Orientador: Avelino Rodrigues de Oliveira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-18T01:54:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Musumeci_MariaRaphaela_D.pdf: 2493138 bytes, checksum: e7f8cf3f51346d74cff2a6545a19d351 (MD5) Previous issue date: 1974 / Resumo: O desenvolvimento de compostos neo-sintetizados acumulados após inoculação com Phytophthora citrophthora foi verificado em tecidos de duas espécies cítricas - Citrus aurantium L. (laranjeira azeda) e Citrus sinensis Osbeck (laranjeira doce), respectivamente resistente s suscetível a esse fungo. Casca, lenho e ramos dos dois hospedeiros foram colocados em placas de Petri e inoculados com uma suspensão micelial do fungo. Em diferentes períodos após a inoculação os tecidas foram extraídos com Etanol 95% á quente e os extratos concentrados foram cromatografados e bioensaiados. 0 exame a luz ultra-violeta detectou nos cromato gramas de extratos de cascas e ramos de laranjeira azeda inoculada, um composto fluorescente com Rf 0,30 em Benzeno ; Éter (80:20). Esse composto foi denominado "composto 1" (C1) e é sintetizado pelos tecidos do hospedeiro rasistente 24 horas após a inoculação. A região do ramo importante para a síntese desse composto foi a casca, não se observando o desenvolvimento do nos tecidos do lenho. O C1 foi desenvolvido também em resposta a lesão mecânica nos tecidos de casca não inoculados e incubados por 72 horas. O C1 foi produzido pelos tecidos de laranjeira azeda em resposta a inoculação com os patógenos Phytophthora parasitica e Phytophthora cinnamomi e não foi produzido após a inoculação com os não patógenos Phytophthora infestans e Ceratocystis paradoxa. Os tecidos da laranjeira doce não desenvolveram o em resposta a inoculação com o patógeno ...Observação: O resumo, na íntegra poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: The development of newly synthetized compounds which a cumulate after inoculation with Phytophthora citrophthora was verified in tissues of two Citrus varieties - Citrus aurantiurn L (sweet orange) and Citrus sinensis Osbeck (sour orange), respectively resistant and susceptible to this fungus. Detached bark, wood and stems of both hosts were placed in Petri dishes and inoculated with a mycelial suspension of the fungus. At different periods after inoculation the tissues were extracted with hot 95% Ethanol and the concentrated extracts we re chromatagraphed and bioassayed. A fluorescent compound with Rf 0.30 in Benzenb:Ether (80:20) was detected in chromatograms of bark and stems of inoculated sour orange by observation under the ultraviolet light. This compound was named Compound 1 and it was developed in the resistant hast tissues 2 4 hours after inoculation. Compound 1 was detected only in bark extracts when bark and wood were inoculated separately. Compound 1 was also developed after 72 h in response to mechanical injury in incubated and noniculated bark tissues. Compound 1 was produced by sour orange in response to inoculation with the pathogens P.parasitica and P.cinnamomi, but not after inoculation with the non-pathogens P.infestans and C.paradoxa. Sweet orange tissues did not develop Compound 1 in response at inoculation with the pathogen P.citrophthora. Chromatography of extracts from stem and bark tissues showed a compound with Rf 0.36 in Benzene:Ether (80:20) which was visible under the UV light ...Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations / Doutorado / Doutor em Ciências

Orientador: Dirceu Brasil Vieira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Limeira / Made available in DSpace on 2018-07-14T01:27:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Luchiari_DaniloJoseFanelli_M.pdf: 3613270 bytes, checksum: f29ac3f989f6fc2888b1636b6ced7ea8 (MD5) Previous issue date: 1989 / Resumo: O presente trabalho teve como objetivo o Estudo da Repartição das Chuvas em Cultura de Citros. A pesquisa foi implantada num pomar comercial de citros de variedade valência, localizada na Fazenda Amazomas I, no município de Leme - S.P.. Determinaram-se as relações porcentuais entre a precipitação bruta sobre a cultura (PB) e as parcelas que atingem o solo através da precipitação interna (PI) e do escoamento pelo caule (EC), que somadas geram a precipitação efetiva (PE). Dessa forma determinou-se também a quantidade de água interceptada pela