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Funções de covariâncias e modelos de regressão aleatória na avaliação genética do crescimento de bovinos jovens da raça Tabapuã / Covariance functions and random regression models for genetic evaluation of young Tabapuã beef cattle

Sakaguti, Eduardo Shiguero 15 September 2000 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-08T13:20:14Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1035389 bytes, checksum: abfdeb9ca19dce78c69122ff5ccce503 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-08T13:20:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1035389 bytes, checksum: abfdeb9ca19dce78c69122ff5ccce503 (MD5) Previous issue date: 2000-09-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Avaliou-se o crescimento de bovinos até dois anos de idade por meio de análises de funções de covariâncias (CF), relativas aos pesos corporais da raça Tabapuã, criados em regime de pasto. As CF foram estimadas de duas maneiras diferentes: 1) a partir das matrizes de estimativas de (co)variâncias (MTC) genéticas e fenotípicas, obtidas pela metodologia de máxima verossimilhança restrita (REML), no peso ao nascer e nos pesos ajustados aos 120, 205, 240, 365, 420 e 550 dias de idade; e 2) por meio de modelos de regressão aleatória (RRM). Avaliou-se a utilização de polinômios de Legendre na descrição dos efeitos aleatórios e polinômios ordinários, em curvas fixas de crescimento, e dos efeitos da idade da vaca. Modelos com altos coeficientes de determinação (R 2 > 0,98) foram obtidos pela utilização do efeito da idade da vaca no dia de pesagem dos animais (i.e., a idade da vaca no parto mais a idade do animal no dia da pesagem), em polinômios quadráticos e em curvas médias de crescimento, diferenciadas para machos e fêmeas e descritas por meio de polinômios cúbicos. A análise das CF, obtidas das MTC, mostrou-se bastante útil, pois, além de estimar covariâncias entre qualquer par de idades, a análise das autofunções, associadas aos autovalores das matrizes de coeficientes das CF, revelou que as curvas de crescimento dos animais podem ser rapidamente alteradas pela seleção. Fatores como desmame, ganho compensatório e seleção de animais provocaram várias mudanças na trajetória das (co)variâncias genéticas, fazendo com que apenas as CF de ordens de ajuste mais complexas estimassem valores mais próximos das estimativas da REML dos pesos ajustados às idades-padrão. Entretanto, os polinômios de Legendre, de alta ordem, tenderam a descrever estranhas ondulações nas trajetórias das variâncias, principalmente nas extremidades do período. Em razão das limitações computacionais, os RRM foram empregados nos pesos corporais medidos entre as idades de 365 e 650 dias, utilizando-se apenas polinômios lineares de Legendre. Os RRM apresentaram melhor ajuste em relação aos dados, permitiram estimar valores genéticos e componentes de variância de qualquer idade e forneceram parâmetros adicionais úteis às avaliações genéticas de bovinos de corte. / Growth from birth to two years of age of Tabapuã beef cattle raised under pasture conditions was evaluated by covariance functions (CF) estimated by two different ways: 1) from genetic and phenotypic matrices of (co)variance (MTC) estimated by restricted maximum likelihood methods (REML) of birth weight and adjusted weights at 120, 205, 240, 365, 420 and 550 days of age; and 2) by random regression models (RRM). Legendre polynomials were used to describe random effects and ordinary polynomials were used in fixed growth curves and in age-of-dam effect. Models with high goodness of fit (R 2 > 0,98) were obtained using quadratic polynomials for age-of-dam effect at weighing day (i.e., age of dam at birth plus age of animals at weighing day) and cubic polynomials for separated mean growth curves of males and females. Estimation of CF is a very useful tool to analyze beef cattle growth. It was possible to estimate covariance between any pair of ages and the analyses of the eigenfunctions associated with the eigenvalues of CF coefficients matrix showed that the growth curves of Tabapuã calves could be easily changed by selection. Weaning stress, compensatory growth and selection of animals caused several changes on (co)variance trajectories. Therefore only CF of more complex order of fit were able to estimate values near to REML estimates of weights adjusted to standard ages. However, these high-order Legendre polynomials tended to draw strange sharp waves on variance trajectories at the period edges. Due to computing limitations, RRM were applied on body weights measured from 365 to 650 days and only linear Legendre polynomials were used. The RRM allowed better goodness of fit to the weight data, estimated breeding values and variance components for weights at any pair of ages, and provided additional and very useful parameters for beef cattle genetic evaluation. / Tese importada do Alexandria
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Modelos mistos no ajuste de curvas de crescimento de Ricinus communis L. / Mixed model by adjustment of growth curves in Ricinus communis L.

