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Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630Smith-Peter, Erich January 2015 (has links)
Les organismes unicellulaires sont très vulnérables aux changements rapides de leur environnement puisqu’ils sont en contact direct avec celui-ci. Les organismes unicellulaires utilisent plusieurs stratagèmes pour réguler l’expression génique et par conséquent, les diverses voies métaboliques nécessaires aux différentes conditions environnementales auxquelles ils sont confrontés. On sait maintenant que certains ARN, dont les riborégulateurs, ont également un grand rôle à jouer dans les processus de régulation de l’expression du génome. En général, les riborégulateurs sont des éléments génétiques situés dans les régions 5’ non traduites (5’ UTR) de l’ARN messager bactérien. Ces éléments possèdent une structure tertiaire bien définie qui est conservée à travers l'évolution. Les riborégulateurs subissent un changement de conformation en s’associant à un ligand spécifique et modulent l’expression des gènes qu’ils contrôlent en aval.
Le rôle des riborégulateurs en relation avec le métabolisme des eubactéries peut être d’une grande importance. C’est le cas de Clostridium difficile qui voit son génome régulé par au moins une quarantaine de riborégulateurs. Étant un pathogène nosocomial, causant des infections contractées dans le milieu hospitalier, bien connu pour engendrer des complications au niveau de l’intestin, il est intéressant d’étudier la relation gène-riborégulateur-métabolisme chez C. difficile. De plus, les riborégulateurs ont montré un potentiel intéressant comme cible antibiotique pour combattre certaines infections. C. difficile possède quatre riborégulateurs guanine transcriptionnels qui contrôlent quatre gènes intervenant dans la voie de biosynthèse de la guanosine monophosphate (GMP). Deux de ces gènes interviennent directement dans la voie de synthèse du GMP soit une guanosine-monophosphate synthase (guaA) et une xanthine phosphoribosyltransférase (XPRTase) (xpt) ainsi que deux transporteurs de précurseur nommés CD630_21070 codant pour une perméase uracile/xanthine et CD630_ 27040 une perméase putative. Bien que quelques études ont démontré l’importance que pourrait avoir le gène guaA chez d’autres espèces bactériennes (Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Streptococcus suis et, Salmonella thyphimurium), aucune étude de C. difficile n'a élucidé la relation entre les quatre riborégulateurs guanine et les gènes qu’ils contrôlent, de même que leur rôle au sein du métabolisme du GMP dans un contexte in vivo.
Le présent mémoire porte sur l’étude de ces quatre riborégulateurs guanine chez C. difficile, les gènes régulés par ces riborégulateurs et leurs effets sur la biologie de C. difficile. Une fois que les recherches bio-informatiques ont été entreprises, le projet s’est divisé en deux grandes parties soit l’efficacité de régulation des riborégulateurs guanine et l’importance des quatre gènes qui sont sous le contrôle de ces riborégulateurs chez C. difficile 630. Afin de vérifier si les riborégulateurs guanine avaient une affinité acceptable pour leur ligand (guanine), des essais de cartographies chimiques ont été faits et des Kd ont été déterminés. Ces Kd se retrouvent tous dans le bas nanomolaire (nM) de 2,61 ± 1,29 nM pour le riborégulateur guaA et des Kd de 1,78 ± 0,95 nM, de 3,06 ± 0,29 nM et de 4,44 ± 2,75 nM pour les riborégulateurs xpt, CD_21070 et CD_27040 respectivement. Pour la deuxième partie du projet, quatre mutants d’inactivation de gène par insertion ont été conçus grâce à l’utilisation du système ClosTron. Ces quatre mutants, correspondant aux gènes guaA, xpt, CD630_21070 et CD630_27040, ont ensuite été analysés lors d’essais de croissance afin de vérifier les phénotypes associés aux inactivations de gènes. À la suite des résultats d’essais de croissance des divers mutants d’inactivation, une emphase a été mise sur le gène guaA et son riborégulateur puisque ce dernier montrait un phénotype d’inhibition de croissance. L’efficacité avec laquelle le riborégulateur guaA pouvait réprimer l’expression génique a été déterminée lors des essais de gène rapporteur gusA et de PCR quantitative en temps réel. Une baisse de l’expression ligand-dépendante a été observée dans des conditions variant en concentration de guanine. Le mutant de délétion par inactivation du gène guaA a aussi démontré une baisse dans sa capacité d’infecter un modèle murin. En effet, lors d’une étude d’infection en compétition avec le type sauvage, les décomptes cellulaires du mutant guaA étaient diminués de 4 logs. Ces résultats indiquent un rôle fondamental du gène guaA sur le pouvoir infectieux de C. difficile 630 et mettent en évidence l’importance du riborégulateur qui contrôle l’expression de ce gène. Toutes les expériences faites dans le cadre du projet ont été entreprises chez C. difficile 630 afin de garder un contexte plus naturel au cours des analyses. Les résultats présentés ici mettent en évidence le potentiel des riborégulateurs comme cibles antibiotiques. Des travaux futurs devront être effectués afin de vérifier l’effet que pourraient avoir certains analogues de ligands qui ciblent les riborégulateurs guanine sur la viabilité de C. difficile.