copa das plantas e evaporada para a atmosfera (I). A pesquisa foi implantada no meio do pomar utilizando quatro estações, cada qual composta de uma árvore. Em cada estação foram instalados 40 micro pluviômetros radialmente distribuídos e um coletor de escoamento pelo caule. A pesquisa foi implantada em novembro de 1985 e encerrada em julho de 1988, nesse período foram coletados 70 dados, perfazendo 3072,54mm de precipitação bruta. Os dados de cada evento analisados, permitiram obter a seguinte relação de repartição de chuvas em laranjeiras valência:precipitação interna(PI) = 79 %, escoamento pelo caule (EC) = 4%, precipitação efetiva (PE) = 83% e lnterceptação (I) = 17%. Aplicando-se o método de análise de regressão, obtiveram-se as seguintes equações: PE = - 2,515 + 0,882 PB ; r = 0,987 PI = - 2,818 + 0,847 PB ; r = 0,985 EC = + 0;303 + 0,034 PB ; r = 0,887 / Abstract: This work had as goal the partitial rainfall in citrus plantation. The research took place in a commercial orchard of "valencia" citrus, from the "Fazenda Amazonas 1" farm, in Leme S.P.. It was determined the perceptual relationships between the rainfall over the crop (PB) and the fractions which find the soil internal rainfall fraction (PI) and the stem flow CEC), whose added give the effective rainfall (PE). In this way it was also determined the amount of intercepted water by the crown foliage and that which evaporate to the atmosphere (1). The research was done in the middle of the orchard using four sets of measurements, each one composed of one tree. In each set was installed 40 micropluvlometers distributed radially and one stemflow collector. The research lasted from November, 1986 to july, 1988 and during this time was taken 70 data, given then 3072,54 mm of rainfall (PB). The data of each analysed event allowed to find the following relationship of the partitial rainfall in " valencia" citrus: internal rainfall (PI) = 79%, stemflow (EC)= 4%, effective rainfall (PE) = 83% and interceptation (I) = 17%. Applying the regression analyses method, it gets the following equations: PE = - 2,515 + 0,882 PB ; r = 0,987 PI = - 2,818 + 0,847 PB ; r = 0,985 EC = + 0;303 + 0,034 PB ; r = 0,887 / Mestrado / Mestre em Engenharia Civil

Orientador: Maria Beatriz Machado Bonacelli / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Geociencias / Made available in DSpace on 2018-07-31T17:45:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Valle_MarceloGoncalvesdo_M.pdf: 5630357 bytes, checksum: b5efa32cc2b156a17a4f3c78ca790b23 (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: Esta Dissertação tem por objetivo realizar uma caracterização dos arranjos institucionais voltados à pesquisa promovidos na citricultura do Estado de São Paulo, a partir da análise da constituição de uma nova base técnica para a produção de mudas, na tentativa de conter os efeitos nocivos da emergência e disseminação da Clorose Variegada dos Citros nos pomares paulistas. Para a consecução deste objetivo, são discutidos os conceitos de cadeia inovativa e rede de inovação que, empregados de modo integrado ao conceito de cadeia produtiva, possibilitam a agregação de elementos relevantes no que se refere à dinâmica inovativa do setor, explicitando-Ihe os principais atores, relações e padrões de organização. O trabalho foi dividido em duas partes, a primeira composta por três capítulos e a segunda por dois capítulos. Na primeira parte são expostos e discutidos os principais instrumentos conceituais empregados em estudos relacionados ao progresso técnico na agricultura. Adicionalmente, apresentam-se as abordagens de cadeia inovativa e rede de inovação, como contribuições aos estudos dos arranjos institucionais da agricultura, discutidos à luz da Economia Evolucionista e da Nova Economia Institucional. A segunda parte corresponde a um esforço experimental de aplicação dos referenciais discutidos na primeira parte na caracterização da dinâmica tecnológica da citricultura e na análise dos arranjos institucionais constituídos para a produção de mudas certificadas de citros.Dentre as principais conclusões, aponta-se a pertinência da utilização integrada dos conceitos de cadeias produtivas e inovativas e de redes de inovação, notadamente para a análise do caso da citricultura e, em particular, do problema de fitossanidade, característico desta atividade