A distribuição das espécies é afetada por fatores como filogenia, filtros ambientais, interações bióticas, entre outros. Contudo, cada fator age de maneira diferente em escalas distintas. Para investigar os padrões de ocorrência em diferentes escalas geográficas nós utilizamos duas espécies congêneres de lagartos, Micrablepharus atticolus e M. maximiliani, sendo estas as únicas para o gênero. M. maximiliani é distribuída ao longo das áreas abertas entre a Caatinga no nordeste brasileiro até o Chaco argentino, enquanto que M. atticolus endêmica do Cerrado. Usando técnicas de modelagem de nicho nós identificamos que a distribuição dessas espécies em escala regional é influenciada significativamente pelas variáveis climáticas. Com dados de comunidades locais nós mostramos que em uma escala que abrange a área de sobreposição de suas distribuições, a coocorrência entre as duas espécies é menor que o esperado ao acaso. Em escalas de centenas de metros, nós mostramos que variáveis microclimáticas são determinantes de suas distribuições em gradientes ambientais. A variação do tamanho corporal entre populações simpátricas e alopátricas mostra que, em simpatria, M. atticolus é menor e M. maximiliani é maior, revelando deslocamento de caracteres, presumivelmente em função de relações negativas entre essas espécies. A escala geográfica tem, portanto, grande influência sobre os padrões de coocorrência entre as duas espécies, e conclusões obtidas a partir de estudos realizados em uma escala não devem ser extrapoladas para outras escalas. / Species distribution may be affected by factors like phylogeny, environmental filters, and biotic interactions, among others. However, these factors will operate in different ways in distinct scales. To investigate occurrence patterns in different geographic scales we used two congeneric lizards species, Micrablepharus atticolus and M. maximiliani, the only two species in the genus. Micrablepharus maximiliani is abundantly distributed over the south-american dry-diagonal, from the Caatinga biome in Northeastern Brazil to the Argentinian Chaco, while M. atticolus is endemic to the Cerrado biome. Using niche modeling techniques we found that the distribution of these species in a regional scale is significantly affected by climatic variables. Using local community data, we showed that in a scale involving the overlap area of both species distributions, the co-occurrence between the two species is less than expected by chance. In a scale of hundreds of meters, we showed that microclimatic variables are determinant in their distribution along environmental gradients. Comparing body size variation between sympatric and allopatric populations we showed that, in sympatry, M. atticolus is smaller and M. maximiliani is larger. This character displacement is presumably a function of negative interactions between the species. The geographic scale have, therefore, great influence on the co-occurrence patterns between species, and conclusions drawn from a particular scale can hardly be extrapolated to other scales.

A construção de reservatórios altera o ciclo de vida de muitos organismos, causam mudanças nos padrões de biodiversidade e no pior dos cenários podem acarretar a redução ou extinção de espécies. Buscamos investigar as alterações ocorridas na comunidade fitoplanctônica provocada pela alteração dos filtros ambientais impostos pela implantação da Usina Hidroelétrica de Estreito, médio rio Tocantins. A assembleia foi investigada utilizando análises taxonômicas e de Grupos Funcionais (GF). Cinco pontos de amostragem foram envolvidos neste estudo, situados ao longo do rio Tocantins, posteriormente convertido no reservatório da UHE Estreito. O período de monitoramento foi de 4 anos (dezembro de 09 a maio de 13) e as coletas realizadas trimestralmente no rio Tocantins, durante as fases de Pré-enchimento (Pré), Enchimento (Enc) e Pós-enchimento (Pós). As amostragens para o estudo foram realizadas na subsuperfície da água (30 cm), e processadas em laboratório para identificação e contagem dos organismos. As espécies foram primeiramente identificadas taxonomicamente e posteriormente classificadas em grupos funcionais. As amostras de água para análises físicas e químicas foram coletadas concomitante as biológicas e processadas de acordo com a metodologia recomendada. Como resultado, percebemos que implantação da usina hidrelétrica provocou alterações na alteração da estrutura da assembléia respondendo aos novos filtros ambientais, com acentuada redução de biovolume e riqueza taxonômica e de GF. Temporalmente houve significativa diferença entre as fases, obtendo a fase Pré como a mais diferente das demais. Longitudinalmente não houve diferenças significativas. Na composição taxonômica a fase Pré foi dominada pela espécie de Aulacoseira ambígua, a fase Enc por Cylindrospermopsis raciborskii e a fase Pós por Aulacoseira sp. No estudo dos GF 27 GF foram registrados. A fase Pré obteve os valores mais altos de biovolume e o GF C (diatomáceas) como dominante. No Enc o GF Sn (cianobactérias) foi dominante. No Pós os GF P (diatomáceas); N (Desmidiaceae); W2 (Euglenaceae); Sn e Lm (cianobactérias) co-dominaram com valores de biovolumes similares. Este estudo revelou os papeis importantes dos filtros ambientais na seleção espécies e grupos funcionais das assembleias fitoplanctônicas, frente a um novo regime de funcionamento fluvial. / The construction of reservoirs alters the life cycle of many organisms, causes changes in biodiversity patterns and worst scenarios can lead to species reduction or extinction. We sought to investigate the changes in the phytoplankton community caused by the alteration of the environmental filters imposed by the implementation of the Hydroelectric Plant of Estreito, the middle Tocantins river. The