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Régulation du c-di-GMP et rôle de ce messager secondaire dans la formation de pili de type IV chez Clostridium difficile.Bordeleau, Éric January 2014 (has links)
Malgré la découverte du c-di-GMP en 1987, ce n’est que durant la dernière décennie que l’importance de ce messager secondaire dans la régulation des phénotypes bactériens a été exposée. Synthétisé par des diguanylate cyclases (DGC) et dégradé par des phosphodiestérases spécifiques (PDE), le c-di-GMP est prédit pour être un messager secondaire très répandu chez les bactéries et pratiquement exclusif à celles-ci. Le c-di-GMP est particulièrement reconnu pour son rôle dans la transition des bactéries motiles et planctoniques vers la formation de biofilm chez les bactéries à Gram négatif telles qu’Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa et Vibrio cholerae. De plus, le c-di-GMP est impliqué dans la régulation de l’expression de certains facteurs de virulence chez certaines bactéries. Ainsi, il est possible de révéler les mécanismes de régulation de certains phénotypes importants par l’étude de la signalisation à c-di-GMP dans une bactérie donnée. Clostridium difficile est une bactérie pathogène causant des diarrhées nosocomiales, des colites et pouvant causer des décès chez l’Homme. Les phénotypes impliqués dans la pathogenèse de C. difficile et leur régulation demeurent en grande partie méconnus. Le génome de C. difficile 630 était prédit être capable de coder pour 37 DGC et PDE putatives, un nombre en apparence élevé pour une bactérie à Gram positif. L’objectif global de mon doctorat était de déterminer si la signalisation à c-di-GMP était fonctionnelle chez C. difficile puis de déterminer le rôle du c-di-GMP chez cette bactérie. Dans un premier projet, mes travaux de doctorat ont permis de démontrer que la majorité des 37 DCG et PDE putatives chez C. difficile 630 sont fonctionnelles. Les 31 DCG et PDE les plus conservées dans les différentes souches de C. difficile ont été exprimées dans V. cholerae afin d’évaluer indirectement leur capacité de synthèse et de dégradation du c-di-GMP en mesurant leur impact sur motilité et la formation de biofilm de V. cholerae. La surexpression d’une DGC chez V. cholerae réduit la motilité par flagelle et augmente la formation de biofilm, alors que l’inverse est observé lors de la surexpression d’une PDE. De plus, l’activité d’une DCG, CD1420 (renommée DccA, CD630_14200), et une PDE, CD0757 (renommée CD630_07570) a été démontrée plus explicitement par des essais enzymatiques in vitro. Ainsi, ce projet a exposé l’important potentiel de la signalisation à c-di-GMP chez C. difficile, jusqu’alors étudiée presque exclusivement chez les bactéries à Gram négatif. Dans un deuxième projet, mes travaux de doctorat ont permis de démontrer le rôle des pili de type IV (T4P) dans l’agrégation de C. difficile et la régulation de leur expression par un riborégulateur à c-di-GMP. Les riborégulateurs sont des structures ARN situées dans la région 5’UTR des gènes capables de réguler l’expression des gènes en aval en fonction de la liaison d’un métabolite spécifique. Parmi les 16 riborégulateurs à c-di-GMP prédits dans le génome de C. difficile 630, le riborégulateur c-di-GMP-II Cdi2_4 est situé en amont du locus principal de synthèse de T4P. Mes travaux ont permis de montrer que l’augmentation de la concentration de c-di-GMP intracellulaire se traduit par une augmentation de l’expression des gènes de T4P, la formation de T4P à la surface des cellules et l’agrégation dépendante des T4P. De plus, le mécanisme de régulation du riborégulateur Cdi2_4 a été démontré in vitro. La liaison du c-di-GMP au riborégulateur Cdi2_4 prévient la formation d’un terminateur transcriptionnel et favorise ainsi la transcription des gènes de T4P en aval. Depuis la mise en évidence de la signalisation