Orientador: Marcos Antonio Machado / Resumo: Phytophthora nicotianae Breda de Haan (Phytophthora parasitica Dastur) e Phytophthora citrophthora (Smith & Smith), agentes causadores da gomose e podridão radicular, têm trazido graves danos em viveiros e pomares de citros no mundo inteiro. O Centro de Citricultura Sylvio Moreira/IAC vem realizando um amplo programa de melhoramento genético de citros via cruzamentos dirigidos com relação ao patossistema Phytophthora-citros, em que já foram verificadas diferenças no nível de resistência na progênie do cruzamento entre tangerina Sunki (Citrus sunki) e trifoliata Rubidoux (Poncirus trifoliata), a partir da detecção de genes diferencialmente expressos utilizando microarranjos, identificando transcritos envolvidos na resistência à Phytophthora, e do mapeamento genético. Este trabalho teve como objetivo principal mapear nos grupos de ligação dos mapas de P. trifoliata e C. sunki as regiões genômicas associadas à resistência à Phytophthora parasitica por meio de análise fenotípica (QTLs) e de expressão (eQTLs). Uma população de 110 híbridos, seus genitores e dois porta-enxertos de referência para a citricultura (limão Cravo e citrumelo Swingle), foi enxertada em limão Cravo e estabelecida em casa de vegetação. Cada híbrido foi conduzido com uma única haste e a inoculação foi realizada pelo método do disco a partir do meio de cultura contendo o micélio de P. parasitica, a 10 cm e 15 cm acima da região da enxertia, totalizando duas inoculações por genótipo. As plantas foram mantidas ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Orientador: Marcos Antônio Machado / Coorientador: Carolina Munari Rodrigues / Banca: Chirlei Glienke / Banca: Paulo Martins Ribolla / Resumo: A Mancha Preta dos Citros (MPC), causada pelo fungo Phyllosticta citricarpa, é uma das mais importantes doenças da citricultura brasileira. No entanto, muito pouco se sabe sobre os mecanismos de patogenicidade deste patógeno na interação com seus hospedeiros. Além disso, P. citricarpa é morfologicamente muito semelhante a P. capitalensis, espécie endofítica também em citros, o que dificulta a diferenciação entre elas, gerando evidentes barreiras fitossanitárias à exportação de frutos in natura. Do mesmo modo, pouco ainda é conhecido sobre seus genomas, ainda não completamente sequenciados, assim como seus transcriptomas em diferentes condições. Assim, o objetivo geral desse trabalho foi avaliar e comparar os genomas e transcriptomas de P. citricarpa e P. capitalensis. O sequenciamento genômico com tecnologia Illumina gerou 179.880.616 reads para P. citricarpa que foram montados em 19.143 contigs, e 148.831.020 reads de P. capitalensis contidos em 11.080 contigs. Foram preditas 16.267 ORFs para a espécie patogênica e 14.813 para a espécie endofítica. Ambos os genomas são similares, com quantidades semelhantes de genes na maioria das categorias analisadas. Os transcriptomas por sua vez geraram em média 74 bilhões de reads por repetição biológica para ambas as espécies, com 3.074 transcritos diferencialmente expressos, sendo 2.637 mais expressos em P. citricarpa e 1.097 em P. capitalensis, com expressiva diferença qualitativa em ambas. P. citricarpa apresentou maior quantidade de genes expressos que P. capitalensis em quase todas as vias analisadas. A espécie endofítica apresentou maior número de genes expressos nas vias de sinalização e adesão. Além disso, os genes envolvidos na interação planta-patógeno foram também mais expressos na espécie endofítica. Os resultados obtidos dos genomas e transcriptomas de P. citricarpa e de P. capitalensis contribuem para maior compreensão da biologia dessas espécies / Abstract: Citrus black spot (CBP), caused by Phyllosticta citricarpa, is one of the most important citrus disease in the Brazilian citrus industry. However, the mechanisms of pathogenicity of this pathogen during the interactions with their hosts are poorly understood. P. citricarpa is frequently associated with P. capitalensis, which is morphologically similar to the endophytic specie. This feature difficults the differentiation of both species resulting in phytossanitary barriers for in natura fruit exportation. Moreover, their genomes were not fully sequenced yet and there is a lack of knowledge of their transcriptomes in different conditions. Thus, the overall objectives of this work were to evaluate and compare the genome and transcriptome of both species. The total genome sequence was 179,880,616 reads for P. citricarpa and 148,831,020 reads for P. capitalensis