Orientador: Cesar Martins / Resumo: As células possuem um conjunto regular de cromossomos denominados cromossomos do complemento A e, eventualmente cromossomos extras a esse complemento. Uma destas classes de elementos extras é denominada de cromossomos B (Bs) e ocorrem em uma ampla diversidade de eucariotos incluindo fungos, plantas e animais. Desde sua descrição, os Bs tem atraído a atenção dos pesquisadores. Para ser classificado com um um cromossomo B, este deve apresentar algumas características como: ter uma morfologia distinta dos cromossomos As, número da cópia pode variar entre os indivíduos que o possuem, muitas vezes são heterocromáticos, não são homólogos ao complemento A, não se pareiam ou se recombinam aos As, e frequentemente exibem herança não-Mendeliana. Os cromossomos B tem sido descritos em diversos vertebrados, incluindo o peixe ciclídeo Astatotilapia latifasciata, natural dos lagos Kyoga e Nawampasa, lagos satélites ao lago Vitória no leste Africano, este ciclídeo possui 44 cromossomos e a presença de 1 a 2 cromossomos B. O objetivo deste trabalho foi investigar o comportamento meiótico dos cromossomos B via imunocoloração com anticorpos específicos contra proteínas do complexo sinaptonêmico, coesinas e modificações de histonas; cruzamentos direcionados entre machos e fêmeas com e sem B; e análise de expressão dos genes synaptonemal complex protein 2-like, mitochondrial cardiolipin hydrolase-like, separin-like, tubulin beta-1 chain-like e kinesin-like. A imunocoloração com os anticorpos H3K... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The cells have a regular set of chromosomes known as A chromosomes. However, there are extra chromosomes and one of them is the extra elements called B-chromosomes (Bs) that occurs in a wide variety of eukaryotes including fungi, plants and animals. Since its description, Bs have attracted the attention of the researchers. To be classified as a B, some characteristics must be present such as: distinct morphology of A chromosomes, number of copy can vary between the individuals bearing it, they are often heterochromatic, they are not homologous to the A complement set, they did not pare or recombine with As, and often exhibit non-Mendelian heritage. B chromosomes have been described in several vertebrates, including the cichlid fish Astatotilapia latifasciata, native to Kyoga and Nawampasa lakes, satellite lakes to Victoria lake in East Africa, which has 44 chromosomes and the presence of 1 to 2 B chromosomes. This work aimed to investigate the meiotic behavior of B chromosomes via immunostaining with specific antibodies against synaptonemic complex proteins, coesins and histone modifications; directed crosses between males and females with and without B; and gene expression analysis: synaptonemal complex protein 2-like, mitochondrial cardiolipin hydrolase-like, separin-like, tubulin beta-1 chain-like and kinesin-like. Immunostaining with antibodies H3K27me3 and H3K4me3 showed a global distribution in the pachytene phase. The H3K9ac antibody was dispersed throughout all the re... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by DIOGO MILANI null (azafta@gmail.com) on 2017-03-14T19:28:19Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Final_Milani.pdf: 20096682 bytes, checksum: c3ba1f1d35902ae0f6c7c33176ff9274 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2017-03-20T22:53:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 milani_d_me_rcla.pdf: 20096682 bytes, checksum: c3ba1f1d35902ae0f6c7c33176ff9274 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-20T22:53:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 milani_d_me_rcla.pdf: 20096682 bytes, checksum: c3ba1f1d35902ae0f6c7c33176ff9274 (MD5) Previous issue date: 2017-03-02 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / DNAs satélites (DNAsat) são sequências usualmente repetidas centenas a milhares de vezes arranjadas consecutivamente uma à outra, enriquecidas geralmente na heterocromatina em regiões específicas ou cromossomos, tais como os cromossomos B. Neste trabalho, isolamos o primeiro DNAsat no gafanhoto Abracris flavolineata, nomeado AflaSAT-1. A sequência foi caracterizada integrando abordagem molecular, genômica e citogenética objetivando compreender a organização estrutural, evolução nos cromossomos A e B e possível atividade transcricional. O AflaSAT-1 é compartilhado entre espécies de gafanhotos, mas revelou uma evidente amplificação em A. flavolineata formando arranjos detectáveis. A sequência apresentou baixa variabilidade em nível interpopulacional; no entanto monômeros do cromossomo B (μB-DNA) da população de Rio Claro/SP exibiram maior variabilidade e quatro mutações exclusivas, refletindo a comum taxa mutacional mais elevada dos cromossomos B. A análise genômica estrutural revelou organizações distintas para o DNAsat, apresentando uma associação alternativa com outro DNAsat, nomeado AflaSAT-2. A análise cromossômica revelou que ambos os DNAsat estão interligados um ao outro formando grandes blocos nos centrômeros de quase todos os cromossomos (exceto para o menor par), e para o cromossomo B apenas um pequeno sinal centromérico foi notado em indivíduos da população de Rio Claro/SP. Nas distintas populações a distribuição cromossômica do AflaSAT-1 revelou variabilidade, como ausência de algumas marcas, blocos adicionais e também heteromorfismo, a qual se correlacionou com a estimativa de número de cópias, sugerindo uma dinâmica de expansão ou eliminação de repetições. Finalmente, a constitutiva atividade transcricional de AflaSAT-1 foi observada nos distintos tecidos de adultos, e em distintas fases de desenvolvimento, tanto em indivíduos portadores e não portadores de cromossomo B. / Satellite DNAs (satDNA) are sequences usually repeated hundred to thousand times tandemly arrayed, enriched in heterochromatin from specific region or chromosomes, including B chromosomes. Here, we isolated the first satDNA in the grasshopper Abracris flavolineata, named AflaSAT-1. The sequence was characterized by integration of cytogenetic, molecular and genomics approaches, aiming to understand the structural organization, evolution in A and B chromosomes and possible