à c-di-GMP chez C. difficile dans la première partie de mon doctorat, un certain nombre de phénotypes régulés par c-di-GMP chez cette bactérie ont pu être déterminés ou prédits. Notamment, le c-di-GMP inhibe la transcription des gènes des flagelles en se liant au riborégulateur c-di-GMP-I Cd1 en amont et inhibe indirectement la production des toxines TcdA et TcdB. La démonstration de l’effet positif du c-di-GMP sur l’agrégation des cellules via les T4P, dans la deuxième partie de mon doctorat, contribue à notre compréhension de la signalisation à c-di-GMP chez C. difficile. Il apparait que le c-di-GMP inhibe la motilité et favorise la formation de structures pluricellulaires chez C. difficile à l’instar de plusieurs bactéries, néanmoins par des mécanismes de régulation distincts.
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Quantitative study of Clostridium difficile transmission using extensive epidemiological data and whole genome sequencingEyre, David William January 2013 (has links)
Clostridium difficile is a leading healthcare-associated infection, which causes diarrhoea, and is almost exclusively precipitated by antibiotic exposure. Traditionally C. difficile infection (CDI) has been considered predominantly transmitted within hospitals. However, endemic spread hampers identification of the source of infections, and therefore control and prevention of disease. A cohort of consecutive hospital and community CDI cases in Oxfordshire from September 2007 to March 2011 was investigated. For each case hospital admission, ward movement and demographic data were available allowing contact events between cases to be reconstructed. Initially 944 cases to March 2010 underwent multilocus sequence typing (MLST), subdividing the endemic cases into 69 distinct lineages and demonstrating unexpectedly that ward-based contact with known symptomatic CDI cases only accounts for <25% of disease. To better determine the extent of transmission arising from symptomatic patients, irrespective of the route transmission, isolates from 1223 cases to March 2011 underwent whole genome sequencing. Serially sampled patients with recurrent or on-going disease were used to estimate rates of C. difficile evolution and within-host diversity and to show 0-2 single nucleotide variants (SNVs) are expected between transmitted isolates obtained <124 days apart (95% prediction interval). Mixed infection with more than one strain was investigated, but probably plays only a minor role in onward transmission. In the Oxfordshire CDI cohort, 333/957 (35%) CDI from April 2008 – March 2011 were within 2 SNVs of ≥1 previous case since September 2007 (consistent with transmission). 428/957 (45%) were >10SNVs from all previous cases: these distinct subtypes continued to be identified consistently throughout the study, suggesting cases arise from a considerable reservoir of C. difficile. Surprisingly, declines in the incidence of genetically-related CDI were similar to those in genetically distinct CDI suggesting interventions not just targeting symptomatic individuals, e.g. antimicrobial stewardship, have played a significant role in recent CDI declines. Finally, the feasibility of studying asymptomatic inpatients as potential source of the unexplained transmission was investigated. This thesis provides convincing evidence, in a setting with typical CDI incidence and infection control practice, that only the minority of CDI arises from other symptomatic cases. It demonstrates that much CDI arises from genetically diverse reservoirs, with each exposure resulting in relatively few secondary cases. Future control strategies therefore need to focus on identifying these reservoirs, one of which is plausibly asymptomatic inpatients, and also on interventions that prevent the transition from exposure and colonisation to disease, such as antimicrobial stewardship.