assembly was investigated using Taxonomic and Functional Groups (GF) analyzes. Five sampling points were involved in this study, located along the Tocantins river, later converted into the reservoir of Estreito HPP. The monitoring period was 4 years (December 09 to May 13) and the collections performed quarterly in the Tocantins River, during the pre-filling, pre-filling, and post-filling phases. Samples for the study were performed in the subsurface of the water (30 cm), and processed in the laboratory for identification and counting of organisms. The species were first identified taxonomically and later classified into functional groups. The water samples for physical and chemical analyzes were collected concomitantly with the biological samples and processed according to the recommended methodology. As a result, we noticed that the implantation of the hydroelectric plant caused alterations in the alteration of the assembly structure responding to the new environmental filters, with a marked reduction of biovolume and taxonomic richness and GF. Temporally there was a significant difference between the phases, obtaining the Pre phase as the most different of the others. Longitudinally there were no significant differences. In the taxonomic composition the Pre phase was dominated by the ambiguous Aulacoseira species, the Enc stage by Cylindrospermopsis raciborskii and the Post phase by Aulacoseira sp. In the study of GF 27 GF were recorded. The Pre phase obtained the highest values of biovolume and GF C (diatoms) as dominant. In Enc the GF Sn (cyanobacteria) was dominant. In the Post GF P (diatoms); N (Desmidiaceae); W2 (Euglenaceae); Sn and Lm (cyanobacteria) co-dominated with values of similar biovolumes. This study revealed the important roles of environmental filters in the selection of species and functional groups of phytoplankton assemblages, in face of a new regime of fluvial functioning.

Made available in DSpace on 2015-05-14T12:59:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Arquivototal.pdf: 2770528 bytes, checksum: ffc60fc08aba8cb85f5a803d43b32322 (MD5) Previous issue date: 2012-08-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / This study describes the preparation and characterization using several analytical techniques of crystalline solid dispersions of glibenclamide (GB) with sodium lauryl sulphate (SLS) or polyvinylpyrrolidone (PVP K30), exhibiting improved solubility in relation to the active pharmaceutical ingredient (API). The crystallinity of the drug in the solid dispersions with SLS prepared using spray-drying or evaporation under reduced pressure decreased by just 1.9% and 4.2% respectively in comparison with the API. The preparation of solid dispersions of GB with both SLS and PVP K30 by spray-drying using the surface-attached method resulted in improved dissolution of GB (9.0 ± 1.0% and 69.9 ± 9.3% at 60 min., respectively), in relation to the API (16.9 ± 6.2% at 60 min.). Thermal analysis data showed that no significant difference in the temperature of GB melting peak was observed in the solid dispersions with SLS and PVP K30 prepared by spray drying in relation to the temperature observed in the API or in the physical mixtures. This supports the idea that GB did not undergo amorphization in the solid dispersions. The infra-red spectroscopy data also corroborate the lack of GB amorphization since the amide NH-stretch band was present in the solid dispersions spectra and this band is reported to be absent in the spectrum of amorphous GB. Electron microscopy data revealed that solid dispersions prepared by rotary evaporation under reduced pressure are composed of particles with higher sphericity, uniformity and a more thorough dispersion of the hydrophilic carrier (SLS) than dispersions prepared by rotary evaporation under reduced pressure, which may explain the differences observed in the dissolution profile of the dispersions prepared by the two techniques. The solid dispersions of GB with PEG1500 and PEG6000 by spray drying also resulted in crystalline dispersions, but thermal analysis data support the idea of eutectic mixture between GB and carriers, which is corroborated by literature data. Taken together our results demonstrate that the solid dispersions of GB described in this study resulted in improved dissolution without evidence of significant amorphization. / Este trabalho descreve a preparação e caracterização por diversas técnicas analíticas, de dispersões sólidas cristalinas de glibenclamida (GB) com lauril sulfato de sódio (LSS), polivinilpirrolidona (PVP K30) e polietileno glicóis (PEG1500 e PEG6000). A cristalinidade do fármaco nas dispersões sólidas com LSS preparadas utilizando-se secagem por aspersão ou evaporação rotatória foi medida utilizando difração de raios-X de pó e diminuiu a cristalinidade em apenas 1,9% e 4,2% respectivamente, em comparação com o ingrediente farmacêutico ativo (IFA). A preparação de dispersões sólidas, tanto com LSS quanto com PVP K30, utilizando secagem por aspersão pelo método de adsorção de superfície resultou em aumento de dissolução da GB (99,9 ± 1,0% e 69,9 ± 9,3% aos 60 minutos, respectivamente), em comparação com o IFA (16,9 ± 6,2% aos 60 minutos). Os dados de análise térmica demonstram que não houve alteração significativa da temperatura do pico de fusão da GB nas dispersões sólidas com LSS e PVP K30 preparadas por secagem por aspersão em relação à temperatura observada para o IFA ou para as misturas físicas, o que corrobora que a GB não sofreu amorfização nas dispersões sólidas. A análise por espectroscopia no infravermelho também corroborou a ausência de amorfização da GB, uma vez que os espectros das dispersões sólidas de GB (tanto com LSS quanto com PVP K30) preparadas por secagem por aspersão mantiveram a banda de estiramento característico do grupo N-H amida, que se sabe ser completamente suprimida no espectro descrito na literatura para a GB amorfa. As dispersões obtidas por secagem por aspersão apresentam partículas circulares, mais uniformes e com maior dispersão do carreador hidrofílico (LSS) do que as dispersões preparadas por evaporação sob pressão reduzida, o que talvez explique as diferenças observadas no perfil de dissolução. As dispersões sólidas de GB com PEG1500 e 6000 também demonstraram que a GB manteve sua cristalinidade, mas os dados de análise térmica mostram a formação de uma mistura eutética nestas dispersões sólidas, o que é confirmado por dados da literatura. Tomados em conjunto, nossos resultados demonstram que as dispersões sólidas de GB aqui descritas resultaram em aumento de dissolução do fármaco sem evidência de amorfização significativa.