In the area of information visualization social or biological networks are visualized ina way so that they can be explored easily and one can get more information about thestructure of the network out of it. The use of network centralities in the field of network analysis plays an importantrole when it comes to the rating of the relative importance of vertices within the networkstructure based on the neighborhood of them. Such a single network can be renderedeasily by the use of standard graph drawing algorithms. But it is not only the explorationof one centrality which is important. Furthermore, the comparison of two or more of themis important to get some further meaning out of it. When visualizing the comparisonof two or more network centralities we are facing new problems of how to visualizethem in a way to get out the most meaning of it. We want to be able to track all thechanges in the networks between two centralities as well as visualize the single networksas best as possible. In the life sciences centrality measures help scientists to understand theunderlying biological processes and have been successfully applied to different biologicalnetworks. The aim of the thesis is it to overcome those problems and to come up with a new solutionof how to visualize networks and its centralities. This thesis introduces a new way ofrendering networks including their centrality values along a circular view. Researches canthen be focused on the exploration of the centrality values including the network structure,without dealing with visual clutter or occlusions of nodes. Furthermore, filtering based instatistical data concerning the datasets and centrality values support this.

The yeast Saccharomyces cerevisiae genome is descendant from a whole genome duplication event approximately 150 million years ago. Following this duplication many genes were lost however, a certain class of genes, termed ohnologs, persist in duplicate. In this thesis we investigate network centrality as it relates to ohnolog re- tention with the goal of determining why only certain genes were retained. With this in mind, we compare physical and genetic interaction networks and genetic and pro- tein sequence data in order to reveal how network characteristics and post-duplication retention are related. We show that there are two subclasses of ohnologs, those that interact with their duplication sister and those that do not and that these two classes have distinct characteristics that provide insight into the evolutionary mechanisms that affected their retention following whole genome duplication. Namely, a very low ratio of non-synonymous mutations per non-synonymous site for ohnologs that retain an interaction with their duplicate. The opposite observation is seen for ohnologs that have lost their interaction with their duplicate. We interpret this in the fol- lowing way: ohnologs that have retained their interaction with their duplicate are functionally constrained to buffer for the other ohnolog. For this reason they are retained; ohnologs that have lost their interaction with their duplicate are retained because they are functionally divergent to the point of being individually essential. Additionally we investigate small scale duplications and show that, generally, the mechanism of duplication (smale scale or whole genomes) does not affect the distri- bution of network characteristics. Nor do these network characteristics correlate to the selective pressure observed by retained paralogous genes, including both ohnologs and small scale duplicates. In contrast, we show that the network characteristics of individual genes, particularly the magnitude of their physical and genetic network centralities, do influence their retention following whole genome duplication. / Graduate / mjrimrie@gmail.com

A aglomeração de São Paulo no final do século XIX começa a tomar corpo de uma cidade moderna que se firma como metrópole em meados do século XX. O samba, muito mais que um simples estilo musical, chega da zona rural paulista e na aglomeração de São Paulo toma características \"urbanas\" passando a ser usado como voz por parte dos novos moradores, na grande maioria mão-de-obra barata. O crescimento do aglomerado impôs ao samba a necessidade de mudanças para ser incorporado à dinâmica urbana insurgente e de conseqüentes transformações sociais que ocorriam gerando centralidades peculiares. Visto como \"marginal\" na sociedade paulistana até praticamente o final do século XX, senão até hoje, cabe-nos desvendar em que contexto o samba se desenvolveu (início do séc. XX até início do séc. XXI), sempre na perspectiva do crescimento urbano paulistano, compreendendo seus valores e como estes contribuíram para a formação de uma cultura urbana paulistana típica de periferia formada em grande parte por pessoas vindas da área rural: na maioria negros que encontraram vasta heterogeneidade de tipos humanos e culturas, que aparentemente não poderiam se misturar, mas que acabaram identificando-se e fundindo-se no mesmo sentimento de pertença em uma nova realidade, agora