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Análise exploratória de dados de incidência da doença carvão da cana-de-açúcar (Ustilago scitaminea Sydow) / Exploratory analysis in data of incidence with coal disease in sugar cane (Ustilago scitaminea Sydow)

von Zuben, Carmen Silvia 16 June 1989 (has links)
A análise exploratória de dados e considerada como um método informal, apenas visual do comportamento dos dados, que abrange também a análise gráfica dos resíduos, auxiliando no reconhecimento de "outliers". O objetivo desse trabalho é de encontrar um método de classificação das variedades da cana-de-açúcar para sua liberação para o plantio. Tentando atingir o objetivo, utilizando-se da técnica da análise de variância, mais precisamente, do método das comparações múltiplas há necessidade de verificação das hipóteses para a validade da mesma. Apresentou-se a análise exploratória para a verificação das suposições de normalidade, não-aditividade e homogeneidade, que a análise de variância exige. Como foram violadas as suposições, tentou- se encontrar uma transformação que satisfizesse às condições exigidas. Utilizando-se da técnica de regressão linear simples, onde pelo coeficiente angular determinou-se a transformação, no caso (descrito na dissertação). Foram reaplicadas as técnicas da análise exploratória e as condições exigidas foram satisfeitas. Finalmente, utilizando o método das comparações múltiplas, classificaram-se as variedades em quatro classes de resistência. / The exploratory data analysis is considered to be an informal and only visual method of the data conduct that also encloses the graphic residual analysis, helping in distinguishing the outliers. The objective of this work is to find out a method of classifying the sugar cane varieties, in order to liberate to the plantation. Trying to achieve the objective, using the variance analysis technics, more accurately, the multiple comparison method, it is necessary to verify those hypothesis to consider them effective. The exploratory analysis was introduced to verify the normality, non-additivity, and homogeneity assumptions, which are demanded by the variance analysis. As the assumptions were violated, it was tried to find out a transformation which satisfy the demanded conditions. Using the simply linear regression, where by the angular coefficient the transformation was determined, as (see disertation). The exploratory analysis technics were reapplied and the demanded conditions were satisfied. Finally, using the multiple comparison method for the means, four classes of resistance were classified.
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Study of sugarcane metabolism modulation by the plant pathogenic fungus Sporisorium scitamineum / Estudo da modulação do metabolismo da cana-de-açúcar pelo fungo fitopatogênico Sporisorium scitamineum

Schaker, Patricia Dayane Carvalho 17 February 2017 (has links)
This thesis presents a more in-depth understanding of the interaction between the pathogenic fungus Sporisorium scitamineum and sugarcane, a disease known as \"cane smut\". The development of a long structure like a \"whip\" from the meristem of infected plants is the main characteristic of the disease, allowing the effective dispersion of teliospores in the field. Infected plants have a reduced sucrose content and juice quality, leading to considerable economic losses. In the first chapter, the gene expression profile of the pathogen during its development in planta - in the first moments of infection and after the emission of the whip - and in vitro was evaluated using the RNAseq technique. Were analyzed genes preferentially expressed in each condition, differentially expressed in comparison to its growth in vitro, and expressed only during interaction. The results allowed the identification of some potential pathogenicity mechanisms, active effectors and gene clusters expressed only during interaction. In the second chapter, the transient expression technique was used to determine the target cell compartment of some of the candidate effectors and to establish a viable protocol for the study of S. scitamineum proteins. The four putatively secreted genes most expressed during the initial moments of the interaction were fused to the gene encoding the fluorescent green protein (Citrine) and expressed in Nicotiana benthamiana. The results of confocal microscopy and westernblots indicated an accumulation of each candidate protein in the membrane, cytosol and/or nucleus, in addition to the occurrence of post-translational modifications. These data offer new study opportunities for the identification of plant proteins that interact with such effectors. In the third chapter, the transcriptional responses of sugarcane in the first moments of a compatible interaction and after the development of the whip were analyzed using again the data obtained