Submitted by EFRAIN ENRIQUE ACEVEDO JIMENEZ null (enriqueacevedojimenez@hotmail.com) on 2016-03-10T12:19:26Z No. of bitstreams: 1 Jiménez_ee_dr_jabo.pdf: 1090007 bytes, checksum: 8163507cf7a78fc0b9aa5479e1e8abc3 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-03-10T20:29:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 jimenez_eea_dr_jabo.pdf: 1090007 bytes, checksum: 8163507cf7a78fc0b9aa5479e1e8abc3 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-10T20:29:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 jimenez_eea_dr_jabo.pdf: 1090007 bytes, checksum: 8163507cf7a78fc0b9aa5479e1e8abc3 (MD5) Previous issue date: 2016-02-05 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os critérios de seleção mais empregados para bubalinos no Brasil incidem em atributos associados a aspectos produtivos. Entretanto, o sucesso do sistema produtivo depende de diversos fatores ambientais e genéticos, sendo que a produção de leite depende diretamente da reprodução dos animais. Neste sentido, a reprodução pode ser usada na geração de novas características indicadoras de precocidade sexual no processo de seleção dos animais. O objetivo deste estudo foi obter a confiabilidade das avaliações genômicas para a predição dos valores genéticos genômicos de produção de leite (PL), idade ao primeiro parto (IPP) e intervalo entre partos (IEP) utilizando as metodologias de GBLUP, Bayes Cπ e LASSO Bayesiano. Foram genotipados 452 búfalos (57 machos e 395 fêmeas) utilizando o painel de 90K Axiom® Buffalo Genotyping Array da Affymetrix. Para a comparação dos modelos relacionadas ao delineamento de cross-validação, foram utilizadas a correlação de Pearson e a regressão entre a variável resposta (valor desregredido da característica) e o valor genético considerando apenas marcadores, e considerando marcadores mais o efeito poligenico (GEVBM e GEVBT). Concluiu-se que em estudos de seleção genômica recomenda-se a utilização das informações poligênicas e dos marcadores para obter uma melhor predição genômica nas características do estudo nos bubalinos. Entre os modelos estudados os resultados mostram que as predições bayesianas e GBLUP apresentaram estimativas equivalentes. Entretanto poderia ser recomendado a utilização do GBLUP nas avaliações genômicas das características em bubalinos, devido a que o GBLUP tem uma menor exigência computacional e facilidade em convergência. / CAPES: 5615119

Submitted by MARINA MORTATI DIAS null (marina.mortati@gmail.com) on 2016-08-07T23:35:50Z No. of bitstreams: 1 Tese_Marina Mortati Dias.pdf: 1708247 bytes, checksum: 534b59570229fd27eb89d883f8e64df7 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-08-10T13:49:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 dias_mm_dr_jabo.pdf: 1708247 bytes, checksum: 534b59570229fd27eb89d883f8e64df7 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-10T13:49:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dias_mm_dr_jabo.pdf: 1708247 bytes, checksum: 534b59570229fd27eb89d883f8e64df7 (MD5) Previous issue date: 2016-07-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Características reprodutivas, como a idade à puberdade, são economicamente relevantes para sistemas de produção de carne. A ocorrência de prenhez precoce aos 16 meses (OPP) é considerada um indicador da idade à puberdade e pode ser utilizada como critério de seleção. A busca por mutações potencialmente causais em genes candidatos pode ajudar a melhorar a acurácia de predição genômica se forem inseridas em painéis de marcadores genéticos. O objetivo desse estudo foi identificar polimorfismos potencialmente causais em genes candidatos associados a características reprodutivas em novilhas, por meio de dois ensaios. No primeiro, foram sequenciadas regiões dos genes PPP3CA e FABP4 em 380 amostras de DNA provenientes de novilhas Nelore, por meio de equipamento MiSeq® (Illumina, Inc). Nestas sequências foram detectadas duas mutações na região do gene PPP3CA e 13 no gene FABP4. Dentre elas, 14 eram SNP e uma era deleção, sendo esta última homozigota em todas as amostras sequenciadas, o que nos leva a acreditar que possa ser uma mutação fixada na raça Nelore. Um haplótipo constituído por quatro SNP no gene FABP4 não teve efeito significativo ao nível de p<0,05 sobre a característica OPP. Todos os SNP que passaram pelo controle de qualidade também foram analisados, porém nenhum teve efeito significativo sobre a característica OPP (p>0,05). No segundo ensaio, foram analisadas sequências de amostras de RNA de novilhas Brangus com o objetivo de identificar polimorfismos nas regiões de 62 genes