Orientador: Ricardo da Fonseca / Coorientador: Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva / Coorientador: José Fernando Garcia / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: João Cláudio do Carmo Panetto / Banca: Adriana Santana do Carmo / Resumo: A base genética que rege os processos fisiológicos para expressão dos fenótipos de produção de leite ainda não está completamente compreendida, pois poucos genes causais ou marcadores associados com a variação na expressão desses fenótipos foram relatados e espera-se que mais genes estejam envolvidos. Com o surgimento da era genômica, os esforços para identificar polimorfismos de sítio único (Single Nucleotide Polymorphisms - SNPs) foram expressivos. Os SNPs permitem estabelecer uma forte relação entre a expressão de características economicamente importantes e regiões específicas do genoma de um indivíduo. Tal relação é confirmada por estudos de associação ampla do genoma (GWAS), gerando conhecimento a cerca dos genes e fragmentos cromossômicos ligados a características importantes, os quais são posteriormente explorados na biologia dos sistemas. Qualquer inferência acerca de segmentos cromossômicos que possam estar associados a fenótipos de interesse utiliza uma montagem de um genoma de referência, onde todos os genes estão ancorados. Porém, o processo de montagem de um genoma é complexo e erros quanto ao posicionamento de sequências são esperados. Desta forma, este trabalho propõe avaliar a montagem de referência do genoma bovino produzido pelo grupo de pesquisa da universidade de Maryland e a aplicação do GWAS na raça Gir (Bos indicus) aos fenótipos de produção de leite, proteína e gordura, porcentagem de proteína e gordura e idade ao primeito parto, com o intuito de identificar regiões cromossômicas que possam estar relacionadas com aspectos importantes da produção de leite e fertilidade, contribuindo para a melhor compreensão dos fenômenos que regem tais aspectos / Abstract: The genetic basis of physiological processes underlying milk production traits are not completely understood, and few causal genes and markers associated with these traits have been reported to date. The emergence of the genomics era, efforts for the discovery of single nucleotide polymorphisms (SNPs) are numerous. These markers allow for establishing relationships between differences in economically important traits and specific genomic coordinates. These relationships are confirmed in genome-wide association studies (GWAS), which provide knowledge about genes and chromosomal segments affecting traits of interest that can be further explored in systems biology. Inferences about genomic localtions that are potentially implicated in phenotypic differences rely on a reference genome assembly where genes are annotated. However, genome assembly is a complex task that is prone to errors, and cases of wrong positioning of nucleotide sequences are not rare. Therefore, this thesis aimed at assessing candidate misassembled regions in the reference bovine genome assembly and performing a GWAS for milk traits in Gir cattle (Bos indicus), including milk, protein and fat yield, percentage of protein and fat, and age at first calving, targeting the identication of genomic regions that are potentially related to important aspects of fertility and milk production / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-06-11Bitstream added on 2014-06-13T19:22:50Z : No. of bitstreams: 1 sirol_mlfg_dr_botfmvz.pdf: 1072564 bytes, checksum: 6ed08e0d4f835b1a9e0ed7d60ba42a2d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Foram utilizados dados de 116406 bovinos da raça Nelore, participantes do Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN), nascidos entre 1995 e 2005, com o objetivo de estimar parâmetros genéticos para os pesos padronizados aos 120(P120), 210(P210), 365(P365), 450(P450) e 730(P730) dias de idade e para os ganhos em peso do nascimento aos 120(GP120), dos 120 aos 210 (GP210), dos 210 aos 365(GP365), dos 365 aos 450(GP450) e dos 450 aos 730(G730), além de avaliar a tendência genética das características citadas, tanto para efeito direto como materno. Os componentes de variância foram estimados pelo método de máxima verossimilhança restrita utilizando o programa AIREMLF90, sob modelo animal, o qual incluiu como efeitos fixos, os grupos de contemporâneos e idade da vaca ao parto e como aleatórios, efeito genético aditivo direto