Thèse (M.Sc.) -- Université Laval, 1999. / Bibliogr.: f. 141-153. Publ. aussi en version électronique.

Würzburg, Univ., Diss., 2008. / Zsfassung in dt. Sprache.

Universiẗat, Diss., 2004--Heidelberg.

Thesis (Ph.D.)--University of Nebraska-Lincoln, 2006. / Title from title screen (site viewed April 27, 2007). PDF text: vi, 165 p. : ill. (some col.) UMI publication number: AAT 3233745. Includes bibliographical references. Also available in microfilm and microfiche formats.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:53Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-29Bitstream added on 2014-06-13T20:04:33Z : No. of bitstreams: 1 000757820.pdf: 10700274 bytes, checksum: 33a8d0ab3adfab16a9b9b24071f36f03 (MD5) / As interações entre fungos e bactérias são abundantes na natureza e tem importância médica e ambiental. O desenvolvimento adequado de modelos in vitro e in vivo para caracterizar essas interações é essencial para o entendimento do desenvolvimento da doença e descoberta de novas estratégias terapêuticas. O objetivo desse estudo foi avaliar as interações entre Lactobacillus acidophilus e Candida albicans em modelos de estudo in vitro e em modelo experimental de invertebrado. No estudo in vitro, foram avaliados os efeitos de L. acidophilus sobre a formação de biofilme por C. albicans e sobre a capacidade de filamentação de C. albicans. Em ambos os testes, foram avaliados os efeitos diretos das células de L. acidophilus sobre C. albicans e também os efeitos indiretos, utilizando apenas o sobrenadante da cultura de Lactobacilos. Além disso, foram testados os efeitos de L. acidophilus sobre C. albicans em diferentes fases de crescimento da cultura bacteriana (4, 6, 18 e 24 h). Para a realização do estudo in vivo, as cepas de L. acidophilus foram inoculadas juntamente com C. albicans em lagartas de Galleria mellonella para indução de infecção experimental. Os efeitos de L. acidophilus sobre a candidose experimental foram avaliados pela análise de curva de sobrevivência de G. mellonella, quantificação de UFC/mL de C. albicans e avaliação histológica da filamentação de C. albicans nos tecidos do hospedeiro. Os resultados dos testes in vitro e da contagem de UFC/mL em G. mellonella foram submetidos à Análise de Variância e teste de Tukey. Os dados obtidos na curva de sobrevivência de G. mellonella foram analisados pelo método de Log-rank. (P ≤ 0,05). Os resultados in vitro demonstraram que a cultura de 24 h de L. acidophilus foi capaz de inibir a formação de biofilme e a filamentação por C. albicans. Esses efeitos inibitórios também foram observados... / Interactions between fungi and bacteria are abundant in nature and are of medical and environmental importance. The developments of adequate models in vitro and in vivo to characterize these interactions are essential to understand diseases and to discover new therapeutic strategies. The aim of this study was to evaluate the microbial interactions between Lactobacillus acidophilus and Candida albicans on in vitro study models and experimental models of invertebrates. In the in vitro study, we analyzed the effects of L. acidophilus on C. albicans biofilm formation as well as its filamentation ability. On both tests, the direct effects of L. acidophilus cells and indirect effects of the supernatant culture of L. acidophilus were evaluated , as well as the L. acidophilus effects on C. albicans at different bacterial culture growth stages (4, 6 18 and 24h). To perfom the in vivo study, L. acidophilus and C. albicans strains were inoculated in Galleria mellonella model to induce experimental infection. The L. acidophilus effects on experimental candidosis have been evaluated by the analysis of the survival killing curve of G. mellonella, quantify C. albicans colony forming units per millimeter (CFU/mL) and through histological evaluation of C. albicans filamentation ability on the host tissues. The in vitro test results and the CFU/mL number in G. mellonella were submitted to ANOVA and Tukey’s test. The obtained data on G. mellonella killing curves have been analyzed using the long-rank test method. A 5% significance level has been considered on all tests. The in vitro results showed that the L. acidophilus 24 hour culture was able to inhibit the formation of biofilm and filamentation by C. albicans. These inhibitory effects were also observed when the supernatant of the L. acidophilus culture was placed in contact with C. albicans, suggesting that the inhibitory action occurred by the ....