from the dual RNAseq cane-smut. Among the main responses, was identified an increase in MADS-type transcription factors expression, indicating that the whip development may use a route similar to flowering, whose signaling seems to start as early as the colonization. In addition, whip development is accompanied by increased transcription of genes involved in energetic pathways, and hormones synthesis and signaling pathways. Genes encoding RGAs were differentially expressed and may be related to pathogen effector\'s recognition. In the fourth chapter, the metabolic profile of sugarcane was evaluated during disease progression, confirming that in the meristem of infected plants carbon allocation is channeled to energetic pathways, besides the regulation of several amino acids and changes in plant cell composition in response to whip development. Metabolomics approach also allowed the identification of a probable mycotoxin derived from S. scitamineum. The results obtained in this study contributed to increase the understanding of the interaction between S. scitamineum and sugarcane that is characterized by high complexity and specialization to the host, and can be used in a way to help the characterization of resistant varieties and contribute to the improvement of sugarcane with resistance to smut. / Esta tese apresenta uma compreensão mais aprofundada da interação entre o fungo patogênico Sporisorium scitamineum e a cana-de-açúcar, doença conhecida como \"carvão da cana\". O desenvolvimento de uma longa estrutura similar a um \"chicote\" a partir do meristema de plantas infectadas é a principal característica da doença, permitindo a efetiva dispersão dos teliósporos no campo. As plantas doentes apresentam um teor reduzido de sacarose e qualidade do sumo, levando a perdas econômicas consideráveis. No primeiro capítulo, o perfil de expressão gênica do patógeno durante o seu desenvolvimento in planta - nos primeiros momentos da infecção e após a emissão do chicote - e in vitro foi avaliado utilizando a técnica RNA-Seq. Foram analisados os genes preferencialmente expressos em cada condição, diferencialmente expressos em relação ao crescimento em meio de cultura, ou expressos apenas durante a interação. Os resultados permitiram a elaboração de hipóteses sobre os mecanismos de patogenicidade, sobre os genes candidatos a efetores ativos e a identificação de agrupamentos de genes expressos apenas durante a interação. No segundo capítulo, para determinar o compartimento celular alvo de alguns dos efetores candidatos e estabelecer um protocolo viável para o estudo de proteínas de S. scitamineum foi utilizada a técnica de expressão transiente. Os quatro genes mais expressos durante os momentos iniciais da interação que fazem parte do secretoma do fungo foram fusionados ao gene que codifica a proteína verde fluorescente (Citrina) e expressos em Nicotiana benthamiana. Os resultados de microscopia confocal e westernblots indicaram um acúmulo de cada uma das proteínas candidatas na membrana, citosol e/ou núcleo, além da ocorrência de modificações pós-traducionais. Esses dados oferecem novas oportunidades de estudo para a identificação de proteínas vegetais que interagem com tais efetores. No terceiro capítulo, as respostas transcricionais da cana-de-açúcar nos primeiros momentos de uma interação compatível e após o desenvolvimento do chicote foram analisadas utilizando novamente os dados obtidos a partir do dual RNAseq cana-carvão. Entre as principais respostas da cana destacou-se um aumento da expressão de genes que codificam fatores de transcrição do tipo MADS, indicando que o desenvolvimento do chicote pode usar uma rota semelhante à do florescimento, cuja sinalização parece iniciar logo nos primeiros momentos de colonização. Além disso, o desenvolvimento do chicote é acompanhado pelo aumento da transcrição de genes envolvidos em vias energéticas, e vias de síntese e sinalização hormonal. Genes que codificam para RGAs foram diferencialmente expressos e podem estar relacionados ao reconhecimento de efetores. No quarto capítulo, foi avaliado o perfil metabólico da cana-de-açúcar durante a progressão da doença, confirmando que no meristema de plantas infectadas ocorre um aumento da alocação de carbono em vias energéticas, além da regulação de vários aminoácidos e mudanças em relação à composição da parede celular em resposta ao desenvolvimento do chicote. A abordagem metabólica também permitiu a identificação de uma provável micotoxina derivada de S. scitamineum. Os resultados obtidos neste estudo contribuíram para aumentar a compreensão da interação entre S. scitamineum e a cana-de-açúcar que se caracteriza pela alta complexidade e especialização ao hospedeiro, e poderão ser utilizados de forma a auxiliar a caracterização de variedades resistentes e contribuir para o melhoramento da cana-de-açúcar com resistência ao carvão.
