El Virus del Papil•loma Humà (VPH) està implicat en la patogènesis dels tumors del tracte genital femení i es detecta en la pràctica totalitat dels carcinomes de cèrvix, considerant-se una causa necessària per al seu desenvolupament. El VPH també sembla estar involucrat en una proporció de tumors de la vulva i de la vagina, però al contrari que en el cèrvix, els carcinomes escamosos de la vulva (CEV) i de la vagina (CEVa) es desenvolupen seguint dues vies etiopatogèniques diferents: una relacionada amb la infecció pel VPH i una independent de la infecció viral. Degut a la baixa incidència de tumors en aquestes localitzacions, hi ha molt pocs coneixements sobre la epidemiologia, les característiques histològiques i les conseqüències clíniques dels tumors relacionats amb el VPH. Per altra banda, en totes aquestes localitzacions, tant les lesions premalignes com els carcinomes relacionats amb el VPH semblen presentar una morfologia basaloide o condilomatosa, mentre que els carcinomes no relacionats amb el VPH són generalment queratinitzants. Des de fa un temps s’ha evidenciat que la sobrexpressió de p16ink4a es troba de manera uniforme en totes les lesions premalignes i malignes del cèrvix uterí i d’altres localitzacions, com l’amígdala, la vulva o la regió anorectal, associades a la infecció el VPH i s’ha proposat coma marcador d’aquesta infecció viral. L’objectiu de la tesi va ser estudiar un grup ampli de lesions de vulva i de vagina analitzant la presència o no de VPH i determinar si existeixen característiques morfològiques, immunohistoquímiques i clínico-patològiques diferencials entre els tumors positius i els negatius per al VPH. Com a metodologia es va avaluar retrospectivament els casos de CEVa i CEV diagnosticats a l’Hospital Clínic, a l’Hospital de la Vall d’Hebrón, a l’Instituto Portugués de Oncología de Lisboa i a l’Hospital de Vic, entre 1989 i el 2009. El VPH es va detectar mitjançant tècniques de PCR utilitzant primers SPF-10 i tipificat amb el mètode INNO-LIPA HPV. També es van realitzar tècniques de immunohistoquímica per la detecció de p16ink4A i p53. Es va realitzar l’anàlisi de la supervivència global (OS) i de la supervivència lliure de malaltia (DFS) mitjançant corbes de Kaplan- Meier i anàlisis multivariades utilitzant el model de Cox. Els resultats que es van obtenir van ser que tant el CEV com el CEVa presenten dues vies etiopatogèniques, una en relació a la infecció pel VPH i una independent de la infecció viral. El tipus viral més freqüent és el VPH de tipus 16. La tinció immunohistoquímica amb p16ink4 mostra una gran especificitat i sensibilitat per al diagnòstic dels carcinomes escamosos de vagina associats al VPH, i és una tècnica útil i simple per a classificar-los etiològicament. Les dones amb CEV associat al VPH presenten un pronòstic similar a les dones amb carcinomes no relacionats amb el VPH, mentre que les pacients amb CEVa relacionat amb el VPH tenen una millor supervivència global i supervivència lliure de malaltia. Aquesta supervivència està limitada als estadis I i II de la malaltia. Les lesions vulvars intraepitelials negatives per a la infecció del VPH poden adoptar, ocasionalment, una morfologia basaloide i confondre’s amb un VIN de tipus clàssic (relacionat amb el VPH), per això, la tinció immunohistoquímica amb p16(ink4a) i p53 poden ser útils en l’adequada classificació d’aquestes lesions. / HUMAM PAPILLOMA VIRUS AS A PROGNOSTIC FACTOR IN THE CARCINOMAS OF THE VULVA AND THE VAGINA Human Papilloma Virus (HPV) has been clearly implicated in the pathogenesis of maligmant and premalignant tumours of the female lower genital tract and has been detected in almost 100% of cervical carcinomas. HPV also seems to be involved in a proportion of vulva and vagina tumours, but unlike the cervix, these tumors develop following two different etiopathogenic pathways: one group is related to HPV infection whereas a second group arises via independent- HPV infection. Premalignant and malignant tumours related to to HPV are histologicaly squamous cell carcinoma of non-keratinizing, basaloid or warty types, whereas most HPV-negative tumors are commonly of keratinizing type. However some overlap exists between the histological types and the association with HPV and immunohistochemical studies with p16ink4a has been proposed as a marker of this viral infection in the neoplasms. As a methodology, cases of carcinoma of the vulva and the vagina diagnosed in Hospital Clinic, Hospital de la Vall d'Hebron, Portuguese Institute of Oncology and Hospital de Vic, were analyzed between 1989 and 2009. HPV was detected by PCR. Immunohistochemical techniques were carried out for the detection of p p16ink4a and p53. The analysis of the overall survival (OS) and disease-free survival (DFS) was made through Kaplan Meier analysis and multivariate curves using the Cox model. The results show that in vagina, as in vulva, there are two independent pathways in the development of tha carcinomas, one related an another independant of the HPV infection.The most common HPV viral type is the 16 . Immunohistochemical p16ink4 staining shows a great sensitivity and specificity for HPV related neoplasms, and is a useful technique to classify them. In vulva, women with HPV-tumours present a similar prognosis that women with non-HPV related tumours, while in vagina patients with HPV-related tumours stand a better overall survival and disease-free survival. This survival is limited to stages I and II of the disease. Vulvars negative intraepitelials neoplasms for HPV infection can adopt an basaloide morphology and p16ink4a staining with may be helpful in the proper classification.