candidatos associados a características reprodutivas. Detectou-se 1157 SNP nas regiões de 46 daqueles genes. Esses SNP foram comparados com SNP detectados a partir de sequências de amostras de RNA de outras quatro raças (Angus, Brahman, Nelore e Holandês). Cento e setenta e dois SNP foram coincidentes em todas as raças. A partir de sequências de RNA de Brangus também foram detectados 160 novos transcritos na região de 42 dos genes candidatos e cinco genes não anotados que sobrepõem a região de genes candidatos. A detecção de novos transcritos e genes é fundamental para enriquecer a anotação do genoma bovino. As mutações detectadas podem ser utilizadas para a customização de painéis de marcadores, e aplicações de seleção genômica. / Fertility traits such as age at puberty are economically important for meat production system. Occurrence of early pregnancy (OPP) is considered a good indicator of age at puberty and can be used as selection criteria. The search for causal mutations in candidate genes can helpful to improve the accuracy of genomic prediction if used to design low-density chips. The objective of this study was to identify polymorphism in candidate genes associated with puberty in heifers. DNA sequences were obtained from 380 Nellore heifers from exons sequencing of PPP3CA and FABP4 genes through MiSeq® equipment (Illumina, Inc.). From these sequences were found two SNP in the region of PPP3CA gene and 13 variations in the gene FABP4. Among these 15 variations 12 were SNP and one was a deletion, and this deletion was detected in all samples sequenced, which leads us to conclude that this may be a variation between Nellore and Hereford. One haplotype consisting of four SNP located in the FABP4 and nine SNP, that were analyzed separately, had not a significant effect at the p <0.05 on OPP characteristic. Also were analyzed RNA sequences from Brangus heifers in 62 candidate genes associated with puberty with the aim to discovery SNP in these regions. Were detected 1157 SNP in the region of 46 gene. These SNP were compared with SNP detected from RNA sequences from four breeds, Angus, Brahma, Nellore and Holstein. One hundred and seventy-two SNP were matched in all breeds. From Brangus RNA sequences were also detected 160 new transcripts in the region of 42 candidate genes and five genes not annotated that overlap the region of candidate genes. Detection of new transcripts and genes is essential to enrich the bovine genome annotation. The mutations detected can be used for the customization of low density chips and future genomics selection strategies.

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Resumo: A habilidade de permanência no rebanho (HPR) é medida tardiamente na vida do animal. Com isso, quando esta característica é usada como critério de seleção, o intervalo de geração, definido como a média de idade dos pais ao nascimento da progênie, tende a aumentar, provocando a diminuição do ganho genético. A mensuração das fêmeas em uma idade mais precoce seria uma forma de contornar este problema. Neste sentido, um melhor entendimento das regiões genômicas envolvidas na expressão desta característica em diferentes idades/partos é necessário. O objetivo com o presente estudo foi, então, identificar regiões genômicas associadas à HPR medida em diferentes partos de fêmeas da raça Nelore. Considerando apenas fêmeas com idade ao primeiro parto de até 40 meses, os fenótipos para HPR foram gerados observando se cada fêmea teve oportunidade de permanecer no rebanho do segundo ao oitavo parto, de maneira que cada vaca poderia ter até sete observações para HPR. Ao final, o banco de dados possuía 195.452, 161.261, 130.236, 103.043, 79.844, 62.663 e 47.045 fêmeas com fenótipos para o segundo, terceiro, quarto, quinto, sexto, sétimo e oitavo parto, respectivamente. Do total de animais no banco de dados, 3.849 (2.720 fêmeas e 1.129 touros) apresentavam informações genotípicas de 472.640 marcadores do tipo SNPs (Illumina BovineHD BeadChip). Ao todo, foram realizadas sete análises uni-características, considerando modelos thresholds com função de ligação probit. A metodologia do single-step... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Stayability (STAY) is a trait measured late in the animal's life. Thus, when this trait is used as selection criteria, the generation interval, defined as the parents average age at the progeny birth, tends to increase, causing a decrease in the genetic gain. Measuring females at an earlier age could be a way to circumvent this problem. In this sense, a better understanding of genomic regions involved in the expression of this trait at different ages/calving is necessary. The objective of the present study was to identify genomic regions associated with STAY measured in different calving of Nelore females. Considering only females that had their first calving up to 40 months of age, the phenotypes for STAY were generated by observing whether each female had the opportunity to remain in the herd from the second to the eighth calving, in such a way that each cow could have up to seven records. The final dataset had 195,452, 161,261, 130,236, 103,043, 79,844, 62,663 and 47,045 females with phenotypes for the second, third, fourth, fifth, sixth, seventh and eighth calving, respectively. In total, 3,849 (2,720 females and 1,129 bulls) animals from the whole dataset used in the analyses had genotypic information of 472,640 SNPs (Illumina BovineHD BeadChip) markers. In total, seven single-trait analyzes were performed considering threshold animal models with probit link function. The single-step GBLUP methodology was used to estimate variance components for STAY at each calving as w... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-16Bitstream added on 2014-06-13T19:12:58Z : No. of bitstreams: 1 leite_cds_me_jabo.pdf: 286709 bytes, checksum: 5dbd29633c088bfd8c09e91c549a77c3 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A seleção baseada em características reprodutivas tem sido muito empregada em programas de melhoramento genético de suíno. Assim, objetivaram-se avaliar os efeitos ambientais e genéticos que influenciam o intervalo desmame-cio (IDC) e verificar sua influência no número de nascidos total (TL), nascidos vivos (NV) e mortos (NM) em fêmeas suínas. Para análise dos efeitos ambientais, utilizaram-se 8.104 dados da 1ª a 6ª ordem de parição, e, para as estimativas dos parâmetros genéticos, apenas as informações do 1º ao 3º IDC, o que resultou em 6.548 observações, que foram analisadas pelo método REML, utilizando-se modelos uni e multicaracterística. Para este último, considerou-se cada IDC (1º, 2º e 3º) como uma característica distinta. Avaliaram-se, também, as correlações genéticas entre o IDC, TL, NM e idade ao primeiro parto (IPP). Para os fatores ambientais, o modelo incluiu como efeitos fixos rebanho, linhagem, ano (AP) e estação (EP) de parto, e as covariáveis idade da porca ao parto (IDPP), TL e duração da lactação (DL). A DL, na forma linear, e a IDPP, na forma quadrática, influenciaram o IDC. Rebanho, AP e EP foram fontes de variação significativas, enquanto TL e linhagem não o foram. Não foi observada influência do IDC sobre TL, NV, nem sobre NM. A herdabilidade estimada para o IDC pelo modelo de repetibilidade foi baixa. As correlações genéticas entre os IDC (1º, 2º e 3º) foram de moderada a baixa magnitude, evidenciando que o modelo multicaracterística é mais indicado para as estimativas de parâmetro genético nessa população. As correlações genéticas entre IDC, TL e NM, assim como IDC e IPP foram favoráveis à seleção. / Selection for reproductive traits has been largely used in swine breeding programs. The aims of this study were to evaluate environmental and genetic effects that affect the weaning-to-estrus interval (WEI) in sows and to assess their influence on litter size (LS), number of live born (LP) and dead born piglets (DP). Data consisting of 8,104 WEI from the 1st to 6th farrowing recorded in two herds were used for environmental analysis, but for estimating the genetic parameters only data from the 1st to 3rd farrowing were used, totalling 6,548 records. Genetic analysis was performed using the REML method with single and multitrait models, where each WEI was considered as a different trait. Genetic correlations among WEI, LS, DP and age at first farrowing (AFF) were also estimated using a multitrait model. For the environmental analysis, the model included as fixed effects the herd, line, and year (YF) and season (SF) of farrowing, and as covariates the sow’s age at farrowing (SAF), LS, and lactation length (LL). The effects were linear for LL and quadratic for SAF. The herd, YF and SF were important sources of variation, whereas LS and line were not significant. There were no effects of WEI on the litter traits (LS, LP and DP). The heritability estimated for WEI was low, and genetic correlations among its different intervals were of moderate to low magnitude, evidencing that a multitrait model was more indicated for estimating the genetic parameters for this trait in this population. The genetic correlations between WEI and LS, DP and AFF would be favourable in a selection.