para todas as características estudadas e efeito genético materno para P120, P210, P365, GP120, GP210 e GP365. As estimativas de herdabilidade direta foram 0,21, 0,22, 0,22, 0,34, 0,28, para cada peso, respectivamente, e 0,19, 0,20, 0,18, 0,18 e 0,20, para os respectivos ganhos em peso. As herdabilidades maternas foram 0,26, 0,25 e 0,12, para P120, P210 e P365 e 0,23, 0,17, 0,12 para GP120, GP210 e GP365. As correlações direto-maternas foram todas negativas, exceto para P365 (0,06). As tendências genéticas diretas foram todas positivas. As tendências maternas foram quase nulas para todas as características. As estimativas de herdabilidade para os pesos padronizados e para os ganhos em peso indicam que a seleção pode promover mudanças genéticas. As herdabilidades maternas para P120, P210, P365 e GP365 indicam que a seleção nestas características pode contribuir para melhorar a habilidade materna do rebanho. Os ganhos genéticos diretos observados, para todas as características estão aquém dos ganhos potenciais da raça Nelore... / Data of 116406 bovines of the Nellore beef cattle, participants of the Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN), been born between 1995 and 2005 were used with the objective to estimate genetic parameters for the 120-days weight (P120), 210-days weight (P210), 365-days weight (P365), 450-days weight (P450) and 730-days weight (P730) and for the weight gain from birth to 120(GP120), from 120 to 210(GP210), from 210 to 365(GP365), from 365 to 450(GP450) and from 450 to 730 days weight(GP730), besides evaluating the genetic trends of the traits, so much for the direct effect as for the maternal. The variance components were estimated by the restricted maximum likelihood method using the program AIREMLF90. The animal model included fixed effects for contemporary groups and age of the dam at calving, and also included random effects for genetic direct effects for all the studied traits and genetic maternal effect for P120, P210, P365, GP120, GP210 and GP365. The estimative of direct heritability were 0,21, 0,22, 0,22, 0,34, 0,28, for each weight, respectively and 0,19, 0,20, 0,18, 0,18 and 0,20, for the respective weight gains. The maternal heritability were 0,26, 0,25 and 0,12, for P120, P210 and P365 and 0,23, 0,17, 0,12 for GP120, GP210 and GP365. The direct-maternal correlations were all negatives except for P365 (0,06). The direct genetic trends were all positive ones. The maternal trends were almost null for all the traits. The estimative of heritability for the adjusted weights and for the weight gains indicated that the selection could promote genetic changes. The maternal heritability for P120, P210, P365 and GP365 indicated that the selection in these traits could contribute to improve the maternal ability of the herd. The direct genetic gain observed, for all the traits were on this side of the potential gain of the Nellore beef cattle... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2016-03-07T19:21:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-08. Added 1 bitstream(s) on 2016-03-07T19:25:00Z : No. of bitstreams: 1 000858087.pdf: 4073268 bytes, checksum: 5f7b0808e8db55dafb06adbf53677730 (MD5) / Neste estudo, foram estimadas herdabilidades e correlações genéticas, fenotípicas e ambientais para as características estrutura, precocidade e musculosidade à desmama (ED, PD, MD) e ao sobreano (ES, PS e MS), peso padronizado aos 210 e 450 dias de idade (P210 e P450, respectivamente), idade ao primeiro parto (IPP), probabilidade de parto precoce (3P) e habilidade de permanência no rebanho (STAY) em bovinos da raça Nelore participantes de programa de melhoramento genético. O conjunto de dados utilizado foi composto por registros de 37.826 animais e pedigree contendo 88.213 animais. O método dos quadrados mínimos foi utilizado para definição de efeitos fixos considerados nos modelos de estimação de parâmetros. Foram testados quatro modelos de estimação, em análises uni-característica por meio do método da máxima verossimilhança restrita, sob modelo animal. Para as características mensuradas ao desmame, verificou-se a necessidade de inclusão dos efeitos genético materno e de ambiente permanente materno no modelo de estimação. Para as características medidas ao sobreano e características reprodutivas, o modelo foi composto pelo efeito aleatório genético direto de animal e residual. As estimativas dos parâmetros