Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2012. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2012-09-17T12:43:05Z No. of bitstreams: 1 2012_EleonoraAraujoBarbosa.pdf: 1136274 bytes, checksum: b51d468655ffde15c29fd9800855f4bd (MD5) / Approved for entry into archive by Luanna Maia(luanna@bce.unb.br) on 2012-09-18T12:36:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_EleonoraAraujoBarbosa.pdf: 1136274 bytes, checksum: b51d468655ffde15c29fd9800855f4bd (MD5) / Made available in DSpace on 2012-09-18T12:36:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_EleonoraAraujoBarbosa.pdf: 1136274 bytes, checksum: b51d468655ffde15c29fd9800855f4bd (MD5) / Estudos de caracterização da capacidade produtiva de animais localmente adaptados são importantes para auxiliar programas de conservação de recursos genéticos que visam a inserção desses animais na cadeia produtiva. O objetivo desse estudo foi utilizar a morfometria e a ultrassonografia de carcaça para estimar a curva de crescimento de animais de raças localmente adaptadas Pantaneira e Crioula Lageana. Foram avaliadas 103 fêmeas bovinas do grupamento genético Pantaneiro, criadas em regime extensivo em pastagem nativa, com idade entre 7meses e 11 anos, pertencentes ao rebanho do Núcleo de Conservação da fazenda Nhumirin (Embrapa Pantanal), localizada no Pantanal Sul- matogrossense (MS); e 111 bovinos fêmeas da raça Crioula Lageana, com idade entre 5 meses e 11 anos, criadas em regime extensivo, pertencentes a rebanhos de três propriedades particulares localizadas nos municípios de Lages-SC, Capão Alto-SC e Curitibanos- SC. Os animais Pantaneiros foram pesados em balança analógica. Foram também medidos quanto ao perímetro torácico (PT) (cm), comprimento do corpo (CC) (cm) e comprimento de garupa (CG) (cm), realizadas com o auxílio de fita métrica; altura de cernelha (AC) (cm), altura de garupa (AG) (cm), profundidade (PF) (cm) e distância entre ílios (DI) (cm), medidas com um hipômetro. Foram coletadas imagens do músculo Longissimus dorsi, para mensuração da área de olho de lombo (AOL) (cm2). Os animais Crioulo Lageanos passaram pelos mesmos procedimentos com exceção do peso que foi estimado pela fórmula de Quetlet. Para relacionar as medidas morfométricas com a idade dos animais, utilizou-se o modelo de regressão segmentada univariado, atribuindo para a variável resposta distribuição Gamma. Por meio do programa SAEG foi realizada medida de correlação de Pearson entre as variáveis. Os animais Pantaneiros atingiram o ponto de inflexão aproximadamente aos 40 meses de idade, para a medida AOL, não foi possível ajustar um modelo estatístico aos dados, devido à aleatoriedade dos mesmos. Todas as variáveis apresentaram correlação positiva acima de 60% (P< 0,0001), com exceção de AOL x Idade 15.81% (P< 0,0565), AOL x AC 34.44%, AG x Idade 46.19%, AG x DI 58.07%, AOL x AG 24.57% (P<0,006), AOL x PT 39.9%. Para as Crioulas Lageanas o ponto de inflexão para as medidas morfométricas ficou estimado aproximadamente em 27 meses. Para a medida de AOL, o ponto de inflexão ficou bem abaixo dos demais, 18 meses. Todas as variáveis apresentaram correlação positiva acima de 70% (P<0,0001) com exceção de AOL x Idade 63.81%, AOL x AC 59.82% e AOL x AG 61.73%. Constata-se que os animais Pantaneiros apresentam crescimento mais lento, atingindo o ponto de inflexão em idades mais avançadas, possivelmente pelas condições de criação presentes no Pantanal. Os animais Crioulos Lagenos apresentam ponto de inflexão por volta dos 27 meses, o que torna essa raça uma boa possibilidade para a pecuária Catarinense. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Body measurements and carcass ultrasound can be used to predict and estimate production traits in cattle. This study aimed to use morphometryc and carcass ultrasound to estimate the growth curve of animals of the Pantaneiro genetic raised in his natural habitat. Were evaluated 103 cows, raised in extensive native grazing, between 7 months and 11 years old, from the herd of conservation nuclei Nhumirin farm(Embrapa Pantanal), located in the Pantanal of Mato Grosso do Sul (MS, Brazil), Nhecolândia district. The animals were measured on thorax perimeter (TP) (cm), body length (BL) (cm), rump height (RH) (cm), made with a tape, withers height (WH) (cm), hip height (HH) (cm) depth (DP) (cm) and distance between the ilia (DI) (cm), measured with a hipometer. The animals were weighed with analog scale. With an ultrasound images were taken of the Longissimus dorsi muscle, to measure the Longissimus muscle area (LMA) (cm2). To relate the measurements at the age of the animals used the targeted univariate regression model, assigning the variable response to gamma distribution. In another analyses 39 animals were divided into groups by age: 7-8 months, 13- 15 months, 29-31 months, 41-43 months, and the results submitted to variance analysis (ANOVA) and means compared by Duncan test. Was measured the Pearson correlation between variables. The inflection point of the growth curve was 37 months for hip height, between 38 and 39 months for thorax perimeter, rump length and withers height, between 40 and 41 months for distance between ilia, weight and depth and 45 months for body length. The LMA results could not fit in a statistical model. All variables were correlated above 60% (P <0.01), except LMA x Age 15.81% (P <0.0565), LMA x WH 34.44%, HH x Age 46.19%, 28 HH x DI 58.07%, LMA x HH 24.57% (P < 0.06), LMA x TP 39.9%. The Pantaneiro cows showed age maturity with 40 months, which may have occurred because were raised in natural farming conditions.

