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Análise estrutural e funcional do genoma do feijão--caupi:mapa genético e elementos transponíveis

AMORIM, Lidiane L Barbosa 31 January 2013 (has links)
Submitted by Luiz Felipe Barbosa (luiz.fbabreu2@ufpe.br) on 2015-04-17T13:54:06Z No. of bitstreams: 2 Tese Amorim Lidiane.pdf: 2912606 bytes, checksum: 8b1da6453bb7abfc598b124aecb89609 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-17T13:54:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese Amorim Lidiane.pdf: 2912606 bytes, checksum: 8b1da6453bb7abfc598b124aecb89609 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013 / MCT RENORBIO FINEP BNB FACEPE e CNPq / O feijão-caupi é uma das principais culturas alimentares de subsistência no planeta tendo, no Brasil, maior importância nas regiões Norte e Nordeste, pela sua adaptabilidade a condições edafoclimáticas estressantes. Apresenta destacada importância social na agricultura familiar destas regiões, sendo notadamente a principal fonte de proteína para as populações de áreas semiáridas do Brasil e do norte da África. Apesar de sua rusticidade e capacidade de crescer onde outras leguminosas não se adaptam, a produtividade desta cultura pode ser afetada por fatores abióticos (como seca e salinidade) e bióticos, com ênfase para as viroses no caso do Brasil. Neste país, o melhoramento do feijão-caupi baseia-se até o momento em técnicas convencionais, havendo poucos estudos efetivamente associados às técnicas moleculares modernas, supondo-se que ferramentas moleculares possam ajudar na superação dessas adversidades. Neste contexto, o projeto Brasileiro do Transcriptoma do Feijão-Caupi (rede NordEST) gerou um número significativo de transcritos, os quais começam a ser aplicados no sentido de reverter este cenário. Adicionalmente, neste trabalho foi desenvolvido um mapa genético do genoma do feijão-caupi, onde a versão atual inclui 237 loci mapeados em doze grupos de ligação (GL), correspondentes ao número haploide do feijão-caupi. Além disso, foram realizadas análises bioinformáticas envolvendo elementos transponíveis (TEs) de forma comparativa entre soja e feijão-caupi, revelando uma diversidade significativa desses elementos em cada táxon ou entre as citadas espécies. Tais polimorfismos figuram muitas vezes associados a genes, mostrando um potencial para o desenvolvimento de marcadores moleculares. No conjunto, os dados gerados servirão como base para o desenvolvimento de estratégias visando ao conhecimento da diversidade genética e de seu potencial para o melhoramento na cultura do feijão-caupi pela associação com características fenotípicas de interesse agronômico. Novos marcadores estão sendo obtidos para cobrir melhor o genoma, devendo ser úteis em experimentos in vitro e in vivo visando ao melhoramento genético de leguminosas de interesse econômico.
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Diversidade e eficiência de rizóbios nativos do agreste da Paraíba, capazes de nodular o feijão Caupi (Vigna unguiculata (L.) Walp.

NASCIMENTO, Luciana Remigio Santos 03 March 2009 (has links)
Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2016-08-09T11:55:35Z No. of bitstreams: 1 Luciana Remigio Santos Nascimento.pdf: 718083 bytes, checksum: 15733f3b15d262af2b110d9904d25e9e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-09T11:55:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Luciana Remigio Santos Nascimento.pdf: 718083 bytes, checksum: 15733f3b15d262af2b110d9904d25e9e (MD5) Previous issue date: 2009-03-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The cowpea (Vigna unguiculata (L.) Walp) is a widespread culture and is able to benefit from the Biological Nitrogen Fixation (BNF) when associated with bacteria known as rhizobia. This legume has a high capacity of nodulation and symbiotic nitrogen fixation in the presence of adequate population of rhizobia in the soil or by the use of efficient inoculants. Through knowledge of the diversity of rhizobia present in the different agricultural systems and rhizobia features to be introduced, we can improve the adaptability and competitiveness of Rhizobium inoculant. The objective of this study was to evaluate the diversity and efficiency in nitrogen fixation (N) of rhizobia isolated from bean nodules cowpea grown in soils under different vegetation covers the state of Paraíba. Soil samples were collected from the surface soil (0-20 cm) in three municipalities of the Agreste (Solan, Hope and Lagoa Seca), with different vegetation cover: 1) Caatinga; 2) Pasture; 3) Roçado bean and 4) Roçado Cassava. They were used four varieties of cowpea (Ever-Green, Sedinha, Little Owl and Blue) as bait plants. The formed nodules had their rhizobia isolated and characterized morfofisiologicamente. the diversity of study for the effect of vegetation cover and the cultivars was carried out. The evaluation of the effectiveness was performed in two steps. In the first, 52 isolates were inoculated in cultivating Always Green, who also received two strains recommended, presence and absence of mineral