<p>Recently, the Conway-Maxwell Poisson (COM-Poisson) cure rate model has been proposed which includes as special cases some of the well-known cure rate models discussed in the literature. Data obtained from cancer clinical trials are often right censored and the expectation maximization (EM) algorithm can be efficiently used for the determination of the maximum likelihood estimates (MLEs) of the model parameters based on right censored data.</p> <p>By assuming the lifetime distribution to be exponential, lognormal, Weibull, and gamma, the necessary steps of the EM algorithm are developed for the COM-Poisson cure rate model and some of its special cases. The inferential method is examined by means of an extensive simulation study. Model discrimination within the COM-Poisson family is carried out by likelihood ratio test as well as by information-based criteria. Finally, the proposed method is illustrated with a cutaneous melanoma data on cancer recurrence. As the lifetime distributions considered are not nested, it is not possible to carry out a formal statistical test to determine which among these provides an adequate fit to the data. For this reason, the wider class of generalized gamma distributions is considered which contains all of the above mentioned lifetime distributions as special cases. The steps of the EM algorithm are then developed for this general class of distributions and a simulation study is carried out to evaluate the performance of the proposed estimation method. Model discrimination within the generalized gamma family is carried out by likelihood ratio test and information-based criteria. Finally, for the considered cutaneous melanoma data, the two-way flexibility of the COM-Poisson family and the generalized gamma family is utilized to carry out a two-way model discrimination to select a parsimonious competing cause distribution along with a suitable choice of a lifetime distribution that provides the best fit to the data.</p> / Doctor of Philosophy (PhD)

La recherche consiste à mettre en relation les théories philosophiques et psychiatriques ayant émergé avec le mouvement de la psychothérapieinstitutionnelle en France avec les espaces physiques construits pour et par ce mouvement. Il s’agit d’une étude de cas du milieu bâti de la clinique de La Borde à la lumière des principes de réseau et de relations, des principes d’ensemble organique et de déconstruction de cet ensemble, et enfin, de la relation entre architecture et langage. Le but est de proposer une forme d’analyse spatiale reposant sur la compréhension des mouvements de pensée structurants pour un espace donné et de com-prendre en quoi l’espace vécu contribue à la formation de ces théories.Il s’agit également de positionner l’environnement bâti comme l’une des composantes du milieu parmi d’autres. En ce sens, nous nous proposons d’étudier la clinique de La Borde comme une machine spatiale construite pour et par la relation, ce qui implique la nécessité d’avoir une variété et un renouvellement constant des espaces physiques, de leurs signifiants et des séquences spatiales.

Le stress en soins palliatifs est documenté par de nombreux auteurs à ce jour. Il est ainsi relié à de nombreux aspects eu égard à la nature du travail et à la structure de l'organisation dans laquelle évolue le personnel soignant et accompagnant. Les milieux spécifiques dédiés aux soins palliatifs sont par ailleurs reconnus comme un élément protecteur de la santé psychologique par rapport aux autres milieux. Cependant, les études autour des maisons de soins palliatifs sont peu nombreuses. Ainsi, ce mémoire s'intéresse à la réalité des intervenants en maison de soins palliatifs, aux aspects protecteurs et aux aspects présentant un défi pour la santé psychologique. Pour ce faire, nous avons mené une étude qualitative auprès du personnel employé en utilisant trois cadres théoriques intégrés (le modèle job demands-resources, la nomenclature des risques psychosociaux du Collège d'expertise sur le suivi des risques psychosociaux au travail ainsi que le modèle de résilience en soins palliatifs de fin de vie de Back, et al. (2016)). Au total, 20 employés ont été rencontrés. Les résultats de l'étude montrent un équilibre entre les facteurs de risque et de protection de la santé psychologique. L'intensité du travail, les conflits de rôles, la communication et la conciliation vie professionnelle-vie privée comme des demandes constituent des risques pour la santé psychologique. Parallèlement, la capacité d'apprentissage, l'autonomie procédurale, le soutien offert, le collectif de travail, le travail d'équipe, la communication et le sens du travail participent à titre de leviers favorables pour la santé psychologique. Il semble par ailleurs que certains aspects structurels puissent jouer parallèlement en tant que déterminants de l'environnement psychosocial. Ces résultats permettent ainsi de regarder les aspects sur lesquels mettre l'accent pour prévenir la santé psychologique au travail tout en reconnaissant les aspects protecteurs d'une maison de soins palliatifs pour la santé.