Amador, Janete Pereira 16 July 2010 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The world energy demand must be met, however, the conventional sources are nearing exhaustion, and cause harmful effects to the environment. In this sense, it has been researched renewable energy sources as an alternative to bioenergy, which could contribute substantially in the future supply of energy. One of the aspects of bioenergy is that of biodiesel, a biodegradable fuel alternative to diesel oil, created from renewable energy sources, free of sulfur in its composition. In the field of oil seed, castor bean (Ricinus communis L.) has stood out as a supplier of raw material to manufacture biodiesel. In Rio Grande do Sul, for the ricinoculture becomes sustainable production-level scale as raw material for biodiesel production in the increment becomes crucial. And this depends on the development of agricultural technologies adapted to the conditions of the state. In this context, there is a paucity of research to study the influence of density on the cultivation of oilseeds and their connection with the form of plant growth. Since this factor can influence significantly the development of castor bean, reflecting production. This research aims to evaluate the influence of three planting densities 1.0, 1.2 and 1.4 m, keeping constant the distance between the row of 1.0 m, on the growth of castor bean. To explain this influence will be used the technique of analysis of longitudinal data using growth curve modeling using mixed model methodology. It was found that this allows to explore more fully the information provided by the data, because it is possible to accommodate the correlation of these through the selection of covariance structures. Thus, the six covariance structures tested to model the G and R were selected UN (1) and VC. The strategy used to select both of these structures as for the random effects proved to be simpler alternative in this part of modeling. In univariate analysis of profile to choose the fixed effects model with some information provided by both techniques, you can check which one best fits the data. Shaped curve is a two densities 1 and 1.4 m that provided the greatest plant height did not differ significantly. For the cultivation density of 1.2 m, the plant showed a lower growth, its growth behavior was modeled by another curve. Even considering the computational complexity of the procedures used, it is hoped, through the SAS routines compiled this material, contribute to greater facilitation in the use of these procedures. / A demanda energética mundial precisa ser atendida, entretanto, as fontes convencionais estão em vias de esgotamento, além de provocarem efeitos prejudiciais ao ambiente. Neste sentido, têm-se pesquisado fontes energéticas renováveis, como alternativa a agroenergia, que poderá contribuir de maneira substancial na oferta futura de energia. Uma das vertentes da agroenergia é a do biodiesel, um combustível biodegradável alternativo ao diesel de petróleo, criado a partir de fontes renováveis de energia, livre de enxofre em sua composição. No campo das oleaginosas, a mamona (Ricinus communis L.) vem se destacando como fornecedora de matéria-prima para a fabricação de biodiesel. No Rio Grande do Sul, para que a ricinocultura, torna-se sustentável em nível de produção em escala como matéria prima para o biodiesel o incremento na produção torna-se fundamental. E este depende do desenvolvimento de tecnologias agrícolas adaptadas às condições do estado. Neste contexto, existe uma escassez de pesquisas que estudem a influência da densidade de plantas no cultivo desta oleaginosa e a relação destas com a forma de crescimento da planta. Já que este fator pode influenciar, de maneira significativa, o desenvolvimento da mamoneira, refletindo na produção. Esta pesquisa objetiva avaliar a influência de três densidades de cultivo 1,0, 1,2 e 1,4 m, mantendo constante a distância entre linha de 1,0 m, sobre o crescimento da mamona. Para explicar esta influencia será utilizada a técnica de análise de dados longitudinais por meio de modelagem de curvas de crescimento utilizando a metodologia de modelos mistos. Constatou-se que esta permite explorar de forma mais completa as informações fornecidas pelos dados, pelo fato de ser possível acomodar a correlação destes, por meio da seleção de estruturas de covariância. Sendo assim, das seis estruturas de covariância testadas para modelar G e R as selecionadas foram UN(1) e VC. A estratégia utilizada tanto para seleção destas estruturas como para os efeitos aleatórios mostrou-se como alternativa mais simples nesta parte da modelagem. Na análise univariada e multivariada de perfil para escolha dos efeitos fixos do modelo com algumas informações fornecidas pelas duas técnicas, é possível verificar qual a que melhor se adéqua aos dados. Modelou-se duas curvas uma densidades 1 e 1,4 m que proporcionaram a maior altura de planta, não diferindo significativamente. Para a densidade de cultivo de 1,2 m, a planta apresentou um menor crescimento, seu comportamento de crescimento foi modelado por outra curva. Mesmo considerando a complexidade computacional dos procedimentos utilizados, espera-se, através das rotinas do SAS compiladas neste material, contribuir para uma maior facilitação no uso destes procedimentos.
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Ecofisiologia de morfotipos reto e espiralado de Cylindrospermopsis raciborskii (Cyanobacteria) em condições controladas

Buch, Bruna [UNESP] 24 July 2009 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-24Bitstream added on 2014-06-13T20:29:42Z : No. of bitstreams: 1 buch_b_me_rcla.pdf: 552232 bytes, checksum: 22cbe3b482513cc7c0ff14275a5841ce (MD5) / Cylindrospermopsis raciborskii é uma espécie formadora de florações potencialmente tóxicas em sistemas aquáticos eutrofizados, inclusive naqueles utilizados para abastecimento público, podendo trazer riscos à saúde humana. Esta espécie apresenta morfologia do tricoma reto, sigmóide e espiralado, sendo que as razões para esta variação ainda não foram claramente definidas. Estudos comparativos de seqüências genéticas têm demonstrado que a morfologia não está relacionada à filogenia do gênero Cylindrospermopsis e que os diferentes morfotipos representam uma única espécie. Os objetivos deste estudo foram: avaliar os efeitos de duas diferentes intensidades luminosas (30 e 90 μmol.m-2.s-1) e temperaturas (21 e 31°C) no crescimento e na morfologia de tricomas de uma linhagem reta (ITEP28) e outra espiralada (ITEP31) e, testar a hipótese de que ambos os morfotipos respondam negativamente à intensidade luminosa e temperatura altas. As linhagens reta e espiralada apresentaram pequenas diferenças na morfometria celular nas diferentes condições testadas. Além disso, a linhagem espiralada apresentou alterações na morfologia do tricoma, mostrando uma plasticidade fenotípica maior em relação à linhagem reta. Ambas as linhagens se adaptaram às condições testadas, embora a linhagem reta tenha apresentado velocidades máximas (V(x)= 3,21; 3,63; 3,89) de crescimento maiores que a linhagem espiralada (V(x)= 0,97; 1,07; 1,61; 1,80). Na condição de 90 μmol.m-2.s-1 e 21°C, a linhagem reta não atingiu a fase exponencial do