N in Leonard jars. In the second stage, the 13 best isolates from the stage in Leonard pots were inoculated in the same cultivar sown in pots with soil, and the recommended and the presence and absence of mineral N. The ability to infection by rhizobia ranged between cowpea. The diversity of rhizobia was influenced by different agricultural management. The rhizobia had a high capacity of atmospheric nitrogen fixation and were able to promote the development of cowpea plant equivalent to that received fertilization with mineral N or inoculation with strains recommended. / O feijão macassar (Vigna unguiculata (L.) Walp) é uma cultura amplamente distribuída e é capaz de se beneficiar da Fixação Biológica de Nitrogênio (FBN) quando em associação com bactérias conhecidas como rizóbios. Essa leguminosa apresenta alta capacidade de nodulação e fixação simbiótica de nitrogênio na presença de população adequada de rizóbios nativos no solo ou pelo uso de inoculantes eficientes. Através do conhecimento da diversidade de rizóbio presente nos diferentes sistemas agrícolas e das características do rizóbio a ser introduzido, podemos melhorar a adaptabilidade e capacidade competitiva do rizóbio do inoculante. O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade e a eficiência na fixação de nitrogênio (N) de rizóbios isolados a partir de nódulos de feijão caupi cultivado em solos sob diferentes coberturas vegetais do Estado da Paraíba. As amostras de solo foram coletadas da camada arável (0 a 20 cm) de três municípios do agreste paraibano (Solânea, Esperança e Lagoa Seca), com diferentes coberturas vegetais: 1) Caatinga; 2) Pasto; 3) Roçado de Feijão e 4) Roçado de Mandioca. Foram usadas quatro cultivares de caupi (Sempre-Verde, Sedinha, Corujinha e Azul) como plantas iscas. Os nódulos formados tiveram seus rizóbios isolados e caracterizados morfofisiologicamente. Foi realizado o estudo de diversidade para o efeito das coberturas vegetais e para o das cultivares. A avaliação da eficiência foi realizada em duas etapas. Na primeira, 52 isolados foram inoculados na cultivar Sempre Verde, que recebeu também duas estirpes recomendadas, presença e ausência de N mineral, em vasos de Leonard. Na segunda etapa, os 13 melhores isolados oriundos da etapa em vasos de Leonard foram inoculados na mesma cultivar semeada em vasos com solo, bem como as recomendadas e presença e ausência de N mineral. A capacidade de infecção por rizóbios nativos variou entre as cultivares de feijão caupi. A diversidade de rizóbios foi influenciada pelos diferentes manejos agrícolas. Os rizóbios nativos apresentaram alta capacidade de fixação de nitrogênio atmosférico e foram capazes de promover o desenvolvimento do feijão caupi equivalente à das plantas que receberam adubação com N mineral ou inoculação com estirpes recomendadas.
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Bradyrizobium e biofertilizantes de rochas com acidithiobacillus e gesso no feijão caupi em solos salinos sódicos

SILVA JÚNIOR, Sebastião da 28 March 2008 (has links)
Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2016-08-18T11:31:32Z No. of bitstreams: 1 Sebastiao da Silva Junior.pdf: 708266 bytes, checksum: 7c87068f4378906bfe5945f8009b5d88 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-18T11:31:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sebastiao da Silva Junior.pdf: 708266 bytes, checksum: 7c87068f4378906bfe5945f8009b5d88 (MD5) Previous issue date: 2008-03-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / A greenhouse experiment was carried out aiming to evaluate the effects of PK biofertilizers from phosphate and potash rocks on the development and nutrients uptake by cowpea grown in a sodic saline soil after the application of sulfur inoculated with Acidithiobacillus (S*) and gypsum (G) in different rates (0.8; 1.6; 2.4 and 3.2 t ha-1) and S*: G proportions (100:0; 75:25; 50:50; 25:75 and 100:0). A control treatment, without gypsum and sulfur, was added. Two months after application of the different treatments, were analyzed soil chemical attributes and then cowpea (cv. IPA 206) was grown with All plants were inoculated with rhizobia (strains NFB 516 + NFB 700). Plants of all treatments were fertilized with P and K biofertilizer produced from phosphate and potash rocks. After forty five days plants were harvest and determined in shoots: dry matter (DM), total P, total K and total Na, and in soil samples were analyzed pH, available P, available K andexchangeable Na. Sulfur with Acidithiobacillus reduced soil pH, especially when applied in the highest rates without gypsum. Furthermore, the application of the PK biofertilizer from rocks inoculated with Acidithiobacillus, promoted greater reduction in soil pH. Soil exchangeable Na was reduced, especially when applied the treatments S*: G equivalent to 25:75 and 50:50. In all amendment treatments PK rock biofertilizers increased cowpea shoot DM, total P, total K and total Na, and best results were observed in treatments S*: G equivalent to 25:75 and 50:50. Soil available P and K was higher when