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Diversidade de espécies de morcegos (Mammalia: Chiroptera) na Amazônia brasileira

Oliveira , Roberta Cunha de 06 July 2016 (has links)
Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-09-25T12:38:17Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Roberta_GCBEv.pdf: 3710497 bytes, checksum: 7c635f814e157588623f22e50623bd43 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-25T12:38:17Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Roberta_GCBEv.pdf: 3710497 bytes, checksum: 7c635f814e157588623f22e50623bd43 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-07-06 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / The Amazon contributes most of the species diversity to Brazil's bats, but even contributing to this diversity, the Amazon is still represents a huge knowledge gap of Brazil's bat fauna. Formal records bat species exist in less than 24% of the Brazilian Amazon, which makes essential the study of this group in this biome. Due to the challenges encountered in the identification of the species through the use of traditional taxonomy based on morphological analyses, molecular methods are increasingly applied in species’ identification, by its ability to detect phylogenetic subdivisions and cryptic species. One of the molecular methods used to study species diversity is the DNA barcode, proposed as an universal system for identifying and delimiting species. Most previous molecular barcode studies generated hypotheses of the existence of sibling species based on high intraspecific molecular divergence between lineages, some of which were subsequently recognized as having morphological or ecological differences, supporting the use of the DNA barcode for species discovery. Given these facts, in the present study we obtained intraspecific molecular diversity data for 39 species of bats in five localities in the Brazilian Amazon, using the mitochondrial gene COI. Species richness analyzes were performed, showing that the total diversity of bat species was not fully sampled in the six locations studied here, reflecting only 44% the predicted species diversity for the Amazon, but we did sample the common and widely distributed species in the Amazon, as well as species that are restricted to certain areas and environments. According to the obtained data, 17 species showed intraspecific differences above the 2% threshold, forming groups of possible cryptic lineages in the Amazon, with eight of them had lineages specific to the Brazilian Amazon. The results showed that the distribution of species/lineages in the Brazilian Amazon is quite heterogeneous, since one biogeographic pattern does not explain patterns of distribution. It is noteworthy that even with the DNA barcode library obtained in this study, can have an effective identification tool for any bat fauna in the Amazon basin. / A Amazônia contribui com a maior parte da diversidade de espécies de morcegos do Brasil, porém, mesmo contribuindo para a diversidade, a Amazônia ainda é uma enorme lacuna de conhecimento para a fauna de morcegos do Brasil, existindo registros formais de espécies de morcegos em menos de 24% do bioma Amazônia, o que torna o estudo desse grupo essencial neste bioma. Devido aos desafios encontrados na identificação das espécies por meio da utilização apenas da taxonomia tradicional com base em análises de caracteres morfológicos, a aplicação de métodos moleculares é cada vez mais utilizado na identificação de espécies, por sua capacidade de detectar padrões de subdivisão filogenética e espécies crípticas, muitas vezes não mensuradas em análises apenas por meio da morfologia. Um dos métodos moleculares utilizados para estudar a diversidade de espécies é o código de barras de DNA (DNA barcode), proposto como um sistema universal de identificação e delimitação de espécies animais. A maioria dos estudos de código de barras genético anteriores geraram hipóteses sobre a existência de espécies crípticas baseado em elevada divergência genética intraespecífica entre as linhagens, algumas das quais foram posteriormente reconhecidas como tendo diferenças morfológicas ou ecológicos, apoiando o uso de código de barras para a descoberta de espécies. Dados os fatos, no presente estudo foram obtidos dados da diversidade genética intraespecífica, com análises filogeográficas, de 39 espécies de morcegos em cinco localidades na Amazônia brasileira, utilizando o gene mitocondrial COI. Análises de riqueza de espécies foram realizadas, mostrando que a riqueza total de espécies de morcegos não foi totalmente amostrada nas seis localidades estudadas, refletindo apenas 44% do previsto para a Amazônia, porém pode-se afirmar que foram amostradas espécies comuns, amplamente distribuídas na região Amazônica, bem como espécies que são restritas a determinadas áreas e ambientes. De acordo com os dados obtidos, 17 espécies apresentaram divergências intraespecíficas acima do limiar (>2%), formando grupos de possíveis linhagens crípticas na Amazônia, sendo que 8 delas apresentaram linhagens especificas da Amazônia brasileira. Os resultados evidenciaram que a distribuição das espécies/linhagens de morcegos estudadas é bastante heterogênea na Amazônia brasileira, visto que um só padrão biogeográfico não explica tal distribuição da diversidade observada. Vale ressaltar ainda que com a biblioteca de código de barras de DNA obtida neste estudo, pode-se ter uma ferramenta de identificação eficaz para qualquer fauna de morcegos na bacia Amazônica.