econômica. Acredita-se que quanto mais bem coordenada uma cadeia produtiva, mais rapidamente problemas, como os de fitos sanidade, são detectados, e maiores são as possibilidades de arranjos bens constituídos (em forma de redes de inovação, por exemplo) para superá-Ios, dado que são conhecidas as competências e habilidades dos atores envolvidos. Isto, por sua vez, permite a redução de custos de transação. O Estado, financiando e influenciando a organização da pesquisa, também exprime papel relevante sobre a redução dos custos de transação e sobre a própria dinâmica tecnológica do agronegócio citrícola / Abstract: This Dissertartion undertakes a characterization of research institutional arrangements established in the citriculture agri-chain in Sao Paulo State, through an analysis of the process which established a new technical basis to the production of citrus nursery trees, in order to prevent the negative effects from Citrus Variegated Chlorosis in Sao Paulo' s orchards. The concepts of innovative chain and innovative network are proposed, arguing that their are able to be used simultaneously to the concept of agri-food chain, seting up relevant elements to the understanding of innovative's citriculture dynamics, emphasizing agents, relationships and organizational patterns settled among these entities. The Dissertation is organized in two parts. The first one is composed by three chapters. It presents the most useful concepts proposed to deal with technical progress on agricultural studies. Moreover, the concepts of innovative chain and innovative nerwork are discussed, along with their theoretical bases, the Evolutionary Economics and the New lnstitutional Economics. The second part, composed by two chapters, consists in an experimental application of these concepts in the characterization of the citriculture's technical dynamics in Sao Paulo State and to analyse institutional arrangements related to this issue. The work conc1udes that the concepts of innovative chain and innovative network are useful to deal with the technical dynamic of citriculture and its sanitary status. It is believed that the degree of coordination of the system contributes to the identification of problems and the establishment of institutional arrangements related to its resolution. The Govemment has a noteworthy position in the citriculture's technical dynamics, through its role on financing and executing researches, raising virtuous results on the generation of innovations and reduction of transaction costs / Mestrado / Politica Cientifica e Tecnologica / Mestre em Política Científica e Tecnológica

Orientador: Rouverson Pereira da Silva / Coorientador: David Ferreira Lopes Santos / Banca: Cristiano Zerbato / Banca: Marcelo Tufaile Cassia / Banca: Marcelo Boamorte Ravelli / Banca: Tiago Rodrigo Francetto / Resumo: Decidir entre comprar ou reformar tratores agrícolas e quando fazê-lo é um problema rotineiro para produtores rurais e uma questão ainda não explorada na bibliografia, em que pese, sua importância à competitividade da atividade, especialmente, quando esta decisão volta-se para tratores de pneus, principal ativo para atividade mecanizadas. Objetivou-se neste trabalho construir e validar uma metodologia de avaliação econômica para apoiar o processo decisório entre comprar ou reformar tratores de pneus utilizados na pulverização de pomares de citros. Construiu-se um banco de dados com informações operacionais e financeiras trimestrais de 47 tratores, entre os anos de 2009 e 2017. A metodologia combinou a utilização de um modelo empírico de Regressão com Dados em Painel e o Fluxo de Caixa Descontado, em que as incertezas foram controladas por meio de simulação de Monte Carlo. A renovação da frota para os modelos utilizados deve ocorrer no quarto ano, em decorrência do crescimento dos custos, associado ao benefício fiscal e ao impacto econômico dos investimentos e à revenda dos tratores no fluxo de caixa. / Abstract: The decision between to buy or renovate agricultural tractors and when to do so is a routine problem for rural producers is an issue not yet explored in the bibliography, despite its importance to the competitiveness of the activity, especially when this decision is about agricultural tires tractors, main active for mechanized activities. The objective of this work was to construct and evaluate