applied PK rockbiofertilizer. The results showed that the rock biofertilizer is an alternative to soluble fertilizers, especially in sodic soils / Um experimento em casa-de-vegetação foi realizado visando avaliar os efeitos de biofertilizantes de rochas fosfatada e potássica, no desenvolvimento e absorção de nutrientes por feijão caupi em um solo salino-sodico, após a adição de enxofre inoculado com Acidithiobacillus (S*) e gesso (G) em diferentes doses (0,0; 0,8; 1,6; 2,4 and 3,2 t ha-1) e proporções relativas de S*: G (100:0; 75:25; 50:50; 25:75 e 100:0). Foi adicionado o tratamento controle sem adição de gesso e enxofre. Dois meses após a adição dos tratamentos foram analisados atributos químicos do solo e semeado o feijão feijão caupi (cv. IPA 206) com inoculação de mistura de rizóbios (NFB 516 e NFB 700) com rizóbio. Em todos os tratamentos foi aplicado biofertilizante PK com rochas fosfatada e potássica. As plantas foram coletadas 45 dias após o plantio e determinou-se: Biomassa seca da parte aérea (BSPA), P, K e Na total, pH do solo, P e K disponível e sódio trocável. O enxofrecom Acidithiobacillus reduziu o pH do solo, especialmente quando usados níveis mais elevados sem adição de gesso. A aplicação de biofertilizante PK de rochas com Acidithiobacillus reduziu ainda mais o pH do solo, especialmente quando usados os tratamentos com (S*:G) nas proporções 25:75) e 50:50. Para os tratamentos com condicionadores a adição de biofertilizantes de rochas PK incrementou a biomassa seca da parte aérea do feijão feijão caupi (BSPA), P, K e Na total. Os melhores resultados foram obtidos com as proporções S*:G equivalentes a 25:75 e 50:50. P e K diponível foram mais elevados quando aplicados os biofertilizantes de rochas com PK. Os resultados mostram que os biofertilizantes de rochas podem ser alternativos a fertilizantes solúveis,especialmente em solos sódicos
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Diversidade genética e avaliação de genótipos de feijão-caupi contrastantes para resistência aos estresses bióticos e abióticos com marcadores SSR, DAF e ISSR

Vinicius Casimiro Onofre, Alberto 31 January 2008 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T15:49:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo1523_1.pdf: 1857150 bytes, checksum: a14e48a77fbb5925257d7f1d2ffb6e8c (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O estudo da diversidade genética entre acessos de bancos de germoplasma fornece importantes subsídios aos programas de melhoramento vegetal. Com a finalidade de caracterizar a diversidade genética inter e intra-específica do gênero Vigna, as técnicas de DAF (DNA Amplification Fingerprinting), ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) e SSR (Simple Sequence Repeat) foram aplicadas no presente estudo. Vinte e nove acessos de Vigna foram selecionados para a análise, incluindo um acesso de cada uma das quatro espécies V. aconitifolia, V. angularis, V. mungo e V. radiata, bem como 23 acessos cultivados de V. unguiculata (feijão-caupi) e duas subespécies nativas (V. unguiculata ssp. cylindrica e V. unguiculata ssp. sesquipedalis) usando-se como grupo externo duas cultivares de Phaseolus vulgaris ssp. vulgaris (cv. Neckarkönigin e cv. Delinel ). No total foram geradas 1065 bandas polimórficas para a montagem da matriz de dados a partir de 46 primers, sendo quatro DAF, 22 ISSR e 20 pares SSR. Os resultados obtidos foram analisados pelos métodos de neighbor-joining (programa MEGA) e de UPGMA (programa NTSYs 2.1). Nos dendrogramas gerados, o feijão-caupi mostrou-se mais proximamente relacionado com as duas subespécies silvestres de V. unguiculata. As espécies do subgênero Ceratotropis agruparam-se em um clado distinto no qual a espécie V. aconitifolia (considerada primitiva no grupo) aparece em uma posição basal da qual emergem dois subclados incluindo as espécies V. radiata e V. mungo no primeiro e a espécie V. angularis no segundo. Os genótipos de feijão-caupi permaneceram unidos com altos valores de bootstrap (99%), formando dois subclados principais e subgrupos, vários compreendendo acessos com características agronômicas similares. Cultivares com características fenotípicas contrastantes, tais como imunidade (BR14 Mulato e TVU 382) e suscetibilidade (IT 85F-2687) a viroses; resistência (BR17-Gurguéia) e suscetibilidade (CE31) ao nematóide de galhas (Meloidogyne incognita); resistência (IT81D-1053) e suscetibilidade (CNC 0434) ao caruncho (Callosobruchus malucatus); resistência (Pitiúba) e suscetibilidade (Canapu Amarelo) a seca/salinidade, foram agrupados em clusters distintos, demonstrando desta forma haver suficiente divergência genética para seu uso como parentais em cruzamentos de mapeamento. As implicações dos resultados obtidos, especialmente no que se refere ao melhoramento do feijão-caupi são discutidas no presente trabalho
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Construção de um mapa genético para feijão-caupi com marcadores moleculares ISSR, DAF E CAPS