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Compatibilidade de acasalamento de populações do complexo Anastrepha fraterculus (Diptera: Tephritidae) do Brasil

Dias, Vanessa Simões 21 June 2012 (has links)
Submitted by Mendes Eduardo (dasilva@ufba.br) on 2013-07-15T14:37:50Z No. of bitstreams: 1 DIAS VS DISSERTAÇÃO 2012.pdf: 1103761 bytes, checksum: ffcba12822bcc9c62dadf27947c6e861 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Valéria de Jesus Moura (anavaleria_131@hotmail.com) on 2016-06-21T16:46:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DIAS VS DISSERTAÇÃO 2012.pdf: 1103761 bytes, checksum: ffcba12822bcc9c62dadf27947c6e861 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-21T16:46:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIAS VS DISSERTAÇÃO 2012.pdf: 1103761 bytes, checksum: ffcba12822bcc9c62dadf27947c6e861 (MD5) / Fapesb / A seleção sexual pode conduzir populações ao isolamento reprodutivo pré-zigótico mediante a evolução da preferência por características sexuais específicas (Ritchie, 2007). Uma possível explicação para esse processo considera a evolução conjunta entre a preferência de acasalamento da fêmea e características secundárias do macho (Lande, 1981, 1982). Nos animais, em geral, as fêmeas podem escolher machos de melhor qualidade (good genes sexual selection, ver detalhes em Möller & Alatalo, 1999 e Alcock, 2011) ou mais estimulantes (seleção runaway, Fisher, 1930). Todavia, quando tais escolhas conduzem a uma discriminação entre espécies de um grupo aparentado (raças geográficas), elas podem contribuir para o reconhecimento das espécies (Ryan &Rand, 1993). O reconhecimento de parceiro sexual pode ser definido como uma resposta comportamental indicando que um indivíduo considera outro como parceiro apropriado, não estando vinculado à ideia de preferência, já que não exige comparação (Ryan & Rand, 1993). A ideia de preferência, comumente associada às fêmeas, está relacionada à “vantagem que certos indivíduos têm sobre os outros do mesmo sexo e espécie unicamente em relação à reprodução” (Darwin, 1871), originalmente o conceito de seleção sexual. Dentre os mecanismos pela qual a seleção sexual ocorre, a escolha de parceiro sexual (seleção intersexual) é caracterizada pelo favorecimento de caracteres em um dos sexos que atraem o outro (Krebs & Davies, 1996). Ryan e Rand (1993) descreveram inicialmente a relação entre a escolha de parceiro sexual e o reconhecimento de parceiro, ressaltando as semelhanças entre ambos os processos, afirmando que sua interação pode resultar em acasalamentos associativos dentro e entre espécies. Algumas das possíveis causas para a ocorrência de acasalamentos associativos podem ser extraídas dos mecanismos de isolamento pré-zigótico definidos por Dobzhansky (1951) como, por exemplo, a ocupação de diferentes hábitats (isolamento ecológico); diferentes horários ou estações de acasalamentos e floração (isolamento temporal); assim como a falta de atração mútua entre machos e fêmeas (isolamento sexual ou comportamental). Ainda segundo ele, há também os mecanismos pós-zigóticos de isolamento como inviabilidade, esterilidade ou desmoronamento do híbrido. Um excelente modelo para investigar os mecanismos de isolamento reprodutivo é a Anastrepha fraterculus, considerada um complexo de espécies crípticas, e não uma entidade biológica singular, por estudos moleculares, genéticos, morfométricos e bioquímicos (Stone, 1942; Steck, 1991; Selivon & Perondini, 1998; Selivon et al., 2004, 2005; Cáceres et al., 2009). No Brasil, alguns desses estudos apontam para a hipótese de pelo menos três grupos diferentes desta espécie no País, denominados Anastrepha sp.1 aff. fraterculus, A. sp.2 aff. fraterculus e A. sp.3 aff. fraterculus (Selivon & Perondini, 1998; Selivon et al., 2004, 2005). Apesar de todos os estudos direcionados à caracterização das populações do complexo A. fraterculus oriundas do Brasil, pouco se sabe sobre a compatibilidade sexual das mesmas. Este conhecimento é importante para auxiliar na resolução do status taxonômico, no maior conhecimento dos fatores envolvidos no isolamento reprodutivo do complexo, bem como no seu controle, já que esta é considerada uma praga agrícola. A urgência de métodos de controle complementares da A. fraterculus, como a Técnica do Inseto Estéril (TIE), é evidente diante do extensivo uso de defensivos agrícolas e das perdas significativas associadas à produção de maçã no Rio Grande do Sul e Santa Catarina (Sugayama et al., 1997; Kovaleski et al., 1999). A TIE consiste na produção massal de insetos para posterior esterilização e liberação na natureza (Knipling, 1955). Logo, ocorrendo o acasalamento entre o macho liberado e a fêmea selvagem, a população alvo tende a diminuir. Visando fornecer subsídios para o controle populacional da A. fraterculus no Brasil através da TIE (relevância prática), bem como contribuir para o entendimento da influência do comportamento sexual no isolamento reprodutivo do complexo A. fraterculus (relevância teórica), o presente estudo foi realizado. Para isto, a compatibilidade sexual e as frequências dos comportamentos de corte de populações do Sul (Vacaria-RS, Pelotas-RS, Bento Gonçalves-RS, São Joaquim-SC) e do Sudeste (Piracicaba-SP) do