CAPES / O crestamento bacteriano comum, causado por Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli, é uma das principais doenças da cultura do feijoeiro. Em busca por alternativas no controle de doenças em plantas, o uso de eliciadores/indutores de resistência tem sido explorado. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi verificar a eficiência dos eliciadores harpina e acibenzolar-S-metílico na indução de mecanismos de defesa em plantas de feijoeiro (Phaseolus vulgaris L.) ao crestamento bacteriano comum, causado por X. axonopodis pv. phaseoli, avaliandose possíveis alterações no processo de trocas gasosas e ativação das principais enzimas envolvidas na defesa vegetal - peroxidase, superóxido dismutase, além de proteínas e fenóis. Foram utilizadas sementes dos cultivares IAPAR 31 e IPR Colibri. Depois de emergidas as primeiras folhas trifoliadas na fase vegetativa (V3) as plantas, foram tratadas com os eliciadores acibenzolar-S-metílico, harpina e água destilada (controle). Sete dias após a primeira aplicação dos eliciadores, foi inoculado o patógeno nas folhas do feijoeiro. A avaliação da severidade foi realizada a cada 10 dias sendo a primeira avaliação realizada 15 dias após a inoculação do patógeno. As leituras de fotossíntese foram realizadas 40 dias após a inoculação quando os sintomas e danos da doença demonstravam-se estabelecidos. Para a realização das análises bioquímicas, amostras de tecidos foliares de cada tratamento foram coletadas 24 horas antes, 24, 48 e 72 horas após a aplicação dos eliciadores. Também, foram determinados o rendimento e seus componentes em ambas as cultivares.A aplicação de ASM e harpina proporcionou redução na severidade da doença do crestamento bacteriano comum nas plantas de feijoeiro da cultivar IPR-Colibri e a mesma tendência foi observada para a cultivar IAPAR 31 tratada com ASM. As plantas da cultivar IAPAR 31 tratadas com o eliciador ASM, apresentaram maiores taxas de assimilação de CO2 quando comparadas ao controle e a mesma tendência foi observada para a cultivar IPR-Colibri. A aplicação do ASM promoveu o aumento da atividade da enzima antioxidativa peroxidase e a indução da síntese de compostos fenólicos e especialmente na cultivar suscetível IPRColibri. Para o rendimento de grãos e seus componentes, não foram observadas diferenças significativas entre o controle e os eliciadores ASM e harpina. Os eliciadores ASM e harpina induziram os mecanismos de resistência em feijoeiro contra X. axonopodis pv. phaseoli, indicando a potencialidade do uso dos eliciadores na cultura do feijoeiro. / The common bacterial blight, caused by Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli is one of the major diseases of the bean crops. In search for alternatives to control the plant diseases, the use of the elicitors / inductors of resistance has been explored. Thus, the objective of this work was to verify the effectiveness of the elicitors harpina and acibenzolar-S-methyl in the induction of the defense mechanisms in bean plants (Phaseolus vulgaris L.) against common bacterial blight caused by X. axonopodis pv. phaseoli, evaluating the possible changes in the process of gas exchange and the activation of the key enzymes involved in the plant defense - peroxidase, superoxide dismutase, besides proteins and phenols. It was used seeds from IAPAR 31 and IPR Colibri cultivars. After emerged the first trifoliate leaves in the vegetative stage (V3) the plants were treated with the elicitors Acibenzolar-S-methyl and harpina, and distilled water (control). Seven days after the first application of the elicitors, the pathogen was inoculated on the leaves of bean plants. The severity assessment was performed every 10 days and the first evaluation 15 days after the pathogen inoculation. The measurement photosynthesis were performed 40 days after the inoculation when the symptoms and the damages of the disease showed themselves established. To carry out the biochemical analysis, samples of leaf tissue from each treatment were collected 24 hours before, 24, 48 and 72 hours after the application of the elicitors. Also, it was determined the yield and its components in both cultivars. The application of ASM and harpina provided the reduction in the severity of the common bacterial blight disease of the bean plants of IPR-Colibri cultivars and the same trend was observed for the IAPAR 31 cultivars treated with the elicitor ASM. Plants by IAPAR 31 treated with the elicitor ASM showed higher rates of assimilation of CO2 when compared to the control and the same trend was observed for cultivar IPR-Colibri. The application of ASM promoted the increase of the antioxidative enzyme peroxidase activity, and the induction of the phenolic compounds synthesis and, especially in the susceptible cultivar IPR-Colibri. For grain yield and its components, significant differences were not observed between the control and the elicitors ASM and harpina. The elicitors ASM and harpina induced the resistance mechanisms in bean plant against X. axonopodis pv. phaseoli, indicating the potentiality of the elicitor utilization in bean crops.