genéticos, ambientais e fenotípicos foram obtidas em análises uni e bi-características, por meio de análise bayesiana. Estimativas de herdabilidade média, obtidas por análises bi-característica, foram iguais a 0,28, 0,30, 0,27 e 0,28, para ED, PD, MD e P210, respectivamente. Para as características mensuradas ao sobreano, as estimativas médias de herdabilidade variaram entre 0,40 e 0,37 (ES), 0,44 e 0,42 (PS), 0,39 e 0,37 (MS) e 0,50 e 0,48 (P450). As características medidas em diferentes idades (desmame e sobreano) apresentaram altas correlações genéticas, sendo iguais a 0,96 entre ED e ES, PD e PS e P210 e P450; e 0,94 entre MD e MS. As herdabilidades das características reprodutivas foram... / The aim of this study was to estimate the heritability and the genetic, phenotypic and environmental correlations for visual scores (structure, precocity and musculature at weaning and yearling), body weight at 210 and 450 days of age, age at first calving, heifer pregnancy and stayability in Nelore beef cattle participating in a breeding program. The data set consisted on information of 37,826 animals and 88,213 animals in the pedigree. The least square method was used to define the fixed effects for parameters estimation. For traits measured at weaning, four estimation models were tested using single-trait analysis, by means of the restricted maximum likelihood method, using the animal model. Was considered additive and residual random effects (Model 1); additive, maternal and residual random effects (Model 2); additive, maternal permanent environment and residual random effects (Model 3); and additive, maternal, maternal permanent environment and residual random effects (Model 4). Model 1 was used for yearling and reproductive traits. The genetic parameters were determined by single and two-trait analyses using Bayesian methodology. Estimates of average heritability obtained in two-trait analyses, were equal to 0.28, 0.30, 0.27, and 0.28, for structure, precocity and musculature at weaning and body weight at 210 days of age. For yearling traits, the average heritability estimates varied from 0.40 to 0.37 (structure), 0.44 to 0.42 (precocity), 0.39 to 0.37 (musculature), and 0.50 to 0.48 (body weight at 450 days of age). The traits measured at different ages (weaning and yearling) had high genetic correlation: 0.96 for structure, precocity and weight, and 0.94 for musculature. The mean heritability estimate for IPP, 3P and STAY were equal to 0.18, 0.38 and 0.20, respectively. The genetic correlations between visual scores and reproductive traits were favorable, indicating that when selecting animals of greater weight and higher ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-10-13Bitstream added on 2014-06-13T20:33:41Z : No. of bitstreams: 1 silva_bm_me_jabo.pdf: 548750 bytes, checksum: 36f590119119f6fe622e3615252bd6ac (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A acetilação das histonas é um dos principais mecanismos de reprogramação epigenética do genoma dos gametas a fim de estabelecer um estado totipotente para o desenvolvimento normal. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da utilização da Tricostatina A (TSA) sobre os níveis de acetilação das histonas e o desenvolvimento embrionário, avaliando-se a contagem do número de células da massa celular interna (MCI), trofectoderma (TE), e células totais, e os níveis da reação de imunocitoquímica para H3K9ac. Para isso, três experimentos foram delineados. No primeiro experimento, verificou-se que o grupo tratado com 5nM de TSA por 144h durante o cultivo in vitro (CIV) aumentou (p<0,01) o nível de H3K9ac em relação ao grupo controle. A taxa de clivagem e o desenvolvimento embrionário foram avaliados em um segundo experimento, e o grupo tratado com 5nM de TSA não apresentou diferença na produção de embriões comparado ao grupo controle. No experimento 3, o tratamento com a TSA não apresentou efeitos significativos em relação ao número de células da MCI, porém houve redução (p<0,01) tanto do número de células da TE quanto de células totais comparado ao grupo controle. Portanto, conclui-se que o tratamento com TSA não altera o desenvolvimento embrionário pré-implantacional de embriões fêmeas de bovinos, mostrando efeito negativo sobre o desenvolvimento dos embriões tratados / Histone acetylation is one of the major mechanisms of epigenetic reprogramming of gamete genome to establish a totipotent state for