Brasil foram avaliadas através de experimentos em gaiola de campo e filmagem, respectivamente. A compatibilidade de acasalamento foi avaliada mediante os seguintes cruzamentos: Pelotas versus Vacaria, Vacaria versus São Joaquim, Vacaria versus Bento Gonçalves, Piracicaba versus Vacaria, Piracicaba versus Bento Gonçalves e Piracicaba versus São Joaquim. Os resultados sugerem que há compatibilidade de acasalamento entre as populações do Sul e certo grau de incompatibilidade destas quando comparadas com a população do Sudeste. Nenhuma diferenciação foi encontrada quanto ao pico de atividade sexual e formação de leks; entretanto os experimentos de filmagem mostraram que estas diferiram em relação às frequências das unidades comportamentais associadas ao sucesso de acasalamento. Houve clara distinção quanto às populações selvagens em relação às criadas em laboratório. Nossos resultados sugerem uma possível explicação para a incompatibilidade de acasalamento encontrada entre as populações do Sul e Sudeste, servindo de alerta para possíveis programas de liberação de insetos estéreis nessas áreas. É importante ressaltar que não basta utilizar populações classificadas no mesmo grupo dentro do complexo A.fraterculus, mas, acima disso, os machos das populações utilizadas em tais programas de controle devem ser aptos a competirem com os insetos selvagens para o sucesso da TIE. / Salvador
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Revisão taxonômica do gênero Coleodactylus Parker, 1926 (Squamata, Sphaerodactylidae) / Taxonomic review of Coleodactylus genus Parker, 1926 (Squamata, Sphaerodactylidae)

Moretti, Renata 18 March 2009 (has links)
O gênero Coleodactylus está distribuído pelo norte da América do Sul e reúne cinco espécies de lagartos de tamanho reduzido que habitam o folhiço da mata. A maioria dos estudos acerca do gênero não trata das variações morfológicas entre as espécies, tendo sido o trabalho de Vanzolini (1967) a última revisão feita para o grupo. Suas espécies são reconhecidamente crípticas, e com exceção das diferenças mais evidentes que separam C. amazonicus das demais do gênero, os caracteres diagnósticos estão principalmente relacionados à folidose da cabeça. Recentemente foi publicado um estudo baseado em dados moleculares que propõe hipótese de relacionamento entre as espécies e indica que a diversidade do grupo está subestimada (Geurgas e col., 2008). Guiado pela análise molecular, foi realizada aqui o estudo taxonômico do gênero, considerando dados de morfologia externa. A avaliação de 3904 exemplares, amostrados em quase toda a distribuição geográfica do gênero, indicou forte similaridade morfológica entre os clados de Coleodactylus e que estes apresentam morfologia externa conservada, apesar da acentuada diferenciação genética. O resultado do estudo, de maneira geral, é corroborado pela análise de Geurgas e col (2008), sendo as espécies diagnosticadas morfologicamente congruentes com os agrupamentos monofiléticos encontrados no estudo molecular. As variações morfológicas encontradas aqui permitiram o reconhecimento de quatro novas espécies, duas hoje alocadas em C. septentrionalis e duas em C. meridionalis, elevando para nove o número de espécies do gênero. Devido à homogeneidade de morfologia externa e tamanho reduzido dos animais, sugere-se fortemente que estudos de outra natureza (osteológica, ecológica, etc.) e de microestruturas sejam realizados a fim de se conhecer a diversidade real do gênero. / Coleodactylus genus is widespread among the north of South America and assembles five species of dimunitive lizards that live in forests leaf-leather. The majority of studies regarding this genus do not consider morphological variations between species. Vanzolini (1967) made the last revision about this group. Species from this genus are known for being cryptical. Except for more evident differences that separate C. amazonicus from other species of this genus, diagnostic characters are mainly related to the number of scales in the head. Recently, a work based on molecular data was published. It hypothesized the relationship between species and indicated that diversity in this group is underestimated (Geurgas et al., 2008). Herein we performed the taxonomic revision of the genus, guided by molecular analysis, considering external morphological data. The evaluation of 3904 specimens, which were sampled in almost the entire geographical distribution of the genus, indicated strong morphological similarity among Coleodactylus clades, showing also conserved external morphology, despite the accentuated genetic differentiation. Results from this work, in general terms, corroborated the analysis of Geurgas et. al (2008). Diagnosed species were morphologically congruous with monophyletic groups found in this molecular work. Morphological variations found here will allow the recognition of four new species, two of them allocated in C. septentrionalis and another two in C. meridionalis, increasing to nine the number of species in the genus. Due to their external morphology homogeneity and diminutive size, we strongly suggest that studies of different nature (osteological, ecological, etc) should be made in order to unravel the real diversity of the genus.