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Caracterização in silico de sequências polimórficas na população de Sporisorium scitamineum e análise da expressão de genes vizinhos aos polimorfismos / In silico characterization of polymorphic sequences in Sporisorium scitamineum population and expression analysis of polymorphisms neighbour genes

Saito, Suzane 15 September 2015 (has links)
O fungo Sporisorium scitamineum é o agente causador de uma das doenças mais importantes da cultura da cana-de-açúcar, o carvão da cana, e vem sendo alvo de diversos estudos genéticos para a elucidação de seu mecanismo de patogenicidade e interação com o seu hospedeiro. Dentre esses estudos há os que visam acessar a variabilidade genética entre isolados desse fungo utilizando diversos marcadores moleculares, porém todos os experimentos indicaram baixa variabilidade, com exceção de isolados provenientes da Ásia. O primeiro estudo realizado com esse intuito em isolados brasileiros utilizou o tel-RFLP e AFLP, obtendo uma variabilidade de 34 e 3%, respectivamente. O AFLP é muito utilizado para a detecção de variação genética em indivíduos próximos, porém, nesse caso, apresentou baixa variação, o que nos levou a caracterizar, no presente trabalho, os poucos polimorfismos encontrados através dessa técnica. Os fragmentos polimórficos foram reamplificados, sequenciados e caracterizados quanto ao seu contexto genômico. Como essas sequências estão dispersas ao longo do genoma e geralmente estão em regiões intergênicas, foi feita a análise de expressão dos genes vizinhos a esses polimorfismos em três condições distintas. Desses genes, 70% apresentaram maior número de reads mapeadas in planta que em meio de cultura, indicando que são mais importantes durante a interação planta-patógeno. Dessa forma, mesmo havendo uma baixa variabilidade detectada por AFLP, essas diferenças podem ser importantes na regulação desses genes, podendo influenciar na agressividade do patógeno e na sua defesa. / The fungi Sporisorium scitamineum is the causal agent of one of the most important diseases in sugarcane, the sugarcane smut, and it has been the target of several genetic studies aiming the elucidation of pathogenicity and host interaction macanisms. Among these studies are those that aim to access the genetic variability among isolates of this fungus using various molecular markers techniques, however in all of them the experiments indicated low variability, with exception of the Asian isolates. The first work performed with Brazilian isolates was done using tel-RFLP and AFLP, and detected a variability of 34 and 3%, respectively. The AFLP is widely used to detect variability in close related individuals, but in this case, the method revealed low polimorphism. These results led us to characterize in the present work the few polymorphisms detected. The polymorphic fragments were isoladed, reamplified, sequenced and in silico characterized regarding the genomic context. Since these sequences are disperse along the genome and generally they are in intergenic regions, an expression analysis of the polymorfisms neighbor genes was made at three different conditions. Of these genes, 70% presented higher numbers of maped reads in planta than in culture media, which indicates that they are important during the plant-pathogen interaction. Thus, even with low variability detected via AFLP, these differences can be important in the gene regulation and may influence in the pathogen agressivity and in its defense.
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Herança dos polimorfismos de restrição associados à região subtelomérica de Sporisorium scitamineum em análise de cruzamentos sexuados do fungo in planta / Inheritance of restriction polymorphisms of S. scitamineum subtelomeric region in fungal sexual crosses in planta

Longatto, Daniel Prezotto 06 November 2014 (has links)
A cana-de-açúcar constitui uma das principais fontes de alimento e de energia renovável no mundo. Entre os fatores bióticos que reduzem sua produtividade, destaca-se o carvão, doença causada pelo fungo biotrófico Sporisorium scitamineum, cujos danos à cultura podem ultrapassar 80%. No entanto, poucos estudos foram desenvolvidos sobre a genética desse patógeno. Assim, o presente trabalho estudou a dinâmica de marcas RFLP associados à região subtelomérica (tel-RFLP) e marcas GFP em três populações do patógeno (a, b e c) obtidas em ciclos sucessivos da doença. A população a inicialmente foi formada pela inoculação com teliósporos F1 oriundos do isolado 39 produzido em trabalho anterior (REIS, 2012). As populações b e c foram produzidas inicialmente por cruzamentos controlados. Estes envolveram como parentais esporídios haploides de tipos de reação sexual compatíveis e perfis tel-RFLP conhecidos. Na população b os esporídios parentais (18A e 39B) foram isolados de teliósporos distintos, apresentaram perfis tel-RFLP mais contrastantes e simularam fecundação