Avanços na área da genômica têm propiciado a inclusão da informação genômica no melhoramento genético animal. O sucesso de sua utilização depende da extensão do desequilíbrio de ligação (DL) entre marcadores e QTL, do número de animais genotipados no grupo de treinamento (GT) e da h2 da característica. O conhecimento de parâmetros de diversidade genética tais como endogamia e tamanho efetivo da população (Ne), associados ao aumento dos níveis de DL, são úteis no estudo da viabilidade da seleção genômica. Com o objetivo de estimar estes parâmetros em uma população de gado de corte, bovinos Nelore foram estudados através de uma análise de pedigree. O Ne estimado foi de 114, 245 e 101 para os anos de 95-99, 99-03 e 03-07, respectivamente. Para estimar a acurácia do valor genômico direto (VGD) foram simuladas duas populações com estrutura de DL semelhante àquela em gado de corte com 40k (POP1) e 800k (POP2) marcadores SNP. O DL entre os SNP adjacentes, medido pelo r2, foi de 0,25 e 0,32 e o Ne foi de 250 e 120 para POP1 e POP2, respectivamente. Para POP1, GT foram formados por 1920, 960 e 480 touros com acurácia média do valor genético estimado (VGE) de 0,79, 0,90 e 0,94 para h2 0,10, 0,25 e 0,40, respectivamente, e para POP2, 480 touros com a mesma acurácia média dos VGE. Outros dois GT (7680 e 1920 para POP1 e POP2) foram formados por animais com fenótipo disponível para estimar os efeitos dos marcadores ao invés do VGE. A acurácia do VGD aumentou significativamente (p<0,05) com o aumento do número de touros no GT, h2 e densidade dos marcadores. O número de animais no GT teve um efeito quadrático sobre as acurácias do VGD para todas as h2(p<0,0001). Para a POP1, a acurácia mais alta (0,64) foi observada para h2=0,40 e n=1920. As acurácias do VGD na POP2 foram maiores (de 16% a 24%) do que aquelas para 40k SNP e n=480 e similares àquelas para 40k SNP e n=960. Aumentar em 4 vezes o GT e usar fenótipos para calcular os efeitos dos marcadores não foi suficiente para manter ou aumentar a acurácia do VGD para h2<0,40, tanto para POP1, como POP2. Os resultados obtidos quando o número de SNP foi aumentado de 40k para 800k SNP com n=480 indicou que o painel mais denso requer 2 vezes menos touros no GT do que 40k SNP para produzir acurácias do VGD similares. Os resultados sugerem que a seleção genômica pode trazer ganhos em acurácia na ordem de 27, 13 e 10%, considerando n=1920 e h2=0,10, 0,25 e 0,40, respectivamente e 7% para n=960 e h2=0,10 com relação aos VGE de animais jovens (média dos pais). Estes níveis de ganho foram menores do que aqueles relatados para gado de leite. Portanto, justificam-se mais trabalhos de pesquisa nesta área. / Advances in genomics have led to the inclusion of genomic information in livestock breeding. The success of its use depends mainly on the extent of linkage disequilibrium (LD) between markers and QTL, the number of genotyped animals in the training set (TS), and the heritability of the trait. The knowledge of genetic diversity parameters such as rate of inbreeding and the effective population size (Ne) which are associated with the increase in LD levels is useful for studying the feasibility of genomic selection. Aiming to estimate these parameters in beef cattle, a population of Nellore cattle was studied by pedigree analysis. The Ne was estimated to be 114, 245 and 101 for the years 95-99, 99-03 and 03-07, respectively. Aiming to estimate the accuracy of genomic selection, two populations were simulated with a LD structure similar to that in beef cattle with 40k (POP1) and 800k (POP2) SNP markers. The LD between adjacent markers, as measured by r2, was 0.25 and 0.32 and Ne was 250 and 120 for POP1 and POP2, respectively. TS were formed by 1920, 960 and 480 bulls with EBV with mean accuracy of 0.79, 0.90 and 0.94 for h2 of 0.10, 0.25 and 0.40, respectively, for POP1, and 480 bulls with the same average accuracies of EBV for POP2. Two large TS (7680 and 1920 for POP1 and POP2) were composed by animals with phenotypic information to estimate the marker effects, rather than EBV. The accuracy of direct genomic EBV (DGEBV) increased significantly (p<0.05) with the increasing of number of bulls in the TS, h2 and density of the markers. The number of animals in the TS showed a quadratic effect on the accuracy of DGEBV (p<0.0001) for all h2. For POP1, the highest accuracy (0.64) was observed for h2 of 0.40 and 1920 bulls in TS. The accuracies of DGEBV in POP2 were higher (from 16% to 24%) than those from 40K SNP and 480 bulls in the TS and similar to those from 40K SNP and 960 bulls in TS. Increasing the number of animals in TS by 4-fold and using phenotypes to calculate the marker effects was not enough to maintain or increase the accuracy of DGEBV estimated using EBV as response variable to estimate the marker effects, when the h2 was lower than 0.40 for both POP1 as POP2. Results of increasing the number of markers from 40k to 800k with a TS of 480 genotyped bulls indicate that the high density marker panel would require 2 times less bulls in the TS than 40K for yielding similar accuracies of DGEBV. The results suggest that genomic selection can bring gains in accuracy of 27, 13 and 10%, considering 1920 bulls in the TS for h2=0.10, 0.25 and 0.40, respectively, and 7% for TS of 960 bulls and h2=0.10 when compared to the parent average of young animals. These gains were lower than those reported in dairy cattle. Therefore, more investigations are warranted.

Submitted by Thalita Cristine Landeira Portela Faro (thalita.faro@fgv.br) on 2011-05-23T17:24:09Z No. of bitstreams: 1 000100547.pdf: 6593839 bytes, checksum: e494e68a148ce87d5fe820f7899ffbe3 (MD5) / Approved for entry into archive by Thalita Cristine Landeira Portela Faro(thalita.faro@fgv.br) on 2011-05-23T17:24:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 000100547.pdf: 6593839 bytes, checksum: e494e68a148ce87d5fe820f7899ffbe3 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-05-23T17:25:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000100547.pdf: 6593839 bytes, checksum: e494e68a148ce87d5fe820f7899ffbe3 (MD5) Previous issue date: 1978

Submitted by Roberta Lorenzon (roberta.lorenzon@fgv.br) on 2011-05-30T13:49:35Z No. of bitstreams: 1 63080100013.pdf: 448247 bytes, checksum: e1101f4c06c3e1f7e325cc1bca089896 (MD5) / Approved for entry into archive by Suzinei Teles Garcia Garcia(suzinei.garcia@fgv.br) on 2011-05-30T13:55:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 63080100013.pdf: 448247 bytes, checksum: e1101f4c06c3e1f7e325cc1bca089896 (MD5) / Approved for entry into archive by Suzinei Teles Garcia Garcia(suzinei.garcia@fgv.br) on 2011-05-30T13:56:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 63080100013.pdf: 448247 bytes, checksum: e1101f4c06c3e1f7e325cc1bca089896 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-05-30T18:01:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 63080100013.pdf: 448247 bytes, checksum: e1101f4c06c3e1f7e325cc1bca089896 (MD5) Previous issue date: 2010-04-29 / This dissertation has three objectives. The first is to find out the best method to calculate the optimal hedge ratio of the brazilian market of live cattle. In order to do this, five models were tested: BEKK, DCC of Tse and Tsui (2002), DCC of Engle and Sheppard (2001), BEKK with crop dummy and BEKK with intercrop dummy. The second is to calculate the gap between the hedge ratio in the crop and in the intercrop, whereas the hedge ratio in the intercrop must be higher than in the crop because the higher uncertainty about a negative impact on the offer, which would affect negatively the cost of the slaughter houses. The third and last objective is to unveil the fact that the brazilian literature of the optimal hedge ratio is finding very short estimations of this hedge ratio compared with those used on the market. The Conclusion is that the DCC’s models have the best performance by the variance reduction criteria and Sharpe index increase criteria and that the hedge ratio in the intercrop must not be higher than in the crop. Another finding is that the gap of the intertemporal expectation caused by the contractual change implies a higher variance on the future return series, which decrease the hedge ratio. / Esta dissertação tem três objetivos. O primeiro é encontrar o melhor método para se calcular a taxa ótima de 'hedge' no mercado brasileiro do boi gordo. Para isso, foram testados cinco modelos: BEKK, DCC de Tse e Tsui (2002), DCC de Engle e Sheppard (2001), BEKK com dummy de safra e BEKK com dummy de entressafra. O segundo é calcular o diferencial de razões de 'hedge' entre a safra e entressafra, pois a taxa de 'hedge' na entressafra deve ser maior devido a uma maior incerteza sobre um possível choque de oferta, o que afetaria negativamente os custos dos frigoríficos. O terceiro e último objetivo é desvendar o porquê da literatura brasileira de taxa ótima de 'hedge' estar encontrando estimativas muito pequenas das taxas quando comparadas às realizadas no mercado. Conclui-se que os modelos DCC’s são os que, no geral, obtém um desempenho melhor pelo critério de redução de variância e aumento do índice de Sharpe e que a taxa de 'hedge' na entressafra não deve ser maior que na safra. Nota-se também que a quebra da expectativa intertemporal com a mudança de contratos faz com que a variância da série dos retornos futuros aumente muito, diminuindo assim a taxa de 'hedge'.

O sistema integrado de produção agropecuária (SIPA) é uma alternativa com grande potencial de atender à demanda por alimentos de forma sustentável. No entanto, ainda se desconhece o efeito da inserção do animal no sistema em relação à dinâmica do alumínio (Al) no solo e sua fitotoxidez. Nesse contexto, o objetivo desta pesquisa foi verificar o impacto do tempo, da calagem e da metodologia de análise, nas formas de Al do solo e na resposta das plantas, em um SIPA em semeadura direta de longo prazo, com produção de soja no verão e pastejo de bovinos de corte no inverno, no subtrópico brasileiro. Para isso, utilizou-se um experimento iniciado em 2001 e localizado no Planalto do Rio Grande do Sul, em Latossolo Vermelho distroférrico, cuja pastagem hibernal é composta de aveia preta + azevém, utilizada para pastejo ou apenas como cultura de cobertura (sem pastejo). Após seis anos, verificou-se menor teor de Al total na solução do solo das áreas com pastejo, acompanhados de uma maior e menor saturação por bases e por Al, respectivamente, na fase sólida do solo. Independentemente disto, a forma preponderante de Al foi, majoritariamente, aquela ligada a compostos orgânicos, especialmente quando da não correção recente da acidez do solo. Por sua vez, a correção do solo, em algumas situações, levou à neutralização de Al complexado a compostos orgânicos. Apesar dessa dinâmica diferenciada, os níveis da atividade do Al3+ se mantiveram abaixo daqueles considerados como tóxicos, acarretando em produtividades similares entre os diferentes manejos. Por outro lado, a destruição da estrutura e a secagem do solo para posterior extração de sua solução levou a diferenças nas espécies de Al e na atividade do Al3+, em relação a amostras que são mantidas indeformadas e sem passar pelo processo de secagem. / The integrated crop-livestock system (ICLS) is a sustainable alternative with high potential of success for an increasing sustainable food demand. However, studies concerning the impacts of animal insertion on aluminum (Al) dynamics and its phytotoxicity are still scarce. In this context, the objective of this research was to verify the impacts of time, liming and methodology analysis on soil Al forms and plants response, in an ICLS under long-term no-till with summer soybean cropping and winter grazing of bovines in Brazilian subtropics. The experiment initiated in 2001 in Southern Brazil, in a clayey Oxisol. The winter pasture was annual ryegrass + black oat and was utilized for grazing (ICLS) or only maintained as cover crops (no grazing). After six years, it was verified a lower content of total Al in soil solution in grazed areas, accompanied by a higher and a lower base and Al saturation, respectively, in soil solid phase. Regardless of this, the prevailing Al forms were found binded by organic compounds, especially when the soil was not recently limed. In turn, soil acidity correction led, in some situations, to the neutralization of Al complexed to organic matter. Nevertheless, the levels of Al3+ activity were maintained below of the considered as phytotoxic, leading to similar yield among the managements. However, the destruction of soil structure and its drying for soil solution extraction lead to differences in Al species and Al3+ activity, as compared to undisturbed and undried soil samples.

Orientador : Prof. Dr. Paulo Rossi junior / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Zootecnia. Defesa: Curitiba, 10/05/2016 / Inclui referências : f. 48-59;76-80 / Área de concentração : Nutrição e produção animal / Resumo: A pecuária de corte é uma atividade representativa no Brasil e contribui expressivamente para a economia. No entanto, os índices de produtividade estão abaixo do desejado e do potencial do país, de modo que a baixa eficiência reprodutiva do rebanho tem colaborado para isto. A dificuldade de se obter um bezerro/vaca/ano, atrelada à alta incidência de anestro pós-parto atua fortemente nesta eficiência reprodutiva insatisfatória. Assim, protocolos que buscam sincronizar o estro dos animais e aumentar a taxa de serviço, os chamados protocolos de Inseminação Artificial em Tempo Fixo (IATF), vêm sendo empregados, oferecendo inúmeras vantagens. Paralelo ao uso dos protocolos de sincronização, que buscam melhorar a eficiência reprodutiva, um fator que comprovadamente diminui a fertilidade e acontece rotineiramente na pecuária é o estresse. Os fatores liberados nesse mecanismo agem diretamente sobre o eixo hipotálamo-hipófise-gonadal, inibindo a reprodução. Os objetivos deste trabalho foram verificar se os agentes estressores que ocorrem no manejo da IATF (Inseminação Artificial em Tempo Fixo) e os níveis séricos de cortisol têm efeito sobre as taxas de prenhez em fêmeas Bos indicus. Foram utilizadas 261 vacas Bos indicus, multíparas, saudáveis, lactantes paridas (30 a 45 dias pós-parto), com idade média de 6,6 (± 1,45) anos e escore de condição corporal (ECC) entre 2,5 e 3 (na escala de 1 a 5, em que 1= muito magra e 5= muito gorda). O mesmo protocolo de IATF foi aplicado a todos os animais. Foram utilizados três inseminadores e sêmen de um único touro. O diagnóstico de gestação foi realizado de 28 a 32 dias após a inseminação, com uso de ultrassom transretal. Foram considerados agentes estressores: Tempo no Brete, Tempo no Tronco, Tempo Total, Distância Invernada Curral, Distância Curral Invernada, Distância Total Percorrida, Tempo sem Bezerro e Tempo no Curral. Para verificar se houve correlação entre o horário de coleta e os níveis de cortisol foi realizada a correlação de Spearman. O efeito dos agentes estressores sobre a probabilidade de gestação foi aferido por meio da análise de regressão logística, enquanto que o efeito dos níveis de cortisol sobre a gestação foi determinado pelo teste Mann- Whitney. Houve efeito do meio (inseminador, fazenda e mês) e do Tempo no Tronco sobre as chances de prenhez (p<0,05), de maneira que, quanto maior o Tempo no Tronco, menor a chance da prenhez. Isto mostra que esse agente estressor foi eficaz em inibir a reprodução, afetando a eficiência reprodutiva em vacas Bos indicus submetidas a um protocolo de IATF. A taxa de prenhez não foi afetada pelos níveis séricos de cortisol (p>0,05). Palavras-chave: eficiência reprodutiva; estresse; IATF; manejo no curral; reprodução; tempo no tronco. / Abstract: The beef cattle livestock is a representative activity in Brazil and contributes significantly to the economy. However, productivity rates are below desired and below the potential of the country, so that the herd's low reproductive efficiency has contributed to this. The difficulty of obtaining a calf / cow / year, linked to the high incidence of postpartum anestrus acts strongly on this poor reproductive efficiency. Therefore, the protocols that seek synchronize the animals estrus and increase the service charge, the so called protocols of Fixed-Time Artificial Insemination (FTAI), have been employed, offering numerous advantages. Parallel to the use of synchronization protocols which seek the improvement of the reproductive efficiency, a proven factor that decreases the fertility and happens routinely in livestock is stress. The factors released in this mechanism act directly on the hypothalamic-pituitary-gonadal axis by inhibiting the reproduction. The objectives of this work were to verify if the stressing agents occurring during the handling of the Fixed-Time Artificial Insemination (FTAI) and the serum cortisol levels have an effect on the pregnancy rate of female Bos indicus. There were used 261 suckling cows Bos indicus (30 to 45 days postpartum), multiparous, healthy, with ages averaging 6.6 (± 1.45) years and with body condition score between 2.5 and 3 (in the scale of 1 to 5, in which 1=very thin and 5=very fat). The same FTAI protocol was applied to all animals. Three inseminators and the semen of one only bull were used. The pregnancy diagnosis was made by transrectal ultrasonography 28 to 32 days after the insemination. The following stressing agents were considered: time in the pen, time in the chute, total time, distance between pasture and corral, distance between corral and pasture, time without calf, time in the corral. The Spearman correlation was used to verify if there was a relation between the collection time and the cortisol levels. The effect of the stressing agents on the pregnancy probability was measured by logistic regression analysis, while the effect of the cortisol levels on pregnancy was determined by the Mann-Whitney test. There was an effect of the means (inseminator, farm and month) and the time in the chute on the pregnancy rates (p<0.05), in a way that the longer the time in the chute, the smaller the pregnancy rate. This shows that the time in the chute was able to inhibit the reproduction, affecting the reproductive efficiency of Bos indicus cows subjected to a FTAI protocol. The pregnancy rate was not affected by the serum cortisol levels (p>0.05). Keywords: FTAI; handling in the corral; reproduction; reproductive efficiency; stress; time in the squeeze chute.

Orientador : Profª. Drª. Laila Talarico Dias / Co-orientadora : Profª. Drª. Joslaine N. S. G. Cyrillo / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Zootecnia. Defesa: Curitiba, 24/03/2016 / Inclui referências : f. 26-29;42-44;58-60;73-76;88-91 / Área de concentração : Meio ambiente / Resumo: Os programas de melhoramento de gado de corte no Brasil têm priorizado a seleção para características de crescimento por serem medidas de fácil obtenção e herdáveis porém, existem poucas informações após os dois anos de idade, o que dificulta a avaliação do tamanho adulto dos animais. O objetivo geral desta dissertação de mestrado foi estimar os parâmetros genéticos para características de crescimento do nascimento à idade adulta de vacas de corte. O Capítulo 1 apresentou a revisão bibliográfica sobre as diferentes metodologias para avaliação de características longitudinais, além de trabalhos já realizados com informações de crescimento de fêmeas bovinas. No Capítulo 2, intitulado "Estimativas de herdabilidade para pesos do nascimento aos 10 anos de idade em fêmeas bovinas", o objetivo foi estimar os coeficientes de herdabilidade do peso do nascimento aos 10 anos de idade de fêmeas das raças Caracu, Gir, Guzerá e Nelore. Para tanto, o modelo da análise contemplou os efeitos fixos do grupo de contemporâneos (rebanho e ano de nascimento), mês de nascimento e produto anterior (se a fêmea havia parido = 1 ou não = 0), as covariáveis linear e quadrática da idade da mãe e do animal, além dos efeitos aleatórios genético aditivo direto, materno e de ambiente permanente materno. As herdabilidades obtidas variaram entre 0,29 ± 0,06 e 0,49 ± 0,06 para o peso ao nascer, entre 0,12 ± 0,05 e 0,24 ± 0,09 para desmama, de 0,25 ± 0,07 a 0,37 ± 0,05 para o peso ao sobreano, e para pesos dos 2 aos 10 anos de idade variaram entre 0,25 ± 0,07 e 0,69 ± 0,11, para as diferentes raças. Concluiu-se que, devido às estimativas herdabilidade de moderada a alta, há possibilidade de progresso genético para as características de crescimento, podendo utilizá-las como critério de seleção para monitorar o peso desejado das vacas de corte. O Capítulo 3, "Estimativa de parâmetros genéticos para pesos de vacas Nelore por meio de modelos de regressão aleatória", teve como objetivo estimar funções de (co)variância utilizando modelos de regressões aleatórias para pesos de fêmeas Nelore de 1 a 8 anos de idade. Os modelos incluíram como fixos, o efeito de grupo de contemporâneos e estado fisiológico da vaca para prenhez (0 = vazia; 1= prenha) e lactação (0 = seca; 1 = lactante) e, a idade da vaca ao parto (efeito linear e quadrático) e polinômio ortogonal de Legendre da classe de idade do animal (regressão cúbica), como covariáveis, além dos efeitos aleatórios genético aditivo direto e o efeito de ambiente permanente de animal e materno. Polinômios de sexta a terceira ordem foram considerados para modelar o efeito genético aditivo direto e de ambiente permanente de animal e materno. O resíduo foi modelado considerando homogeneidade e heterogeneidade de variâncias. Realizou-se a comparação dos modelos pelos critérios de informação Bayesiano de Schwarz (BIC) e de Akaike (AIC). O modelo que considerou polinômios k = 3 para o efeito genético aditivo direto, k = 6 para ambiente permanente de animal e k = 1 para o efeito de ambiente permanente materno foi indicado como o melhor pelo critério BIC. As estimativas de herdabilidade do efeito genético direto e as correlações genéticas entre as pesagens obtidas por modelos de regressão aleatória foram de moderada a alta magnitude, sugerindo a possibilidade de ganho através de seleção, com isso pode-se adotar a característica para manutenção do tamanho adulto dos animais. O Capitulo 4, intitulado "Estimativa de parâmetros genéticos para altura de vacas Nelore por meio de modelos de regressão aleatória", objetivou estimar funções de (co)variância por meio de modelos de regressões aleatórias para altura de garupa de fêmeas Nelore de 1 a 8 anos de idade. O modelo da análise utilizou os mesmos efeitos considerados para peso, conforme apresentado anteriormente, com exceção do efeito fixo do estado fisiológico da fêmea. O modelo que considerou polinômios k = 4 para o efeito genético aditivo direto e k = 3 para ambiente permanente de animal foi o mais adequado para estimar as variâncias da curva de crescimento. As estimativas de herdabilidade do efeito genético direto e as correlações genéticas entre as mensurações obtidas por modelos de regressão aleatória foram de alta magnitude, indicando que a utilização da altura como critério de seleção pode ser adequado para manutenção do tamanho adulto dos animais. Por fim, o Capítulo 5, intitulado: "Estimativas de parâmetros genéticos para características de crescimento em rebanhos Seleção e Controle de vacas Nelore", teve por objetivo estudar as diferenças existentes entre os rebanhos Seleção (NeS) e Controle (NeC) em relação aos parâmetros genéticos para peso e altura de fêmeas Nelore, de 1 a 8 anos de idade. Os modelos utilizados para as análises foram os obtidos nos Capítulos 3 e 4, diferenciando-se apenas na construção do grupo de contemporâneos que excluiu o efeito de rebanho, formando assim dois bancos de dados (Seleção - NeS; Controle - NeC) para cada característica estudada. Observou-se que após 30 anos de seleção para peso sobreano, ainda há variabilidade genética para peso corporal e também para a altura de garupa. As estimativas de herdabilidade para peso e altura variaram de moderada a alta magnitude e sugerem a possibilidade de ganhos genéticos por meio de seleção. Concluiu-se que mesmo após 30 anos de seleção para peso ao sobreano, ainda há variabilidade genética para peso e altura indicando, dessa forma, a possibilidade de monitorar o tamanho adulto das vacas por meio de seleção direta. Palavras-chave: altura de garupa, curva de crescimento, dados longitudinais, gado de corte, herdabilidade, peso adulto. / Abstract: The beef cattle breeding programs in Brazil have prioritized the selection for growth traits to be measured easily obtainable and inheritable, but there is little information after two years old, making it difficult to evaluate the mature size of the animal. The general objective of this master's thesis was to estimate genetic parameters for characteristics of growth birth to maturity of beef cows. Chapter 1 presented a review of the different methodologies for evaluation of longitudinal characteristics, in addition to work already carried out with growth of information of cows. In Chapter 2, entitled "Estimates of heritability for birth weights at 10 years old in cows," the goal was to estimate the heritability coefficients of birth weight to 10 years old females of Caracu, Gir, Guzerá and Nelore. Therefore, the analysis model included the fixed effects of contemporary group (herd and year of birth), month of birth and previous product (if the female had calving = 1 or no = 0), the linear and quadratic covariates for age of mother and animal, in addition to the random effects direct additive genetic, and permanent environment animal and maternal. The heritability obtained ranged from 0.29 ± 0.06 and 0.49 ± 0.06 for birth weight, between 0.12 ± 0.05 and 0.24 ± 0.09 for weaning, 0.25 ± 0.07 to 0.37 ± 0.05 for yearling weight, and weights from 2 to 10 years of age ranged from 0.25 ± 0.07 and 0.69 ± 0.11 for the different breeds. It was concluded that due to the heritability estimates of moderate to high, there is the possibility of genetic progress for the growth characteristics and can use them as selection criteria to monitor the desired weight of beef cows. Chapter 3, "Estimation of genetic parameters for Nelore weights by random regression models", aimed to estimate functions of (co)variance using random regressions models for Nelore weights from 1 to 8 years old. The models included as fixed, the contemporary group effect and physiological state of the cow for pregnancy (0 = empty, 1 = pregnant) and lactation (0 = dry, 1 = in lactation) and the age at calving (linear effect and quadratic) and Legendre polynomials of animal age class (cubic regression) as covariates in addition to the random effects direct additive genetic and permanent environment animal and maternal. Sixth to third order polynomials were considered to model the direct additive genetic effect and permanent environment animal and maternal. The residue was modeled considering homogeneity and heterogeneity of variances. Was performed by comparison of the models Bayesian information criteria Schwarz (BIC) and Akaike (AIC). The model considered the polynomials k = 3 for the direct genetic effect, k = 6 for permanent environmental animal and k = 1 for the permanent environmental maternal effect was indicated as the best by BIC criteria. Heritability estimates of genetic direct effect and genetic correlations between weight measurements obtained by random regression models were moderate to high magnitude, suggesting the possibility of gain through selection, it can adopt the feature for maintenance of the mature size of the animals. The Chapter 4, entitled "Estimation of genetic parameters for height Nelore by random regression models", aimed to estimate functions of (co)variance using random regression models for hip height Nellore 1-8 years old. The model of analysis used the same effects considered for weight, as shown above, with the exception of the fixed effect of the physiological state of the female. The model considered the polynomial k = 4 for the direct genetic effect and k = 3 for animal permanent environment was the most appropriate to estimate the variances of the growth curve. Heritability estimates of direct genetic effects and genetic correlations between measurements obtained by random regression models were of high magnitude, indicating that the use of the height as a selection criterion may be suitable for maintenance of the mature size of the animal. Finally, Chapter 5, entitled "Estimates of genetic parameters for growth traits in Selection and Control Nelore cattle ", aimed to study the differences between the herds Selection (NeS) and Control (NeC) in relation to genetic parameters for weight and height of Nelore, from 1 to 8 years old. The models used for the analysis were obtained in Chapters 3 and 4, differing only in the construction of contemporary group that excluded the herd effect, thus forming two databases (Selection - NeS; Control - NeC) for each feature studied. It observed that even after selection for yearling weight, there is genetic variability for body weight and also to the hip height. The heritability estimates for weight and height ranged from moderate to high magnitude and suggest the possibility of genetic gains by selection. It was concluded that even after 30 years of selection for yearling weight, there is genetic variation for height and weight indicating, thus, the ability to monitor the mature size of cows through direct selection. Keywords: beef cattle, growth curve, heritability, hip height, longitudinal data, mature weight.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-07Bitstream added on 2014-06-13T20:44:29Z : No. of bitstreams: 1 salman_akd_dr_botfmvz.pdf: 275057 bytes, checksum: 5bc5665febfc65df6266f4e7dc57a759 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Este estudo foi conduzido com novilhos pertencentes a diferentes grupos genéticos, Angus x Nelore (n=31), Simental x Nelore (n=30) e Canchim (n=30), objetivando identificar SSCPs (Polimorfismos de Conformação de Cadeia Simples) e RFLP (Polimorfismo no Comprimento do Fragmento de Restrição) no gene da obesidade e relacionar esses polimorfismos com a área-de-olho-de-lombo (AOL) e a espessura de gordura subcutânea (EGS) na carcaça. Cinco pares de oligonucleotídeos iniciadores foram desenhados com base na seqüência do gene da leptina bovina depositada no Genbank (U50365), para a amplificação por PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) de fragmentos a partir do DNA genômico extraído dos leucócitos. Os fragmentos LEPT1, LEPT2, LEPT3 e LEPT7 foram submetidos à eletroforese em géis de poliacrilamida para identificação dos SSCPs. O fragmento LEPT4 foi digerido com a enzima de restrição Sau3AI para detecção do RFLP. Os fragmentos LEPT1, LEPT2 e LEPT7 apresentaram sete, quatro e cinco padrões diferentes de migração, respectivamente, enquanto o fragmento LEPT3 apresentou padrão monomórfico. O genótipo LEPT7-A foi relacionado à maior AOL (P<0,05), sendo que este genótipo foi mais freqüente no grupo Simental x Nelore, o qual também apresentou menor EGS (P<0,05) em relação aos animais Angus x Nelore. As freqüências do alelo A e do genótipo homozigoto AA do RFLP foram as maiores nas três populações estudadas, com valores de 90, 93 e 80%; e de 84, 87 e 68% para Angus x Nelore, Canchim e Simental x Nelore, respectivamente. Polimorfismos no exon 3 do gene da obesidade são potenciais candidatos para serem utilizados como marcadores moleculares para características de carcaça nos programas de melhoramento genético de bovinos de corte. / This study was carried out with Angus x Nelore (n=31), Simental x Nelore (n=30) and Canchim (n=30) in order to identify SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism) and RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) within obese (leptin) gene and to relate these polymorphisms with carcass’s ribeye area (REA) and subcutaneous fat layer (SFL). Based on bovine leptin gene sequence (Genbank acession number: U50365), five primers were designed for PCR (Polymerase Chain Reaction) amplification of fragments using genomic DNA extracted from leukocyte. LEPT1, LEPT2, LEPT3 and LEPT7 fragments were eletrophoresed through polyacrilamide gel for SSCPs identification. LEPT4 was digested with Sau3AI for RFLP detection. LEPT1, LEPT2 and LEPT7 fragments showed seven, four and five migration patterns, respectively, while LEPT3 showed monomorphic pattern. LEPT7-A genotype was associated with higher REA (P<0.05), and this genotype was more frequent within Simmental x Nelore group, which had lesser SFL (P<0.05) in relation to Angus x Nelore. In LEPT4-RFLP, the frequencies of A allele and AA genotype were higher within three studied populations, their values were 90, 93 and 80%; and 84, 87 and 68% for Angus x Nelore, Canchim and Simental x Nelore, respectively. Polymorphisms within exon 3 of obese gene are potential candidates for using as molecular markers of carcass traits in beef cattle breed improvement programs.

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-06-26Bitstream added on 2015-03-03T12:06:39Z : No. of bitstreams: 1 000811102.pdf: 563228 bytes, checksum: eaa482c1af9524645e59e24b54093f07 (MD5) / No melhoramento genético animal a forma tradicional de realizar seleção é com base no fenótipo dos indivíduos e na informação do parentesco entre estes, porém é um processo lento, sendo assim, programas de melhoramento estão procurando identificar os genes responsáveis pela característica de interesse e assim realizar a seleção dos animais que carregam a informação desejada. Com as informações dos indivíduos genotipados, tornou-se possível a utilização da informação de genes idênticos em estado tornando viável a utilização de uma matriz de parentesco (G) permitindo aumentar a precisão das avaliações genéticas, porém, devido à dificuldade de se obter o genótipo de todos os animais de uma população, foi proposto um método que realiza a integração da matriz G com a matriz de parentesco (A) em uma matriz de parentesco-genômica (H). Embora tenham trabalhos que indiquem uma similaridade no progresso genético utilizando estas diferentes matrizes é importante a avaliação da contribuição da avaliação genômica nos processos de avaliação genética em populações com estruturas de parentesco diferentes, bem como avaliar a metodologia de seleção genômica em populações multirraciais, a fim de atender o sistema de criação de animais cruzados. Assim, o objetivo geral deste trabalho foi estudar os efeitos da informação genômica na avaliação genética animal por meio de diferentes matrizes genômicas, utilizando dados de bovinos de corte com diferentes estruturas populacionais e composições raciais. Primeiramente avaliou-se 3 diferentes metodologias de se obter a matriz H, com a frequência alélica observada (HGOF), menor frequência alélica (HGMF) e uma frequência de 0,5 para todos os SNPs (HG50). Foram feitas comparações entre estas matrizes genômicas e a matriz de parentesco tradicional (A) utilizando uma população de 1695 animais da raça Brahman (BB). De acordo com os ... / In animal breeding methodologies, the traditional method of performing selection is based on the phenotype of individuals and information of relationship between them, but it is a slow process, so breeding programs are trying to identify the genes responsible for the trait of interest and thus achieve selection of animals that carry the interesting genes. With the information of genotyped individuals, it became possible to use the information of genes identical in state making it feasible to use a relationship matrix (G) which increase the accuracy of genetic evaluations, however, due to difficulty of obtaining the genotype of all animals in a population, we propose a method that performs the integration of the G matrix with the relationship matrix (A) in a pedigree-genomic relationship matrix (H). Although studies indicating a similarity in genetic progress using these matrices is important to evaluate the contribution of genomic evaluation in the process of genetic evaluation in populations with different structures of kinship, as well as evaluating the methodology of genomic selection in multiracial populations in order to cater to the creation of crossbred system. Thus the objective of this work was to study the effects of genomic information in genetic evaluation through different genomic arrays using data from beef cattle with different population structures and racial compositions. First we evaluated three different methods of obtaining the H matrix with the observed allele frequency (HGOF), lower allele frequency (HGMF) and a frequency of 0.5 for all SNPs (HG50). Comparisons between these genomic arrays and traditional kinship (A) using a population of 1695 animals breed Brahman (BB) matrix were made. According to the results , the HGOF was a matrix that showed the greatest similarity to the matrix A but the greatest differences were found in the classification of animals, when we evaluated the classification of animals ...

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-06-23T16:26:27Z No. of bitstreams: 1 2016_GabrielBatistadeOliveiraBorges.pdf: 2686944 bytes, checksum: f1781800184174c39d644daa64b2a698 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-06-25T18:39:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_GabrielBatistadeOliveiraBorges.pdf: 2686944 bytes, checksum: f1781800184174c39d644daa64b2a698 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-25T18:39:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_GabrielBatistadeOliveiraBorges.pdf: 2686944 bytes, checksum: f1781800184174c39d644daa64b2a698 (MD5) / A bovinocultura de corte é uma das atividades do agronegócio brasileiro que mais movimentam capitais, bens e serviços, sendo que, segundo dados das associações de criadores e exportadores, cerca de 80% dos bovinos criados no país são oriundos de raças zebuínas (Bos taurus indicus), e destes, a maioria é pertencente à raça Nelore ou seus cruzamentos. Os trabalhos conduzidos com a utilização de dados obtidos em frigoríficos podem ser considerados bastante fiéis e valorosos, já que representam uma amostra do que ocorre nos rebanhos comerciais, e entre os dados que podem ser extraídos nessas investigações estão aqueles relacionados à fisiologia da reprodução, como a ocorrência de migração transuterina dos conceptos, simetria da frequência gestacional entre os cornos uterinos, razão sexual e existência de predileção cornual para o sexo do concepto, e associação e estabelecimento de medidas comumente utilizadas em fetometria, que foram os objetivos da presente pesquisa. Foram avaliados 5431 tratos reprodutivos de vacas e novilhas da raça Nelore em um frigorifico no Mato Grosso do Sul, deste total, 1030 animais (19,0%) se encontravam prenhes no momento do abate (sendo 2 casos de gestações gemelares). Para os casos de gestações simples (n=1028), observou-se que em 39,5% delas, o concepto encontrava-se no corno uterino esquerdo (CE), e nos demais 60,5% no direito (CD), frequências estas que diferiram estatisticamente. Em todos os 1028 casos (100%) do presente estudo, havia a presença de um único corpo lúteo no ovário ipsilateral ao corno uterino gestante (seja ele direito ou esquerdo), mostrando a inexistência, ou mesmo a raridade da migração transuterina do concepto. Quanto à frequência de sexos obtida do número total de gestações simples, 46,5% eram de machos e 43,9% de fêmeas, sendo os 9,6% restantes (n=99) referentes aos fetos os quais não se obteve sucesso da determinação do sexo, pela metodologia aplicada. A distribuição dos sexos entre os cornos uterinos ocorreu da seguinte forma: CE com frequências de 47,3%, 45,8% e 6,9% para fêmeas, machos e de sexo indeterminado respectivamente. Para CD, 46,9%, 41,6% e 11,4% dos achados, para machos, fêmeas e indeterminados respectivamente. A razão sexual encontrada foi de 51,5%, considerando apenas as gestações com sexo do concepto identificado, não diferindo estatisticamente o número de machos do número de fêmeas. A suposta predileção de sexo pelos cornos uterinos, não foi verificada, uma vez que a diferença entre os números de machos e fêmeas para um mesmo corno uterino não foram significativas para α=0,05. Já entre os cornos uterinos o mesmo sexo apresentou diferença estatística em sua distribuição, sendo essa diferença maior significativamente para os machos (χ² 23,50) do que para as fêmeas (χ² 9,95). As medidas de crown-rump (CR) e crown-nose (CN), dos conceptos com tamanho de CR entre 2,00 cm e 15,00 cm apresentaram um coeficiente de correlação linear alto, no valor de r=0,990865, sendo CN = (0,3027 x CR) + 0,4491 r2 = 0,9818 equação que descreve o comportamento das variáveis no intervalo. Para a estimativa das idades gestacionais (IG), foi considerada a equação, CR = -10,76 + 0,0199 x IG2 nos quais foram obtidos valores mínimos e máximos de 28,6 dias e 89,9 dias, para o menor embrião encontrado (CR=0,55 cm) e para aqueles com CR=15,00 cm, respectivamente. Sendo assim, a migração transuterina do concepto inexiste, ou mesmo consiste de um evento raro para a raça Nelore, além das razões e predileções sexuais não serem distintas da distribuição simétrica, observada ainda uma maior atividade funcional do ovário direito em relação ao contralateral, e ainda podendo ser estabelecida uma equação com variáveis CR e CN que possa auxiliar, sobretudo na rotina para avaliação reprodutiva veterinária de campo. ________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Beef cattle is one of the wealthiest activities of Brazilian agribusiness, involving goods and services, and according to the breeders' and exporters’ associations, around 80% of cattle raised in the country 2 come from Zebu breeds (Bos taurus indicus) and of these, most of them are Nellore or their crossbreeding. The abattoir material retrieves reliable information on reproductive parameters in food animals as they represent a sample of what occurs in commercial herds. Data related to the physiology of reproduction can be extracted from these investigations, like the occurrence of transuterine migration of fetuses, symmetry of gestational frequency between uterine horns, sex ratio and sexual segregation in the uterine horns, and establishment of measures commonly used in fetometry, being all of them the objectives of this study. In this study 5,431 reproductive tracts of Nellore cows and heifers were evaluated in an abattoir in the state of Mato Grosso do Sul, from these, 1,030 animals (19.0%) were pregnant at the time of slaughter (including 2 cases of twin pregnancies). Regarding singleton pregnancies (n = 1,028), we observed that in 39.5% of them, the fetus was located in the left uterine horn (LH), and the remaining 60.5% in the right (RH), these frequencies differed statistically. In all 1,028 (100%) cases the presence of a single corpus luteum was perceived in the ovary ipsilateral (whether right or left) to the pregnant uterine horn, indicating the absence of intrauterine migration of the conceptus. The sex ratios obtained from the total number of singleton pregnancies were 46.5% of males, 43.9% of females, the remaining 9.6% (n = 99) from fetuses which, by the methodology applied, were not successfully sex determinate. The distribution of sexes between the uterine horns was as follows: LH with frequencies of 47.3%, 45.8% and 6.9% for females, males, and unknown gender respectively. For RH, 46.9%, 41.6% and 11.4% of the findings for males, females and unknown, respectively. The sex ratio found was 51.5%, considering only pregnancies with sex identified, not differing significantly between the number of males and the number of females. The supposed sex predilection for uterine horns was not observed, since the difference between the numbers of males and females for the same uterine horn were not significant at α = 0.05. Among the uterine horns the same sex showed statistical difference in distribution, and this difference was significantly higher for males (χ² 23.50) than females (χ² 9.95). The crown-rump (CR) and crown-nose (CN) measures, for the conceptus with CR length between 2.00 cm and 15.00 cm, showed a high linear correlation coefficient (r=0.990865), being CN = (0.3027 x CR) + 0.4491, r2 = 0.9818, the equation that describes the behavior between the variables in this range. About the prediction of gestational age (GA), was considered the equation CR = -10,76 + 0,0199 x IG2 that gave minimum and maximum values of 28.6 days and 89.9 days for the smaller embryo found (CR = 0.55 cm) and those with CR = 15.00 cm, respectively. Thus, in Nellore the transuterine migration of conceptus may not exist, or consists of a rare event, in addition, the sex ratio and predilection are not distinguished from the symmetrical distribution, still keeping in mind the higher functional activity of the right ovary compared to the left, and the establishment of fetometry equation being CR and CN as variables, that can be useful, especially in reproductive evaluation, the veterinary field routine.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronegócios, 2015. / Submitted by Guimaraes Jacqueline (jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2015-11-30T14:54:34Z No. of bitstreams: 1 2015_JulhanaDiasFachinetto.pdf: 1917743 bytes, checksum: 3e8d6ebe71e8b8c41aace683a6356899 (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2015-12-20T15:30:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_JulhanaDiasFachinetto.pdf: 1917743 bytes, checksum: 3e8d6ebe71e8b8c41aace683a6356899 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-20T15:30:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_JulhanaDiasFachinetto.pdf: 1917743 bytes, checksum: 3e8d6ebe71e8b8c41aace683a6356899 (MD5) / A preocupação com as mudanças climáticas globais tem se tornado cada vez mais evidente com o aumento de debates e discussões sobre o tema em nível internacional. O efetivo bovino brasileiro é o maior rebanho comercial do mundo com 211.764 milhões de cabeças em 2013, emitindo aproximadamente 50 kg de metano (CH4) por animal ao ano. Devido a essa significativa participação da pecuária bovina brasileira na emissão de gases de efeito estufa (GEE), o presente estudo se propôs a analisar os avanços nas pesquisas brasileiras, quanto aos métodos e técnicas adotadas no sistema produtivo da carne bovina, no decorrer dos últimos 25 anos, buscando identificar as mudanças que ocorreram em prol da minimização do impacto da atividade no meio em que atua. Para isso, foram utilizados como base de dados, os documentos publicados pela Embrapa Gado de Corte durante este período, que é referência em estudos para aprimorar e aumentar a eficiência da produção de bovinos no país e a minimização do impacto ambiental por essa produção. Como forma de medida do impacto ambiental causado pela pecuária brasileira, foi utilizada a emissão de CH4 proveniente da fermentação entérica e do manejo dos dejetos dos animais. Utilizou-se ainda uma Matriz Booleana para comparar o impacto das eventuais mudanças nos processos de produção em diferentes períodos (casos) na emissão de GEE. Os resultados encontrados na pesquisa demonstram que, apesar dos estudos terem avançado sobre o impacto da atividade pecuária no meio ambiente e de grandes achados sobre novas técnicas, processos e métodos para minimizar o passivo ambiental causado pela pecuária foram notórios, estes ainda não se mostraram suficientes para reter a emissão de metano substancialmente ao crescimento do rebanho. / Concern about global climate change has become increasingly evident with the increase of debate and discussion on the topic at international level. Effective Brazilian cattle is the largest commercial herd in the world with 211,764 million head in 2013, sending about 50 kg of methane (CH4) per animal per year. Because of this significant participation of Brazilian cattle in the emission of greenhouse gases (GHG), the present study was to analyze the advances in Brazilian research, the methods and techniques used in the production system of beef, over the last 25 years, seeking to identify the changes that have occurred in favor of minimizing the impact of activity on environment in which it operates. For this they were used as a database, the documents published by Embrapa Beef Cattle during this period, which is a reference in studies to enhance and increase beef production efficiency at home and minimizing the environmental impact of this production. As a way to measure the environmental impact of Brazilian cattle, we used the CH4 emissions from enteric fermentation and manure management of the animals. Was also used a Boolean matrix to compare the impact of possible changes in production processes at different times (cases) in GHG emissions. The findings of the research show that despite studies have advanced on the impact of livestock farming on the environment, and great finds on new techniques, processes and methods to minimize the environmental damage caused by livestock were notorious, they still were not sufficient to retain methane emissions substantially herd growth.