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Genotipagem do Paracoccidioides brasiliensis de diferentes amostras de pacientes atendidos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu

Oliveira, Luciana Bonome Zeminian de January 2018 (has links)
Orientador: Luciane Alarcão Dias-Melicio / Resumo: A paracoccidioidomicose é uma micose granulomatosa sistêmica, prevalente na América Latina, e que até recentemente acreditava-se ser causada apenas por uma espécie de fungo, o Paracoccidioides brasiliensis (P. brasiliensis). No entanto, em 2006, pesquisadores descreveram três espécies crípticas: S1, PS2, PS3 e, posteriormente o PS4. Em 2009, o Paracoccidioides lutzii (Pb01-like) foi descrito, e ano passado, em 2017, uma nova nomenclatura foi proposta para esses agentes etiológicos distintos: P. brasiliensis (S1), P. Americana (PS2), P. restrepiensis (PS3) e P. venezuelensis (PS4). Todos esses agentes são fungos termodimórficos que crescem como levedura in vivo, no hospedeiro, em tecidos ou em culturas in vitro a 37°C e como micélio à temperatura ambiente (4 a 28°C). As espécies não são uniformemente distribuídas pela América Latina, sendo algumas mais proeminentes em algumas regiões do que em outras. O Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu é polo de estudo da paracoccidioidomicose e situado na região centro-oeste do estado de São Paulo, considerada uma área endêmica. Devido à existência de espécies crípticas de Paracoccidioides, análises mais detalhadas nas amostras de pacientes tornaram-se necessárias para uma melhor compreensão de distribuição e ocorrência das espécies recentemente descritas nessa região, favorecendo uma possível correlação entre os grupos genéticos e características micológicas e clínicas. Os objetivos foram obtenção de dados epidemiol... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Paracoccidioidomycosis is a chronic granulomatous mycosis prevalent in Latin America, that until recently it was believed to be caused only by Paracoccidioides brasiliensis (P. brasiliensis). However, in 2006, researchers described cryptic species: S1, PS2, PS3, and PS4. In 2009, Paracoccidioides lutzii (Pb01-like) was described, and now, a new nomenclature was proposed for the other different agents: P. brasiliensis (S1), P. Americana (PS2), P. restrepiensis (PS3), and P. venezuelensis (PS4). All these agents are thermodimorphic fungi that develop as yeast in vivo, in host tissues or in vitro cultures at 37°C in culture media. It also grows as mycelium at room temperature ranging from 4 to 28°C. These species are not uniformly distributed throughout Latin America, some are more prominent in some regions than in others. The Hospital of Medical School of Botucatu - UNESP, which is a paracoccidioidomycosis study pole, is in São Paulo state midwest region, that is classified as an endemic area. Due to the existence of cryptic species of Paracoccidioides, further analyses of patient samples are needed for a better understanding the distribution and occurrence of these recently described species in Botucatu region, that could favor a possible correlation between genetic groups and mycological and clinical characteristics. Given the importance of this disease to the region, the aims of this study were to perform a retrospective epidemiological, geographical and clinical study gathe... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Filogenia de espécies do grupo willistoni de Drosophila (Diptera, Drosophilidae) baseada em genes do Elemento F de Müller

Monteiro, Amanda Gabriela Felix 09 January 2014 (has links)
Submitted by Daniella Sodre (daniella.sodre@ufpe.br) on 2015-04-13T13:09:37Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Amanda Gabriela Monteiro.pdf: 790791 bytes, checksum: 3eff4891262b8390bd95b7e68ff4d165 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-13T13:09:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Amanda Gabriela Monteiro.pdf: 790791 bytes, checksum: 3eff4891262b8390bd95b7e68ff4d165 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014-01-09 / A família Drosophilidae abriga mais de 4.200 espécies de pequenas moscas, sendo considerada uma das maiores da ordem Diptera, com destaque para o grupo willistoni do gênero Drosophila, composto por 23 espécies. Nos estudos ecológicos realizados recentemente pelo grupo de pesquisa do Laboratório de Genética da UFPE/CAV, destacamse as espécies crípticas Drosophila willistoni, D. paulistorum e D. equinoxialis e a espécie não críptica Drosophila nebulosa. Merece destaque o fato de D. paulistorum ser constituída de seis semiespécies (Andino-Brasileira, Amazônica, Centro-Americana, Interior, Orinocana e Transicional) o que ilustra os diversos níveis de especiação que existem dentro do grupo, e sua importância para estudos evolutivos. Foi objetivo deste trabalho investigar a variabilidade genética dos genes PlexinB e Ankyrin, presentes no elemento cromossômico F de Müller. Este cromossomo recombinante é resultante da fusão entre o cromossomo dot ancestral da família Drosophilidae (Elemento F) e cromossomo III (Elemento E), evento que ocorreu em todas as espécies do grupo willistoni. De posse dos dados de sequenciamento foram estabelecidas as relações filogenéticas entre as espécies e também entre as semiespécies de D. paulistorum. Fizeram parte dos estudos 28 amostras, coletadas recentemente nos biomas Floresta Amazônicas (Pará e Rondônia), Floresta Atlântica (Pernambuco) e Caatinga (Pernambuco, Ceará e Bahia), ou linhagens de stock centers. O gene PlexinB se destacou como o mais conservado dentro das espécies, enquanto Ankyrin foi bastante variável. Foi detectada uma deleção de 9 pares de bases em todas amostras de D. willistoni e outra de 3 pb em todas D. equinoxialis. Tanto PlexinB quanto Ankyrin permitiram a construção de um bem fundamentado fenograma, com maior similaridade genética entre as amostras de D. paulistorum e D. equinoxialis, depois com D. willistoni ou D. tropicalis, e então com D. nebulosa. A maior diversidade foi observada dentro da superespécie D. paulistorum. Estes resultados abrem novas perspectivas para o estudo e entendimento da dinâmica da especiação, dentro do grupo willistoni de Drosophila.
