It is our intention to derive a methodology for which to model discrete paired longitudinal data. Through the use of transition matrices and maximum likelihood estimation techniques by means of software, we develop a way to model the progression of such data. We provide an example by applying this method to the Wisconsin Epidemiological Study of Diabetic Retinopathy data set. The data set is comprised of individuals, all diabetics, who have had their eyes examined for diabetic retinopathy. The eyes are treated as paired data, and we have the results of the examination at the four unequally spaced time points spanning over a fourteen year duration.

Habitat loss is among the biggest threats to conservation worldwide, so habitat restoration plays an increasing role in endangered species management. This is especially true for species with high site fidelity, such as nesting marine turtles. Sand replenishment is commonly used to restore coastal beaches after severe erosion events, and may affect marine turtles and other species that live or reproduce in that habitat. I investigated how abiotic characteristics of sand used in a dune restoration project at Archie Carr National Wildlife Refuge, Florida, affected reproduction of the federally-endangered green turtle (Chelonia mydas). Sand structure and composition can affect egg development and hatching success by altering nest conditions, with nests in fine-grain or very coarse sand suffering decreased hatching success. I determined that calcium carbonate content (27.0% ± 1.4 SE vs. 15.1% ± 3.8 SE), moisture content (3.29% ± 0.26 SE vs. 4.59% ± 0.25 SE), and grain size (427.53 µm ± 14.1 SE vs. 274.66 µm ± 29.1 SE) differed significantly between natural and restored dunes. Hatching success of green turtles (44.7% ± 6.2 SE vs. 65.8% ± 5.3 SE) was significantly lower on restored dunes compared to natural dunes with an estimated loss of 22,646 hatched eggs. Hatching success also decreased as the nesting season progressed. These results demonstrate the importance of regulating fill material used in beach restoration projects; substrate characteristics are easily evaluated and can significantly influence marine turtle hatching success.

Soybean seed is one of the most costly inputs for soybean producers. Research was conducted in 2016 and 2017 in Mississippi to evaluate the impact of row spacing, planting date and seeding rate on soybean yield. Additional research was conducted to determine the optimal replant seeding rate, following a sub-optimal stand of soybean, to maximize soybean yield. These data suggest an early planting date, mid-April, at a seeding rate of 296,400 seeds ha-1, no matter the row spacing, resulted in the greatest soybean yield. No yield differences were observed for a replant seeding rate of 160,500 seeds ha-1 added to a 50% reduced stand when compared to the optimum stand treatment. Soybean yield was greater for the optimum stand treatment when compared to complete removal followed by full replant treatment, or 321,000 seeds ha-1.

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Cotton (Gossypium hirsutum L.) growth and development, lint yield, and fiber quality are influenced by many management decisions. Three field experiments examining the interaction of plant population and planting date, and cultivar or herbicide and plant growth regulator application on these parameters were conducted in Virginia during 2005 and 2006 and in North Carolina, South Carolina, and Louisiana during specific years. Experiment I: Plant Population and Planting Date Lint yields were highest with populations of 8.9 and 12.8 plants m¯² compared to 5.3 plants m¯² in Virginia and North Carolina, while in Louisiana the highest yields resulted from populations of 5.8 and 9.5 plants m¯² compared to 17.1 plants m¯². Earlier planted (1 May) cotton produced higher yields relative to later planted (21 May) cotton in Louisiana, while yield was not influenced by planting date in Virginia and North Carolina. The impact of plant population and planting date on cotton appeared to be influenced significantly by heat unit accumulation. Experiment II: Cultivar and Mepiquat Pentaborate Application Mepiquat pentaborate (MPB) application consistently decreased plant height, HNR, and enhanced maturity for all cultivars, compared to untreated cotton. A trend of decreasing yield with increasing MPB application in Virginia was observed. These data suggests that cotton response to MPB application is influenced by cultivar maturity or fruiting interval. Experiment III: Trifloxysulfuron-sodium and Mepiquat Chloride Application Trifloxysulfuron-sodium (TFS) did not influence vegetative growth, maturity, or yield in comparison to untreated cotton. Mepiquat chloride (MC) application reduced vegetative growth and enhanced maturity in most years. The results of this experiment demonstrate that TFS application does not have the same effects on plant growth as MC application. / Master of Science

No / This project seeks to address the lack of geomagnetic field data for the territory of Romania by sampling and analysing burnt archaeological features and sediments. The aim of this paper is to present the initial directional results and some magnetic mineralogical determinations from five features sampled during the first field season. Representative examples of directional and magnetic mineralogical analyses are presented, and dates are obtained using the REN-DATE software [Lanos, P., Kovacheva, M., Chauvin, A., 1999. Archaeomagnetism, methodology and applications: implementation and practice of the archaeomagnetic method in France and Bulgaria. Journal of European Archaeology, 2, 365¿392] and the published moving window averaged data from Hungary [Ma´rton, P., 2003. Recent achievements in archaeomagnetism in Hungary. Geophysical Journal International 153(3), 675¿690]. A comparison is made of the data obtained in this study with the published directional data from Bulgaria, Hungary and Ukraine.