Orientador: Roberto Carvalheiro / Coorientador: Haroldo Henrique de Rezende Neves / Coorientador: Herman Arend Mulder / Banca: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Gerson Antonio de Oliveira Júnior / Banca: Diercles Francisco Cardoso / Resumo: A existência de um controle genético sobre a variância residual torna possível a seleção para uniformidade de produção. Desta forma, os objetivos do presente estudo foram: i) investigar a presença deste componente genético na variância residual do peso ao sobreano (PS) em bovinos da raça Nelore (N = 194.628, touros = 625), usando duas abordagens: dois passos (two-step) e modelo linear generalizado hierárquico duplo (double hierarchical generalized linear model, DHGLM); e ii) identificar, através de estudo de associação genômica ampla (genome-wide association study, GWAS), regiões genômicas associadas com uniformidade do PS usando differentes variáveis respostas: EBV desregredido (dEBVv) obtido a partir de soluções de um DHGLM assumindo correlação genética não-nula entre média e variância residual (rmv ≠ 0); e dEBVv_r0 e variância dos resíduos log-transformada (ln_σ2ê) obtidos a partir de soluções de um DHGLM assumindo rmv = 0. Os resultados confirmam a presença de heterogeneidade genética de variância residual bem como oportunidade de seleção (coeficiente de variação genética da variância residual (GCVE) variando de 0,10 a 0,17). Porém, a seleção pode ser limitada devido à magnitude da variância genética da variância residual e à forte e positiva correlação genética entre a média e a variância (0,20 e 0,76 para a abordagem em dois passos e DHGLM, respectivamente). Além disso, foi possível observar que um grande número de progênies por touro é necessário para obter EBV com mai... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The existence of genetic control on residual variance makes possible the selection for uniformity. Thus, the objectives of the present study were: i) to investigate the presence of this genetic component on the residual variance of yearling weight (YW) in Nellore cattle (N = 194,628, sires = 625) using two approaches: two step approach and double hierarchical generalized linear model (DHGLM); and ii) to identify, through a genome-wide association study (GWAS), genomic regions associated with uniformity of YW using different response variables: deregressed EBV (dEBVv) obtained from solutions of a DHGLM assuming non-null genetic correlation between mean and residual variance (rmv ≠ 0); and dEBVv_r0 and log-transformed variance of estimated residuals (ln_σê 2) obtained from solutions of a DHGLM assuming rmv = 0. The results confirm the presence of genetic heterogeneity of residual variance as well as opportunity of selection (coefficient of genetic variance of residual variance (GCVE) ranging from 0.10 to 0.17). However, selection may be limited by the magnitude of the genetic variance of the residual variance and the strong and positive genetic correlation between mean and variance (0.20 and 0.76 for two-step approach and DHGLM, respectively). In addition, it was observed that large sire families are required to obtain higher EBVv accuracies (heritability of residual variance, hv 2 < 0.007). The mean-variance relationship was reduced by using Box-Cox transformation, which reduc... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-09-12T13:05:31Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 449166 bytes, checksum: 0711bbfac00985d818e73009310e61f2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-12T13:05:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 449166 bytes, checksum: 0711bbfac00985d818e73009310e61f2 (MD5) Previous issue date: 2016-02-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os modelos não lineares mistos são modelos que contêm efeitos fixos e aleatórios. Tais modelos são efetivos para dados longitudinais e podem ser aplicados a dados desbalanceados ou incompletos. Os dados utilizados foram provenientes da Associação Brasileira de Criadores de Zebu (ABCZ), e contém observações de peso corporal e idade de bovinos da raça Guzerá. Os modelos ajustados foram Logístico, Gompertz, Brody e Von Bertalanffy. Os critérios de qualidade de ajuste utilizados para comparar os modelos foram AIC, BIC, R 2 , DMA e EQM. No capítulo 1, o objetivo foi avaliar a qualidade de ajuste dos modelos não lineares mistos no estudo do crescimento de bovinos da raça Guzerá de diferentes regiões do nordeste brasileiro incorporando ao modelo efeitos aleatórios de animal. A inclusão de efeitos aleatórios de animal ao modelo diminui a variância residual e considera a variabilidade entre os animais. Os modelos com dois efeitos aleatórios incorporados aos parâmetros peso assintótico e taxa de maturidade, apresentaram melhores resultados em relação a qualidade do ajuste. Os modelos mais adequados são o Gompertz e o Von Bertalanffy, respectivamente, para machos e fêmeas da