transcriptional activity. The AflaSAT-1 is shared with other grasshopper species, but it was evidently amplified in A. flavolineata forming detectable clustered arrays. AflaSAT-1 presented low variability at interpopulational level; but monomers from B chromosome observed in individuals from Rio Claro/SP were more variable presenting four exclusive mutations, reflecting the common higher mutational rate in this chromosome. Genomic structural analysis revealed distinct organization for the satDNA, with its alternative association with other satDNA, named AflaSAT-2. The chromosomal analysis showed that both satDNAs were also interglimed to each other, forming large blocks in centromeres of almost all chromosomes (except the smallest pair), but in the B chromosome only a small centromeric signal was noticed in individuals from Rio Claro/SP. Chromosomal distribution for AflaSAT-1 revealed variability, at populational level, with absence of marks, additional clusters and heteromorphism. This variation was coincidentally followed by variability in copy number, suggesting dynamic expansion or elimination of repeats. Finally, AflaSAT-1 was constitutively transcriptionally active in five tissues of adults, in distinct life cycle phases, and both in carrier and non-B chromosome carriers. / FAPESP: 2015/05246-3

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-22T14:59:44Z No. of bitstreams: 1 Winston Jose Pessoa Felix.pdf: 3066003 bytes, checksum: e332581b7efc29ec2ebf2e0c4af9c437 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-22T14:59:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Winston Jose Pessoa Felix.pdf: 3066003 bytes, checksum: e332581b7efc29ec2ebf2e0c4af9c437 (MD5) Previous issue date: 2009-06-29 / The cytogenetic characteristics and CMA / DAPI band patterns in seven species of Zephyranthes and a Habranthus were studied in this paper to evaluate the karyotypic differences between these species. All individuals presented reticulated or semi-reticulated interphased nuclei and karyotype formed by a set of metacentric chromosomes, in addition to submetacentric and acrocentric chromosomes. Zephyranthes robusta, with 2n = 12 and karyotypic formula 4M +2 SM presented more symmetrical karyotype. Z. sylvatica showed chromosome complement composed of 2n = 12 being 1M+5SM, 2n = 13 being 1M+5SM + (B) SM and 2n = 18 formed by cracks, one with metacentric and five with only submetacentric (1M+5SM). For the cultivated species Zephyranthes rosea Lindl. presented karyotype with 2n = 24 and karyotypic formula 4M+7SM +1A. Zephyranthes grandiflora Lindl. presented the same chromosome count of the previous species, being observed 2M +5 SM +5 A. Zephyranthes aff. rosea Lindl. presented 2n = 25, being 3M + (1M "crack") +7 SM +1 A. Furthermore, it was observed the presence of trisomy in fourth metacentric pair. Zephyranthes brachyandra Herb. presented karyotype with 2n = 24 +1 B and formula 4M +3 SM +5 A +1 B. In Zephyranthes candida Herb. 2n = 38 was observed with 9M +5 SM +5 A. For H. itaobinus Ravenna, a numeric variation in the counts was observed, where in most populations the additional chromosomes were formed by 2n = 45 or 5M +12 SM +5 A + (B) M and in a single population the species showed presented karyotype with 2n = 44, 6M +12 SM +5 A +3 (B)M. Interstitial and subterminal DAPI bands were observed only in Z. robusta and Z. brachyandra. The remaining species showed no AT-rich heterochromatin. In species with 2n = 12 was found a CMA+ block in a chromosome pair of Z. robust and Zephyranthes sp., while in Z. sylvatica was observed a small additional terminal block. Z. rosea and Z. grandiflora had four CMA+ bands, while there were eight interstitial pinpoint bands, apart from the heterochromatic RON and a bigger block in the terminal of the short arm of B chromosome in Z. brachyandra. In Z. candida, there were 14 subterminal CMA bands and in H. itaobinus, seven bands with strong differentiated amplification in the heterochromatic RON. Taxonomic implications and the karyotypic evolution are discussed for the species studied. / No presente trabalho foram estudados a caracterização citogenética e os padrões de banda CMA/DAPI em sete espécies de Zephyranthes e uma de Habranthus com o objetivo de avaliar as diferenças cariotípicas entre essas espécies. Todos os indivíduos apresentaram núcleo interfásico reticulado ou semi-reticulado e cariótipo formado por um conjunto de cromossomos metacêntricos, além de cromossomos submetacêntricos e acrocêntricos. Zephyranthes robusta, com 2n=12 e fórmula cariotípica 4M+2SM, apresentou cariótipo mais simétrico. Z. sylvatica apresentou complemento cromossômico formado por 2n=12 sendo 1M+5SM, 2n=13 sendo 1M+5SM+(B)SM e 2n=18 formadas por trincas, uma com metacêntricos e cinco apenas com submetacêntricos (1M+5SM). Para as espécies cultivadas, Zephyranthes rosea Lindl. Apresentou cariótipo com 2n=24 e fórmula cariotípica 4M+7SM+1A. Zephyranthes grandiflora Lindl. apresentou a mesma contagem cromossômica da espécie anterior, sendo que foram observados 2M+5SM+5A. Zephyranthes aff. rosea Lindl., apresentou 2n=25, sendo 3M+(1M“trinca”) +7SM+1A. Além disso, pôde-se observar a presença de trissomia no par quatro metacêntrico. Zephyranthes brachyandra Herb. apresentou cariótipo com 2n=24+1B e fórmula 4M+3SM+5A+1B. Para Zephyranthes candida Herb. observou-se 2n=38, sendo 9M+5SM+5A. Em H. itaobinus Ravena observou-se variação numérica nas contagens onde na maioria das populações os complementos cromossômicos foram formados por 2n=45 ou 5M+12SM+5A+(B)M e em uma única população a espécie apresentou cariótipo com 2n=44, 6M+12SM+5A+3(B)M. Foram observadas bandas DAPI subterminais e intersticiais apenas em Z. robusta e em Z. brachyandra. As demais espécies não apresentaram heterocromatina rica em AT. Nas espécies com 2n=12 foi observado um bloco CMA+ em um par cromossômico de Z. robusta e Zephyranthes sp., enquanto em Z. sylvatica foi observado um pequeno bloco terminal adicional. Z. rosea e Z. grandiflora, tiveram quatro bandas CMA+, enquanto em Z. brachyandra, ocorreram oito bandas intersticiais puntiformes, além da RON heterocromática e de um bloco maior no terminal do braço curto do cromossomo B. Em Z. candida, observouse 14 bandas CMA subterminais e em H. itaobinus, sete bandas, com forte amplificação diferenciada na RON heterocromática. São discutidas as implicações taxonômicas e a evolução cariotípica para as espécies estudadas.