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-03-12Bitstream added on 2015-03-03T12:06:56Z : No. of bitstreams: 1 000806425_20170312.pdf: 263323 bytes, checksum: 4daef685ed333b05ec684914cb0765b5 (MD5) Bitstreams deleted on 2017-03-17T12:38:11Z: 000806425_20170312.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-03-17T12:39:10Z : No. of bitstreams: 1 000806425.pdf: 2132825 bytes, checksum: 171c310b3265e76efa3377d61b47cbf7 (MD5) / O óleo essencial de Melaleuca alternifolia (TTO) é um extrato de ação antifúngica e preventiva em escala farmacêutica ou cosmética. O objetivo deste estudo foi avaliar a eficácia do TTO e Terpinen-4-ol sobre isolados clínicos de Candida albicans. Este estudo foi realizado em três fases: 1- Identificação da CIM (Concentração Inibitória Mínima) e CFM (Concentração Fungicida Mínima) do TTO (0,25 a 2%) e Terpinen-4- ol (0,11 a 0,95%) sobre C. albicans na forma planctônica. 2- Análise das diferentes concentrações do óleo sobre biofilme monoespécie de C. albicans por meio da contagem das UFC/mL e avaliação da atividade metabólica das células pelo método colorimétrico de XTT. 3- Análise da ação inibitória das soluções de TTO e Terpinen-4- ol sobre biofilmes de C.albicans (cepa padrão e isolados clínicos) formados em corpos de prova de resina acrílica termopolimerizável previamente cobertos com saliva humana, por meio do teste de XTT e por microscopia confocal de varredura à laser (MCVL). A nistatina (Sigma) foi utilizada como controle positivo. Os resultados mostraram que isolados de C. albicans planctônicos foram sensíveis ao TTO 1%, Terpinen-4-ol 0,47% e Nistatina 8 ?g/mL. As menores concentrações fungicidas para os isolados foram TTO 2 %, Terpinen-4-ol 0,95 % e Nistatina 16 ?g/mL. Quando analisado em biofilme através da quantificação (UFC/mL) e teste de XTT as concentrações de TTO 2 % e Terpinen-4-ol 0,95 % foram eficazes quando comparado ao controle, sendo que as amostras da genotipagem A2 e B1 foram as mais resistentes. Os resultados de MCVL mostraram que todos os biofilmes desenvolvidos em corpos de resina acrílica apresentaram-se semelhantes à ação da Nistatina. Os extratos avaliados apresentaram ação antifúngica para os isolados clínicos e podem ser considerados tratamento alternativo para paciente com candidíase. / The essential oil of Melaleuca alternifolia (TTO) is an extract of antifungal action and preventive in pharmaceutical or cosmetic scale. The aim of this study was to evaluate the efficacy of TTO and Terpinen-4-ol against clinical isolates of Candida albicans. This study was conducted in three phases: 1- Identification of MIC (Minimum Inhibitory Concentration) and CFM (Minimum Fungicidal Concentration) of TTO (0.25 to 2%) and Terpinen-4-ol (0.11 to 0.95 %) on C. albicans in planktonic form . 2- Analysis of different concentrations of oil on C. albicans biofilm single species by counting CFU/mL and evaluation of the metabolic activity of cells by XTT colorimetric method. 3- Analysis of the inhibitory action of TTO and Terpinen-4-ol solutions on C. albicans biofilms (standard strain and clinical isolates) formed in specimens of polymerizable resin acrylic microwave previously coated with human saliva , by means of the XTT test and confocal laser scanning microscopy (CLSM) . The nystatin (Sigma) was used as a positive control. The results showed that isolates of C. albicans planktonic were sensitive to TTO 1%, Terpinen-4-ol 0.47% and Nystatin 8 mg/mL. The smaller fungicidal concentrations for the isolates were TTO 2%, Terpinen-4-ol 0.95% and Nystatin 16 mg / mL. When analyzed by quantifying biofilm (CFU / ml) and XTT test, the concentrations TTO 2% and Terpinen-4-ol 0.95% were effective when compared to the control, and genotyping of samples A2 and B1 were more resistant. The CLSM results showed that all biofilms developed in bodies of acrylic resin were similar to the action of Nystatin. The extracts showed antifungal action for the clinical isolates and can be considered an alternative treatment for patients with candidiasis.