assembled in 19,143 and 11,080 contigs, respectively. There were predicted 16,267 ORFs for the pathogenic specie and 14,813 for the endophytic specie. P. citricarpa and P. capitalensis presented very similar amounts of genes. The transcriptomic sequence generated on average 74 billion of reads per biological repeat for each species. There were obtained 3,074 differential expressed transcripts, 2,637 were more expressed in P. citricarpa and 1,097 in P. capitalensis. Transcriptional differences between these species were observed. P. citricarpa showed more expressed genes than P. capitalensis in most analyzed categories. The endophytic specie presented more expressed genes on signaling pathway and adhesion than the pathogenic specie. Additionally, plant-pathogen interaction genes were expressed on P. capitalensis. Thus, the results of genomic and transcriptomic analyses of the P. citricarpa and P. capitalensis contribute to the biology comprehension of these species / Mestre

Orientador: Geraldo Papa / Banca: Marineide Rosa Vieira / Banca: Luiz Roberto Pimentel Trevisan / Resumo: Etoxazole é uma nova molécula acaricida pertencente a um novo grupo químico (Diphenyloxazoline), cujo modo de ação ocorre através da inibição do processo normal da ecdise, ação ovicida e ação esterilizante sobre fêmeas adultas. O objetivo do trabalho foi avaliar a quantidade de resíduos nos frutos e a atividade do etoxazole sobre o ácaro Brevipalpus phoenicis (Geijskes), em citros. Para a determinação da curva de degradação dos resíduos do etoxazole em frutos, foram instalados dois ensaios de campo com três tratamentos cada (1. testemunha; 2. etoxazole a 5,5 g i.a./100 L de água; 3. etoxazole a 11,0 g i.a./100 L de água). A análise de resíduos nos frutos foi realizada por técnica de cromatografia em fase gasosa. Em campo foi avaliado o efeito do etoxazole sobre adultos do ácaro B. phoenicis. Para tanto, foram aplicados, em um pomar comercial da variedade Pêra Rio, com oito anos de idade, seguindo um delineamento inteiramente casualizado com quatro repetições, os seguintes tratamentos e dosagens (g i.a./100 L de água): etoxazole 11% SC (1,1; 1,65; 2,75 e 5,5), hexythiazox 50% PM (0,075), flufenoxuron 10% CE (3,0) e cyhexatin 50% PM (25). Para as avaliações sobre a praga, foram marcados, previamente à aplicação, cinco frutos por parcela e contados em campo o número de ácaros vivos com auxílio de lente de dez aumentos e coletados um fruto por parcela que foram transportados ao laboratório e utilizados em um bioensaio para determinar o efeito residual do acaricida sobre o ácaro, demarcando em cada fruto uma arena, onde foram confinadas 10 fêmeas adultas. Para avaliar a viabilidade dos ovos antes e depois da aplicação e efeitos sobre jovens e adultos da praga, instalou-se um bioensaio utilizando-se frutos coletados em campo sem contaminação por pesticida e infestados com o ácaro, os quais foram pulverizados...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Etoxazole is a new molecule acaricide belonging to a new chemical group (Diphenyloxazoline), whose mode of action occur through the inhibition of the normal molting process, ovicidal egg activity and present sterilizing effect on adult females. The objective of the work was to determine the curve of degradation of the etoxazole residues in fruits and the activity of the acaricide on the Brevipalpus phoenicis (Geijskes), in citros. For the determination of the curve of degradation of the etoxazole, two field trials were installed with three treatments each (1. control; 2. etoxazole at 5.5 g a.i./100 L of water; 3.etoxazole at 11.0 g a.i./100 L of water). The analysis of residues in fruits was determined by gas chromatography. The activity of the etoxazole was evaluated on adults, young and eggs of the B. phoenicis in field and laboratory conditions. It were applied in a commercial orchard, of the variety Pêra Rio with eight years of age, the following treatments and dosages (g a.i./100 L of water): etoxazole 11% SC (1.1; 1.65; 2.75 and 5.5), hexythiazox 50% PM (0.075), flufenoxuron 10% CE (3,0) and cyhexatin 50% PM (25). The evaluations were made by counting in field the number of mites, and collected a fruit by plot that were transported to the laboratory and used in an assay to determine the residual effect of the acaricides. For evaluate the viability of the eggs before and after the etoxazole application and effects on nymphs and adults of mite, it was used fruits collected in field without contamination for pesticides and infested with mites. The results showed that, for the etoxazole: the residue levels reached the inferior limit of quantification of the method (0,01 ppm) to the 14 days after the application for the dose of 5.5 g a.i. /100 L of water; starting from the dose of 2.75 g a.i. /100L...(Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Antonio de Goes / Banca: Nilton Luiz de Souza / Banca: Marcel Bellato Spósito / Resumo: O presente estudo foi desenvolvido em pomares de citros localizados em propriedade comercial na região de Rio Claro-SP e teve como objetivo a determinação do efeito de práticas culturais na redução das fontes de inóculo e, conseqüente diminuição da severidade da mancha preta dos frutos cítricos, causada por Guignardia citricarpa. Desenvolveram-se dois experimentos em áreas distintas. No primeiro ensaio, testou-se a influência de cultivos intercalares, amendoim forrageiro e capim coastcross e posterior roçagem da massa formada sob a copa de laranjeiras 'Natal', na flutuação populacional de ascósporos e na severidade da doença, enquanto que no segundo, foi avaliado o efeito de diferentes tratamentos [(1) uréia 12,5 g/litro; (2) nitrato de cálcio 12,5 g/litro; (3) calcário dolomítico 2 t/ha; (4) microrganismos eficazes 1% do produto ativado; (5) combinação dos produtos comerciais Stuble Aid® + Compostaid® 0,75 mL/litro + 0,75 g/litro e (6) Testemunha] na aceleração da decomposição de folhas de limoeiros 'Siciliano' caídas sob a copa das plantas e na severidade da doença. Concluiu-se que o capim coastcross foi a espécie mais eficiente na supressão da liberação de ascósporos, com conseqüente redução da severidade da doença. No segundo ensaio, os tratamentos representados pela adição de microrganismos foram os mais eficientes na aceleração da decomposição de folhas de limoeiro, porém quanto à severidade da doença, todos os tratamentos apresentaram o mesmo comportamento, com reduções significativas em relação à testemunha. / Abstract: The present research was developed in citrus orchards located in commercial property in Rio Claro - SP region and it had as an objective the determination of the effect of cultural practice in the reduction of the source of inoculum and, consequently the reduction of strictness black spots in citric fruit, caused by Guignardia citricarpa. Two experiments in distinct areas were developed. In the first one, the influence of intercalary culture (peanut and coastcross grass) and later the skim of the a dough formed on the orange trees top 'Natal', in the floating of ascospores and in the strictness of the disease, while in the second experiment, the effect of different treatments were evaluated [(1) urea 12,5 g/liter; (2) calcium nitrate 12,5 g/liter; (3) dolomitic calcareous 2t/ha; (4) efficient microrganisms 1% from the active product; (5) the combination of the commercial products Stuble Aid® + Compostaid® 0,75 mL/liter + 0,75 g/liter and (6) Control] in the acceleration of the 'Siciliano' lemon trees leaves decomposition fallen down on the top trees and in the severity of the disease. It was concluded that the coastcross grass was the most efficient species in the supression of the discharge of the ascospores and in the decrease of the severity disease. In the second experiment, the treatments represented by the addition of microorganisms were the most efficient in the acceleration of the lemon trees leaves decomposition, however as for the severity of the disease, all the treatments presented the same performance, with statistically significative decreases in relation to control. / Mestre

Resumo: O estudo da distribuição espacial de pragas é fundamental para elaboração de planos de amostragem para uso no manejo integrado de pragas. Para Toxoptera citricida foi estudada a distribuição espacial em talhões de pomares de citros comerciais de laranja (Citrus sinensis) da variedade Pêra, com 5, 9 e 15 anos de idade, durante o período de setembro de 2004 a abril de 2005. Foram realizadas 14 amostragens de número de pulgões-preto em intervalos aproximados de 15 dias entre as mesmas, utilizando-se armadilhas adesivas de cor amarela (0,11 x 0,11 m) fixadas à planta a 1,5 m de altura aproximadamente. As armadilhas foram distribuídas na área, a cada cinco plantas na linha, em linhas alternadas, totalizando 137 armadilhas no talhão com 5 anos, 140 no talhão com 9 anos e 80 no talhão com 15 anos. A lei de Taylor e a distribuição binomial negativa foram os modelos que melhor representaram a distribuição da população. Foram com construídos planos de amostragens para levantamento