normal development. The aim of this work was to evaluate the use of Trichostatin A (TSA) on the levels of histone acetylation and embryonic development, the assessment of counting the cell number of inner cell mass (ICM), trophectoderm (TE), and total cells, and the levels of H3K9ac for immunocytochemical reaction. Therefore, three experiments were designed. In the first experiment, it was verified that the group treated with TSA for 5nM for 144h during in vitro culture (IVC) increased (p <0.01) the level of H3K9ac in the control group. Cleavage rate and embryo development were evaluated in a second experiment, and the group treated with 5nM TSA showed no difference in embryo production compared to control. In Experiment 3, treatment with TSA had no significant effect on the cell number of ICM, but decreased (p <0.01) both the cell number of TE and total cells as compared to control. Therefore, it is concluded that treatment with TSA does not alter the preimplantation embryonic development female bovine embryos, showing a negative effect on the development of embryos treated

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:33:32Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-23. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:24Z : No. of bitstreams: 1 000834559.pdf: 388353 bytes, checksum: 77a6b5025d1c329db5a929f31567cdf0 (MD5) / As características de crescimento são fundamentais ao melhoramento genético de bovinos de corte, pois estão diretamente relacionadas à economia do sistema. Recentes avanços tecnológicos possibilitaram a utilização de dados genômicos na avaliação de animais de produção. Objetivou-se com este estudo avaliar modelos para predição de valores genéticos a partir de dados genômicos, bem como a detecção de polimorfismos de DNA associados à características de crescimento de animais da raça Nelore. Para tanto, foram genotipadas 5.064 animais, utilizando-se SNPs de alta densidade Illumina Bovine HD assay (Illumina, SanDiego, CA, USA) e, após o controle de qualidade, foram utilizados 412.993 SNPs. No Capítulo 2, foram utilizados três modelos para estimação dos efeitos dos marcadores para as características de peso ao nascer (PN), ganhos em peso do nascimento à desmama (GND) e da desmama ao sobreano (GDS), altura ao sobreano (ALTS) e peso da vaca (PV): melhor estimador linear não viesado (GBLUP), BAYESCπ e Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). Foram utilizados os valores genéticos desregredidos como pseudo-fenótipos. Os métodos Bayesianos foram os mais adequados para estimação dos efeitos dos SNPs e dos valores genômicos para as características estudadas. No Capítulo 3, aplicou-se o modelo ssGBLUP para estimar os efeitos de marcadores e associá-los às características PN, GND, GDS, ALTS e PV. Observaram-se associações com PN no BTA (Bos taurus chromosomes) 14, com GND nos BTA 5 e 29, com GDS no BTA 11 e com ALTS no BTA 8, sendo destacados os genes TMEM68 (transmembrane protein 8B) associado ao PN e ALTS, XKR4(XK, Kell blood group complex subunit-related family, member 4) associado ao PN e NPR2 (natriuretic peptide receptor B) associado a ALTS / Growth traits are fundamental to the genetic improvement of beef cattle, because they are directly related to the economy of the system. Recent technological advances have enabled the use of genomic data in the assessment of animals. The objective of this study was to evaluate models to predict breeding values from genomic data, and detection of DNA polymorphisms associated with growth traits in Nellore animals. Thus, it was genotyped 5,064 animals, using high-density SNPs Illumina Bovine HD assay (Illumina, San Diego, CA, USA), and after quality control 412,993 SNPs were used. In Chapter 2, three models were used to estimate the effects of markers for birth weight (BW), weight gains from birth to weaning (WGBW) and from weaning to yearling (WGWY), yearling height (YH) and cow weight (CW): better linear estimator not biased (GBLUP), BAYESCπ and Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). Breeding values were desregressed and used as pseudo-phenotypes. Bayesian methods were the most suitable for estimating the effects of SNPs and genomic values for the studied traits. In Chapter 3, we applied the ssGBLUP model to estimate the effects of markers and associate them with BW, WGBW, WGWY, YH and CW. There were associations with BW in BTA (Bos taurus chromosomes) 14, with WGBW in BTA 5 and 29, with WGWY in BTA 11 and YH in BTA 8, distinguishing the genes TMEM68 (transmembrane protein 8B) associated with BW and YH, XKR4(XK, Kell blood group complex subunit-related family, member 4) associated with BW and NPR2 (natriuretic peptide receptor B) associated with the YH