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-09T14:05:48Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 569168 bytes, checksum: decebf3107d30e830c8a2d2c48a86ffd (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-09T14:05:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 569168 bytes, checksum: decebf3107d30e830c8a2d2c48a86ffd (MD5) Previous issue date: 2001-08-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Cromossomos B são cromossomos extras ao complemento normal, dispensáveis e que seguem suas próprias vias evolutivas, ou seja, têm um padrão de herança distinto do usual (mendeliano) entre os indivíduos que os carreiam. Eles podem se originar tanto intraespecificamente, a partir de quebra dos cromossomos do complemento normal, como interespecificamente, por transposição ou hibridação interespecífica. Estes cromossomos possuem uma característica típica resultante da sua evolução molecular, que os torna heterocromatinizados, com acúmulo de seqüências repetitivas e elementos transponíveis, ás vezes possuindo genes que podem ter efeitos diretos ou indiretos no “fitness” dos indivíduos que os apresentam. Em Partamona helleri foram encontrados indivíduos com até quatro cromossomos B. No intuito de obter informações sobre a origem e estrutura dos cromossomos B dessa espécie foi utilizada a técnica de RAPD para se isolar fragmentos de DNA associados a esses cromossomos. Verificou-se que a técnica de RAPD é útil para detectar seqüências específicas dos indivíduos portadores de cromossomos B. Um marcador RAPD associado aos cromossomos B em Partamona helleri, identificado previamente, foi isolado, clonado e seqüenciado. Os clones obtidos serão muito importantes para a construção de uma sonda específica para cromossomos B em Partamona helleri. Isto permitirá posterior hibridização in situ dessa sonda no genoma desta espécie e de outras relacionadas fornecendo dados sobre a origem dos cromossomos B. Um dos clones do marcador RAPD associado aos cromossomos B isolado foi seqüenciado. Uma análise desta seqüência mostrou que a mesma não codifica nenhuma proteína conhecida, não apresenta homologia com nenhuma outra seqüência específica de cromossomos B e possivelmente é característica de regiões de DNA repetitivo desses cromossomos de Partamona helleri. / B chromosomes are additional dispensable chromosomes that follow their own evolutionary pathway showing an unusual pattern of heredity (non-mendelian) among the individuals that carry them. The B chromosomes could be arised intraespecificaly as fragments of normal chromosomes, or interespecificaly for transposition or hybridization. The typical morphological traits of these chromosomes are results of their molecular evolution that become them heterochromatic, with repeated sequences and transposable elements, sometimes show genes affecting directly or indirectly the fitness of the individuals. Partamona helleri presented at most for chromosomes B per individual. In order to obtain information about the origin and structure of the B chromosomes of Partamona helleri was used a RAPD technical to isolated DNA fragments joined with these chromosomes. The work verified RAPD technical is useful to detect specific sequences of the individual with B chromosomes. One RAPD marker joined with B chromosomes in Partamona helleri, previously identified, was isolated, cloned and sequenced. The clones got will be so important to make specific probe to B chromosomes in Partamona helleri. This becomes possible in situ hybridization of this probe in the genome of this specie and other related species supply information about the origin of the B chromosomes. One of the clones of the RAPD marker joined with B chromosomes isolated was sequenced. Analysis of this sequence showed that it does not codify any protein known, does not present homology with any other B chromosome specific sequence and probably it is characteristic of repetitive DNA regions of the Partamona helleri B chromosomes. / Dissertação importada do Alexandria

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2828.pdf: 14647874 bytes, checksum: 8fb4ecaf07755c78ec51b1069a9943aa (MD5) Previous issue date: 2010-01-29 / Universidade Federal de Sao Carlos / Cyphocharax nagelii, Cyphocharax modestus, and Steindachnerina insculpta were the curimatid species analyzed in the present work. The objectives for all species were to identify sequences that could be used as chromosomal markers, to infer on the active mechanisms in their chromosomal evolution and of the family Curimatidae, and to determine indirectly the nucleotide composition of chromosomal regions. Additionally, the present work also aimed to analyze the B chromosome of C. nagelii, investigating the mitotic and meiotic behavior of this element and making inferences on its origins and evolution. The encountered diploid number was of 2n=54 with meta- and submetacentric chromosomes, corroborating the karyotypic macrostructure of the family Curimatidae. B chromosomes were detected in C. nagelii and analyses indicated that this element is potentially stable during mitosis. The presence of B chromosomes in other curimatid species suggests that this element represents an additional karyotypic differentiation mechanism. In the analyses of metaphase I cells of C. nagelii, the B chromosome behaved as a univalent, indicating possible segregation instability of this element. The C-banding technique evidenced heterochromatin blocks in the pericentromeric region of all chromosomes of the complement, as well as a few telomeric blocks, in the three studied species (B chromosomes in C. nagelii are heterochromatic). No chromosomal heteromorphisms regarding size, morphology, or C-banding pattern that could be associated with the presence of sex chromosomes were found in any of the three curimatid species. Microdissection of the B chromosome and consequent in situ hybridization with the produced probe showed that these elements share many mutual