crescimento, enquanto a linhagem espiralada demorou para atingir a velocidade máxima de crescimento, e este foi interrompido antes. Nas condições de temperatura baixa (21°C) não houve produção de acinetos. Além disso, esta condição de temperatura baixa aliada a intensidade luminosa alta (90 μmol.m-2.s-1) prejudicou o crescimento de ambas... / Cylindrospermopsis raciborskii is a potentially toxic bloom former species in eutrophic aquatic systems, including water supply reservoirs where it can bring risks to human health. This species shows straight, sigmoid and coiled trichome morphology and the reasons to this variation aren’t clarified yet. Comparative studies of genetic sequences have been indicated that morphology isn’t related with the Cylindrospermopsis genus phylogeny, thus the different morphotypes represents a single species. The aims of this study were: to evaluate the effects of two different light intensities (30 and 90 μmol.m-2.s-1) and temperatures (21 and 31°C) on growth and morphology of straight (ITEP28) and coiled (ITEP31) morphotypes and, to test the hypothesis that both morphotypes respond negatively to the high light intensity and temperature. The straight and coiled morphotypes showed a little difference in the cell width and length measurements in the tested conditions. Moreover, the coiled trichome exhibited morphological changes that indicated greater phenotipical plasticity than the straight one. Both strains were adapted to the tested conditions, although the straight one showed higher growth velocity (V(x)= 3,21; 3,63; 3,89) than the coiled one (V(x)= 0,97; 1,07; 1,61; 1,80). In the condition of 90 μmol.m-2.s-1 and 21°C, the coiled morphotype delays to reach the maximum growth velocity, thus the growth was interrupted before that. In the conditions of low temperature (21°C) there is no akinetes production. Furthermore, this condition of low temperature associated with high light intensity (90 μmol.m-2.s-1) harmed the growth of both morphotypes. Therefore, the results found opposed to the considered hypothesis that both morphotypes are susceptible to the high light intensity and temperature in culture controlled conditions, since both morphotypes reached the highest growth velocity... (Complete abstract click electronic access below)
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Ajuste de modelos nÃo-lineares para descriÃÃo da curva de crescimento de diferentes grupos geneticos de novilhas holandÃs x gir / Adjustment of nonlinear models for description of the curve of growth of different genetic groups of heifers dutch x to gir

Bartolomeu Neto Oliveira Martins 25 July 2008 (has links)
FundaÃÃo de Amparo à Pesquisa do Estado do Cearà / As informaÃÃes utilizadas neste estudo foram referentes aos dados de pesos de 228 novilhas leiteiras de diferentes grupos genÃticos das raÃas Holandesa e Gir (1/2, 3/4, 5/8, 7/8 e 15/16 HolandÃs x Gir), com o objetivo de ajustar modelos para descrever as curvas de crescimento de cada um dos grupos genÃticos. Para descriÃÃo das curvas de crescimento em funÃÃo do peso e idade desses animais foram ajustados os modelos de Brody, Von Bertalanffy, Richards, LogÃstico e Gompertz. O mÃtodo utilizado para o ajuste foi o interativo de Gauss Newton, por meio da tÃcnica dos modelos nÃo lineares usando-se o procedimento NLIN (SAS, 2001). AdequaÃÃo dos modelos foi observada atravÃs dos desvios encontrados atravÃs da diferenÃa entre os valores dos pesos estimados pelos modelos e os pesos observados nas pesagens dos animais nas idades 1, 210, 240, 270, 300, 330, 360, 390, 420 e 450 dias. Foi ainda avaliado, qual grupo genÃtico mostrou-se ser mais passÃvel a estimaÃÃo de pesos por modelos nÃolineares. O modelo LogÃstico foi o que melhor se adequou a maioria dos grupos genÃticos HolandÃs x Gir, pois apesar de superestimar os valores dos pesos, foi o mais indicado para representar pesos de animais 5/8, 7/8 e 15/16 HolandÃs x Gir. O grupo genÃtico 1/2 HolandÃs x Gir se apresentou como o mais passÃvel de estimaÃÃo atravÃs dos modelos estudados, em virtude de ser bem representado por todos os modelos, principalmente pelo modelo de Von Bertalanfy / The sub-basins of the Cipà and Carrapateira belong to the districts of Barra Nova and Santo AntÃnio, which are part of Tauà Town in Cearà State, Brazil. These sub-basins are situated in one of the most degraded areas in Tauà Town, according to studies of the WAVES Project. Tauà Town has 1,906.3 km of degraded areas susceptible to desertification, what represents 44.3% of the municipal area, being characterized, according to the indexes established by the United Nations Organization, as a semi-arid area with a high critical index (0.4), what expresses the fragility of the dry lands. It has the following natural geo-ecological limitations: predominance of rocks having a crystalline base, average temperature around 25ÂC to 28ÂC, enabling a high evaporation rate and, as a result, negative values in the annual water balance; shallow and stony soils; a degraded ciliary plant cover due to the secular agro-extractivist activity, favoring sediment deposition in the riverâs bed and the river marginsâ widening, what endangers the water and pedological potential of the region. The combined action of the weather, of the geological conditions and the shallow soils of the region produces a fragile ecosystem, which reflects on the vegetation in the area, in which the caducifolia formation, with an arboreous and shrubby physiognomy, is unable to offer protection to the soils against the erosive effects, as observed in the study area. Because the ciliary vegetation is seriously threatened by the inadequate soil use, there is a need of detailed studies, such as: floristic composition and structure of the community, to check the plant community's condition in its current state in order to enable its rational use and sustainability in view of the unbalance in which it is. It is worth pointing out that the protection of the ciliary forest is of utmost importance for the good condition of water resources. It is important to preserve and restore the forests along the rivers and around lakes and reservoirs because that vegetation brings lots of benefits to the ecosystem, having the function of protecting the biotic and abiotic natural resources. This way, the research had the following main objectives: a) to analyze the ecosystem of the ciliary forest of the brooks Cipà and Carrapateiras, in order to obtain indicators of environmental degradation by checking the effects of agricultural activities and of the vegetable extractivism on the conditions of the potential communities of that vegetation conditions, combining those activities with other environmental factors, and; b) to make a phytosociological survey of the ciliary forest, supplying information to a database that leads to the sustainable land use to avoid or stop the degradation process, enabling a better life quality for the local population. The phytosociological studies showed significant differences between the two sample areas, in which the forest of the brook Cipà was more conserved with specimen of the ciliary forest, while the forest of the brook Carrapateiras totally is completely uncharacterized because of the high anthropic action.
