Made available in DSpace on 2014-08-26T17:15:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 60.pdf: 1087420 bytes, checksum: d43c3b6da28a66b2ee5f2ae5c11fc7ae (MD5) Previous issue date: 2010 / Cronobacter spp. (Enterobacter sakazakii) são patógenos emergentes associados a surtos de meningite, enterocolite necrosante e septicemia em neonatos em diversos países. A taxa de mortalidade relatada varia de 40 a 80% e os sobreviventes apresentam seqüelas neurológicas severas. O desenvolvimento da infecção está associado ao consumo de fórmulas infantis desidratadas. As metodologias atualmente disponíveis para o isolamento de Cronobacter spp. apresentam discrepâncias e a identificação bioquímica não é esclarecedora. Assim, torna-se necessário que metodologias confiáveis para o isolamento e identificação desses micro-organismos estejam disponíveis. Outro ponto ainda não esclarecido são os mecanismos de virulência utilizados por esses patógenos para o desenvolvimento de infecções em humanos. Os objetivos desse estudo foram o desenvolvimento de um método rápido e eficiente para a identificação de Cronobacter spp., a avaliação do perfil de resistência a antimicrobianos e a avaliação da presença de alguns fatores de virulência. Foram utilizadas inicialmente cepas de referência de Cronobacter spp e 37 isolados previamente identificados como pertencentes ao gênero. O novo protocolo foi considerado 100% sensível e específico quando comparado aos demais métodos utilizados, indicando sua utlidade. O estudo de fatores de virulência revelou que Cronobacter spp. tem desenvolvido resistência aos β-lactâmicos e cefalosporinas, é capaz de formar cápsula, biofilme, e apresentar atividade de protease e atividade hemolítica. Nesse estudo relata-se pela primeira vez a presença de hemaglutininas associadas a pili tipo 3, enquanto algumas cepas apresentaram hemaglutininas associadas a pili tipo 1. Também foi demonstrada a atividade citotóxica em células Vero e a capacidade de invasão dessas células por Cronobacter spp. Os resultados desse estudo sugerem que todas as espécies do gênero Cronobacter apresentam potencial patogênico e que autoridades de saúde pública, produtores de alimentos e pessoas responsáveis pelo cuidado de indivíduos que fazem parte dos grupos de risco devem dedicar especial atenção ao controle de ambientes e à qualidade microbiológica de produtos destinados a esses grupos de modo a minimizar o risco de infecção por esses micro-organismos. / Cronobacter spp. (Enterobacter sakazakii) is an emerging foodborne pathogen associated with outbreaks of meningitis, necrotizing enterocolitis and sepsis in neonates in different countries. The reported mortality rate ranges from 40 to 80% and the survivors present severe neurological sequela. Development of the infection is associated with the consumption of powdered infant formula. The available methodologies employed for the isolation of Cronobacter spp. lack the necessary specificity and the biochemical identification remains non-conclusive. For these reasons, it is necessary to develop reliable methodologies for the isolation and identification of these microorganisms. Another issue still to be clarified refers to the virulence mechanisms associated with human infections. The objectives of this study were to develop a rapid and efficient method to identify Cronobacter, to evaluate the antimicrobial resistance of the strains, and to evaluate the presence of some virulence factors. Initially, reference strains of Cronobacter, and 37 isolates that had been previously identified as members of the genus were used. The proposed protocol showed 100% sensitivity and specificity when compared to the other methods used, indicating its usefulness. Studies on virulence factors revealed that Cronobacter spp. has developed resistance to β-lactams and cephalosporins, is able to form capsule, biofilm, and presents protease and hemolytic activities. This study reports, for the first time in literature, the presence of hemagglutinins associated with type 3 pili and it was also shown that some strains presented previously described hemagglutinins associated with type 1 pili. Cytotoxic activity in Vero cells and the invasiveness of these cells by Cronobacter spp were also demonstrated. The results of this study suggest that all species of the genus Cronobacter have pathogenic potential and public health authorities, food producers and caregivers should pay careful attention to issues associated with environment control and with the microbial quality of the products associated with the risk groups in order to minimize the risk of infection with these microorganisms.

A doença de Chagas ou tripanossomíase americana é uma doença zoonótica, transmitida pelas fezes do inseto triatomíneo, pertencente à família Reduviidae, subfamília Triatominae. Estima-se que 8 milhões de pessoas estejam infectas por T. cruzi em todo o mundo e 25 milhões de pessoas estejam sob o risco de infecção. Durante a prenhez, a demanda de zinco no organismo é aumentada, razão pela qual as mulheres grávidas são mais suscetíveis a apresentarem déficit deste micronutriente. O zinco é um oligoelemento com função essencial no crescimento, desenvolvimento, diferenciação celular e sistema imunológico. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar a influência do zinco na ativação de diferentes compartimentos do sistema imune em ratas Wistar prenhas infectadas pela cepa Y de T. cruzi. Foram utilizados 4 grupos experimentais: prenhas infectadas sem tratamento (PI), prenhas infectadas tratadas com sulfato de zinco (PIZ), prenhas controles sem tratamento (PC), prenhas controles tratadas com sulfato de zinco (PCZ). Fêmeas do grupo infectado foram acasaladas trinta dias após a infecção e o tratamento com zinco (20 mg/kg/dia) foi efetuado durante 18 dias. Os animais foram eutanasiados no 18° dia da prenhez (48°dia da infecção). Foram avaliados os seguintes parâmetros: população de macrófagos, produção de nitrito e expressão de RT1B (MHC II) no lavado peritoneal; proliferação de linfócitos (CFSE), perfil apoptótico (anexina V e iodeto de propídeo), expressão fenotípica de linfócitos CD161+, CD3+CD161+, TCD3+CD4+, TCD3+CD8+, expressão de CD11a+, CD28+, células apresentadoras de antígenos CD11b/c+, moléculas coestimulatórias, CD80+,CD86+, linfócito B (CD45RA), células T reguladoras TCD3+CD4+CD25+Foxp3high, perfil de memória CD62L/CD44high. Também foram avaliadas citocinas