sequences, but the same does not occur with chromosomes of complement A of C. nagelii, C. modestus, or S. insculpta. The use of the base-specific CMA3/DAPI fluorochromes, silver nitrate staining, and 18S rDNA probes allowed the identification of 45S rDNA sites. These sites are present in an autossome pair in the three studied species, as well as in most curimatids. In C. nagelii and C. modestus, the 5S rDNA region is present in chromosome pairs 3 and 20; in S. insculpta only pair 3 contained the 5S rDNA gene. The presence of 5S rDNA in the third pair of the three described species points to a possible conserved location of this gene. A size difference was seen between the 5S rDNA sites, probably owing to the presence of two quantitavely different clusters of this ribosomal sequence. The B chromosomes of C. nagelii do not support 5S or 18S rDNA sequences and were not differentially marked by DAPI or CMA3. The hypothesis that karyotypic evolution in curimatids involves rearrangements of the centric fission/fusion and pericentric inversion type was suggested. Telomeric DNA sequences (TTAGGG)n were used in C. nagelii. The chromosomes of complement A as well as of complement B showed signs in the telomeric region. Furthermore, at least two autosome pairs exhibited telomeric sequences in an interstitial position, thus corroborating the hypothesis of centric fission/fusion evolution combined with pericentric inversion for the family Curimatidae. / Cyphocharax nagelii, Cyphocharax modestus e Steindachnerina insculpta, foram as espécies de curimatídeos analisadas no presente trabalho. Nas três espécies investigadas, os objetivos foram identificar sequências que pudessem ser usadas como marcadores cromossômicos, inferir sobre os mecanismos atuantes na evolução cromossômica destas espécies e paralelamente na família Curimatidae e ainda, determinar indiretamente a composição nucleotídica de regiões cromossômicas. Além disso, também foi objetivo do presente trabalho a análise do cromossomo B de C. nagelii, procurando investigar o comportamento mitótico e meiótico deste elemento e fazer inferências sobre sua origem e evolução. O número diplóide encontrado foi 2n=54 com cromossomos meta- ou submetacêntricos, corroborando a macroestrutura cariotípica da família Curimatidae. Foi detectada a presença de cromossomos B em C. nagelii, e as análises indicaram que este elemento seria mitoticamente estável. A presença de cromossomos B em outras espécies de curimatídeos sugere que este elemento represente um mecanismo de diferenciação cariotípica adicional. Nas análises de células metafásicas I de C. nagelii, o cromossomo B comportou-se como um univalente, indicando uma possível instabilidade segregacional desse elemento. A técnica de bandamento C, evidenciou blocos de heterocromatina na região pericentromérica de todos os cromossomos do complemento, e alguns blocos teloméricos, nas três espécies estudadas; os cromossomos B de C. nagelii são heterocromáticos. Nas três espécies de curimatídeos não foram encontrados heteromorfismos cromossômicos, quanto ao tamanho, morfologia ou padrão de bandamento C, que pudessem estar associados à presença de cromossomos sexuais. A microdissecção cromossômica do B e a conseqüente hibridação in situ com a sonda produzida, mostraram que estes elementos compartilham muitas seqüências entre si, mas, o mesmo não ocorre com os cromossomos do complemento A de C. nagelii ou de C. modestus e S. insculpta. O uso dos fluorocromos base-específicos CMA3/DAPI, impregnação por nitrato de prata e sondas de rDNA 18S, permitiram a identificação dos sítios de rDNA 45S. Estes sítios estão presentes em um par de autossomos nas três espécies estudadas, assim como na maioria dos curimatídeos. Em C. nagelii e em C. modestus a região de rDNA 5S, está presente nos pares cromossômicos 3 e 20; em S. insculpta apenas o par 3 continha o gene de rRNA 5S. A presença de rDNA 5S no par 3 das três espécies descritas, aponta para uma possível localização conservada desse gene. Foi constatada uma diferença de tamanho entre os sítios de rDNA 5S, devido provavelmente a presença de dois clusters quantitativamente diferentes desta seqüência ribossômica. Os cromossomos B de C. nagelii não comportam seqüências de rDNA 5S ou 18S e não foram marcados diferencialmente pelo DAPI ou CMA3. A hipótese de que a evolução cariotípica nos curimatídeos envolveria, rearranjos do tipo fissão/fusão cêntrica e inversão pericêntrica, foi sugerida. Seqüências de DNA telomérico (TTAGGG)n foram utilizadas em C. nagelii. Os cromossomos do complemento A, bem como os cromossomos B mostraram sinais na região telomérica. Além disso, pelo menos dois pares autossômicos mostraram seqüências teloméricas na posição intersticial, corroborando a hipótese de evolução por fissão/fusão cêntrica e inversão pericêntrica para família Curimatidae.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2777.pdf: 1474106 bytes, checksum: 08188d9977e7cf4e37500f864a9fa7f1 (MD5) Previous issue date: 2010-02-05 / Universidade Federal de Minas Gerais / The Brazilian freshwater ichithyofauna corresponds nearly 55% of species at Neotropical zone, including about 2.500 species grouped in 39 families and belonging to nine orders. Auchenipteridae comprises 20 genera and 90 species. Parauchenipterus presents a widely distribution, occurring across South América, appearing at Paraná- Paraguai, Amazônia, Orenoco Guianas and São Francisco basin, and Brazil´s East. Parauchenipterus galeatus occurs in different Brazilian basins, as Amazon, Prata and São Francisco. The present study describes through basic and molecular cytogenetic, and the sequence of mitochondrial DNA control region, three populations of Parauchenipterus galeatus from Paraná and São Francisco basin, and a probable natural (Wetland of Cururu) and artificial (Piumhi river transposition) connections between this two basins. The diploid number was equal to 58 chromosomes for the three populations; however, variations at the karyotype formula where detected (São Francisco, 22m+16sm+12st+8a; Piumhi, 20m+16sm+14st+8a; Paraná, 24m+18sm+8st+8a). At São Francisco population supernumerary chromosomes where detected. These Bchromosomes are small, metacentric, totally