Les matières colorantes sont des vestiges encore mal connus de nos jours. L'intérêt qu'elles suscitent tient à ce qu'elles sont susceptibles de révéler des pratiques techniques diverses et complexes, mais il tient aussi à leur forte potentialité à traduire des pratiques symboliques du fait de leur pouvoir colorant intense et des couleurs exploitées : le rouge et le noir qui sont encore aujourd'hui investis d'une forte valeur symbolique. Dans un contexte aussi particulier que celui de la transition entre le Paléolithique moyen et le Paléolithique supérieur, ces vestiges ont été mis au jour en abondance et demandent à être analysés pour restituer les modes de vie des derniers hommes de Neandertal. C'est sur le gisement châtelperronien de la grotte du Renne à Arcy-sur-Cure (Yonne), fouillé de 1949 à 1963 par André Leroi-Gourhan, que les nombreuses matières colorantes découvertes ont conduit à échafauder des théories concernant leurs transformations et leurs utilisations qui méritaient d'être éprouvées. En effet, il est supposé, depuis leur découverte, qu'elles ont fait l'objet d'un chauffage contrôlé qui visait à en modifier la couleur, le chauffage permettant de transformer les matières colorantes jaunes en orangées, en rouges et en violacés. De cette hypothèse découle la théorie selon laquelle les Néandertaliens ont exploité les matières colorantes en tant que pigment pour des réalisations symboliques, voire d'ordre esthétique, ce qui n'a pas encore pu être prouvé. Notre étude, fondée sur le croisement des données issues des analyses de la nature physico-chimique et pétrographique des assemblages de matières colorantes, mais aussi sur leur intégration dans le gisement, en association avec des structures d'habitat dont la conservation est exceptionnelle, et sur une série d'expérimentations visant à caractériser les poudres obtenues par différents moyens (broyage et concassage d'une part, abrasion d'autre part) ont permis de définir les choix techniques qui ont présidé à l'approvisionnement en matières colorantes dans tous les niveaux d'occupation châtelperroniens de la grotte du Renne. Il a ainsi été possible de démontrer qu'aucune des matières colorantes, rouges ou noires, n'a fait l'objet d'un chauffage préalablement à son utilisation, bien au contraire de ce qui avait été supposé jusqu'ici. Ces matières colorantes ont fait l'objet d'un approvisionnement raisonné auprès de formations géologiques affleurant ponctuellement à plus de 10~km et à environ 5~km de la grotte. L'exploitation de ces gîtes de matières premières colorantes a été la même durant toute la séquence châtelperronienne et s'est orientée préférentiellement vers des matériaux que l'on peut aisément réduire en poudre. Une partie était grossièrement réduite en poudre afin de recouvrir de grandes surfaces (sols, peaux de bêtes) dans le but de les assainir, alors qu'une autre partie des matières colorantes était destinée à des activités plus minutieuses nécessitant leur emploi sous forme d'une poudre fine, régulière et extrêmement colorante. Dans ce dernier cas, les Néandertaliens de la grotte du Renne ont entrepris d'exploiter ces produits en association avec le travail des matières osseuses (os et ivoire de mammouth) mais aussi pour leur couleur. L'assemblage des matières colorantes de la grotte du Renne révèle un profond ancrage des connaissances et de la compréhension des multiples propriétés et qualités des matières colorantes intensément mises à profit de telle sorte que le gisement châtelperronien était tout de rouge et noir et la chaîne opératoire qu'il été possible de restituer relève d'inventions techniques abouties, très élaborées dans leur genre pour l'état des observations ingénieuses, des découvertes et donc de la pensée qu'elles supposent et des capacités dont elles témoignent. / Despite an increasing number of studies, colouring materials are still poorly understood among excavation remains. Their attraction lies in their capacity to bring to light diverse and complex skills, but also in their intense colouring power and their contrasting colours: red and black, which still possess a symbolic value. These highly-symbolic materials may, therefore, highlight the “conceptual” practices of prehistoric men and give access to their symbolic world and thought. In such a particular context as the transition between the Middle and the Upper Palaeolithic, these remains, which are very abundant in most excavations, offer the possibility, through analysis, to get an exceptional insight into the way of life of the last Neanderthals. The Châtelperronian site of the “Grotte du Renne”, in Arcy-sur-Cure (Yonne), is a landmark. It was excavated beween 1949 and 1963 by André Leroi-Gourhan: Numerous colouring materials were discovered there, and Leroi-Gourhan developed theories about their transformation and uses which so far have not been tested, and have remained unchallenged. Since their discovery, the assumption is that those minerals were heated in a controlled way, in order to