desta praga com base na lei de Taylor e na distribuição binomial negativa. / Abstract: The study of spatial distribution of insects is fundamental to elaborate sampling plans with potential to use in integrated pest management. The spatial distribution of Toxoptera citricida was studied in plots of commercial orchards of orange (Citrus sinensis) of the variety 'Pêra' with 5, 9 and 15 years of age, during the period of September of 2004 and April of 2005. Fourteen samples of the number of Toxoptera citricida was performed each 15d approximately, using yellow adhesive traps fixed at 1,5 m of height each 5 plants in alternated lines, summing 137 traps in the 5-years plot, 140 traps in the 9-years plot and 80 traps in the 15-years plot. The best models fitted the distribution of population were the Taylor Law and negative binomial distribution, which were used to elaborate the sampling plans. / Orientador: José Carlos Barbosa / Coorientador: Pedro Takao Yamamoto / Banca: Antonio Carlos Busoli / Banca: Wilson Itamar Maruyama / Mestre

Orientador: Flavio Bussmeyer Arruda / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Agricola / Made available in DSpace on 2018-07-22T16:53:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Iaffe_Angela_M.pdf: 3456783 bytes, checksum: 57cefcba5f96a4c2bd0a0098f63c4273 (MD5) Previous issue date: 1996 / Resumo: Neste trabalho foram analisados os resultados de pesquisa obtidos em experimento conduzido em pomar de laranjas Baianinha e Hamlin, com portaenxertos laranja Caipira e limão Cravo, em solo Podzolizado de Lins-Marília em Pindorama, SP. Foram estudados os efeitos da irrigação e precipitação na produção e o consumo de água resultante das amostragens de umidade do solo do controle de irrigação. As melhores produções foram obtidas com Hamlin/Cravo e as piores com BaianinhalCaipira. A produtividade média no ensaio foi respectivamente 260 e 160 quilos por planta. As irrigações foram realizadas no inverno, nos cinco primeiros anos de produção, em média de 2,3 por ano, apenas. Apresentaram efeito significativo em anos isolados, mas não quando acumulados no período. Não houve efeito subsequente nas produções devido a suspensão das irrigações. O consumo de água na cultura foi em média 1,6 mm/dia no inverno. O coeficiente de cultura operacional (kc), resultante do controle de irrigação mostrou-se fortemente dependente da distribuição das chuvas. Durante o período de chuvas freqüentes o kc era muito próximo da unidade. A medida que a seca se acentuava o kc diminuía até valores próximo de zero. Houve indícios de não ocorrer a pronta recuperação de kc com o reinicio das chuvas após seca prolongada. A série de dados de produção foi associada ao equilíbrio hídrico entre precipitação e evapotranspiração (P-ET). Foram assim determinados os períodos de melhor correlação. A seguir esses períodos foram combinados por meio de correlação múltipla para obtenção de equações para a estimativa da produção. Os resultados evidenciam a importância do equilíbrio hídrico entre (P e ET) nos períodos agosto e dezembro do ano anterior à colheita, e março, mais próximo da colheita para essas variedades precoces. Tais períodos se relacionam principalmente ao número de frutos efetivados na produção / Abstract: In this work was analysed a 10 years of yield of an orange orchard of Baianinha and Hamlin grafted over Caipira and Cravo at the Experimental Station of IAC, in Pindorama, SP, Brasil. The effect of rainfalldistributionon the water consumption, based on soil sampling for irrigation control, was found to be very pronounced. The best yield was obtained with Hamlin/Cravo and the worst with BaianinhalCaipira. Irrigationwas applied only in the first five year of production during the winter. Even though the dry season usuallywas 6 month long and very dry, itwas appliedonlyan average of 2.3 irrigationsper year. The effectof irrigation was not significant, in a whole, except in isolated years. There was no effect thereafter the interruptionof irrigationin the followingyears. A detailed analysis of water effect was carried out, initiallyby simple correlation between final yield and its components and the difference between rainfalland potentialevapotranspiration(P-ET)occurred each monthduringthe year before and the current year of production. The significants periods were again correlated, in order to obtain a multilinearregression to explain and quantify the water effecton finalyieldand its components / Mestrado / Agua e Solo / Mestre em Engenharia Agrícola