urbana em suas vidas. A trajetória que o samba percorre do rural ao urbano serve como fundamento de leitura da metamorfose da sociedade brasileira, tendo São Paulo como referência no bojo da modernização da aglomeração e de sua metropolização. / The gathering of people in São Paulo city at the end of the XIX century starts to shape it into a modern city, which establishes itself as a metropolis at the end of the XX century. The Samba rhythm, much more than just a musical style, comes from the rural areas of the São Paulo State and in the bringing together of people, takes urban features and is used as a common voice by the newcomers, the vast majority of cheap labour. The growth of the gathering imposes a need of change to the Samba, so to be incorporated into the upcoming dynamic of it, as well as into social transformations which were happening, generating peculiar centralities. Not seen favourably by the society of the city, the Paulistas, until practically the end of the XX century, perhaps till today, we place ourselves to reveal in what context the Samba developed (from the beginning of the XX century until the beginning of the XXI century), always with a point of view based on the urban growth of São Paulo city, understanding its values and how these contributed in the formation of the city\'s typically urban and peripheral culture, formed a great deal by black rural people who found vast heterogeneity of human and cultural types which apparently could not mix, but ended up identifying with one another and based themselves in the same feeling which belonged to a new reality, now urban, in their lives. As a trajectory, the Samba travels from rural to urban and serves as a reading foundation to the metamorphosis of the Brazilian society, having the city of São Paulo as a reference in the interior of the modernization of the gathering and its metropolitanization.

Analisar a integração territorial da região do Médio Solimões no Amazonas por meio do papel da centralidade de Tefé no contexto de uma globalização relativizada é o grande objetivo desta tese. Em primeiro lugar, apresenta-se a história dos fluxos desta região via a periodização da formação histórica da centralidade tefeense. Posteriormente se analisa as funcionalidades da centralidade tefeense sob o contexto de uma modernização incompleta com o intuito de compreender as relações de Tefé com as cidades circunvizinhas, identificando os fluxos contemporâneos mais significativos social e economicamente. Em particular, estuda-se o desempenho dos serviços e das finanças, atividades que integram fragilmente a região de Tefé ao meio técnico-científico-informacional. Trata-se esta questão a partir de seu papel como cidade intermediária concomitante às funcionalidades de uma cidade regional, contribuindo para a discussão de uma dialética do território que produz o encontro entre o velho e o novo e a coexistência de divisões do trabalho modernas e pretéritas. Esta tese fornece subsídios para a compreensão de que os fluxos da centralidade tefeense integram as cidades da sua Região de Influência. Como se realiza esta integração em um subespaço onde estes mesmos fluxos são limitados e, concomitantemente, fundamentais para a economia do município de Tefé e dos circunvizinhos? Qual o papel da centralidade de Tefé na integração e desenvolvimento regional no inexorável processo de globalização contemporânea? A hipótese que uma integração relativizada perpetue a condição de pobreza e de baixo desenvolvimento social e econômico nas cidades da região de Tefé em decorrência da manutenção de condicionantes que estabelecem uma modernização incompleta orienta a pesquisa. Esta integração relativizada ocorre em razão da existência de uma rede de telecomunicações e objetos de teleação com funcionamentos deficientes, via infraestruturas limitadas, que prejudicam a fluidez das relações e dos fluxos. Evidencia-se que fluxos virtuosos, ou seja, os que permitem uma integração territorial e que fortalecem os laços e relações que subsidiam o desenvolvimento econômico e social permitem a Tefé configurar-se como um território de todos. Ao mesmo tempo identifica-se, na região do Médio Solimões, fluxos fragmentadores ou desvirtuosos à integração e ao desenvolvimento partindo de agentes da globalização que operacionalizam de forma verticalizada atividades em benefício de uma parte reduzida da população, dado seu caráter altamente seletivo. / To analyze the territorial integration of the region of Médio Solimões in the Amazon throught the roll of Tefés centrality in the context of a relativized globalization is the main objective of this thesis. First of all, the history of this regions flows through the chronology of historical formation of the tefeense centrality is presented. Subsequently, the functionalities of the tefeense centrality are analyzed under the context of an incomplete modernization with the aim of understanding Tefés relationships with the neighboring cities, identifying the more significant contemporary flows, both socially and economically. In particular, the performance