Trabajo de Investigación Requisito para optar al Título de Cirujano Dentista / Autor no autoriza el acceso a texto completo de su documento / El objetivo de este estudio in vitro fue evaluar el grado de adherencia de levaduras tipo Candida albicans a las superficies rugosas de dos materiales de distinta composición química usados en la confección de prótesis removibles, como son el acrílico de termopolimerización y el nylon termoplástico. Para este efecto se realizó un análisis cuantitativo de las células adheridas a dichas superficies. Se esterilizaron los especímenes poliméricos por medio luz U.V. y se incubaron en una suspensión de levaduras a una concentración de 2 x 10 7 cél/ml durante 6 horas a 37ºC. Posteriormente se lavaron los especímenes para desprender las células no adheridas y se tiñeron. Por medio de microfotografías de los especímenes se efectuó el análisis con un programa computacional de análisis morfométrico, el cual realizó un conteo de áreas ocupadas en micrones cuadrados  El análisis estadístico mostró diferencias significativas en la adherencia de Candida albicans a estas superficies. El mayor grado de adherencia lo presentaron las superficies de nylon termoplástico a pesar de que también hubo adherencia en superficies de acrílico de termopolimerización.

TARGINO, C. S. P. C. Estudo da atividade antifúngica e dos mecanismos de ação do peptídeo Ctn[15-34], um fragmento c- terminal da Crotalicidina, derivado de uma catelicidina expressa nas glândulas de veneno de cascavéis. 2017. 131 f. Tese (Doutorado em Ciências Farmacêuticas) - Faculdade de Farmácia, Odontologia e Enfermagem, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2017. / Submitted by ciências farmacêuticas pgcf (pgcf.ufc@gmail.com) on 2017-06-12T13:41:28Z No. of bitstreams: 1 2017_tese_cspctargino.pdf: 6282751 bytes, checksum: 5fc1e8e14aea822773a453246b9ae64c (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2017-06-12T16:36:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_tese_cspctargino.pdf: 6282751 bytes, checksum: 5fc1e8e14aea822773a453246b9ae64c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-12T16:36:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_tese_cspctargino.pdf: 6282751 bytes, checksum: 5fc1e8e14aea822773a453246b9ae64c (MD5) Previous issue date: 2017-04-27 / Crotalicidin (Ctn), a 34-residue cathelicidin from a South American rattlesnake, and its fragment (Ctn[15–34]) have shown anti-infective and cytotoxic activities against Gramnegative bacteria and certain tumor lines, respectively. The extent of such effects has been related to physicochemical characteristics such as helicity and hydrophobicity. We now report the anti-fungal activity of Ctn and its fragments (Ctn[1–14]) and (Ctn[15–34]) And characterize the possible mechanisms of action of peptides against Candida albicans.MIC determination and luminescent cell viability assays were used to evaluate the anti-infective activity of Ctn and its fragments (Ctn[1–14]) and (Ctn[15–34]) as anti-fungal agents against opportunistic yeast and dermatophytes. Cytotoxicity towards healthy eukaryotic cells was assessed in vitro with healthy human kidney-2 (HK-2) cells and erythrocytes. Fragments Ctn[1–14] and Ctn[15–34] lost activity against dermatophytes, but became more active against pathogenic yeasts, including several Candida species and Cryptococcus laurentii, with MICs as low as 5 μM. Interestingly, the two peptide fragments were less cytotoxic to healthy HK-2 cells and less hemolytic to human erythrocytes than the standard-of-care amphotericin B (AMB).The checkerboard technique was performed to estimate the effects of combining either one of the peptides with AMB against C. albicans strains, and it was the synergy between Ctn peptides and AMB, with consequent reduction in MICs of both drug and peptides. In general, the Ctn[15-34] presented the smallest MICs against the different Candida species, and low cytotoxicity against eukaryotic cells. To characterize the anti- Candida activity of Ctn[15-34] were performed the phospholipase activity assay, time killing assay, and flow cytometry techniques.The plasmatic membrane damage was roughly estimated based on the amount of product generated by phospholipase activity after treatment of 