L'agriculture doit évoluer vers une activité plus respectueuse de l'environnement tout en étant économiquement viable. Ce type d'agriculture, dite durable, requiert de nouveaux savoirs et savoir-faire. Or, nous montrons que la gestion des connaissances n’est pas suffisante en agriculture durable. Pour y remédier, nous proposons de développer un système informatisé de gestion des connaissances en agriculture. Nous l’appelons KOFIS. Nous faisons l’hypothèse que les méthodes de gestion de connaissances dans le monde industriel sont transposables en agriculture pour construire KOFIS. Notre travail parcourt les étapes qui suivent. Nous faisons un état de l’art sur la gestion des connaissances et sur son lien avec l’innovation. Nous discutons des acteurs potentiels de KOFIS et de leurs rôles respectifs. Puis, nous travaillons sur le patrimoine des connaissances en agriculture durable, sur la sélection des connaissances critiques ainsi que sur leur représentation dans l’outil. Les principales caractéristiques de l’architecture informatique de KOFIS sont décrites. In fine, le contenu de KOFIS est dynamique. Il capitalise de la connaissance et propose une démarche pour innover. KOFIS est un système socio-technique intégrant de nombreux acteurs, reposant sur un corpus de connaissances en partie codifié et sur des échanges informels organisés. Il permet une évolution partagée des connaissances du domaine. / Agriculture must evolve into a more environmentally-friendly approach, while remaining economically viable and socially interesting, which is necessary so that the process can be pursued in the long term, i.e that the process is sustainable. This type of agriculture is said to be sustainable. Sustainable agriculture has a systemic logic and therefore requires new types of knowledge and know-how. We show that knowledge is insufficiently managed in sustainable agriculture. We thus propose implement a knowledge management computing tool, which we called KOFIS. We make the assumption that the methods of management of knowledge in the industrial world are applied in agriculture to construct KOFIS. Our work followed the stages which follow. We make a state of the art on knowledge management and its bond with the innovating designs. After having presented some general information on knowledge, its typology and its cycle of management, we will move on its patrimonial management, then we will finish on the knowledge management for the innovative design. We discuss the potential actors of KOFIS and their possible implications. We deal with its contents, selection and form. At last, the main computing features of KOFIS are shown. The contents of KOFIS are dynamic. It capitalizes knowledge and also proposes a step to innovate. KOFIS is a sociotechnical system integrating numerous actors, based on a partially codified knowledge corpus and organized informal exchanges, generating a shared evolution of the domain knowledge.

Cette thèse porte sur l'exploitation des connaissances de domaine dans un processus de découvertes de sources de données biologiques sur le Web. Tout d'abord, des ensembles de métadonnées sont utilisés pour décrire le contenu et la qualité des sources de données. Ensuite, en s'appuyant sur ces métadonnées, les sources sont organisées dans un treillis de concepts en fonction de leurs caractéristiques communes. Le treillis de concepts constitue le support de la découverte de sources de données qui s'effectue de deux manières différentes et complémentaires : par navigation et par interrogation. Dans les deux cas la découverte de sources de données peut être guidée par des connaissances du domaine. Lors d'une découverte de sources de données par navigation, les connaissances sont utilisées soit pour réduire l'espace de recherche soit pour orienter la navigation vers des concepts sectionnés. Lors d'une découverte de sources de données par interrogation, les connaissances du domaine sont soit exprimées sous la forme de préférences entre métadonnées dans la requête soit utilisées pour l'enrichissement (ou reformulation) de la requête. Pour assurer une prise en compte des connaissances du domaine plus fidèle, nous avons introduit les treillis de concepts multivalués. L'organisation des sources de données sous la forme d'un treillis de concepts multivalués permet de contrôler la taille de l'espace de recherche et d'augmenter la flexibilité et les performances du processus de découverte dans ses deux modes. La navigation peut être effectuée dans des treillis de différents niveaux de spécialisation avec la possibilité d'effectuer des zooms dynamiques permettant le passage d'un treillis à l'autre. L'interrogation bénéficie d'une augmentation de l'expressivité dans les requêtes. / This thesis deals with knowledge-based biological data sources discovery. First, domain ontologies are used for encoding metadata describing the content of biological data sources. Then the data sources are organized into a concept lattice according to their common metadata. The data source discovery process can be performed either by navigation into the obtained concept lattice or by defining queries to be inserted into the concept lattice. In both cases, domain knowledge can be used to guide the discovery. In the case of navigation, domain knowledge is used to reduce the search space and/or to guide the navigation to some concepts rather than others. In the case of querying, domain knowledge is used to express preferences between the query keywords or to refine the query. In order to take more advantage of domain knowledge, we introduce many-valued concept lattices. Several many-valued concept lattices with different levels of precision can be built from the data sources metadata set based on domain knowledge. The use of such many-valued concept lattices allows to improve the discovery process in its both forms. In the case of navigation, it is possible to consider more than one lattice and to dynamically switch from one lattice to another in a zooming operation. In the case of querying, more complex expressive queries can be defined and inserted into the many-valued concept lattice.