A crescente procura por alimentos mais saudáveis demanda um aumento na produção isenta de agrotóxicos. O feijão-de-vagem é uma das principais olerícolas cultivadas no Brasil. Dentre as principais doenças que afetam essa cultura está o oídio, podendo ocasionar perdas de produção em até 69%, sendo de ocorrência comum em cultivos protegidos especialmente em períodos tardios. O uso do leite tem demonstrado boas perspectivas no controle desta doença em diversas culturas. Foram desenvolvidos na Universidade Tecnológica Federal do Paraná – Campus de Pato Branco – PR, nos anos de 2007 e 2008, trabalhos com o objetivo de avaliar o efeito do leite de vaca in natura e seus possíveis mecanismos de ação sobre o controle de oídio em feijão-de-vagem sob ambiente protegido. Conduziu-se experimento com aplicação de leite de vaca in natura nas concentrações de 0%, 5%, 10%, 15% e 20% em freqüência semanal e quinzenal, com e sem espalhante adesivo. Foi avaliada a severidade da doença e a produtividade. O delineamento foi em blocos ao acaso, com 4 repetições. Em outro experimento avaliou-se o efeito dos componentes químicos do leite, com aplicações foliares de Nitrato de Potássio (0,79 g L-1), Cloreto de Amônio (0,82 g L-1), Nitrato de Cálcio (0,96 g L-1), Fosfato de Amônio Monobásico (0,51 g L-1), Carbonato de Sódio (0,23 g L-1), mistura destes componentes, leite (200 ml L-1) e água. O delineamento foi inteiramente casualizado com 3 repetições. No terceiro experimento avaliou-se a atividade metabólica em tecidos foliares de feijão-de-vagem tratado com aplicações semanais de leite de vaca in natura nas concentrações do primeiro experimento. O cultivo foi em vasos, em casa de vegetação com ambiente controlado. O delineamento foi inteiramente casualizado com 4 repetições. Para realização das análises bioquímicas (proteínas, açúcares totais e redutores, peroxidases e FAL) foram coletados discos foliares de 0,2 g de cada unidade experimental, 24, 48 e 72 horas após a aplicação do leite de vaca in natura. O leite aplicado em freqüência semanal promoveu controle do oídio de 37,94 a 79,96%. Em freqüência quinzenal o controle variou de 22,32 a 28,59%, sendo mais efetivo no início da infestação. Sua aplicação não requer uso de espalhante adesivo. As concentrações mais viáveis foram entre 10 e 15%. Aplicação dos diferentes componentes químicos de forma combinada controlou a doença de forma semelhante à aplicação do leite de vaca in natura. Aplicações de concentrações crescentes de leite de vaca in natura interferiu nos parâmetros bioquímicos foliares de proteínas, açúcares totais e redutores, atividade de peroxidase e FAL, demonstrando ser um elicitor capaz de induzir a uma resposta de resistência, alterando a atividade de enzimas relacionadas com a defesa do feijão-de-vagem. / The rising search for healthier food demands a rising in the production without fertilizers. The bean pod is one of the main plants from the vegetable gardens grown in Brazil. Among the main diseases which affect this culture is the powdery mildew which can cause losses in the production up to 69%, being a common occurrence in protected cultures especially in late periods. The usage of milk has shown good perspectives in this disease control in different cultures. Works with the aim of evaluate the effect of in natura milk and its possible mechanisms of action in the powdery mildew control in bean pods under a protected environment were developed during 2007 and 2008. In the Federal Technological University of Paraná – campus in Pato Branco- PR. The experience was conducted with the application of in natura milk in the concentrations of 0%, 5%, 10%, 15% and 20% every week or every fifteen days with or without the adhesive spreader. The severity of this disease was evaluated as well as the productivity. The design was in blocks at random, with four repetitions. In other experiment it was evaluated the milk chemical components effect with application leaf of Potassium Nitrate (0.79 g L-1), Ammonium Chloride (0.82 g L-1), Calcium Nitrate (0.96 g L-1), Ammonium Phosphate Monobasic (0.51 g L-1), Sodium Carbonate (0.23 g L-1), mixture of these components, milk (200 ml L-1) and water. The design was entirely developed with three repetitions. In the third experiment the metabolic activity was evaluated in the follicular tissue in bean pods treated with weekly applications of cow milk in natura in the concentrations of the first experiment. The cultivation was in vases in a vegetation house with controlled environment. The design was entirely developed with four repetitions. In order to make the biochemical analysis (proteins, total sugar and reductors, peroxidasis e PAL) Follicular disks of 0.2g were collected from each experimental unity, 24, 48 e 72 hours after the application of cow milk in natura. The milk applied weekly promoted the powdery mildew control of 37.94 to 79.96%. Being used every fifteen days the control varied from 22.32 to 28.59%, being more effective in the beginning of the infestation. Its application does not require the usage of adhesive spreader. The most variable concentrations were between 10 e 15%. The application of different chemical components in a combined form controlled the disease in a similar way to the application of cow Milk in natura. The applications of rising concentrations of cow milk in natura interfered in the follicular biochemical patterns of proteins, total sugar and reductors, activity of peroxidasis and PAL demonstrating to be an elicitor which is able to induct to an answer of resistance, alternating the enzymatic activity related to the bean pod defense.