raça Guzerá. No capítulo 2, o objetivo foi avaliar a qualidade de ajuste dos modelos Gompertz e Von Bertalanffy, respectivamente para bovinos machos e fêmeas da raça Guzerá, incorporando ao modelo o efeito fixo de cinco regiões de produção do nordeste brasileiro, e comparar as curvas de crescimento entre regiões de produção através dos intervalos de confiança. A interpretação dos intervalos de confiança gerados para cada parâmetro permite identificar que machos da raça Guzerá das regiões de produção Gado- Algodão e Serra Geral da Bahia possuem peso assintótico comum, enquanto a taxa de maturidade é comum para animais das regiões Itapetinga-Valadares e Mata-Agreste. As fêmeas da raça Guzerá das regiões de produção Gado-Algodão e Sertão possuem peso assintótico comum, assim como das regiões Itapetinga-Valadares e Serra Geral da Bahia, enquanto a taxa de maturidade é comum nas regiões Mata-Agreste, Itapetinga-Valadares e Serra Geral da Bahia. / Nonlinear mixed-effects models are models that contain fixed and random effects. Such models are effective for longitudinal data and can be applied to unbalanced or incomplete data. The data used were from the Brazilian Association of Zebu Breeders (ABCZ), and contains body weight observations and age of Guzerá breed. The fitted models were Logistic, Gompertz, Brody and Von Bertalanffy. The goodness of fit’s measures used to evaluate and compare the models were AIC, BIC, R 2 , DMA and MSE. In the chapter 1, the objective was to evaluate the goodness of fit of nonlinear mixed-effects models in the fitting of Guzerá bovine growth curves from different regions of northeastern Brazil incorporating random effects by animal. The inclusion of random effects model decreases the residual variance and considers the variability between the animals. The models with two random effects incorporated into the asymptotic weight and maturing rate parameters have better results in relation to goodness of fit. The most suitable models are Gompertz and Von Bertalanffy, respectively, for males and females. In the chapter 2, the objective was to evaluate the goodness of fit of Gompertz and Von Bertalanffy models, respectively for male and female Guzerá breed, incorporating fixed effect of five production regions of northeastern Brazil into the model, and compare the growth curves among regions of production by confidence intervals. The interpretation of confidence intervals generated for each parameter identifies that Guzerá males of production regions Gado-Algodão and Serra Geral da Bahia have common asymptotic weight, while the maturing rate is common for animals of Itapetinga-Valadares and Mata-Agreste regions. Guzerá Females of production regions Gado-Algodão and Sertão have common asymptotic weight, as well as the regions of Itapetinga-Valadares and Serra Geral da Bahia, while the maturing rate is common in Mata-Agreste, Itapetinga-Valadares and Serra Geral da Bahia regions.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-06-30Bitstream added on 2014-06-13T19:32:30Z : No. of bitstreams: 1 guerra_dm_me_botib.pdf: 2345678 bytes, checksum: 3a29cbd28a1d454f240afad94975996e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A compreensão dos mecanismos moleculares controladores do desenvolvimento, função e regressão do CL bovino é necessária para o aprimoramento da manipulação hormonal ovariana. Fortes evidências sugerem o envolvimento de fatores de crescimento fibroblástico (FGFs) na regulação do crescimento e regressão do CL. “Splicing” alternativo de 4 genes formam sete subtipos de FGFRs com afinidade variável por diferentes FGFs. Os membros da subfamília do FGF8 (FGF8, 17 e 18) ativam eficientemente o FGFR3C e 4 e podem atuar em cooperação nos tecidos que expressão estes receptores. O objetivo deste trabalho foi determinar o padrão de expressão dos FGFRs e dos membros da subfamília do FGF8 no CL bovino (CL). Os CLs foram obtidos de ovários de abatedouro e classificados em 4 estádios de desenvolvimento (estádio/1= corpo hemorrágico, estádio/2= CL em desenvolvimento, estádio/3= CL maduro/início da luteólise funcional e estádio/4= luteólise estrutural). O RNAm foi mensurado por PCR semiquantitativo e a proteína localizada por imunohistoquímica. A expressão do RNAm codificante das isoformas ‘B’ e ‘C’ de FGFR1 e FGFR2 foi detectada no CL bovino por PCR associado à eletroforese e foi acompanhada pela localização da proteína nas pequenas e grandes células luteínicas. A expressão do RNAm do FGFR1C e 2C não variou durante o desenvolvimento luteínico, distintamente a expressão do FGFR1B aumentou no estádio 3. Embora os FGFRs 3B, 3C e 4 tenham sido detectados de forma inconsistente por PCR associado à eletroforese, o RNAm do FGFR3C e FGFR4 foram detectados por PCR em tempo real em todos os estádios do desenvolvimento luteínico. O RNAm do FGF18 foi detectado por PCR em tempo real em todos os estádios do desenvolvimento luteínico e sua