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O modelo logístico com erros assimétricos e heterocedásticos aplicado a dados de altura do milho / Logistic model with skewed and heteroskedastic errors applied to maize height data

Rick Anderson Freire Mangueira 22 January 2015 (has links)
A produção de milho tem uma grande importância para o país. Ter o conhecimento sobre o crescimento da planta é de fundamental importância para seu manejo. Pode-se obter esse conhecimento fazendo um estudo por meio de modelos de crescimento, para se obter informações por meio de parâmetros com interpretações biológicas que trazem consigo um resumo sobre a curva característica do crescimento da planta, que podem ajudar no planejamento da cultura e principalmente conhecer qual período a planta mais cresce, a época mais adequada para adubação e realização do controle de pragas. Considerar características não comuns de suposições do modelo pode dar maior confiabilidade nos resultados do ajuste, como por exemplo a consideração da heterocedasticidade e não normalidade residual. Sendo assim, esse trabalho teve o objetivo de ajustar o modelo logístico considerando a heterocedasticidade e diferentes distribuições para o erro como normalidade, assimetria normal e assimetria t-student, a dados da altura da planta do milho do híbrido transgênico 30F35 Y (Yieldgard), observados ao longo do tempo. O experimento foi realizado no município de Votuporanga-SP, em área experimental do Pólo Regional Noroeste Paulista da APTA (Agência Paulista de Tecnologia dos Agro-negócios), no ano agrícola 2011/2012. A primeira medição da altura da planta de milho foi realizada 15 dias após a semeadura. As medições seguintes ocorreram com 30, 40, 50 e 122 dias, respectivamente, após a semeadura. Em cada dia de avaliação foi medido a altura das plantas em centímetros, com auxílio de uma régua, sendo esta medida da base da planta (solo) até o ápice da última folha expandida do cartucho. Toda a análise foi realizada utilizando o software R. Todos os modelos considerados se ajustaram bem a curva de crescimento do híbrido transgênico 30F35 Y (Yieldgard), porém o modelo logístico considerando erros normais assimétricos foi escolhido como mais adequado para modelar a curva, com base nos avaliadores utilizados. / Maize production is of great importance for the country. Knowing the plant development is of major importance to its management. Such knowledge may be attained through growth curves studies, to obtain information through parameters with biological interpretation which are able to synthesize the plantt\'s growth curve. This synthesis may help in management issues, such as information on the period of most rapid growth, best time to apply fertilizers and control pests. Considering uncommon features of the model assumptions may provide greater reliability on the results of the fitted model, such as residual heteroscedasticity and non-normality. In that sense, this work aimed to fit the logistic model considering variance heterogeneity and different error distributions such as normal, skew-normal and skew-t, to the transgenic hybrid 30F35Y maize height data through time. The experiment was conducted in the municipality of Votuporanga-SP, in an experimental station of the Pólo Regional Noroeste Paulista da Agência Paulista de Tecnologia dos Agro-Negócios (APTA) during the agronomic year of 2011/2012. The first height data measurement was taken 15 days after sewing. The following measurements were taken at 30, 40, 50 and 122 days after sewing. Each day the plant height was measured in centimeters using a ruler, measuring from the plant base (soil) until the edge of the last expanded leaf. All analyses were carried out using software R. All considered models fitted the data reasonably well, however the logistic model considering skew-normal errors was chosen as most adequate to model the data, basing on the goodness-of-fit tests.
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Alternativas de controle, acúmulo de chiquimato e curva de crescimento de capim-amargoso (Digitaria insularis) suscetível e resistente ao glyphosate / Alternatives of control, shikimic acid accumulation and growth curves of sourgrass (Digitaria insularis) susceptible and resistant to glyphosate

Marcel Sereguin Cabral de Melo 16 January 2012 (has links)
O glyphosate vem sendo aplicado na agricultura como principal ferramenta de manejo de plantas daninhas, sendo o mesmo aplicado em alguns sistemas de forma repetitiva ao longo do ano. Esta prática contribuiu para a seleção de espécies de plantas daninhas resistentes, sendo que no Brasil mais recentemente tem sido obervado populações resistente de capim-amargoso (Digitaria insularis) ao glyphosate. Sendo assim, são necessárias pesquisas com esta planta daninha sobre alternativas de controle, caracterização biológica dos biótipos relacionadas a adaptabilidade e crescimento, e caracterização dos níveis de resistência, para que baseado nestas informações as recomendações de manejo destes biótipos sejam tomadas. Portanto, esta pesquisa foi desenvolvida com os objetivos de avaliar alternativas químicas de manejo dos biótipos resistentes, avaliar os níveis de resistência, e o crescimento diferencial entre os biótipos. Para o desenvolvimento dos experimentos foram coletadas sementes do biótipo resistente no município de Matão - SP, onde foi aplicado glyphosate de 1.440 g e.a ha-1 antes do florescimento, sendo que as sementes do biótipo suscetível foram obtidas no município de Piracicaba SP, onde não apresentava histórico de aplicação de glyphosate. Na primeira etapa da pesquisa foram realizados experimentos para determinação do fator de resistência ao glyphosate, através de curvas de dose resposta em quatro estádios de desenvolvimento do capimamargoso, além de um bioensaio de discos foliares para analisar o acúmulo de chiquimato. Na segunda etapa foi conduzido um ensaio a campo no município de Matão SP, visando encontrar herbicidas alternativos para controle do capim-amargoso resistente ao glyphosate. Por fim um estudo de curvas de crescimento foi conduzido para avaliar o crescimento comparativo dos biótipos resistente e suscetível ao glyphosate, analisando área foliar, massa seca da parte aérea e das raízes. Através do modelo de curva dose-resposta do programa estatístico R, o fator de resistência (GR 50) variou de 3 a 4 quando comparando o biótipo resistente ao suscetível. As alternativas de controle viáveis foram glyphosate em associação com clethodim e paraquat + diuron; glyphosate com clethodim e amônio-glufosinato; glyphosate e haloxyfop-methyl; glyphosate e fenoxaprop-p-ethyl + clethodim; glyphosate e tepraloxydim. O biótipo resistente teve um desenvolvimento mais rápido, todavia não foi