4N3OBA lipid (substrate) with Ctn[15-34]; At 10 μM a big increase in phospholipase activity could be noticed compared to non-treated and treated lipids at 5μM. Analysis of the time killing assays of cells treated with Ctn [15-34] and AMB, showed that they did not reduce the number of CFUs in the same fashion, which suggested that Ctn[15-34] and AMB could have different mechanisms of action against C.albicans. Ctn[15-34] alone promoted cell membrane disruption, like other AMPs, in yeasts. Moreover, the C. albicans cell death pathway detected after the peptide treatment was necrosis, which further confirmed cell membrane damage capacity by Ctn[15-34].Together, Ctn and its fragments are promising for the treatment of fungal diseases, and the Ctn [15-34] is a most valuable candidate for further 12 development as an antifungal therapeutic peptide lead, particularly against yeast infections where it could be usedfully applied either alone or in combination with a standard antibiotic such as AMB. / A crotalicidina (Ctn), uma catelicidina de 34-resíduos isolada de cascavel da América do Sul, e o seu fragmento (Ctn[15-34]) demonstraram previamente atividades antimicrobiana contra bactérias Gram negativas e citotóxica contra células tumorais. A extensão de tais efeitos tem sido relacionada com suas características físico-químicas, como a forma helicoidal e hidrofobicidade. O presente trabalho teve o objetivo geral de avaliar a atividade antifúngica do Ctn e seus fragmentos (Ctn[1-14] e Ctn[15-34]) e caracterizar os possíveis mecanismos de ação dos peptídeos contra Candida albicans. Determinação de Concentração inibitória mínima (CIM) e ensaios de viabilidade celular por ensaios de luminescência foram utilizados para avaliar a ação do Ctn e seus fragmentos (Ctn[1-14] e Ctn[15-34]) como agentes antifúngicos contra cepas clínicas de leveduras oportunistas e dermatófitos. A citotoxicidade em relação a células eucarióticas foi avaliada in vitro com células renais da linhagem HK-2 e eritrócitos. Ctn foi o peptídeo mais ativo contra dermatófitos e também o mais tóxico para células eucarióticas saudáveis. Os fragmentos Ctn[1-14] e Ctn [15-34] não demonstraram atividade contra dermatófitos, mas foram ativos contra leveduras patogênicas, incluindo várias espécies de Candida sp. e Cryptococcus laurentii, com CIMs de até 5μm. É interessante notar que os dois fragmentos peptídicos foram menos citotóxicos para as células HK-2 e menos hemolíticos para os eritrócitos humanos do que a Anfotericina B (ANF). A técnica checkerboard foi realizada para estimar os efeitos da combinação dos peptídeos com ANF frente a cepas de C. albicans. Foi observado o efeito sinérgico entre as crotalicidinas e a ANF, com a consequente redução nas CIM de ambos, fármaco e peptídeos. De modo geral, o fragmento Ctn[15-34] apresentou as menores CIMs contra as diferentes espécies de Candida, e baixa citotoxicidade contra células eucariotas. Para caracterizar a atividade anti-Candida do Ctn[15-34] foram realizados ensaios para determinar atividade fosfolipásica, a curva do tempo de morte, e técnicas de citometria de fluxo. O dano à membrana plasmática foi estimado com base na quantidade de produto gerada pela atividade fosfolipásica após tratamento do lípido 4N3OBA (substrato) com Ctn[15-34]; a 10 μM pode ser observado um grande aumento na atividade fosfolipásica em comparação com os lipídeos não tratados, e tratados com 5 μM. A análise das curvas de tempo de morte das células tratadas com Ctn[15-34] e AMB, mostrou que eles não reduziram o número de UFCs da mesma forma, sugerindo que Ctn[15-34] e AMB poderiam ter diferentes mecanismos de ação contra C .albicans. Ctn[15-34] promoveu rompimento da membrana celular, assim como outros peptídeos 10 antimicrobianos (PAMs), em leveduras. Além disso, a via de morte celular da C. albicans detectada por citometria após o tratamento com peptídeo foi a necrose, o que confirmou ainda mais a capacidade de dano da membrana celular por Ctn[15-34]. Juntos, Ctn e seus fragmentos são promissores para o tratamento de doenças fúngicas, e o Ctn[15-34] é um candidato muito valioso para o futuro desenvolvimento de um peptídeo antifúngico, que pode ser aplicado sozinho ou em combinação com um antibiótico padrão como a AMB