abundancia do RNAm do FGF18 foi maior no estádio 3 comparado com os estádios 1, 2 e 4. Em contraste, os RNAm do FGF8 e 17... / The molecular mechanisms controlling the development, function and regression of the bovine corpus luteum are necessary for the improvement of reproductive biotechnologies. Strong evidence suggests the involvement of fibroblast growth factors (FGFs) in the regulation of growth, and regression of the corpus luteum (CL). Alternative splicing of 4 genes give rise to seven subtypes of FGFRs with varying affinity for different FGFs. FGF8 subfamily members (FGF8, 17 and 18) efficiently activate FGFR3C and FGFR4 and may act in cooperation in tissues expressing these receptors. The objective of the present study was to determine the pattern of expression of FGF8 subfamily members and FGFRs in the bovine CL. Bovine CLs were obtained from abattoir ovaries and classed into four stages of development (stage 1= corpus hemorragicum, stage 2= developing CL, stage 3= mature/early functional luteolysis CL, and stage 4= structural luteolysis). Expression of mRNA was measured by semiquantitative reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) followed by gel analysis (FGFR1-4) and real time RT-PCR (FGF8 subfamily members, FGFR3C and FGFR4) and proteins were localized by immunohistochemistry. Expression of mRNA encoding ‘B’ and ‘C’ spliced forms of FGFR1 and FGFR2 was readily detected in the bovine CL and was accompanied by isoform non-specific protein localization. FGFR1C and FGFR2C mRNA expression did not vary throughout CL lifespan, whereas FGFR1B was upregulated in the mature CL (stage III). FGFR3B, FGFR3C and FGFR4 expression was inconsistent in the bovine CL as assessed by PCR associated with gel analysis. FGF18, FGFR3C and FGFR4 mRNA was detected by real time PCR in all four developmental stages, and FGF18 mRNA abundance was higher in stage 3 (2.89  0.05; mean ± SEM) compared with stages 1 (0.3  0.27), 2 (0.56  1.27) and 4 (0.99  0.32). The m RNA expression ... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-07Bitstream added on 2014-06-13T18:44:45Z : No. of bitstreams: 1 cervieri_rc_dr_botfmvz.pdf: 239768 bytes, checksum: bef712f299e9f7a6c14714b5012ac9ac (MD5) / Objetivando estudar o efeito da somatotropina bovina recombinante (rbST) sobre o desempenho, características de carcaça e concentrações plasmáticas de IGF-I e hormônios tireoideanos, trinta e seis bezerros mestiços ½ Angus-Nelore, com idade inicial de 63 ± 17 dias e pesando 76,8 ± 14,7 kg, criados em pastagens de Brachiaria decumbens e suplementados em creep feeding, foram submetidos a dois tratamentos até a desmama (217 dias) sendo que dezoito bezerros receberam 1,4 mg/kg de rbST (Boostin®) a cada 14 dias e dezoito bezerros controle receberam solução salina. As pesagens e colheitas de sangue foram realizadas a cada 28 dias e, à desmama, foram abatidos cinco animais de cada tratamento para avaliação das características de carcaça. Os animais suplementados apresentaram maior ganho de peso médio diário e peso vivo final, maiores concentrações plasmáticas de IGF-I e T4 em relação ao controle. Os parâmetros peso de carcaça quente, rendimento de carcaça, pesos de traseiro e dianteiro, gordura peri-renal, peso de fígado, área de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea, pesos dos músculos do quarto do traseiro e concentração plasmática de T3 não diferiram significativamente entre os tratamentos. A utilização de rbST propiciou aumento de 7,9% no ganho de peso vivo e alterou o perfil hormonal de bezerros suplementados em creep feeding durante a fase de cria, não refletindo, entretanto, em maior peso ou rendimento de carcaça. / The objective of this study was to evaluate the recombinant bovine somatotropin (rbST) effect on performance, carcass characteristics and plasma concentrations of IGF-I and thyroid hormones. Thirty-six ½ Angus-Nellore crossbred bull calves, 63 ± 17 days old and weighting 76.8 ± 14.7 kg, raised in Brachiaria decumbens pastures and creep fed, were assigned to one of two treatments until weaning (217 days): eighteen calves received 1.4 mg/kg of rbST (Boostin®) every 14 days and eighteen control calves received saline solution. Calves were weighed and blood samples were collected every 28 days and, at weaning, five animals from each treatment were slaughtered for carcass evaluation. The rbST-treated calves had greater average daily gain and final weight and higher IGF-I and T4 plasma concentrations than the control ones. The weights of hot carcass, forequarter and hindquarter, dressing percentage, kidney and pelvic fat, rib eye area, backfat thickness, weight of the hindquarter muscles and plasma concentrations of T3 were not affected by rbST. The rbST treatment implied in greater rates of gain, 7.9%, and altered the hormonal status in pre-weaning creep-fed bull calves, but did not reflect in greater carcass weight or dressing percentage.

