Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2015-12-15T13:55:31Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2791905 bytes, checksum: 2d2f70d34d0c7441ea3eddfe80eafd1b (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-15T13:55:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2791905 bytes, checksum: 2d2f70d34d0c7441ea3eddfe80eafd1b (MD5) Previous issue date: 2009-02-18 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A proteína do capsídeo do circovirus suíno 2 (PCV2), codificada pela ORF2, é uma proteína estrutural, sendo altamente imunogênica. Anti-soro produzido a partir dessa proteína recombinante purificada, em coelhos, poderá apresentar as mesmas propriedades daquele produzido a partir de partículas virais purificadas e ser de relevância como ferramenta diagnóstica. O objeto do presente estudo foi padronizar uma técnica de imunoistoquímica, a partir da produção de um soro hiperimune anti-PCV2 em coelhos, utilizando como antígeno a proteína recombinante purificada do capsídeo do PCV2 (Cap PCV2). A proteína foi expressada em Escherichia coli BL21 e purificada por cromatografia de afinidade. Inoculações desta proteína foram realizadas em coelhos e os soros foram colhidos para avaliações por Western blotting, ELISA, imunocitoquímica e imunoistoquímica. Obteve-se sucesso na purificação da proteína recombinante e na produção do soro hiperimune em coelhos. A afinidade de ligação do anticorpo produzido ao antígeno (proteína recombinante) foi demonstrada pela técnica de Western blotting e ELISA e foi considerada eficiente e sensível. As técnicas de imunocitoquímica e imunoistoquímica apresentaram resultados considerados satisfatórios. O anticorpo produzido contra a proteína codificada pela ORF2 mostrou ter boa afinidade de ligação, podendo ser empregado como ferramenta diagnóstica. / The porcine circovirus 2 (PCV2) capsid protein, encoded by ORF2, is a structural protein and highly immunogenic. An antiserum produced from the purified recombinant protein in rabbits, may present the same properties as that produced from purified viral particles and may be of relevance as a diagnostic tool. The aim of this study was the immunohistochemistry technique standardartization from the production of an anti-PCV2 hyperimmune serum in rabbits using as antigen the purified recombinant protein from the capsidal of PCV2 (Cap PCV2). The protein was expressed in BL21 Escherichia coli and purified by affinity chromatography. Inoculations of this protein were performed in rabbits and the sera were collected for evaluation by Western blotting, ELISA, immunocytochemistry and immunohistochemistry. The recombinant protein purification and hyperimmune serum production in rabbits was achieved successfully. The antibody-binding affinity to the antigen (recombinant protein) was demonstrated by Western blotting and ELISA techniques and were considered efficient and sensitive. The immunocytochemistry and immunohistochemistry techniques results were considered satisfactory. The antibody produced against the protein encoded by ORF2 showed can be used as a diagnostic tool.

Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-03-13T15:17:34Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Nayara Evaristo Pontes.pdf: 1260344 bytes, checksum: 91a47c546488e8c96e02bf7cbc6d3631 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T15:17:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Nayara Evaristo Pontes.pdf: 1260344 bytes, checksum: 91a47c546488e8c96e02bf7cbc6d3631 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014 / CNPq; CAPES / O Circovírus suíno tipo 2 (PCV2) é um vírus sem envelope e contém um DNA fita simples circular com 1,7 kb de tamanho. O vírus pertence ao gênero Circovírus da família Circoviridae. O PCV2 é o agente etiológico da Síndrome Multissistêmica do Definhamento dos Suínos (PMWS), doença que causa grande impacto econômico na suinocultura mundial. O objetivo deste trabalho foi desenvolver a técnica de STNPCR para detecção do Circovírus suíno tipo 2 (PCV2) bem como avaliar a presença de diferentes variantes virais em Pernambuco. Foram utilizados controles positivos, negativos, e 55 amostras de tecidos de animais clinicamente normais obtidas em abatedouro. Para o desenvolvimento da STNPCR foram avaliadas diferentes temperaturas de anelamento para os primers externos e internos. A atuação de ambos os pares de primers foi realizada de forma independente, sendo que o segundo par de primers foi imobilizado na parte interna da tampa do microtubo e após a primeira etapa de amplificação os primers foram eluídos por inversão do microtubo. Além disso, foi realizada a análise de achado técnico buscando encontrar os genótipos do PCV2 já descritos no Brasil e mundialmente, os subtipos PCV2a e PCV2b. Na aplicação clínica, a STNPCR foi comparada com a NPCR e resultaram em reações positivas para o PCV2 em 100% (55/55) das amostras analisadas, revelando igual sensibilidade e especificidade, porém, com menor risco de contaminação cruzada. Na análise de achado técnico (sequências da ORF2 do PCV2), foi possível identificar os genótipos PCV2a e PCV2b. A técnica molecular STNPCR demonstrou ser eficaz para detecção do DNA viral e pode ser aplicada em estudos epidemiológicos para o PCV2 e auxiliar no diagnóstico laboratorial da PMWS.