Le développement d'un système a pour objectif de répondre à des exigences. Aussi, le succès de sa réalisation repose en grande partie sur la phase de spécification des exigences qui a pour vocation de décrire de manière précise et non ambiguë toutes les caractéristiques du système à développer.Les spécifications d'exigences sont le résultat d'une analyse des besoins faisant intervenir différentes parties. Elles sont généralement rédigées en langage naturel (LN) pour une plus large compréhension, ce qui peut mener à diverses interprétations, car les textes en LN peuvent contenir des ambiguïtés sémantiques ou des informations implicites. Il n'est donc pas aisé de spécifier un ensemble complet et cohérent d'exigences. D'où la nécessité d'une vérification formelle des spécifications résultats.Les spécifications LN ne sont pas considérées comme formelles et ne permettent pas l'application directe de méthodes vérification formelles.Ce constat mène à la nécessité de transformer les spécifications LN en spécifications formelles.C'est dans ce contexte que s'inscrit cette thèse.La difficulté principale d'une telle transformation réside dans l'ampleur du fossé entre spécifications LN et spécifications formelles.L'objectif de mon travail de thèse est de proposer une approche permettant de vérifier automatiquement des spécifications d'exigences utilisateur, écrites en langage naturel et décrivant le comportement d'un système.Pour cela, nous avons exploré les possibilités offertes par un modèle de représentation fondé sur un formalisme logique.Nos contributions portent essentiellement sur trois propositions :1) une ontologie en OWL-DL fondée sur les logiques de description, comme modèle de représentation pivot permettant de faire le lien entre spécifications en langage naturel et spécifications formelles; 2) une approche d'instanciation du modèle de représentation pivot, fondée sur une analyse dirigée par la sémantique de l'ontologie, permettant de passer automatiquement des spécifications en langage naturel à leur représentation conceptuelle; et 3) une approche exploitant le formalisme logique de l'ontologie, pour permettre un passage automatique du modèle de représentation pivot vers un langage de spécifications formelles nommé Maude. / The main objective of system development is to address requirements. As such, success in its realisation is highly dependent on a requirement specification phase which aims to describe precisely and unambiguously all the characteristics of the system that should be developed. In order to arrive at a set of requirements, a user needs analysis is carried out which involves different parties (stakeholders). The system requirements are generally written in natural language to garantuee a wider understanding. However, since NL texts can contain semantic ambiguities, implicit information, or other inconsistenties, this can lead to diverse interpretations. Hence, it is not easy to specify a set of complete and consistent requirements, and therefore, the specified requirements must be formally checked. Specifications written in NL are not considered to be formal and do not allow for a direct application of formal methods. We must therefore transform NL requirements into formal specifications. The work presented in this thesis was carried out in this framework. The main difficulty of such transformation is the gap between NL requirements and formal specifications. The objective of this work is to propose an approach for an automatic verification of user requirements which are written in natural language and describe a system's expected behaviour. Our approach uses the potential offered by a representation model based on a logical formalism. Our contribution has three main aspects: 1) an OWL-DL ontology based on description logic, used as a pivot representation model that serves as a link between NL requirements to formal specifications; 2) an approach for the instantiation of the pivot ontology, which allows an automatic transformation of NL requirements to their conceptual representations; and 3) an approach exploiting the logical formalism of the ontology in order to automatically translate the ontology into a formal specification language called Maude.