Orientador : Hilary Castle de Menezes / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-02T22:11:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliva_PatriciaBrusantin_D.pdf: 26441120 bytes, checksum: 6f2631d5495f8c2e3b3167585a16ccb5 (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: Um dos fatores mais importantes no sabor do suco das frutas cítricas é ausência da percepção amarga, sendo considerada bastante negativa e depreciadora da qualidade sensorial do suco. o objetivo deste trabalho foi verificar o conteúdo de limonin, substância química que causa amargor em suco de cítricos e relacionar a influência de diferentes variedades de laranja e épocas de colheita no conteúdo de limonin no suco de laranja pasteurizado. Para processamento do suco foram utilizadas três variedades de laranja (Citrus sinensis Osbeck), Pêra, Valência e Natal. Essas variedades são as mais produzidas no Estado de São Paulo (Brasil) e também as que apresentam maior rendimento em suco. As amostras foram selecionadas em regiões específicas de uma plantação para colheita no início e fim da safra e em duas safras consecutivas. Após a colheita as amostras foram processadas para obtenção do suco pasteurizado, que foi acondicionado em embalagem cartonada (Tetra Pak) para determinação do conteúdo de limonin. As amostras foram extraídas em funil de separação usando-se clorofórmio. Foi utilizada a Cromatografia Líquida de Alta Eficiência para quantificação do conteúdo de Limonin, Cromatógrafo Shimadzu modelo CTO 10A VP, pré-coluna e coluna Shim-pack de sílica impregnada com CLC-CN 3~m (150mm x 4,6 mm). A fase móvel utilizada foi isopropanol, hexano e metanol (48:44:8). A leitura foi feita a 210 nm. Os resultados encontrados demonstraram que a metodologia usada é bastante reprodutiva e precisa, podendo ser considerado um método relativamente rápido para determinação do conteúdo de limonin em suco de laranja pasteurizado. Os valores de recuperação variaram de 85 a 102%. Foi encontrada diferença significativa para os valores de limonin entre as variedades, sendo que a variedade de laranja Pêra apresentou maior concentração de limonin na 1 fruta colhida no início de safra (1.47 e 1.34 mg/L) em relação as variedades Valência (0.56 e 0.96 mg/L) e Natal (0.57 e 1.11 mg/L), na primeira e segunda safra respectivamente. Os valores de limonin para as variedades Valência e Natal, variaram de maneira significativa de uma saua para outra, quando se analisou o suco de início da safra. Todas as amostras de suco produzidas a partir das laranjas de fim de safra, independente da variedade, apresentaram valores inferiores a 0,7 mg/L de Limonin. Os valores de Limonin encontrados são considerados baixos (inferiores a 2 mg/L) e não causariam a percepção do amargor pelo consumidor comum, entretanto a equipe sensorial de análise descritiva detectou uma maior intensidade de amargor nas amostras de laranja Pêra de início de safra / Abstract: One of the most important factors in the flavor of citrus fruit juices is the absence of a bitter perception, a factor considered to be negative and depreciative as far as the sensory quality of the juice is concerned. The objective of this work was to verify the content of limonin, a chemical substance that causes a bitter taste in citrus juice, and relate the influence of different varieties of orange and times of harvest to the content of limonin in the pasteurized orange juice. For the juice processing, three varieties of orange were used (Citrus sinensis L. Osbeck), Pera, Valencia and Natal. These varieties are produced in the State of São Paulo (Brazil) and are those that present the greatest yields of juice. The samples were selected in specific regions of the plantation for harvest at the beginning and end of the harvest in two consecutive harvests. After harvesting, the samples were processed to obtain the pasteurized juice, which was conditioned in Tetra Pak cartons to determine the content of limonin. The samples were extracted in a separating funnel using chlorofórm. High Performance Liquid Chromatography was used to quantify the Limonin content with a column and pre column of silica (Shimadzu Chromatograph modei CTO 10 VP) impregnated with 3 ~c CLC-CN(4,6x150mm). The mobile phase used was isopropanol, hexane and methanol (48:44:8). Readings were at 210 nm. The results obtained demonstrated that the methodology used was sufficient1y reproductive and precise, being considered a relatively fast method for the determination of the limonin content in pasteurized orangejuice. Recuperation varied from 