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2002-02-15Bitstream added on 2014-06-13T18:39:44Z : No. of bitstreams: 1 silva_trb_me_ilha.pdf: 139678 bytes, checksum: 6795da3822627218071676c7e9fdf22c (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A implantação da cultura do feijão no sistema de plantio direto vem crescendo em todo território nacional, entretanto, o plantio direto exige uma adubação nitrogenada diferenciada, tornando-se necessário buscar mais informações a esse respeito. Nesse contexto, o trabalho foi desenvolvido em um LATOSSOLO VERMELHO Distrófico (LVd), em Selvíria - MS, com o objetivo de verificar o efeito da aplicação de diferentes níveis de nitrogênio em cobertura (0, 30, 60, 90, 120 e 150 kg ha-1), na cultura do feijão de inverno em sistema de plantio direto, após diferentes coberturas vegetais (milho, milheto, arroz, mucuna-preta, soja, Crotalaria juncea e milho + mucuna-preta). O delineamento experimental foi o de blocos casualizados em um esquema de parcelas subdivididas, com 4 repetições. Foram avaliadas: cobertura vegetal da cultura anterior, matéria seca das plantas, população de plantas, componentes produtivos (número de vagens e de grãos por planta, número de grãos por vagem e massa de 100 grãos), N total na parte aérea e nos grãos e, produtividade de grãos. Concluiu-se que A Crotalaria juncea e mucuna-preta proporcionaram a melhor cobertura do solo no período avaliado, com a Crotalaria juncea apresentando a maior quantidade de matéria seca (15.201 kg ha-1), o que é um fator importante no sistema de plantio direto; as diferentes coberturas vegetais não influenciaram significativamente a produtividade do feijoeiro cultivado em sucessão; a aplicação de doses crescentes de nitrogênio em cobertura aumentou a produtividade do feijoeiro, entretanto mesmo onde não houve aplicação do fertilizante a produtividade foi superior a 2000 kg ha-1, de forma que uma análise econômica passa a ser um fator importante para a tomada de decisão. / The no tillage system in common bean is improving in Brazil, however, there is controversy about sidedressing nitrogen fertilization, so is need more information about it. In this context, the experiment was carried out on a Typic Haplustox, in Selvíria, MS, Brazil, with the objective of evaluating the sidedressing nitrogen effects (0, 30, 60, 90, 120 and 150 kg ha-1), in common bean on no tillage system under different crop residues (corn, millet, rice, black velvet bean, soybean, crotalaria and corn + black velvet bean). The used design consisted of randomized blocks in a split-plot scheme and four replications. Crop residues, number of days to the bloom, dry matter weight, stand, number of pod and seeds per plant, number of seeds per pod, weight of 100 seeds, N in leaves and seeds and yield were evaluated. The results showed that: the Crotalaria juncea and black velvet bean provided the most crop residue, and the Crotalaria juncea with a highest dry matter weight (15.201 kg ha-1), it is a important factor on the no tillage system; there was not crop residues influence under common bean yield; the sidedressing nitrogen application increased the production, however where there was not N application the yield were higher to 2000 kg ha-1, with the economic analysis is the important to decision.

Orientadores: Anete Pereira de Souza, Luciana Lasry Benchimol / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T02:30:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Campos_Tatianade_D.pdf: 8389045 bytes, checksum: 6f77299744a0d3b5f2c74f0f37700d38 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: O melhoramento genetico do feijoeiro busca responder ou atender demandas especificas dos produtores. Um cultivar de feijoeiro deve atender as caracteristicas de produtividade, de resistencia as principais doencas da cultura, e de qualidade tecnologicas, tais como tempo de cozimento, qualidades nutricionais e tipo de caldo. A escolha de criterios racionais e eficientes para a identificacao de linhagens superiores a serem utilizadas em cruzamentos facilita o trabalho do melhorista. Alem disso, a escolha dos genitores com maior potencial genetico para recombinacao aumenta as chances de obtencao de cultivares mais produtivos e estaveis para o comercio, bem como facilita a selecao dos genotipos nos ensaios de competicao. O feijoeiro e uma das culturas de destaque no Brasil com potencial a ser explorado e requer esforcos para o manejo adequado. Neste sentido, o investimento em tecnicas moleculares pode ser associado ao auxilio no melhoramento classico, como para a realizacao de programas de selecao assistida por marcadores. Os microssatelites sao marcadores moleculares definidos por sequencias repetitivas abundantes nos genomas de eucariotos, transferiveis e informativas. Os microssatelites sao marcadores amplamente utilizados em estudos geneticos e no desenvolvimento de mapas geneticos. Este trabalho teve como objetivo o desenvolvimento de marcadores moleculares do tipo microssatelites para feijoeiro para