cruzada. Na população c, os esporídios parentais 39Agfp e 39Bgfp apresentaram perfis tel- RFLP mais semelhantes. Esses mutantes foram obtidos pela inserção heteróloga do gene gfp em esporídios obtidos de um único teliósporo simulando autofecundação (reação sexual intra-tétrade). A comparação entre os perfis de tel-RFLP dos esporídios selvagens e mutantes GFP detectou a inserção do gene gfp possivelmente na região subtelomérica do individuo 39Agfp (parental). A cada ciclo da doença teliósporos selvagens e mutantes GFP foram obtidos, sendo isolados dois esporídios para os cruzamentos controlados que levaram à produção do ciclo seguinte de doença. O uso de cruzamentos controlados possibilitou a produção de teliósporos idênticos geneticamente, permitindo inferir sobre eventos meióticos ocorrentes numa mesma progênie. A fenotipagem sexual dos esporídios que tiveram os perfis de tel-RFLP analisados reduziu o viés advindo do desvio da segregação esperada de 1:1 entre os tipos sexuais de esporídios pertencentes à mesma divisão meiótica. Além disso, auxiliou na detecção de recombinantes, visto que os loci de reação sexual segregam na meiose I. A análise das marcas tel-RFLP das progênies mutantes GFP e selvagens, obtida respectivamente em 1 e 2 ciclos da doença, evidenciou eventos de recombinação na segregação de cromossomos homólogos e eventos de recombinação homóloga. Mesmo apresentando número elevado, as marcas tel-RFLP foram capazes de rastrear indivíduos pertencentes a uma mesma população, o que poderá auxiliar em futuras avaliações epidemiológicas do carvão da cana-de-açúcar. Por fim, a expressão do gene gfp em células de pró-basídios mutantes possibilitou a detecção de recombinação homóloga associada a essa marca e a observação inédita de tétrades lineares de quatro células para essa espécie. Observou-se elevado potencial de utilização do gene gfp em estudos genéticos aplicados a esse patossistema. A recombinação sugerida na região subtelomérica mostrou frequência de recombinação ainda não descrita para essa espécie a ser estudada posteriormente. / Sugarcane is a major source of food and renewable energy in the world. Among the biotic factors that reduce its productivity we highlight the sugarcane smut disease, caused by the biotrophic fungus Sporisorium scitamineum, whose damages to the crop can overpass 80%. However, few genetic studies have targeted this pathogen. Thus, the present work studied the dynamics of RFLP marks associated to the subtelomeric region (tel-RFLP) and GFP marks of three populations of the pathogen (a, b and c) obtained from consecutive disease cycles. Population a was initially formed with inoculation using teliospores F1 from the whip 39 obtained in previous work (REIS, 2012). Populations b and c were initially produced by controlled crosses of sexual compatible haploid sporidia with known tel-RFLP profiles as parents. In population b the parent sporidia (18A and 39B) were isolated from distinct teliospores, had more different tel-RFLP profiles (7 polymorphic marks) and simulated outcrossing. In population c, the parental sporidia 39Agfp and 39Bgfp had more similar tel-RFLP profiles. These mutants were obtained by heterologous insertion of gfp gene in sporidia obtained from single teliospore, simulating selfing (intra-tetrad mating type). The comparison between wild-type and GFP mutant sporidia tel-RFLP profiles had detected the gfp gene insertion in the subtelomeric region of the individual 39Agfp (parent). For each disease cycle wild-type and GFP mutant teliospores were obtained and two sporidia were isolated to perform controlled crosses that lead to the next disease cycle. The use of controlled crosses resulted in the production of genetically identical teliospores, which allowed inferring about same progeny meiotic occurring events. The sexual phenotyping of the sporidia that had their tel-RFLP analyzed reduced the bias resulted from deviation of expected 1:1 ratio segregation among the mating types of same meiotic division progeny. Besides, it helped in the recombinants detection, due to mating type loci segregation in meiosis I. The analysis of wild-type and GFP mutant progenies tel- RFLP marks, obtained for 2 and 1 disease cycles, has pointed out events of homologous chromosomes recombination and crossing-over events. Despite of the high amount of marks obtained, the tel-RFLP marks allowed the tracking of individuals from the same population, which can benefit future sugarcane smut disease epidemiologic evaluations. Moreover, the gfp gene expression of mutant probasidium cells led to the detection of crossing-over involving the GFP mark and the first observation of linear four-cells tetrads to this species. A high potential use of gfp gene in genetic studies applied to this pathosystem was observed. The recombination suggested for the subtelomeric region showed a recombination frequency haven\'t described for this species that needs to be further studied.