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:33:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-23. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:24Z : No. of bitstreams: 1 000834573.pdf: 1120548 bytes, checksum: 6eda69f309d7f76c454c3e9103377ea1 (MD5) / O consumidor tem se tornado mais exigente com relação a qualidade da carne, fatores como maciez, cor e sabor são as características mais requeridas. Pouco tem sido feito em relação à qualidade da mesma, pois essas características não são consideradas nos programas de avaliação genética para gado de corte no Brasil, por serem de mensuração difícil, alto custo, e por exigir o abate dos animais. Uma alternativa para inclusão destas medidas em programas de melhoramento pode ser o uso dos SNPs em estudos de associação e seleção genômica. Foram utilizados 1.875 animais machos da raça Nelore foram terminados em confinamento e abatidos em planta frigorífica comercial, com idade média de 731±81 dias. As amostras coletadas foram analisadas para maciez, lipídeos, marmoreio, coloração L* (luminosidade), a* (vermelha) e b* (amarela). Os animais foram genotipados com um painel de 777.962 SNPs (Illumina BovineHD Beadchip) e após o controle de qualidade restaram 1.634 animais com genótipos e 369.722 SNPs. No capítulo 2, três métodos de seleção genômica foram avaliados: GBLUP (assume distribuição normal com variância única para todos os efeitos de SNPs), BayesCπ (apresenta uma distribuição mista para os efeitos dos SNPs) e Bayesian Lasso (assume distribuição dupla exponencial para os efeitos dos SNPs). O fenótipo corrigido para os efeitos fixos (Yc) e o valor genético predito (EBV) foram utilizados como pseudo-fenótipos. Para a validação cruzada, a população foi dividida aleatoriamente em cinco grupos de tamanhos similares. Para comparar a habilidade de predição dos métodos foram calculadas: a correlação entre os valores genômicos (GEBV) e os fenótipos corrigidos e o valor da correlação dividido pela raiz quadrada da herdabilidade; a correlação entre GEBV e EBV; o coeficiente de regressão do GEBV sobre o fenótipo corrigido e do GEBV sobre o EBV. O EBV como pseudo-fenótipo foi mais acurado... / Consumers have become stricter for higher quality meat and are seeking for traits such as tenderness, color and flavor. Few has been done for improving meat quality traits, due to the difficultness and high cost to measure, as well as to the necessity of culling animals. An alternative to inclusion of these measures in breeding programs may be the use of SNPs in association studies and genomic selection. Animals Nellore (1,875) were feedlot finished and slaughtered at commercial slaughterhouses were used, with an average age of 731 ± 81 days. The samples were analyzed for tenderness, lipid content, marbling, lightness (L*), redness (a*) and yellowness (b*). The animals were genotyped with a panel of 777,962 SNPs (IlluminaBovineHDBeadchip) and after quality control remained 1,634 animals with genotypes and 369,722 SNPs. In chapter 2, three genomic selection methods were evaluated: GBLUP (assumes normal distribution with variance only for all SNPs effects), BayesCπ (mixed distribution to the SNPs effects) and Bayesian Lasso (assumes double exponential distribution for SNPs effects). The adjusted phenotype for the fixed effects (Yc) and the estimated breeding value (EBV) were used as pseudo-phenotypes. For cross-validation, the population was randomly divided into five groups of similar sizes. To compare the predictive ability of the methods, the following procedures were used: correlation between the genomic values (GEBV) and the adjusted phenotypes and the correlation value divided by the square root of the heritability; correlation between EBV and GEBV; regression coefficient of the GEBV on adjusted phenotype and GEBV on EBV. The EBV as pseudo-phenotype was more accurate than the adjusted phenotype. The GBLUP showed better predictive ability for meat color. For the other traits, the Bayesian methodologies had higher predictive ability. Among the Bayesian methodologies, BayesCπ was more accurate than Lasso for all traits. In Chapter ...