The objective of this study was to estimate the values of the (co)variance components and genetic parameters for reproductive traits in Santa Inês sheep raised in different states and registered with the Associação Sergipana dos Criadores de Caprinos e Ovinos (Goat and Sheep Breeders Association of Sergipe). The database used was provided by the Association and comprised pedigree observations originating from 11,483 registered individuals, out of which 2,238 were born in the program and had calving records, being part of the relationship matrix. After restriction application, there remained 843 animals for analysis which had data related to the age at first calving (IPP1), 151 with data related to the median calving interval (IPM2), and 151 to the interval between first and second calvings (IPS3). To obtain the values of (co)variance components and genetic parameters, we used the Bayesian inference under an animal model with the Gibbs sampling algorithm aided by the MTGSAM program. The two-trait linear model used considered the contemporary group as the fixed effect for IPP1, IPM2, and IPS3, and the type of calving and the age of the animal at calving as the covariate effect. The estimated values of h2 for IPP1, IPM2, and IPS3 were equal to 0.19 ± 0.0459, 0.0169 ± 0:36, and 0:35 ± 0.016 respectively. The estimated heritability for IPP1is considered average and the values for IPM2 and IPS3 were considered high, which leads to the conclusion that these characteristics can be used as selection criteria in a breeding program of Santa Inês sheep. The estimated value for the correlation between IPP1 and IPM2, and IPP1 and IP2, were negative and equal to rg12 = -0.2569 ± 0.0546, rg13= -0.1134 ± 0.0553, which were physiological expected low values that represent a trend which suggests individual selection for those traits. However, the rg23 shows a positive and high trend of 0.9601 ± 0.0091 for IPM2 and IPS3 suggesting indirect selection as the best option for these traits. / Objetivou-se estimar componentes de (co)variância e parâmetros genéticos para características reprodutivas de ovinos Santa Inês, criados em diferentes estados e registrados na Associação Sergipana dos Criadores de Caprinos e Ovinos. O banco de dados utilizado foi fornecido por esta associação, composto por observações de pedigree originadas de 11.483 indivíduos registrados dos quais 2.238 eram nascidos no programa e tinham registro de parto, permanecendo na matriz de parentesco. Após a aplicação das restrições, foram mantidas na análise 843 animais com dados referentes a característica idade ao primeiro parto (IPP1), 151 referentes a intervalo médio ao parto (IPM2) e 151 para intervalo entre primeiro e segundo parto (IPS3). Para obter os valores dos componentes de (co)variância e parâmetros genéticos utilizou-se analise bayesiana sob modelo animal mediante o algorismo Amostrador de Gibbs com o auxilio do programa MTGSAM. O modelo linear bicaracterística utilizado considerava como efeito fixo o grupo contemporâneo para as características IPP1, IPM2 e IPS3, considerou-se o efeito do tipo de parto e a idade do animal ao parto como efeito (co)variável. Os valores de h2 estimados para IPP1, IPM2 e IPS3 foram iguais a 0.19±0.0459, 0.36±0.0169 e 0.35±0.016 respectivamente. O valor estimado da herdabilidade para IPP1 é considerado médio e os valor para IPM2 e IPS3 alto, fato que leva a concluir que estas característica podem ser usadas como critério de seleção em um programa de melhoramento de ovinos da raça Santa Inês. O valor estimado para a correlação entre características IPP1 e IMP2; IPP1 e IPS2 foram negativos e iguais a rg12= -0.2569 ± 0.0546, rg13= -0.1134 ± 0.0553 valores fisiologicamente esperados de baixa magnitude que sugerem seleção individual para essas características, entretanto para IPM2 e IPS3 a rg23 mostra tendência positiva e muito elevada igual a rg23= 0.9601 ± 0.0091 valor que indica a seleção indireta o melhor caminho.