a construcao de um mapa genetico molecular. Foram desenvolvidos 488 novos microssatelites, sendo que 183 estao disponiveis em 3 publicacoes sobre caracterizacao destes locos e, 64 estao descritos no artigo referente ao mapa genetico. Os demais locosapresentaram-se monomorficos dentre os genotipos utilizados, mas tambem serao divulgados na forma de manuscrito. O mapa genetico foi estabelecido com base em uma populacao F10 segregante, composta de 380 linhagens endogamicas, derivadas do cruzamento entre IAC-UNA e CAL143. Foram analisados no total 871 microssatelites, entre eles 265 (30,4%) foram polimorficos e 247 (28,4%) apresentaram padrao adequado de leitura de genotipagem. Para a construcao do mapa, alem dos marcadores moleculares, foram utilizados tres marcadores fenotipicos: cor de flor, formato do apice da vagem e habito de crescimento. Foi possivel mapear 198 microssatelites e os 3 marcadores fenotipicos. Dentre os marcadores mapeados, 131 tinham a posicao ate entao desconhecida em grupos de ligacao. O mapa resultante cobre 1865.9 cM, com uma distancia media entre marcadores de 9.4 cM. A cobertura de mapa e considerada de saturacao moderada e pode servir de base para o mapeamento de outras caracteristicas fenotipicas e de QTLs. / Abstract: The common bean breeding programs are meant to attend specific demands of bean producers. A common bean genotype of commercial interest must present desirable productivity characteristics; resistance to the main diseases and technological quality, like cooking time, nutritional value and type of broth. The choice of efficient criteria for identification of superiors inbred lines to be used in crosses supports breeders work. Moreover, the use of genitors with higher genetic potential increases the chances to reach more stable and productive cultivars, as well as facilitates genotypes selection in competitive assays. The common bean is one of the most important crops in Brazil and it has potential to be explored, but, the current productivity is low and requires efforts to improve the field performance. In this way, the search for molecular techniques can be associated to assist the classic breeding, like to perform marker-assisted selection. Microsatellites are repetitive sequences present in eukaryotes genomes, transferable, and informative. The microsatellite markers are widely used in genetic studies, and one of the main uses is to construct genetic maps. The objective of the present work was to develop new microsatellite markers to common bean and to construct a genetic map. Up to new 488 microsatellites were developed, of which 183 are available in 3 articles about loci characterization and, 64 are described in genetic map article. The remaining loci were monomorphic for the genotypes used, and they will be described in an article too. The genetic map was based on a mapping population F10, formed by 380 recombinant inbred lines derived of IAC-UNAF and CAL143 crosses. We tested 871 microssatellites, of which 265 (30,4%) were polymorphic and 247 (28,4%) presented adequate genotyping standard. Beyond the molecular markers, weevaluated three phenotypic markers: flower color, pod tip shape, and growth habit. It was possible to map 198 microssatellites and the 3 phenotypic markers. Amongst the mapped microsatellite markers, 131 have never been located before in any known linkage group. The resulting map covers a total of 1865.9 cM in length and average distance between markers was 9.4 cM. The coverage of the generated map is considered to have a moderate saturation, which makes it useful for mapping other qualitative traits and QTLs. / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2016-12-20T18:58:02Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Leniany Patrícia Moreira - 2015.pdf: 1645373 bytes, checksum: 6b0d185814dfdfc0f4ba2612f6b87c40 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-12-26T14:13:15Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Leniany Patrícia Moreira - 2015.pdf: 1645373 bytes, checksum: 6b0d185814dfdfc0f4ba2612f6b87c40 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-26T14:13:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Leniany Patrícia Moreira - 2015.pdf: 1645373 bytes, checksum: 6b0d185814dfdfc0f4ba2612f6b87c40 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-02-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Common bean (Phaseolus vulgaris L.) is a leguminous plant of great importance for the Brazilian population, especially for the poorer population by representing the main source of protein. Common bean can establish symbiosis with nitrogen-fixing bacteria to obtain N from the atmosphere through Biological Nitrogen Fixation (BNF) process. This work aimed to evaluate the agronomic efficiency of rhizobia isolates under field conditions in two sites: Guapó and Santo Antônio de Goiás, by comparison of their results with the commercial strains SEMIA 4077, 4080 and SEMIA SEMIA 4088 of Rhizobium tropici. We evaluated the number of nodules (NN), nodules dry weight (NDW), root dry weight (RDW), shoot dry weight (SDW), stand (S), leaf area (LA), number of pods (NP), number of grains (NG), 100 grains dry weight (100GDW), grain yield (GY) and levels of macro and micronutrients in the shoots of common bean plants. The results revealed significant differences