Made available in DSpace on 2015-08-20T17:10:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-03-12. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-20T17:25:58Z : No. of bitstreams: 1 000843038.pdf: 1026203 bytes, checksum: 93ea9075b5fa578b6ff760f8d65a8598 (MD5) / Os escores visuais são usados como critério de seleção com o objetivo de melhorar as características de carcaça. Estas características têm a particularidade de serem atribuídas com base em uma referência relativa, e não absoluta, o que pode trazer dificuldades na estimação de parâmetros e valores genéticos. Dada a importância dos escores, dois estudos foram conduzidos com os seguintes objetivos: 1) determinar se a forma de atribuir os escores, tem consequências na estimação de parâmetros e valores genéticos; e 2) identificar as regiões do genoma associadas com os escores de conformação, precocidade e musculosidade em bovinos da raça Nelore. Para o primeiro objetivo foi realizado um estudo de simulação, considerando populações com e sem seleção e três tamanhos de grupo de atribuição dos escores (10, 40 e 100 animais), as populações foram acasaladas ao longo de 12 gerações sobrepostas. A cada geração parâmetros e valores genéticos foram estimados usando um modelo de limiar. Os resultados indicaram que as estimativas de parâmetros e valores genéticos não são afetadas pela forma de atribuir os escores, entretanto os valores genéticos estimados são afetados pelo tamanho do grupo, sendo desejável a formação de grupos de avaliação superiores a 40 animais. Para o segundo objetivo foi realizado um GWAS usando dois modelos, BayesC e LASSO Bayesiano com duas classes de variáveis dependentes, o fenótipo dos escores e os valores genéticos desregredidos (dEBV). Nas análises foram utilizados 2873 registros de machos e fêmeas Nelore. Os animais foram genotipados com o painel BovineHD da Illumina, após o controle de qualidade restaram 309.865 SNPs. O critério de associação foi a porcentagem de variância genética explicada por janelas de 1 Mb de comprimento. Após as análises, o modelo BayesC foi o que se ajustou melhor aos dados, porque explicou uma maior proporção de variância fenotípica para... / The visual scores are used as selection criteria in Brazilian cattle and aiming to improve the carcass traits. These traits have the particularity of being attributed depending on relative data and not on absolute references. This property could lead to difficulties in the estimation of genetic parameters and breeding values as well. Considering the importance of the visual scores, two studies were performed with the following objectives: 1) determine if the forms in which these scores are attributed have consequences in the genetic parameters and breeding values estimation, and, 2) identify regions of the genome that are associated with the scores of conformation, finishing precocity and muscling in Nellore cattle. For the first objective, a simulation study was conducted considering populations with and without selection, and three sizes of group attribution scores (10, 40 and 100 animals), these populations were mated for 12 overlapping generations. Genetic parameters and breeding values for each generation were estimated using a threshold model. The results indicate that the estimates of genetic parameters and breeding values are not affected by how the scores are attributed; however, the estimated breeding values are affected by the group size, being recommended the formation of evaluation groups more than 40 animals. For the second objective, a GWAS was conducted using BayesC and Bayesian LASSO models with two types of dependent variable. These variables were the phenotype and the deregressed breeding values (dEBV). In the analyses, a total of 2873 records of males and females from Nellore cattle were used. The animals were genotyped using the chip BovineHD of Illumina, after the quality control, a total of 309,865 SNPs were maintained. The association criterion was the proportion of genetic variance explained by 1 Mb genome windows. After the analyses, the BayesC model was the best fitted the data, as it explained a greater ...