Lindinalva Barbosa Amorim, Lidiane 31 January 2009 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T15:51:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo1568_1.pdf: 1842388 bytes, checksum: 3486a10adb1075594f5865c9e1058e59 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A cultura do feijão-caupi é de grande importância econômica no Brasil, sendo a região Nordeste a principal produtora. A baixa resistência aos principais patógenos é um dos fatores limitantes para a competitividade brasileira da cultura no mercado nacional e internacional. Uma das doenças mais importantes é a virose, causado pelo Cowpea severe mosaic virus - CPSMV. O controle de CPSMV pode ser obtido com o uso de inseticidas no combate aos insetos vetores. Contudo, é necessário aumentar o emprego de medidas mais econômicas e que não agridam o ambiente, com a utilização de cultivares resistentes. Atualmente, o melhoramento genético de plantas está utilizando ferramentas que possibilitam a obtenção de resultados mais rápidos e precisos. Dentre elas podem-se citar os mapas genéticos, obtidos por meio de marcadores moleculares do tipo ISSR, DAF e CAPS, os quais apresentam elevado polimorfismo. Este trabalho buscou a construção de um mapa genético, visando o mapeamento de genes de resistência a doenças em feijão-caupi. Pelo cruzamento dos parentais contrastantes BR 14-Mulato e IT85F-2687 obteve-se 92 linhas endogâmicas recombinantes F6-7 que foram mecanicamente inoculadas e avaliadas quanto à reação ao Cowpea severe mosaic virus CPSMV. O programa MapMarker 2.0 foi utilizado para a construção do mapa adotando-se LOD 2.0, freqüência de recombinação r<0.40 e função de mapeamento de Kosambi. Foi gerado o mapa com 6 marcadores DAF, 27 ISSR e 6 CAPS distribuídos em 11 grupos de ligação (GL), cobrindo 492,128 cM e uma distância média entre marcadores de 16,9 cM. A reação fenotípica ao CPSMV foi codificada como um marcador e mapeado como característica qualitativa, sendo localizado a uma distância genética estimada em 28,7 cM do marcador ISSR-878. Contudo, esta distância entre a marca e o gene não permite ainda o uso de seleção assistida. O desenvolvimento de mapas de ligação para o feijão-caupi é o primeiro passo na integração de biotecnologia nos programas de melhoramento genético visando a introgressão de genes de resistência
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Ação patogênica de linhagens de Metarhizium anisopliae sobre Callosobruchus maculatus (Coleoptera: Bruchidae), e compatibilidade química a inseticidas

GUARANÁ, Carlos Fernando Rodrigues January 2007 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T15:55:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo5258_1.pdf: 1125831 bytes, checksum: ae5f7e49f764595752ed692e03bc4886 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2007 / Foram analisadas duas linhagens de Metarhizium anisopliae quanto à patogenicidade sobre insetos adultos de Callosobruchus maculatus utilizando as concentrações 108 a 104 conídios/mL-1, sendo a virulência determinada pelo percentual de mortalidade, decorridos dos doze dias de observação. Os isolados mostraram-se altamente patogênicas, provocando mortalidade superior a 50% da população de insetos já no terceiro dia após a inoculação. Os isolados de Metarhizium anisopliae var. anisopliae URM3349, e M. anisopliae var. acridum URM4412 foram agressivas ao inseto-alvo, tendo o isolado de M. anisopliae var. anisopliae URM3349 comportamento mais agressivo, sugerindo sua utilização em programas de controle biológico do caruncho do caupi. Foi avaliado, in vitro, o efeito fungitóxico de produtos fitossanitários utilizados em culturas de feijão, sobre o crescimento vegetativo e a conidiogênese nas linhagens de M. anisopliae. Independentemente do inseticida utilizado, o isolado M. anisopliae var. anisopliae URM3349, foi a que apresentou maior taxa de crescimento, enquanto o isolado M. anisopliae var. acridum URM4412 apresentou maior efeito inibitório no crescimento micelial. A compatibilidade dos isolados de M. anisopliae variou amplamente dentro de cada linhagem e entre os inseticidas estudados, sendo Quimióleo (azadiractina) o produto que apresentou o maior efeito fungitóxico e M. anisopliae var. acridum URM 4412 o fungo mais sensível ao efeito dos defensivos agrícolas. As linhagens, em associação aos inseticidas utilizados, podem ser recomendadas para o Manejo Integrado de Praga do Caupi
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Repostas transcricionais e estresse-induzidas em genótipos constrastantes de Glycine max (soja) e Vigna unguiculata (feijão-caupi)

BEZERRA NETO, João Pacifico 12 February 2016 (has links)
Submitted by Rafael Santana (rafael.silvasantana@ufpe.br) on 2018-02-02T18:09:21Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) João Pacifico Bezerra Neto - PPGCB - Doutorado 2016.pdf: 6726842 bytes, checksum: e961cc72371215fdb0cc36db04b0fa89 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-02T18:09:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) João Pacifico Bezerra Neto - PPGCB - Doutorado 2016.pdf: 6726842 bytes, checksum: e961cc72371215fdb0cc36db04b0fa89 (MD5) Previous issue date: 2016-02-12 / FACEPE / As plantas evoluíram para sobreviver em ambientes onde muitas vezes são impostas condições adversas, tais como estresses abióticos (temperatura, luz, seca, salinidade, frio), ou bióticos (vírus, bactérias, fungos e nematoides). Para sua sobrevivência, desenvolveram inúmeros mecanismos que permitem a detecção de mudanças ambientais, bem como a indução de respostas específicas às condições estressantes impostas, minimizando as perdas. Existem genes-chave nos mecanismos de adaptação, especialmente os relacionados à desintoxicação, à homeostase e à reprogramação dos padrões de expressão gênica, envolvendo mudanças em nível fisiológico. A identificação de genes-candidatos promissores para o melhoramento de espécies cultivadas com relação aos principais estresses ainda está aquém das necessidades. Assim, a identificação e caracterização de genes relacionados com a resposta vegetal a estresses foi realizada para as culturas da soja e do feijão-caupi, em seus respectivos transcriptomas, por métodos computacionais. Quando estão sob estresse, as plantas podem ativar respostas celulares, incluindo a produção de proteínas antioxidantes, com o intuito de minimizar os danos e evitar a ação tóxica de ROS (Espécies Reativas de Oxigênio) nas células vegetais. Neste contexto, foram identificados 1.273 transcritos em feijão-caupi e 451 transcritos em soja, distribuídos em 15 categorias de genes ROS que desempenham papéis importantes no estresse oxidativo. Estes genes compõem um grupo de enzimas antioxidantes que trabalham em conjunto para manter um nível de estado estacionário intracelular, promovendo o crescimento da planta, desenvolvimento, ciclo celular, a sinalização hormonal, reforçando respostas aos estressores ambientais abióticos e bióticos, semelhante ao observado em outras espécies de plantas. Além das ROS fatores de transcrição (FTs) representam um papel crucial, como os principais reguladores da tolerância vegetal ao estresse. Nesse contexto, foi realizada uma identificação das famílias de FTs, presentes no transcriptoma de duas variedades contrastantes de feijão-caupi (sensível e tolerante a seca). Foram identificados 4.822 transcritos, classificados em 64 famílias, com expressão diferencial nos diferentes tempos de exposição ao estresse e cultivares, exibindo indução da expressão em condições de estresse. As interações entre as famílias gênicas reguladoras e os genes regulados permitiram a criação de modelos computacionais para a compreensão da arquitetura e funcionamento da rede de regulação gênica vegetal frente ao estresse, permitindo a identificação eficiente de candidatos para o melhoramento vegetal e fins biotecnológicos. / Plants evolved to survive in environments that often impose adverse conditions, such as abiotic (temperature, light, drought, salinity, cold) and biotic stresses (viruses, bacteria, fungi and nematodes). For survival, they developed several mechanisms that enable the detection of environmental changes, as well as induction of specific responses to the imposed stress conditions, minimizing losses. There are key genes associated to adaptation mechanisms; especially those related to detoxification, homeostasis and gene expression patterns reprogramming, involving changes at physiological level. The identification of promising candidate genes for cultivated species improvement related to main stresses is still far from the necessities. Thus, the identification and characterization of genes related to plant response to stress was carried out for soybean and cowpea in their transcriptome by computational methods. When under stress, plants can activate cellular responses, including production of antioxidant proteins, in order to minimize damage and avoid toxic action of ROS (Reactive Oxygen Species) in plant cells. In this context, 1,273 transcripts were identified in cowpea and 451 transcripts in soybean, distributed into 15 ROS gene categories that play important roles in oxidative stress. These genes form a group of antioxidant enzymes that work in concert to maintain a steady intracellular level state, promoting plant growth, development, cell cycle, and hormonal signaling, reinforcing responses to biotic and abiotic environmental stressors, like observed in other plant species. Apart from ROS, transcription factors (TFs) play a crucial role as the primary regulators of plant stress tolerance. In this context, the identification of TF families was conducted for transcriptome data for two contrasting cowpea varieties (sensitive and tolerant to drought). 4,822 transcripts were identified, being classified into 64 families, differentially expressed in different times of exposure to stress and cultivars, exhibiting induction of expression under stress conditions. The interactions between regulatory gene families and regulated genes allowed the creation of computational models for understanding the architecture and operation of the plant against stress gene regulation network, allowing efficient identification of candidates for plant breeding and biotechnological purposes.