for NN, SDW, NP, NG and GY among the treatments evaluated in Guapó. In the experiment carried out in Santo Antônio de Goiás significant differences were observed among treatments for NDW, RDW, LA, SDW, NP, NG and GY. The content of micro and micronutrients varied significantly among all of the isolates while in Santo Antônio de Goiás no significant differences were found for Fe and Mn. About 70% of the isolates evaluated in Guapó showed relative efficiency of grain yield similar to the strains SEMIA 4077, SEMIA 4080 and SEMIA 4088. In Santo Antônio de Goiás all of the evaluated isolates showed the same efficiency of those strains. The inoculation with the isolates contributed on a significant way for the grain yield increasing with results similar to the N treatment and commercial strains. These results indicate that is possible to find isolates more efficient than the commercial strains on the BNF process. / O feijoeiro-comum (Phaseolus vulgaris L) é uma leguminosa de grande importância para a população brasileira, principalmente as mais carentes por representar a principal fonte de proteínas. O feijoeiro tem capacidade de se beneficiar da Fixação Biológica de Nitrogênio (FBN), através da simbiose com bactérias fixadoras pertencentes ao grupo dos rizóbios. No presente trabalho avaliou-se a eficiência agronômica de isolados de rizóbio em condição de campo, comparados às três estirpes comerciais de Rhizobium tropici SEMIA 4077, SEMIA 4080 e SEMIA 4088. Foi avaliado o número de nódulos (NN), massa seca de nódulos (MSN), massa seca de raiz (MSR), massa seca da parte aérea (MSPA), estande (E), área foliar (AF), número de vagens (NV), número de grãos (NG), massa seca de 100 grãos (MS100G), produção de grãos (PG) e teores para macro e micronutrientes na parte aérea de plantas de feijoeiro-comum. Os resultados revelaram que houve diferenças significativas para os tratamentos testados em Guapó para os parâmetros de NN, MSPA, NV, NG e PG. Em Santo Antônio de Goiás houve diferenças significativas para MSN, MSR, AF, MSPA, NV, NG e PG. Foi verificado, na avaliação de macro e micronutrientes no experimento em Guapó, diferenças significativas para todos os nutrientes avaliados. Em Santo Antônio de Goiás não foram verificadas diferenças significativas apenas para Fe e Mn. Cerca de 70% dos isolados testados em Guapó apresentaram eficiência relativa de produção de grãos iguais às estirpes SEMIA 4077, SEMIA 4080 e SEMIA 4088, enquanto em Santo Antônio de Goiás todos os isolados apresentaram a mesma eficiência verificada para as estirpes padrão. A inoculação com isolados de rizóbio contribuiu de forma significativa para o aumento de rendimento de grãos no feijoeiro-comum, com resultados semelhantes ao tratamento TN e às estirpes SEMIA 4077, SEMIA 4080 e SEMIA 4088, sendo um indicativo de que é possível encontrar isolados mais eficientes no processo da FBN que as estirpes comerciais utilizadas atualmente.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-18T13:21:11Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Paula Simplício Mota - 2015.pdf: 2622408 bytes, checksum: 964fc3216d1a8c8e5e27bc1ef2a5d5be (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-18T13:21:34Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Paula Simplício Mota - 2015.pdf: 2622408 bytes, checksum: 964fc3216d1a8c8e5e27bc1ef2a5d5be (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T13:21:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Paula Simplício Mota - 2015.pdf: 2622408 bytes, checksum: 964fc3216d1a8c8e5e27bc1ef2a5d5be (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-10-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The aim of this study was to validate molecular markers specifically associated with alleles of the Co-4 gene that controls the reaction to anthracnose of common bean, in particular the Co- 42 allele, and foment the integration of these markers in breeding programs aimed at developing resistant cultivars. For this, we evaluated 261 individuals F2 and 197 F2:3 progenies coming from crosses between SEL 1308 (carrier of Co-42 allele) and BRS Cometa. The studies confirm that the inheritance of reaction to anthracnose in SEL1308, using race 73 of Colletotrichum lindemuthianum, it is conditioned by an allele with complete dominance. In all, 15 markers were analyzed, ten STS (Sequence-Tagged Sites) and two SSR (Simple Sequence Repeat), recently identified by the Embrapa research group, and three SCAR (Sequence Characterized Amplified Regions) previously reported in the literature. Of these, 13 were polymorphic between the parents and segregated in the expected proportions to generations analyzed (3:1 or 1:2:1). Among the markers linked in repulsion phase, six STS (P8283-V1, P8284 -V1, P8285-V2, P8286-V1, P8286-V2 and P8286-V3) co-segregated at a distance of 2,64 cM from the allele Co-42 and 0,0 cM apart. As regards the SCAR markers, it was found that all are linked in coupling phase of the Co-42 allele at distances ranging from 2,93 cM (SAS13) at 6,42 cM (SH18). Of codominant markers, the STS P8286-V6 was mapped closest to Co-42 allele at a distance of 2,58 cM. Thus, the STS tested are excellent tools markers for assisted selection of genotypes resistant to anthracnose, since that present the highest selection efficiency estimates (84 - 99%) and the