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:25:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-03-11. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:46:47Z : No. of bitstreams: 1 000845533.pdf: 2245393 bytes, checksum: 5278ffe65b8b2c74810887e8684ffc07 (MD5) / A base genética que rege os processos fisiológicos para expressão dos fenótipos de produção de leite ainda não está completamente compreendida, pois poucos genes causais ou marcadores associados com a variação na expressão desses fenótipos foram relatados e espera-se que mais genes estejam envolvidos. Com o surgimento da era genômica, os esforços para identificar polimorfismos de sítio único (Single Nucleotide Polymorphisms - SNPs) foram expressivos. Os SNPs permitem estabelecer uma forte relação entre a expressão de características economicamente importantes e regiões específicas do genoma de um indivíduo. Tal relação é confirmada por estudos de associação ampla do genoma (GWAS), gerando conhecimento a cerca dos genes e fragmentos cromossômicos ligados a características importantes, os quais são posteriormente explorados na biologia dos sistemas. Qualquer inferência acerca de segmentos cromossômicos que possam estar associados a fenótipos de interesse utiliza uma montagem de um genoma de referência, onde todos os genes estão ancorados. Porém, o processo de montagem de um genoma é complexo e erros quanto ao posicionamento de sequências são esperados. Desta forma, este trabalho propõe avaliar a montagem de referência do genoma bovino produzido pelo grupo de pesquisa da universidade de Maryland e a aplicação do GWAS na raça Gir (Bos indicus) aos fenótipos de produção de leite, proteína e gordura, porcentagem de proteína e gordura e idade ao primeito parto, com o intuito de identificar regiões cromossômicas que possam estar relacionadas com aspectos importantes da produção de leite e fertilidade, contribuindo para a melhor compreensão dos fenômenos que regem tais aspectos / The genetic basis of physiological processes underlying milk production traits are not completely understood, and few causal genes and markers associated with these traits have been reported to date. The emergence of the genomics era, efforts for the discovery of single nucleotide polymorphisms (SNPs) are numerous. These markers allow for establishing relationships between differences in economically important traits and specific genomic coordinates. These relationships are confirmed in genome-wide association studies (GWAS), which provide knowledge about genes and chromosomal segments affecting traits of interest that can be further explored in systems biology. Inferences about genomic localtions that are potentially implicated in phenotypic differences rely on a reference genome assembly where genes are annotated. However, genome assembly is a complex task that is prone to errors, and cases of wrong positioning of nucleotide sequences are not rare. Therefore, this thesis aimed at assessing candidate misassembled regions in the reference bovine genome assembly and performing a GWAS for milk traits in Gir cattle (Bos indicus), including milk, protein and fat yield, percentage of protein and fat, and age at first calving, targeting the identication of genomic regions that are potentially related to important aspects of fertility and milk production

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-21Bitstream added on 2014-11-10T11:57:52Z : No. of bitstreams: 1 000791338.pdf: 1645020 bytes, checksum: 36a990fa631a115183869676006b153f (MD5) / A redução da idade ao primeiro parto (IPP) está diretamente ligada à eficiência e lucratividade da produção de carne bovina. Apesar da sua importância, as características ligadas à precocidade sexual das fêmeas, vêm sendo pouco utilizadas nos programas de melhoramento genético de gado de corte no Brasil, como consequência de sua baixa herdabilidade e baixo índice de seleção em fêmeas. O perímetro escrotal (PE) e a IPP são características de fácil mensuração e as mais importantes como indicadoras de idade à puberdade em bovinos. O peso ao sobreano (PS) assume importante papel no melhoramento genético por ser o peso mais próximo ao abate. Atualmente, no Brasil, são publicados vários sumários de touros para a raça Nelore, com diversas características de importância econômica, todos incluindo grandes conjuntos de dados de animais distribuídos em diversas