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-03-13T19:52:38Z No. of bitstreams: 1 renatadacostabarrossilva.pdf: 1433857 bytes, checksum: f5d2ce8839102f4ecd28191491a39c39 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-03-16T12:52:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 renatadacostabarrossilva.pdf: 1433857 bytes, checksum: f5d2ce8839102f4ecd28191491a39c39 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-16T12:52:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 renatadacostabarrossilva.pdf: 1433857 bytes, checksum: f5d2ce8839102f4ecd28191491a39c39 (MD5) Previous issue date: 2016-12-14 / FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Os ruminantes são animais capazes de utilizar a fibra contida nos vegetais como alimento devido a atuação de microrganismos contidos em seu trato digestivo. A prospecção por organismos da microbiota ruminal com potencial capacidade de degradação de celulose e xilana tem grande importância em atividades antrópicas e processos industriais. Foram realizadas coletas semanais de conteúdo ruminal de bovinos fistulados para posterior isolamento de bactérias com o auxílio da metodologia desenvolvida por Hungate (1966) com modificações e outros meios de cultura específicos para microrganismos do rúmem. Os isolados foram avaliados quanto as suas características morfo-tintoriais com o auxílio da coloração de Gram e quanto a motilidade mediante inoculação em meio SIM suplementado. Também foi avaliado o metabolismo energético dos isolados por meio de teste respiratório, assim como o seu perfil enzimático com a utilização de zimogramas. Uma vez caracterizados, os isolados foram acondicionados em freezer -20ºC para caracterização molecular e posterior inclusão na coleção de microrganismos da Embrapa. No total foram obtidos 67 isolados, sendo destes 52 cocos Gram positivos, 10 bacilos Gram negativos e 5 bacilos Gram positivos. O teste de motilidade revelou que apenas 12 dos 67 isolados eram móveis e no teste respiratório observou-se que 14 eram anaeróbios estritos. Os zimogramas demonstraram que 14 isolados são celulolíticos e 53 são xilanolíticos. Pelos kits comerciais de identificação microbiana, das 67 linhagens bacterianas isoladas, 49,3% foram identificadas no nível de espécie com identidade aceitável (15,15%) ou boa identificação (34,15%), enquanto que 50,7% linhagens não foram identificadas pela técnica utilizada. Os isolados foram agrupados em biogrupos, de acordo com as semelhanças em seus perfis bioquímicos, e uma ribotipagem foi realizada com até três integrantes de cada biogrupo. A reação só foi possível com os bacilos Gram positivos e negativos. Um integrante de cada ribotipo e até três de cada biogrupo foram selecionados para amplificação a região do DNA codificadora do rRNA 16S e posterior sequenciamento. Após análise das sequências de DNA resultantes, as espécies Selenomonas ruminantium, Streptococcus sp., Pseudobutyrivibrio sp. e Lactobacillus vitulinus foram identificadas entre os isolados. Um dos isolados não obteve identificação satisfatória. Foi possível avaliar que não houve alterações significativas no perfil da comunidade bacteriana frente as diferentes dietas. A comparação entre os resultados dos dois métodos de identificação indicou que os kits bioquímicos utilizados no trabalho não são aconselhados para a identificação de bactérias ruminais. O sequenciamento da região do DNA codificadora do rRNA 16S ainda é a forma de identificação mais segura. A identificação de isolados potencialmente celulolíticos e xilanolíticos como Selenomonas ruminantium e Lactobacillus vitulinus constitui novas evidências da presença de atividade fibrolítica em indivíduos dessas espécie. Mais estudos devem ser realizados de forma a comprovar a expressão de fitases por essas bactérias. Os resultados obtidos nesse estudo são importantes para a melhor compreensão do ecossistema ruminal e futuramente podem contribuir para o melhoramento da hidrólise de material lignocelulósico na indústria. / Ruminants are animals capable of utilizing the fiber contained in vegetables as feed due to the microrganisms present in their digestive tract. The prospection of organisms with potential ability to degrade cellulose and xylan in the rumen microbiota is of great importance in anthropogenic activities and industrial processes. Samples of ruminal content were collected weekly from fistulated bovines for later bacteria isolation by making use of the technique described by Hungate (1966) with modifications by Bryant and Burkey (1951). The isolates were evaluated regarding their morphotintorial characteristics by using Gram stain and regarding their motility by inoculation in supplemented SIM media. The isolates energetic metabolism was also evaluated by respiratory test, as well as their enzymatic profile by zymmograms. Once characterized, the isolates were stored in -20ºC freezer for molecular identification and later inclusion in the EMBRAPA