modify their colour. It is indeed well-known that heat transforms yellow materials (iron oxides) in orange, red or purple materials (other iron oxides). From this hypothesis originates the theory according to which Neanderthals exploited colouring materials as pigments for symbolic or even aesthetic purposes. But the theory has so far never been proved true. Our study combines several sets of data, obtained from different methods. Physico-chemical and petrological analyses were carried out on the colouring materials. These data were related to their location on the site, in association with exceptionally well preserved “hut” structures. Furthermore, a series of experimentations, aimed to characterize powders obtained via different methods (grinding and crushing on the one hand, abrasion on the other hand). The comparison of all these data enabled us to identify the various technical choices which informed the supply in colouring minerals in all the Châtelperronian levels of the Grotte du Renne. It was thus possible to demonstrate that none of these materials, either red or black, was heated before being used, contrary to what had been assumed so far. The supply in colouring materials was as carefully organised as for other materials (flint, for example); they were collected in geological formations occasionally showing on the surface, at more than 10 km from the cave. The exploitation of these geological sites did not vary during the whole Châtelperronian period, and privileged materials which can easily be ground into powder. Part of their supply was ground coarsely in order to cover large surface areas (soils or hides) as preservative or to clean them up. The remaining materials were destined to more meticulous activities, which required a fine, regular, and highly-colouring powder. In this latter case, the Neanderthals of the Grotte du Renne used those products when working on bone materials (bone or mammoth ivory), and used them also for their sheer colour. The set of colouring minerals from the Grotte du Renne reveals Neanderthals’ in-depth knowledge of materials; they understood perfectly well their properties and qualities, and used them extensively, so that the Châtelperronian site must have been a literally dazzling sight, all red and black. The “chaîne opératoire” which transpires from our analysis shows very sophisticated techniques, and an advanced “technological” knowledge. They are witness to surprising capacities and a highly-evolved pattern of thought. Keywords: Colouring materials; Ochre; Haematite; Manganese; Middle/Upper Palaeolothic transition; Châtelperronian; Arcy-sur-Cure; Grotte du Renne; Heating; Grinding; Skhul; Les Maîtreaux; Combe Saunière.

Confrontés à de nouvelles réalités cliniques, institutionnelles et sociétales, les thérapeutes familiaux sont de plus en plus souvent amenés à aménager leurs « cadres », inaugurant de nouvelles configurations de Thérapie Familiale Psychanalytique qui interpellent les fondements épistémologiques du modèle de référence. L’auteure propose d’aborder cette problématique dans une double perspective de « travail auto-méta » (R. ROUSSILLON, 2001), recouvrant d’une part une réflexion sur les invariants fonctionnels fondamentaux de l’action analytique familiale ; d’autre part l’élaboration de quelques vertex à partir desquels appréhender de façon intégrative ses divers modes d’actualisation clinique contemporains. Sur la base de l’analyse différentielle des logiques processuelles à l’œuvre dans deux TFP « aménagées », cette recherche propose ainsi d’en dégager quelques axes de lecture transversale, en lien avec les modalités spécifiques de remise en transitionnalité et au travail de transitionnalité du fonctionnement psychique familial mobilisées dans des situations où les opérateurs thérapeutiques classiques ne sont pas accessibles, opérants ou exploitables par les familles. Sont plus particulièrement mises en réflexion les conditions auxquelles différentes formes d’expériences interactionnelles concrètes peuvent alors tenir fonction de suppléance au partage onirique familial, à la faveur d’un processus de co-construction, en trouvé/créé dans l’actualité du néo-groupe, des ressources transitionnalisantes du cadre thérapeutique. Suggérant de concevoir le « travail du préconscient familial » comme repère métapsychologique transversal aux différentes pratiques de TFP, l’auteur esquisse sur cette base quelques pistes de modélisation relatives à l’« effet d’outsight » (P. DUBOR, 1996) qui en organise le déploiement dans ces conditions où la dynamique interfantasmatique se soutient d’un détour par le réel extérieur d’étayages matérialisés (méta-cadre institutionnel, supports de médiations). Cet angle d’approche invite à réenvisager les préceptes de la « cure-type familiale », édifiés sur le modèle du rêve, à la lumière de voies et formes d’expression processuelle empruntant davantage au modèle du jeu mais relevant d’une même essence profonde. / Faced with new clinical, institutional and