85 to 102%. A significant difference in the values for limonin was found between the varieties. The Pera variety of orange presented the greatest concentrations of limonin in the fruits harvested at the beginning of the harvest (1.47 and 1.34 mg/L) as compared to the varieties Valencia (0.56 and 0.96 mg/L) and Natal (0.57 and 1.11 mg/L), in the first and second harvests respectively. The values for limonin in the varieties Valencia and Natal varied significantly from one harvest to another when the juice at the beginning of the harvest was analyzed. All the orange juice samples from the end of the harvest, independent of variety, presented values for limonin below 0.7 mg/L. The values found for limonin were considered to be low (lower the 2 mg/L) and would not cause the perception of bitter taste to the common consumer. However the sensory panel for the descriptive analysis detected a greater intensity of bitter taste in the samples of Pera orange at the beginning of the harvest / Doutorado / Doutor em Tecnologia de Alimentos

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2015-11-13T14:38:18Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 977977 bytes, checksum: 5bc34ca996c2d5f549156130af1ded39 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-13T14:38:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 977977 bytes, checksum: 5bc34ca996c2d5f549156130af1ded39 (MD5) Previous issue date: 2013-10-10 / Spiroplasma citri Saglio et. al é o agente causal de Citrus Stubborn Disease - CSD, doença observada primeiramente em pomares cítricos na Califórnia, EUA, em 1915. A doença tem provocado reduções significativas de produtividade em muitos países produtores de citros e, não ocorrendo no Brasil, representa um risco potencial à citricultura nacional, devido à ampla gama de hospedeiros e à eficiência da transmissão pelas cigarrinhas vetoras. São vetores de S. citri: Circulifer tenellus, Circulifer haematoceps e Scaphytopius nitridus. Os principais hospedeiros de expressão econômica são espécies cítricas, como toranja, limão siciliano, tangerina, laranja doce, laranja azeda, pomelo, lima-da-pérsia, C. limonia, C. madurensis, limoeiro rugoso, satsumas e tangelos, Fortunella spp. e porta-enxertos híbridos, como citranges. Muitas outras plantas nativas ou cultivadas são consideradas hospedeiras na região sudoeste dos Estados Unidos, e provavelmente há muitos outros hospedeiros deste organismo. A ocorrência de S. citri já foi relatada em países do continente europeu, na Ásia, África, América do Norte e Oceania. No estado da Califórnia, EUA, estima-se que de 5 a 10% das árvores estejam infectadas pela bactéria. Devido à grande importância que o setor citrícola tem para a economia brasileira, e considerando ainda os impactos econômicos que a introdução desta praga pode acarretar, S. citri está listada como praga quarentenária ausente para o Brasil e foi escolhida como objeto de elaboração de um plano de contingência, visando a execução de ações de contenção, supressão e erradicação. / Spiroplasma citri is the causal agent of Citrus Stubborn Disease-CSD, first observed in citrus orchards in California, USA, in 1915. The disease has caused significant reductions in productivity in many citrus producing countries and represents a potential risk to Brazilian citrus orchards, due to the wide range of hosts and transmission efficiency by leafhoppers. The vectors of S. citri are: Circulifer tenellus, Circulifer haematoceps (synonym of Neoaliturus haematoceps) and Scaphytopius nitridus. The main economic expression hosts are citrus species, such as grapefruit, lemon, tangerine, sweet orange, sour orange, pomelo, Citrus limettioides, C. limonia, C. madurensis, rough lemons, satsumas and tangelos, Fortunella spp. and hybrid rootstocks as citranges. Many other native or cultivated plants are considered hostesses in the southwestern region of the United States, and probably many other hosts of this organism. The occurrence of S. citri has already been reported in countries of Europe, Asia, Africa, North America and Oceania. In the State of California, USA, it is estimated that 5 to 10% of the trees are infected by the bacteria. Because of the great importance that the citrus fruit sector represents for Brazilian economy, and also considering the economic impacts that the introduction of this pest may cause, S. citri is listed as a quarantine pest and was chosen in order to develop a contingency plan. / Não foi encontrado a URL do currículo lattes do autor e nem documento de identificação.