possível inferir sobre sua capacidade competitiva. / Glyphosate has been used in agriculture as the main tool for weed management, and it has been applied in some systems repeatedly throughout the year, which contributed to the selection of resistant weed species. More recently in Brazil glyphosate resistant populations of sourgrass(Digitaria insularis) have been observed. So, researches are needed on alternative control, biological characterization of the biotypes and related growth, and characterization of the resistance levels. Based on this information it is possible to recommend management practices. Therefore, this research was developed with the objective of evaluating alternative chemical management for the resistant biotypes, assess levels of resistance, and the differential growth between biotypes. For the development of the experiments seeds from resistant plants were collected in Matao County SP - Brazil, where glyphosate was applied at 1440 g. a. e. ha-1, before flowering, and the seeds of the susceptible biotype were obtained in Piracicaba SP - Brazil, where there was no history of glyphosate application. In the first stage of the research experiments were performed to determine the resistance factor to glyphosate by dose response curves in four growth stages of sourgrass, and a leaf disc bioassay to analyze the accumulation of shikimate. The second step was to conduct a trial in Matao - SP to find alternative herbicides to control glyphosate resistant sourgrass. Finally an growth curves experiment was conducted to evaluate the comparative growth of glyphosate resistant and susceptible biotypes, analyzing leaf area, dry mass of shoots and roots. The resistance factor (GR 50) ranged from 3 to 4 when comparing the susceptible biotype with the resistant. The alternative herbicides in combination with glyphosate were clethodim and paraquat + diuron; clethodim and ammonium-glufosinate; haloxyfop-methyl; fenoxaprop-p-ethyl + clethodim; tepraloxydim. The resistant biotype had a more rapid development, however it was not possible to infer about their ability to compete.
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Características fisiológicas da tolerância de Digitaria nuda a herbicidas aplicados na cultura da cana-de-açúcar / Physiological characteristics of Digitaria nuda tolerance to herbicides applied to the sugarcane crop

Renan Cantalice de Souza 10 February 2012 (has links)
As espécies de capim-colchão (Digitaria spp.) estão entre as principais plantas daninhas que infestam os canaviais brasileiros, porém diferenciação visual dessas espécies é difícil e as diferenças fisiológicas influenciam diretamente na tolerância diferencial a herbicidas inibidores do fotossistema II (FSII), como diuron e tebutiuron e inibidores da acetolactato sintase (ALS), como imazapic e imazapir. A D. nuda é considerada tolerante a esses herbicidas, porém a base fisiológica dessa tolerância ainda não está esclarecida, necessitando de maiores informações a respeito dessa espécie. Sendo assim, os objetivos desse trabalho foram: (i) confirmar a tolerância apresentada por D. nuda e verificar a existência de sinergismo entre herbicidas inibidores do FSII; (ii) caracterizar o crescimento de D. nuda (tolerante) e D. ciliaris (suscetível); (iii) verificar se a absorção radicular e/ou translocação diferencial de diuron são mecanismos que conferem tolerância a D. nuda; (iv) identificar e caracterizar se genes que codificam a citocromo P450 monooxigenase (P450) e glutationa-Stransferase (GST), por meio de PCR em tempo real, atuam na tolerância apresentada por D. nuda ao diuron. A tolerância diferencial da D. nuda foi confirmada em relação a espécie D. ciliaris, através de curvas de dose-reposta para a formulação contendo os herbicidas diuron+hexazinona, no entanto para a ametrina aplicada isoladamente não houve diferenciação de suscetibilidade entre as duas espécies. A associação de ametrina com a formulação contendo os herbicidas diuron+hexazinona provocou efeito sinérgico para o controle de D. nuda, porém para D. ciliaris o efeito foi antagônico. O crescimento das espécies de capim-colchão foi comparado por meio de análise de crescimento, sendo que D. ciliaris apresentou maior crescimento, em condições onde não houve limitações de nutrientes e disponibilidade hídrica, em relação a D. nuda, principalmente por apresentar maior área foliar, numero de folhas e acúmulo de matéria seca por planta. A absorção radicular e translocação de diuron foram quantificadas a partir da aplicação de uma mistura de diuron comercial com diuron (14C) ao solo. As plantas de D. nuda absorveram quantitativamente menos diuron em relação a D. ciliaris, principalmente 3 e 6 horas após a aplicação. A translocação de diuron não diferiu entre as duas espécies avaliadas. Por fim a identificação e caracterização dos genes de P450 e GST revelaram que existe envolvimento da citocromo P450 monooxigenase na metabolização do diuron em D. nuda, fazendo com que se torne mais tolerante a essa molécula e que parte desse fenômeno é explicado pela expressão do CYP81A6. Além disso, a GST é pouco efetiva na desintoxicação de herbicidas do grupo químico das feniluréias e triazinas. / The crabgrass species (Digitaria spp.) are among the main weeds infesting sugarcane fields in Brazil. However the visual differentiation of these weeds is difficult, and the physiological differences affects directly the differential tolerance to herbicides that inhibit the photosystem II (PSII), as diuron and tebuthiuron, and inhibit the acetolactate enzyme (ALS), such as imazapic and imazapyr. D. nuda is considered more tolerant to these herbicides, but the physiological basis of this tolerance is still unclear and need further information about this specie. Therefore, the objectives of this study were: (i) confirm the tolerance shown by D. nuda and verify the existence of synergism between herbicides inhibitors of PSII; (ii) to characterize the growth of D. nuda (tolerant) and D. ciliaris (susceptible); (iii) to verify if the differential root uptake and/or translocation of diuron are mechanisms that confer tolerance to D. nuda; (iv) to identify and characterize if genes coding for cytochrome P450 monooxygenase (P450) and glutathione S-transferase (GST), using real-time PCR, act in the tolerance by D. nuda to diuron. The differential tolerance of D. nuda was confirmed in relation to D. ciliaris, with dose-response curves for diuron + hexazinone, however for the ametryn, applied alone, there was no differential susceptibility of the two species. The combination of ametryn to formulated mixture of diuron + hexazinone resulted in synergistic effect for the control of D. nuda, but for D. ciliaris the effect was antagonistic by the methods