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Analyzing the Safety and Efficacy of Fecal Microbiota Transplantations for Inflammatory Bowel Disease using Clostridium difficile Infection as a ReferenceChan, Cassie 01 January 2016 (has links)
Fecal microbiota transplantation (FMT) is the process by which fecal suspension from a healthy individual is transferred into the gastrointestinal tract of another individual in an attempt to cure certain diseases. This transplantation process has been accredited as being a potential remedy for a growing number of diseases that have been associated with gut microbial imbalances. Interest in FMT has largely been driven by the science community’s increasing interest in the gut microbiome and its role in potentially regulating a multitude of different functions and processes within the human body. One disease that has been found to respond exceptionally well to FMT treatments is Clostridium difficile infection (CDI). However, while FMT has demonstrated high cure rates for CDI, this transplantation process is no panacea. In fact, the results from FMT treatments on other diseases, such as Inflammatory Bowel Disease (IBD), have not been as impressive as CDI’s. This review will examine the existing literature surrounding FMT usage on IBD and will propose a series of experiments and studies needed to truly test the safety and efficacy of FMT for IBD patients. This review will also reference current literature documenting FMT treatments for CDI as a comparative tool for investigating if this form of bacteriotherapy is indeed a viable therapeutic option for treating IBD.
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Clostridium difficile Responds to Antimicrobial Peptides and Oxidative StressMcQuade, Rebecca January 2015 (has links)
Clostridium difficile (CD) is the leading cause of bacterial hospital-associated infection in North America. How CD colonizes the human host, including its response to the innate immune system and other stresses, is poorly understood. This work considers CD's defenses against two stresses found in the host - the antimicrobial peptide LL-37 and reactive oxygen species (ROS). LL-37 had bactericidal activity against CD. CD strains varied in their sensitivity to the peptide, and epidemic-associated strains were more resistant to LL-37 than others. CD became more resistant to LL-37 following exposure to sub-lethal concentrations of the peptide, suggesting the presence of inducible resistance mechanisms. A quantitative proteomics analysis revealed definite alterations in CD protein expression caused by LL-37. Specific changes included increased expression of DltB, a protein previously reported to confer resistance against other antimicrobial peptides. Notably, disruption of individual LL-37-induced genes did not sensitize CD to the peptide. This suggests functional redundancy, and that LL-37 may cause global changes in protein expression, not limited to antimicrobial peptide resistance determinants. One of the proteins most strongly induced by LL-37 was a predicted superoxide reductase (SOR). As CD is considered a strict anaerobe, expression of a predicted antioxidant protein was an interesting finding. Heterologous expression of CD SOR in a superoxide dismutase-deficient E. coli strain confirmed its action as a superoxide scavenger. Insertional inactivation of SOR rendered CD more sensitive to oxygen and ROS-generating compounds, indicating that SOR contributes to antioxidant defense in CD. SOR mutants were impaired in their ability to cause disease in hamsters, indicating a role for this protein in infection.
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Sjuksköterskors erfarenheter av omvårdnaden vid vårdrelaterade infektioner med fokus på Clostridium difficile.Andersson, Sanne, Tomtlund, Claes January 2015 (has links)
Bakgrund: Socialstyrelsen beskriver en vårdrelaterad infektion som en infektion en patient kan få i samband med behandling eller vård inom alla olika former av vård och omsorg. Vårdrelaterade infektioner anser Socialstyrelsen utgör ett problem som orsakar onödigt lidande och stora kostnader för samhället. Det finns få studier som fokuserar på omvårdnaden av patienter som drabbats av den vårdrelaterade infektionen Clostridium difficile. Det finns mycket medicinsk forskning kring Clostridium difficile infektioner men forskning inom sjuksköterskans huvudområde omvårdnad är begränsad. Syfte: Syftet är att belysa sjuksköterskors erfarenheter av omvårdnaden av patienter med vårdrelaterade infektioner med fokus på infektioner orsakade av Clostridium difficile. Metod: Kvalitativ empirisk intervjustudie utgående från intervjuer med sex sjuksköterskor från en infektionsavdelning. Innehållsanalysen genomfördes i enlighet med Granheim och Lundmans (2004) tolkning av Krippendorffs kvalitativa bearbetningsmetod. Resultat: Studien resulterade i två huvudkategorier. Vikten av att observera patientens omvårdnadsbehov belyser betydelsen av sjuksköterskors erfarenheter för att kunna utföra personcentrerad omvårdnad. Kommunikation med patienten och anhöriga belyser betydelsen av att lyssna och se människan såväl patienter som anhöriga. Slutsats: Sjuksköterskans förmåga att observera patienters omvårdnadsbehov är ett viktigt redskap vid utformningen av patienters omvårdnad i samband med en CDI. Betydelsen av information om CDI till såväl patienter som anhöriga beträffande de särskilda hygienrutiner som ska tillämpas med syftet att uppnå säker vård. Sjuksköterskor som arbetar på en infektionsavdelning har erfarenhet av att vårda isolerade patienter vilket innebär att de intervjuade sjuksköterskorna ansåg att merarbetet med omvårdnaden av isolerade patienter med en CDI inte var något större problem.