of services and finances is studied, which are activities that weakly take part in the region of Tefé in the technical-scientificinformational community. This issue is treated from its roll as an intermediary city, concomitantly to the functionalities of a regional city, and contributes to the discussion of a territory dialectic that produces the encounter between old and new and the coexistence of modern and past labor divisions. This thesis provides subsides for the better understanding that the flows of the tefeense centrality integrate the cities of its Influence Region. How does this integration takes place in a subspace where these very flows are limited and, concomitantly, fundamental to the economy of the municipality of Tefé and to the neighboring towns? What is the role of Tefés centrality in the integration and regional development in the inexorable process of contemporary globalization? The hypotheses that a relativized integration perpetuates the condition of poverty and low social and economic development in the cities of Tefés region due to maintenance of conditions that establish an incomplete modernization orient the investigation. This relativized integration occurs due to the existence of a telecommunication network and teleaction objects with malfunctions, via limited infrastructures, that can damage the fluidity of relations and flows. It is shown that virtuous flows, in other words, the ones that allow a territorial integration and that strengthen the ties and relations that subside the economic and social development enable Tefé to become a territory for all. At the same time, in the region of Médio Solimões, fragmented or non-virtuous flows of integration and development that come from globalization agents are identified and they operationalize activities in a vertical way in the interests of a reduced part of the population, given its highly selective character.

A pesquisa aqui desenvolvida visou elucidar os nexos que definem a produção do espaço da metrópole de Porto Alegre no período atual, sobretudo nos últimos 15 anos. O trabalho inicialmente estabelece os fundamentos teóricos para compreender o movimento que transforma o espaço urbano em mercadoria, para em seguida identificar como esse processo se desenvolve, em Porto Alegre, definindo centralidades de valorização no espaço urbano, para cuja efetivação as estratégias das empresas do setor imobiliário são primordiais. Com isso em vista, o trabalho utilizou o conceito de fronteira urbana para aprimorar o entendimento das estratégias de valorização do espaço, verificando como esse processo se consumou no empreendimento Jardim Europa, localizado no setor leste da cidade de Porto Alegre. Colocou-se em evidência o fato de que as empresas do setor imobiliário esforçam-se constantemente por integrar áreas menos valorizadas à esfera de circulação de seu capital, com o intuito de obter sobrelucros de incorporação. Para atrair segmentos das classes média e alta para áreas menos valorizadas da cidade, as empresas lançam mão de publicidade maciça, vendendo signos do bem-estar e da harmonia com a natureza, bem como procuram apoiar-se no Estado, que frequentemente respalda suas iniciativas. O resultado é a permanente remodelação do espaço urbano sob a égide da acumulação de capital, o que conduz à reiteração das distâncias sociais e espaciais entre os centros valorizados e as vastas periferias urbanas características do capitalismo brasileiro. / The current research attempted to reveal the central aspects of the production of the metropolitan space of Porto Alegre during the last 15 years. First of all, we established the theoretical framework which helped us understand the movement that transforms space into a commodity. This has allowed us to demonstrate how this transformation has been occurring in Porto Alegre and how it has given rise to new spatial centralities in terms of real estate development. This is a process largely carried out by business strategies devised by large real estate developers. Having this in view, we made use of the concept of urban frontier in order to enrich our understanding of the business strategies of real estate development, paying attention to the changes occurred with Jardim Europa, a large development project located in the Eastern part of Porto Alegre. We emphasized the fact that large developers strive to incorporate areas of lower land prices into the sphere of circulation of their capital with the aim of obtaining surplus development profits. So as to attract middle and upper class households to these frontiers, developers employ massive advertising campaigns, selling signs of welfare and of harmony with nature, at the same time as they rely on the local state, which usually supports their development schemes. The result of this is the restless refashioning of urban space carried out by capital accumulation, thus leading to the reinforcement of the social and spatial distances that separate the gentrified neighborhoods and the vast urban peripheries typical of capitalism as it has developed in Brazil.