evaluated. The growth of crabgrass species was compared by growth analysis, and D. ciliaris presented the highest growth, in conditions of no limitations of nutrients and water availability, when compared to D. nuda, mainly due to its greater leaf area, number of leaves and dry matter accumulation per plant. The root uptake and translocation of diuron were quantified from the application of a mixture of commercial diuron and diuron (14C) to soil. Plants of D. nuda absorbed quantitatively less diuron compared to D. ciliaris, especially 3 and 6 hours after application. The translocation of diuron did not differ between the two species evaluated. Finally, the identification and characterization of P450 and GST genes revealed that there is cytochrome P450 monooxygenase involved in the metabolism of diuron in D. nuda, causing them to become more tolerant to this molecule and that part of this phenomenon is explained by the expression of CYP81A6. In addition, the GST is less effective in the detoxification of fenilureas and triazines herbicides.
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Características fisiológicas da tolerância de Digitaria nuda a herbicidas aplicados na cultura da cana-de-açúcar / Physiological characteristics of Digitaria nuda tolerance to herbicides applied to the sugarcane crop

Souza, Renan Cantalice de 10 February 2012 (has links)
As espécies de capim-colchão (Digitaria spp.) estão entre as principais plantas daninhas que infestam os canaviais brasileiros, porém diferenciação visual dessas espécies é difícil e as diferenças fisiológicas influenciam diretamente na tolerância diferencial a herbicidas inibidores do fotossistema II (FSII), como diuron e tebutiuron e inibidores da acetolactato sintase (ALS), como imazapic e imazapir. A D. nuda é considerada tolerante a esses herbicidas, porém a base fisiológica dessa tolerância ainda não está esclarecida, necessitando de maiores informações a respeito dessa espécie. Sendo assim, os objetivos desse trabalho foram: (i) confirmar a tolerância apresentada por D. nuda e verificar a existência de sinergismo entre herbicidas inibidores do FSII; (ii) caracterizar o crescimento de D. nuda (tolerante) e D. ciliaris (suscetível); (iii) verificar se a absorção radicular e/ou translocação diferencial de diuron são mecanismos que conferem tolerância a D. nuda; (iv) identificar e caracterizar se genes que codificam a citocromo P450 monooxigenase (P450) e glutationa-Stransferase (GST), por meio de PCR em tempo real, atuam na tolerância apresentada por D. nuda ao diuron. A tolerância diferencial da D. nuda foi confirmada em relação a espécie D. ciliaris, através de curvas de dose-reposta para a formulação contendo os herbicidas diuron+hexazinona, no entanto para a ametrina aplicada isoladamente não houve diferenciação de suscetibilidade entre as duas espécies. A associação de ametrina com a formulação contendo os herbicidas diuron+hexazinona provocou efeito sinérgico para o controle de D. nuda, porém para D. ciliaris o efeito foi antagônico. O crescimento das espécies de capim-colchão foi comparado por meio de análise de crescimento, sendo que D. ciliaris apresentou maior crescimento, em condições onde não houve limitações de nutrientes e disponibilidade hídrica, em relação a D. nuda, principalmente por apresentar maior área foliar, numero de folhas e acúmulo de matéria seca por planta. A absorção radicular e translocação de diuron foram quantificadas a partir da aplicação de uma mistura de diuron comercial com diuron (14C) ao solo. As plantas de D. nuda absorveram quantitativamente menos diuron em relação a D. ciliaris, principalmente 3 e 6 horas após a aplicação. A translocação de diuron não diferiu entre as duas espécies avaliadas. Por fim a identificação e caracterização dos genes de P450 e GST revelaram que existe envolvimento da citocromo P450 monooxigenase na metabolização do diuron em D. nuda, fazendo com que se torne mais tolerante a essa molécula e que parte desse fenômeno é explicado pela expressão do CYP81A6. Além disso, a GST é pouco efetiva na desintoxicação de herbicidas do grupo químico das feniluréias e triazinas. / The crabgrass species (Digitaria spp.) are among the main weeds infesting sugarcane fields in Brazil. However the visual differentiation of these weeds is difficult, and the physiological differences affects directly the differential tolerance to herbicides that inhibit the photosystem II (PSII), as diuron and tebuthiuron, and inhibit the acetolactate enzyme (ALS), such as imazapic and imazapyr. D. nuda is considered more tolerant to these herbicides, but the physiological basis of this tolerance is still unclear and need further information about this specie. Therefore, the objectives of this study were: (i) confirm the tolerance shown by D. nuda and verify the existence of synergism between herbicides inhibitors of PSII; (ii) to characterize the growth of D. nuda (tolerant) and D. ciliaris (susceptible); (iii) to verify if the differential root uptake and/or translocation of diuron are mechanisms that confer tolerance to D. nuda; (iv) to identify and characterize if genes coding for cytochrome P450 monooxygenase (P450) and glutathione S-transferase (GST), using real-time PCR, act in the tolerance by D. nuda to diuron. The differential tolerance of D. nuda was confirmed in relation to D. ciliaris, with dose-response curves for diuron + hexazinone, however for the ametryn, applied alone, there was no differential susceptibility of the two species. The combination of ametryn to formulated mixture of diuron + hexazinone resulted in synergistic effect for the control of D. nuda, but for D. ciliaris the effect was antagonistic by the methods evaluated. The growth of crabgrass species was compared by growth analysis, and D. ciliaris presented the highest growth, in conditions of no limitations of nutrients and water availability, when compared to D. nuda, mainly due to its greater leaf area, number of leaves and dry matter accumulation per plant. The root uptake and translocation of diuron were quantified from the application of a mixture of commercial diuron and diuron (14C) to soil. Plants of D. nuda absorbed quantitatively less diuron compared to D. ciliaris, especially 3 and 6 hours after application. The translocation of diuron did not differ between the two species evaluated. Finally, the identification and characterization of P450 and GST genes revealed that there is cytochrome P450 monooxygenase involved in the metabolism of diuron in D. nuda, causing them to become more tolerant to this molecule and that part of this phenomenon is explained by the expression of CYP81A6. In addition, the GST is less effective in the detoxification of fenilureas and triazines herbicides.