O Circovírus suíno tipo 2 (PCV-2) pertence ao gênero Circovirus da família Circoviridae. É considerado “vírus emergente", tendo sido associado, principalmente, à Síndrome de Refugagem Multissistêmica dos suínos (SRM). O genoma circular é composto por: (i) ORF-1 que codifica a proteína replicativa; (ii) ORF-2 que codifica a proteína estrutural formadora do capsídeo, (iii) região não codificadora que intercala as ORF-1 e 2 e contem a origem da replicação, denominada IGS-1 e (iv) região que intercala as ORF-1 e 2, denominada IGS-2. Oito amostras, denominadas amostras completas, tiveram mais de 1705 nucleotídeos seqüenciados (945 da ORF-1, 699 da ORF-2, 20 da IGS-1 e 39 da IGS-2); duas amostras tiveram em média 1692 nucleotídeos seqüenciados (945 da ORF-1 e 699 da ORF-2, os restantes correspondem às regiões IGS-1 e 2); uma amostra teve 1392 nucleotídeos seqüenciados (945 da ORF-1, 414 da ORF-2, 9 da IGS-1 e 24 da IGS-2) e nove amostras tiveram em média 970 nucleotídeos seqüenciados (196 da ORF-1 e 699 da ORF-2, os restantes correspondem às regiões IGS-1 e 2). Portanto, a partir dessas 20 amostras em estudo, foram obtidas: (i) oito amostras completas; (ii) 11 seqüências completas de ORF-1 e (iii) 19 seqüências completas de ORF-2, as quais foram analisadas. A identidade de nucleotídeo variou de: (i) 99,7% a 100% entre as oito amostras completas; (ii) 99,3% a 100% entre as 11 seqüências completas de ORF-1 e (iii) 91,9% a 100% entre as 19 seqüências completas de ORF-2. A topologia das árvores genealógicas utilizando as oito seqüências completas e as 11 seqüências completas de ORF-1 foi similar, agrupando todas as amostras em estudo em um só grupo denominado subtipo PCV-2a. Pela análise da genealogia da ORF-1 observou-se que todas as amostras agruparam-se com uma amostra de PCV-2 associada à Síndrome de Dermatite e Nefropatia suína (PDNS), formando um grupo separado das amostras de PCV-2 associadas à Síndrome de Refugagem Multissistêmicas dos suínos (SRM) e abortamento. A genealogia proposta para as 19 amostras que tiveram a ORF-2 seqüenciada, dividiu as amostras em dois grupos, sendo que 14 amostras agruparam-se num grupo denominado subtipo PCV-2a e 5 no subtipo PCV-2b. Os resultados mostraram a circulação de, pelo menos, dois subtipos de PCV-2 no Brasil / Porcine circovirus 2 belongs to Circovirus genus and Circoviridae family. It is considered an “emerging virus" being associated to Postweaning Multisystemic Wasting Syndrome (PMWS). The circular viral genome is formed by: (i) ORF-1 coding for the replicative associated proteins; (ii) ORF-2 encoding the structural proteins of the viral capsid; (iii) a non-coding intergenic sequence between ORF-1 and ORF-2 containing the replicative origin of the viral genome (IGS-1) and (iv) a second non-coding intergenic sequence between ORF-1 and ORF-2 (IGS-2). Eight samples, named complete sequences, had about 1705 nucleotides determined (945 from ORF-1, 699 from ORF-2, 20 from IGS-1 and 39 from IGS-2); two samples had about 1692 nucleotides sequenced (945 from ORF-1, 699 from ORF-2, and the rest from IGS-1 and 2); one sample had 1392 nucleotides sequenced (945 from ORF-1, 414 from ORF-2, 9 from IGS-1 and 24 from IGS-2) and nine samples had about 970 nucleotides sequenced (196 from ORF-1, 699 from ORF-2, and the rest from IGS-1 and 2). Therefore, from the 20 samples it was obtained: (i) eight complete sequences; (ii) 11 complete sequences of ORF-1 and (iii) 19 complete sequences of ORF-2. The identity at nucleotide level was from: (i) 99,7% to 100% among the eight complete sequences; (ii) 99,3% to 100% among the 11 sequences of ORF-1 and (iii) 91,9 to 100% among the 19 sequences of ORF-2. The topology of the tree generated by the ORF-1 analysis revealed a cluster formed by the Brazilian samples of PCV-2 and the samples associated to PDNS and another cluster formed by the PCV-2 associated to other syndromes. The genealogy presented for the 19 samples using the data from ORF-2 revealed the presence of two clusters, one of them formed by 14 samples named subtype PCV-2a and the other formed by 5 samples, named PCV-2b. The results demonstrated that, at least, two subtypes of PCV-2 circulate in Brazil