Le changement de paradigme portant la ressource immatérielle qu’est la connaissance au devant des ressources matérielles est à l’oeuvre dans de nombreuses entreprises industrielles. Nos travaux de recherche mettent en lumière les disciplines du management des connaissances et de l’ingénierie des connaissances, apportant des réponses méthodologiques et techniques pour aborder cette ressource. Nous nous intéressons de façon particulière au mode d’exploitation des connaissances par le biais d’objets tangibles (documents, systèmes d’information). Dans ce cadre nous proposons un modèle conceptuel permettant de structurer les outils supports de connaissances d’un organisme. Ce modèle s’adresse principalement aux entreprises ayant une vision processus de leur fonctionnement, conformément à l’ISO 9000. Il a été évalué suivant deux axes. Le premier axe concerne sa capacité descriptive. Nous montrons que le principe de classification à facettes utilisé est apte à être suffisamment précis et complet pour s’adapter à de nombreuses applications. A cet effet, nous exploitons ce principe dans le domaine de l’ingénierie des connaissances et développons un premier démonstrateur permettant de réaliser des échanges automatisés entre fichiers paramétrés. Le second axe concerne l’aptitude du modèle conceptuel proposé à supporter la construction d’un système d’information contribuant à une démarche de management des connaissances. Un démonstrateur implémentant le modèle a été développé et apporte une vision concrète des possibilités offertes par ce dernier. / Most of the industrial companies are currently performing a change of paradigm that places knowledge, immaterial resource by excellence, before material resources. The presented research works enlighten the scientific fields of knowledge management and knowledge engineering, which give methodological and technical answers to tackle this resource. We focus on the exploitation mode of knowledge through concrete objects (documents, information system). In this context, a conceptual model is proposed in order to structure the tools that support knowledge in an organisation. This model is mainly adapted to companies having a process view of their business, as prescribed by the ISO9000. The model is evaluated according two axes. The first axe evaluates the descriptive capacity of the model. We demonstrate that the concept of facet classification used fits the needs of being enough precise and complete to be adapted to many applications. To this end, we test this concept in the field of knowledge engineering and we propose a first demonstrator performing automatic exchanges between parameterised knowledge objects. The second axe evaluates the aptitude of the proposed conceptual model to support the creation of an information system that contributes to a knowledge management approach. A demonstrator that implements this model is proposed and gives a concrete set of capabilities.

Comment reconnaît –on que l'apprentissage est efficace ? C’est une de nos questions à laquelle nous cherchons à répondre dans notre fonction de conseillère pédagogique. Bon nombre d'enseignants se plaignent que les élèves ne font pas l'unité des connaissances qu'ils acquièrent. Nous soulignons en particulier les mathématiques et les sciences physiques qui restent des vases étanches. Ce sont des îlots qu'il faut découvrir un à un sans se soucier de leur complémentarité. Certaines questions nous retiennent, est-ce que la présentation du programme et des contenus favorise l'articulation transdisciplinaire des connaissances ? Est-ce que la méthode de l'enseignant guide l'élève à articuler les connaissances acquises ? Est-ce que l'élève lui-même est capable de faire le transfert des connaissances acquises ? A l'exemple de la notion de proportionnalité, dans quelle mesure la présentation des contenus relatifs à la proportionnalité dans les disciplines des mathématiques et sciences physiques, favorise-t-elle l'articulation par les élèves des connaissances et des compétences ? Notre étude va essayer d'expliciter et de comprendre comment les élèves conceptualisent les connaissances, car la première difficulté tient au fait que la capacité de transfert des connaissances de l'élève dépend de sa méthode d'intégration. Une des conditions de transfert est la construction de sens. Le transfert de compétences n'est pas l'affaire de l'élève seul bien que la plus grande partie s'impose au dernier. Chacun a son propre rapport au savoir, ce qui nous invite à tenir compte de la place de la culture malgache dans l'apprentissage. L’élève est partagé entre différents cadres. De ce fait, le cadre de rationalité est important dans l'analyse des ruptures et les filiations des connaissances et des compétences dans les disciplines. / How can we assess the way we teach is efficient? This is one of the many questions. I’ll try to answer as a teacher trainer. Many teachers complain that students are unable to unify their knowledge. We wish to emphasize the fact this particularly true of mathematics and physics which still remain as subjects taught in class as “insulated vessels”. They’re like isolated islands one has to explore one after the other, indifferent to their complementary. Various questions arise at this stage. Does the layout of curriculum and its contents help link up the knowledge, the skills developed in various subjects? Does the teacher’s approach offer the students the necessary guidance to link up the knowledge acquired in various disciplines? Are the students capable of transferring the knowledge they have acquired we’ll take the example of proportionality. To what extent the layout of the content concerning proportionality help students to link up knowledge and skill? The present work aims at explicating and analyzing how students conceptualize knowledge: the main difficulty lies in the student’s ability to transfer to transfer knowledge this depends on how the students integrate this. One of the conditions for transferring efficiently is making sense. Transferring skill doesn’t only depend on the student’s abilities although the greater part lies on the latter. Each student develops his own perception of knowledge, we have take Madagascar culture into account the process of learning students remain divided between different frameworks. Consequently the framework of rationality remains essential in the analysis of breaks and links in the knowledge and skill developed in the discipline.