Submitted by Amauri Alves (amauri.alves@ufv.br) on 2015-11-20T10:44:52Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 542026 bytes, checksum: 2ca363eb8fda9e4793dc1753fbf56056 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-20T10:44:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 542026 bytes, checksum: 2ca363eb8fda9e4793dc1753fbf56056 (MD5) Previous issue date: 2015-05-15 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Objetivou-se, com o presente trabalho estimar componentes de (co)variância e parâmetros genéticos para pesos obtidos por modelos de regressão aleatória (MRA) via polinômios ortogonais de Legendre e compará-los a modelos multicaracterísticos; e comparar o MRA de melhor ajuste (via polinômio ortogonal de Legendre), com funções ajustadas por modelos B- spline com segmentos lineares, quadráticos ou cúbicos. Foram avaliados registros de peso dos 60o o 499o dias de idade de bovinos da raça Nelore nascidos entre 2005 e 2012. Os dados para as análises multicaracterísticas foram compostos por pesos ajustados aos 120 (P 120 ), 210 (P 210 ), 365 (P 365 ) e 450 (P 450 ) dias de idade, já para os MRA continha os mesmo dados porem não ajustados. A estimação dos componentes de (co)variância e parâmetros genéticos foram realizadas pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML). Foram testados 12 diferentes MRA, utilizando-se de polinômios ortogonais de Legendre, de ordens dois (linear), três (quadrático) ou quatro (cúbico). Da mesma forma, para as funções B-spline, polinômios lineares (L), quadráticos (Q) e cúbicos (C), foram testados, porém variando o número de nós. Os critérios de informação de Akaike (AIC), informação bayesiano de Schwarz (BIC), valores do logaritmo da função de verossimilhança (Log e L) e teste da razão de verossimilhança (LRT) foram utilizados para a escolha do melhor modelo. O modelo (6) - Leg34444 com ordem 3 para o efeito fixo e 4 para os efeitos aleatórios (aditiva direta, materna e ambiente permanente direto e materno) ajustado pelo polinômios de legendre apresentou um menor número de parâmetros, maior valor de Log e L e menor de AIC e BIC. As estimativas de variância genética aditiva direta 2 do animal (σ gad ), variância genética aditiva materna (σ gam ), variância de ambiente permanente 2 ), variância de ambiente permanente direto (σ pd ), variância fenotípica (σ f 2 ) e materno (σ pm variância residual composta (σ rc ) obtidas pelos modelos multicaracterístico e MRA (modelo 6-ajustado por polinômios de Legendre), apresentaram tendências semelhantes para o peso ao longo da curva de crescimento. No entanto, as estimativas mais acuradas foram obtidas via MRA. Em relação as estimativas de herdabilidades direta (h2 d ), de maneira geral, foram semelhantes e variaram de 0,09 a 0,28 e 0,15 a 0,39 para os modelos multicaracterístico e o MRA. De mesmo modo, as herdabilidades materna (h2 m ) foram similares, porém de baixa magnitude, com estimativas que variaram de 0,01 a 0,03 e 0,08 a 0,11 para os modelos vi multicaracterístico e o MRA. A função B-spline do modelo A1- BSL33322 (CL4) sendo linear, ordem 3 para os coeficientes de regressão fixos, aleatórios genético aditivo e materno e ordem 2 para os coeficiente de regressão aleatória de ambiente permanente direto e materno, com quatro classes de variância residual (CL 4 ) e 27 parâmetros, propiciou melhor ajuste em relação ao polinômio de Legendre de modelo 6 - Leg34444 (CL4), que continha com 43 parâmetros. As estimativas de (co)variância e parâmetros genéticos estimadas tanto para MRA (ajustada por polinômios de Legendre) quanto para os modelos multicacteristico foram biologicamente semelhantes. No entanto, o modelo com função polinomial de Legendre de ordem três para os efeitos fixos e quatro para os efeitos aleatórios foi o que apresentou as melhores acurácias para os parâmetros avaliados. O uso de uma função B-Spline linear com coeficientes de regressão de ordem três para os (efeitos fixos, aleatórios genético aditivo e materno) com três nós e ordem dois para os (efeitos aleatórios de ambiente permanente direto e materno) com dois nós no extremo da curva, proporcionaram um melhor ajuste no modelo em comparação com o modelo ajustado com polinômios ortogonais de Legendre. / The objective of the present study was to estimate (co)variance components and genetic parameters for weight records (WR) using an orthogonal Legendre polynomials random regression model (MRA) and to compare with multi-trait models adjusted for weight records at 120 (P 120 ), 210 (P 210 ) 365 (P 365 ) and 450 (P 450 ) days old, and to compare the MRA best-fitting model with B-spline models fitted by different orders of segment (linear, quadratic or cubic). We provided weight records from 60 to 499 days old from Nellore cattle born between 2005 and 2012. WR for multi-trait analyses were adjusted at 120 (P 120 ), 210 (P 210 ), 365 (P 365 ) and 450 (P 450 ) days old, whereas the original WR was used in the MRA. The estimation of (co)variance and genetic parameters were performed by the REML. Twelve (12) different MRA using orthogonal Legendre polynomials were fitted (linear, quadratic or cubic) as well as via B-spline function, linear (L), quadratic (Q), and cubic (C) polynomials were fitted differing from the number of nodes assumed in each model. Akaike information criterion (AIC), Bayesian information criterion of Schwarz (BIC), logarithm