O Circovírus suíno tipo 2 (PCV-2) pertence ao gênero Circovirus da família Circoviridae. É considerado “vírus emergente”, tendo sido associado, principalmente, à Síndrome de Refugagem Multissistêmica dos suínos (SRM). O genoma circular é composto por: (i) ORF-1 que codifica a proteína replicativa; (ii) ORF-2 que codifica a proteína estrutural formadora do capsídeo, (iii) região não codificadora que intercala as ORF-1 e 2 e contem a origem da replicação, denominada IGS-1 e (iv) região que intercala as ORF-1 e 2, denominada IGS-2. Oito amostras, denominadas amostras completas, tiveram mais de 1705 nucleotídeos seqüenciados (945 da ORF-1, 699 da ORF-2, 20 da IGS-1 e 39 da IGS-2); duas amostras tiveram em média 1692 nucleotídeos seqüenciados (945 da ORF-1 e 699 da ORF-2, os restantes correspondem às regiões IGS-1 e 2); uma amostra teve 1392 nucleotídeos seqüenciados (945 da ORF-1, 414 da ORF-2, 9 da IGS-1 e 24 da IGS-2) e nove amostras tiveram em média 970 nucleotídeos seqüenciados (196 da ORF-1 e 699 da ORF-2, os restantes correspondem às regiões IGS-1 e 2). Portanto, a partir dessas 20 amostras em estudo, foram obtidas: (i) oito amostras completas; (ii) 11 seqüências completas de ORF-1 e (iii) 19 seqüências completas de ORF-2, as quais foram analisadas. A identidade de nucleotídeo variou de: (i) 99,7% a 100% entre as oito amostras completas; (ii) 99,3% a 100% entre as 11 seqüências completas de ORF-1 e (iii) 91,9% a 100% entre as 19 seqüências completas de ORF-2. A topologia das árvores genealógicas utilizando as oito seqüências completas e as 11 seqüências completas de ORF-1 foi similar, agrupando todas as amostras em estudo em um só grupo denominado subtipo PCV-2a. Pela análise da genealogia da ORF-1 observou-se que todas as amostras agruparam-se com uma amostra de PCV-2 associada à Síndrome de Dermatite e Nefropatia suína (PDNS), formando um grupo separado das amostras de PCV-2 associadas à Síndrome de Refugagem Multissistêmicas dos suínos (SRM) e abortamento. A genealogia proposta para as 19 amostras que tiveram a ORF-2 seqüenciada, dividiu as amostras em dois grupos, sendo que 14 amostras agruparam-se num grupo denominado subtipo PCV-2a e 5 no subtipo PCV-2b. Os resultados mostraram a circulação de, pelo menos, dois subtipos de PCV-2 no Brasil / Porcine circovirus 2 belongs to Circovirus genus and Circoviridae family. It is considered an “emerging virus” being associated to Postweaning Multisystemic Wasting Syndrome (PMWS). The circular viral genome is formed by: (i) ORF-1 coding for the replicative associated proteins; (ii) ORF-2 encoding the structural proteins of the viral capsid; (iii) a non-coding intergenic sequence between ORF-1 and ORF-2 containing the replicative origin of the viral genome (IGS-1) and (iv) a second non-coding intergenic sequence between ORF-1 and ORF-2 (IGS-2). Eight samples, named complete sequences, had about 1705 nucleotides determined (945 from ORF-1, 699 from ORF-2, 20 from IGS-1 and 39 from IGS-2); two samples had about 1692 nucleotides sequenced (945 from ORF-1, 699 from ORF-2, and the rest from IGS-1 and 2); one sample had 1392 nucleotides sequenced (945 from ORF-1, 414 from ORF-2, 9 from IGS-1 and 24 from IGS-2) and nine samples had about 970 nucleotides sequenced (196 from ORF-1, 699 from ORF-2, and the rest from IGS-1 and 2). Therefore, from the 20 samples it was obtained: (i) eight complete sequences; (ii) 11 complete sequences of ORF-1 and (iii) 19 complete sequences of ORF-2. The identity at nucleotide level was from: (i) 99,7% to 100% among the eight complete sequences; (ii) 99,3% to 100% among the 11 sequences of ORF-1 and (iii) 91,9 to 100% among the 19 sequences of ORF-2. The topology of the tree generated by the ORF-1 analysis revealed a cluster formed by the Brazilian samples of PCV-2 and the samples associated to PDNS and another cluster formed by the PCV-2 associated to other syndromes. The genealogy presented for the 19 samples using the data from ORF-2 revealed the presence of two clusters, one of them formed by 14 samples named subtype PCV-2a and the other formed by 5 samples, named PCV-2b. The results demonstrated that, at least, two subtypes of PCV-2 circulate in Brazil