intracelulares produzidas por linfócitos esplênicos (IL-4, IL- 10, IFN-?, TNF-? e quimiocina MCP-1), citocinas do soro (IL- 2, IL- 4, IL- 6, IL- 10, IL- 12, IL- 17, TGF- ?, INF-? e TNF-?), corticosterona plasmática, zinco sérico, e análise molecular de amostras fixadas (coração, placenta e fetos) para detecção de DNA ii genômico de T. cruzi. Nossos resultados mostraram que o tratamento com zinco aumentou as concentrações de nitrito e expressão de RT1B em macrófagos. Por outro lado, observou-se uma diminuição no perfil de proliferação de esplenócitos e no percentual de células em apoptose. Em relação às populações de linfócitos, o tratamento com zinco diminuiu o percentual de células NKT+, TCD4+, TCD8+ e Treg. Foi possível observar ainda, uma diminuição na produção de TNF-? e IFN-?, e aumento de IL-17 e TGF-?. Desta forma, os resultados mostraram que o zinco exerce papel modulador nos diferentes parâmetros imunológicos em ratas prenhas infectadas com T. cruzi / Chagas disease or American trypanosomiasis is a zoonotic disease, transmitted by the feces of the triatomine insect, belonging to the Reduviidae family, Triatominae subfamily. It is estimated that 8 million people worldwide are infected with T. cruzi and 25 million people are under risk of infection. During pregnancy, an increased demand for zinc is observed, reason why pregnant women are more likely to have a deficit in this micronutrient. Zinc is a trace element which plays an essential function during growth, development, cellular differentiation and immune response. Thus, the goal of this study was to evaluate the influence of zinc on the activation of different compartments of the immune system in pregnant Wistar rats infected with T. cruzi Y strain. Four experimental groups were used: infected pregnant without treatment (PI) and infected pregnant treated with zinc sulfate (PIZ), pregnant controls without treatment (PC), pregnant controls treated with zinc sulfate (PCZ). Females from infected group were mated 30 days post infection and treatment with zinc (20mg/kg/day) was performed for 18 days. Animals were euthanized on the 18th day of pregnancy (48th day of infection). The following parameters were evaluated: macrophages subsets, nitrite production and RT1B (MHC II) expression in the peritoneal exudate; Lymphocyte proliferation (CFSE), apoptotic profile (annexin V and propidium iodide), phenotype expression of CD161+ lymphocytes, CD3+ CD161+, TCD3+ CD4+, TCD3+ CD8+, CD11a+, CD28+, CD11b/c+, CD45RA, TCD3+ CD4+ CD25+ Foxp3high regulatory T cells, CD62L/CD44high memory profile. Intracellular cytokines produced by splenic lymphocytes (IL-4, IL-10, IFN-?, TNF-? and MCP- 1 chemokine), serum cytokines (IL-2, IL-4, IL- 10, IL-12, IL-17, TGF-?, INF-? and TNF-?), plasma corticosterone, serum zinc, and molecular analysis of fixed samples (heart, placenta and fetuses) for detection of T. cruzi genomic DNA. Our results demonstrated that zinc treatment increased nitrite concentrations and RT1B expression in macrophages. On the other hand, there was a decrease in splenocytes proliferation and in the percentage of apoptosis. Furthermore, zinc therapy decreased the percentage of NKT+, TCD4+, TCD8+ and Treg cells. Besides, zinc treatment decreases TNF-? and IFN-? and increase IL-17 and TGF-? production. Indeed, our results demonstrated that actually zinc exerts a modulatory role on the different immune responses as well as cellular subsets from T. cruzi infected and pregnant rats.

Made available in DSpace on 2015-04-22T22:06:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Andreia Santa Rita Machado.pdf: 2387947 bytes, checksum: d35cf07d159853de28eceb1bc4ec7852 (MD5) Previous issue date: 2013-12-28 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Salmonella sp. lives in the intestinal tract of many warm and cold blooded animals. Salmonella can cause mild gastroenteritis and severe invasive diseases. Those are responsible for 216 thousands deaths /year, and are most commonly linked with areas of low socioeconomic status and sanitation. The aim of this study was to describe the genotypic and phenotypic characteristics of Salmonella isolated from countryside and urban areas of Manaus / AM. Samples were collected from children 0-10 years old with and without diarrhea in the urban area and in the countryside samples were collected from stools of adults, children, animals, and the water. These strains were isolated in liquid sodium Tetrationado, then, sown on solid media selective for Salmonella, reproduced in predetermined conditions for Salmonella. Colonies were then selected with morphological characteristics for Salmonella and sown in biochemical tests for phenotypic characterization and identification. We performed the amplification and sequencing of 16S rRNA and analyzed genetic similarity using the Pulsed Field technique for genotypic characterization and identification of these strains. In total, 22 Salmonella samples were characterized, 3 of (13.6%) S. Paratyphi B, 3 of (13.6%) S. Javiana, 3 of (13.6%) S. enterica subsp. arizonae, 3 of (13.6%) Salmonella enterica, 3 of (13.6%) Salmonella sp., 2 of (9%) S. Bareilly, 2 of (9%) S. Typhimurium, 1of (4.5%) S. Agona, 1 of (4.5%) S. Stanley and 1 of (4.5%) S. Enteritidis. Among the 22 isolates, 100% were sensitive to Ciprofloxacin, 10 (46%) were resistant to Nitrofurantoin and 8 (36, 3%) were resistant to Sulfametaxazol + trimethropim. These strains have the ability to cause infections. All of them presented virulence factors with invasion, adhesion and survival capacity into the cell. The genetic similarity analysis generated different profiles among clinical isolates and wild isolates. We must call attention to this type of research and continue focusing on improving the diagnosis and decreasing resistance to antibiotics and ultimately the creation of programs for control and prevention of that disease. / As salmonelas fazem parte da microbiota intestinal de muitos animais de sangue quente e frio. Podem causar gastroenterite leve ou até mesmo doenças invasivas graves, causadoras de 216 mil mortes/ano, e geralmente está associada a regiões de baixos níveis socioeconômicos e de saneamento básico. O objetivo deste estudo foi descrever as características genotípicas e fenotípicas de Salmonella isolada de área rural e urbana de Manaus/AM. Foram utilizadas amostras diarreicas coletadas de crianças de 0 a 10 anos de idade e amostras não diarreicas, coletadas