microorganism collection. A total of 67 isolated were obtained, of which 52 were Gram positive cocci, 10 were Gram negative rods and 5 were Gram positive rods. The motility test revealed that only 12 out of the 67 isolates were motile and in the respiratory test it was possible to observe that 14 bacteria were obligate anaerobes. The zymmograms showed that 14 isolates were potencially cellulolytic and 53 were potencially xylanolytic. The commercial biochemical identification kits revealed that out of the 67 bacteria, 49,3% obtained species identification with acceptable (15,15%) or good identification (34,15%), while 50,7% were not identified by this technique. The isolates were grouped in biogroups, according to the similarities in their biochemical profiles, and up to three integrals were chosen for ribotyping. The reaction was only possible with the rods. One member of each ribotype and up to three members of each biogroup were selected for amplification of the DNA region that encodes the 16S rRNA and later sequencing. After analysis of the resulting sequences, the species Selenomonas ruminantium, Streptococcus sp., Pseudobutyrivibrio sp. e Lactobacillus vitulinus were identified among the isolates. One of the isolates did not present satisfactory identification. It was possible to evaluate that the two different diets did not cause significant changes in the bacterial community profile. The comparison between both identification methods showed that the biochemical kits utilized during this research should not be used for the identification of ruminal bacteria. The sequencing of the the DNA region that encodes the 16S rRNA is still the safest form of identification. The identification of potencially cellulolytic and xylanolytic isolates as Selenomonas ruminantium and Lactobacillus vitulinus presents new evidence of the fibrolytic activity in individuals from those species. More studies are needed so as to verify the phytase expression by those bacteria. The results in this study are important for better comprehension of the rumen ecosystem and, in the future, could contribute to improvements in the industrial hydrolysis of lignocellulosic material.

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:50:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 graciela.pdf: 3846018 bytes, checksum: 8627ef4106394bfa14dc343ddcfbbbdb (MD5) Previous issue date: 2010-07-21 / Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / Vibrios genomes are not fully known. This thesis focused on the annotation of four draft genomes ( V. alginolyticus 40B, V. communis 1DA3, V. mimicus VM603 e VM573), the performance comparison of three automated genome annotations (SABIA, RAST and GRC) and the identification of putative unique genes (strain specific genes) in the genomes. The genomes of Vibrios contained between 3,745 and 4,977 genes, of which 2,900 were real genes, 898 were hypothetic conserved genes and 385 were hypothetic genes. The majority of known gene products were related to general functions and unknown functions (R and S), metabolism and amino acid transport (E) and transcription (K) on the basis of the COG (clusters of ortologs group). The comparison of three automated genome annotation systems indicated that each system had advantages and disadvantagens. The SABIA Server revealed interactivity with many biologic databases, such as InterPro and Swiss-Prot. The RAST server was useful for comparative genomics of specific genomes and metagenomes. The GRC server was useful annotation offline as it can be installed and run on a local computer. The genomes of Vibrios showed differences in the genic content revealled by BLAST atlas and BLAST. Each genome showed 289 to 1,432 unique genes, resulting of comparisons with organisms phylogenetically closest related. The comparison of the genomes of V. alginolyticus 40B and V. alginolyticus 12G01 revealed that 40B has 541 unique genes. The comparison of V. communis 1DA3 and V. campbellii ATTC genome revealed 1,432 unique genes in 1DA3. V. mimicus VM573 and VM603 genomes showed 334 and 289 unique genes, respectively. The vast majority of unique genes were related with carbohidrates, stress response, virulence, cell wall and capsule, indicating that this sub-group of genes may be associated with adaptation of strains to differents habitats and ecologic niches. / Genomas de vibrios ambientais ainda são pouco conhecidos. O presente trabalho de dissertação de mestrado envolveu a anotação de quatro genomas parciais de vibrios ( V. alginolyticus 40B, V. communis 1DA3, V. mimicus VM603 e VM573), a comparação da performance de três sistemas automáticos de anotação de genomas (SABIA, RAST, e GRC) e a determinação de genes putativos únicos de cada um dos quatro genomas. Os genomas de vibrios apresentaram entre 3.745 e 4.977 genes, dos quais em média 2.900 são válidos, 898 são conservados hipotéticos e 385 são hipotéticos. Os genomas apresentaram similaridade em termos de classes de grupos ortólogos com a maioria dos genes válidos identificados nas classes: funções gerais e desconhecidas(R e S), transporte e metabolismo de aminoácidos(E) e transcrição(K) de acordo com as classes de grupos ortólogos (COG) e a maioria das classes foram similares. A comparação entre os anotadores automáticos sugeriu que cada anotador apresenta prós e contras. O anotador SABIA apresenta uma grande interatividade com os bancos de dados biológicos, tais como o InterPro e Swiss-Prot. O anotador RAST é muito útil para comparação genômica do organismo de interesse com os diversos genomas e metagenomas presentes nos bancos públicos, enquanto que o anotador GRC pode ser utilizado localmente, sem a necessidade de acesso à internet. De acordo com as análises comparativas por meio da anotação realizada com o auxílio do BLAST e BLAST