an economic evaluation methodology to support the decision-making process between buying and renovating tire tractors used in the spraying of citrus orchards. A database with quarterly operational and financial information of 47 equipment's was constructed between 2009 and 2017. The methodology combined the use of an empirical model of Panel Data Regression with Discounted Cash Flow, in which the uncertainties were controlled by means of Monte Carlo simulation. The renewal of the fleet for the models used should occur in the fourth year, due to the increase in costs, associated with the tax benefit and the economic impact of the investments and the resale of the tractors in the cash flow. / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-04Bitstream added on 2014-06-13T20:44:18Z : No. of bitstreams: 1 martins_pmm_dr_rcla.pdf: 973158 bytes, checksum: 8092208107da6d0372b2a5093d8b6213 (MD5) / A citricultura é uma das atividades mais importantes do setor agrícola brasileiro. Ainda assim, a incidência de doenças como o cancro cítrico afeta sobremaneira a produtividade dos pomares. Seu agente etiológico, a bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é capaz de infectar todas as espécies cultivadas, não havendo cura para plantas afetadas. Assim, dados a respeito de seus processos biológicos básicos poderiam auxiliar a vislumbrar soluções para esta enfermidade. Assim, visamos com este trabalho obter informações sobre a formação do septo em Xac, processo do qual participa a proteína ZapA e cujas perturbações têm alto potencial de interferência na multiplicação da bactéria e, portanto, em seu controle. Três estratégias foram utilizadas para esta determinação: 1) estudo de interactantes de ZapA através de ensaio de duplo-híbrido em leveduras; 2) análise do perfil de expressão global de um mutante produzindo cópias extras de ZapA, com a identificação de vias possivelmente por ela influenciadas; e 3) disrupção de ZapA e XAC3407, para averiguar sua interferência no estabelecimento de infecção in planta, sendo XAC3407 um possível novo componente septal a ser descrito em Xanthomonas spp. Embora aparentemente os resultados não apontem para um envolvimento direto entre ZapA e a expressão do fenótipo virulento de Xac, os processos celulares nos quais esta proteína parece atuar diretamente são bastante variados, incluindo aqueles relativos à percepção de estresse, regulação da montagem do flagelo, citoesqueleto e biossíntese de componentes do envelope celular. Todos estes elementos são discutidos caso a caso neste trabalho, na tentativa de que possam lançar luz no conhecimento acerca da biologia básica de Xac / Citriculture is one of the most important activities of Brazilian agricultural sector. Even though, the incidence of diseases such as citrus canker affects drastically the orchards productivity. Its etiologic agent, the bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is able to infect all citric cultivars, without any treatment to the diseased plants until now. That’s the reason why new data concerning the basic biological processes of Xac can be enormously useful to provide insight on its control. What we sought with this work was to assess new information on Xac’s septum formation, a process where the protein ZapA is involved and which impairment has a high potential for disturbing the bacterium growth and, consequently, be useful for control purposes. Three approaches were used for us to reach these goals: 1) the study of ZapA interactants by an yeast-two-hybrid assay; 2) analysis of the expression profile of a mutant strain with extra copies of ZapA, allowing the identification of biochemical pathways possibly influenced by this protein; and 3) depletion of ZapA as well as of XAC3407, to assess its interference during infection establishment in planta, being XAC3407 a possible new septal component to be described in Xanthomonas spp. Although our data seems not to support any involvement of ZapA in the virulent phenotype of Xac, the protein-protein interactions and pathways in which it is enrolled are as broad as stress perception, flagellum assembly regulation, cytoskeleton and cell envelope biosynthesis. All these elements are discussed in this work in the hope that it may shed light on the current knowledge of Xac’s basic biology