societal realities, family therapists are increasingly called upon to adjust their “settings”, introducing new configurations of Psychoanalytic Family Therapy which challenge the epistemological foundations of the reference model. The author proposes to approach this issue in an auto-meta twofold perspective, covering on one hand a reflection on the fundamental invariants of the psychoanalytic family action; on the other the development of some vertices from which to grasp in an integrative approach her contemporary patterns of clinical actualization. Based on the differential analysis of the processual logic at work in two “adjusted” PFT, this research proposes to identify axes for a transversal reading in connection with the specific terms of the family work of transitionality mobilized in situations where the classical therapeutic operators are not accessible, operative or usable by the families. Specifically set for thinking are the conditions for which various forms of concrete interactional experiences can then play the role of substitute for the family oniric sharing, through a co-constructive process, in a found/created mode within the neo-group, of the setting’s transitional resources. Suggesting to conceive the “family preconscious work” as a metapsychological reference transversal to the different PFT practices, the author sketches some modelling perspectives relating to the “outsight effect” that organizes its deployment in these conditions where the interfantasmatic dynamics support itself with a detour passing by the external reality of materialized shorings (institutional meta-setting, therapeutic mediums).This angle of approach invites to reconsider the “classical psychoanalytic family cure” precepts, built on the dream model, in the light of processual expression’s ways and forms taking more from the play model but belonging to the same profound essence.

Survival analytic methods help to analyze lifetime data arising from medical and reliability experiments. The popular proportional hazards model, proposed by Cox (1972), is widely used in survival analysis to study the effect of risk factors on lifetimes. An important assumption in regression type analysis is that all relative risk factors should be included in the model. However, not all relative risk factors are observed due to measurement difficulty, inaccessibility, cost considerations, and so on. These unobservable risk factors can be modelled by the so-called frailty model, originally introduced by Vaupel et al. (1979). Furthermore, the frailty model is also applicable to clustered data. Cluster data possesses the feature that observations within the same cluster share similar conditions and environment, which are sometimes difficult to observe. For example, patients from the same family share similar genetics, and patients treated in the same hospital share the same group of profes- sionals and same environmental conditions. These factors are indeed hard to quantify or measure. In addition, this type of similarity introduces correlation among subjects within clusters. In this thesis, a semi-parametric frailty model is proposed to address aforementioned issues. The baseline hazards function is approximated by a piecewise constant function and the frailty distribution is assumed to be a Birnbaum-Saunders distribution. Due to the advancement in modern medical sciences, many diseases are curable, which in turn leads to the need of incorporating cure proportion in the survival model. The frailty model discussed here is further extended to a mixture cure rate frailty model by integrating the frailty model into the mixture cure rate model proposed originally by Boag (1949) and Berkson and Gage (1952). By linking the covariates to the cure proportion through logistic/logit link function and linking observable covariates and unobservable covariates to the lifetime of the uncured population through the frailty model, we obtain a flexible model to study the effect of risk factors on lifetimes. The mixture cure frailty model can be reduced to a mixture cure model if the effect of frailty term is negligible (i.e., the variance of the frailty distribution is close to 0). On the other hand, it also reduces to the usual frailty model if the cure proportion is 0. Therefore, we can use a likelihood ratio test to test whether the reduced model is adequate to model the given data. We assume the baseline hazard to be that of Weibull distribution since Weibull distribution possesses increasing, constant or decreasing hazard rate, and the frailty distribution to be Birnbaum-Saunders distribution. D ́ıaz-Garc ́ıa and Leiva-Sa ́nchez (2005) proposed a new family of life distributions, called generalized Birnbaum-Saunders distribution, including Birnbaum-Saunders distribution as a special case. It allows for various degrees of kurtosis and skewness, and also permits unimodality as well as bimodality. Therefore, integration of a generalized Birnbaum-Saunders distribution as the frailty distribution