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Otimização da FBN e resposta antioxidativa do feijão-caupi (Vigna unguiculata [L.] Walp.) com e sem estresse salino / Optimization of FBN and antioxidant response of cowpea (Vigna unguiculata [L.] Walp.) with and without saline stress

SANTOS, Alexandra de Andrade 23 February 2017 (has links)
Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2018-07-12T14:49:02Z No. of bitstreams: 1 Alexandra de Andrade Santos.pdf: 3785328 bytes, checksum: 46f269f48fadb94c6bbfea4c0ffdd689 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-12T14:49:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Alexandra de Andrade Santos.pdf: 3785328 bytes, checksum: 46f269f48fadb94c6bbfea4c0ffdd689 (MD5) Previous issue date: 2017-02-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / In order to mitigate the deleterious effects of abiotic stress has been increasing the use of growth-promoting bacteria in plants in association with diazotrophic bacteria. Such association may promote a favorable environment for plant growth and lead to the increase of biological nitrogen fixation. In this context, the aim of this work was to evaluate the synergism of the co-inoculation with Bradyrhizobium sp. and PGPB as an alternative to optimize the symbiotic performance and development of cowpea with or without induction of saline stress, as well as to investigate the key enzymes in the BNF process related to nitrogen-carbon metabolism and oxidative stress/protection. Two experiments were conducted in a greenhouse at the Agronomical Institute of Pernanbuco (IPA), with cowpea cv. "IPA 206" and were inoculated with Bradyrhizobium sp. (UFLA 03-84) and coinoculated with different strains of PGPB. In the first experiment the plants were cultivated under axenic conditions, inoculated with Bradyrhizobium sp. Inoculated and coinoculated with Bradyrhizobium sp. e 15 PGPB strains, being maintained with 50 mmol L-1 NaCl and without salt stress, using a randomized block design with (16 x 2) + 1 factorial arrangement, one inoculation with Bradyrhizobium sp. and four co-inoculations with Bradyrhizobium sp. and PGPB and one absolute control with three replications. In the second experiment, the experimental design was randomized blocks with (5 x 2) + 1 factorial arrangement and one absolute control with four replications. Several parameters related to symbiosis were measured, biochemical indicators related to nitrogen-carbon metabolism and oxidative stress/protection. The responses regarding the synergism of microorganisms, growth, nodulation and mechanisms of tolerance to salinity were observed in the plants coinoculated with Bradyrhizobium. sp. and Actinomadura sp.; Bradyrhizobium sp. and Bacillus sp.; Bradyrhizobium sp. and Streptomyces sp.; Bradyrhizobium sp. and Paenibacillus graminis and Bradyrhizobium sp. and Paenibacillus durus, were promising to optimize symbiotic performance and the development of cowpea cv. "IPA206". The salinity affected some parameters in the nitrogen-carbon metabolism in cowpea plants, showing a decrease in nodule total nitrogen, amino acids, free ammonia, ureides, proteins, and in the increase of sucrose and soluble sugars, as well as in the increase of sodium content, hydrogen peroxide, lipid peroxidation, superoxide dismutase activity and decreased redox status of glutathione. Co-inoculation Bradyrhizobium sp. and Bacillus sp. in the cowpea cv. "IPA 206" provided better symbiotic performance, mitigating the deleterious effects of stress and was promising the response to oxidative stress. / A fim de mitigar os efeitos deletérios do estresse abiótico, tem sido crescente o uso de bactérias promotoras de crescimento em plantas (BPCP) em associação com bactérias diazotróficas. Tal associação pode promover um ambiente favorável para o crescimento vegetal e levar ao incremento da fixação biológica de nitrogênio (FBN). Neste contexto, o trabalho teve como objetivos avaliar o sinergismo da coinoculação com Bradyrhizobium sp. e BPCP como alternativa para otimizar a performance simbiótica e o desenvolvimento do feijão-caupi com e sem indução de estresse salino, assim como investigar as enzimas chaves no processo da FBN referentes ao metabolismo nitrogênio-carbono e de estresse/proteção oxidativo. Foram conduzidos dois experimentos em casa-de-vegetação do Instituto Agronômico de Pernambuco (IPA), com feijão-caupi cv. “IPA 206” e foram inoculadas com Bradyrhizobium sp. (UFLA 03-84) e coinoculadas com diferentes estirpes de BPCP. No experimento I, as plantas foram cultivadas em condições axênicas, inoculadas com Bradyrhizobium sp. isoladamente e coinoculadas com Bradyrhizobium sp. e 15 estirpes de BPCP, sendo mantidas com 50 mmol L-1 de NaCl e sem estresse salino, usando o delineamento em blocos casualizados, com arranjo fatorial (16 x 2) + 1 controle absoluto, com três repetições. No experimento II, o delineamento experimental adotado foi em blocos ao acaso com arranjo fatorial (5 x 2) + 