Atlas, os genomas de vibrios ( V. alginolyticus 40B, V. communis 1DA3, V. mimicus VM603 e VM573) também apresentaram diferenças em termos de conteúdo gênico, indicando que cada linhagem de vibrio possui sub-grupos de genes únicos. Cada um dos quatro genomas apresentaram de 289 a 1.6432 genes únicos de acordo com o as comparações pareadas com os vizinhos filogenéticos mais próximos disponíveis nos bancos de dados. Assim, a comparação entre os genomas das linhagens V. alginolyticus 40B e V. alginolyticus 12G01 resultou na descoberta de 541 genes únicos na linhagem V. alginolyticus 40B. A comparação entre os genomas de V. communis 1DA3 e V. campbellii ATTC BAA-1116 resultou na descoberta de 1.432 genes únicos na linhagem V. communis 1DA3 e a comparação entre os genomas de V. mimicus VM603 e VM573 resultou na descoberta de 334 e 289 genes únicos, em cada uma destas linhagens. Há um predomínio de genes únicos, sobretudo, pertencentes as classes relacionadas com carboidratos, resposta ao estresse, virulência, aminoácidos e derivados, parede celular e cápsula, sugerindo que estes genes estariam associados com a adaptação das linhagens à diferentes condições ambientais e diferentes nichos ecológicos.

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:57:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 NickDisser.pdf: 4259889 bytes, checksum: ee955de15c6345917110d7b6dc4b9765 (MD5) Previous issue date: 2011-12-01 / Single nucleotide polymorphism, SNP, are common and may be responsible for di_erent phenotypes. The attention around this type of polymorphism was intensi_ed when it was discovered, through the sequencing project of the human genome, that they were responsible for most of the genetic variability (90%) of complete human genomes compared. Thus, presenting a frequency of occurrence of one SNP per 1.000-2.000bp intervals. Recently, several studies have focused on the detection of this type of polymorphism in bacterial genomes for use in bacterial strain typing and phylogeny reconstruction, for example. In this work we developed a methodology for detecting and _ltering SNPs for bacterial genomes in order to analyze the prevalence of this type of polymorphism. The methodology involves the use of sequence alignment algorithms and _lters developed in PERL programming language for the detection and filtering of SNPs in order to obtain a reliable final set. The occurrence of SNPs fits the concept of Poisson probability distribution because they are events that occur in an interval, in this case, coding sequences. Within this context, we also calculated the expected frequency of SNPs for each case using a Poisson probability distribution. SNPs that exceeded the expected frequency may be subject to diferent selective pressure. The methodology was tested and evaluated for genomes in five genera of the family Enterobacteriaceae (Enterobacter, Escherichia, Salmonella, Shigella and Yersinia) and used in the case study of Klebsiella pneumoniae str. Kp13 genome, a bacteria causing nosocomial infection. The methodology has been able to detect and filter SNPs in diferent species of the family Enterobacteriaceae in accordance with data already published. For the four Klebsiella pneumoniae strains analyzed the occurrence of such polymorphism between the strains compared was observed. Thus, coding sequences with a number of SNPs higher than the expected frequency, obtained by the Poisson Probability Distribution, have been investigated to assess its possible association with the bacteria lifestyle. / Polimorfismos de Unico Nucleotídeo, SNP, são freqüentes e podem ser responsáveis por diferentes fenótipos. A atenção em torno deste tipo de polimorfismo se intensificou quando se descobriu, através do projeto de seqüenciamento do genoma humano, que eram responsáveis pela maior parte da variabilidade genética (90%) entre genomas humanos completos comparados. Com isso apresentando uma freqüência de ocorrência de 1 SNP em intervalos de 1.000-2.000pb. Recentemente vários estudos se concentraram na detecção desse tipo de polimorfismo em genomas bacterianos para uso em tipagem de estirpes e reconstrução de filogenia, por exemplo. Neste trabalho foi desenvolvida uma metodologia de detecção e filtragem de SNPs para genomas bacterianos visando a análise da prevalência desse tipo de polimorfismo. A metodologia envolve o uso de algoritmos de alinhamento de seqüência e filtros desenvolvidos na linguagem de programação PERL para a detecção e filtragem de SNPs com a finalidade de se obter um conjunto final confiável. A ocorrência de SNPs se encaixa no conceito de distribuição de probabilidade de Poisson por serem eventos que ocorrem em um intervalo, nesse caso, seqüência codificantes. Dentro deste contexto, também foi calculada a freqüência esperada de SNPs para cada caso estudado usando uma distribuição de probabilidade de Poisson. Microrganismos que apresentem SNPs em uma freqüência acima da esperada podem estar sujeitos a pressões seletivas diferenciadas. A metodologia foi testada e avaliada para genomas em cinco gêneros da família Enterobacteriaceae (Enterobacter, Escherichia, Salmonella, Shigella e Yersinia) e utilizada no caso específico da bactéria Klebsiella pneumoniae str. Kp13, causadora de infecção nosocomial isolada no Brasil. A metodologia se provou capaz de detectar e filtrar SNPs em diferentes espécies da família Enterobacteriaceae em concordância com dados já publicados. Para as 4 estirpes de Klebsiella pneumoniae foi observada a ocorrência desse tipo de polimorfismo entre as estirpes comparadas. Desta maneira, seqüências codificantes com um número de SNPs maior que a freqüência esperada, obtida com a Distribuição de Probabilidade de Poisson, foram investigadas para averiguação da sua possível associação com o estilo de vida bacteriano.