O objetivo central deste trabalho é analisar as relações entre parques tecnológicos, cidade e região por meio do estudo de caso do parque tecnológico Tecnopuc, situado na Região Metropolitana de Porto Alegre. Busca-se demonstrar que a reestruturação pela qual o sistema econômico mundial vem passando desde as últimas décadas do século XX tem ocasionado a dispersão de filiais das grandes empresas transnacionais da nova economia para determinadas regiões urbanas do mundo, entre elas a cidade de Porto Alegre e sua região metropolitana. Muitas dessas filiais instalam-se em parques tecnológicos que contam com o apoio de políticas públicas. No caso de Porto Alegre, o Programa Porto Alegre Tecnópole promoveu a implantação do Tecnopuc e de outros parques tecnológicos, contribuindo para ampliar a relevância estratégica da cidade de Porto Alegre na rede mundial de cidades. A partir dos resultados da aplicação de questionário e de entrevista com líderes empresariais, pôde-se mostrar que o Tecnopuc abriga, além de filiais de empresas transnacionais, várias empresas locais da nova economia, gerando inúmeros fluxos globais que atribuem alta densidade informacional ao seu território. Também foi possível mostrar que o Tecnopuc possui funcionários majoritariamente jovens, do sexo masculino e com formação superior. O mapeamento dos locais de residência desses funcionários revela que o Tecnopuc reforça centralidades existentes na cidade e na metrópole através de dois eixos: um urbano, em Porto Alegre, ao longo das Avenidas Ipiranga e Bento Gonçalves, com características de cidade consolidada; e o outro metropolitano, ao longo da BR-116, com características de cidade difusa e fragmentada. Além disso, o mapeamento mostra que esses jovens profissionais, os principais insumos das empresas da nova economia, preferem morar em bairros centrais, consolidados, com vida noturna e urbanidade. / The main goal of this paper is to analyze the relationships between science parks, city and region through the case study of Tecnopuc, which is located in the metropolitan area of Porto Alegre. Sought to demonstrate that the restructuring by which the world economic system has been going through since the last decades of the 20th century has provoked the dispersion of big transnational corporation’s branches of the new economy in certain urban regions of the world, between them, the city of Porto Alegre and its metropolitan area. Many of these branches are located in science parks that are supported by public policies. It was verified that Porto Alegre and its metropolitan area, through the Porto Alegre Tecnopole Program, has promoted the installation of Tecnopuc and others science parks increasing the strategic relevance of the city of Porto Alegre, in the world network of cities. Based on the results of the questionnaire application and the interview with business leaders, It is shown that Tecnopuc shelters, besides branches of transnational companies, various local businesses of the new economy, generating innumerous global fluxes that attribute high informational density to their territory. It is also shown that Tecnopuc has mostly young male employees with high education. The mapping of the places of residence of these employees reveals that Tecnopuc reinforces existing centralities in the city and in the metropolis through two axes: one urban, in Porto Alegre, along the Ipiranga and Bento Gonçalves Avenues, with characteristics of a consolidated city; And the other metropolitan, along the BR-116, with characteristics of diffuse and fragmented city. In addition, the mapping shows that these young professionals, the main inputs of the new economy companies, prefer to live in centralized, consolidated neighborhoods with nightlife and urbanity.