Orientador: David Ferreira Lopes Santos / Resumo: A automação da produção agrícola proporciona mudanças na estrutura dos custos das organizações rurais, proporcionando em geral significativa redução dos custos com mão de obra e um maior controle do processo de gestão das atividades agrícolas. Por outro lado, a automação requer investimentos contínuos em novas tecnologias e uma capacidade absortiva organizacional destas novas tecnologias. Esses fatores aliados a busca pelo aumento de produtividade, competitividade e rentabilidade faz com que as empresas agrícolas potencializem seu sistema produtivo como um todo, por meio da otimização das operações que o envolve, objetivando o aumento da capacidade operacional e redução nos custos de produção. É nesse contexto que se posiciona esse trabalho, que visa analisar a viabilidade econômica da implantação de um sistema de monitoramento das operações agrícolas mecanizadas na citricultura mediante o uso de um "Global Positioning System" (GPS). Para tanto, foi feito um estudo de caso único. O caso foi estudado ao longo de toda a safra 2016/2017 em que o sistema foi implantado em 8 tratores e dois caminhões que atuaram em uma área de 2.236 ha. A partir da metodologia do Fluxo de Caixa Descontado (FCD) associado a simulação de Monte Carlo avaliou-se a viabilidade econômica do investimento. O uso do sistema de monitoramento por GPS permitiu a gestão em tempo real o controle de todas as atividades realizadas pelos equipamentos, sendo capaz, não somente, de determinar as melhores atividades ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The automation of agricultural production provides changes in the structure of the costs of rural organizations, generally providing significant reduction of labor costs and greater control of the process of management of agricultural activities. On the other hand, automation requires continuous investments in new technologies and an absorptive organizational capacity of these new technologies. These factors, allied to the search for increased productivity, competitiveness and profitability, mean that agricultural companies can enhance their production system as a whole, by optimizing their operations, aiming at increasing operational capacity and reducing production costs. It is in this context that this work is positioned, which aims to analyze the economic viability of the implementation of a monitoring system of mechanized agricultural operations in the citriculture through the use of a Global Positioning System (GPS). For that, a single case study was done. The case was studied throughout the 2016/2017 harvest in which the system was implanted in 8 tractors and two trucks that operated in an area of 2,236 ha. Based on the Discounted Cash Flow (CDF) methodology associated with Monte Carlo simulation, the economic viability of the investment was evaluated. The use of the GPS monitoring system allowed the real time management of all the activities carried out by the equipment, being able not only to determine the best activities to be performed but also to intervene during the activities in the changes. The financial results showed values of up to 23.67% lower for the monitored operations, being the most compelling efficiency with Psilídeo spraying. (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:35Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-06-29Bitstream added on 2014-06-13T18:47:24Z : No. of bitstreams: 1 lourencojunior_ba_me_botib.pdf: 660573 bytes, checksum: 4ae96ad0c23c03d89b2191f4a14d90bd (MD5) / A nutrição mineral constitui um dos aspectos mais críticos na produção de mudas. Os nutrientes quando fornecidos aos vegetais em dosagens adequadas e equilibradas entre si, possibilitam incrementos de produtividade. Apesar da utilização atual de pó de basalto como fonte alternativa de nutrição, ainda são poucos os estudos com base científica, que avaliem e comparem seus efeitos no desenvolvimento vegetal. O presente estudo objetivou avaliar a translocação orgânica, produtividade e a anatomia foliar da laranjeira Pêra‟ Citrus sinensis (L.) Osbeck enxertadas em limoeiro „Cravo‟ Citrus limonia e cultivadas com variação da fertilização e pó de basalto. O delineamento experimental foi inteiramente ao acaso, com seis repetições, em esquema fatorial 6 x 5, ou seja, 6 tratamentos constituídos por diferentes níveis de basalto em adição à fertilização, e