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Estudo da incidência de candidemia e diversidade genética de Candida em pessoas internadas em Unidades Hospitalares de Manaus - Amazonas

Corrêa, Marcelo Augusto da Eira 28 February 2014 (has links)
Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-07-31T15:06:37Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Marcelo Augusto da Eira Corrêa.pdf: 3302859 bytes, checksum: 38417d5930f880c0e2b8cebbe92fda6a (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-08-04T15:09:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Marcelo Augusto da Eira Corrêa.pdf: 3302859 bytes, checksum: 38417d5930f880c0e2b8cebbe92fda6a (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-08-04T15:16:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Marcelo Augusto da Eira Corrêa.pdf: 3302859 bytes, checksum: 38417d5930f880c0e2b8cebbe92fda6a (MD5) / Made available in DSpace on 2015-08-04T15:16:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Marcelo Augusto da Eira Corrêa.pdf: 3302859 bytes, checksum: 38417d5930f880c0e2b8cebbe92fda6a (MD5) Previous issue date: 2014-02-28 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Candidemia is a bloodstream infection caused by Candida. Its incidence varies between 1.27 and 3.9 cases per 1000 admissions in Brazil and from 0.29 to 1.95 cases per 1,000 admissions in the world. C. albicans is the main agent with an incidence ranging from 25.9 % to 59 %. This study aimed to determine the incidence of candidemia in 11 Hospital Units Manaus (public and private) and to determine the genetic diversity among isolates of Candida albicans and identify the existence of cryptic species Candida parapsilosis complex. The C. albicans isolates were subjected to molecular typing technique for multilocus sequencing (MLST) and identified as C. parapsilosis, were subjected to PCR/RFLP. Altogether 101 isolates were studied of the genus Candida. The overall incidence was found to be 2.31 cases per 1,000 admissions and 0.61 cases per 1000 patients/day. The genus Candida was the second cause of bloodstream infections in the studied hospitals, representing 8.6 % of all cases. The most prevalent species was Candida albicans representing 35.64 % of the cases followed by Candida tropicalis with 30.69 %. The male (68,24 %) was most affected by these infections than females (31,76 %). The overall mortality rate was 37.21 % and the species with the highest mortality rates Candida tropicalis was 53.85%. 58 different alleles were identified by the technique of MLST and one allele for the gene SYA1 has been set as a new allele. Their combinations represented 25 different genotypes, of which 15 were identified as new genotypes and sent to the curator for analysis. Of the 22 isolates originally described as C. parapsilosis, three were reidentified as C. orthopsilosis and C. metapsilosis. Of the 25 genotypes found for C. albicans was the main STD 90 and this data differ from the data found in Brazil and in the world , pointing DST 69 as the most common . Were identified for the first time in our region , blood stream infections by C. parapsilosis cryptic species complex with three cases of C. orthopsilosis and one case of C. metapsilosis. / Candidemia é a infecção de corrente sanguínea causada por leveduras do gênero Candida. Sua incidência varia entre 1,27 e 3,9 casos por 1000 internações no Brasil e 0,29 a 1,95 casos por 1000 internações no mundo. C. albicans é o principal agente etiológico com uma incidência que varia entre 25,9% a 59%. Este trabalho teve como objetivo verificar a incidência de candidemia em 11 Unidades Hospitalares de Manaus (públicas e privadas), bem como determinar a diversidade genética entre os isolados de Candida albicans e identificar a existência de espécies crípticas do complexo Candida parapsilosis. Os isolados de Candida albicans foram submetidos à técnica de tipagem molecular por sequenciamento de multilocus (MLST) e os identificados como C. parapsilosis, foram submetidos à PCR/RFLP. Ao todo foram estudados 101 isolados do gênero Candida. A incidência geral encontrada foi de 2,31 casos por 1000 internações e 0,61 casos por 1000 pacientes/dia. O gênero Candida foi o segundo causador das infecções de corrente sanguínea nas unidades hospitalares estudadas, representando 8,6% de todos os casos. A espécie mais prevalente foi Candida albicans representando 35,64% dos casos seguida por Candida tropicalis com 30,69%. O gênero masculino (68,24%) foi mais acometido por essas infecções do que o gênero feminino (31,76%). A taxa de mortalidade geral foi de 37,21% e a espécie que apresentou maiores taxas de mortalidade foi Candida tropicalis com 53,85%. Foram identificados 59 alelos diferentes pela técnica de MLST sendo que um alelo para o gene SYA1 foi configurado como novo alelo. Suas combinações representaram 25 genótipos diferentes, sendo que 15 foram identificados como novos genótipos. Dos 22 isolados inicialmente descritos como C. parapsilosis, três foram reidentificados como C. orthopsilosis e uma como C. metapsilosis. Dos 25 genótipos encontrados para C. albicans o principal foi o DST 90 e esse dado diverge dos dados encontrados no Brasil e no mundo, que apontam o DST 69 como o mais comum. Foram identificadas pela primeira vez em nossa região, infecções de corrente sanguíneas por espécies crípticas do complexo C. parapsilosis, com três casos de C. orthopsilosis e um caso de C. metapsilosis.