A pesquisa aqui desenvolvida visou elucidar os nexos que definem a produção do espaço da metrópole de Porto Alegre no período atual, sobretudo nos últimos 15 anos. O trabalho inicialmente estabelece os fundamentos teóricos para compreender o movimento que transforma o espaço urbano em mercadoria, para em seguida identificar como esse processo se desenvolve, em Porto Alegre, definindo centralidades de valorização no espaço urbano, para cuja efetivação as estratégias das empresas do setor imobiliário são primordiais. Com isso em vista, o trabalho utilizou o conceito de fronteira urbana para aprimorar o entendimento das estratégias de valorização do espaço, verificando como esse processo se consumou no empreendimento Jardim Europa, localizado no setor leste da cidade de Porto Alegre. Colocou-se em evidência o fato de que as empresas do setor imobiliário esforçam-se constantemente por integrar áreas menos valorizadas à esfera de circulação de seu capital, com o intuito de obter sobrelucros de incorporação. Para atrair segmentos das classes média e alta para áreas menos valorizadas da cidade, as empresas lançam mão de publicidade maciça, vendendo signos do bem-estar e da harmonia com a natureza, bem como procuram apoiar-se no Estado, que frequentemente respalda suas iniciativas. O resultado é a permanente remodelação do espaço urbano sob a égide da acumulação de capital, o que conduz à reiteração das distâncias sociais e espaciais entre os centros valorizados e as vastas periferias urbanas características do capitalismo brasileiro. / The current research attempted to reveal the central aspects of the production of the metropolitan space of Porto Alegre during the last 15 years. First of all, we established the theoretical framework which helped us understand the movement that transforms space into a commodity. This has allowed us to demonstrate how this transformation has been occurring in Porto Alegre and how it has given rise to new spatial centralities in terms of real estate development. This is a process largely carried out by business strategies devised by large real estate developers. Having this in view, we made use of the concept of urban frontier in order to enrich our understanding of the business strategies of real estate development, paying attention to the changes occurred with Jardim Europa, a large development project located in the Eastern part of Porto Alegre. We emphasized the fact that large developers strive to incorporate areas of lower land prices into the sphere of circulation of their capital with the aim of obtaining surplus development profits. So as to attract middle and upper class households to these frontiers, developers employ massive advertising campaigns, selling signs of welfare and of harmony with nature, at the same time as they rely on the local state, which usually supports their development schemes. The result of this is the restless refashioning of urban space carried out by capital accumulation, thus leading to the reinforcement of the social and spatial distances that separate the gentrified neighborhoods and the vast urban peripheries typical of capitalism as it has developed in Brazil.

A presente pesquisa disserta sobre a influência do consumo de objetos, serviços e lugares na produção da distinção social entre indivíduos de diferentes estilos de vida, através de sua manifestação espacial. Para tanto, a análise debruça-se sobre duas centralidades na cidade de Novo Hamburgo (RS), onde é possível apreender através da paisagem, das práticas e do cotidiano dos lugares as manifestações da distinção ligada ao uso e consumo no e do espaço. Sendo o consumo um atributo de distinção, o espaço de sua ação também é utilizado como forma de segmentações de estilo de vida. Por intermédio da análise dos enunciados dos comerciantes, transeuntes e consumidores das centralidades estudadas, buscou-se compreender como os discursos sobre essas espacialidades são utilizados como meios de identificação e distinção entre os diferentes estilos de vida. Logo, o resultado encontrado a partir das análises revela um complexo campo de relações entre estilos de vida homólogos e distintos e seus vínculos com os espaços de representação e distinção. / This research dissertates about the influence of the consumption of objects, services and places in the production of social distinction between individuals of different lifestyles, through its special manifestation. Therefore, the analysis explore two centralities in the city of Novo Hamburgo (RS), where it is possible to capture over the landscape, the practices and the daily-life on the places, the manifestation of distinction related to the use and consume on and of the place. As the consumption of objects is a distinguishing attribute, the space of its action is also used as a way of segmentation of lifestyle. Through the statements of the merchants, passers-by and consumers of the studied centralities, the analysis sought to understand how the speeches about these spatiality are used as ways of identification and distinction between the different lifestyles. Therefore, the results found from the analysis reveals a complex field of relations between equivalent and distinct lifestyles and their link with the spaces of representation and distinction. / La investigación se ocupa de la influencia de los bienes de consumo, servicios y lugares en la producción de distinción social entre personas de diferentes ámbitos de la vida a través de su manifestación espacial. Por lo tanto, el análisis se centra en dos centralidades en la ciudad de Novo Hamburgo (RS), donde se puede aprender a través de la paisaje, las prácticas y los lugares de las manifestaciones cotidianas de distinción relacionadas con el uso y el consumo de lo espacio. A medida que el consumo es un atributo distintivo, el alcance de su acción también se utiliza como una forma de estilo de vida. A través del análisis de las declaraciones de los comerciantes, transeúntes y consumidores de centralidad estudiados, hemos tratado de entender cómo se utilizan los discursos sobre estos espacialidad como un medio para identificar y distinguir entre diferentes estilos de vida. Por lo tanto, los resultados encontrados en el análisis revela un complejo campo de las relaciones entre los estilos de vida y diferentes contrapartes y sus vínculos con los espacios de representación y distinción.