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Herança dos polimorfismos de restrição associados à região subtelomérica de Sporisorium scitamineum em análise de cruzamentos sexuados do fungo in planta / Inheritance of restriction polymorphisms of S. scitamineum subtelomeric region in fungal sexual crosses in planta

Daniel Prezotto Longatto 06 November 2014 (has links)
A cana-de-açúcar constitui uma das principais fontes de alimento e de energia renovável no mundo. Entre os fatores bióticos que reduzem sua produtividade, destaca-se o carvão, doença causada pelo fungo biotrófico Sporisorium scitamineum, cujos danos à cultura podem ultrapassar 80%. No entanto, poucos estudos foram desenvolvidos sobre a genética desse patógeno. Assim, o presente trabalho estudou a dinâmica de marcas RFLP associados à região subtelomérica (tel-RFLP) e marcas GFP em três populações do patógeno (a, b e c) obtidas em ciclos sucessivos da doença. A população a inicialmente foi formada pela inoculação com teliósporos F1 oriundos do isolado 39 produzido em trabalho anterior (REIS, 2012). As populações b e c foram produzidas inicialmente por cruzamentos controlados. Estes envolveram como parentais esporídios haploides de tipos de reação sexual compatíveis e perfis tel-RFLP conhecidos. Na população b os esporídios parentais (18A e 39B) foram isolados de teliósporos distintos, apresentaram perfis tel-RFLP mais contrastantes e simularam fecundação cruzada. Na população c, os esporídios parentais 39Agfp e 39Bgfp apresentaram perfis tel- RFLP mais semelhantes. Esses mutantes foram obtidos pela inserção heteróloga do gene gfp em esporídios obtidos de um único teliósporo simulando autofecundação (reação sexual intra-tétrade). A comparação entre os perfis de tel-RFLP dos esporídios selvagens e mutantes GFP detectou a inserção do gene gfp possivelmente na região subtelomérica do individuo 39Agfp (parental). A cada ciclo da doença teliósporos selvagens e mutantes GFP foram obtidos, sendo isolados dois esporídios para os cruzamentos controlados que levaram à produção do ciclo seguinte de doença. O uso de cruzamentos controlados possibilitou a produção de teliósporos idênticos geneticamente, permitindo inferir sobre eventos meióticos ocorrentes numa mesma progênie. A fenotipagem sexual dos esporídios que tiveram os perfis de tel-RFLP analisados reduziu o viés advindo do desvio da segregação esperada de 1:1 entre os tipos sexuais de esporídios pertencentes à mesma divisão meiótica. Além disso, auxiliou na detecção de recombinantes, visto que os loci de reação sexual segregam na meiose I. A análise das marcas tel-RFLP das progênies mutantes GFP e selvagens, obtida respectivamente em 1 e 2 ciclos da doença, evidenciou eventos de recombinação na segregação de cromossomos homólogos e eventos de recombinação homóloga. Mesmo apresentando número elevado, as marcas tel-RFLP foram capazes de rastrear indivíduos pertencentes a uma mesma população, o que poderá auxiliar em futuras avaliações epidemiológicas do carvão da cana-de-açúcar. Por fim, a expressão do gene gfp em células de pró-basídios mutantes possibilitou a detecção de recombinação homóloga associada a essa marca e a observação inédita de tétrades lineares de quatro células para essa espécie. Observou-se elevado potencial de utilização do gene gfp em estudos genéticos aplicados a esse patossistema. A recombinação sugerida na região subtelomérica mostrou frequência de recombinação ainda não descrita para essa espécie a ser estudada posteriormente. / Sugarcane is a major source of food and renewable energy in the world. Among the biotic factors that reduce its productivity we highlight the sugarcane smut disease, caused by the biotrophic fungus Sporisorium scitamineum, whose damages to the crop can overpass 80%. However, few genetic studies have targeted this pathogen. Thus, the present work studied the dynamics of RFLP marks associated to the subtelomeric region (tel-RFLP) and GFP marks of three populations of the pathogen (a, b and c) obtained from consecutive disease cycles. Population a was initially formed with inoculation using teliospores F1 from the whip 39 obtained in previous work (REIS, 2012). Populations b and c were initially produced by controlled crosses of sexual compatible haploid sporidia with known tel-RFLP profiles as parents. In population b the parent sporidia (18A and 39B) were isolated from distinct teliospores, had more different tel-RFLP profiles (7 polymorphic marks) and simulated outcrossing. In population c, the parental sporidia 39Agfp and 39Bgfp had more similar tel-RFLP profiles. These mutants were obtained by heterologous insertion of gfp gene in sporidia obtained from single teliospore, simulating selfing (intra-tetrad mating type). The comparison between wild-type and GFP mutant sporidia tel-RFLP profiles had detected the gfp gene insertion in the subtelomeric region of the individual 39Agfp (parent). For each disease cycle wild-type