Submitted by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2015-10-06T18:17:45Z No. of bitstreams: 1 Tese_Fernanda_Guedes.pdf: 14236831 bytes, checksum: f93e5c5d35139d93616f11dfb65f05f6 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2015-10-06T18:18:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_Fernanda_Guedes.pdf: 14236831 bytes, checksum: f93e5c5d35139d93616f11dfb65f05f6 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-06T18:18:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Fernanda_Guedes.pdf: 14236831 bytes, checksum: f93e5c5d35139d93616f11dfb65f05f6 (MD5) Previous issue date: 2015-05-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Plants are frequently attacked by herbivores and pathogens. Plant defense response against pathogens aims to block their proliferation and colonization, and also impart long-term resistence. Rubber tree (Hevea spp), which is an outstanding latex productor, is strongly affected by the fungus Pseudocercospora ulei, that causes South American Leaf Blight (SALB), a disease that affects young leaves and is the main threat to rubber tree plantations. Some rubber tree genotypes are resistant while others are susceptible to SALB. So, the main goals of this work were increase our knowledge about Hevea response to fungal attack and find genes potencially involved with resistance. These were achieved by analysis of leaf transcriptome and interactome of different Hevea genotypes. NGS Sequencing and leaf transcriptome assembly of three resistant genotypes (F4542 - H.benthamiana, PA31 - H.pauciflora, MDF180 - H.brasiliensis) and one susceptible (PB314 -H.brasiliensis) at inoculated and non-inoculated conditions generated 50.239 contigs. Approximately 75% (33.988) of rubber tree contigs had some functional annotation. Similarity percentual found among the inoculated transcriptomes of the four genotypes (37% of contigs) suggests that rubber tree resistance to SALB is caused mainly by regulation of gene expression. Analysis of transcripts levels in inoculated and non-inoculated conditions of resistant genotypes indicates changes induced by fungal pathogen in expression profile of F4542 and PA31 are smaller than MDF180, a result compatible with observed lesions. Differencial expression analysis showed 1.795 differentially expressed contigs. Despite only 22% (10.138) of Hevea contigs had orthologs with Arabidopsis thaliana sequences, the first Hevea interactome was constructed based on interologs. Rubber tree protein-protein network, formed by 5.382 proteins and 72.702 interactions, shows features commonly observed in other biological networks like power law degree distribution and small-world-ness, also presenting some particularities. Modularity was also observed in Hevea interactome and funcional modules identified were involved with different biological process like metabolism, transcription and translation, signal transduction, response to hormone and stress. Multiple-criteria selection based in protein function, presence in resistant genotypes, expression profile and topological features resulted in 30 sequences potencially involved to defense response and resistance of Hevea spp to pathogenic fungus P.ulei. These sequences are target to experimental validation and to create resistant rubber tree cultivars. / Plantas são alvos frequentes de herbívoros e patógenos. As diferentes estratégias vegetais de defesa contra patógenos visam impedir sua proliferação e a colonização, além de conferir resistência de longa duração. A seringueira (Hevea spp), que se destaca por sua produção de borracha natural, é bastante afetada pelo fungo Pseudocercospora ulei, causador do Mal-das-folhas, uma doença que atinge folhas jovens e representa a principal ameaça a plantações de seringueira. Existem alguns genótipos de seringueira resistentes e outros suscetíveis ao Mal-das-folhas. Assim, os objetivos principais deste trabalho são ampliar o conhecimento sobre a resposta da seringueira ao ataque do fungo causador do Mal-das-folhas e buscar genes potencialmente envolvidos com sua resistência através da análise do transcriptoma e do interatoma de folhas de diferentes genótipos de Hevea spp. O sequenciamento NGS e montagem do transcriptoma da folha de três genótipos resistentes (F4542 - H.benthamiana, PA31 - H.pauciflora, MDF180 - H.brasiliensis) e um suscetível (PB314 - H.brasiliensis), nas condições inoculado e não-inoculado com Pseudocercospora ulei, geraram um total de 50.239 contigs. Cerca de 75% (33.988) dos contigs de seringueira tiveram alguma anotação funcional. O percentual de similaridade encontrado na composição do