values of the likelihood function (Log e L) and the likelihood ratio test (LRT) were used for model choice. The model (6) - Leg34444 with order 3 for the fixed effect and 4 for the random effects (direct additive, maternal and direct permanent environmental and maternal) adjusted by the Legendre polynomials had a small number of parameters, higher value Log e L and lower AIC and BIC values. Estimates ), maternal direct additive genetic of direct additive genetic variance of the animal (σ gad 2 variance (σ gam ), maternal permanent environmental variance (σ pm ), direct permanent 2 environmental variance (σ pd ), phenotypic variance (σ f 2 ) and composed residual variance (σ rc ) obtained by multi-trait models and MRA (model-6 adjusted for Legendre polynomials) were similar along the growth curve. However, MRA presented higher accuracy compared to multi- trait models. The estimates of direct heritability (h2 d ) were, in general, similar for both models (range 0.09-0.28 and 0.15-0.39) for multi-trait and MRA, respectively. The maternal heritability (h2 m ) were low magnitude and showed the same trend, with estimates ranging from (0.01 to 0.03) and (0.08 to 0.11) for multi-trait and MRA. The B-spline model function A1-BSL33322 (CL 4 ) being linear, order 3 for fixed regression coefficients, random genetic and maternal and order 2 for the random regression coefficient of direct and maternal permanent environment, with four classes of residual variance (CL 4 ) and 27 parameters, provided better fit compared to viii the Legendre polynomial model 6-Leg34444 (CL 4 ), which contained 43 parameters. Covariance and genetic parameters estimates for MRA (adjusted for Legendre polynomials) and multi-trait models presented the same behavior along the growth curve. However, the model assuming Legendre polynomials of order three for the fixed and four for random effects showed higher accuracies. The use of a B-Spline Linear function of order three for fixed effects, random genetic animal and maternal with three nodes and order two for direct and maternal permanent environmental effects with two nodes best fit in comparison with Legendre polynomials orthogonal models.

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Fábio Ricardo Pablos de Souza / Coorientador: Lúcia Galvão de Albuquerque / Banca: Janete Apparecida Desidério / Banca: Maria Eugênia Zerlloti Mercadante / Resumo: Na pecuária de corte, características de crescimento e de carcaça são de grande importância para programas de melhoramento genético. Para acelerar o processo de seleção, os marcadores moleculares auxiliam o estudo dessas características que são influenciadas por efeitos poligênicos. Os genes ACRP30, PPARGC1 e OLR1, foram associados à características ligadas a produção em Bos taurus taurus. Esses genes estão ligados aos processos de sínteses de lipídios, síntese metabólica e acúmulo de gordura no tecido adiposo. Em nosso estudo, foram genotipados 639 animais, através da técnica de PCR-RFLP, para os genes ACRP30/BsrI, PPARGC1/NheI e OLR/PstI, onde foram detectados polimorfismos correspondentes aos sítios de restrição. Para as linhas de seleção Controle (NeC), Seleção(NeS) e Tradição(NeT) em bovinos Nelore, do Instituto de Zootecnia de Sertãozinho-IZ, foram feitas associações com características de peso ao nascer, peso no desmame, peso ao sobreano das fêmeas, altura ao sobreano da garupa das fêmeas, peso ao sobreano dos machos, altura ao sobreano da garupa dos machos, área de olho de lombo, espessura de gordura da garupa, espessura de gordura subcutânea e polimorfismos nos genes estudados, utilizado o PROC MIXED, do programa SAS/STAT 9.1.3. para análises de associações e Teste de Fisher para diferenciação entre populações do programa Genepop. A correção dos testes de hipóteses para comparações múltiplas foi feita pelo método de Bonferroni Os genótipos apresentados foram associados com as características de crescimento e carcaça, não apresentando efeitos significativos na população estudada / Abstract: In beef cattle production, growth and carcass traits are of great importance for animal breeding programs. To speed up the selection process, molecular markers help to study traits that are influenced by polygenic effects. The ACRP30, PPARGC1 and OLR1 genes were validated in some studies for traits related to production in Bos taurus. This genes are linked to processes of lipids and metabolic synthesis and accumulation of fat in the adipose tissue. In this study, 639 animals were genotyped by PCR-RFLP, for genes ACRP30/BsrI, PPARGC1/NheI and OLR/PstI, where polymorphisms were detected, corresponding to the restriction sites. For selection lines Control (NeC), Selection (NeS) and Tradition (NeT) in Nellore cattle, from the Institute of Zootecnia from Sertãozinho - IZ, associations were made with polymorphisms in the studied genes and the trais birth weight, weaning weight, yearling weight, yearling rump height, ribeye area, rump fat thickness and subcutaneous fat thickness, using the PROC MIXED from SAS/STAT 9.1.3. program for association analysis, and Fisher Test for population differentiation from Genepop program. The correctness of the hypothesis tests for multiple comparisons was made using the Bonferroni. The genotypes found were associated with the with growth and carcass traits but showed no significant effects on the studied population / Mestre

Orientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Banca: Henrique Nunes Oliveira / Banca: Arthur dos Santos Mascioli / Resumo: O crescente mercado de carne bovina brasileiro tem sinalizado a busca de rebanhos mais produtivos e com maiores proporções de animais precoces ao abate, de grande importância a seleção para precocidade sexual. Existem evidências que o perímetro escrotal está correlacionado, negativa e favoravelmente, com a idade ao primeiro parto de fêmeas. Portanto, a seleção para aumentar o perímetro escrotal, em longo prazo, deve levar a um aumento na precocidade sexual das fêmeas. No Brasil a pressuposição comumente assumida é a ausência de interação genótipo-ambiente (IGA) nas características de interesse econômico para a raça Nelore. Ainda são escassos os estudos de IGA para características de precocidade sexual, como o perímetro escrotal. O objetivo do presente trabalho foi quantificar a magnitude da IGA sobre o perímetro escrotal ao sobreano em machos da raça Nelore utilizando normas de reação. Foram utilizadas 31.370 medidas de machos da raça Nelore de propriedades localizadas no Sul, Centro-Oeste e Sudeste do Brasil. Os diferentes grupos ou descritores ambientais foram definidos conforme a informação de ano e estação de nascimento, fazenda de origem dos dados e grupo de manejo alimentar (nascimento, desmama e sobreano). Para a estimação dos parâmetros genéticos foi aplicado um modelo animal utilizando análises de regressão aleatória, em análises uni-característica, utilizando polinômios de Legendre como funções base. Para perímetro escrotal foram considerados a idade do animal no momento da avaliação como consequência aleatória foi considerado o efeito genético aditivo do animal. Polinômios de Legendre (de primeiro grau) regredidos sobre os grupos ambientais foram utilizados para modelar o efeito genético aditivo do animal e as (co)variâncias entre a característica estudada nos diferentes ambientes. Foram consideradas classes heterogêneas e homogêneas ... / Abstract: The increasing search on growing market for Brazilian Beef are related to herds more productive and availability of animals for slaughter, as consequence more significant importance for sexual precocity selection. The use of indicator's characteristics to sexual precocity in indirect selection can result in improving of reproductive efficiency of females. There is significant evidence that scrotal circumference is correlated, negatively and positively, with age at first calving females. Therefore, the selection for increasing scrotal circumference in long-term should lead to an increase of sexual precocity in females. Nowadays, several Brazilian summaries for Nellore bulls are published with amount of characteristics with focus in economically important traits, including all large data sets of animals distributed in some regions of the country. These genetics evaluations have the assumption, commonly assumed, of absence the genotype-environment interaction (GxE). Although there are few studies of GxE related to indicator's characteristics to sexual precocity, such as scrotal circumference.The objectives of this study was to verify the occurrence of genotype-environment interaction on the scrotal circumference, as well as studying genetic association between this trait in different environments, in animals of Nellore breed using the approach of reaction norms. We used information from 31,370 male Nellore property located in the south-central and southeastern Brazil. The different groups or environmental descriptors were defined according to information year and season of birth, home farm and data feed management group (birth weaning and yearling). For the estimation of genetic parameters was applied an animal model using random regression analyzes in single-trait analyzes, using Legendre polynomials as basis functions. For scrotal circumference were considered the age of the animal at the ... / Mestre

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Arione Augusti Boligon / Banca: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Roberto Carvalheiro / Resumo: As características de crescimento são fundamentais ao melhoramento genético de bovinos de corte, pois estão diretamente relacionadas à economia do sistema. Recentes avanços tecnológicos possibilitaram a utilização de dados genômicos na avaliação de animais de produção. Objetivou-se com este estudo avaliar modelos para predição de valores genéticos a partir de dados genômicos, bem como a detecção de polimorfismos de DNA associados à características de crescimento de animais da raça Nelore. Para tanto, foram genotipadas 5.064 animais, utilizando-se SNPs de alta densidade Illumina Bovine HD assay (Illumina, SanDiego, CA, USA) e, após o controle de qualidade, foram utilizados 412.993 SNPs. No Capítulo 2, foram utilizados três modelos para estimação dos efeitos dos marcadores para as características de peso ao nascer (PN), ganhos em peso do nascimento à desmama (GND) e da desmama ao sobreano (GDS), altura ao sobreano (ALTS) e peso da vaca (PV): melhor estimador linear não viesado (GBLUP), BAYESCπ e Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). Foram utilizados os valores genéticos desregredidos como pseudo-fenótipos. Os métodos Bayesianos foram os mais adequados para estimação dos efeitos dos SNPs e dos valores genômicos para as características estudadas. No Capítulo 3, aplicou-se