Submitted by Daniella Sodre (daniella.sodre@ufpe.br) on 2015-03-18T13:46:49Z No. of bitstreams: 2 TESE Jackeline Gomes da Silva Araujo.pdf: 1816435 bytes, checksum: 302ef3838fff12047ef9cfd5cdd9cc4d (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-18T13:46:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TESE Jackeline Gomes da Silva Araujo.pdf: 1816435 bytes, checksum: 302ef3838fff12047ef9cfd5cdd9cc4d (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014-02-27 / O Circovírus Suíno (CVS) é um vírus de DNA fita simples, que pertence à família Circoviridae, com genoma de 1,7kilobases. Apresenta dois tipos principais, o CVS1 e o CVS2. O CVS1 não é patogênico, enquanto que o CVS2 está associado a um conjunto de doenças como a Síndrome Multissistêmica do Definhamento de Suínos (SMDS). Estes tipos virais possuem a proteína Rep, essencial para replicação e a proteína Cap, formadora do capsídeo. A pCap possui epítopos imunoreativos e imunodominantes e tem sido utilizada como um antígeno tanto para o diagnóstico, quanto para aplicação vacinal, contra infecções causadas pelo CVS2. Pichia pastoris é uma levedura metilotrófica que utiliza metanol como única fonte de carbono e tem sido utilizada para expressar genes heterólogos por apresentar vantagens como, a realização de modificações pós-traducionais e sua fácil manipulação. Objetivou-se nesse estudo expressar o gene Cap códon-otimizado do CVS2 para expressar em Pichia pastoris, visando a produção secretória da pCap e sua aplicação como antígeno recombinante em imunoensaios. Para tanto, a construção pPICZαA/CVS2Capo obtida após clonagem gênica foi inserida no genoma da levedura por eletroporação e o sistema foi induzido com metanol, sob o controle do promotor AOX1, por 72h. Os clones expressos positivamente foram identificados em Colony blot e Dot blot, após a reação dos clones com anticorpo-antiHis. A rCap foi detectada com massa molecular de ~39 kDa em sobrenadante da P. pastoris por SDS-PAGE e Western blot. Neste último, a detecção foi feita pelo reconhecimento da rCap por anticorpos anti-CVS2 de soros de animais com histórico de SMDS. A rCap testada em ELISA indireto contra soros de animais sabidamente negativos e positivos, previamente determinados pela imunoperoxidase (IP), mostrou alta eficiência discriminatória com alta razão positivo/negativo de 597. Após análise preliminar de parâmetros concordantes e discordantes, entre o IP e ELISA, observou-se uma alta concordância entre eles. Os resultados representam a efetiva produção da rCap pela via secretória de P. pastoris, com sugestiva preservação dos epítopos imunoreativos na mesma. Isto demonstra a viabilidade do sistema eucarioto de expressão utilizado e o potencial uso da rCap para detecção de anticorpos anti-CVS2 como ferramenta auxiliar no diagnóstico de doenças causadas pelo CVS2 como a SMDS.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2018-02-27T14:16:51Z No. of bitstreams: 1 Sebastiao Andre Barbosa Junior.pdf: 749859 bytes, checksum: e483888ecfa0c1a9815a1e63aaede716 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-27T14:17:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sebastiao Andre Barbosa Junior.pdf: 749859 bytes, checksum: e483888ecfa0c1a9815a1e63aaede716 (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Porcine circovirus (PCV) belongs to the Circoviridae family and Circovirus genus. The vírus can be subdivided into porcine circovirus-1 (PCV1) and porcine circovirus-2 (PCV2). PCV1 is non-pathogenic, where as PCV2 is one of the most important etiological agents in the pig industry today, and the cause of several diseases. The complexity of PCV2 caused by disturbances has led to a demand for laboratory techniques and a wider range of biological samples that can facilitate diagnosis and herd health monitoring. Research studies of the antibodies against PCV2 have prefered the ELISA technique to other serological methods because of its simplicity, high sensitivity and specificity. Among the molecular tools, the quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) stands out since it makes it possible to measure the viral load of the sample. The