de adultos, crianças, animais, além de amostras da água. Estas amostras foram isoladas em meio líquido Tetrationato de sódio, semeadas em meios sólidos seletivos para Salmonella. Em seguida foram selecionadas colônias com as características morfológicas para Salmonella e semeadas em provas bioquímicas para a caracterização fenotípica e identificação. Foi realizada a amplificação e o sequenciamento do gene 16S rRNA e análise da similaridade genética pela técnica de Pulsed Field para caracterização genotípica e identificação destas cepas. No total foram caracterizadas 22 salmonelas, sendo 3 (13,6%) S. Paratyphi B, 3 (13,6%) S. Javiana, 3 (13,6%) S. enterica subsp. arizonae, 3 (13,6%) Salmonella enterica, 3 (13,6%) Salmonella sp., 2 (9%) S. Bareilly, 2 (9%) S. Typhimurium, 1 (4,5%) S. Agona, 1 (4,5%) S. Stanley e 1 (4,5%) S. Enteritidis. Entre os 22 isolados, 100% foram sensíveis a ciprofloxacina e, 10 (46%) resistentes a Nitrofurantoína e 8 (36, 3%) a Sulfametaxazol + trimetropima. Estas cepas têm a capacidade para causar infecções invasivas, pois todas apresentaram fatores de virulência com capacidade de invasão, aderência e sobrevivência no interior da célula. A análise de similaridade genética formou perfis diferentes entre os isolados clínicos e isolados selvagens. Chama-se a atenção para realização contínua desse tipo de pesquisa, visando a melhoria no diagnóstico e diminuição da resistência aos antibióticos, além da criação de programas de controle e prevenção da doença.

Made available in DSpace on 2017-07-10T17:37:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Katia Kabroski Andrioli.pdf: 1857849 bytes, checksum: 6d9dcc608c1be92e28d7a708d3503ce6 (MD5) Previous issue date: 2016-02-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Quinoa is a food crop that has received great importance for the high nutritional value in proteins and amino acids. Endophytic bacteria inhabit the interior of plant tissues and promote direct and indirect benefits to plants. The association between quinoa and endophytic bacteria has not been studied. The aim of this study was to evaluate the occurrence of endophytic bacteria with potential for plant growth promotion associated with quinoa plants. The quinoa seeds were seeding in arable and forest soil in Entre Rios do Oeste and Toledo. The isolation was done 40 days after the seed germination, using quinoa roots as baits. The 10-2 to 10-7 dilutions were plated on solid media and inoculated into semi-solid media, both semi-specific and N-free. From the semi-solid media, the count was performed employing the method of the Most Probable Number (MPN). The phosphate solubilization test and the indol-acetic acid (IAA) phytohormone production in the isolates were performed to characterize the plant growth promoting. We obtained 130 colonies of endophytic bacteria, these, seven from the semi-solid media. The MPN ranged from not detected to 1,5x105cells per g-1 root. We observed a large morphological diversity from the phenotypic characterization and there was the formation of 14 groups to 70% of dissimilarity. All bacteria produced IAA in greater or lesser amount with the range of 0.90 to 63.42 μg mg-1 of protein. However, only 40% of the isolates showed phosphate solubilization halo. The morphophysiological characterization enabled to group the isolates with similar traits and the growth promotion tests have identified promising isolates for field tests / A quinoa é um alimento que tem recebido grande importância devido a seu alto valor nutricional em proteínas e aminoácidos. Bactérias endofíticas vivem no interior dos tecidos de plantas e promovem benefícios diretos e indiretos para as plantas. Em quinoa, a associação das bactérias endofíticas ainda não tinha sido estudada. O objetivo deste trabalho foi avaliar a ocorrência de bactérias endofíticas com potencial de promoção de crescimento vegetal associadas a plantas de quinoa. As sementes de quinoa foram semeadas em solo agricultável e de floresta nos municípios de Entre Rios do Oeste e Toledo. O isolamento foi realizado aos 40 dias após a germinação das sementes, utilizando-se raízes de quinoa como iscas. Diluições de 10-2 a 10-7 foram plaqueadas em meios sólidos e inoculadas em meios semissólidos, ambos semi-seletivos e isentos de nitrogênio. A partir dos meios de cultura semissólidos ainda, foi realizada a contagem empregando-se o método do Número Mais Provável (NMP). O teste de solubilização de fosfato e produção do fitohormônio ácido indolacético (AIA) dos isolados foi realizado para caracterização da promoção de crescimento vegetal. Foram obtidas 130 colônias de bactérias endofíticas, destas, sete a partir dos meios semissólidos. O NMP variou de não detectado a 1,5x105 células g-1 de raiz. Da caracterização fenotípica observou-se grande diversidade morfológica com a formação de 14 grupos a 70% de dissimilaridade. Todas as bactérias produziram AIA em maior ou menor quantidade, com variação de 0,90 a 63,42 μg mg-1 de proteína. No entanto, apenas 40% dos isolados apresentou halo de solubilização de fosfato. A caracterização morfofisiológica possibilitou agrupar os isolados de traços semelhantes e os testes de promoção de crescimento identificaram os isolados promissores para testes a campo

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-09-29T15:27:32Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoFenotipicaIsolados.pdf: 1039438 bytes, checksum: 3c6c87cbf938c2196c47c8af4a7fe355 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-10-02T16:49:44Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoFenotipicaIsolados.pdf: 1039438 bytes, checksum: 3c6c87cbf938c2196c47c8af4a7fe355 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-02T16:49:44Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoFenotipicaIsolados.pdf: 1039438 bytes, checksum: 3c6c87cbf938c2196c47c8af4a7fe355 (MD5) Previous issue date: 2005-02-25 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Cryptococcus neoformans foi descrito como patógeno humano em 1894. Desde então, estudos abrangendo aspectos da biologia, taxonomia, ecologia e epidemiologia do fungo , vêm se desenvolvendo com significante importância para a medicina e para o meio ambiente. O fungo foi recentemente classificado em duas espécies distintas, C. neoformans (sorotipo A, D e AD) e C. gattii (sorotipos B e C), cada uma com características morfológicas e genéticas bem definidas, assim como seus aspectos ecológicos