detection of plants carriers of different alleles of the Co-4 gene. However, only the SCAR SH18 possible the specific breakdown of Co- 42 allele, despite having less selection efficiency (85%) compared to the other analyzed markers. Therefore, it is recommend the combined or sequential use of P8286-V6 and SH18 markers for Co-42 selection at the expense of other alleles of the Co-4 gene. As for the selection of resistant genotypes in populations in which only the Co-42 allele is present, it is suggested to use only the P8286-V6 marker, which stands out for being codominant and strongly associated with the resistance allele. From a practical standpoint, the molecular markers validated in this study have shown great potential for use in the development of common bean cultivars resistant to anthracnose, being affordable to laboratories with different levels of infrastructure and highly efficient in monitoring genotypes carriers of resistance alleles of the loco Co-4. / O objetivo desse estudo foi validar marcadores moleculares especificamente associados aos alelos do gene Co-4 que controla a reação à antracnose do feijoeiro-comum, em particular ao alelo Co-42, e fomentar a integração destes marcadores a programas de melhoramento visando ao desenvolvimento de cultivares resistentes. Para isso, foram avaliados 261 indivíduos F2 e 197 progênies F2:3, provenientes de cruzamentos entre SEL 1308 (portadora do alelo Co-42) e BRS Cometa. Os estudos confirmaram que a herança da reação à antracnose em SEL 1308, usando a raça 73 de Colletotrichum lindemuthianum, é condicionada por um alelo com dominância completa. Ao todo, foram analisados 15 marcadores, sendo dez Sequence-Tagged Sites (Sítios Marcados por Sequências) e duas Simple Sequence Repeat (Sequências simples repetidas), identificadas recentemente pelo grupo de pesquisa da Embrapa, e três Sequence Characterized Amplified Regions (Regiões Amplificadas Caracterizadas por Sequências) previamente relatados na literatura. Destes, 13 foram polimórficos entre os genitores e segregaram nas proporções esperadas para as gerações analisadas (3:1 ou 1:2:1). Dentre os marcadores ligados em fase de repulsão, seis STS (P8283-V1, P8284-V1, P8285-V2, P8286-V1, P8286-V2 e P8286-V3) co-segregaram a uma distância de 2,64 cM do alelo Co-42 e a 0,0 cM entre si. No que se refere aos marcadores SCAR, constatou-se que todos estão ligados em fase de acoplamento ao alelo Co-42, a distâncias que variaram de 2,93 cM (SAS13) a 6,42 cM (SH18). Dos marcadores codominantes, o STS P8286-V6 foi mapeado como mais próximo do alelo Co-42, a uma distância de 2,58 cM. Dessa forma, os marcadores STS testados constituem excelentes ferramentas para a seleção assistida de genótipos resistentes à antracnose, visto que apresentaram as maiores estimativas de eficiência de seleção (84 a 99%) e a detecção de plantas portadoras dos diferentes alelos do gene Co-4. Contudo, somente o SCAR SH18 possibilitou a discriminação específica do alelo Co-42, apesar de apresentar menor eficiência de seleção (85%) em comparação aos demais marcadores analisados. Diante disso, recomenda-se a utilização combinada ou sequencial dos marcadores P8286-V6 e SH18 para seleção do Co-42 em detrimento dos demais alelos do gene Co-4. Já para a seleção de genótipos resistentes em populações nas quais somente o alelo Co-42 está presente, sugerese a utilização apenas do marcador P8286-V6, que se destaca por ser codominante e fortemente associado ao alelo de resistência. Do ponto de vista prático, os marcadores moleculares validados neste estudo demonstraram grande potencial para utilização no desenvolvimento de cultivares feijoeiro-comum resistentes à antracnose, por serem acessíveis a laboratórios com diferentes níveis de infraestrutura e altamente eficientes no monitoramento de genótipos portadores de alelos de resistência para o loco Co-4.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-10T12:53:52Z No. of bitstreams: 2 Tese - Daniella Vieira Cândida - 2017.pdf: 1821838 bytes, checksum: a4d863f3de465899a5c2160c17565020 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-10T12:54:49Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Daniella Vieira Cândida - 2017.pdf: 1821838 bytes, checksum: a4d863f3de465899a5c2160c17565020 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-10T12:54:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Daniella Vieira Cândida - 2017.pdf: 1821838 bytes, checksum: a4d863f3de465899a5c2160c17565020 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-03-31 / Abstract: In 2013, common bean plants of the cultivar Pérola were found in an experimental field belonging to Embrapa Arroz e Feijão Lat. 16 ° 28 '00 "(S); Long. 49 ° 17 '00 "(W); (GO) presenting leaf distortion, mosaic and blistering. The sample analysis by electron microscopy detected the presence of typical Comovirus genus viral particles, thus, the identification of the virus species through sequencing became essential and the search for control alternatives, due to the damage potential of Bean rugose mosaic virus (BRMV) to bean production fields. Therefore, the present work had as objectives: (1) the molecular characterization of BRMV-GO, an isolate from common bean and (2) the search for bean accessions resistant to this viral species. For germplasm selection, 172 accessions were analyzed