oral fluid (FO) is a biological sample that has been increasingly used in pig farming as it reduces stress and improves animal welfare. Although PCV2 has been recently detected in Brazil, the North-East region has still not carried out many studies on the dynamics of the respective viruses. In view of this, the, aim of this research is to study PCV2 by means of indirect ELISA with the capture antibody and qPCR in pigs through serum and FO, respectively. The samples were obtained from the Municipal Slaughterhouse in the town of Paulista, located in the metropolitan district of Recife, Pernambuco State. Serum samples were collected during the bleeding process, and a total of 74 samples were obtained. These were assessed by means of the ELISA technique with the capture antibody. The FO samples were obtained from pigs that were housed in stalls to rest. A total of 60 samples were collected, and these were subjected to qPCR testing. The serum samples that were analyzed, had measurements in the ELISA index as follows: very low - 14 (18.92%), low - 13 (17.57%), moderate - 11 (14.86%) and high - 36 (48.65%). The FO samples showed the DNA of the virus as 13.34% (8/60). 75% (6/8) of these had a very low viral load of 4 (log) / ml of the sample and a low viral load 25% (2/8) 4 to 5 (log) / ml sample. The occurrence of antibodies and the presence of PCV2 in the FO samples suggest that the virus is spreading in the herds of Pernambuco State. This study provides a strong argument for the application of ELISA for capture antibody in serological tests and using pids to obtain biological FO samples in quantitative tests. / O Circovírus suíno (PCV) pertence à família Circoviridae e ao genêro Circovírus. O vírus subdivide-se em: Circovírus suíno-1 (PCV1) e Circovírus suíno-2 (PCV2). O PCV1 não é patogênico, ao contrário do PCV2, que é um dos mais importantes agentes etiológicos da suinocultura moderna, estando associado a várias doenças. Essa complexidade de distúrbios causados pelo PCV2 gera uma demanda por técnicas laboratoriais e mais opções de amostras biológicas que venham a facilitar o diagnóstico e monitoramento sanitário dos rebanhos. A técnica do ELISA vem destacando-se na investigação de anticorpos contra o PCV2, diante de outras técnicas sorológicas, em razão de sua simplicidade, alta sensibilidade e especificidade. Dentre as ferramentas moleculares, a Reação em Cadeia pela Polimerase quantitativa em tempo real (qPCR) destaca-se principalmente por mensurar a carga viral da amostra. O fluido oral (FO) é uma amostra biológica que vem sendo cada vez mais utilizada na suinocultura por diminuir o estresse e favorecer o bem-estar animal. O PCV2 foi identificado recentemente no Brasil, e a região Nordeste ainda apresenta poucos estudos sobre a dinâmica do respectivo vírus. Baseado nesses aspectos, objetivou-se estudar o PCV2 pelas técnicas de ELISA indireto com anticorpo de captura e de qPCR em suínos, por meio de amostras de soro e FO, respectivamente. As amostras foram oriundas do Abatedouro Municipal da cidade de Paulista, localizado na Região Metropolitana do Recife, estado de Pernambuco. As amostras de soro foram coletadas durante o processo da sangria, no qual foi obtido um total de 74 amostras. Essas foram avaliadas pela técnica do ELISA indireto com anticorpo de captura. As amostras de FO foram obtidas de suínos que estavam alojados nas baias de descanso. Foi coletado um total de 60 amostras, as quais foram submetidas ao teste do qPCR. Das amostras de soro analisadas, tiveram o índice do ELISA considerado baixíssimo 14 (18,92%), baixo 13 (17,57%), moderado 11 (14,86%) e alto 36 (48,65%). Das amostras de FO, apresentaram o DNA do vírus 13,34% (8/60). Dessas, 75% (6/8) apresentaram uma carga viral muito baixa, até 4 (log)/mL da amostra, e uma carga viral baixa 25% (2/8), de 4 a 5 (log)/mL da amostra. A ocorrência de anticorpos e a presença do PCV2 nas amostras de FO sugerem que o vírus está circulante em rebanhos do estado de Pernambuco. Este estudo traz argumentos para a aplicação do ELISA indireto por anticorpo de captura em pesquisas sorológicas e utilização do FO de suíno como amostra biológica em testes quantitativos.