and GFP mutant teliospores were obtained and two sporidia were isolated to perform controlled crosses that lead to the next disease cycle. The use of controlled crosses resulted in the production of genetically identical teliospores, which allowed inferring about same progeny meiotic occurring events. The sexual phenotyping of the sporidia that had their tel-RFLP analyzed reduced the bias resulted from deviation of expected 1:1 ratio segregation among the mating types of same meiotic division progeny. Besides, it helped in the recombinants detection, due to mating type loci segregation in meiosis I. The analysis of wild-type and GFP mutant progenies tel- RFLP marks, obtained for 2 and 1 disease cycles, has pointed out events of homologous chromosomes recombination and crossing-over events. Despite of the high amount of marks obtained, the tel-RFLP marks allowed the tracking of individuals from the same population, which can benefit future sugarcane smut disease epidemiologic evaluations. Moreover, the gfp gene expression of mutant probasidium cells led to the detection of crossing-over involving the GFP mark and the first observation of linear four-cells tetrads to this species. A high potential use of gfp gene in genetic studies applied to this pathosystem was observed. The recombination suggested for the subtelomeric region showed a recombination frequency haven\'t described for this species that needs to be further studied.
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Caracterização in silico de sequências polimórficas na população de Sporisorium scitamineum e análise da expressão de genes vizinhos aos polimorfismos / In silico characterization of polymorphic sequences in Sporisorium scitamineum population and expression analysis of polymorphisms neighbour genes

Suzane Saito 15 September 2015 (has links)
O fungo Sporisorium scitamineum é o agente causador de uma das doenças mais importantes da cultura da cana-de-açúcar, o carvão da cana, e vem sendo alvo de diversos estudos genéticos para a elucidação de seu mecanismo de patogenicidade e interação com o seu hospedeiro. Dentre esses estudos há os que visam acessar a variabilidade genética entre isolados desse fungo utilizando diversos marcadores moleculares, porém todos os experimentos indicaram baixa variabilidade, com exceção de isolados provenientes da Ásia. O primeiro estudo realizado com esse intuito em isolados brasileiros utilizou o tel-RFLP e AFLP, obtendo uma variabilidade de 34 e 3%, respectivamente. O AFLP é muito utilizado para a detecção de variação genética em indivíduos próximos, porém, nesse caso, apresentou baixa variação, o que nos levou a caracterizar, no presente trabalho, os poucos polimorfismos encontrados através dessa técnica. Os fragmentos polimórficos foram reamplificados, sequenciados e caracterizados quanto ao seu contexto genômico. Como essas sequências estão dispersas ao longo do genoma e geralmente estão em regiões intergênicas, foi feita a análise de expressão dos genes vizinhos a esses polimorfismos em três condições distintas. Desses genes, 70% apresentaram maior número de reads mapeadas in planta que em meio de cultura, indicando que são mais importantes durante a interação planta-patógeno. Dessa forma, mesmo havendo uma baixa variabilidade detectada por AFLP, essas diferenças podem ser importantes na regulação desses genes, podendo influenciar na agressividade do patógeno e na sua defesa. / The fungi Sporisorium scitamineum is the causal agent of one of the most important diseases in sugarcane, the sugarcane smut, and it has been the target of several genetic studies aiming the elucidation of pathogenicity and host interaction macanisms. Among these studies are those that aim to access the genetic variability among isolates of this fungus using various molecular markers techniques, however in all of them the experiments indicated low variability, with exception of the Asian isolates. The first work performed with Brazilian isolates was done using tel-RFLP and AFLP, and detected a variability of 34 and 3%, respectively. The AFLP is widely used to detect variability in close related individuals, but in this case, the method revealed low polimorphism. These results led us to characterize in the present work the few polymorphisms detected. The polymorphic fragments were isoladed, reamplified, sequenced and in silico characterized regarding the genomic context. Since these sequences are disperse along the genome and generally they are in intergenic regions, an expression analysis of the polymorfisms neighbor genes was made at three different conditions. Of these genes, 70% presented higher numbers of maped reads in planta than in culture media, which indicates that they are important during the plant-pathogen interaction. Thus, even with low variability detected via AFLP, these differences can be important in the gene regulation and may influence in the pathogen agressivity and in its defense.
