Bertocco Ezequiel / Banca: Alexandre Amstalden Moraes Sampaio / Banca: Antonio Ferriani Branco / Resumo: O estudo foi conduzido para avaliar o efeito de duas proporções de concentrado, 70 e 80%, com duas fontes energéticas, milho e farelo de gérmen de milho, e volumoso à base de silagem de milho, sob o consumo de nutrientes, desempenho, características de carcaça, não componentes de carcaça e qualidade da carne de 28 novilhas Nelore confinadas, com aproximadamente 14 meses de idade e peso corporal médio de 200 kg, objetivando o abate. O delineamento experimental utilizado foi o inteiramente casualizado segundo esquema fatorial 2 x 2 ( 2 proporções de concentrado x 2 fontes energéticas) totalizando 4 tratamentos e 7 repetições, sendo as médias comparadas pelo teste de Tukey a 5%. Não houve interação da proporção de concentrado x fonte energética da dieta sobre o consumo de MS. Houve efeito significativo da interação proporção de concentrado x fonte energética da dieta para os consumos de proteína bruta (PB) e fibra em detergente neutro (FDN), sendo que a maior proporção de concentrado, associada ao milho, possibilitou maior consumo diário de PB (1,17 kg/dia) e FDN (4,05 kg/dia). Observou-se valor médio de consumo de fibra em detergente ácido superior para as dietas com 80% de concentrado, tanto para a dieta com milho quanto com farelo de gérmen de milho. Houve efeito significativo da fonte energética da dieta sobre o peso final dos animais, sendo que os animais alimentados com as dietas contendo milho apresentaram valor médio de peso final (326,14 kg) superior aos alimentados com as dietas contendo farelo de gérmen de milho (292,07 kg). A associação de altas proporções de concentrado, com milho como fonte energética, proporciona resultados satisfatórios de ganho em peso e desempenho de novilhas Nelore, já a substituição total do milho pelo farelo de gérmen de milho, associado à altas proporções de concentrado ricos em fibra... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this study was to evaluate the effect of two proportions of concentrate, 70 and 80%, with two energy sources, corn and corn germ meal, and roughage basis of corn silage on the intake of nutrients, performance, characteristics of a carcass, non components of carcass and meat quality of confined 28 Nellore heifers. The experimental design was a completely randomized design in factorial scheme 2 x 2 (2 proportions of concentrate x 2 energy sources) 4 replications and 7 treatments, and the averages has been compared by Tukey 5% test.. There was no interaction proportion of concentrate x energy source on the intake of dry matter. There was a significant effect of interaction proportion of concentrate x energy source intake for crude protein (CP) and neutral detergent fiber (NDF), suggesting that a higher proportion of concentrate, with the corn, allowed greater intake of CP (1.17 kg / day) and NDF (4,05 kg / day). It was observed average intake of acid detergent fiber than for diets with 80% concentrate, with both the diet with corn as the corn germ meal. There was a significant effect of dietary energy source on the final weight of animals, and the animals fed the diets with corn had average final weight (326.14 kg), above the fed with diets with corn germ meal (292.07 kg). The association of high proportions of concentrate with corn as an energy source, provided satisfactory results in performance of Nellore heifers, since the replacement of the corn germ meal, associated with high proportions of concentrate rich in fiber, not was recommended for young Nellore heifers. There was a significant effect the energy source of the diet on the weight of empty body, and the animals that received the diets with corn showed the average value of empty body weight (309.44 kg) than the diets of with corn germ meal (276.42 kg). The carcass yield, the thickness... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Evaristo Bianchini Sobrinho / Banca: João Francisco Pereira Bastos / Banca: Décio Barbin / Resumo: Dados de crescimento em pesagens mensais e bimestrais de bovinos da raça Guzerá, nascidos e/ou criados no período de 1977 a 2000, pertencentes ao rebanho da Fazenda de Ensino e Pesquisa do Câmpus de Ilha Solteira, UNESP, situada no município de Selvíria-MS, foram analisados visando a avaliação dos touros que foram utilizados nesse período. Tal avaliação foi feita por três procedimentos estatísticos: Diferença predita (DEP), Provável valor genético (PVG) e BLUP(Melhor estimador linear não viciado). Através do DEP e do BLUP, obteve-se classificação praticamente idêntica. Já a classificação pelo método PVG foi distinta das demais. / Abstract: Data of growth in monthly and bimonthly of bovines of Guzera race, born and grown from 1977 to 2000, belonging to flock of farm of teaching and research of Campus of Ilha Solteira, UNESP, located in Selviria MS city, was analyzed certifying get the selection of bulls. The evaluation of bulls was done by three statistical procedures, Predicted Difference (PD), Probable Genetic Value (PGV) and Best linear unbiased prediction (BLUP). The ranking of the bulls by BLUP and PD were pretty much the same. Although, when PGV was used, the ranking was different of the other methods. / Mestre

Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Raysildo Barbosa Lobo / Banca: Maria Eugenia Zerlotti Mercadante / Banca: Marcílio Dias Silveira da Mota / Banca: Luiz Artur Loyola Chardulo / Resumo: Foram utilizados dados de 116406 bovinos da raça Nelore, participantes do Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN), nascidos entre 1995 e 2005, com o objetivo de estimar parâmetros genéticos para os pesos padronizados aos 120(P120), 210(P210), 365(P365), 450(P450) e 730(P730) dias de idade e para os ganhos em peso do nascimento aos 120(GP120), dos 120 aos 210 (GP210), dos 210 aos 365(GP365), dos 365 aos 450(GP450) e dos 450 aos 730(G730), além de avaliar a tendência genética das características citadas, tanto para efeito direto como materno. Os componentes de variância foram estimados pelo método de máxima verossimilhança restrita utilizando o programa AIREMLF90, sob modelo animal, o qual incluiu como efeitos fixos, os grupos de contemporâneos e idade da vaca ao parto e como aleatórios, efeito genético aditivo direto para todas as características estudadas e efeito genético materno para P120, P210, P365, GP120, GP210 e GP365. As estimativas de herdabilidade direta foram 0,21, 0,22, 0,22, 0,34, 0,28, para cada peso, respectivamente, e 0,19, 0,20, 0,18, 0,18 e 0,20, para os respectivos ganhos em peso. As herdabilidades maternas foram 0,26, 0,25 e 0,12, para P120, P210 e P365 e 0,23, 0,17, 0,12 para GP120, GP210 e GP365. As correlações direto-maternas foram todas negativas, exceto para P365 (0,06). As tendências genéticas diretas foram todas positivas. As tendências maternas foram quase nulas para todas as características. As estimativas de herdabilidade para os pesos padronizados e para os ganhos em peso indicam que a seleção pode promover mudanças genéticas. As herdabilidades maternas para P120, P210, P365 e GP365 indicam que a seleção nestas características pode contribuir para melhorar a habilidade materna do rebanho. Os ganhos genéticos diretos observados, para todas as características estão aquém dos ganhos potenciais da raça Nelore... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Data of 116406 bovines of the Nellore beef cattle, participants of the Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN), been born between 1995 and 2005 were used with the objective to estimate genetic parameters for the 120-days weight (P120), 210-days weight (P210), 365-days weight (P365), 450-days weight (P450) and 730-days weight (P730) and for the weight gain from birth to 120(GP120), from 120 to 210(GP210), from 210 to 365(GP365), from 365 to 450(GP450) and from 450 to 730 days weight(GP730), besides evaluating the genetic trends of the traits, so much for the direct effect as for the maternal. The variance components were estimated by the restricted maximum likelihood method using the program AIREMLF90. The animal model included fixed effects for contemporary groups and age of the dam at calving, and also included random effects for genetic direct effects for all the studied traits and genetic maternal effect for P120, P210, P365, GP120, GP210 and GP365. The estimative of direct heritability were 0,21, 0,22, 0,22, 0,34, 0,28, for each weight, respectively and 0,19, 0,20, 0,18, 0,18 and 0,20, for the respective weight gains. The maternal heritability were 0,26, 0,25 and 0,12, for P120, P210 and P365 and 0,23, 0,17, 0,12 for GP120, GP210 and GP365. The direct-maternal correlations were all negatives except for P365 (0,06). The direct genetic trends were all positive ones. The maternal trends were almost null for all the traits. The estimative of heritability for the adjusted weights and for the weight gains indicated that the selection could promote genetic changes. The maternal heritability for P120, P210, P365 and GP365 indicated that the selection in these traits could contribute to improve the maternal ability of the herd. The direct genetic gain observed, for all the traits were on this side of the potential gain of the Nellore beef cattle... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Resumo: O objetivo da pesquisa descrita nesta tese foi estudar possíveis aplicações do método das rotações modificadas de Givens na solução de sistemas de equações lineares tipicamente observados em problemas de melhoramento animal. Duas aplicações foram consideradas: a predição de valores genéticos com base em informação fenotípica e genealógica, por meio da metodologia dos modelos mistos; e a predição de valores genéticos com base em informação molecular, obtida pela genotipagem de painéis densos de SNPs. Na primeira aplicação, delineou-se o emprego de um modelo animal reduzido, combinado a uma ordenação do sistema que permitiu uma abordagem multi-frontal de decomposição. As matrizes frontais foram definidas como sendo as partes da triangular superior pertinentes a cada rebanho. Com isso, o problema pôde ser desmembrado em n subproblemas em que n é o número de rebanhos. Um conjunto de programas foi desenvolvido de modo a decompor as matrizes de dados de cada rebanho independentemente, e depois combinar as informações de todos eles na solução do sistema triangular geral, por retro-substituição. Concluiu-se que o método pode ser empregado em um sistema para atualização de predições de valor genético sob modelo animal reduzido, em que se aninham os efeitos de vacas dentro de rebanhos. Na segunda aplicação, comparou-se o emprego das rotações de Givens com o método do Gradiente Conjugado, na solução de sistemas lineares envolvidos na estimação de efeitos de SNPs em valores genéticos. O método das rotações demandou menos tempo de processamento e mais memória. Concluiu-se que, dado o crescente avanço em capacidade computacional, o método das rotações pode ser um método numérico viável e apresenta a vantagem de permitir o cálculo dos erros-padrão das estimativas. / Abstract: The aim of this study was to investigate possible applications of the modified Givens