Orientador: João Pessoa Araujo Junior / Resumo: A suinocultura vem alcançando grande desenvolvimento de técnicas eficientes associadas ao melhoramento genético, nutrição, manejo e sanidade. Entretanto, devido aos métodos intensivos de criação, os suínos se tornaram mais susceptíveis a um grande número de doenças infecciosas. Entre os mais importantes patógenos que afetam a indústria suinícola mundial está o circovírus suíno 2 (PCV2), um pequeno vírus icosaédrico, não-envelopado, de DNA circular, de fita simples (ssDNA), ambisenso, composta por 1767-1768 nucleotídeos. Este vírus é altamente resistente a variações ambientais e agentes desinfetantes, é endêmico no mundo todo e está associado a várias manifestações clínicas distintas, que acarretam importantes perdas econômicas aos produtores. Um dos fatores possivelmente implicados na patogenicidade do PCV2 é a proteína Cap, a unidade fundamental constituinte do capsídeo deste vírus. Estudos realizados pela equipe do Prof. Dr. João Pessoa Araújo Jr., do Instituto de Biotecnologia da Unesp em Botucatu/SP, comprovaram que vírus com mutações em suas proteínas Cap isolados a partir de cultivo celular aumentavam a morte celular em culturas celulares infectadas. Estes resultados evidenciaram a importância do capsídeo nos mecanismos de infecção e patogenicidade do PCV2, tornando interessante a realização de estudos estruturais com as proteínas Cap mutantes. A execução de estudos estruturais in silico mostrou a baixa frequência das mutações identificadas na proteína Cap dos vírus pro... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Swine breeding has achieved a high development based on genetic improvement, nutrition, management and sanity. However, due to the intensive breeding methods, swine have become more susceptible to a higher number of infectious diseases. Among the most important pathogens that affect the swine world industry is the porcine circovirus 2 (PCV2), a small, icosahedral, non-enveloped virus, ambisense single-stranded circular DNA, composed by 1,767-1,768 nucleotides. This virus is highly resistant to environmental variations and disinfecting agents, endemic worldwide and has been associated to several distinct clinical manifestations that entail important economic losses to the producers. One of the factors possibly implicated on the PCV2 pathogenicity is the Cap protein, the fundamental unity that constitutes this virus capsid. Studies performed by the group of Dr. João Pessoa Araújo Jr. rom the Instituto de Biotecnologia da Unesp em Botucatu/SP, confirmed that viruses with mutated Cap proteins from cell culture increased cell death in infected cultures. Such results highlight the importance of capsid in the infection mechanisms and pathogenicity of PCV2 and the importance of structural and comparative studies with Cap protein structures. In silico structural studies showed the low frequency of the mutations identified in the mutant Cap proteins and also indicated a clear difference between the physico-chemical properties of the new amino acid residues in comparison to those found ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Pâmela Merlo Marson (pam.marson@aluno.ibb.unesp.br) on 2018-06-05T17:11:43Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Mestrado_Pamela-Merlo-Marson_2018_vf.pdf: 1757229 bytes, checksum: ed7b8faed4d956e7a1ba89178199507d (MD5) / Approved for entry into archive by Sulamita Selma C Colnago null (sulamita@btu.unesp.br) on 2018-06-07T14:10:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 marson_pm_me_bot.pdf: 1757229 bytes, checksum: ed7b8faed4d956e7a1ba89178199507d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-07T14:10:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 marson_pm_me_bot.pdf: 1757229 bytes, checksum: ed7b8faed4d956e7a1ba89178199507d (MD5) Previous issue date: 2018-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A suinocultura vem alcançando grande desenvolvimento de técnicas eficientes associadas ao melhoramento genético, nutrição, manejo e sanidade. Entretanto, devido aos métodos intensivos de criação, os suínos se tornaram mais susceptíveis a um grande número de doenças infecciosas. Entre os mais importantes patógenos que afetam a indústria suinícola mundial está o circovírus suíno 2 (PCV2), um pequeno vírus icosaédrico, não-envelopado, de DNA circular, de fita simples (ssDNA), ambisenso, composta por 1767-1768 nucleotídeos. Este vírus é altamente resistente a variações ambientais e agentes desinfetantes, é endêmico no mundo todo e está associado a várias manifestações clínicas distintas, que acarretam importantes perdas econômicas aos produtores. Um dos fatores possivelmente implicados na patogenicidade do PCV2 é a proteína Cap, a unidade fundamental constituinte do capsídeo deste vírus. Estudos realizados pela equipe do Prof. Dr. João Pessoa Araújo Jr., do Instituto de Biotecnologia da Unesp em Botucatu/SP, comprovaram que vírus com mutações em suas proteínas Cap isolados a partir de cultivo celular aumentavam a morte celular em culturas celulares infectadas. Estes resultados evidenciaram a importância do capsídeo nos mecanismos de infecção e patogenicidade do PCV2, tornando interessante a realização de estudos estruturais com as proteínas Cap mutantes. A execução de estudos estruturais in silico mostrou a baixa frequência das mutações identificadas na proteína Cap dos vírus provenientes do cultivo in vitro e também indicou uma clara diferença entre as propriedades físico-químicas