BANDEIRA, S. P. Combinação de técnicas fenotípicas para distinguir Candida albicans de Candida dubliniensis e uma investigação dos mecanismos de resistência a derivados azólicos em isolados de Candida albicans de origem animal. 2017. 77 f. Tese (Doutorado em Microbiologia Médica) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2017. / Submitted by Carolinda Oliveira (ppgmm@ufc.br) on 2017-09-12T15:37:04Z No. of bitstreams: 1 2017_tese_spbandeira.pdf: 2847339 bytes, checksum: ae9b71544be3f23ed530b1dc4802f6ad (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2017-09-12T15:50:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_tese_spbandeira.pdf: 2847339 bytes, checksum: ae9b71544be3f23ed530b1dc4802f6ad (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-12T15:50:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_tese_spbandeira.pdf: 2847339 bytes, checksum: ae9b71544be3f23ed530b1dc4802f6ad (MD5) Previous issue date: 2017-07-11 / Azole-resistant Candida albicans have been described in human clinical practice and in strains of veterinary origin. The objective of this study was to reevaluate laboratory identification of azole-resistantC. albicansfrom veterinary isolates, proposing a combination of phenotypic methods for the reliable identification of the species. In addition, this studyaimed to investigate the resistance mechanisms of the strains. Thirty-seven veterinary strains of azole-resistant C. albicansand three human strains of C. dubliniensis were submitted to phenotypic identification by germ tube test, micromorphological analysis oncornmeal agar, growth on chromogenic agar, growth on sunflower seed agar, opacification test onTween 80™ agar and PCR. For study of resistance mechanisms, C. albicansstrains were evaluated for efflux of6G rhodamine (n=11), determination of ergosterol content (n=6) and expression of CDR1, CDR2, MDR1 and ERG11 genes (n=30). All studied strains presented positive germ tube test and production of chlamydoconidia on cornmeal agar. Thirty five strains (35/37) showed green colonies on chromogenic agar. On sunflower seed agar, 36 strains (36/37) presented a smooth colony pattern, and on Tween 80™ agar, 34 (34/37) had opacification in less than 5 days. All strains tested showed specific product on PCR, which confirmed their identity as C. albicans.C. dubliniensis strains showed green colonies on ChromoAgar Candida™, a rough appearance on sunflower agar, did not form opacification zone on Tween80™agar, after up to 12 days, and did not present specific products in PCR.In resistance studies, azole resistant strains showed higher relative fluorescence unit difference values than sensitive isolates in efflux of6G rhodamine tests, thus demonstrating increased activity of efflux pumps. There was no significant difference in ergosterol content. It was verified that 73.3% (22/30) of the isolates presented overexpression of one or more genes, of which 40.9%, 18.2%, 59.1% and 54.5% strains overexpressedCDR1, CDR2, MDR1 and ERG11, respectively. No isolate overexpressed simultaneously the four genes. Finally, we conclude that the combination of phenotypic techniques leads to reliable differentiation of C. albicansandC. dubliniensis, reserving molecular techniques for more specific contexts. Resistance mechanisms to azole derivatives ofthe studied strains is multifactorial, including, at a minimum, the enhanced activity of efflux pump activity and the gene overexpression. / Candida albicans resistentes a derivados azólicos tem sido descritos na prática clínica humana e em cepas de origem veterinária. O presente estudo teve como objetivo reabordar a identificação laboratorial deisolados veterinários de C. albicans resistentes a derivados azólicos, propondo combinação de métodos fenotípicos para distinguir as espécies crípticas C. albicans e Candida dubliniensis.Ademais, almejou-se investigar os mecanismos de resistência das cepas estudadas. Para tanto, trinta e sete cepas veterinárias de C. albicans resistentes a derivados azólicos e três cepas humanas deC. dubliniensis foram submetidas à identificação fenotípica por prova do tubo germinativo, microcultivo em ágar cornmeal, semeadura em ágar cromogênico, semeadura em ágar semente de girassol, prova de opacificação em ágar