e epidemiológicos. C. neoformans acomete principalmente indivíduos imunocomprometidos, especialmente aqueles infectados pelo HIV, enquanto C. gattii infecta principalmente indivíduos imunocompetentes, atingindo todas as faixas etárias. Os fatores principais que determinam a patogênese da criptococose são relacionados com a situação de defesa do hospedeiro, o tamanho do inóculo e a virulência da cepa, sendo este último determinado por quatro características principais: a cápsula polissacarídica, a produção de melanina, a diferença de tipos sexuados (MAT e MATa) e a termotolerância. O fungo possui ciclo de vida transitório entre formas leveduriformes haplóides e formas filamentosas dicarióticas. A reprodução sexuada envolve mistura de material genético de parentais que formam progênies contendo características genéticas de ambos. A forma sexuada pode ocorrer através de um processo conhecido como frutificação haplóide. As espécies são heterotálicas, com dois tipos sexuados MAT e MATa. Estudos de caracterização fenotípica, incluindo a identificação da espécie, sorotipo e tipo sexuado tem grande relevância para a condução de estudos mais aprofundados devido ao estreito relacionamento entre seus aspectos ecológicos variáveis e seu ciclo de desenvolvimento e multiplicação, especialmente para o Norte e Nordeste do Brasil, onde o sorotipo B destaca-se como principal agente de meningite fúngica em hospedeiros normais. Este trabalho utilizou a técnica do CGB para a análise metabólica (identificação da espécie), onde 28 cepas apresentaram resultado positivo, caracterizando C. gattii e duas apresentaram resultado negativo, caracterizando C. neoformans . Os resultados de sorotipagem, realizados através de teste de aglutinação revelaram 28 cepas do sorotipo B e duas do sorotipo A. A determinação do tipo sexuado foi realizada através de técnica de PCR e todas as amostras eram MAT. / Cryptococcus neoformans was described as human pathogen in 1894. Since then, studies about fungal aspects as biology, taxonomy, ecology and epidemiology have been developed with great importance to medicine and the environment. The fungus was recently classified in two separated species, C. neoformans (serotypes A, D and AD) and C. gattii (serotypes B and C) each one with well defined genetic and morphological features as well as ecology and epidemiology aspects. C. neoformans occurs mainly in immunocompromised hosts, especially those infected by HIV. In the other hand, C. gattii infects mainly immunocompetents individuals to all lifetimes. The main factors determining the cryptococcosys pathogenesis have relations with the host defenses state, the size of particle and strain virulence, this last for four main features: the polyssacharide capsule, the melanin production, the mating types (MAT and MATa) and thermotolerance. The fungus has a transitory life cycle between haploid yeast form and dykariotic filamentous forms. The sexual cycles includes a mixture of genetic parental genes that form progenies containing the genetic characteristics of both. The asexual cycle occurs through a process know as haploid fruiting. The species are heterothallic with two mating types MAT and MATa. Phenotypic characterization studies, including the species identification, serotype and mating type have a great importance for conductions of profound studies because of the close relation between the ecological variants features and its development cycle and multiplication, especially in Brazilian regions North and Northeast where serotype B is the most prevalent cause of meningitis in ordinary hosts. This work used the CGB techniques for methabolic analysis (species identification), where 28 strains were positive, characterizing C. gattii and two were negative, characterizing C. neoformans. The serotyping results, make among agglutination test reveals 28 strains of serotype B and two of serotype A. The mating type was realized by PCR technique and all strains were MAT.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-09-19T14:17:58Z No. of bitstreams: 1 Meriam Nefizaoui.pdf: 5601058 bytes, checksum: 44a53bf80f39049d126bf3572e2575b2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-19T14:17:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Meriam Nefizaoui.pdf: 5601058 bytes, checksum: 44a53bf80f39049d126bf3572e2575b2 (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / Around 2.5 billion people – 30 percent of the world’s population – live in the dry areas, which cover more than 40 percent of the world’s land surface. Scarce natural resources, land degradation and frequent droughts severely challenge food production in these areas. Both North Africa (Morocco, Algeria, Tunisia) and the North East of Brazil fall under arid and semi-arid climate. Cacti have developed phenological, physiological and structural adaptations for growth and survival in arid environments where they have multiple functions (food, feed, soil conservation, etc.). Cacti are well positioned to cope with future global climate change; they can generate, under arid conditions, a carbon sequestration equivalent to 30 tons of CO2 ha-1year-1. Cactus pear, the most commonly cropped belongs to the genus Opuntia and compared to other species, Opuntia ficus-indica is the most spread over all continents. The continuous morphological variation within the genus, the lack of clear descriptors for each species, and the relative ease of cross hybridization has led to an erroneous species designation. To overcome these problems, molecular markers might be useful tools to help unravel uncertainties in classification that are not addressed by morphological characterization. The objective of this contribution is to assess the genetic diversity of two cactus collections using morphological and molecular traits. The in-situ collections are located at IPA in Northeast of Brazil with 300 accessions oriented toward forage production and at INRA Agadir station with 20 accessions representative of the Mediterranean Basin. Phenotypic characterization was achieved using FAO Cactusnet descriptor while the molecular characterization used the SSR (Simple Sequence Repeats) technique and 8 recently recommended primers (Opuntia 3, Opuntia 5, Opuntia 9, Opuntia 11, Opuntia 12, Opuntia 13, Ops 9 and Ops 24). Phenotypic data have been submitted to principal component analysis (PCA) and agglomerative hierarchical clustering (AHC) using XLSTAT 2015 