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Caracterização morfológica e morfométrica de três espécies cripticas e dendrófilas de Lutzomyia (Psathyromyia) Barretto, 1962 (Díptera, Psychodidae, Phlebotominae) da Amazônia central

Oliveira, Arley Faria José de 26 July 2013 (has links)
Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-08-25T13:45:14Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Arley Faria José de Oliveira.pdf: 5385384 bytes, checksum: beff2772cb7b732b6b27e5cf260a9fd7 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-08-28T17:29:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Arley Faria José de Oliveira.pdf: 5385384 bytes, checksum: beff2772cb7b732b6b27e5cf260a9fd7 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-08-28T17:40:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Arley Faria José de Oliveira.pdf: 5385384 bytes, checksum: beff2772cb7b732b6b27e5cf260a9fd7 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-08-28T17:40:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Arley Faria José de Oliveira.pdf: 5385384 bytes, checksum: beff2772cb7b732b6b27e5cf260a9fd7 (MD5) Previous issue date: 2013-07-26 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Phlebotomine sand flies (Diptera: Psychodidae) of the genus Lutzomyia França, and subgenus Psathyromyia Barretto, have importance in public health because they are vectors of several etiological agents, among we highlight the arboviruses as the vesicular stomatitis virus and several trypanosomatid flagellates (Kinetoplastidae, Tripanosomatidae) L. (Psathyromyia) dendrophyla Mangabeira-Filho is a susceptible species to infection Leishmania amazonensis Lainson and L. shannoni Dyar was incriminated as vector of the vesicular stomatitis virus. This study was divided in four chapters, where were used in wing geometric morphometrics, scanning electron microscopy, and also details about life cycle on laboratory conditions three cryptic and species of subgenus Psathyromyia. The life cycles of L. scaffi Damasceno & Arouck and L. shannoni, were found similar from the egg’s emergence to the adult’s emergency. The egg exochorion was analyzed of the species showed differences on the polygonal ornamentation arrangement. Studies in the larval morphological characters were done. It were observed differences between the larval chaetotaxy among the studied species and antennae and spiracles. Pupas also presented differences on cefalothorax setae; defined by the wings conformation and other phenotypic differentiation the genital atrium ornaments of the furca divided these species in different groups. The wing geometric morphometrics used in L. scaffi, L. dendrophyla and L. shannoni females. This study provided important taxonomic information on three cryptic species of Psathyromyia subgenus and have veterinary medical importance. / Flebotomíneos (Diptera: Psychodidae) do gênero Lutzomyia França, e subgênero Psathyromyia Barretto, possuem importância em saúde publica por serem vetores de vários agentes etiológicos dentre os quais se destacam os arbovírus como o vírus da estomatite vesicular e por serem suspeitas de transmitir diversos protozoários tripanossomatídeos (Kinetoplastidae, Tripanosomatidae). Foi comprovado que L. (Psathyromyia) dendrophyla Mangabeira-Filho, é uma espécie suscetível à infecção por Leishmania amazonensis Lainson e L. shannoni Dyar é incriminada como um vetor do vírus da estomatite vesicular. Para este estudo foram utilizadas de forma integrada ferramentas da Morfometria Geométrica, da Microscopia Eletrônica de Varredura e Óptica, além de observações sobre morfologia e quetotaxia dos imaturos de três espécies crípticas e dendrófilas do subgênero Psathyromyia. Para o ciclo de vida das espécies L. scaffi Damasceno & Arouck e L. shannoni, foi encontrado tempos semelhantes para o desenvolvimento da fase larval, da eclosão do ovo à emergência do adulto. Foi analisado o exocório dos ovos das espécies, mostrando diferenças no arranjo das ornamentações poligonais. Como também para os estudos de morfologia de larvas, as principais diferenças observadas em quetotaxia foram cerdas da cabeça, cerdas do protórax, do oitavo e nono segmentos abdominais, principalmente no tamanho das cerdas caudais como as mais marcantes, antenas e espiráculos. As pupas também apresentaram diferenças nas cerdas do cefalotórax; as análises do átrio genital mostraram diferenças no tamanho da furca e disposição dos espinhos. A ferramenta de morfometria geométrica utilizada em fêmeas de L. scaffi, L. dendrophyla e L. shannoni, conseguiu separar estas espécies em grupos bem definidos pela conformação das asas. Este estudo forneceu importantes informações taxonômicas sobre três espécies crípticas do subgênero Psathyromyia e que possuem importância médica veterinária.