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Modulating the gut microbiota with a synthetic stool “MET-1”: protective effects in animal models of antibiotic associated colitisMartz, SARAH-LYNN 02 October 2013 (has links)
Thesis (Master, Microbiology & Immunology) -- Queen's University, 2013-09-29 21:18:18.966
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Développement d’outils de prédiction des complications et des récidives de l’infection à Clostridium difficile / Development and validation of clinical prediction tool for complicated and recurrent Clostridium difficile infectionAbou Chakra, Claire Nour January 2017 (has links)
Résumé : Depuis 2002, une augmentation des taux d’issues défavorables de l’infection à Clostridium difficile (ICD) a été attribuable à l’émergence de la souche NAP1/BI/R027. Il est indispensable d’identifier les facteurs de risque de développer des complications (ICDc) et des récidives (ICDr), et de pouvoir les prédire lors du diagnostic afin d’optimiser le traitement. Le projet de recherche a comme objectifs: i) l’identification des facteurs de risque pour le développement d’ICDc et ICDr et ii) le développement et la validation d’un outil de prédiction à partir de variables mesurées dans les 48h du diagnostic d’une ICD. Méthode: Une cohorte multicentrique prospective de patients adultes hospitalisés pour une ICD. Les données suivantes ont été recueillies: i) démographiques; ii) comorbidités; iii) traitements et procédures reçus dans les 2 mois avant le diagnostic; iv) paramètres cliniques, vi) biochimiques, hématologiques et vii) microbiologiques (ribotypage). Un suivi à 30 et 90 jours a été effectué. Les facteurs de risque ont été identifiés par des modèles multivariés de régression logistique et d'analyse de survie. La méthode de validation croisée a été utilisée pour la dérivation et la validation interne. Différents modèles ont été comparés selon l’aire sous la courbe ROC (ASC), l’erreur de prédiction (EP) et les paramètres de performance. Un score prédictif a été dérivé à partir du modèle optimal. Résultats: Au total, 1380 patients ont été inclus dont 96% suivis 90 jours. Une ICDc a été observée chez 8% et une ICDr chez 26%. La souche R027 représentait 52% des souches caractérisées. Les ICDc sont associées à un âge ≥80 ans, un rythme cardiaque >90/min, un rythme respiratoire >20/min, globules blancs (GB) <4 et ≥20×10[indice supérieur 9]/L, albumine sérique <25 g/L, urée sérique >7 mmol/L, et CRP ≥150 mg/L. Les ICDr sont associés à l'âge ≥ 65 ans, à l’exposition à des macrolides et/ou clindamycine, CRP ≥150 mg/L, R027, et une hospitalisation ≥14 jours suivant l'ICD. Un sous-groupe de 1038 cas complets a été utilisé pour la modélisation prédictive. Le modèle optimal contenait l’âge ≥80 ans, GB ≥12×10[indice supérieur 9]/L, albumine sérique <26 g/L et urée sérique >7 mmol/L, avec une ASC de 0,84 et une EP de 6%. Un score variant entre 0 et 17 points a été construit. En validation, un score >10 points présentait une sensibilité de 50% (IC[indice inférieur 95]% = 28-72), une spécificité de 85% (81-89), une valeur prédictive positive de 17% (7-27) et une valeur prédictive négative de 96% (94-99). Conclusions: En utilisant une large cohorte prospective multicentrique et plusieurs étapes de modélisation prédictive et de validation interne, nous avons identifié les facteurs associés aux ICDc et ICDr et dérivé un score prédictif des ICDc ayant une performance acceptable. Au moment du diagnostic de l’ICD, ces facteurs sont à considérer pour envisager le traitement le plus optimal afin de prévenir ces issues. / Abstract : A significant increase in Clostridium difficile infection (CDI) unfavourable outcomes was observed since 2002 and was associated with the emergence of the strain NAP1/BI/R027. Identifying patients at high risk of developing complications (cCDI) and recurrences (rCDI), and predicting these outcomes early in the course of illness could improve clinical decision-making. The main objectives of this research were to: i) identify