o modelo ssGBLUP para estimar os efeitos de marcadores e associá-los às características PN, GND, GDS, ALTS e PV. Observaram-se associações com PN no BTA ("Bos taurus chromosomes") 14, com GND nos BTA 5 e 29, com GDS no BTA 11 e com ALTS no BTA 8, sendo destacados os genes TMEM68 (transmembrane protein 8B) associado ao PN e ALTS, XKR4(XK, Kell blood group complex subunit-related family, member 4) associado ao PN e NPR2 (natriuretic peptide receptor B) associado a ALTS / Abstract: Growth traits are fundamental to the genetic improvement of beef cattle, because they are directly related to the economy of the system. Recent technological advances have enabled the use of genomic data in the assessment of animals. The objective of this study was to evaluate models to predict breeding values from genomic data, and detection of DNA polymorphisms associated with growth traits in Nellore animals. Thus, it was genotyped 5,064 animals, using high-density SNPs Illumina Bovine HD assay (Illumina, San Diego, CA, USA), and after quality control 412,993 SNPs were used. In Chapter 2, three models were used to estimate the effects of markers for birth weight (BW), weight gains from birth to weaning (WGBW) and from weaning to yearling (WGWY), yearling height (YH) and cow weight (CW): better linear estimator not biased (GBLUP), BAYESCπ and Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). Breeding values were desregressed and used as pseudo-phenotypes. Bayesian methods were the most suitable for estimating the effects of SNPs and genomic values for the studied traits. In Chapter 3, we applied the ssGBLUP model to estimate the effects of markers and associate them with BW, WGBW, WGWY, YH and CW. There were associations with BW in BTA ("Bos taurus chromosomes") 14, with WGBW in BTA 5 and 29, with WGWY in BTA 11 and YH in BTA 8, distinguishing the genes TMEM68 (transmembrane protein 8B) associated with BW and YH, XKR4(XK, Kell blood group complex subunit-related family, member 4) associated with BW and NPR2 (natriuretic peptide receptor B) associated with the YH / Doutor

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Coorientador: Henner Simianer / Banca: Fábio Ricardo pablos de Souza / Banca: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Banca: Marcos Eli Buzanskas / Resumo: Análises de assinaturas de seleção são ferramentas úteis para identificação de padrões genômicos estabelecidos devido às interações humanas com animais domésticos. Em algumas situações, a estratificação dentro de uma raça permite a comparações genômicas entre subpopulações para elucidar assinaturas de seleção. O presente estudo teve o objetivo de analisar a estratificação existente em uma população experimental de bovinos da raça Nelore com três linhas de seleção e revelar assinaturas de seleção pertinentes à seleção direcional para aumento no peso ao sobreano. Para estes fins, foram utilizados animais genotipados com o painel de alta densidade de SNPs (Illumina® BovineHD beadchip - 777K), sendo 674 animais pertencentes à duas linhas mantidas sob seleção direcional para aumento do peso ao sobreano e 89 animais pertencentes a uma linha mantida sob seleção estabilizadora, baseada na mesma característica. A estratificação populacional foi avaliada pela análise de escalonamento multidimensional da matriz de distâncias genômicas e também pela análise da ancestralidade individual estimada a partir da matriz de marcadores. As assinaturas de seleção foram avaliadas com três métodos complementares, o índice de fixação de Wright (FST), a homozigose do haplótipo estendido entre populações (XP-EHH) e o escore de integração dos haplótipos (iHS). As diferentes abordagens utilizadas na avaliação da estrutura de populações apresentaram elevada consistência, revelando separação da população e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Analyses of selection signatures are valuable tools to identify genomic patterns formed by the interaction between humans and domestic animals. In some situations, the within-breed stratification enables genomic comparisons between groups of the same breed in order to study genetic mechanisms underlying given phenotypes under selection. The current study aimed to analyze the genomic stratification in an experimental population of Nellore cattle that keeps three selection lines, and highlight selection signatures pertinent to the practiced directional selection. To this end, was used a sample of animals genotyped with high density SNPs panel (Illumina® BovineHD beadchip - 777K), being 674 animals from two lines kept under directional selection for higher yearling body weight and 89 animals from one line kept under stabilizing selection based on the same trait. The population structure was assessed with multidimensional analysis based on the genomic distances matrix and with Admixture analyses based on genotype matrix. Selection signatures scans were based on three complementary methods the Wright's fixation index (FST), Cross Population Extended Haplotype Homozygosity (XP-EHH) and the integrated Haplotype score (iHS). The different approaches used in order to assess the population structure were largely consistent, revealing the population separation in three clusters equivalent to the three selection lines. The line under stabilizing selection was represented by an isolated c... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor