Les évaluations génomiques apportent une information précoce et suffisamment précise pour choisir les jeunes taureaux dans les schémas de sélection des bovins laitiers, incitant à remplacer le long processus de testage sur descendance par une étape de sélection génomique.Dès lors, seuls les candidats sélectionnés ont des filles avec performances et participent aux évaluations génétiques classiques. Cependant, toutes les informations ayant servi à la sélection ne sont plus incluses dans l'analyse et l'estimation des valeurs génétiques par la méthode du BLUP (Best Linear Unbiased Prediction) peut être incorrecte.Les évaluations génétiques classiques restent indispensables pour l'évaluation des animaux non génotypés, pour la comparaison des taureaux à l'échelle mondiale, et pour le calcul des futures prédictions génomiques. Compte-tenu de la rapide intégration de la génomique dans les schémas de sélection des bovins laitiers, il était important d'en étudier les conséquences sur les évaluations génétiques classiques.A l'échelle nationale, nos simulations ont montré que les valeurs génétiques des taureaux retenus sur information génomique étaient systématiquement sous-estimées et moins précises quand l'étape de sélection génomique n'était pas prise en compte dans le modèle statistique. Pour éviter ce biais, une méthode a été testée avec succès : pour l'ensemble des candidats à la sélection, des pseudo-performances sont calculées à partir des index génomiques et analysées par le BLUP. Suivant la prise en compte ou non de l'étape de sélection génomique, les pays participant aux évaluations internationales peuvent fournir des données biaisées et/ou incomplètes, au risque de pénaliser fortement leurs propres taureaux dans les classements internationaux. La diversité des pratiques à l'échelle mondiale et l'interaction des possibles sources de biais dans les évaluations internationales rendent sa propagation incontrôlable et fortement dommageable.Il est donc nécessaire et urgent d'adapter les évaluations génétiques classiques pour prendre en compte l'information génomique et ses pratiques associées. Diverses approches récentes sont discutées afin de proposer des alternatives faciles à mettre en place dans les centres d'évaluation, permettant de maintenir des évaluations non biaisées mais aussi plus précises.

Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2008. / Bibliogr.: f. [77]-83. Publié aussi en version électronique dans la Collection Mémoires et thèses électroniques.

La fertilité des vaches laitières s’est beaucoup dégradée au cours des dernières décennies, tant à l’échelle nationale qu’internationale. L’objectif poursuivi est d’apporter un éclairage épidémiologique sur les relations dynamiques entre la conception (réussite à l’insémination artificielle ; IA), les mammites subcliniques et les déséquilibres métabolico-nutritionnels que sont la cétose subclinique et les déséquilibres azotés de la ration. Un premier chapitre bibliographique dresse l’état de l’art des liens entre performances de reproduction et (i) mammites, (ii) cétose subclinique et (iii) excès de protéines dégradables, en identifiant clairement les interactions et associations croisées entre ces différents composants, et en quantifiant autant que possible ces liens. Les trois parties suivantes mobilisent des données exhaustives du contrôle laitier français sur la période 2008-2012, qui ont été confrontées aux données d’IA. La variable d’intérêt retenue est la conception après IA, soit pour la première IA (IA1) ou pour toutes les IA. Les variations des concentrations de cellules somatiques (CCS) autour de l’IA ont été utilisées pour décrire la dynamique des mammites subcliniques autour de l’IA, selon 4 classes (Bas-Bas, Bas-Haut, Haut-Bas et Haut-Haut) et pour différents seuils de CCS. Le statut de cétose subclinique a été évalué grâce aux taux butyreux et protéique du lait. Les concentrations d’urée du lait sont utilisées pour caractériser les déséquilibres azotés. Le second chapitre propose une description succincte des résultats de production et de reproduction des troupeaux bovins laitiers français sur la période d’étude. Le troisième chapitre focalise sur l’interaction entre les CCS et la cétose subclinique dans un modèle de régression de Poisson expliquant la conception. Les chances de conception à l’IA1 sont réduites de 14% (Risque relatif = 0,86 [IC 95%=0,85–0,87]) pour les groupes Bas-Haut et Haut-Haut, comparé au groupe Bas-Bas, et de 3 à 17 %, selon les définitions retenues, lors de cétose subclinique comparé à son absence. Les résultats identifient et quantifient clairement l’interaction entre la cétose subclinique et les mammites subcliniques dans leur association avec la conception : la baisse de la conception est jusqu’à 2 fois supérieure lors de la présence simultanée d’une augmentation des CCS et d’une cétose subclinique par rapport à la situation où il y a seulement augmentation des CCS. Le quatrième chapitre, mobilisant des méthodes proches de celles du chapitre précédent, montre que la baisse de la concentration d’urée dans le lait autour de l’IA (en dessous de 150 mg/kg, 2,6 mmol/L) est associée à une baisse de la conception de 5 à 9% (Risque relatif = 0.91 (IC95%=0,87-0,96)]) par rapport à des concentrations d’urée du lait qui restent stables (250 - 450 mg/kg ou 4,3-7,7 mmol/L). Ceci révèle l’importance de la stabilité du métabolisme azoté autour de la conception, y compris pour des variations d’urée du lait ou du sang à la baisse, alors que seule la hausse de la concentration d’urée était identifiée comme un facteur de risque de dégradation des résultats de reproduction jusqu’alors. La dernière partie permet de mettre en perspective ces éléments originaux. Une des principales limites de ces travaux est la définition imprécise de la cétose subclinique réalisée à partir des taux du lait ; les résultats actuels bénéficieraient d’une actualisation avec un indicateur plus précis de ce trouble. Ces résultats soutiennent qu’une inflammation locale peut affecter la réponse de l’ensemble de l’organisme et altérer les fonctions d'autres organes dans les semaines qui suivent son apparition. Ils illustrent la complexité et les interactions entre les différents troubles chez un même animal. Par ailleurs, maintenir des concentrations basses de l’urée est légèrement pénalisant pour la conception, et ne garantit pas de meilleurs résultats de reproduction. / Reproductive performances of dairy cows are recognized as a key parameter for the profitability of dairy farms, but they are getting worse continuously in many countries during the last decades. Infectious and nutritional disorders are possible contributors to these changes. Mammary infection, nitrogen imbalance and metabolic disorders have been reported to be negatively associated with conception, but their interactions and dynamics are not fully understood. The objective of the present work is to better describe the relationship between fertility, udder health, subclinical ketosis (SCK) and nitrogen imbalance accounting for the temporal variations of these events and their interactions. The first section reviews the link between reproductive performances and (i) mastitis, (ii) metabolic disorders and (iii) nitrogen imbalance in dairy cows in order to clarify the complex interaction among these events. The three other sections are based on exhaustive data from the national French dairy milk improvement system and data on the artificial inseminations (AI) from 2008 to 2012. Fertility was explained as conception at the first (AI1) or at all AI. The udder health status was evaluated through the somatic cells counts (SCC). Several proxies based on the milk fat and protein contents were proposed to define SCK. Milk urea concentration was used to investigate the exposure to nitrogen imbalance. The second section aims to describe the actual situation of milk production and reproduction in French dairy herds. The third section focuses on the interaction between SCC and SCK and their association with conception. On average, the risk of conception at AI1 was 14% lower when the SCC increased or remained high within 40 days before and after AI (Relative risk [and 95% CI] = 0.86 [0.85–0.87]), compared to low SCC before and after AI. The reduction in conception rate associated with SCK (fat and protein contents changes) varied from 3% to 17% depending on the SCK proxy used. Including the interaction term SCC*SCK clearly showed that the association of increased SCC around AI with conception was modified by the presence of SCK. A cow that already has SCK and experiences an increase in SCC around or after AI exhibits up to 2 times further decrease in conception, compared with a cow with a high SCC and no SCK. The fourth section, using similar methods as the previous one, shows that low milk urea concentrations after AI are negatively associated with conception. Cows with a low urea (< 150 mg/kg, 2.6 mM) after AI have a reduced conception (Relative risk RR [and 95% CI] = 0.96 [0.94–0.99]) compared to cows with intermediate urea (250-450 mg/kg, 4.3 - 7.7 mM) after AI. Furthermore, the risk of conception was 5 to 9% lower (relative risk [and 95% CI] = 0.91 [0.87–0.96]) when urea concentrations decrease from intermediate before to low after AI, compared with cows with constant intermediate urea values. This work revealed that a decrease in urea from intermediate (before AI) to low (after AI) is a risk factor for conception failure in addition to the previously known risk factor that is nitrogen excess. The final section aims to highlight the perspectives of these results. The definition of SCK used in this work was identified as the main limitation and the present results would benefit from an update with a better indicator of this disorder. The present work supports that a local inflammation may affect the entire body response and alters the functions of other organs like those of the reproductive tract. Furthermore, maintaining low urea concentrations does not provide any particular advantage and might be negatively associated with conception.

En sélection génomique, des marqueurs de l’ADN sont utilisés pour l’évaluation des grandes races laitières. La plupart des méthodes d’évaluation génomique actuelles utilisent des SNP, bien que l’utilisation d’haplotypes de SNP apporte un plus grand polymorphisme. Il n’y avait pas d’évaluation génomique en place en 2014 pour les races régionales (Abondance, Tarentaise, Vosgienne), plaçant ces races en position de faiblesse.Notre objectif principal a été de mesurer l’intérêt de l’utilisation d’haplotypes en évaluation génomique, y compris à partir d’une population d’apprentissage multiraciale. Nous avons montré que les haplotypes conduisent à de meilleurs résultats que les SNP et que la fréquence des allèles et l’étendu du déséquilibre de liaison sont importants pour une construction optimale des haplotypes. Nous avons développé deux critères incorporant ces informations qui améliorent la précision des évaluations tout en réduisant le nombre de marqueurs utilisés.Depuis 2015, un de ces critères a été inclus dans les évaluations génomiques officielles en France. Notre approche a donné dans les races régionales une précision similaire à celle obtenue après testage sur descendance. Une évaluation génomique de routine est en place pour 3 races régionales en France depuis Juin 2016. L’utilisation d’une puce Haute Densité n’a pas amélioré sa précision, alors qu’une population d’apprentissage multiraciale a été bénéfique uniquement pour certaines races. Le génotypage des nouvelle femelles a augmenté la précision de la sélection mais l’inclusion de mutations candidates détectées dans les grandes races laitières n’a conduit qu’à une légère amélioration chez les races régionales. / In genomic selection, DNA marker information is exploited for evaluation purposes in large dairy cattle breeds. Most of the current genomic evaluation methods rely today on SNP information, although haplotypes are expected to perform better due to their higher polymorphism. In 2014, genomic evaluation had not yet been implemented in regional breeds (Abondance, Tarentaise, Vosgienne), resulting in economic weaknesses for these breeds.Our aim was to assess the use of haplotypes in genomic evaluation with focus on their performance in combination with multi-breed reference populations. We found that haplotypes outperformed individual SNP markers for genomic evaluation. We also showed that information on haplotype allele frequency and on linkage pattern are relevant to select haplotypes for evaluation purposes. Our haplotype selection criteria also allowed a significant reduction of the number of markers used for genomic prediction.One of these criteria was incorporated into the French routine genomic evaluation in 2015. The performance of such an evaluation was then assessed in four regional breeds, leading to similar or higher accuracies than current progeny testing. Consequently, routine genomic evaluation was implemented in these breeds in 2016. The use of high density genotypes did not improve the performance of genomic evaluation in these breeds, while multi-breed training populations were beneficial only in some of them. Additional genotyped females led to notable increases in selection accuracies. Inclusion of candidate mutations identified in large breeds led to only minor improvements in regional breeds.

La taille et la forme des fourrages hachés influencent la conservation en ensilage et l’utilisation par les vaches laitières. Traditionnellement, la longueur est estimée par tamisage mécanique. La mesure par imagerie proposée ici permet de caractériser des particules individuelles avec une précision accrue. Des fourrages de maïs et de luzerne hachés à trois longueurs théoriques (12,7, 25,4, et 29,6 mm) ont été utilisés. La mesure de la forme a été obtenue par le concept de Normalized Multiscale Bending Energy (NMBE) qui fait appel au traitement de signal digital. À partir de photos de particules, un algorithme développé dans MATLAB® fournit des mesures précises de la longueur, l’aire, l’épaisseur et la surface massique de chaque particule. Le tamisage mécanique sous-estimait la longueur des particules par rapport aux mesures par imagerie. La méthode du NMBE a montré que les particules de luzerne étaient plus irrégulières et plus allongées que celles de maïs. / The size and shape of chopped forage particles can influence silage conservation and feed utilization by dairy cows. Particle length is traditionally measured by mechanical sieving. Image analysis is proposed here to measure more precisely individual particles. Corn and alfalfa forages were chopped at three theoretical lengths (12.7, 25.4 and 29.6 mm). Shape measurement was obtained from the concept of Normalized Multiscale Bending Energy (NMBE) which uses digital signal processing. From pictures of chopped particles, an algorithm developed in MATLAB® provided precise measurements of length, area, thickness and area per unit mass for each particle. Mechanical sieving underestimated actual particle length as measured by image analysis. The NMBE method indicated that alfalfa particles were more irregular and elongated compared to corn particles.

Ce mémoire porte sur la configuration des stalles et le confort des vaches. Cent troupeaux laitiers ont été visités au Québec (n=60) et en Ontario (n=40). La configuration des stalles, les dimensions corporelles, les blessures, la boiterie, la propreté et le temps de repos ont été mesurés pour 40 vaches Holstein en lactation. Plus de 50 % des vaches étaient logées dans une stalle trop petite, 79 % des vaches avaient au moins une blessure et 25 % étaient boiteuses, mais seulement 15 % étaient sales. Outre la hauteur de la barre d’attache, lorsque les dimensions des stalles étaient augmentées pour se rapprocher des recommandations, les risques de blessures et de boiteries diminuaient et le temps de repos ainsi que le nombre de changements de position debout/couchée augmentaient. Toutefois, une stalle plus grande augmentait les chances d’avoir des vaches sales. Ces résultats suggèrent, entre autres, qu’une barre d’attache bien positionnée et une chaine suffisamment longue améliorent le confort des vaches. / This thesis focuses on tie-stall configuration and cow comfort. One hundred dairy herds were visited in Quebec, (n = 60) and in Ontario (n = 40). Stall configuration, body dimensions, injuries, lameness, cleanliness and lying time were measured for 40 lactating Holstein cows. Over than 50% of the cows were in a stall too small, 79% of cows had at least one injury and 25% were lamed, but only 15% were dirty. Except for tie-rail height, every time the size of the stalls was increased closer to the recommendations, the risk of injuries and lameness decreased, and the lying time and the number of lying bouts increased. However, a larger stall size increased the chances of the cows to be dirty. These results suggest, among other, that a tie-rail forward position and a chain length that meet current recommendations would improve cow welfare.

Les travaux sur la nutrition en vitamines B des ruminants montrent des résultats très variés sur les quantités de ces nutriments disponibles pour l’animal selon la nature de la ration. Ces divergences sont dues à des changements des populations microbiennes dans le rumen, causées par les facteurs physico-chimiques de la ration. Une amélioration de la compréhension des effets de la nature de la diète sur la synthèse et l’utilisation des vitamines B dans le rumen pourrait aider à identifier les conditions sous lesquelles une supplémentation en ces vitamines serait bénéfique pour la vache. Le but de ce travail de thèse est donc d’améliorer la compréhension des effets de l’espèce fourragère, de la maturité et de la longueur des particules de fourrage sur les apports en vitamines B chez la vache laitière. Pour évaluer chacune de ces variables, les concentrations de thiamine, riboflavine, niacine, vitamine B6, folates et vitamine B12 ont été mesurées dans les échantillons d’aliments et de digesta duodénal recueillis lors de trois projets réalisés à l’Université du Michigan par l’équipe du Dr. M. Allen. Dans la première étude, l’effet de l’espèce fourragère des ensilages a été évalué au cours de deux expériences similaires durant lesquelles les vaches recevaient une diète à base d’ensilage de luzerne ou de dactyle. Les diètes à base de luzerne ont été associées à une augmentation de la dégradation de la thiamine et de la vitamine B6 dans le rumen par rapport aux diètes à base d’ensilage de dactyle. La deuxième étude visait à évaluer les effets de la maturité des plantes lors de la mise en silo sur les quantités de vitamines B disponibles pour la vache; les deux expériences se différenciaient par l’espèce fourragère étudiée, soit la luzerne ou le dactyle. Une récolte à un stade de maturité plus élevé a augmenté les flux duodénaux de thiamine, de niacine et de folates lorsque les vaches recevaient des diètes à base d’ensilage de luzerne mais n’a diminué que le flux duodénal de riboflavine chez les animaux recevant des diètes à base d’ensilage de dactyle. La troisième étude a comparé les effets de la longueur de coupe (10 vs. 19 mm) d’ensilages de luzerne et de dactyle sur le devenir des vitamines B dans le système digestif de la vache laitière. Cette étude a permis de constater qu’une augmentation du temps de séchage au champ diminuait les concentrations de vitamines B dans les ensilages. Cependant, la taille des particules des ensilages de luzerne et de dactyle n’a pas affecté les quantités des vitamines B arrivant au duodénum des vaches. En général, les résultats de ces études montrent qu’il existe une corrélation négative entre la synthèse de riboflavine, de niacine et de vitamine B6 et leur ingestion, suggérant une possible régulation de la quantité de ces vitamines B par les microorganismes du rumen. De plus, l’ingestion d’amidon et d’azote a été corrélée positivement avec la synthèse de thiamine, de folates et de vitamine B12, et négativement avec la synthèse de niacine. Ces corrélations suggèrent que les microorganismes qui utilisent préférentiellement l’amidon jouent un rôle majeur pour la synthèse ou la dégradation de ces vitamines. De plus, la présence d’une quantité suffisante d’azote semble avoir un impact majeur sur ces processus. La suite de ces travaux devrait viser la modélisation de ces données afin de mieux appréhender la physiologie de la digestion de ces vitamines et permettre la création de modèles mathématiques capables de prédire les quantités de vitamines disponibles pour les vaches. Ces modèles permettront, lorsqu’intégrés aux logiciels de formulation de ration, d’élaborer une diète plus précise, ce qui améliorera la santé du troupeau et la performance laitière et augmentera les profits du producteur. / Research on B vitamins and ruminant nutrition reported that the amounts of these nutrients available for the animals vary according to the nature of the diet. These differences are due to changes in microbial populations in the rumen caused by several physical and chemical characteristics of the diets. However, data regarding how those factors affect B-vitamin supply are limited. A better quantitative understanding of dietary factors driving ruminal synthesis and degradation of B vitamins will help to identify conditions favoring vitamin supplementation to the cow. The objective of this thesis was to evaluate the effects of forage family, plant maturity and forage particle length on B-vitamin supply to lactating dairy cows. To evaluate each of these variables, concentrations of thiamin, riboflavin, niacin, vitamin B6, folates and vitamin B12 were measured in feed and duodenal digesta samples collected during three studies carried out at the University of Michigan by Dr. Allen’s team. In the first study, the effect of forage family was evaluated in two similar trials, where diets containing either alfalfa or orchardgrass silages were offered to lactating dairy cows. Diets based on alfalfa silage resulted in a greater degradation of thiamin and vitamin B6 in the rumen compared with diets based on orchardgrass silages. The second study assessed the effects of plant maturity at harvest on the amounts of B vitamins available to the cow; the two trials differed by the studied forage family, alfalfa or orchardgrass. Increasing maturity at harvest of forages increased the amounts of thiamin, niacin and folates reaching the sites of absorption with diets based on alfalfa silages whereas it only decreased riboflavin duodenal flow with diets based on orchardgrass silages. In the third study, the effects of alfalfa and orchardgrass silage particle length (10 vs. 19 mm) on the fate of B vitamins in digestive tract of dairy cows were studied. Increasing wilting time in the field decreased B-vitamin concentrations in both silages. Nevertheless, for both forage families, the length of silage particles had no effect on the amounts of B vitamins reaching the duodenum of cows. Overall, the results from these three studies highlighted that there was a negative correlation between the apparent synthesis of riboflavin, niacin and vitamin B6 and their intake, suggesting that ruminal bacteria reduced the synthesis of these vitamins when their dietary supply was augmented. In addition, starch and nitrogen intakes were positively correlated with the ruminal synthesis of thiamin, folates and vitamin B12, but negatively correlated with the synthesis of niacin. These correlations suggest that microorganisms that use starch play a major role in the synthesis or the degradation of these vitamins. Moreover, these processes are affected by the nitrogen supply. The continuation of this work will be the modeling of these data, which will help to better understand the digestion physiology of these vitamins and allow the creation of mathematical models able to predict duodenal B-vitamin flow in cows. These models will allow feed formulation software to design more adequate diets, which will improve herd health and milk performance and increase dairy farmer profits.

L’élevage laitier est un secteur agricole important au Québec. Il est aujourd’hui en plein changement alors que de plus en plus d’entrepreneurs agricoles se tournent vers la robotisation de leur ferme afin d’accroître leur productivité. Au coeur de ce processus, le robot de traite réduit la charge de travail de l’éleveur et permet d’analyser chaque vache d’un troupeau. Plutôt que d’être attachées dans l’étable et de se faire traire deux fois par jour à des heures régulières, les vaches sont dorénavant en liberté et se rendent elles-mêmes au robot de traite à tour de rôle. Ce mémoire vise à analyser l’impact des robots de traite au sein d’une ferme. Il tente d’évaluer si les relations entre les éleveurs et les vaches sont modifiées par l’arrivée d’un robot. Il permet aussi de se pencher sur la manière dont cette relation affecte le bien-être de l’animal. Pour ce faire, ce mémoire explore entre autres l’histoire de l’agriculture en sol québécois, l’histoire et les implications éthiques de la domestication animale, le contrat domestique avec l’animal et la subjectivité animale du point de vue phénoménologique. Chaque chapitre permet de revenir sur l’enjeu des robots de traite afin de l’analyser sous plusieurs angles.

Une des références les plus utilisées dans l’évaluation de la composition en acides aminés (AA) du flux de protéines microbiennes (MCP) du duodénum nous provient de Clark et al. (1992, JDS : 2304). Néanmoins, cette référence comporte uniquement la composition en AA des bactéries associées à la phase liquide (BAL) du rumen, dont 7 des 18 études présentées ont été réalisées chez le mouton. Le présent travail propose d’investiguer plus en détails les protéines microbiennes, incluant les bactéries associées à la phase solide (BAS) et les protozoaires chez le bovin laitier. En effet, il a été démontré que moins de 40 % de la MCP duodénale pouvait provenir des BAL et que la composition en AA des BAS et des protozoaires diffère de celle des BAL (Jouany, 1996). Les objectifs sont dès lors de : Effectuer une mise à jour de la composition en AA des bactéries du rumen ; Ajouter à la base de données les compositions en AA des protozoaires du rumen ; Mettre en lumière les différences de composition en AA des protozoaires et des différents types de bactéries. Sur base de recherches préliminaires et d’une révision approfondie de la littérature scientifique traitant du présent sujet, 26 publications ont été sélectionnées afin de construire une base de données repertoriant les bactéries plus 10 publications concernant les protozoaires. Les valeurs rapportées pour les bactéries ont été réparties selon le type de bactéries, soit les BAL ou les BAS. La composition en AA des bactéries et des protozoaires a été comparée par une analyse de variance incluant l'effet du type de microorganisme en utilisant les contrastes orthogonaux suivant : 1) bactéries vs protozoaires, 2) BAL vs BAS. Les résultats obtenus ont été analysés et plusieurs conclusions ont pu être tirées. Notamment, en ce qui concerne le rapport entre la composition en AA essentiels des bactéries et celle des protozoaires. Le Trp (1,76 g/100 g AA) a montré le rapport le plus élevé tandis que la Lys (0,78 g/100 g AA) a montré le plus faible. Ces données suggèrent une importance particulière dans l’identification de la présence de protozoaires dans le flux de protéines duodénales afin de prédire correctement le flux duodénal en AA. En effet, l’inclusion des protozoaires dans le flux duodénal de MCP apporte une variation de plus de 4% dans l’estimation de ce flux pour tous les AA sauf pour Arg et Leu, comparativement à l’utilisation de la composition des bactéries rapportée par Clark et al. (1992, JDS: 2304). / One of the most used references in the evaluation of the amino acid composition (AA) of the duodenum microbial protein (MCP) flow is from Clark et al. (1992, JDS : 2304). Nevertheless, this reference only includes the AA composition of the bacteria associated with the liquid phase (BAL) of the rumen, of which 7 of the 18 studies presented were carried out in sheep. The present work proposes to investigate in more detail microbial protein, including bacteria associated with the solid phase (BAS) and protozoa in dairy cattle. It has been shown that less that 40 % of duodenal MCP can be derived from BAL (Jouany, 1996). The objectives are therefore : Updating the AA composition of rumen bacteria ; Add to the database the AA composition of the rumen protozoa ; Highlight differences in the composition of protozoa and different types of bacteria in AA. Based on preliminary research and a thorough review of the scientific literature on the subject, 26 publications were selected to construct a database of bacteria plus 10 publications on protozoa. The values reported for the bacteria were distributed according to the type of bacteria, i.e. BAL or BAS. The AA composition of bacteria and protozoa was compared by an analysis of variance including the effect of the microorganism type using the following orthogonal contrasts: 1) Bacteria vs protozoa, 2) BAL vs BAS. The results obtained were analyzed and several conclusions were drawn. In particular, as regards to the ratio between the essential AA composition of bacteria and that of protozoa. Trp (1.76 g/100g AA) showed the highest ration while Lys (0.78 g/100 g AA) showed the lowest. These data suggest a particular importance in the identification of the presence of protozoa in the duodenal protein flow in order to correctly predict the duodenal flow in AA. Indeed, the inclusion of protozoa in the duodenal MCP flow contributes a variation of more than 4 % in the estimation of this flow for all AA except for Arg and Leu, compared to the use of the composition of the bacteria reported by Clark et al. (1992, JDS: 2304)

L’objectif de ce projet est de comparer l’effet de remplacement du tourteau de soja et du maïs grain par la gourgane (moulue ou roulée) sur l’ingestion, les fermentations ruminales, l’utilisation de l’azote, la production de méthane et la production laitière. Neuf vaches de race Holstein (120 jours de lactation) ont été utilisées selon un dispositif en carré latin 3×3 (période de 35 jours dont 14 jours d’adaptation). Les traitements expérimentaux étaient : 1) Ration totale mélangée (RTM) contenant du tourteau de soja (Témoin), 2) RTM contenant de la gourgane roulée et 3) RTM contenant de la gourgane moulue. La gourgane a été incluse à raison de 17% de la matière sèche en remplaçant complètement le tourteau de soja et partiellement le maïs grain sur une base iso-azotéeet iso-énergétique. Après 14 jours d'adaptation aux régimes expérimentaux, la consommation alimentaire, les caractéristiques des fermentations ruminales (incluant le dénombrement des protozoaires), la dégradabilité ruminale (in sacco), la digestibilité gastro-intestinale apparente, l'excrétion azotée, la production laitière et la production de CH4 ont été mesurées. L'incorporation de la gourgane (moulue ou roulée) dans la ration n'a pas eu d'incidence sur l’ingestion, la production laitière et la composition du lait. Le traitement expérimental n'a eu aucun effet sur la concentration ruminale des acides gras volatils totaux, le rapport acétate : propionate et le nombre de protozoaires. Comparativement aux vaches recevant le régime témoin, la concentration d’ammoniac (NH3) a augmenté et tendait à augmenter chez les vaches nourries avec la gourgane roulée et moulue, respectivement. Cependant, il n'y avait aucune différence dans la concentration ruminale de NH3 entre les deux gourganes traitées. La digestibilité totale apparente de la protéine brute (PB) était similaire chez les vaches nourries avec le régime témoin et celles nourries avec la gourgane roulée et tendait à augmenter chez les vaches nourries avec la gourgane moulue comparativement à celles nourries avec le régime témoin. L’excrétion de l’azote(g/jou en proportion de l’azote ingéré) dans les urines et le fumier (fèces + urine) n'a pas été affectée par l'inclusion de la gourgane dans l'alimentation. La production de CH4 entérique était similaire entre les régimes expérimentaux. En conclusion, l’inclusion de la gourgane (17% de MS) en remplacement du tourteau de soja et du maïs grain dans la ration n'a eu aucun effet sur la production de lait, l'excrétion d’azote et la production de CH4 entérique des vaches laitières. / The objective of this study was to compare the effect of replacing soybean meal (SBM) and corn grain with ground or rolled faba bean (FB) on nutrient digestion, rumen fermentation, N utilization, methane production and milk performance. Nine Holstein cows (120 days of milk) were used in a 3 × 3 Latin square design (35-d period). The experimental treatments were: 1) Total mixed ration (TMR) containing SBM (control), 2) TMR containing rolled FB and 3) TMR containing ground FB. SBM and corn grain were completely and partially replaced (17% of diet DM), respectively, with either rolled or ground FB, on an isonitrogenous and isoenergetic basis. After 14-d days of adaptation to the experimental diets, feed intake, rumen fermentation characteristics (including protozoa enumeration), in saccoruminal degradability, apparent total-tract digestibility, N excretion, milk performance (production and composition), and CH4 production were measured. Including FB in the diet did not affect dry matter intake, milk production and milk composition. Experimental treatment had no effect on total VFA concentration, acetate:propionate ratio and protozoanumbers. Compared with cows fed the control diet, ruminal NH3 concentration increased and tended to increase for cows fed ground FB and rolled FB, respectively. However, there was no difference in ruminal NH3 concentration between the two processed FB. Apparent total-tract digestibility of crude protein was similar between cows fed the control diet and cows fed rolled FB and tended to increase for cows fed ground FB compared with cows fed the control diet. Urinary and manure (feces + urine) N excretion (g/d or as a proportion of N intake) were not affected by the inclusion of FB in the diet. Enteric CH4 production was similar among the experimental diets. In conclusion, this study showed that including FB (17% of dietary DM) at the expense of SBM and corn grain in the diet had no effect on milk production, N excretion and enteric CH4 production of dairy cows.