package. The Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) dendrogram based on Nei’s genetic distance has been used for molecular, and the relationship between morphological and molecular traits was assessed by Mantel test. Results show that accessions may be discriminated by the morphological descriptors. Many of these morphological descriptors are significantly correlated as the number of cladodes and the number of fruits (r=0.73), the number of cladodes and the plant diameter (r=0.73), the length of the cladode and the plant height (r=0.7), the length of the spine and the number of areoles (r=0.67). Principal Component Analysis (PCA) and Agglomerative Hierarchical Clustering (AHC) are good tools to segregate accessions using a reduced number of morphological descriptors. The cladode shape and the number of spines and areoles are the recommended descriptors, and are capable de discriminate accessions with a suitable accuracy. SSR analysis revealed 72 alleles with an average allele number of 9 per locus. All microsatellites used were found to be discriminative with a mean value of Polymorphic Information Content (PIC) estimated at 0.458. Genetic dissimilarities estimated between the accessions varied widely, suggesting that an important genetic variability exist in the collection. All the markers used were either informative or highly informative and can be recommended to detect genetic diversity in Opuntia species; the most discriminant markers are Ops 24 and Opuntia 9 and the less discriminant is Opuntia 5. The relationship between phenotypic traits and the allele based genetic distances from the SSR analysis was highly significant (r=0.4, p=0.01) and obtained for the first time while using SSR for molecular characterization. Consequently, SSR technique is one of the best tools to assess the level of genetic diversity in Opuntia germplasm collections; it complements phenotypic characterization and it is recommended for planning breeding programs and to revise the current taxonomical classification. / Cerca de 2,5 milhões de pessoas - 30% da população mundial - vivem nas áreas secas que cobrem mais de 40% da superfície terrestre do mundo. Os recursos naturais escassos, a degradação da terra e secas frequentes desafiam severamente a produção de alimentos nessas áreas. Tanto o Norte da África (Marrocos, Argélia, Tunísia) quanto o Nordeste do Brasil se encontram nestas condições. Cactus desenvolveram adaptações fenológicas, fisiológicas e estruturais para o crescimento e a sobrevivência em ambientes áridos onde eles possuem múltiplas funções de uso (alimento, pasto, conservação do solo, etc). Cactus são bem posicionados para lidar com futuras alterações climáticas globais já que eles podem gerar, sob condições áridas, um sequestro de carbono equivalente a 30 toneladas de CO2 por hectare ao ano. A palma é o cactus mais comumente cultivado, pertence ao gênero Opuntia e em comparação com outras espécies, Opuntia ficus-indica é a mais encontrada por todos os continentes. A variação morfológica dentro do gênero, a falta de descritores claros para cada espécie, e a facilidade relativa de hibridação cruzada levou a uma designação de espécies errada. Para superar estes problemas, os marcadores moleculares podem ser ferramentas úteis para ajudar a desvendar incertezas na classificação que não são abordadas pela caracterização morfológica. O objetivo desta contribuição é avaliar a diversidade genética de duas coleções de palma utilizando características morfológicas e moleculares. As coleções in-situ estão localizadas no IPA no Nordeste do Brasil com 300 acessos orientados para a produção de forragem e no INRA - estação de Agadir com 20 acessos representante da Bacia do Mediterrâneo. A caracterização fenotípica foi realizada usando descritores da FAO CactusNet enquanto que a caracterização molecular foi efetuada através da técnica SSR (Simple Sequence Repeats) com 8 marcadores recomendados recentemente (Opuntia 3, Opuntia 5, Opuntia 9, Opuntia 11, Opuntia 12, Opuntia 13, Ops 9 and Ops 24). Os dados fenotípicos foram submetidos à análise de componentes principais (PCA) e ao Agrupamento Hierárquico Aglomerativo (AHC) usando o pacote XLSTAT 2015. O dendrograma obtido pelo UPGMA (método de média aritmética não ponderada), com base na distância genética de Nei, foi usado para as análises moleculares. Já a relação entre as características morfológicas e moleculares foi avaliada pelo teste de Mantel. Os resultados mostram que os acessos podem ser discriminados pelos descritores morfológicos. Muitos destes descritores são significativamente correlacionados como o número de cladódios e o número de frutos (r=0.73), o número de cladódios e o diâmetro da planta (r=0.73), o comprimento do cladódio e a altura da planta (r=0.7), o comprimento do espinho e o número de auréolas (r=0.67). A análise em componentes principais (ACP) e o agrupamento hierárquico aglomerativo (AHC) são boas ferramentas para distinguir acessos utilizando um número reduzido de descritores morfológicos. A forma do cladódio, o número de espinhos e auréolas são os descritores recomendados, sendo capazes de discriminar acessos com precisão adequada. A análise SSR revelou 72 alelos com um número médio de 9 alelos por locus. Todos os microssatélites utilizados se revelaram discriminativos com um valor médio de conteúdo de informação polimórfica (PIC) de 0,458. As similaridades genéticas estimadas entre os acessos variaram muito, o que sugere que existe uma importante variabilidade genética na coleção. Todos os marcadores utilizados foram informativos ou altamente informativos, podendo ser recomendados para detectar a diversidade genética em espécies de Opuntia, sendo que os mais são Ops 24 e Opuntia 9 e Opuntia 5 é o menos discriminante. A relação entre as características fenotípicas e as distâncias genéticas baseadas nos alelos da análise SSR foi altamente significativa (r=0.4, p=0.01) e obtida pela primeira vez na caracterização molecular pela técnica SSR. Consequentemente, esta última é uma das melhores ferramentas para avaliar o nível de diversidade genética nas coleções de germoplasma Opuntia; complementa caracterização fenotípica e recomenda-se para o planejamento de programas de melhoramento genético e induz a rever a classificação taxonômica atual.