risk factors for cCDI and rCDI, and ii) develop and validate a clinical prediction rule for cCDI using predictors measured within 48h of CDI diagnosis. Methods: Adult in patients with confirmed CDI diagnosis in 10 acute care hospitals, were enrolled in a prospective cohort. Data at enrolment were collected : demographics, underlying illnesses, past medical and drug history (two months prior to CDI), clinical signs, blood tests, and C. difficile strain type. A follow-up was completed on day 30 and 90 after enrolment. Risk factors were identified by multivariate logistic regression and survival analyses. Split-sample technique was used for training and validation sets. Several predictive models were derived and assessed in both sets by AUC/ROC, prediction error (PE), and performance parameters. A predictive score was built using the optimal predictive model. Results: A total of 1380 patients were enrolled and 96% had 90 days follow -up. cCDI was observed in 8% and rCDI in 26%. R027 was identified in 52% of patients. Age ≥80 years, heart rate >90/min, respiratory rate >20/ min, white cell count <4 or ≥20 × 109/L, albumin <25 g/L, blood urea nitrogen >7 mmol/L, and C-reactive protein (CRP) ≥150 mg/L were independently associated with cCDI. Age ≥65 years, increased CRP, expos ure to macrolides/clindamycin, R 027, and prolonged hospital stay were associated with rCDI. A sub-group of 1038 complete cases was used for predictive modelling. In the training set, the optimal model with 6% PE and AUC 0.84 included age≥80, WBC≥12x10 [superscript 9]/L, BUN>7 mmol/L, and serum albumin <26 g/L. A predictive score was built with minimum 0 and maximum 17 points. A score >10 points showed 50% sensitivity (95%CI, 28-72), 85% specificity (81-89), 17% (7-27) positive predictive value, and 96% (94-99) negative predictive value. Conclusion: Through a large multicenter prospective cohort and multiple modelling approached, independent risk factors of complications and recurrence of CDI were identified. We derived a predictive score that included easily available meas ures at the bedside and showed acceptable performance. At time of CDI diagnosis, these predictors could be used by clinicians to identify patients at higher risk and adjust for the most optimal treatment that could prevent unfavourable outcomes.
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Towards a Structural Understanding of Spore Germination in Clostridium DifficileAdams, Chloe M. 01 January 2015 (has links)
Clostridium difficile is a Gram-positive bacterium that causes a toxin-mediated disease, typically in individuals whose normal intestinal flora has been compromised by antibiotic therapy. C. difficile is naturally resistant to many antibiotics and produces spores that can withstand harsh environmental conditions and many disinfectants, making the infection difficult to clear and easy to spread. The infection begins when spores from the environment are ingested and germinate upon exposure to taurocholate and glycine in the digestive tract. This germination process is required to initiate infection and thus represents a good target for the development of novel therapeutics. Although spore germination is necessary for disease transmission, the molecular mechanisms regulating this process are poorly understood. Germination relies on sensing a germinant and triggering degradation of the cortex layer of the spore, which is important for spore resistance. Once the cortex is degraded, the spore can undergo outgrowth to a vegetative cell and secrete toxins to cause disease symptoms.
There are several discrete steps to the proteolytic cascade that ultimately lead to cortex hydrolysis. First, the pseudoprotease CspC acts as a germinant receptor for the bile salt taurocholate; CspC then relays this signal to the subtilisin-like serine protease, CspB. CspB is required for efficient cleavage and activation of the cortex hydrolase. SleC. Upon proteolytic activation of SleC, cortex hydrolysis can proceed, which allows subsequent outgrowth.