dos novos resíduos de aminoácidos em relação àqueles substituídos. Estas alterações, associadas à localização dos resíduos na superfície viral e a menor flexibilidade das proteínas Cap dos vírus mutantes, indicaram a possibilidade de alterações estruturais/funcionais relevantes, incluindo a alteração da afinidade por receptores celulares e diminuição da efetividade de anticorpos produzidos contra vírus vacinais. Foram também realizados trabalhos experimentais para a produção heteróloga da proteína Cap de um vírus selvagem, os quais envolveram ensaios de subclonagem da sequência de interesse em um vetor de expressão, testes de transcrição e experimentos de expressão protéica. Os resultados destes procedimentos foram compatíveis com a produção da proteína Cap, porém novos estudos são necessários para confirmar a produção da molécula alvo e melhorar o rendimento dos ensaios de expressão. / Swine breeding has achieved a high development based on genetic improvement, nutrition, management and sanity. However, due to the intensive breeding methods, swine have become more susceptible to a higher number of infectious diseases. Among the most important pathogens that affect the swine world industry is the porcine circovirus 2 (PCV2), a small, icosahedral, non-enveloped virus, ambisense single-stranded circular DNA, composed by 1,767-1,768 nucleotides. This virus is highly resistant to environmental variations and disinfecting agents, endemic worldwide and has been associated to several distinct clinical manifestations that entail important economic losses to the producers. One of the factors possibly implicated on the PCV2 pathogenicity is the Cap protein, the fundamental unity that constitutes this virus capsid. Studies performed by the group of Dr. João Pessoa Araújo Jr. rom the Instituto de Biotecnologia da Unesp em Botucatu/SP, confirmed that viruses with mutated Cap proteins from cell culture increased cell death in infected cultures. Such results highlight the importance of capsid in the infection mechanisms and pathogenicity of PCV2 and the importance of structural and comparative studies with Cap protein structures. In silico structural studies showed the low frequency of the mutations identified in the mutant Cap proteins and also indicated a clear difference between the physico-chemical properties of the new amino acid residues in comparison to those found in the wild-type virus. These mutations, associated with the location of the mutated residues on the viral surface and the lower mutated Cap protein flexibility, could lead to relevant structural/functional changes, including alteration of affinity for cellular receptors and decreased effectiveness of antibodies produced against vaccine viruses. Experimental works aiming the heterologous production of a wild-type Cap protein were also carried out, which involved expression vector subcloning, transcription tests and protein expression experiments. The results of these procedures were compatible with the production of the Cap protein, but further studies are needed to confirm the production of the target molecule and improve the yield of the expression assays.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:46:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1965376 bytes, checksum: 32df14418e8fde9c7b4067ac9f8ea6c6 (MD5) Previous issue date: 2010-05-07 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Porcine circovirus 2 (PCV-2) is the major causative agent of postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) and is associated with different syndromes that affect the swine. The term PCVAD (Porcine circovirus associated diseases) was introduced in 2006 to gather many diseases. Since serological studies are essential for monitoring the virus, the aim of this study was to develop enzyme immunoassays (ELISA) for detection and titration of antibodies to PCV-2 and also for viral quantification as well as the recombinant protein capsid PCV-2 (rCAP PCV-2) in extracts of Escherichia coli. After the standardization of the technique, 29 negative serum samples in ELISA were used for determining the cutt off. The quantitative ELISA was compared with the Immunoperoxidase monolayer (IPMA), through analysis of 155 serum samples, pre-determined by IPMA, of which 125 samples were positive and 30 negative samples for antibodies to PCV-2, in ELISA. The tests showed a concordance of 98.70% confirming the high sensitivity and specificity of ELISA on the IPMA. In the quantitative assay, 20 serum samples had the title determined by ELISA and it showed a higher detection limit of antibodies than the IPMA in 18 of the 20 samples tested. To quantify the rCAP PCV-2 in extracts of E.coli, a capture ELISA was developed. Were used precipitated IgGs from polyclonal rabbit serum anti-rCap PCV-2 as capture antibody and the conjugated IgGs with peroxidases as detection antibody. A standard curve was obtained by serial dilution of rCap PCV-2 and the test showed a detection limit in the range of 0.625 to 0.0097 mg/mL, which was successfully used to quantify the protein in the extract of E.coli. Thus it is expected that this test is also applied in the quantification of future PCV-2 in field samples. / O Circovírus suíno 2 (PCV-2) é o principal agente causador da Síndrome Multissistêmica do Definhamento dos Suínos (SMDS), e está associado a diferentes síndromes que acometem esses animais. O termo PCVAD (Porcine circovírus 2 associated diseases) foi introduzido em 2006, para