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O objetivo deste trabalho foi selecionar e avaliar estirpes de Bradyrhizobium coletados dos solos do Cerrado no Estado de Roraima capazes de nodular soja. Em abril de 2009 foi realizada uma coleta de solo em três áreas de cerrado para isolamento, purificação e caracterização de isolados. Posteriormente estes isolados foram avaliados quanto a capacidade de nodular soja em casa de vegetação. Os isolados que nodularam e se destacaram foram avaliados quanto sua eficiência simbiótica em casa de vegetação na cultura da soja. Após os testes de eficiência foram selecionadas duas estirpes para experimento em casa de vegetação em duas cultivar de soja (BRS tracajá e BRS 333-RR transgênica.) repetindo este ensaio em condições de campo. Após o isolamento e purificação dos isolados foi obtida uma coleção com 250 bactérias, todas capazes de nodular a soja, destas bactérias foram selecionados 40 isolados que se destacaram, na formação de nódulos e massa seca de nódulos, destes todos obtiveram número de nódulos superiores a 40 por planta, e para massa seca de nódulos os isolados foram divididos em dois grupos, os que apresentaram médias inferiores a 0,56 g/planta e os que apresentaram massa superior a 0,59 g/planta, da mesma forma se comportou a massa seca da parte aérea. Dos 40 isolados foram selecionado os isolados ERR-94 e ERR-148. Estes isolados foram avaliados nas cultivares BRS-333 e BRS-tracajá, apresentaram médias superiores ao encontradas pela estirpe recomendada para cultura, para número e massa de nódulos e para massa seca parte aérea destaque para isolado ERR-94 inoculado na cultivar BRS-333, que superou o tratamento nitrogenado, apresentando efetividade na fixação biológica de nitrogênio de 149%. Esses resultados foram similares aos encontrados em condições de campo. Com estes resultados pode-se concluir que os isolados nativos dos solos são capazes de nodular as plantas de soja, as estirpes ERR-94 e ERR-148 proporcionaram boa nodulação, grande acumulo de N na parte aérea e alta efetividade na fixação biológica de nitrogênio e as cultivares responderam positivamente a inoculação com as estripes ERR-94 e ERR-148, com destaque para a cultivar BRS-333 inoculada com a estipe ERR-94. / The objective of this work was to evaluate and select Bradyrhizobium strains that promoted nodulation in soybean crop on Cerrado soils of Roraima, Brazil. The soil collection was made in three areas of cerrado for isolation, purification and characterization of the isolates in April 2009. These isolates were evaluated for the ability to promoting nodulation in soybean under greenhouse conditions, and the best ones were selected by the symbiotic efficiency. After the efficiency tests, it were selected two strains to be tested in two soybean cultivars (BRS tracajá and the transgenic BRS 333-RR) under field conditions. After the purification and isolation procedure, were made a set of 250 bacteria, all of them with the ability to promote soybean nodulation, and 40 of them showed a good performance on nodules formation (40 per plant) and nodules dry mass. The isolates were divided in two groups, the ones with values under 0,56 g/plant, and the ones with values above 0,59 g/plant, the dry mass of the aerial part had the same response. The selected isolates were the ERR-94 and ERR-148, these were tested on the BRS-333 and BRS-tracajá cultivars, showing better performance than the usual strain for soybean. The combination of ERR-94 and BRS-333 surpassed the nitrogen treatment, showing a 149% on nitrogen biologic fixation. These results were similar to the field results. It can be concluded that the native isolates from Cerrado soils were capable to nodulating the soybean, the ERR-94 and ERR-148 strains promoted good nodulation, better nitrogen accumulation on aerial part and efficient nitrogen biological fixation. The cultivars responded positively to the inoculation with the ERR-94 and ERR-148 strains, the better combination were the BRS-333 cultivar with the ERR-94 strain.

Submitted by Tatiana Silva (tsilva@icict.fiocruz.br) on 2012-11-19T16:43:27Z No. of bitstreams: 1 carolina_om_aguiar_ioc_bp_0029_2010.pdf: 1531544 bytes, checksum: df1c3ac611efc557a24493255fa19eff (MD5) / Made available in DSpace on 2012-11-19T16:43:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 carolina_om_aguiar_ioc_bp_0029_2010.pdf: 1531544 bytes, checksum: df1c3ac611efc557a24493255fa19eff (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz.Instituto Oswaldo Cruz. Rio de janeiro, RJ, Brasil / A leishmaniose tegumentar americana é uma doença infecciosa causada, no Brasil, principalmente pela Leishmania (Viannia) braziliensis, onde ocorre o acometimento de pele e mucosas. A resposta imune protetora na leishmaniose é mediada por células T antígenos específicos. A freqüência destas células é muito mais elevada nas lesões do que no sangue periférico, o que demonstra que os eventos imunopatogênicos mais importantes devem estar ocorrendo no sítio infeccioso. O infiltrado inflamatório é do tipo granulomatoso, composto predominantemente por linfócitos, macrófagos e plasmócitos, com padrão de distribuição heterogêneo, o que não tem possibilitado uma boa correlação com o prognóstico da doença. As análises in situ também vêm mostrando resultados controversos em relação à distribuição das subpopulações CD4+ e CD8+. Entretanto, pouco se sabe sobre os mecanismos que determinam a formação do infiltrado inflamatório das lesões e como a função efetora influencia a patogênese ou a cura da leishmaniose. Assim, o presente trabalho teve como objetivo estudar o perfil fenotípico dos linfócitos das lesões cutâneas de leishmaniose em termos de migração, memória e ativação celular. Os resultados apresentados neste trabalho mostram que há um menor percentual de linfócitos T CLA+ no sangue periférico de pacientes de leishmaniose do que indivíduos sadios. A estimulação com antígenos de Leishmania aumenta o percentual de células T CLA+ nos pacientes de leishmaniose, mas o mesmo não ocorre com o percentual de células T CD62L+, sugerindo que os antígenos parasitários podem modular positivamente a migração de células para o sitio cutâneo. Corroborando com a hipótese de migração dos linfócitos para o sitio da infecção, foi demonstrado que há um maior percentual de células T CLA+ nas lesões do que sangue periférico. Uma vez que os linfócitos imigraram para as lesões, as células presente nesse sítio infeccioso demonstram ter um fenótipo de células de memória efetora, de células ativadas e expressam molécula associada à citotoxicidade. Os