rotations on the solution of linear systems that typically arise in animal breeding problems. Two applications were considered: prediction of breeding values based on phenotypes and relationships, using mixed model methods; and prediction of breeding values based on molecular information, using genotypes from high density SNP chips. In the first application, the use of a reduced animal model, combined with a specific ordering of the system, made it possible to apply a multi-frontal decomposition approach. The frontal matrices were defined as the parts of the upper triangular corresponding to each herd. In this way, the problem could be partitioned into n subproblems, where n is the number of herds. A set of programs was developed in order to factorize the data matrix of each herd independently, and then combine the information from all of them while solving the overall triangular system, by back-substitution. The conclusion was that Givens rotations can be used as a numerical method for updating predicted breeding values under a reduced animal model, if dam effects are nested within herds. In the second application, the modified Givens rotations were compared to the Conjugate Gradient method for solving linear systems that arise in the estimation of SNP effects on breeding values. Givens rotations required less processing time but a greater amount of high speed memory. The conclusion was that, given the increasing rate of advance in computer power, Givens rotations can be regarded as a feasible numerical method which presents the advantage that it allows for the calculation of standard errors of estimates. / Orientador: Sandra Aidar de Queiroz / Coorientador: Luiz Alberto Fries / Coorientador: Flávio Schramm Schenkel / Banca: João Meidanis / Banca: Ricardo da Fonseca / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Adhemar Sanches / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-12-18Bitstream added on 2014-06-13T20:45:15Z : No. of bitstreams: 1 pimentel_ecg_dr_jabo.pdf: 351573 bytes, checksum: 4ed13e3cadb5bcefe457a98cb28d9baf (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O objetivo da pesquisa descrita nesta tese foi estudar possíveis aplicações do método das rotações modificadas de Givens na solução de sistemas de equações lineares tipicamente observados em problemas de melhoramento animal. Duas aplicações foram consideradas: a predição de valores genéticos com base em informação fenotípica e genealógica, por meio da metodologia dos modelos mistos; e a predição de valores genéticos com base em informação molecular, obtida pela genotipagem de painéis densos de SNPs. Na primeira aplicação, delineou-se o emprego de um modelo animal reduzido, combinado a uma ordenação do sistema que permitiu uma abordagem multi-frontal de decomposição. As matrizes frontais foram definidas como sendo as partes da triangular superior pertinentes a cada rebanho. Com isso, o problema pôde ser desmembrado em n subproblemas em que n é o número de rebanhos. Um conjunto de programas foi desenvolvido de modo a decompor as matrizes de dados de cada rebanho independentemente, e depois combinar as informações de todos eles na solução do sistema triangular geral, por retro-substituição. Concluiu-se que o método pode ser empregado em um sistema para atualização de predições de valor genético sob modelo animal reduzido, em que se aninham os efeitos de vacas dentro de rebanhos. Na segunda aplicação, comparou-se o emprego das rotações de Givens com o método do Gradiente Conjugado, na solução de sistemas lineares envolvidos na estimação de efeitos de SNPs em valores genéticos. O método das rotações demandou menos tempo de processamento e mais memória. Concluiu-se que, dado o crescente avanço em capacidade computacional, o método das rotações pode ser um método numérico viável e apresenta a vantagem de permitir o cálculo dos erros-padrão das estimativas. / The aim of this study was to investigate possible applications of the modified Givens rotations on the solution of linear systems that typically arise in animal breeding problems. Two applications were considered: prediction of breeding values based on phenotypes and relationships, using mixed model methods; and prediction of breeding values based on molecular information, using genotypes from high density SNP chips. In the first application, the use of a reduced animal model, combined with a specific ordering of the system, made it possible to apply a multi-frontal decomposition approach. The frontal matrices were defined as the parts of the upper triangular corresponding to each herd. In this way, the problem could be partitioned into n subproblems, where n is the number of herds. A set of programs was developed in order to factorize the data matrix of each herd independently, and then combine the information from all of them while solving the overall triangular system, by back-substitution. The conclusion was that Givens rotations can be used as a numerical method for updating predicted breeding values under a reduced animal model, if dam effects are nested within herds. In the second application, the modified Givens rotations were compared to the Conjugate Gradient method for solving linear systems that arise in the estimation of SNP effects on breeding values. Givens rotations required less processing time but a greater amount of high speed memory. The conclusion was that, given the increasing rate of advance in computer power, Givens rotations can be regarded as a feasible numerical method which presents the advantage that it allows for the calculation of standard errors of estimates.