Tween80™e reação em cadeia da polimerase (PCR). Para estudos de resistência, cepas de C. albicans foram estudadas com testes de efluxo de rodamina 6G (n=11), determinação do conteúdo de ergosterol (n=6) e testes de expressão dos genes CDR1, CDR2, MDR1 e ERG11(n=30). As cepas estudadas apresentaram prova do tubo germinativo positiva e produção de clamidoconídios em ágar cornmeal. Trinta e cinco cepas (35/37) apresentaram coloração verde em ágar cromogênico. Em ágar semente de girassol,36 cepas (36/37) apresentaram padrão de colônia lisa, e no ágarTween 80™, 34 (34/37) apresentaram opacificação em menos de 5 dias. Todas as cepas testadas apresentaram produto específico na PCR, sendo confirmadas como C. albicans.As cepas de C. dubliniensisa presentaram colônias de coloração verde no ChromoAgar Candida™, aspecto rugoso no ágar girassol, não opacificaram o meio em ágar Tween80™ em até 12 dias e não apresentaram produto específico na PCR. Nos estudos de resistência, as cepas resistentes aos azólicos apresentaram valores de diferença de UFR maiores que os isolados sensíveis nos estudos com rodamina 6G, demonstrando

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:47:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Howard Hughes Medical Institute (HHMI) / Os índices que medem adaptação dos códons são amplamente utilizados para predizer o nível de expressão de um gene. Para verificar se: (i) o índice de adaptação dos códons (CAI) pode ser utilizado para ordenar e caracterizar genes hipotéticos em seqüências de genomas completos; (ii) a variação estocástica da expressão gênica entre as células (ruído) pode ser utilizada como um marcador quantitativo para diferenciar genes essenciais de não essenciais e (iii) qual a correlação existente entre o ruído e o CAI, subdividiu-se esse trabalho em duas partes. Na primeira parte analisei os índices de padrão de uso dos códons como preditores do nível de expressão de genes hipotéticos da levedura Candida albicans. Foram selecionados 744 genes hipotéticos que satisfazem três características simultaneamente sendo elas: (i) ORFs maiores que 500bp; (ii) fases abertas de leitura sem sobreposição com outras ORFs e (iii) ORFs com similaridade ≥ 60% com genes de Saccharomyces cerevisiae e Schizosaccharomyces pombe. O padrão de uso dos códons para os genes hipotéticos apresenta uma grande variedade nos diferentes genes selecionados, porém nota-se uma tendência a um baixo e médio nível de expressão independente do índice analisado. Os valores de CAI variam entre 0,044 e 0,540 com média de 0,170 (± 0,051). ORFs com baixo nível de expressão e potencialmente essenciais são ótimas candidatas para serem alvos para drogas potenciais. Essas características são importantes uma vez que um baixo nível de expressão implicaria numa menor dosagem da droga, e o gene de ser potencialmente essencial uma vez que se deseja a morte do fungo causando a infecção. Baseando-se nessas duas características selecionou-se duas ORFs hipotéticas para estudo de função: CaYdr187c (CAI = 0,084) e CaYlr339c (CAI = 0,088). A ORF CaYdr187c é uma possível proteína do envelope celular, com ontologia de resposta imune; e apresenta tanto peptídeo sinal quanto regiões transmembrana. De acordo com o RT-PCR esse gene é transcrito apenas na fase de levedura do fungo. A ORF CaYlr339c é uma possível proteína relacionada com a tradução, com ontologia de resposta imune; e não apresenta nem peptídeo sinal e nem regiões transmembrana. De acordo com o RT-PCR esse gene é transcrito tanto na fase de levedura quanto na de hifa do fungo. Na segunda parte, analisei a distribuição do ruído transcricional e sua possível utilização como classificador para a essencialidade dos genes. Para se estudar as distribuições estatísticas do ruído temporal no sistema eucariótico modelo Saccharomyces cerevisiae, nós analisamos dados de microarray correspondendo à um ciclo celular para 6.200 genes. Nós descobrimos que o ruído temporal segue uma distribuição log-normal com invariância de escala nos níveis genômico, cromossômico e sub-cromossômico. A correlação do ruído temporal com o índice de adaptação dos códons sugere que pelo menos 70% dos genes codificadores de proteínas são o centro de minimização de ruído do genoma. Nós propusemos um