diferentes perfis imunológicos encontrados foram correlacionados com os dados clínicos dos pacientes (tempo de evolução, área da lesão e tamanho da IDRM), a fim de avaliar a influência dessas células na patogênese da leishmaniose. Os percentuais de linfócitos T e de células T CD8+ associadas à função citotóxica, e a freqüência de células T de lesão específicas a Leishmania, assim como os percentuais de células TCD4+CD69+ e TCD3+CD244+ parecem influenciar na patogênese da doença, por se correlacionarem com a área e com tempo de evolução das lesões, respectivamente. Os dezenove pacientes estudados pertenciam a áreas endêmicas diferente, sendo assim divididos: Rio de Janeiro (RJ) e Bahia (BA). Os pacientes das áreas endêmicas da BA e RJdiferiam no tempo de evolução das lesões, onde: pacientes da BA foram classificados como lesões recentes por terem tempo mediano de evolução de 30 dias, e pacientes do RJ com lesões tardias por terem tempo mediano de evolução de 81 dias. Os pacientes BA e RJ exibem diferentes moléculas de ativação células TCD4 ativadas, onde os pacientes BA têm maiores percentuais de células TCD4+CD25+ e os pacientes RJ tem maiores percentuais de células TCD4+CD69+, mas o mesmo não ocorre com as células TCD8+ ativadas. Esses dados sugerem lesões de pacientes BA e RJ devem ser influenciadas diferentemente por células TCD4 ativadas. É possível que células TCD4+CD69+ e TCD4+CD25+ devam ter funcionalidades diferentes, mas essa hipótese deve ser futuramente avaliada nos pacientes citados acima. As quimiocinas CCL2/MCP-1, CCL3/MIP-1α e CCL5/RANTES estão presentes nas lesões de leishmaniose causadas pela L.braziliensis. Em conjunto, esses resultados demonstram que a infecção por Leishmania influencia a migração de linfócitos para a pele, com a modulação de moléculas de migração na superfície celular e com a produção de quimiocinas capazes de atrair essas células para o local da infecção. E que linfócitos presentes no infiltrado inflamatorio com fenótipo de ativação e citotoxicidade podem influenciar napatogênese da leishmaniose cutânea / American tegumentary leishmaniasis is an infectious disease, and in Brazil, is caused mainly by Leishmania (Viannia) braziliensis. The disease manifests as localized cutaneous leishmaniasis or mucosal leishmaniasis. Immune protector response is mediated by specific T cells. The frequency of these cells is high in lesions than in peripheral blood, and suggests that more important immunological events occur in the infectious site. The inflammatory infiltrate is granulomatous type, and compose mainly by macrophages, plasmocytes and lymphocytes, with heterogeneous distribution. The histopathological pattern has no correlation with disease prognostic. In situ analyses have shown controversial results about TCD4+ and TCD8+ cells. Although, little is known about the mechanism that lead the inflammatory infiltrate formation and how effector cells influence in leishmaniasis pathogenesis or cure. The objective of present work was analysed leishmaniasis lesions T cell composition in terms of homing, memory and activation molecules expression. Lower levels of CLA T cells were observed in blood of LC patients than in healthy subjects. Leishmanial antigens upregulated CLA in T cells from cutaneous leishmaniasis patients but not from healthy subjects. In contrast, CD62L is not affected. Corroborating with T cell migration to infection sites, an enrichment of CLA+ cells was observed lesion in comparison with blood. Once infiltrate to lesions, T cells express activation and citotoxic molecules, and effector memory phenotype. The frequency of Leishmania specific T cell lesions, percentual of TCD3+ cells and TCD8+CD244+ cells are associated with lesion area. The percentual of TCD4+CD69+ cells and TCD3+CD244+ cells are correlated with duration of illness. The patients analysed were grouped by endemic area of study, Bahia or Rio de Janeiro. Different endemic area patients have different duration of illness: recent lesion was observed in Bahia´s patients and late lesion was evaluated in Rio de Janeiro´s patients. Bahia and Rio de Janeiro patients´ had different TCD4 activation pattern, where Bahia patients had higher levels of TCD4CD25 T cells and Rio de Janeiro patients had higher levels of TCD4CD69 T cells. In this work, was proposed TCD4/TCD8 ration classification, where than patients with similar levels of TCD4 and TCD8 cells have a equilibrated response with less activated and citotoxic T cells. CCL2/MCP-1, CCL3/MIP-1α and CCL5/RANTES are present is cutaneous leishmaniasis lesions caused by L.braziliensis. All these results showed Leishmania infection can influence the migration pattern to skin, modulating the homing moleculesand chemokine production.Activated and citotoxic T lymphocytes can influence the leishmaniasis pathogenesis

Em nosso estudo foi avaliada a presença das bactérias do grupo Bacteroides fragilis em 108 amostras fecais de bezerros com e sem diarréia, além de fatores de virulência e a similaridade genética entre as cepas de B. fragilis. Hemolisinas foram observadas em 36,3% e em 83,7% dos bezerros com e sem diarréia, respectivamente. Apenas 7,4% dos isolados foram hemaglutinantes. De todos os isolados, grande parte resistiu à ação do soro e 100% foram sensíveis ao imipenem e metronidazol. Houve resistência aos metais pesados utilizados. Plasmídios foram detectados em 7,4% dos isolados. Dentre 58,8% produtores de ß-lactamase, em 19,7% e em 26,0% de bezerros com e sem diarréia, respectivamente detectou-se o gene cepA, que foi observado também em plasmídios de 5,5 kb. O gene cfiA foi observado em 16,5% dos isolados diarréicos e em 12,6% de não diarréicos, mas não em plasmídios. O gene nanH foi detectado em 21,8% dos isolados e o gene bft somente em dois isolados diarréicos. A similaridadade genética entre os B. fragilis mostrou a heterogeneidade das bactérias. / In this study the bacteria of Bacteroides fragilis group was evaluated in 108 fecal samples of calves with and without diarrhea, besides virulence factors and the genetic similarity among the B. fragilis strains. Hemolysin was observed in 36.3% and in 83.7% of calves with and without diarrhea, respectively. Only 7.4% of the isolates showed hemagglutinability. Of all the isolates, the major part resisted to the action of the serum and 100% were sensitive to the imipenem and metronidazole. There was resistance to the used heavy metals. Plasmids were detected in 7.4% isolates. Among 58.8% ß- lactamase producing, 19.7% and 26.0% strains of calves with and without diarrhea, respectively the cepA gene was detected, that was also observed in 5.5 kb plasmids. The cfiA gene was observed in 16.5% of the diarrheic isolates and 12.6% of non-diarrheic, but not in plasmids. The nanH gene was detected in 21.8% of the isolates and the bft gene only in two diarrheic isolates. The genetic similarity among the B. fragilis showed the heterogeneity of the bacteria.