Orientadores: Marcos Antonio Machado, Alessandra Alves de Souza / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-24T04:53:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Coqueiro_DanilaSouzaOliveira_D.pdf: 3034667 bytes, checksum: 7ce135c75da10c6b26032ec285344dc5 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Avaliou-se as alterações transcricionais em laranja 'Pera' (Citrus sinensis L. Osb.) promovidas por quitosana (CHI) e ácido salicílico (SA), utilizando RNA-seq, e o efeito destes compostos no controle do cancro cítrico (Xanthomonas citri subsp. citri) e da clorose variegada dos citros (CVC - Xylella fastidiosa). As plantas foram tratadas com CHI ou SA e após 48h e 24h, respectivamente, foram coletadas amostras foliares para avaliar seus transcriptomas. Para a avaliação dos eliciadores sobre o cancro cítrico e a CVC, as plantas foram tratadas com CHI ou SA e após 48h e 24h, respectivamente, inoculadas com as duas bactérias separadamente. A partir de 24h da inoculação, foram coletadas amostras foliares para avaliar a curva de crescimento de ambas as bactérias, a redução da severidade e/ou incidência das doenças e respostas de defesa da planta por RT-qPCR. Com os resultados do transcriptoma, observou-se que mais genes foram induzidos pelo tratamento com SA do que com CHI. O tratamento com SA aumentou a expressão de genes que participam da via de sinalização do SA na planta (WRKY50, PR2 e PR-9) e genes da biossíntese do etileno e ácido jasmônico (ACS 12, fator de transcrição contendo domínio AP2 e OPR3). Além disso, promoveu a indução de genes relacionados ao metabolismo secundário, processos redox e estresse biótico. No tratamento com CHI, foi observada maior indução de genes relacionados ao metabolismo secundário. Para ambos os tratamentos, a via da auxina foi reprimida. No experimento para controle do cancro cítrico, observou-se que ambos os eliciadores promoveram reduções na severidade e incidência da doença. Entretanto, a CHI pareceu não interferir diretamente na formação do biofilme pela bactéria, mas pode ter dificultado a multiplicação de X. citri na planta. O SA retardou a entrada da bactéria na planta e, aparentemente, inibiu mais a formação do biofilme bacteriano do que a CHI. Comparações da expressão gênica entre os eliciadores reforçam a ideia de que a CHI tem maior potencial de induzir resistência ao cancro cítrico do que SA. No experimento para o controle da CVC, observou-se que a CHI induziu importantes genes da via do SA (NPR1, TGA, EDS1) e etileno (EIN-3, PR-4) 24h após a inoculação. Aplicações exógenas de SA potencializaram o seu efeito endógeno na planta, pois houve indução de NPR1, TGA e PRs. Entretanto, não foi possível estabelecer uma relação clara entre a multiplicação de X. fastidiosa, a incidência da doença e o uso da CHI e SA em laranja 'Pera', já que na maioria das avaliações não houve redução da população bacteriana em amostras foliares e não houve redução da incidência em plantas tratadas. Com base nos resultados, observou-se que CHI e SA induziram diversos genes envolvidos em respostas de defesa em laranja 'Pera'. Entretanto, essas respostas podem ser moduladas diferencialmente a depender do patógeno que afeta a planta, pois os eliciadores foram eficientes no controle da X. citri, um patógeno que coloniza o mesófilo da planta, entretanto não foram efetivos no controle da X. fastidiosa, um patógeno que coloniza o xilema da planta, embora respostas de defesa tenham sido expressas nos momentos iniciais (24h) após a inoculação com X. fastidiosa / Abstract: This study was carried out to evaluate transcriptional modification in sweet orange 'Pera' (Citrus sinensis L. Osb.), promoted by chitosan (CHI) and salicylic acid (SA), using RNA-seq, and the effect of these compounds on citrus canker (Xanthomonas citri subsp. citri) and citrus variegated chlorosis (CVC - Xylella fastidiosa). Plants were treated with CHI or SA and after 48h and 24h, respectively, leaf samples were collected to assess the transcriptome. In the experiments for disease assessment, the plants were treated with CHI or SA and after 48h and 24h, respectively, inoculated. Starting from 24h after inoculation, leaf samples were collected to evaluate the multiplication of the pathogens (X. citri and X. fastidiosa), reduction of the severity and / or incidence and plant defense responses by RT-qPCR. Based upon the transcriptome results, it was observed that more genes were induced by SA than by CHI. SA treatment increased the expression of genes that participate in the SA signaling pathway in the plant (WRKY50, PR2 and-PR9), and genes involved in the biosynthesis of ethylene and jasmonic acid (ACS 12, transcription factor containing AP2 and OPR3 domain). Besides these, SA promoted induction of genes of secondary metabolism, redox processes and biotic stress. The treatment with CHI exhibited higher induction of genes related to secondary metabolism. For both treatments, the auxin pathway was suppressed. In the experiment for the control of citrus canker, it was observed that both elicitors reduced the severity and incidence of the disease. However, CHI seems not to interfere directly in biofilm formation, but may have hindered the multiplication of