modelo matemático da dinâmica da expressão de um único gene, utilizando a teoria de operadores, o qual revela condições rígidas para a variabilidade do ruído e uma estratégia possível para a minimização / otimização do ruído em nível genômico. Nosso modelo e dados mostram que o ruído mínimo não corresponde a genes obedecendo a uma dinâmica estritamente determinística. A estratégia natural de minimização do ruído consiste em igualar o ruído (η) com a média do valor absoluto da variação relativa do nível de expressão (α). Nós hipotetizamos que o padrão do ruído temporal é uma propriedade emergente do genoma e mostra como a dinâmica da expressão gênica pode estar relacionada com a organização cromossômica. Os índices utilizados neste estudo foram validados como preditores do nível de expressão, caso do CAI para a Candida albicans, e de essencialidade, caso do ruído da expressão gênica. O índice de adaptação dos códons (CAI) é válido como preditor do nível de ruído bem como da dinâmica da expressão gênica. / The indices that measure the codon adaptation are widely used for predicting the expression level of a gene. To verify if: (i) the codon adaptation index (CAI) can be used to characterize hypothetical genes in complete genomes; (ii) the variation of gene expression within cells (noise) can be used as a quantitative marker for essentiality and (iii) what’s the correlation between noise and CAI, this work is divided in two parts. In first section we analyzed the indices that measure the codon adaptation as predictors of the expression level in hypothetical genes in the yeast Candida albicans. We selected 744 hypothetical ORFs that satisfied three characteristic: (i) ORFs longer than 500bp (bp); (ii) open reading frames not superposed with other ORFs and (iii) ORFs with similarity ≥ 60% with Saccharomyces cerevisiae and Schizosaccharomyces pombe genes. The codon usage for the hypothetical genes vary a lot between the selected ORFs, regardless the index. The CAI vary between 0,044 and 0,540 with average 0,170 (±0,051). ORFs with low expression level and that are possibly essential are good candidates to be new drug targets. Based on this two characteristics we selected two hypothetical ORFs for function studies: CaYdr187c (CAI=0,084) and CaYlr339c (CAI=0,088). The ORF CaYdr187c is a possible cell envelope protein, with gene ontology of immune response, and prediction of both signal peptide and transmembrane regions. Based on the RT-PCR this gene is expressed only in the yeast fase. The ORF CaYlr339c is a possible protein involved in translation, with gene ontology of immune response, and no prediction of both signal peptide and transmembrane regions. Based on the RT-PCR this gene is expressed both in the yeast and hypha fases. In the second section, I analyzed the transcription noise and its possible use as a classifier of gene essentiality. The analysis of transcriptional temporal noise could be an interesting means to study gene expression dynamics and stochasticity in eukaryotes. To study the statistical distributions of temporal noise in the eukaryotic model system Saccharomyces cerevisiae, we analyzed microarray data corresponding to one cell cycle for 6,200 genes. We found that the temporal noise follows a lognormal distribution with scale invariance at the genome, chromosomal and sub-chromosomal levels. Correlation of temporal noise with the codon adaptation index suggests that at least 70% of all protein-coding genes are a noise minimization core of the genome. Accordingly, a mathematical model of individual gene expression dynamics was proposed, using an operator theoretical approach, which reveals strict conditions for noise variability and a possible global noise minimization/optimization strategy at the genome level. Our model and data show that minimal noise does not correspond to genes obeying a strictly deterministic dynamics. The natural strategy of minimization consists in equating the mean of the absolute value of the relative variation of the expression level (α) with noise (η). We hypothesize that the temporal noise pattern is an emergent property of the genome and shows how the dynamics of gene expression could be related to chromosomal organization. / BV UNIFESP: Teses e dissertações