To better understand the mechanistic basis of the germination process, we solved the 1.6 Å structure of the required germination protease, CspB, from C. perfringens (a related pathogen). This structure revealed that CspB is comprised of three domains: an associated prodomain, a subtilase domain, and a jellyroll domain. Our work significantly advanced our understanding of the proteolytic cascade that leads to germination; in particular the structure and function of the CspB protease, and the role of its three domains. We have described the four domains of the cortex hydrolase, SleC, and how they contribute to the activity of SleC. We have recently obtained diffraction-quality crystals of the pseudoprotease, CspC, from an organism more closely related to C. difficile, C. bifermentans. Our latest work, focusing on the germination receptor, CspC, has brought us closer to a three-dimensional structure of this protein, which will likely reveal how it binds ligands and functions in germination.
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Auftreten von Clostridium difficile Infektionen bei AML-Patienten in der medizinischen Klinik und Poliklinik II von Januar 2000 bis Juni 2005 / Occurence of infections with clostridium difficile in aml-patients at the " Medizinische Klinik und Poliklinik II" from january 2000 to june 2005Schloßer, Irmgard Juliane January 2008 (has links) (PDF)
In der vorliegenden Arbeit wurde das Auftreten von Clostridium difficile Infektionen bei AML-Patienten in der medizinischen Klinik und Poliklinik II der Universität Würzburg zwischen Januar 2000 und Juni 2005 untersucht. Es wurden retrospektiv die Akten von 116 Patienten ausgewertet. Davon entwickelten 36 Patienten, als 31% mindestens einmal eine Infektion mit Clostridium difficile. Bei 329 verabreichten Zyklen Polychemotherapie kam es in 53 Fällen, also in 16% zu einer Infektion mit Clostridium difficile. In allen Fällen ging der Clostridium difficile Infektion zusätzlich zur Polychemotherpie auch eine Antibiotikatherapie voraus. Clostridium difficile Infektionen unabhängig von einer Antibiotikatherapie wurden nicht beobachtet. Insbesondere beim zweiten verabreichten Zyklus einer Chemotherapie kam es gehäuft zu Clostridium difficile Infektionen. Bei Patienten unter 60 Jahren kam es in 39% aller verabreichten Zyklen zu einer Clostridium difficile Infektion, bei Patienten, die älter waren als 60 Jahre, nur in 11%. Möglicherweise sind hier die intensiveren Chemotherapieschemata verantwortlich, die jüngeren Patienten verabreicht wird. Es konnten Schwankungen in der Inzidenz von Clostridium difficile in Abhängigkeit vom verwendeten Chemotherapieprotokoll festgestellt werden. Besonders deutlich zeigte sich dies beim Vergleich der Doppel-Induktion nach dem DA-Protokoll und der Induktion nach dem MAV-MAMAC Protokoll. Bei der Doppelinduktion nach dem DA-Protokolle kam es bei 15% der Patienten zu einer Clostridium difficile induzierten Diarrhö, bei Doppelinduktion nach dem MAV- MAMAC- Protokoll in 60% der Fälle. Rückfälle der Clostridium difficile Infektion stellen ein häufiges Problem dar. Bei einem Drittel der Patienten mit Clostridium difficile Infektion, die mehr als einen Zyklus Chemotherapie erhielten kam es zu einem erneuten Auftreten der Erkrankung. Die Inzidenz der Clostridium difficile Infektionen in den verschiedenen Jahren schwankte erheblich zwischen 4% und 32% der Fälle. Besonders auffällig war eine hohe Inzidenz im Jahr 2000. Dabei kann retrospektiv nicht mehr festgestellt werden, was die Ursache war. Möglicherweise handelte es sich hier um einen besonders virulenten Stamm. Eine weitere Ursache könnte sein, dass es im Jahr 2000 Probleme bei der Einhaltung der Hygienemaßnahmen gab. / In this retrospective study we evaluated the incidence of infections with clostridium difficle in patients with acute myeloic leukemia, who were treated at the "Medizinische Klinik und Poliklinik II" of the university of Würzburg between january 2000 and june 2005. The occurence of infections with clostridium difficile patiens was with 31% of patients affected high. Recurrences of clostridium difficle infections were a frequent problem. Young patients were more often than elder patients affected by this infection. Subject to the chemotherapy protocol used,we found different incidence of clostridium difficle infections. There was a high fluctuance of infections between the different years.
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