transcriptoma inoculado dos quatro genótipos (37% dos contigs) sugere que a resistência da seringueira ao Mal-das-Folhas é causada principalmente pela regulação dos níveis de expressão gênica. A análise dos níveis dos transcritos nas condições inoculada e não-inoculada dos genótipos resistentes indicam também que as mudanças induzidas pelo patógeno no perfil de expressão do transcriptoma de F4542 e PA31 são menos pronunciadas do que em MDF180, um resultado compatível com as lesões observadas. A análise de expressão diferencial revelou um total de 1.795 contigs diferencialmente expressos nos genótipos estudados. Apesar de apenas 22% (10.138) dos contigs de seringueira terem ortólogo com sequências de Arabidopsis thaliana, foi construído o primeiro interatoma de seringueira a partir dos interólogos desta espécie modelo. A rede proteína-proteína de seringueira, formada por 5.382 proteínas e 72.702 interações entre elas, apresenta características comumente encontradas em outras redes biológicas como a distribuição de conectividade segundo lei de potência e rede do tipo ``mundo pequeno'', apresentando também algumas particularidades. Foi observada a modularidade no interatoma de Hevea, com a detecção de módulos funcionais envolvidos em diferentes processos biológicos como metabolismo, transcrição e tradução, transdução de sinais, respostas a hormônios e estresse. A associação de critérios como a função da proteína, sua presença nos genótipos resistentes, seu perfil de expressão e posicionamento nas redes de seringueira permitiu a seleção de 30 sequências potencialmente envolvidas com a resposta de defesa e resistência da seringueira ao patógeno P.ulei, que constituem alvos de comprovação experimental e melhoramento para criar cultivares resistentes.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 419881.pdf: 1337852 bytes, checksum: be16275c921dc2e6fc5db0597763a47e (MD5) Previous issue date: 2009-03-10 / Neste estudo investigamos a estrutura populacional do le?o-marinho-do-sul (Otaria flavescens), um otarideo amplamente distribu?do ao longo das costas dos oceanos Atl?ntico e Pac?fico na Am?rica do Sul, e que foi extremamente ca?ado durante os dois ?ltimos s?culos. Apesar de sua ampla distribui??o e intera??es com atividades de pesca, ate o momento poucos trabalhos avaliaram as diferen?as gen?ticas e estrutura??o ao longo da distribui??o da esp?cie. No presente trabalho, utilizamos marcadores de microssat?lites (10 loci) e DNA mitocondrial para avaliar a estrutura populacional e hist?ria evolutiva da esp?cie. Encontramos estrutura??o significativa entre as popula??es dos oceanos Pac?fico e Atl?ntico, correspondendo a duas linhagens mitocondriais reciprocamente monofil?ticas, separadas desde o in?cio do Pleistoceno, indicando forte filopatria das f?meas. Tamb?m encontramos estrutura??o gen?tica significativa intra-oce?nica entre diferentes s?tios de reprodu??o. A an?lise dos microssat?lites tamb?m demonstrou que as popula??es dos dois oceanos s?o significativamente diferentes, possuindo diversos alelos exclusivos, apesar de que um pequeno fluxo g?nico inter-oce?nico atrav?s dos machos n?o pode ser descartado. Nossos dados mostram que a esp?cie n?o sofreu recentemente nenhuma redu??o significativa na sua diversidade gen?tica. Estes resultados indicam fortemente que as popula??es de O. flavescens do Pac?fico e do Atl?ntico s?o duas unidades evolutivas significativas (ESUs) e que as col?nias de reprodu??o em cada oceano devem ser manejadas separadamente.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 422339.pdf: 8258255 bytes, checksum: 39b3a077af73929c6c9e936558f81673 (MD5) Previous issue date: 2009-12-09 / A tribo Echinantherini foi recentemente proposta para alocar os g?neros Sul-americanos Echinanthera e Taeniophallus, os quais est?o representados por seis e oito esp?cies, respectivamente. A necessidade de um estudo sistem?tico a fim de avaliar o status taxon?mico desses g?neros foi acentuda com a exist?ncia de um prov?vel complexo de esp?cies sob o nome T. occipitalis, as discord?ncias entre pesquisadores quanto ? posi??o taxon?mica das esp?cies do antigo grupo brevirostris, o poss?vel polifiletismo de Taeniophallus e o hipot?tico relacionamento monofil?tico dos g?neros da tribo. No presente estudo objetivou-se caracterizar o grupo de T. occipitalis e propor um relacionamento filogen?tico para as esp?cies de Echinantherini baseado em caracteres fenot?picos. Ap?s a an?lise de caracteres da morfologia externa (escama??o, colora??o e ultra-estrutura das escamas) e interna (hemip?nis) de v?rios esp?cimes de T. occipitalis, incluindo esp?cimes tipo, identificamos