regiões do país. Em gado de corte, não existem estudos de correlações genéticas dessas características sob interação genótipo-ambiente (IGA). O objetivo do presente trabalho foi verificar a importância da interação genótipo-ambiente sobre a IPP, PE e PS em bovinos da raça Nelore, usando normas de reação em modelos de regressão aleatória multicaracterística. Os dados foram colhidos em propriedades localizadas no Norte, Nordeste, Centro-Oeste, e Sudeste do Brasil que participam do Programa de Melhoramento Genético da Conexão Delta G. Os grupos ambientais (GAs) foram definidos em função dos animais nascidos na mesma fazenda e ano, do mesmo grupo de manejo (do nascimento ao sobreano) e do mesmo sexo para IPP, PE e PS. A média de ganho de peso pós-desmama foi utilizada como medida de gradiente ambiental. Para as análises de normas de reação foram utilizados polinômios lineares de Legendre regredidos sobre os GAs para modelar o efeito genético aditivo. Polinômios lineares de Legendre também ... / Reducing the age at first calving (IPP) is directly linked to the efficiency and profitability of beef production. Despite its importance, the characteristics linked to early sexual activity in females, have been little used in breeding beef cattle programs in Brazil, as a consequence of its low heritability and low rate of selection in females. The scrotal circumference (PE) and IPP are easy to measure and the most important indicator of age at puberty in cattle. The yearling weight (PS) plays an important role in the genetic improvement to be the closest weight of slaughter weight. Currently, in Brazil, are published several summaries for Nelore bulls with various traits of economic importance, including all large data sets of animals distributed in various regions of the country. In cattle, there is no studies of genetic correlations of these traits on genotype-environment interaction (IGA). The objective of this study was to verify the genotype-environment interaction on the age at first calving, scrotal circumference and yearling weight in Nelore cattle, using multitrait random regression models. Data were collected on properties located in the North, Northeast, Midwest, and Southeast of Brazil participating in the Program for Genetic Improvement of Conexão Delta G. Environmental groups (AGs) were defined in relation to animals born in the same herd and year, management group (birth, weaning and yearling) and the same sex for IPP, PE and PS. The average gain after weaning weight was used as an environmental gradient. For the analysis of reaction norms linear Legendre polynomials regressed on GAs to model the additive genetic effects were used. Linear Legendre polynomials were used to model also fixed effect of the average population trend. The residual variances were modeled in homogeneous classes. The (co)variances were estimated using the software Wombat. The model for PE and PS included ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:39Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2002-01-31Bitstream added on 2014-06-13T19:59:29Z : No. of bitstreams: 1 silva_glm_me_ilha.pdf: 203923 bytes, checksum: e21b04a78900de2d1a49b1afed03c08c (MD5) / Dados de crescimento em pesagens mensais e bimestrais de bovinos da raça Guzerá, nascidos e/ou criados no período de 1977 a 2000, pertencentes ao rebanho da Fazenda de Ensino e Pesquisa do Câmpus de Ilha Solteira, UNESP, situada no município de Selvíria-MS, foram analisados visando a avaliação dos touros que foram utilizados nesse período. Tal avaliação foi feita por três procedimentos estatísticos: Diferença predita (DEP), Provável valor genético (PVG) e BLUP(Melhor estimador linear não viciado). Através do DEP e do BLUP, obteve-se classificação praticamente idêntica. Já a classificação pelo método PVG foi distinta das demais. / Data of growth in monthly and bimonthly of bovines of Guzera race, born and grown from 1977 to 2000, belonging to flock of farm of teaching and research of Campus of Ilha Solteira, UNESP, located in Selviria MS city, was analyzed certifying get the selection of bulls. The evaluation of bulls was done by three statistical procedures, Predicted Difference (PD), Probable Genetic Value (PGV) and Best linear unbiased prediction (BLUP). The ranking of the bulls by BLUP and PD were pretty much the same. Although, when PGV was used, the ranking was different of the other methods.