enquadrar todas essas doenças. Uma vez que estudos sorológicos são fundamentais para o monitoramento do vírus, o objetivo desse trabalho foi desenvolver ensaios imunoenzimáticos (ELISA) para a detecção e titulação de anticorpos anti-PCV-2 e também para a quantificação viral, assim como da proteína recombinante do capsídeo do PCV-2 (rCap PCV-2) em extratos de Escherichia coli . Após a padronização da técnica, 29 amostras de soro negativos por ELISA indireto foram utilizadas para a determinação do cutt off. O ELISA qualitativo foi comparado com a Imunoperoxidase em Monocamada (IPMA), através da análise de 155 amostras de soro, pré-determinadas por IPMA, sendo 125 amostras positivas e 30 amostras negativas para anticorpos anti-PCV-2, no ELISA. Os testes apresentaram uma concordância de 98,70 % confirmando assim a alta sensibilidade e especificidade do ELISA relativa ao IPMA. No ensaio quantitativo, 20 amostras de soro tiveram o título determinado através do ELISA e este apresentou um maior limite de detecção de anticorpos do que o IPMA, em 18 das 20 amostras avaliadas. Para a quantificação da rCap PCV-2 presente em extratos de E.coli, um ELISA de captura foi desenvolvido. Foram utilizadas IgGs precipitadas a partir de soro policlonal de coelho anti-rCap PCV-2 como anticorpo de captura e as IgGs conjugadas com peroxidase como anticorpo de detecção. Uma curva-padrão foi obtida através da diluição seriada da rCap PCV-2 e o ensaio apresentou um limite de detecção na faixa entre 0,625 a 0,0097 μg/mL, que foi utilizado com sucesso para quantificar a proteína no extrato de E.coli. Assim espera-se que este teste seja também aplicado futuramente na quantificação do PCV-2 em amostras de campo.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:47:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 resumo.pdf: 759656 bytes, checksum: 08559ba05ec99261b3eaa0c86a4aa9e9 (MD5) Previous issue date: 2009-02-27 / Samples of mandibular, mediastinic, gastric, mesenteric and inguinal lynph nodes and lungs. kidneys, liver, heart and spleen of 24 pigs showing clinical features of postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) and samples of inguinal lynph nodes of 24 clinicaly healthy pigs were colected. In one part of the samples were performed real time PCR for detection of the Porcine Circovirus 2 (PCV 2) nucleic acid. The other part were analysed for histopathological lesions. One part of the lynph nodes were submited to immunohistochemistry against the PCV 2 and this results were compared to the results of real time PCR Lynphocellular depletion and infiltration of histiocytic cells were the most seen lesions in lynph nodes. Based on the intensity of this lesions, three stages of the desease were determined Stage 1, mild lesions (39%), stage 2, moderate lesions (32,7%) and stage 3, severe lesions (20%). In the lungs, the majority of the lesions seen were intersticial pneumonia with lynphoid and hystiocytic infiltration of the alveolar septae ln the kidneys, intersticial nephritis with mononuclear infnltration were seen in 35% of the samples and glomerulonephritis with glomerular fibrin and neutrophill infiltration were seen in 50% of the samples. In the Iiver, lynphoid infiltration in the periportal zones were the lesions most observed. Lynphocellular depletion were obseved in the most samples of the spleen. No lesions were observed in the heart. Only 65.3% of the lynph nodes submitted to immunohistochemistry were considered positive for the presence of the PCV 2. Though 100% of the samples submitted to the real time PCR were considered positive for the presence of the virus. / Foram coletadas amostras de Iinfonodos mandibulares, mediastínicos, epigástricos, mesentéricos e inguinais superficiais, além de pulmões, rins, fígado. coração e baço de 24 suínos exibindo sinais clínicos da síndrome do definhamento multissistêmico pós-desmame (PMWS) e amostras de Iinfonodos inguinais superficiais de 24 suínos cIinicamente sadios. Uma pane dos tecidos foi encaminhada para a realização de PCR em tempo real para detecção do ácido nucléico do Circovírus suíno 2 (PCV 2). Outra parte das amostras foi incluída em parafina e cortada na espessura de 4 um para avaliação histopatológica. Uma parte dos linfonodos foi submetida ao teste de imunoistoquímica e este resultado foi comparado ao resultado do PCR em tempo real. Depleção Iinfóide e infiltrado macrofágico foram as lesões mais observadas nos linfonodos. Baseado na intensidade destas lesões foram determinados trés estágios da doença. Estágio 1, lesões discretas (39%), estágio 2, lesões moderadas (32,7%) e estágio 3, lesões graves (20%). Nos pulmões, a lesão mais encontrada foi pneumonia intersticial com espessamento dos septos alveolares por infltrado inflamatório mononuclear, principalmente linfócitos e histiócitos. Nos rins, a nefrite intersticial com infiltrado de linfócitos e histiócitos na medula e na córtex renal foi observada em 35 % das amostras e glomerulonefrite com infiltrado de fibrina e neutrófilos nos glomérulos foi observada em 50 % das amostras. No fígado, o achado mais freqüente foi infiltrado inflamatório linfocítico nas regiões periportais. Depleção linfóide foi observada na maioria das amostras de baço. Não foram observadas lesões nas amostras de coração. Apenas 65,3 % dos linfonodos submetidos à imunoistoquímica foram considerados positivos para a presença do PCV 2. Entretanto, 100°/o das amostras foram consideradas positivas para a presença do vírus pelo PCR em tempo real.