1 controle absoluto, com quatro repetições, sendo uma inoculação com Bradyrhizobium sp. e quatro coinoculações com Bradyrhizobium sp. e BPCP. Foram avaliados vários parâmetros referentes à simbiose, indicadores bioquímicos relacionados ao metabolismo nitrogênio-carbono e ao estresse/proteção oxidativo. As respostas em relação ao sinergismo dos micro-organismos, crescimento, nodulação e mecanismos de tolerância à salinidade foram observadas nas plantas coinoculadas com Bradyrhizobium. sp. e Actinomadura sp.; Bradyrhizobium sp. e Bacillus sp.; Bradyrhizobium sp. e Streptomyces sp.; Bradyrhizobium sp. e Paenibacillus graminis; e Bradyrhizobium sp. e Paenibacillus durus. Estas associações foram promissoras para otimizar a performance simbiótica e o desenvolvimento do feijão-caupi cv. “IPA206”. A salinidade afetou alguns parâmetros no metabolismo nitrogênio-carbono nas plantas de feijão-caupi, promovendo diminuição nos teores do nitrogênio total em nódulos, aminoácidos, amônia livre, ureídeos, proteínas, e no aumento dos teores de sacarose e açúcares solúveis, assim como no aumento do teor de sódio, peróxido de hidrogênio, peroxidação de lipídeos, atividade da superóxido dismutase e diminuição do status redox da glutationa. A coinoculação de Bradyrhizobium sp. e Bacillus sp. no feijão-caupi cv. “IPA 206” proporcionou uma melhor performance simbiótica, mitigando os efeitos deletérios do estresse salino e foi promissora na resposta ao estresse oxidativo.
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Análise computacional de genes associados ao metabolismo de fixação de nitrogênio no feijão-caupi (Vigna unguiculata) e cana-de-açúcar (Saccharum spp.)

Souto Vieira de mello, Gabriela 31 January 2009 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T18:02:25Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3643_1.pdf: 2694138 bytes, checksum: 794a94d7f15d2fde9b79a3808d3c4fc6 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A fixação biológica de nitrogênio tem sido um dos principais focos de interesse no que se refere à nutrição mineral vegetal, sendo explorada na agricultura como uma fonte ecologicamente benigna de nitrogênio, além de reduzir o uso de fertilizantes químicos, que aumentam o custo da produção e causam danos ao meio ambiente. Nesse contexto, destacase a relação simbiótica entre bactérias da família Rhizobiaceae e raízes de leguminosas que permitem à planta, através dos nódulos radiculares, a absorção do nitrogênio fornecida pela bactéria, enquanto esta faz uso dos fotossintatos e de um ambiente microaeróbico fornecido pela planta. Esse trabalho teve como objetivo identificar, através de ferramentas computacionais, seqüências dos genes que participam da fixação de nitrogênio (NORK, DMI3, NIN, NSP1, Anexina, CCS52a, ENOD40, ENOD8, NOD26, DMT1, NOD70, Glutamina sintase, Leghemoglobina, NOD35 e Sucrose sintase) nos transcriptomas de Vigna unguiculata e de Saccharum officinarum. Foi possível a identificação de 263 ortólogos às nodulinas estudadas no transcriptoma do feijão-caupi, com destaque para as Leghemoglobinas que corresponderam a 95% dos clusters identificados. Com relação aos genes estudados na cana-de-açúcar, foram observados 195 clusters ortólogos, apresentando em sua maioria uma alta similaridade com nodulinas de outras monocotiledôneas. De uma forma geral, o estudo pôde constatar a presença das nodulinas em todos os tecidos analisados, com diferentes níveis de expressão. A maioria dos transcritos se encontrava nas bibliotecas de folhas infectadas e de raiz sob estresse salino no caso do caupi e em flores e raízes no caso da cana. Quando analisadas através de alinhamentos múltiplos, as nodulinas oriundas de diferentes organismos e aquelas encontradas no caupi apresentaram maior semelhança entre espécies pertencentes à mesma classe. Com relação às Angiospermas em geral, a família Fabaceae foi separada do restante, confirmando a função divergente e especifica destes genes no grupo. Os resultados do presente estudo sugerem o envolvimento das nodulinas em vias amplamente conservadas do desenvolvimento vegetal, confirmando o papel multifuncional desses genes além da interação benéfica com microorganismos. De uma forma geral, esse trabalho tem potencial para colaborar com o desenvolvimento de marcadores moleculares para o melhoramento das espécies estudadas, assim como para o entendimento da abundância, diversidade e evolução destes genes. O estudo pode ainda fornecer meios de elucidar os mecanismos envolvendo esses genes em outras vias, que não a de fixação, promovendo não só o controle adicional desses processos, como também uma possível expansão dessa vantajosa relação para plantas nãoleguminosas de importância econômica
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Efeito do Cowpea severe mosaic virus na taxa fotossíntética e na produtividade de plantas de caupi Vigna unguiculata L.(Walp) e avaliação da eficiência do acibenzolar-s-metil na indução de resistência ao mosaico severo.