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Revisão taxonômica do gênero Coleodactylus Parker, 1926 (Squamata, Sphaerodactylidae) / Taxonomic review of Coleodactylus genus Parker, 1926 (Squamata, Sphaerodactylidae)

Renata Moretti 18 March 2009 (has links)
O gênero Coleodactylus está distribuído pelo norte da América do Sul e reúne cinco espécies de lagartos de tamanho reduzido que habitam o folhiço da mata. A maioria dos estudos acerca do gênero não trata das variações morfológicas entre as espécies, tendo sido o trabalho de Vanzolini (1967) a última revisão feita para o grupo. Suas espécies são reconhecidamente crípticas, e com exceção das diferenças mais evidentes que separam C. amazonicus das demais do gênero, os caracteres diagnósticos estão principalmente relacionados à folidose da cabeça. Recentemente foi publicado um estudo baseado em dados moleculares que propõe hipótese de relacionamento entre as espécies e indica que a diversidade do grupo está subestimada (Geurgas e col., 2008). Guiado pela análise molecular, foi realizada aqui o estudo taxonômico do gênero, considerando dados de morfologia externa. A avaliação de 3904 exemplares, amostrados em quase toda a distribuição geográfica do gênero, indicou forte similaridade morfológica entre os clados de Coleodactylus e que estes apresentam morfologia externa conservada, apesar da acentuada diferenciação genética. O resultado do estudo, de maneira geral, é corroborado pela análise de Geurgas e col (2008), sendo as espécies diagnosticadas morfologicamente congruentes com os agrupamentos monofiléticos encontrados no estudo molecular. As variações morfológicas encontradas aqui permitiram o reconhecimento de quatro novas espécies, duas hoje alocadas em C. septentrionalis e duas em C. meridionalis, elevando para nove o número de espécies do gênero. Devido à homogeneidade de morfologia externa e tamanho reduzido dos animais, sugere-se fortemente que estudos de outra natureza (osteológica, ecológica, etc.) e de microestruturas sejam realizados a fim de se conhecer a diversidade real do gênero. / Coleodactylus genus is widespread among the north of South America and assembles five species of dimunitive lizards that live in forests leaf-leather. The majority of studies regarding this genus do not consider morphological variations between species. Vanzolini (1967) made the last revision about this group. Species from this genus are known for being cryptical. Except for more evident differences that separate C. amazonicus from other species of this genus, diagnostic characters are mainly related to the number of scales in the head. Recently, a work based on molecular data was published. It hypothesized the relationship between species and indicated that diversity in this group is underestimated (Geurgas et al., 2008). Herein we performed the taxonomic revision of the genus, guided by molecular analysis, considering external morphological data. The evaluation of 3904 specimens, which were sampled in almost the entire geographical distribution of the genus, indicated strong morphological similarity among Coleodactylus clades, showing also conserved external morphology, despite the accentuated genetic differentiation. Results from this work, in general terms, corroborated the analysis of Geurgas et. al (2008). Diagnosed species were morphologically congruous with monophyletic groups found in this molecular work. Morphological variations found here will allow the recognition of four new species, two of them allocated in C. septentrionalis and another two in C. meridionalis, increasing to nine the number of species in the genus. Due to their external morphology homogeneity and diminutive size, we strongly suggest that studies of different nature (osteological, ecological, etc) should be made in order to unravel the real diversity of the genus.
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Avaliação morfológica e molecular do gênero Xiphopenaeus no Atlântico Ocidental e Pacifico existe apenas uma espécie? /

Carvalho-Batista, Abner. January 2017 (has links)
Orientador: Rogério Caetanos da Costa / Coorientador: Mariana Terossi Rodrigues Mariano / Resumo: Espécies crípticas constituem um desafio ao conhecimento da biodiversidade e tem sido tema de um número cada vez maior de estudos nos últimos anos. O gênero Xiphopenaeus por 90 anos teve reconhecidamente duas espécies, Xiphopenaeus kroyeri no Atlântico e Xiphopenaeus riveti, no Pacífico. Contudo, nos últimos 20 anos, a taxonomia do gênero tem passado por grandes reviravoltas, com a sinonimização das duas espécies em 1997 com base em dados morfológicos, tornando o gênero monotípico, com X. kroyeri como a única espécie válida. E nos últimos dez anos além da revalidação de X. riveti baseada em dados moleculares, a existência de na verdade, duas espécies crípticas no Atlântico, veio a tona. Assim, o presente estudo averiguou utilizando ferramentas moleculares (os genes mitocondriais Citocromo c Oxidase Subunidade I e 16S rDNA) e morfológicas, o possível número de espécies constituintes do gênero Xiphopenaeus, e quais caracteres morfológicos podem ser utilizados na identificação destas. Foram analisados indivíduos provenientes de 16 localidades nos oceanos Atlântico e Pacífico. Foi detectada a divisão dos indivíduos analisados em cinco grupos, três no Atlântico, aqui denominadas a principio de A1, A2 e A3 e dois no Pacífico, P1 e P2, os quais pelas divergências genéticas observadas em ambos os marcadores empregados, mostraram-se constituir cinco diferentes espécies. Tal divisão foi suportada pelas demais análises empregadas (análises filogenéticas, Amova, rede de haplótipos). As f... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Cryptic species comprise a challenge to the knowledge of biodiversity, and they have been increasingly studied in past recent years. For 90 years, the genus Xiphopenaeus had recognized two species: Xiphopenaeus kroyeri, in the Atlantic, and Xiphopenaeus riveti, in the Pacific. In the last 20 years, however, the taxonomy of the genus has been changed; the synonymization of the species in 1997, based on morphological characters, turned the genus monotypic, with X. kroyeri as the only valid species. In the last decade, besides the revalidation of X. riveti based on molecular data, the existence of two cryptic species in the Atlantic came to light. Thus, the present study aimed to verify, using molecular (the mitochondrial genes Cytochrome Oxidase Subunit I and 16S rDNA) and morphological tools, how many species comprise the genus Xiphopenaeus, and which morphological characters can be used for their reliable identification. Individuals from 16 localities in Atlantic and Pacific oceans were analyzed. A structuration of the analyzed individuals into five groups was observed, three from the Atlantic (A1, A2 and A3) and two from the Pacific (P1 and P2). The genetic divergence observed indicates the existence of five different species. Such structuration was also supported by the phylogenetic analyzes, AMOVA and haplotype network. The images obtained by scanning electronic microscopy of secondary sexual characters of males showed morphological differences reliable enough to discrimin... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Sistematic review of subfamily Phryninae (Arachnida: Amblypygi) / Revisão sistemática da subfamí­lia Phryninae (Arachnida: Amblypygi)

Joya, Daniel Andres Chirivi 04 June 2018 (has links)
The subfamily Phryninae (Arachnida: Amblypygi) has not been recently revised, which causes many difficulties for species identification. Thus far, no phylogenetic hypothesis has been proposed for this subfamily. The nomenclature of diagnostic characters is not uniform, and most illustrations are poorly detailed. We reviewed the subfamily Phryninae, redescribed all known species, and described six new species. We proposed a unified nomenclature for teeth of chelicerae and pedipalpal spines. We performed a phylogenetic analysis using total evidence and direct optimization in the program POY. We built a morphological matrix of 92 terminals and 174 characters, and a molecular matrix with 1557 pb (markers COl, 12s and 16s). Both sets of information were analyzed separately to understand their influence over the total evidence analysis. The results of the three analyses were different: the morphological analysis did not recover the subfamily Phryninae as monophyletic, this analysis produced 90 equally parsimonious topologies, however, the strict concensus tree had good resolution. The molecular analysis did not recover the family Phrynidae as monophyletic, but Phryninae was recovered. Total evidence analysis allowed for obtain just one more parsimonious hypothesis which included all species of Phrynidae, and resolved the politomies obtained with the analysis using morphology only, in this hypothesis Phrynidae and its subfamilies are monophyletic. ln all results, the genera of Phryninae were polyphyletic. We selected the tree of total evidence analysis to build a new taxonomic proposal, we decided to keep Acanthophrynus, Phrynus, and Paraphrynus and to create five new genera: Caicedophrynus gen. nov., Cronopiophrynus gen. nov., Gabophrynus gen. nov., Gentiloprynus gen. nov., Girondophrynus gen. novo Accordingly, we proposed 44 nomenclatural changes. Our results showed that the diversity of this group could be greater, therefore, we highlight that populational and phylogeographic studies of Phryninae are important / A subfamília Phryninae (Arachnida: Amblypygi) não possui uma revisão recente. Isso traz muitas dificuldades na identificação das espécies. Nenhuma hipótese filogenética para a subfamília foi proposta. A nomenclatura dos caracteres diagnósticos não é uniforme e a maioria das ilustrações não é suficientemente detalhada. Aqui, nós revisamos a subfamília Phryninae, redescrevemos as espécies conhecidas e seis espécies novas, e propomos uma nomenclatura uniforme para os dentes das quelíceras e espinhos dos pedipalpos. Nós realizamos uma análise filogenética usando evidência total e otimização direta no programa POY. Construímos uma matriz morfológica de 92 terminais e 174 caracteres, e uma matriz molecular usando 1557 pb (marcadores COI, l2S e 16S). Os dois conjuntos de informação foram analisados separadamente para perceber a influência de cada um deles na análise de evidência total. Os resultados das três análises foram diferentes. A análise morfológica não recuperou a subfamília Phryninae como monofilética, resultando em 90 topologias igualmente parcimoniosas, Porém, a árvore de consenso estrito teve uma boa resolução. A análise molecular recuperou Phryninae como monofilética, embora não tenha recuperado a família Phrynidae. A análise de evidência total permitiu obter uma única hipótese mais parcimoniosa a qual inclui todas as espécies de Phrynidae, e permitiu resolver as politomias obtidas na análise morfológica. Nesta hipótese, tanto Phrynidae como suas subfamílias se mantiveram monofiléticas. Em todos os resultados, os gêneros de Phryninae são polifiléticos. A árvore da análise de evidência total foi selecionada para elaborar uma nova proposta taxonômica. Mantivemos os gêneros Acanthophrynus, Phrynus e Paraphrynus e criamos cinco gêneros novos: Caicedophrynus gen. nov., Cronopiophrynus gen. nov., Gabophrynus gen. nov., Gentilophrynus gen. nov., e Girondophrynus gen. novo Propusemos 44 mudanças nomenclaturais, Nossos resultados sugerem que a diversidade do grupo é maior do que a conhecida. Isso nos faz considerar importante análises populacionais e filogeográficas em Phryninae

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