cinco épocas de colheitas, realizadas aos 60, 90, 120, 150 e 180 após a enxertia, onde foi mensurado nº de folhas, diâmetro do caule, altura, massa de matéria seca de folha, caule, raiz e total, além do cálculo dos índices fisiológicos razão de área foliar (RAF), área foliar específica (AFE), taxa de crescimento relativo (TCR), taxa de assimilação líquida (TAL) e razão de massa foliar (RMF). Aos 180 dias após a enxertia e 170 dias de plantio em campo, foram realizadas análises de teores foliares de minerais. Foram mensuradas as trocas gasosas com o auxílio de um sistema aberto portátil de fotossíntese (LI-6400, LI-COR, Lincoln, NE, USA) nas plantas aos 170 dias após o plantio e avaliação anatômica do limbo e nervura foliar principal. De maneira geral, as plantas cultivadas com 36 kg de pó de basalto m-³ de substrato e 2∕3 da fertilização apresentaram desenvolvimento semelhante... / The mineral nutrition is one of the most critical in the production of seedlings. Nutrients to plants when supplied in adequate dosages and balance one another, allow increased productivity. Despite the current use of basalt powder as an alternative source of nutrition, there are few scientific studies that evaluate and compare their effects on plant development. This study aimed to evaluate the translocation organic productivity and leaf anatomy of the Sweet Orange „Pêra‟ Citrus sinensis (L.) Osbeck grafted on Rangpur Lime Citrus limonia cultivated with basalt powder. The experimental design was completely randomized design with six replications in a factorial 5 x 6, or 6 treatments consisting of different levels of basalt in addition to fertilization, and five harvests, performed at 60, 90, 120, 150 e 180 after grafting, when leaf number, stem diameter, height, and leaf, stem, root and total dry matter for growth analysis were measured. At 180 days after grafting and 170 days of planting, were analyzed mineral content in leaves. Gas exchange was evaluated through a closed portable photosynthesis system (LI-6400, LI-COR, Lincoln, NE, USA) on plants 170 days after planting and anatomical assessment of the limbus and the main leaf vein. In general, the plants cultivated with36 kg of basalt powder m-³ and 2∕3 of the fertilization showed development similar or higher in those grown without basalt powder. Anatomical changes can result in greater resistance in the field

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-05-16Bitstream added on 2015-01-26T13:30:32Z : No. of bitstreams: 1 000795987.pdf: 998188 bytes, checksum: e6159c6f35ebfadfb6dd641749093a52 (MD5) / A Mancha Preta dos Citros (MPC), causada pelo fungo Phyllosticta citricarpa, é uma das mais importantes doenças da citricultura brasileira. No entanto, muito pouco se sabe sobre os mecanismos de patogenicidade deste patógeno na interação com seus hospedeiros. Além disso, P. citricarpa é morfologicamente muito semelhante a P. capitalensis, espécie endofítica também em citros, o que dificulta a diferenciação entre elas, gerando evidentes barreiras fitossanitárias à exportação de frutos in natura. Do mesmo modo, pouco ainda é conhecido sobre seus genomas, ainda não completamente sequenciados, assim como seus transcriptomas em diferentes condições. Assim, o objetivo geral desse trabalho foi avaliar e comparar os genomas e transcriptomas de P. citricarpa e P. capitalensis. O sequenciamento genômico com tecnologia Illumina gerou 179.880.616 reads para P. citricarpa que foram montados em 19.143 contigs, e 148.831.020 reads de P. capitalensis contidos em 11.080 contigs. Foram preditas 16.267 ORFs para a espécie patogênica e 14.813 para a espécie endofítica. Ambos os genomas são similares, com quantidades semelhantes de genes na maioria das categorias analisadas. Os transcriptomas por sua vez geraram em média 74 bilhões de reads por repetição biológica para ambas as espécies, com 3.074 transcritos diferencialmente expressos, sendo 2.637 mais expressos em P. citricarpa e 1.097 em P. capitalensis, com expressiva diferença qualitativa em ambas. P. citricarpa apresentou maior quantidade de genes expressos que P. capitalensis em quase todas as vias analisadas. A espécie endofítica apresentou maior número de genes expressos nas vias de sinalização e adesão. Além disso, os genes envolvidos na interação planta-patógeno foram também mais expressos na espécie