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O objetivo central deste trabalho é analisar as relações entre parques tecnológicos, cidade e região por meio do estudo de caso do parque tecnológico Tecnopuc, situado na Região Metropolitana de Porto Alegre. Busca-se demonstrar que a reestruturação pela qual o sistema econômico mundial vem passando desde as últimas décadas do século XX tem ocasionado a dispersão de filiais das grandes empresas transnacionais da nova economia para determinadas regiões urbanas do mundo, entre elas a cidade de Porto Alegre e sua região metropolitana. Muitas dessas filiais instalam-se em parques tecnológicos que contam com o apoio de políticas públicas. No caso de Porto Alegre, o Programa Porto Alegre Tecnópole promoveu a implantação do Tecnopuc e de outros parques tecnológicos, contribuindo para ampliar a relevância estratégica da cidade de Porto Alegre na rede mundial de cidades. A partir dos resultados da aplicação de questionário e de entrevista com líderes empresariais, pôde-se mostrar que o Tecnopuc abriga, além de filiais de empresas transnacionais, várias empresas locais da nova economia, gerando inúmeros fluxos globais que atribuem alta densidade informacional ao seu território. Também foi possível mostrar que o Tecnopuc possui funcionários majoritariamente jovens, do sexo masculino e com formação superior. O mapeamento dos locais de residência desses funcionários revela que o Tecnopuc reforça centralidades existentes na cidade e na metrópole através de dois eixos: um urbano, em Porto Alegre, ao longo das Avenidas Ipiranga e Bento Gonçalves, com características de cidade consolidada; e o outro metropolitano, ao longo da BR-116, com características de cidade difusa e fragmentada. Além disso, o mapeamento mostra que esses jovens profissionais, os principais insumos das empresas da nova economia, preferem morar em bairros centrais, consolidados, com vida noturna e urbanidade. / The main goal of this paper is to analyze the relationships between science parks, city and region through the case study of Tecnopuc, which is located in the metropolitan area of Porto Alegre. Sought to demonstrate that the restructuring by which the world economic system has been going through since the last decades of the 20th century has provoked the dispersion of big transnational corporation’s branches of the new economy in certain urban regions of the world, between them, the city of Porto Alegre and its metropolitan area. Many of these branches are located in science parks that are supported by public policies. It was verified that Porto Alegre and its metropolitan area, through the Porto Alegre Tecnopole Program, has promoted the installation of Tecnopuc and others science parks increasing the strategic relevance of the city of Porto Alegre, in the world network of cities. Based on the results of the questionnaire application and the interview with business leaders, It is shown that Tecnopuc shelters, besides branches of transnational companies, various local businesses of the new economy, generating innumerous global fluxes that attribute high informational density to their territory. It is also shown that Tecnopuc has mostly young male employees with high education. The mapping of the places of residence of these employees reveals that Tecnopuc reinforces existing centralities in the city and in the metropolis through two axes: one urban, in Porto Alegre, along the Ipiranga and Bento Gonçalves Avenues, with characteristics of a consolidated city; And the other metropolitan, along the BR-116, with characteristics of diffuse and fragmented city. In addition, the mapping shows that these young professionals, the main inputs of the new economy companies, prefer to live in centralized, consolidated neighborhoods with nightlife and urbanity.