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QTLs para características e curva de crescimento em bovinos mestiços leiteiro / QTLs for growth traits and growth curve in crossbred dairy cattle

Salem, Mohamed Mahmoud Ibrahim 08 July 2010 (has links)
Este estudo foi realizado para detectar quantitative trait loci (QTL) afetando características e curva de crescimento numa população F2 Holandês x Gir. As características estudadas foram peso ao nascer (BW), peso à desmama (WW), peso aos 205 dias (W205), peso ao sobreano (YW), peso aos 720 dias (W720), ganho de peso diário do nascimento ao desmama (ADG0_60), ganho de peso diário da desmama ao peso aos 205 dias (ADG60_205), ganho de peso diário de peso ao 205 dias ao peso ao sobreano (ADG205_365), ganho de peso diário do sobreano ao peso aos 720 dias (ADG365_720), ganho de peso diário total (ADG), curva de crescimento de peso ao nascer ao peso aos 720 dias (GC). 180 marcadores microssatélites, abrangendo os 29 autossomos bovino e cobrindo 3,322 cM foram selecionados a partir do mapa genético bovino. A média de intervalo de marcador foi 22 cM. Vinte e oito QTLs foram detectados em dez cromossomos, quinze QTLs tem modo aditivo, dois QTLs tem modo de dominância e onze QTLs têm sobredominância como modo de ação. Um QTL sugestivo foi detectado para BW no cromossomo BTA 17 em 1 cM. Um QTL sugestivo foi detectado para W205 no BTA 3 a 20 cM. Quatro QTLs sugestivos foram encontrados para YW no BTA 3 a 7 cM, no BTA 6 a 134,9 cM, no BTA 12 a 1 cM, e no BTA 22 a 1 cM. Para W720, seis QTLs sugestivos foram identificados, no BTA 2 a 30 cM, no BTA 3 a 1 cM, no BTA 6 a 44 cM, no BTA 10 a 20 cM, no BTA 12 a 1cM e no BTA 22 a 1 cM. Um QTL sugestivo foi identificado para ADG0_60 no BTA 8 a 143 cM. Dois QTLs sugestivos foram relatados para ADG60_205 no BTA 3 a 19 cM e no BTA 23 19 cM. Um QTL sugestivo foi observado para ADG205_365 no BTA 12 a 7 cM. Para ADG365_720, três QTLs foram detectados. Dois QTLs têm efeitos sugestivos no BTA 1 a 12 cM e no BTA 10 a 22 cM, um QTL significativo no BTA 6 a 43 cM. Seis QTLs sugestivos para ADG foram encontrados no BTA 2 a 32 cM, no BTA 3 a 1 cM, no BTA 6 a 43 cM, no BTA 10 a 20 cM, no BTA 12 a 1 cM e no BTA 22 a 1 cM. Três QTLs sugestivos foram identificados por GC no BTA 2 a 34 cM, no BTA 12 a 2 cM e no BTA 22 a 3 cM. Nenhum QTL foi detectado para WW em todos os cromossomos. Existem vários efeitos pleiotrópcos nos cromossomos BTA 2, 3, 6, 10, 12 e 22, os quais influenciam as características de crescimento. Foram detectados 22 efeitos epistáticos complexos para as cinco características YW, W720, GC, ADG365_720 e ADG. / This study was conducted to detect quantitative trait loci (QTL) affecting growth traits and growth curve using F2 Holstein x Gyr population. Traits analyzed were birth weight (BW), weaning weights (WW), weight at 205 day (W205), yearling weight (YW), weight at 720 day (W720), average daily gain from birth to weaning weight (ADG0_60), average daily gain from weaning weight to weight at 205 days (ADG60_205), average daily gain from weight at 205 days to yearling weight (ADG205_365), average daily gain from yearling weight to weight at 720 days (ADG365_720), total average daily gain (ADG), and growth curve from birth weight to weight at 720 days (GC). 180 microsatellite markers covering the 29 bovine autosomes and covered 3322 cM were chosen from bovine genetic map. The average marker interval was 22 cM. Twenty eight QTLs detected span ten chromosomes, fifteen QTLs had additive mode, two QTLs had dominance mode and eleven QTLs had overdominance mode of gene action. Suggestive QTL was found for BW on BTA 17 at 1 cM. Also, Suggestive QTL was detected for W205 on BTA 3 at 20 cM. Four suggestive QTLs were found for YW on BTA 3 at 7 cM, on BTA 6 at 134.9 cM, on BTA 12 at 1 cM, and on BTA 22 at 1 cM. For W720, six suggestive QTLs were identified, on BTA 2 at 30 cM, on BTA 3 at 1 cM, on BTA 6 at 44 cM, on BTA 10 at 20 cM, on BTA 12 at 1cM and on BTA 22 at 1 cM. Suggestive QTL was observed for ADG0_60 on BTA 8 at 143 cM. Two suggestive QTLs were reported for ADG60_205 on BTA 3 at 19 cM and on BTA 23 at 19 cM. Suggestive QTL was observed for ADG205_365 on BTA 12 at 7 cM. For ADG365_720, three QTLs were detected. Two QTLs had suggestive effect on BTA 1 at 12 cM and BTA 10 at 22 cM, one significant QTL on BTA 6 at 43 cM. Six suggestive QTLs were found for ADG on BTA 2 at 32 cM, BTA 3 at 1 cM, BTA 6 at 43 cM, BTA 10 at 20 cM, BTA 12 at 1 cM and BTA 22 at 1 cM. Three suggestive QTLs were identified for GC on BTA 2 at 34 cM, BTA 12 at 2 cM and BTA 22 at 3 cM. No QTLs were detected for WW in all chromosomes. There were many pleiotropy effects on BTA 2, 3, 6, 10, 12 and 22 influencing growth traits. There were 22 complexes epistatic effects were detected for five traits YW, W720, GC, ADG365_720 and ADG.