Dans cette thèse, nous nous intéressons à des problèmes à la croisée de deux domaines, les bases de données et les bases de connaissances. Nous considérons deux problèmes équivalents concernant les requêtes conjonctives avec négation : l'inclusion de requêtes et l'évaluation d'une requête booléenne sous l'hypothèse du monde ouvert. Nous reformulons ces problèmes sous la forme d'un problème de déduction dans un fragment de la logique du premier ordre. Puis nous raffinons des schémas d'algorithmes déjà existants et proposons de nouveaux algorithmes. Pour les étudier et les comparer expérimentalement, nous proposons un générateur aléatoire et analysons l'influence des différents paramètres sur la difficulté des instances du problème étudié. Finalement, à l'aide de cette méthodologie expérimentale, nous comparons les apports des différents raffinements et les algorithmes entre eux. / In this thesis, we consider problems at the intersection of two areas: databases and knowledge bases. We focus on two equivalent problems on conjunctive queries with negation : query containment and query answering with boolean queries while making the open-world assumption. We reformulate these problems as a problem of deduction in a first order logic fragment. Then we refine existing algorithm schemes and propose new algorithms. To study and compare them experimentally, we propose a random generator and we analyze the influence of parameters on problem instances difficulty. Finally, we analyse the contributions of the different refinements and we compare experimentally the algorithms.

L'objectif de notre travail est la conception d'un cadre théorique et méthodologique permettant l'aide à la décision au sein d'un modèle de représentation des connaissances, illustré par un cas d'étude issu de la filière céréalière. Le domaine d'application plus particulièrement considéré est la définition de la qualité alimentaire, pour laquelle entrent en jeu différents points de vue (intérêt nutritionnel, qualités gustatives, sécurité sanitaire des produits) et différents acteurs (industriels, chercheurs, citoyens) dont les intentions divergent. La base de notre approche est l'utilisation de systèmes d'argumentation issus de la littérature en IA. Les systèmes d'argumentation sont des cadres formels visant à représenter des arguments, les interactions entre ces arguments, et à déterminer quels énoncés sont inférables par un ensemble d'arguments jugé cohérent, ces énoncés pouvant par exemple correspondre à des croyances ou à des décisions à prendre. L'un des cadres formels les plus abstraits, qui fait référence dans le domaine, est celui proposé par Dung en 1995. Dans ce cadre, un système d'argumentation est défini par un ensemble fini d'arguments et une relation binaire sur cet ensemble, appelée relation d'attaque. On peut également voir un tel système comme un graphe étiqueté dont les sommets sont les arguments et les arcs représentent la relation d'attaque directe. Un argument en "attaque'' un autre s'il existe un chemin de longueur impaire du premier au second, et il le "défend'' s'il en existe un de longueur paire. Un argument est inférable s'il appartient à un ensemble d'arguments ayant certaines propriétés relatives aux notions d'attaque et de défense. C'est en ce sens que l'acceptabilité des arguments est dite collective. Le système d'argumentation de Dung a été étendu notamment par l'ajout de préférences entre arguments. Celles-ci, agrégées aux attaques, donnent une relation de "défaite'', changeant le calcul de l'acceptabilité collective des arguments. Ainsi, sur la base de celle-ci, nous proposerons une méthode pour déterminer l'équivalence entre deux systèmes d'argumentation afin d'unifier ces systèmes abstraits d'argumentation à base de préférences. Un système contextuel à base de préférences est ainsi proposé (les préférences et les attaques entre arguments ont une validité contextuelle), des méthodes d'agrégations entre attaques et préférences et de fusions entre contextes sont investiguées au regard de la consistance entre arguments collectivement acceptés. La consistance est obtenue lorsque de tels ensembles ne contiennent pas de conflits en termes d'informations véhiculées et de conclusions et/ou de décisions supportées au niveau de leurs arguments. Notre démarche s'appuie sur trois courants bien connus de l'argumentation : nous proposons une vue emboîtée de l'argument répondant aux attentes du courant "micro'', qui s'attache à définir les structures internes de l'argument; nous proposons de générer des attaques entre arguments basées sur les actions qu'ils soutiennent ou qu'ils rejettent. Ceci nous permet de nous intéresser également aux préoccupations du courant "macro'' pour le traitement des relations entre arguments en vue du calcul d'une acceptabilité collective. Enfin, nous nous intéressons à certains aspects du courant "rhétorique'', à savoir la définition d'audiences donnant une force contextuelle à l'argument et générant des préférences. Ce dernier aspect nous permet notamment d'établir des recommandations contextuelles. L'ensemble de la démarche, illustrée au travers d'exemples situationnels et d'un cas