heterochromatics and have numeric variation intra and interindividual. The heterochromatin is located in terminal position from almost all chromosomes, and some metacentric, submetacentric, and subtelocentric chromosomes presents bitelomeric marks, and small pericentromeric blocks in some acrocentric chromosomes, occurring at the three populations. Ag-NORs presented simple at the short arm in an acrocentric pair from all populations, changing only the pair containing this site. In situ hybridization with rDNA 18S probes confirm the chromosome pair evidenced by Ag-NOR in all three populations. The rDNA 5S sites are interstitials, located in two submetacentric chromosome pairs, occurring at short/long arms in all three populations, changing only the pair containing this site. A 847 base pair fragment was amplified through D-loop sequence region from mitochondrial DNA in the three populations, presenting 65 polymorphic sites. The chromosome markers (classic and molecular) and mitochondrial DNA control region analysis shown that Piumhi river population probably already exists at this basin before the transposition. This proposing is based at the chromosome differences between those populations from different basins and mitochondrial DNA sequences, besides the detection of exclusive haplotypes of D-loop from each populations. The control sequences of DNA mitochondrial indicates a strong populational structuring, due to the fixation of molecular table of contents calculated and the fact that each population presents exclusive haplotypes, wich suggests the absence of genic flood among them. However, the chromosome differences show a bigger similarity between São Francisco and Piumhi than Paraná river population. The genetic distance detected among this population trhough the mitochondrial DNA sequences reinforces this nearness between São Francisco and Piumhi. This indicates that possibly this population diverge more recently when compared to Paraná river. The population located on the transposition region presented just one haplotype detected, which indicates the absence of genetic diversity. The present study suggests that, this low diversity is current of a possible population bottle neck with posterior effective size reducing of a population that probably habitats an old wetland (of Cururu) presents at this tansposition region. At the present study, the classic and molecular chromosome markers, allied to the natural basin formation historic context, ecological species aspects, geographic isolation between the basins and into the same basin were used to discuss the biogeographical possible relationship among the Parauchenipterus galeatus populations from different locations. / A ictiofauna de água doce correspondente ao território brasileiro representa aproximadamente 55% das espécies na região Neotropical, compreendendo cerca de 2.500 espécies, distribuídas em 39 famílias e pertencentes a nove ordens. Auchenipteridae compreende um grupo de peixes endêmicos da região Neotropical, possuindo 20 gêneros e cerca de 90 espécies. Nesta família, Parauchenipterus apresenta ampla distribuição, ocorrendo por toda América do Sul, estando presente nas bacias do Paraná-Paraguai, Amazônica, Orenoco, Guianas, São Francisco e Leste do Brasil. Parauchenipterus galeatus ocorre em diferentes bacias hidrográficas brasileiras, como Amazonas, Prata e São Francisco. O presente trabalho caracterizou através de técnicas de citogenética básica e molecular, e o seqüenciamento da região controle do DNA mitocondrial três populações de P. galeatus das bacias dos rios Paraná, São Francisco e uma região de provável conexão natural (antigo Pantanal do Cururu) e artificial (transposição do rio Piumhi) entre essas duas bacias. Dessa forma, buscou-se inverstigar qual apossível origem da população de P. galeatus presente na região de transposição, além dos possíveis efeitos que essa ação antrópica poderia causar para espécie em estudo. O número diplóide igual a 58 cromossomos se manteve constante entre as populações, entretanto, variações na fórmula cariotípica foram detectadas (São Francisco, 22m+16sm+12st+8a; Piumhi, 20m+16sm+14st+8a; Paraná, 24m+18sm+8st+8a). Na população do rio São Francisco foi detectado a presença de cromossomos supranumerários. Esses cromossomos B são pequenos, metacêntricos, totalmente heterocromáticos e possuem variação numérica intra e interindividual. A heterocromatina está localizada em posição terminal de quase todos os cromossomos, com marcação bitelomérica em alguns cromossomos metacêntricos, submetacêntricos e subtelocêntricos, e pequenos blocos pericentroméricos em alguns cromossomos acrocêntricos nas três populações. Ag-RONs apresentaram-se simples no braço curto de um par subtelocêntrico nas três populações, variando apenas o par portador deste sítio. Hibridização com sonda de rDNA 18S confirmou o par cromossômico evidenciado pelo nitrato de prata nas três populações. Os sítios de rDNA 5S estão localizados em dois pares cromossômicos submetacêntricos em posição intersticial no braço curto/longo de cada um deles nas três populações, variando apenas os pares portadores destas seqüências. Foi obtido um fragmento de 847 pares de bases através do seqüenciamento da região D-loop do DNA mitocondrial das três populações com um total de 65 sítios polimórficos. Os marcadores cromossômicos (clássicos e moleculares) e análise da região controle do DNA mitocondrial mostraram que a população do rio Piumhi possivelmente já existia nesta bacia antes de ocorrer essa transposição. Tal proposição é baseada nas diferenças cromossômicas entre as populações dessas diferentes bacias e nas diferenças nas sequências de DNA mitocondrial. Além da detecção de haplótipos exclusivos de cada população para região D-loop. As sequências da região controle do DNA mitocondrial indicam forte estrurução populacinal devido ao índice de fixação molecular calculado e ao fato de que cada população apresenta haplótipos exclusivos, o que sugere a ausência de fluxo gênico entre elas. Além disso, as diferenças cromossômicas mostram maior similaridade entre São Francisco e Piumhi do que em relação à população do rio Paraná. A distância genética detectada