[ES] El curso natural de los tumores va acompañado de la acumulación progresiva de alteraciones genómicas, propiciando una cadena de eventos que resultan en inestabilidad genómica (IG). Éste fenómeno, caracterizado por alteraciones en el número de copias, constituye un hallmark genómico con impacto pronóstico más allá de la histología y otras características moleculares del tumor. En el ámbito de la investigación en oncología ginecológica, la IG ha ganado fuerza en los últimos años, permitiendo la estratificación de pacientes de acuerdo al pronóstico y la respuesta a agentes que dañan el ADN, como las terapias basadas en platinos y los inhibidores de PARP. En el cáncer de ovario, en particular, se ha descrito un subgrupo molecular caracterizado por alta incidencia de alteraciones en el número de copias relacionado con un mejor pronóstico y respuesta a quimioterapia. Esta correlación presenta la IG como un buen marcador predictivo y pronóstico. Así, un modelo basado en la IG trasladable a la práctica clínica constituirá una herramienta útil para la optimización de la toma de decisiones. La era de la medicina personalizada llegó de la mano de los estudios integrativos, donde las técnicas de alto rendimiento se aplican de manera combinada para obtener una visión molecular global de los tumores, completando y complementando la caracterización clásica a nivel anatómico e histológico. Esta tesis propone un estudio global de la IG como biomarcador pronóstico y predictivo de respuesta en cáncer ginecológico, haciendo hincapié en el cáncer de ovario seroso de alto grado y cáncer de endometrio. A través de la aplicación de estrategias basadas en NGS con la adaptación de pipelines de análisis disponibles obtuvimos los perfiles de IG de muestras de tejido fijadas en formol y embebidas en parafina, de una manera fiable, portable y coste efectiva, combinando herramientas de machine learning para ajustar modelos predictivos y pronósticos. Partiendo de esta premisa, ajustamos y validamos, en cohortes clínicas bien caracterizadas, tres modelos a partir de los datos ómicos individuales y un modelo integrativo (Scarface Score) que demostró la capacidad de predecir la respuesta a agentes que dañan el ADN en un escenario clínico concreto de pacientes con cáncer de ovario seroso de alto grado. Paralelamente, desarrollamos y validamos un algoritmo basado en el perfil de mutaciones, con impacto pronóstico, en cáncer de endometrio. Este algoritmo consiguió una estratificación que respondía al perfil de IG de los pacientes. Finalmente, se caracterizó un panel de líneas celulares de cáncer de ovario a nivel de respuesta, genético y genómico. Se interrogó el estatus de la vía de recombinación homóloga y su asociación a patrones de IG, completando el perfil molecular y estableciendo las bases para futuros estudios preclínicos y clínicos. Los resultados obtenidos en esta tesis doctoral presentan herramientas de gran valor para el manejo clínico en cuanto a la búsqueda de una medicina personalizada. Adicionalmente, diferentes estudios para trasladar el modelo predictivo a otros escenarios clínicos pueden ser explorados, usando como base el planteado, pero restableciendo puntos de corte nuevos y específicos. / [CA] El curs natural dels tumors va acompanyat de l'acumulació progressiva d'alteracions genòmiques, propiciant una cadena d'esdeveniments que resulten en inestabilitat genòmica (IG). Aquest fenomen, caracteritzat per la presencia de alteracions en el nombre de cópies, constitueix un hallmark genòmic amb impacte pronòstic més enllà de la histologia i altres característiques moleculars del tumor. En l'àmbit de la recerca en oncologia ginecològica, la IG ha guanyat força en els últims anys, permetent l'estratificació de pacients d'acord amb el pronòstic i la resposta d'agents que danyen l'ADN, com les teràpies basades en platins i els inhibidors de PARP. En el càncer d'ovari en particular, s'ha descrit un subgrup molecular caracteritzat per una alta incidència d'alteracions en el nombre de còpies relacionat amb un millor pronòstic i resposta a quimioteràpia. Aquesta correlació presenta la IG com un marcador predictiu i pronòstic adeqüat. Així, un model basat en la IG traslladable a la pràctica clínica constituirà una eina útil per a l'optimització de la presa de decisions. L'era de la medicina personalitzada va arribar de la mà dels estudis integratius, on les tècniques d'alt rendiment s'apliquen de manera combinada per a obtenir una visió molecular global dels tumors, completant i complementant la caracterització clàssica a nivell anatòmic i histològic. Aquesta tesi proposa un estudi global de la IG com a biomarcador pronòstic i predictiu de resposta en càncer ginecològic, posant l'accent en el càncer d'ovari serós d'alt grau i càncer d'endometri. A través de la aplicación d'estratègies basades en NGS amb l'adaptació de pipelines d'anàlisis disponibles, vam obtenir els perfils de IG de mostres de teixit fixades en formol i embegudes en parafina d'una manera fiable, portable i cost efectiva, combinant eines de machine learning per a ajustar models