d'application, est inclus dans un modèle d'arbitrage argumenté, lui même en partie implémenté dans un formalisme de représentation des connaissances et de raisonnement (les graphes conceptuels). / The objective of our work is to design a theoretical and methodological framework enabling decision support within a model of knowledge representation, illustrated by a case study from the cereal industry.The specific scope considered is the definition of food quality, for which we must consider different points of view (nutritional value, flavor quality, hygiene assurance of the products) and different stakeholders (industry workers, researchers, members of the general public) whose objectives diverge.The basis of our approach is the use of argumentation systems presented in AI literature. The argumentation systems are formal frameworks that aim to represent arguments, the interactions between these arguments and determine which statements are inferred by a set of arguments considered coherent. These statements may, for example, correspond to beliefs or to decisions to make. One of the most abstract formal frameworks, a benchmark in the field, is that proposed by Dung in 1995.In this context, an argumentation system is defined by a finite set of arguments and a binary relation on this set, called the attack relation. One can also view such a system as a labeled graph on which the vertices are the arguments and the arcs represent the relationship of direct attack. An argument "attacks'' another if the path from the first to the second is of an odd length and "defends'' it if it is of an even length. An argument is inferable if it belongs to a set of arguments with some properties related to the notions of attack and defense. This is the basis for collective acceptability of arguments.Dung's argumentation framework was extended notably by the addition of preferences between arguments. These, aggregated to attacks, give a "defeat'' relationship, changing the calculation of the collective acceptability of arguments. Thus, on the basis of collective acceptability, we propose a method for determining the similarities between two argumentation systems, in order to unify these abstract, preference-based argumentation frameworks. A contextual preferences-based argumentation framework is proposed (the preferences and the attacks between arguments have a contextual validity), methods of aggregations between attacks and preferences and the mergence between contexts are investigated in terms of consistency between the collectively accepted arguments. Consistency is obtained when such sets do not contain conflicts in terms of information conveyed and conclusions and/or decisions supported by their arguments. Our approach is based on three common trend of argumentation . Firstly, we propose a nested view of argumentation that meets the expectations of the "micro" trend, which attempts to define the internal structures of the argument. Secondly, we propose to generate attacks between arguments, based on the actions they support or reject. This allows us to investigate the concerns of the "macro" trend in the treatment of relationships between arguments in view of calculated collective acceptability. Finally, we investigate some aspects of the "rhetoric" trend, to determine the definition of audiences giving contextual strength to the argument and generating preferences. This last aspect allows us to establish such contextual recommendations. The entire approach, illustrated through situational examples and an application case, is included in an argumentation-based arbitration model, which in turn is implemented in a formalism of knowledge representation and reasoning (the conceptual graphs).

Nous proposons une approche qualitative pour la résolution d'entités et la réparation de liens dans une base de connaissances bibliographiques. Notre question de recherche est : "Comment détecter et réparer les liens erronés dans une base de connaissances bibliographiques en utilisant des méthodes qualitatives ?". L'approche proposée se décompose en deux grandes parties. La première contribution est une sémantique de partitionnement utilisant des critères symboliques et servant à détecter les liens erronés. La seconde contribution est un algorithme réparant les liens erronés. Nous avons implémenté notre approche et proposé une évaluation qualitative et quantitative pour la sémantique de partitionnement ainsi que prouvé les propriétés des algorithmes utilisés pour la réparation de liens. / We propose a qualitative entity resolution approach to repair links in a bibliographicknowledge base. Our research question is: "How to detect and repair erroneouslinks in a bibliographic knowledge base using qualitative methods?" Theproposed approach is decomposed into two major parts. The first contributionconsists in a partitioning semantics using symbolic criteria used in order to detecterroneous links. The second one consists in a repair algorithm restoring link quality.We implemented our approach and proposed qualitative and quantitative evaluationfor the partitioning semantics as well as proving certain properties for the repairalgorithms.