entre as poulações através das sequências do DNA mitocondrial também reforçam essa maior proximidade entre São Francisco e Piumhi. Isto indica que possivelmente essas duas populações divergiram mais recentemente do que quando comparada à população do rio Paraná. A população presente na região de transposição apresentou apenas um haplótipo detectado, o que indica a ausência de diversidade genética. Sugere-se no presente trabalho, que esta baixa diversidade seja decorrente de um possível gargalo populacional com posterior diminuição do tamanho efetivo de uma população que possivelmente habitava um antigo pantanal (do Cururu) presente nessa região de transposição. Dessa forma, os marcadores cromossômicos e a análise molecular, aliados ao contexto histórico natural de formação de bacias hidrográficas, aspectos ecológicos da espécie, isolamento geográfico de populações entre as bacias hidrográficas e dentro de uma mesma bacia foram considerados para discutir as possíveis relações biogeográficas entre populações de P. galeatus de diferentes localidades.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 370964 bytes, checksum: 4fbb1985432d879bf053fe1416468899 (MD5) Previous issue date: 2008-10-06 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / B chromosomes, called supernumerary or accessory too, has been founded in fungi, plants and animals. This chromosomes have a rate of no mendelian segregation and he can occurs, since one to many copies by individual. In the gender Partamona, of six citogenetic characterazed species nowadays, only P. helleri owned B chromosome. RAPD mark has been identified as associated to this chromosome in a colony from Viçosa City-MG. After this, it has been cloned, sequenciated and transformated in a SCAR mark. This same mark has been identified in P. cupira, P. criptica and P. rustica, what suggested this species have B chromosome, too. Moreover, this same mark has been identified in a colony of Salvador City-BA. whose individuals have a big heterochromatic B chromosome. How it's possible that there is a association between the presence of B chromosomes, this work had as aim detect the presence of B chromosome in P. cupira and verified a possible association between them and the presence of SCAR mark described above. Another object was the sequenciation of SCAR fragment from P. cupira, P. criptica, P. rustica and P. helleri (Salvador City-BA), with the aim of comparer the level of identity between the SCAR sequences. As resulted, the four colony at all from P. cupira analised, only two ownied the chromosomic number 2n=34, otherwise the other two colonies ownied same individuals that demonstrated have the presence of a great B chromosome (GUI 1 E GUI 11). Another observation was CMA3 mark in the short arm of this supernumerary chromosomes, what suggest that them may have owned ribossomal DNA sequeces. Moreover, it has been verified a clear association between the presence of SCAR mark and B chromosomes in the individuals from colonies GUI 1 E GUI 11. It's considered that sequences compared at all, have been only same gaps and almost none variable site, between them, what suggests that the level of identity between sequences is extremely high. It's suggests some kind of importance in relation to the adaptation of chromosome B, nowadays unknown, or the born of B, throw interspecific mating no detected yet. Future studies will analyze the different hypothesis about the origin of B chromosomes in the genera Partamona and the association between fragments from SCAR primers with the presence of Bs in P. criptica, P. rustica e P. helleri (Salvador City-BA). / Cromossomos B, também chamados de cromossomos extra- numerários ou acessórios ocorrem em fungos, plantas e animais. Estes cromossomos possuem um padrão de segregação não mendeliano, podendo existir de uma a várias cópias por indivíduo. No gênero Partamona, de seis espécies caracterizadas citogeneticamente até então, somente P. helleri apresentou cromossomo B. Um marcador RAPD foi identificado como associado a esse cromossomo em uma colônia oriunda de Viçosa-MG, sendo posteriormente clonado, sequenciado e transformado em marcador SCAR. Este mesmo marcador foi identificado em P. cupira, P. criptica e P. rustica, o que sugere que estas espécies também possuem cromossomos B. Além disso, esse mesmo marcador foi detectado em indivíduos de um ninho de P. helleri de Salvador - BA, cujos indivíduos possuíam um grande cromossomo B heterocromático. Podendo haver uma ligação entre a presença do marcador SCAR nestas espécies e a presença de cromossomos Bs, este trabalho teve como objetivo detectar a presença de cromossomos B em P. cupira e verificar se existe uma associação entre ele e a presença do marcador SCAR descrito acima. Um outro objetivo foi o sequenciamento dos fragmentos SCARs de P. cupira, P. criptica, P. rustica e P. helleri de Salvador-BA, com o propósito de comparar o nível de identidade entre as sequencias de SCAR. Como resultado, das 4 colônias de P. cupira analisadas, duas apresentaram o número de 2n=34, ao passo que as outras duas apresentaram em alguns indivíduos um cromossomo B de grande tamanho (colônias GUI 1 e GUI 11). Observou-se ainda, uma marcação de CMA3 no braço curto destes cromossomos extranumerários, o que sugere que o mesmo pode conter sequencias de genes de DNA ribossomal nesta espécie. Verificou-se também uma clara associação entre a presença do marcador SCAR e a de cromossomos B, nos indivíduos das colônias GUI 1 e GUI 11. Levando em conta que as sequências, comparadas em conjunto possuíam apenas alguns gaps e quase nenhum sítio variável entre elas, pode-se dizer que o nível de identidade entre elas é extremamente alto, o que sugere algum tipo importância adaptativa em relação ao cromossomo B, ainda desconhecida, ou o surgimento deste último, através de cruzamentos interespecíficos, ainda não detectados entre as espécies do gênero. Estudos futuros deverão analisar as diferentes hipóteses levantadas sobre a origem dos cromossomos B no gênero Partamona, bem como a associação dos fragmentos oriundos dos primers SCAR de P. helleri com a presença destes cromossomos em P. criptica, P. rustica e P. helleri de Salvador BA.