by means of mechanical inoculation and visualization of symptoms at 5, 21 and 30 days after inoculation. The range of hosts was analyzed by inoculation of 15 typical indicator species. Soya plants (Cv. Savana, Cv. Cristalina, Cv. Doko and Cv. Conquista) and pea (Cv. Mikado and Cv. Triofin) were also analyzed for reactions to BRMV-GO. Leaves of the infected plants were used for detection of BRMV-GO through RT-PCR. Of the 172 analyzed accessions, 168 behaved as susceptible, 3 accessions: BGF0011750 (cv. Mulatinho), BGF0000880 (cv. Rico 23) and BGF0001083 (cv Rico 23) reacted to BRMV-GO with vein and petioles necrosis followed by death; 1 access, BGF0003174 cv. IPA5047, showed a hypersensitivity reaction. The two species of the indicator Chenopodium amaranticolor and C. quinoa reacted with local necrotic lesions and no systemic infection confirmed by RT-PCR. Soybean plants reacted as susceptible and all pea plants showed tip burning. For molecular characterization, complete genome sequencing was performed by Sanger method using the primer walking strategy, the 5 'and 3' ends were obtained by RACE method. Genome sizes were 5906 nucleotides with a 1856 amino acid polyprotein for RNA 1 and 3688 nucleotides with a polypeptide of 1096 amino acids for RNA 2. The nucleotide identity between BRMV-GO and BRMV-Paraná isolates was 92.7% for RNA 1 and 90.5% for RNA 2. The highest percentage of identity obtained by amino acids sequence alignment of the polymerase (RdRp) and the capsid protein (CP) was 63% (RdRp) and 66% (CPs) with Bean pod mottle virus (BPMV), however, the ICTV delimits 80% (RdRp) and 75% (CP) identity to be part of the Comovirus genus, however, these results agree with the results obtained in another work with a Paraná isolate, corroborating that BRMV is a distinct species among this genus. Phylogenetic analysis of regions RdRp and CPs showed that BRMV-GO and BRMV-Paraná do not have significant differences and revealed higher indexes of identity with BPMV, both for RNA 1 and RNA 2. The complete sequences of RNA 1 and RNA 2 were deposited on Genbank under accession numbers KY622124, KY622125, respectively. / Resumo: Em 2013, plantas de feijão-comum da cultivar Pérola foram observadas em um campo experimental da Embrapa Arroz e Feijão Lat. 16° 28’ 00”(S); Long. 49° 17’ 00”(W); (GO) apresentando deformação foliar, mosaico em desenho e bolhosidade. A análise das amostras por microscopia eletrônica detectou a presença de partículas virais típicas do gênero Comovirus, sendo assim necessária a identificação da espécie do vírus através de sequenciamento e a busca por alternativas para o controle, devido ao potencial de dano da espécie Bean rugose mosaic virus (BRMV) para a cultura do feijão. Por isso, o presente trabalho teve como objetivos: (1) a caracterização molecular do isolado BRMV-GO, proveniente de feijoeiro e (2) a busca por acessos de feijoeiro resistentes à essa espécie viral. Para a seleção de germoplasma, 172 acessos foram analisados por meio de inoculação mecânica e visualização dos sintomas aos 5, 21 e 30 dias após a inoculação. A gama de hospedeiras foi analisada mediante inoculação de 15 espécies indicadoras típicas. Plantas de soja (cv. Savana, cv. Cristalina, cv. Doko e cv. Conquista) e ervilha (cv. Mikado e cv. Triofin) também foram analisadas quanto à reação ao BRMV-GO. Folhas das plantas infectadas foram usadas para detecção de BRMV-GO via RT-PCR. Dos 172 acessos analisados, 168 se comportaram como suscetíveis, 3 acessos: BGF0011750 (cv. Mulatinho), BGF0000880 (cv. Rico 23) e BGF0001083 (cv. Rico 23) reagiram ao BRMV-GO com necroses nas nervuras e pecíolos seguida de morte; 1 acesso, BGF0003174 cv. IPA5047, apresentou reação de hipersensibilidade. As duas espécies de indicadoras Chenopodium amaranticolor e C. quinoa reagiram com lesões locais necróticas não ocorrendo infecção sistêmica confirmada por meio de RT-PCR. As plantas de soja foram suscetíveis e todas as plantas de ervilha apresentaram queima do topo. Para a caracterização molecular, o sequenciamento completo do genoma foi realizado pelo método de Sanger usando a estratégia primer walking, as extremidades 5’ e 3’ foram obtidas pelo método RACE. Os tamanhos dos genomas foram de 5906 nucleotídeos com uma poliproteína de 1856 aminoácidos para RNA 1 e para RNA 2 foi de 3688 nucleotídeos com uma poliproteína de 1096 aminoácidos. A identidade de nucleotídeos entre os isolados BRMV-GO e BRMV-Paraná foi de 92,7 % para RNA 1 e 90,5% para RNA 2. A maior porcentagem de identidade obtida através do alinhamento de sequências de aminoácidos da polimerase (RdRp) e da proteína do capsídeo (CP) foi de 63% (RdRp) e 66% (CPs) com Bean pod mottle virus (BPMV), entretanto, o ICTV delimita para membros do gênero Comovirus uma identidade de 75% para aminoácidos (CPs) e 80% para a RdRp, no entanto, esses resultados estão de acordo com os resultados obtidos em outro trabalho com um isolado do Paraná, corroborando que BRMV é uma espécie distinta dentro do gênero. As análises filogenéticas das regiões RdRp e CPs mostraram que BRMV-GO e BRMV-Paraná não possuem diferenças significativas e revelou maiores índices de identidade com BPMV, tanto para o RNA 1 como para o RNA 2. As sequências completas do RNA 1 e RNA 2 foram depositadas no Genbank com os números de acesso KY622124, KY622125, respectivamente.