in the mixture cure frailty model results in a very flexible model. For this general model, parameter estimation is carried out using a marginal likelihood approach. One of the difficulties in the parameter estimation is that the likelihood function is intractable. The current technology in computation enables us to develop a numerical method through Monte Carlo simulation, and in this approach, the likelihood function is approximated by the Monte Carlo method and the maximum likelihood estimates and standard errors of the model parameters are then obtained numerically by maximizing this approximate likelihood function. An EM algorithm is also developed for the Birnbaum-Saunders mixture cure frailty model. The performance of this estimation method is then assessed by simulation studies for each proposed model. Model discriminations is also performed between the Birnbaum-Saunders frailty model and the generalized Birnbaum-Saunders mixture cure frailty model. Some illustrative real life examples are presented to illustrate the models and inferential methods developed here. / Thesis / Doctor of Science (PhD)

The purpose of this study was to determine and compare the outcomes of tuberculosis (TB) treatment among Human Immunodeficiency Virus (HIV) co-infected TB patients, and identify factors associated with these outcomes. A quantitative cross-sectional analytic design was used. Patient level secondary data was collected and analysed for the study. A total of 575 TB patients, including 360 non-HIV infected, 169 HIV co-infected and 46 without a documented HIV status, were enrolled. The overall treatment success rate was 91.5%, and HIV co-infected TB patients had a high rate (11.8%) of unfavourable outcomes. The cure rate was significantly lower (10.1% versus 24.2%) and the death rate higher in HIV co-infected patients (8.3% versus 2.5%). Age and TB classification were significantly associated with treatment outcome. No association was found with starting ART, Cotrimoxazole prophylactic treatment or enrolment in HIV care, but 22% of HIV co-infected TB patients were taking ART when they developed TB disease / Health Studies / M.A. (Public Health)

Ce mémoire de maîtrise en anthropologie est le résultat d’une recherche de terrain menée au service de néonatologie du CHU Sainte-Justine et ayant pour objectif de documenter les pratiques décisionnelles entourant l’arrêt des traitements curatifs chez les patients. La fin de vie de ces patients est traversée par des enjeux de nature éthique, socioculturelle et professionnelle. Par le biais d’observations prolongées et d’entretiens menés auprès de soignants de ce service, ces fins de vie se sont révélées tissées d’incertitude et propices aux divergences d’opinions. Loin d’être distribuées de manière arbitraire, ces divergences se dessinent souvent en fonction des corps de métiers. Elles ont donc été étudiées en relation avec l’organisation du travail en néonatologie pour saisir l’influence qu’exerce cette dernière sur la formation des valeurs et des postures morales des soignants. Les rapports qu’entretiennent les professionnels avec l’incertitude, ainsi que le partage (ou non) de la prise de décision au sein de l’équipe soignante se rattachent à ces postures morales et dévoilent des dynamiques sociales et organisationnelles à l’oeuvre dans ce service hospitalier. En dernier lieu, le travail en néonatologie fut observé à la loupe des dimensions cure et care des soins de santé. Depuis cette optique, la fin de vie apparaît comme une occasion de prise en charge qui reconnaît la singularité et l’humanité des soignants comme des soignés. / This master's thesis in anthropology is the result of fieldwork conducted in the neonatal intensive care unit of the CHU Sainte-Justine. It aims to document the decision-making practices regarding the withdrawal of life-sustaining interventions. The patients’ end-of-life treatment decisions are underpinned by ethical, socio-cultural, and professional issues. Through extended observations and interviews with caregivers from this service, these situations have proven to be riddled with uncertainty and characterized by differences of opinion. Far from being randomly distributed, these differences are generally divided along the lines of the medical and nursing professions. This study therefore concentrates on the organization of work in neonatology to better understand its influence on the formation of values and moral stances. The healthcare professionals’ relationship with uncertainty, as well as the choice to share or not the decision-making process within the healthcare team, are connected to these moral positions and reveal social and organizational dynamics at work within this hospital department. Finally, work in neonatology is observed through the lens of the cure and care dimensions of healthcare. From this perspective, end-of-life situations appear as an opportunity to offer care while recognizing the singularity and humanity of both caregivers and care receivers.