Barros, Márcia Carine da Silva 28 February 2007 (has links)
The culture of caupi (Vigna unguiculata) represents an important alternative in the suppliment of the proteins necessities of small agriculturists in the Northeast region of Brazil. In this work the effect of the severe mosaic, (Cowpea severe mosaic virus - CPSMV), was determined, on the production and content of chlorophyll of plants of caupi, cv. Sempre verde in conditions of controlled inoculations and evaluation of the job of the inductor of Acibenzolar-S-metil resistance (ASM) as an option to reduce the losses of the culture caused by the illness. For analysis of the losses two experiments at distinct times had been lead. In these experiments the plants had been submitted the inoculations at two different times, being first to the 14 or 19 days and second to the 29 or 34 days after plantation (DAP). The effect of the illness on the content of chlorophyll was evaluated comparing it concentration of chl orophyllin leves of plants inoculated with leves of plants not inoculated, using a portable measurer (SPAD). To evaluate the potential of the ASM as alternative for the reduction of the severity of the severe mosaic one evaluated the number of string beans for plant and the weight of grains of plants dealt and not treated (seeds and/or aerial part) with ASM. The losses in the income had varied of 42 91 %, being that the more precocious the inoculations most drastic had been the losses, suggesting that measured of control, as the reduction of the population of the vectors must be concentrated in the initial phases of the culture. The reduction in the productivity of plants of caupi can be explained in part, for the reduction of the number of plants for parcel, therefore many plants inoculated to the 14 or 19 DAP had died in result of the infection and for the reduction of the concentration of chlorophyll that it was observed in the inoculated plants. The treatment of plants of caupi with ASM, (seed and/or aerial part), did not promote reduction of the severity of the illness nor the increase of the productivity of the plants. / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas / O cultivo do caupi (Vigna unguiculata) representa uma importante alternativa no suprimento das necessidades protéicas de pequenos agricultores na região Nordeste do Brasil. Neste trabalho foi determinado o efeito do mosaico severo, (Cowpea severe mosaic vírus - CPSMV), sobre a produção e teor de clorofila de plantas de caupi, cv. Sempre Verde em condições de inoculações controladas e avaliação do emprego do indutor de resistência Acibenzolar-S-metil (ASM) como uma opção para reduzir as perdas da cultura ocasionadas pela doença. Para análise das perdas foram conduzidos dois experimentos em distintas épocas. Nesses experimentos as plantas foram submetidas a inoculações em duas épocas diferentes, sendo a primeira aos 14 ou 19 dias e a segunda aos 29 ou 34 dias após o plantio (DAP). O efeito da doença sobre o teor de clorofila foi avaliado comparando-se a concentração de clorofila em folhas de plantas inoculadas com folhas de plantas não inoculadas, empregandose um medidor portátil (SPAD). Para avaliar o potencial do ASM como alternativa para a redução da severidade do mosaico severo avaliou-se o número de vagens por planta e o peso de grãos de plantas tratadas e não tratadas (sementes e/ou parte aérea) com ASM. As perdas no rendimento variaram de 42 a 91 %, sendo que quanto mais precoce as inoculações mais drásticas foram as perdas, sugerindo que medidas de controle, como a redução da população dos vetores devem ser concentradas nas fases iniciais da cultura. A redução na produtividade de plantas de caupi pode ser explicada em parte, pela diminuição do número de plantas por parcela, pois muitas plantas inoculadas aos 14 ou 19 DAP morreram em decorrência da infecção e pela redução da concentração de clorofila que foi observada nas plantas inoculadas. O tratamento de plantas de caupi com ASM, (semente e/ou parte aérea), não promoveu redução da severidade da doença nem o aumento da produtividade das plantas.

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