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Functional analysis of candidate effector proteins during Sporisorium scitamineum x sugarcane interaction / Análise funcional de proteínas candidatas a efetores durante a interação Sporisorium scitamineum x cana

Silva, Natália de Sousa Teixeira e 04 February 2019 (has links)
Sugarcane smut is a worldwide distributed disease important to agribusiness, since it can affect sugarcane yield drastically. The disease is caused by the Basidiomycete Sporisorium scitamineum, a biotrophic fungus that colonizes mainly sugarcane. Sugarcane-smut interaction has been extensively studied by this research group for the past few years in their various aspects, considering both the pathogen attack and plant defenses. This work aimed to functionally address fungal candidate effector proteins associated with this pathosystem. Effectors are essential to modulate host metabolism to allow pathogen colonization. The identification of such proteins may assist in recognition of resistance genes relevant to genetic breeding programs. Based on the complete genome sequence of S. scitamineum and the dual transcriptomic data candidate genes were selected in silico. Selection strategies were based on the predicted secretome and differential expression levels of the genes in planta. Candidate effectors were analyzed regarding their expression pattern, subcellular location and influence over basal plant defenses and plant immunity. The results showed that the S. scitamineum candidate effector genes are expressed under the influence of the host genotype. It was observed various expression patterns in the set of selected genes and differential subcellular localization patterns. These results will enable future researches considering virulence level of different isolates and also help decision making in plant breeding programs. / O carvão da cana-de-açúcar é uma doença cosmopolita de grande importância para o agronegócio, uma vez que pode afetar a produtividade da cultura. A doença é causada pelo basidiomiceto Sporisorium scitamineum, fungo biotrófico que coloniza exclusivamente a cana-de-açúcar. A interação cana-carvão vem sendo extensivamente estudada por este grupo de pesquisa nos últimos anos em seus vários aspectos, considerando as atividades de ataque e defesa do patógeno e da planta, respectivamente. Este trabalho teve como finalidade o estudo funcional de proteínas candidatas a efetores neste patossistema. Efetores são moléculas essenciais na manipulação do metabolismo e fisiologia do hospedeiro de forma a permitir sua colonização. A identificação de tais proteínas auxilia no reconhecimento de genes de resistência podendo gerar informações relevantes a programas de melhoramento genético na produção de variedades resistentes. A estratégia de seleção utilizada se baseia em características do secretoma predito e da expressão diferencial de genes do patógeno in planta. Os candidatos foram analisados quanto ao padrão de expressão gênica, à localização sub celular e sua influência sobre a defesa basal e imunidade em plantas. Os resultados demonstraram que a expressão dos genes que codificam para as proteínas efetoras de S. scitamineum e é influenciada pelo genótipo das plantas infectadas. Foram observadas variações no padrão de expressão entre o conjunto de efetores selecionados, bem como padrões diferenciais de localização sub celular e influência sobre a imunidade em plantas. Os resultados gerados por este trabalho servirão de subsídio para estudos futuros sobre os níveis de virulência dos diferentes isolados do patógeno bem como para auxiliar a tomada de decisão em programas de melhoramento genético de variedades resistentes ao carvão da cana.

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