Com o objetivo de avaliar as características, as produções e os comportamentos das diferentes cultivares de feijão de inverno irrigado em sistema de produção orgânico, conduziu-se um experimento na área experimental pertencente à Escola Superior de Agricultura \"Luiz de Queiroz/Universidade de São Paulo, localizada na Fazenda Areão e no núcleo experimental do Grupo de Agricultura Orgânica Amaranthus. Os seguintes parâmetros foram avaliados: a produtividade, número de flores por planta, número de vagens por planta, número de grãos por vagem, o índice de área foliar bem como o teor de nutrientes para cada variedade. As variedades analisadas foram do Grupo Carioca: BRS-Pérola, BRS-Aporé, IAC- Votuporanga e IPR- Juriti, e do Grupo Preto: IAC-Tunã e BRS-Valente. De acordo com o que foi analisado, os resultados permitem concluir que: (i) não houve diferença estatística entre os tratamentos, (ii) todas as cultivares avaliadas apresentaram ótimo desempenho sob manejo orgânico. / The goals of this study were to evaluate the characteristics, productivities and behaviors of different cultivars of common bean in an irrigate organic management system in the winter. The experiment was carried out at the experimental area of the Group of Organic Agriculture Amaranthus from Escola Superior de Agricultura \"Luiz de Queiroz\"/University of São Paulo, in Fazenda Areão, in Piracicaba, São Paulo State, Brazil. The following agronomic parameters related to common bean crop were used for statistical analysis: grain yield, number of flowers per plant, number of pods per plant and grains per pod, leaf area index, as well as leaf nutrient content for each cultivar. It were tested the following varieties from Carioca Group: BRS-Pérola, BRS-Aporé, IACVotuporanga and IPR- Juriti, and from Black Group: IAC-Tunã and BRS-Valente. The results showed that: (i) there were no statistical differences between the treatments, (ii) all the tested varieties had great productivity under organic management system.

Orientador: Luciana Lasry Benchimol Reis / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-23T21:57:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Perseguini_JulianaMoriniKupperCardoso_D.pdf: 12546958 bytes, checksum: 39944eda3d8791dd247ca42277bb68df (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: O resumo poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: The abstract is available with the full electronic document / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutora em Genética e Biologia Molecular

The association between root-nodulating bacteria and leguminous plants is advantageous due to their ability to alter atmospheric nitrogen into a useful form in a process known as biological nitrogen fixation (BNF). Research has shown that BNF is the most efficient way to supply the large amounts of nitrogen needed by plants to produce high-yielding crops. As a result, there have been numerous studies into the diversity and identity of the associated nitrogen-fixing bacterial symbionts. Recent advances in molecular microbiology together with the isolation of rhizobia from previously uninvestigated legumes have led to major revisions of rhizobial taxonomy, most notably the inclusion of bacteria from the ß-Proteobacteria in the genera Burkholderia and Ralstonia. In this study, the diversity of root nodule bacteria associated with Phaseolus coccineus and Phaseolus vulgaris species in South Africa was investigated. A selection of rhizobial isolates were characterised by SDS-PAGE of whole cell proteins and rep-PCR DNA fingerprint analyses. These results were supplemented by partial 16S rDNA sequencing of a select number of isolates to confirm their identity. Where isolates displayed unexpected genus associations, partial nodA sequencing was performed to determine whether these were incidental contaminants or true nodulators. Based on 16S rDNA sequence analysis, the majority of isolates investigated were fast-growers belonging to the genus Rhizobium. A few isolates showed close relationship to species of the ß-Proteobacteria genus, Burkholderia. Both the SDS-PAGE analyses and the combined rep-PCR analyses were able to resolve isolates down to strain level, but the comparison of the SDS-PAGE and 16S rDNA sequencing data confirmed that bacterial discrimination using SDS-PAGE is not useful at the genus level and higher, as isolates showing affinity to Burkholderia were mingled with isolates showing similarity to Rhizobium. These isolates were separate from the Rhizobium isolates in the combined rep-PCR dendrogram. While there were discrepancies between results obtained from SDS-PAGE and rep-PCR analyses, results from the combined rep-PCR analysis correlated with many of the results obtained in the SDS-PAGE analysis. Both geographic location and host plant species appear to have affected the grouping of isolates. Many clusters consisted of isolates from the same location or the same host plant species in both the SDS-PAGE dendrogram as well as the combined rep-PCR dendrogram. The nodA sequencing demonstrated that the majority of isolates tested contain the nodA gene indicating that they are capable of nodulation. There was a large strain diversity observed for the isolates of this study and a number of the root-nodulating bacteria of the Phaseolus spp. appear to constitute several novel nodulating genotypes. / Dissertation (MSc (Microbiology))--University of Pretoria, 2007. / Microbiology and Plant Pathology / unrestricted