endofítica. Os resultados obtidos dos genomas e transcriptomas de P. citricarpa e de P. capitalensis contribuem para maior compreensão da biologia dessas espécies / Citrus black spot (CBP), caused by Phyllosticta citricarpa, is one of the most important citrus disease in the Brazilian citrus industry. However, the mechanisms of pathogenicity of this pathogen during the interactions with their hosts are poorly understood. P. citricarpa is frequently associated with P. capitalensis, which is morphologically similar to the endophytic specie. This feature difficults the differentiation of both species resulting in phytossanitary barriers for in natura fruit exportation. Moreover, their genomes were not fully sequenced yet and there is a lack of knowledge of their transcriptomes in different conditions. Thus, the overall objectives of this work were to evaluate and compare the genome and transcriptome of both species. The total genome sequence was 179,880,616 reads for P. citricarpa and 148,831,020 reads for P. capitalensis assembled in 19,143 and 11,080 contigs, respectively. There were predicted 16,267 ORFs for the pathogenic specie and 14,813 for the endophytic specie. P. citricarpa and P. capitalensis presented very similar amounts of genes. The transcriptomic sequence generated on average 74 billion of reads per biological repeat for each species. There were obtained 3,074 differential expressed transcripts, 2,637 were more expressed in P. citricarpa and 1,097 in P. capitalensis. Transcriptional differences between these species were observed. P. citricarpa showed more expressed genes than P. capitalensis in most analyzed categories. The endophytic specie presented more expressed genes on signaling pathway and adhesion than the pathogenic specie. Additionally, plant-pathogen interaction genes were expressed on P. capitalensis. Thus, the results of genomic and transcriptomic analyses of the P. citricarpa and P. capitalensis contribute to the biology comprehension of these species

Resumo: Seis cultivares de laranjeiras doces (Sanguínea, Olivelands, Vaccaro Blood, Folha Murcha, São Miguel e Finike) foram avaliadas no campo em quatro experimentos e cada experimento sobre um porta-enxerto (limoeiro 'Cravo', citrumeleiro 'Swingle', tangerineiras 'Sunki' e 'Cleópatra'). Durante a safra 2005/2006, foram avaliadas quanto às características que convencionalmente são atribuídas à qualidade dos frutos (massa, altura, diâmetro, rendimento de suco, teor de sólidos solúveis, acidez titulável e ratio). Na safra 2006/2007, foram quantificados os danos provocados pela Clorose Variegada dos Citros e, em ambas, quanto à produção de frutos e de sólidos solúveis por árvore. Na ocasião da colheita de cada cultivar, seus frutos mostraram-se semelhantes quanto às características químicas. As cultivares Olivelands e Finike destacaram-se em relação à produção de frutos, porém a 'Olivelands' se destacou também pela maior produção de sólidos solúveis por planta. Quanto a reação à CVC, houve diferenças entre as cultivares quanto à intensidade de doença e na produção de frutos de plantas sadias em comparação com as doentes, nos dois anos de avaliação. 'Olivelands' e 'Finike' apresentaram baixos índices de doença e pequena diferença na produção de frutos e sólidos entre suas plantas sadias e doentes, mostrando maior tolerância à infecção por Xilella fastidiosa. / Abstract: Six sweet orange cultivars (Sanguínea, Olivelands, Vaccaro Blood, Folha Murcha, San Miguel and Finike) were evaluated in four experiments. Each budded on a rootstock (Rangpur lime, 'Cleopatra' and 'Sunki' mandarins and 'Swingle' citrumelo). Over 2005/2006 season, the characteristics that are conventionally attributed to the fruits quality (weight, height, diameter, yield of juice, soluble solids, acidity and ratio) were evaluated. In the 2006/2007, the damage caused by Citrus Variegated Chlorosis, and in both, as the fruit and soluble solids yield per tree were quantified. At the each cultivar harvest, its fruits have shown similar chemical characteristics. 'Olivelands' and 'Finike' highlighted up to the fruit yield, but the 'Olivelands' stood out also by the increased production of soluble solids per tree. In reaction to Xilella fastidiosa infection, there were differences to the cultivars on the disease intensity and the fruit yield by healthy trees compared with patients in two years of evaluation. 'Olivelands' and 'Finike' showed low rates of disease and small difference in the fruit and soluble solids yield to their plants healthy and sick, showing greater tolerance to Xilella fastidiosa infection. / Orientador: Antonio Baldo Geraldo Martins / Coorientador: Eduardo Sanches Stuchi / Banca: Antonio de Goes / Banca: Francisco de Assis Alves Mourão Filho / Mestre