Made available in DSpace on 2017-07-21T20:00:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Patricia Barbosa.pdf: 1571215 bytes, checksum: daac7b661ca93cbfd05ca0e7cda85213 (MD5) Previous issue date: 2013-02-08 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The most part of the eukaryote genomes is constituted for repetitive DNA or multiple copies DNA, which has already been considered as “junk”, may be associated to the heterochromatin. In this study three Astyanax scabripinnis populations from Pindamonhangaba and Guaratinguetá (SP, Brazil) rivers and stream and one population from Maringá (PR, Brazil) were analyzed about the nucleolar organizing region (NORs), As51 satellite DNA, 18S and 5S rDNA location. Moreover, repetitive sequences were isolated and mapped through Cot-1 technique, which showed homology with UnaL2, a LINE type retrotransposon. The fluorescent in situ hybridization (FISH), with the isolated built retrotransposon probe, evidenced disperse labeled and stronger in centromeric and telomeric chromosomes regions, co-located and interspersed with the 18S DNAr and As51, proven by the fiber-FISH technique. The B chromosome of those populations showed very conspicuous labeled with the LINE probe, also co-located with the As51 sequences. The NORs were actives in a single site of a homologue pair in all three populations, with no evidence that the transposable elements and repetitive DNA have influence in its regulation at the performed analyzes level. / A maior parte do genoma dos eucariotos é constituída por DNA repetitivo ou DNA de múltiplas cópias, o qual já foi considerado “lixo”, podendo estar associado à heterocromatina. Neste estudo foram analisadas três populações de Astyanax scabripinnis provenientes de rios e córregos de Pindamonhangaba e Guaratinguetá (SP, Brasil) e uma população da cidade de Maringá (PR, Brasil) quanto a localização das regiões organizadoras de nucléolo (RONs), DNA satélite As51, DNA ribossomal (DNAr) 18S e DNAr 5S. Ainda, foram isoladas e mapeadas sequências repetitivas por meio da técnica de Cot-1, que mostrou homologia com UnaL2, retrotransposon do tipo LINE. A hibridação in situ fluorescente (FISH), com sonda construída para o retrotransposon isolado, evidenciou marcações dispersas e mais concentradas em regiões centroméricas e teloméricas dos cromossomos, co-localizadas e interespaçadas com DNAr 18S e As51, comprovada pela técnica de fiber-FISH. O cromossomo B das populações mostrou marcações bastante conspícuas com a sonda LINE, também co-localizada com sequências As51. As RONs apresentaram-se ativas em sítios únicos de um par homólogo nas três populações, não havendo indícios de que elementos transponíveis e DNA repetitivo tenham influência na sua regulação ao nível das análises realizadas.

Orientador: Fausto Foresti / Resumo: Characidium é um grupo de peixes amplamente distribuídos pela região Neotropical, embora seja considerado o mais especioso dentro de Crenuchidae, do ponto de vista citogenético o número de espécies investigadas ainda é baixo, o que dificulta a caracterização quanto a organização cromossômica do gênero. Em relação ao número diploide, as espécies de Characidium conservaram um cariótipo com 2n = 50 cromossomos, do tipo metacêntricos e submetacêntricos (com exceções), o que resulta em uma macroestrutura homogênea para o grupo. Porém, investigações utilizando sequências repetitivas têm contribuído para ilustrar que a organização microestrutural cromossômica pode diferir entre as espécies, refletindo o hábito destes peixes constituírem populações pequenas e isoladas em cabeceiras de riachos. Adicionalmente, algumas espécies de Characidium também foram descritas portando cromossomos B em seus cariótipos, e a utilização de ferramentas citomoleculares têm contribuído para explorar quanto a origem e evolução destes componentes cariotípicos. Neste sentido, o objetivo do presente estudo foi agregar técnicas citomoleculares com resultados de sequenciamento massivo, para tentar compreender a ocorrência de cromossomos B no genoma de Characidium sp. aff. C. vidali. Os resultados obtidos mostraram que i) o mapeamento físico de diferentes sondas de DNA repetitivo contribuíram não apenas para caracterizar o cariótipo da espécie em estudo, como também adicionaram mais informações quanto a organi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Characidium is a group of fish widely distributed in the Neotropical region, although it is considered the most specious within Crenuchidae, from the cytogenetic point of view the number of species investigated is still low, which makes it difficult to characterize the chromosomal organization of the genus. In relation to the diploid number, Characidium species retained a karyotype with 2n = 50 chromosomes, metacentric and submetacentric (with exceptions), resulting in a homogeneous macrostructure for the group. However, investigations using repetitive sequences have contributed to illustrate that the chromosomal microstructural organization may differ between species, reflecting the habit of these fish constituting small and isolated populations in headwaters of streams. In addition, some species of Characidium have also been described carrying B chromosomes in their karyotypes, and the use of cyto-molecular tools has contributed to explore the origin and evolution of these karyotype components. In this sense, the objective of the present study was to aggregate cyto-molecular techniques with massive sequencing results to try to understand the occurrence of B chromosomes in the genome of Characidium sp. aff. C. vidali. The results showed that i) the physical mapping of different repetitive DNA probes contributed not only to characterize the karyotype of the species under study, but also added more information about the organization and evolution of the chromosomal microstruct... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-08-30T12:00:23Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_IntegracaoEstudosCromossomicos.pdf: 1817366 bytes, checksum: 3c1634ef74508886d0d4b52b6d5a125d (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-08-31T12:39:11Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_IntegracaoEstudosCromossomicos.pdf: 1817366 bytes, checksum: 3c1634ef74508886d0d4b52b6d5a125d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-31T12:39:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_IntegracaoEstudosCromossomicos.pdf: 1817366 bytes, checksum: 3c1634ef74508886d0d4b52b6d5a125d (MD5) Previous issue date: 2016-05-16 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / A Ordem Gymnotiformes é composta por 219 espécies válidas, que estão distribuídas em cinco famílias. Os gêneros mais investigados são Eigenmannia e Gymnotus. Nosso trabalho concentrou-se na família Rhamphichthyidae, gênero Rhamphichthys que, assim como os demais Gymnotiformes, apresentam maior abundância e diversidade na região Amazônica. Foram realizadas coletas nos municípios de Abaetetuba, Barcarena e Belém (Pará) e em Tefé, Reserva Ecológica de Mamirauá (Amazonas), com objetivo de melhor definir as espécies, através da integração de dados citogenéticos clássicos, citogenômicos (através das sondas de sequências repetitivas de DNA) e do DNA Barcoding e assim compreender a evolução deste gênero de peixes na Amazônia. Foram identificados um novo citótipo para o gênero R. rostratus com a presença de cromossomos B e fórmula cariotípica FC=48m/sm+2st/a+(5-10)B, um novo citótipo da região do Amazonas, Rhamphichthys sp. FC = 44m/sm +6st/a, e também de R. marmoratus, FC = 46+4st/a no estado do Pará. A análise das sequências repetitivas nos novos citótipos demonstrou que as sondas de 18S são coincidentes com as regiões de constrição secundárias que são marcadas com nitrato de prata na técnica de coloração clássica da NOR. As sondas de DNA 5S marcam sítios múltiplos, deixando evidente que a evolução da família de genes ribossomais ocorre de maneira independente, pelo menos no gênero Rhamphichthys. Os retroelementos REX1 e REX3 marcaram de forma dispersa pelo genoma, como já foi descrito na literatura para outros peixes. O elemento REX1 marca ainda a região de constrição secundária em R. rostratus, o que também já foi descrito em outras espécies de peixes que habitam ambientes poluídos, expostos a estresses ambientais e também em indivíduos híbridos. A análise de DNA barcoding permitiu a construção de uma árvore bayesiana, que está de acordo com os dados de citogenética. Assim, as populações de R. rostratus com e sem cromossomos B constituem taxa distintos. Por sua vez, a amostra de Mamirauá, aqui denominada Rhamphichthys sp. por não haver sido descrita formalmente, é mais similar tanto nos dados cariotípicos como na análise de barcoding a R. hanni do Sudeste brasileiro. Nossos dados apontam para um número subestimado de espécies em Rhamphichthys, o que reforça a necessidade de uma revisão taxonômica para o gênero. / The Order Gymnotiformes is composed by 219 valid species, which are distributed in five families. The most investigated genera are Eigenmannia and Gymnotus. Our work focused on family Rhamphichthyidae, genus Rhamphichthys that, like other Gymnotiformes, present greater abundance and diversity in the Amazon region. Sampling was carried out in the municipalities of Abaetetuba, Barcarena and Belém (Pará) and Tefé, Ecological Reserve Mamirauá (Amazonas), in order to better define the species, through the integration of classical cytogenetic data, cytogenomic analysis (probes for repetitive DNA sequences) and DNA Barcoding and thus understand the evolution of this fish in the Amazon. A new karyotype was identified for R. rostratus with the presence of B chromosomes and karyotype formula FC = 48m / sm + 2st / a + (5-10) B, as well as a new cytotype from the Amazon region, in Rhamphichthys sp. FC = 44m / sm + 6st / a, and also in R. marmoratus, FC = 46 + 4st / a in the state of Pará. The analysis of repetitive sequences in the new cytotypes demonstrated that probes 18S coincided with the regions of constriction secondary that are marked with silver nitrate in the classical NOR staining technique. The DNA probes 5S mark multiple sites, letting clear that the evolution of the ribosomal gene family is independent, at least in the genus Rhamphichthys. Retroelements REX1 and REX3 marked in a dispersed fashion throughout the genome, as already described in literature for other fishes. The REX1 element also marks the secondary constriction in R. rostratus, which has also been described in other species of fishes that inhabit polluted environments, exposed to environmental stresses and also in hybrid individuals. The barcoding DNA analysis allowed the construction of a Bayesian tree, which is in agreement with the cytogenetic data. Thus, populations of R. rostratus with and without B chromosomes are separate taxa. In turn, the sample from Mamirauá, herein called Rhamphichthys sp., since it was not been formally described, it is more similar in both karyotypic data as the barcoding analysis with R. hanni from southeastern Brazil. Our data let clear that the number of species in Rhamphichthys is underestimated, which reinforces the need for a taxonomic revision of the genus.