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-04-27T13:33:13Z No. of bitstreams: 1 Janio Benevides de Melo.pdf: 845976 bytes, checksum: 55b3b13a3bb41e12d05e1264797fff7c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-27T13:33:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Janio Benevides de Melo.pdf: 845976 bytes, checksum: 55b3b13a3bb41e12d05e1264797fff7c (MD5) Previous issue date: 2011-02-28 / The zoometric measures of the adult Nordestina horse breed from Pernambuco and Piauí states were the objective of this study. The same measurer have taken 48 body measures, which resulted in 9 zoometric indices (in a total of 57 quantitative traits) on 238 animals, among males, females and geldings. The qualitative traits were evaluated according to coat color, bridge of nose profile, position of lips, neck shape, slope of croup, hooves color and size. The quantitative traits were evaluated by analysis of variance, descriptive statistics and principal components analysis, whereas the qualitative traits by frequency distribution. The principal components analysis reduced 50 body measures to 9 components for males and females and 7 components for geldings. The number of variables for males, females and geldings was shortened to 21, 20 and 18, respectively, using the principal component analysis, in which 15 measures were in common for males, females and geldings (withers height, back height, height from sternum to ground, croup height, forelimb height, hind-limb height, insertion of tail height, fore-pastern length, back-loin length 1, hind-pastern length, fore-cannon perimeter, fore-fetlock perimeter, fore-pastern perimeter, fore-fetlock perimeter and hind-pastern perimeter). These measures can be used for further studies, regardless of animal sex. The withers height had strong correlation with the other heights and the perimeters were strongly correlated among them according to the anatomical region of the members. In general, all animals from Pernambuco and Piauí states were small-sized and classified as hypometric due to the weights (estimated weight and body weight) and as mediolineous (balance body) by body index, within a range between strength and speed (saddle and light traction).Conformation and compactness indices had classified them as more able to saddle than draft. The dactyl-thoracic index classified the animals as heavy draft horses, except for females from Pernambuco state (intermediate ability). The wok indices 1 and 2 shows that animals from Pernambuco can support greater weight at a trot or gallop. The ethnological profile study detected a prevalence of gray coat color, black and small hooves, subconvex bridge of nose, pyramidal neck, firm and juxtaposed lips. Just the male animals from Pernambuco had a croup classified as lightly inclined. Sexual dimorphism and origin effect on most measures and indices were detected, indicating the existence of two ecotypes. / Objetivou-se com este estudo a caracterização zoométrica do remanescente do cavalo Nordestino nos estados de Pernambuco e Piauí. Foram tomadas 48 medidas zoométricas, por um único mensurador, e obtidos 9 índices zoométricos, totalizando 57 variáveis quantitativas em 238 animais machos, fêmeas e machos castrados. Foram avaliadas também características qualitativas: coloração da pelagem, perfil de chanfro, justaposição dos lábios, forma do pescoço, inclinação de garupa, coloração e tamanho dos cascos. Para as variáveis quantitativas foi realizada análise de variância, estatística descritiva e análise de componentes principais e, para as variáveis qualitativas foi feito distribuição de frequência. Com auxílio da técnica de componentes principais foi possível reduzir as 50 variáveis estudadas em 9 componentes para os machos e fêmeas e 7 componentes para os machos castrados. Foi possível ainda selecionar dentro das componentes as variáveis de maior peso, reduzindo o número de variáveis para 21, 20 e 18, respectivamente, para machos, fêmeas e machos castrados. Desse total, 15 medidas foram igualmente importantes nos 3 grupos estudados (altura na cernelha, altura no dorso, altura do vazio subesternal, altura na garupa, altura do membro anterior, altura do membro posterior, altura na inserção de cauda, comprimento da quartela anterior, comprimento de dorso-lombo 1, comprimento de quartela posterior, perímetro de canela anterior, perímetro de boleto anterior, perímetro de quartela posterior, perímetro de boleto posterior e perímetro de quartela posterior), que poderão ser usadas em estudos futuros, independentemente do sexo do animal. De maneira geral, para todas as classes estudadas, a altura na cernelha demonstrou forte correlação com as demais alturas; os perímetros referentes a região anatômica dos membros também foram fortemente correlacionados entre si. O estudo permitiu classificar os animais como de porte pequeno e de boa proporção entre a altura na cernelha, na garupa e no comprimento do corpo, com exceção das fêmeas do estado de Pernambuco, e como hipométricos quanto aos pesos e ao índice corporal como mediolíneos, com aptidão intermediária para velocidade e força, ou seja, sela e tração ligeira. Os índices de compacidade e conformação indicam que são animais com aptidão mais para sela que tração. O índice dáctilo-torácico indica que são animais com aptidão para tração pesada com exceção das fêmeas do estado de Pernambuco com aptidão intermediária. Os índices de carga 1 e 2 indicaram maior capacidade de suporte de peso sobre o dorso a trote ou a galope e a passo, aos animais do estado de Pernambuco. Em relação ao perfil morfológico e faneróptico, verificou-se predominância de pelagem tordilha, cascos escuros ou pretos e pequenos, perfil de chanfro subconvexo e pescoço com forma piramidal, lábios firmes e justapostos e garupa ligeiramente inclinada. Ocorreu dimorfismo sexual e efeito de local sobre a maioria das medidas e dos índices avaliados, indicando a existência de dois ecótipos.