predictius i pronòstics. Partint d'aquesta premissa, vam ajustar i validar, en cohortes clíniques ben caracteritzades, tres models a partir de les dades omiques individuals i un model integratiu (Scarface Score) que va demostrar la capacitat de predir la resposta a agents que danyen l'ADN en un escenari clínic concret de pacients amb càncer d'ovari serós d'alt grau. Paral·lelament, desenvoluparem i validarem un algoritme basat en el perfil de mutacions amb impacte pronòstic en càncer d'endometri. Aquest algoritme va aconseguir una estratificació que responia al perfil de IG dels pacients. Finalment, es va caracteritzar un panell de línies cel·lulars de càncer d'ovari a nivell de resposta, genètic i genòmic. Es varen interrogar l'estatus de la via de recombinació homòloga i la seua associació a patrons de IG, completant el perfil molecular i establint les bases per a futurs estudis preclínics i clínics. Els resultats obtinguts en aquesta tesi doctoral presenten eines de gran valor per al maneig clínic en quant a la cerca d'una medicina personalitzada. Addicionalment, diferents estudis per a traslladar el model predictiu a altres escenaris clínics poden ser plantejats, usant com a base el propost però restablint punts de tall nous i específics. / [EN] The natural course of tumors matches the progressive accumulation of genomic alterations, triggering a cascade of events that results in genomic instability (GI). This phenomenon includes copy number alterations and constitutes a genomic hallmark that defines specific outcomes beyond histology and other molecular features of the tumor. In the context of gynaecologic oncology research, GI has gained strength in the last years allowing the stratification of patients according to prognosis and response to certain DNA-damaging agents, such as platinum-based therapies and PARP inhibitors. Particularly in ovarian and endometrial cancers, it has been described a molecular subgroup characterized by high copy number alterations (CNA) related to good prognosis and better response to chemotherapy. This relationship highlights GI as a predictive and prognostic biomarker. Hence, a GI-based model translated into clinical practice would constitute a tool for optimizing clinical decision-making. The era of personalised medicine arrived together with the coming of integrative studies, where results of high-throughput techniques are combined to obtain a comprehensive molecular landscape of the diseases, bringing a new paradigm to characterize the tumors beyond classical anatomic and histological characteristics. This thesis proposes a global study of the phenomenon of GI as a prognostic and predictive biomarker of treatment response in gynaecological cancers, mainly focused on high-grade ovarian cancer and endometrial cancer. Through the development of an NGS-based strategy with the adaptation of available pipelines of analysis, we obtained GI profiles on formalin-fixed paraffin-embedded samples in a reliable, portable, and cost-effective approach, with the combination of Machine Learning tools to fit prognostic and predictive models based on the integration of omic data. Based on that premise, we fit and validated, in well-characterized clinical cohorts, three single-source models and an integrative ensemble model (Scarface Score) that proved to be able to predict response to DNA-damaging agents in a clinical scenario of High-Grade Serous Ovarian Cancer. In addition, a mutational-based algorithm (12g algorithm) with prognostic impact was developed and validated for endometrial cancer patients. This algorithm achieved a GI-based stratification of patients. Finally, a panel of ovarian cancer cell lines was characterized at the response, genetic and genomic level, interrogating homologous recombination repair pathway status and its associated GI profiles, completing the molecular landscape, and establishing the basis and breeding ground of future preclinical and clinical studies. The results reported in this Doctoral Thesis provide valuable clinical management tools in the accomplishment of a reliable tailored therapy. Additionally, future studies in different tumor types and drugs for implementation of the predictive model can be planned, using as a base the defined one but re-establishing new and specific cut-offs. / The present doctoral thesis was partially funded by GVA Grants “Subvencions per a la realització de projectes d’i+d+i desenvolupats per grups d’investigació emergents (GV/2020/158)” and “Ayudas para la contratación de personal investigador en formación de carácter predoctoral” (ACIF/2016/008), “Beca de investigación traslacional Andrés Poveda 2020” from GEICO group and Phase II clinical trial (POLA: NCT02684318, EudraCT 2015-001141-08, 03.10.2015). This study was awarded the Prize “Antonio Llombart Rodriguez-FINCIVO 2020” from the Royal Academy of Medicine of the Valencian Community / López Reig, R. (2023). Genomic instability as a predictive biomarker for the application of DNA-damaging therapies in gynecological cancer patients [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/199026