Les traitements du cancer de la prostate permettent d’analyser les savoirs tels qu’ils sont élaborés actuellement en cancérologie. Les propositions de traitement découlent des savoirs scientifiques. La participation du patient au choix du soin s’en trouve questionnée. Le patient est une figure socialement construite et médicalement produite qui n’a de sens qu’au regard du rôle professionnel du médecin. La relation entre ces deux acteurs s’inscrit dans une structure de soin. Cette situation sociale est instituée autour de la nécessité du soin, entendue comme réponse à la souffrance de l’autre. Notre analyse montre les tensions qui traversent le groupe professionnel des médecins sur la question des recommandations thérapeutiques. Les questions de légitimité et d’expertise permettent de mettre à jour la concurrence entre les urologues et les oncologues-radiothérapeutes. Cette concurrence se joue à travers les traitements proposés. Les savoirs mobilisés pour justifier de la légitimité ne sont pas les mêmes et ne sont pas uniquement scientifiques. Ils s’organisent selon une priorité accordée à la sur-vie. En outre, ces savoirs médicaux retentissent de façon différente chez les patients, eux aussi détenteurs d’un savoir sur le soin. En somme, les savoirs sur le soin apparaissent comme une recherche de sens, une mise en cohérence de la pathologie, inhérente à des mondes sociaux différents, mais qui se nourrissent les uns des autres. / Treatments for prostate cancer have led us to analyze how knowledge can be produced in cancer research. The different treatment options offered to the patient directly originate from scientific knowledge. At that point already, one can question the patient’s participation to the choice of his treatment. The patient is a figure who is socially constructed and medically produced. This figure only becomes significant in regard to the doctor’s professional role. The relation between those two actors – doctor and patient – has to be replaced in its context of a social structure of care. Social situation instituted from the necessary of care, as an answer to human suffering, the analysis shows the tensions that arise within the professional group of doctors. Issues of legitimacy and expertise have revealed the rivalry between urologists and oncologists. That rivalry shows mostly through the treatments which are offered. The knowledge used to legitimate one option or the other varies and is not exclusively scientific. Different bodies of knowledge take priority according to the survival (goal). Moreover those medical bodies of knowledge are not understood in the same way for each patient, as they themselves hold particular knowledge about care/cure. In the end, it appears the pieces of knowledge about cure/care inherently belong to different social worlds that feed from each other, and those different bodies of knowledge seek to make sense of illness.

Na literatura da área da análise de sobrevivência existem os modelos tradicionais, ou sem fração de cura, e os modelos de longa duração, ou com fração de cura. Recentemente tem sido proposto um modelo mais geral, conhecido como o modelo com fatores de risco latentes com esquemas de ativação. Nesta tese são deduzidas novas propriedades que possuem a função de sobrevivência, a função de taxa de risco e o valor esperado, quando e considerado o modelo com fatores de risco latentes. Estas propriedades são importantes, já que muitos outros modelos que tem aparecido na literatura recentemente podem ser considerados como casos particulares do modelo com fatores de risco latentes. Além disto, são propostos novos modelos de sobrevivência e estes são aplicados a conjuntos de dados reais. Também é realizado um estudo de simulação e uma análise de sensibilidade, para mostrar a qualidade destes modelos / In the survival literature we can find traditional models without cure fraction and longterm models with cure fraction. A more general risk factor model with latent activation scheme has been recently proposed. In this thesis we deduce new properties for the survival function, hazard function and expected value for this model. Since many recent survival models can be regarded as particular cases of the risk factor model with latent activation scheme these properties are of great relevance. In addition we propose new survival models that are applied to real data examples. A simulation and sensibility analysis are also performed to asses the goodness of fit of these models