X. citri in the plant. The SA slowed down the entry of the bacteria into the plant and, apparently, inhibited the formation of biofilm more efficiently than the CHI. Comparisons of gene expression between elicitors reinforce the idea that CHI has higher potential to induce resistance to citrus canker than SA. In the experiment for the control of CVC, it was observed that the CHI induced important genes of the SA (NPR1, TGA, EDS1) and ethylene (EIN-3, PR-4) pathways 24h after inoculation. Exogenous applications of SA potentiated its endogenous effect in the plant, since there was induction of EDS-1, NPR1, TGA and PRs. However, it was not possible to establish a clear relationship between the multiplication of X. fastidiosa, the incidence of the disease and the use of CHI and SA in 'Pera' sweet orange, since most of the assessments did not show reduction of bacterial populations in leaf samples and there was no reduction of the incidence in treated plants. Based upon the results of this study, it was observed that CHI and SA induced several genes involved in defense responses in 'Pera' sweet orange. However, these responses can be modulated differentially depending on the pathogen that affects the plant. This fact was demonstrated in this study, as elicitors were effective in controlling X. citri, a pathogen that colonizes the mesophyll of the plant, but were not effective in controlling X. fastidiosa, a pathogen that colonizes the xylem of the plant, although defense responses were expressed in the early stages (24 h) after inoculation with X. fastidiosa / Doutorado / Bioquimica / Doutora em Biologia Funcional e Molecular

Orientador: Sarita Leonel / Banca: Marco Antonio Tecchio / Banca: Jackson Mirellys Azevedo Souza / Resumo: As propriedades físicas e químicas dos substratos são fatores que podem influenciar no desenvolvimento de mudas cítricas. Objetivou-se verificar o quanto as proporções de mistura influenciam no desenvolvimento de portaenxertos cítricos até a fase de enxertia e vir a ser novas formulações para citros. O presente trabalho foi dividido em dois experimentos, sendo realizados no viveiro da Faculdade de Ciências Agronômicas, Departamento de Ciência Florestal, em Botucatu - SP. No experimento 1, avaliou-se o desenvolvimento do portaenxerto citrumeleiro 'Swingle' em substratos com as seguintes composições: substrato comercial granulometria fina (1); substrato comercial granulometria superfina (2); substrato 50% turfa sphagnum, 30% vermiculita fina, 20% casca de arroz (3); substrato 50% turfa sphagnum, 30% vermiculita superfina, 20% casca de arroz (4); substrato 50% turfa sphagnum, 20% vermiculita fina, 30% casca de arroz (5); substrato 50% turfa sphagnum, 20% vermiculita superfina, 30% casca de arroz (6). Este experimento foi subdividido em duas fases: sementeira (fase 1) e viveiro (fase 2). Na fase 1, o delineamento utilizado foi inteiramente casualizado com seis combinações de substrato, quatro repetições e 51 plantas por parcela experimental. Quando as plantas estavam aptas ao transplantio para sacolas, foram analisadas ao acaso, 8 plantas por tratamento. Na fase 2, o delineamento experimental utilizado foi o inteiramente casualizado, tendo-se seis substratos com quatro repetições... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The physical and chemical properties of substrates are factors that can influence some development of citrus seedlings. It was verified how much these proportions of mixture can influence the development of 'Swingle' citrumelo rootstock until grafting and if it can be new formulations for citrus. The present work was divided in two experiments, being realized in the plants nursery of the São Paulo State University, Department of Foresty Science in Botucatu-SP. In experiment 1, the development of the 'Swingle' citrumelo rootstock on substrates with the following compositions: commercial substrate granulometry fine (1); commercial substrate granulometry superfine (2), Substrate 50% peat moss, 30% vermiculite fine, 20% rice husk (3); Substrate 50% peat moss, 30% vermiculite superfine, 20% rice husk (4); Substrate 50% peat moss, 20% vermiculite fine, 30% rice husk (5); Substrate 50% peat moss, 20% vermiculite superfine, 30% rice husk (6). The experiment 1 was subdivided into two phases: sowing period (period 1) and seedlings nursery (period 2). The treatments were arranged in a completely randomized design in 6 x 4, with 51 plants per replications in the period 1. It was analysed eight plants per repetition when the plants are able to transplant for containers. The second period was arranged in a completely randomized design, with 6 substrates types, 4 repetitions composed by 20 plants. Every 28 days were collected 3 plants per repetition for analyses. It was concluded the substrates with 30% rice husk weren't satisfactory for the development of 'Swingle' citrumeleiro. The substrates 1 (commercial substrate granulometry fine), 2 (commercial substrate granulometry superfine) and 4 (Substrate 50% peat moss, 30% vermiculite superfine, 20% rice husk) provided a better development of the rootstock until grafting period, according to the management used. In the second experiment, it was evaluated if the ... / Mestre