Orientador: Marcos Antônio Machado / Coorientador: Carolina Munari Rodrigues / Banca: Chirlei Glienke / Banca: Paulo Martins Ribolla / Resumo: A Mancha Preta dos Citros (MPC), causada pelo fungo Phyllosticta citricarpa, é uma das mais importantes doenças da citricultura brasileira. No entanto, muito pouco se sabe sobre os mecanismos de patogenicidade deste patógeno na interação com seus hospedeiros. Além disso, P. citricarpa é morfologicamente muito semelhante a P. capitalensis, espécie endofítica também em citros, o que dificulta a diferenciação entre elas, gerando evidentes barreiras fitossanitárias à exportação de frutos in natura. Do mesmo modo, pouco ainda é conhecido sobre seus genomas, ainda não completamente sequenciados, assim como seus transcriptomas em diferentes condições. Assim, o objetivo geral desse trabalho foi avaliar e comparar os genomas e transcriptomas de P. citricarpa e P. capitalensis. O sequenciamento genômico com tecnologia Illumina gerou 179.880.616 reads para P. citricarpa que foram montados em 19.143 contigs, e 148.831.020 reads de P. capitalensis contidos em 11.080 contigs. Foram preditas 16.267 ORFs para a espécie patogênica e 14.813 para a espécie endofítica. Ambos os genomas são similares, com quantidades semelhantes de genes na maioria das categorias analisadas. Os transcriptomas por sua vez geraram em média 74 bilhões de reads por repetição biológica para ambas as espécies, com 3.074 transcritos diferencialmente expressos, sendo 2.637 mais expressos em P. citricarpa e 1.097 em P. capitalensis, com expressiva diferença qualitativa em ambas. P. citricarpa apresentou maior quantidade de genes expressos que P. capitalensis em quase todas as vias analisadas. A espécie endofítica apresentou maior número de genes expressos nas vias de sinalização e adesão. Além disso, os genes envolvidos na interação planta-patógeno foram também mais expressos na espécie endofítica. Os resultados obtidos dos genomas e transcriptomas de P. citricarpa e de P. capitalensis contribuem para maior compreensão da biologia dessas espécies / Abstract: Citrus black spot (CBP), caused by Phyllosticta citricarpa, is one of the most important citrus disease in the Brazilian citrus industry. However, the mechanisms of pathogenicity of this pathogen during the interactions with their hosts are poorly understood. P. citricarpa is frequently associated with P. capitalensis, which is morphologically similar to the endophytic specie. This feature difficults the differentiation of both species resulting in phytossanitary barriers for in natura fruit exportation. Moreover, their genomes were not fully sequenced yet and there is a lack of knowledge of their transcriptomes in different conditions. Thus, the overall objectives of this work were to evaluate and compare the genome and transcriptome of both species. The total genome sequence was 179,880,616 reads for P. citricarpa and 148,831,020 reads for P. capitalensis assembled in 19,143 and 11,080 contigs, respectively. There were predicted 16,267 ORFs for the pathogenic specie and 14,813 for the endophytic specie. P. citricarpa and P. capitalensis presented very similar amounts of genes. The transcriptomic sequence generated on average 74 billion of reads per biological repeat for each species. There were obtained 3,074 differential expressed transcripts, 2,637 were more expressed in P. citricarpa and 1,097 in P. capitalensis. Transcriptional differences between these species were observed. P. citricarpa showed more expressed genes than P. capitalensis in most analyzed categories. The endophytic specie presented more expressed genes on signaling pathway and adhesion than the pathogenic specie. Additionally, plant-pathogen interaction genes were expressed on P. capitalensis. Thus, the results of genomic and transcriptomic analyses of the P. citricarpa and P. capitalensis contribute to the biology comprehension of these species / Mestre