a presen?a de outros t?xons sob esse nome. Como resultados do presente estudo cinco esp?cies s?o atualmente reconhecidas para o grupo de T. occipitalis: Taeniophallus sp. nov.1, Taeniophallus sp. nov.2, T. miolepis (revalidada), T. occipitalis e T. quadriocellatus. Foi observado dimorfismo sexual significante (P < 0,05) no n?mero de ventral (VE), subcaudal (SC), comprimento rostrocloacal (CRC) e comprimento relativo da cauda (CCA/CRC) nas esp?cies do grupo. Diferen?as significativas entre as cinco esp?cies foram observadas no n?mero de VE, SC, CRC e CCA/CRC. Em uma an?lise multivariada utilizando 16 medidas corp?reas, inclusive de escudos cef?licos, constatamos que as esp?cies do grupo de T. occipitalis s?o parcialmente discriminadas. No entanto, quando comparamos os dados brutos das esp?cies, a maioria dessas diferen?as n?o ? percept?vel. No estudo filogen?tico uma an?lise de m?xima parcim?nia foi realizada utilizando 57 caracteres fenot?picos e 33 t?xons terminais: 19 pertencentes ? tribo Echinantherini, 14 de outras tribos de Xenodontinae (Alsophiini, Hydrodynastini, Hydropsini, Philodryadini, Pseudoboini e Xenodontini) e uma esp?cie de Dipsadinae. Como resultado obteve-se duas ?rvores igualmente parcimoniosas com 231 passos, ?ndice de consist?ncia de 37 e ?ndice de reten??o de 62. Os ?nicos terminais que apresentaram conflitos entre as duas topologias encontradas foram as esp?cies do g?nero Echinanthera. A topologia da ?rvore de consenso estrito das duas ?rvores mais parcimoniosas foi: (T. nebularis ((T. brevirostris, T. nicagus) ((E. amoena, E. cephalomaculata, E. cephalostriata, E. cyanoleura, E. melanostigma e E. undulata) ((T. bilineatus (T. affinis (T. persimilis, T. poecilopogon))) (T. miolepis (Taeniophallus sp. nov.1 imaculado, T. quadriocellatus (Taeniophallus sp. nov.1 maculado (Taeniophallus sp. nov.2, T. occipitalis)))))))). Baseados na topologia encontrada mudan?as taxon?micas para os membros de Echinantherini foram propostas. Foram realizadas as seguintes mudan?as: (1) Taeniophallus ? redefinido sendo restito para T. brevirostris e T. nicagus; (2) um novo g?nero ? proposto para T. nebularis; (3) um novo g?nero ? proposto para as esp?cies do grupo de T. affinis; e (4) um novo g?nero ? proposto para as esp?cies do grupo de T. occipitalis. O g?nero Echinanthera ? mantido conforme a atual taxonomia.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 381156.pdf: 13539828 bytes, checksum: 28fa782a88d5f55c0b350e9d01fdb83e (MD5) Previous issue date: 2006-08-21 / A anatomia e osteologia de Parotocinclus maculicauda (Steindachner, 1877) s?o descritas e comparadas com outros loricari?deos e astroblep?deos examinados. O esqueleto de Parotocinclus maculicauda exibe fus?es, redu??es de tamanho e de n?mero de ?ssos, entre outros. Novas estruturas ou elementos ?sseos n?o descritos previamente na literatura tradicional, s?o descritos. Em adi??o, este hypoptopomat?neo foi utilizado como um modelo descritivo na busca de caracteres informativos para o estudo filogen?tico da subfam?lia Hypoptopomatinae. Baseado em 169 caracteres de osteologia e morfologia externa, foi realizada uma an?lise filogen?tica de 114 t?xon terminais de loricari?deos, especialmente das subfam?lias Hypoptopomatinae e Neoplecostominae. Os resultados permitem a re-diagnose da subfam?lia Hypoptopomatinae, reconhecendo 24 g?neros. Cinco agrupamentos monofil?ticos s?o reconhecidos como g?neros novos, e 34 novas esp?cies s?o identificadas. N?o foi encontrado suporte para demonstrar a monofilia de Otothyrini e as tribos previamente reconhecidas dentro de Hypoptopomatinae n?o s?o mantidas neste estudo. A inclus?o de representantes de outras subfamilias de Loricariidae na an?lise forneceu um melhor entendimento das rela??es filogen?ticas e da biodiversidade dos Loricariidae. Complementarmente, uma nova esp?cie de hypoptopomat?neo do g?nero Otocinclus ? descrita de duas localidades no alto rio Amazonas. O novo t?xon pode ser facilmente distinguido dos outros cong?neres, exceto Otocinclus cocama, pela presen?a de uma ?nica marca, fortemente pigmentada, em forma de morcego, na parte posterior da nadadeira caudal. De O. cocama a nova esp?cie ? distinguida pelo padr?o de colorido, que consiste em uma larga faixa lateral escura.A nova esp?cie ? possivelmente mais proximamente relacionada a um clado formado por O. huaorani, O. mariae, O. bororo, O. mura e O. cocama. Finalmente, Otocinclus arnoldi da bacia do rio da Prata ? revalidado da sinon?mia de O. flexilis, descrito da bacia do rio Jacu?. Tamb?m, Otocinclus mimulus de um tribuit?rio do Rio Paran?, ? considerado sin?nimo j?nior de Otocinclus arnoldi.