Les recherches visent à contribuer au développement socio-économique des sociétés. Des études montrent que la distance qui sépare les scientifiques du reste de la société, rend la science peu accessible au plus grand nombre. De même, il a été montré que la médiation, en jouant un rôle d'intermédiaire, servirait à réduire cette distance et faciliterait le partage des découvertes. Plusieurs travaux y sont consacrés dans les pays développés. Cependant, il en existe peu en Afrique. En République de Guinée, il y a quelques dispositifs de médiation des productions scientifiques mais les formes de leur circulation restent méconnues. En se fondant sur une approche qualitative, il s'est agi ici de comprendre le fonctionnement de la recherche dans ce pays. L'analyse d'un corpus de revues a permis d'identifier des obstacles et a mis en lumière une médiation balbutiante fondée sur des pratiques de chercheurs qui ont besoin de reconnaissance et qui tentent de participer au développement du pays. / The research aims to contribute to the socio-economic development of societies. Studies show that the distance between scientists and the rest of society makes science difficult to reach. Similarly, it has been shown that mediation, acting as an intermediary, would serve to reduce this distance and facilitate the sharing of discoveries. Several works are devoted to this in developed countries. However, in Africa, work on scientific mediation is little known or nonexistent. In the Republic of Guinea, there are few mechanisms for mediating scientific productions and the forms of their circulation remain unknown. Based on a qualitative approach, the aim here, was to understand how research works in this country. The analysis of a corpus of journals has identified obstacles and highlighted a fledgling mediation based on the practices of researchers who need recognition and who try to participate in the development of the country.

En médecine personnalisée, les mesures et les descriptions radiologiques jouent un rôle important. En particulier, elles facilitent aux cliniciens l’établissement du diagnostic, la prise de décision thérapeutique ainsi que le suivi de la réponse au traitement. On peut citer à titre d’exemple, les critères d’évaluation RECIST (en anglais Response Evaluation Criteria in Solid Tumors). De nombreuses études de corrélation en radiologie-pathologie montrent que les caractéristiques d'imagerie quantitative et qualitative sont associées aux altérations génétiques et à l'expression des gènes. Par conséquent, une gestion appropriée des phénotypes d'imagerie est nécessaire pour faciliter leur utilisation et leur réutilisation dans de multiples études concernant les mesures radiologiques. En littérature, les mesures radiologiques qui caractérisent les processus biologiques des sujets imagés sont appelées biomarqueurs d'imagerie. L'objectif principal de cette thèse est de proposer une conceptualisation ontologique des biomarqueurs d'imagerie pour rendre leur sens explicite et formel, améliorer le reporting structuré des images. La première partie de la thèse présente une ontologie générique qui définit les aspects fondamentaux du concept de biomarqueur d'imagerie, à savoir : les caractéristiques biologiques mesurées, les protocoles de mesure et les rôles des biomarqueurs imagerie dans la prise de décision. La deuxième partie de la thèse traite des problèmes de modélisation sémantique liés à la description des données d’observation en neuro-imagerie en utilisant les connaissances biomédicales existantes. Ainsi, elle propose des solutions ''pertinentes'' aux situations les plus typiques qui doivent être modélisées dans le glioblastome. / In personalized medicine, radiological measurements and observations play an important role; in particular they help clinicians in making their diagnosis, selecting the appropriate treatment and monitoring the therapeutic response to an intervention as for example the Response Evaluation Criteria in Solid Tumors (RECIST). Many radiology-pathology correlation studies show that quantitative and qualitative imaging features are associated to genetic alterations and gene expression. Therefore, suitable management of imaging phenotypes is needed to facilitate their use and reuse in multiple studies regarding radiological measurements. In litterature, radiological measurements that characterize biological processes of imaged subjects are called imaging biomarkers. The main objective of this thesis is to propose an ontological conceptualisation of imaging biomarkers to make their meaning explicit and formal, improve structured reporting of images. The first part of the thesis presents a generic ontology that defines basic aspects of the imaging biomarker concept, namely; measured biological characteristic, measurement protocols and role in decision making application. The second part of the thesis adresses important semantic modeling challenges related to the description of neuro-imaging data using existing biomedical knowledge, as well as it proposes some “relevant” solutions to the most typical situations that need to be modeled in glioblastoma.