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Regressão não linear no desdobramento da interação em experimentos com mais de um fator / Nonlinear regression in the unfolding of the interaction in experiments with more than one factor

Santos, Alessandra dos 25 January 2013 (has links)
Em experimentos que envolvam um fator quantitativo e um qualitativo, é aconselhável que, se detectado efeito significativo da interação entre os fatores na análise de variância, recorra-se a análise de regressão no desdobramento da mesma, no entanto nem sempre a utilização de modelos de regressão linear é a forma mais adequada para avaliar o efeito do fator quantitativo. Neste trabalho é apresentada a forma de ajuste de um modelo de regressão não linear em um experimento com medida repetida no tempo. No experimento considerou-se o ganho de peso, em quilos, de ovinos, machos e fêmeas, da raça Santa Inês em doze idades diferentes. Conduzido como parcela subdividida, pois fator tempo não foi aleatorizado, a análise variância necessita de correção dos graus de liberdade devido à condição de esfericidade não satisfeita. A correção de Geisser e Greenhouse (G-G) foi utilizada para os efeitos da interação e do tempo. O teste F na análise de variância apresentou resultado significativo para interação entre os fatores e, no desdobramento da interação, para avaliação do efeito do fator tempo em cada nível do fator sexo foi proposto o ajuste do modelo Gompertz bem como um teste de aderência para o modelo. Após o ajuste do modelo aos dados de peso de ovinos também foi considerado no estudo a comparação dos parâmetros das curvas de machos e fêmeas. Pela análise proposta foi possível concluir que o modelo univariado, com esquema de parcelas subdivididas, pode ser utilizado em experimentos de crescimento animal, porém sua aplicação está sujeita a verificação da condição de esfericidade. Também foi verificado que incorporar, no desdobramento de interações, o ajuste do modelo Gompertz é um procedimento viável e permitiu avaliar a real qualidade de ajuste do modelo aos dados. Com a comparação dos parâmetros das curvas ajustadas verificou-se que ovinos machos e fêmeas apresentam valores estatisticamente iguais para os parâmetros α e γ, ambos relacionados com o peso ao nascer dos animais. O peso máximo esperado para fêmea (40,7kg) é estatisticamente inferior ao encontrado para os machos (57,3kg), no entanto, sua taxa de crescimento (0,011kg/dia para fêmeas) é superior (0,007kg/dia para machos), ou seja, as fêmeas atingem o peso de estabilização mais rapidamente que os machos. / In experiments involving a qualitative and a quantitative factor, it is advisable that if a significant interaction is detected between factors in the analysis of variance, one should perform regression analysis of the splitting factors. However, the use of linear regression models is not always the most appropriate way to assess the effect of the quantitative factor. This paper presents a way to fit a nonlinear regression model in an experiment with repeated measurements over time. In the experiment, the weight gain of male and female Santa Inês breed sheep, in pounds, in twelve different ages is measured. Conducted in a split-plot design, as the time factor was not randomized, the analysis of variance requires correction of the degrees of freedom, as the sphericity condition is not satisfied. The Greenhouse and Geisser correction (G-G) was used for the purposes of interaction and time. The F test in the analysis of variance showed a significant result for the interaction between the factors and the splitting of the interaction. In order to evaluate the effect of the time factor at each level of the gender factor, a Gompertz model was proposed, as well as a test of model adherence. After fitting the model to the data, a comparison study of the parameters for males and females was also made. For the proposed analysis, we concluded that the univariate model, with split-plot design, can be used in experiments of animal growth, but its application is prone to verification of the sphericity condition. They also found that the incorporation of the splitting of interactions, by adjusting the Gompertz model, is a viable procedure and allowed to evaluate the real quality of fit. By comparing the fitted parameter values, it was found that males and females have statistically identical values for the parameters α and γ, both related to the birth weight of the animals. The maximum weight expected for a female (40.7 kg) is statistically lower than that found for the males (57.3 kg), however, their growth rate (0.011 kg / day for females) is greater than the males\' (0.007 kg / day for males), i.e., females reach weight stabilization faster than males.

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