Le chevreuil met bas chaque année en mai. À chaque évènement de reproduction, une femelle peut être dans différents états : reproducteur ou non reproducteur et elle peut élever un nombre variable de jeunes. La succession des transitions entre ces différents états constitue la trajectoire de reproduction d’un individu tout au long de sa vie. Chaque trajectoire est donc individuelle et la valeur de cette trajectoire une fois terminée est appréciée par sa valeur sélective qui peut être estimée comme le nombre de petits élevés au cours de la vie d’un individu. Différentes trajectoires individuelles peuvent exister au sein d’une même population et conduire à des valeurs sélectives similaires ou différentes montrant que différentes stratégies sont possibles pour atteindre la même valeur sélective mais aussi que certains individus de meilleure qualité peuvent atteindre une valeur sélective plus élevée que des individus de moins bonne qualité. L’étude d’une population de chevreuil située dans le Nord-Est de la France a permis d’étudier les sources et les conséquences de cette hétérogénéité individuelle sur les trajectoires d’histoire de vie individuelles et sur la dynamique de cette population. Ce travail de thèse a montré que chez le chevreuil, une trajectoire reproductive individuelle est en partie homogène et que les femelles de bonne qualité ont un succès annuel constant et plus marqué que les femelles de mauvaise qualité. La qualité de ces femelles est influencée par les conditions à la naissance comme la date de naissance et les conditions environnementales au cours de leur développement. Les trajectoires individuelles varient également aléatoirement en fonction des conditions environnementales annuelles. Ces dernières décennies, le changement climatique a donné naissance à un mismatch grandissant entre la période des mise-bas du chevreuil et la disponibilité en ressources qui a provoqué une diminution du succès reproducteur et de la croissance de la population. Ce travail a permis de discuter comment l’hétérogénéité individuelle est générée chez une espèce longévive et comment elle influence les stratégies démographiques et la dynamique de cette population / Roe deer give birth each year in May. At each reproductive event, a female can be in different reproductive statuses: breeder or non breeder and can wean a variable number of offspring. The successive transitions between the different statuses of a given female give its individual reproductive trajectory. The performance of a given trajectory is assessed by its fitness which can be approximated by the total number of offspring weaned during the trajectory. Different individual life-history trajectories can exist in a same population and these different trajectories can reach similar or different fitness. This suggests that different strategies can be chosen by different individuals to reach the same fitness but also that individuals of high quality can reach higher fitness than individuals of low quality. The study of a roe deer population located in North-Eastern France allowed analyzing the sources and the consequences of individual heterogeneity on individual life-history trajectories and on population dynamics. This work showed that roe deer individual reproductive trajectories are consistent for a given female such as high quality females have an annual reproductive success higher than low-quality females. Female quality is partly generated by birth condition such as birth date and environmental conditions at birth. Individual life-history trajectories vary also randomly in relation to annual environmental conditions. In particular, climate change led to a decline in annual mean reproductive success and a decrease of the population growth rate in the last decades in relation to an increase of the mismatch between vegetation phenology and roe deer birth period. This work discussed how individual heterogeneity is generated in a long-lived species and how it influences individual life-history strategies and population dynamics

Structurée en trois principaux chapitres, cette étude présente une approche pluridisciplinaire en combinant desanalyses spatiales et temporelles de la variabilité interannuelle des saisons de pluies d’une base de données agroclimatique,des essais phénologiques mensuelles d’une sélection de variétés photopériodiques de mil et de sorgholocales et améliorées, et l’utilisation conjointe d’un modelé de culture calibre pour les effets de la latitude et d’unSystème d’Information Géographique (SIG). Elle permet de tirer des conclusions originales et d’identifier lesenvironnements cibles prometteurs pour la vulgarisation des variétés de mil et de sorgho photopériodiques enAfrique de l’Ouest. Elle met en évidence l’existence de relations significatives entre les réponses phénologiques,le degré de sensibilité à la photopériode des variétés et les facteurs environnementaux, dont les principales sont :‒ La variabilité interannuelle des pluies en Afrique de l’Ouest durant les cinquante dernières années (1950-2000) est marquée par une diminution globale de la pluviométrie annuelle caractérisée par une variabilitéaccrue des dates de début de saison des pluies dans les latitudes basses que dans les latitudes élevées etune variabilité interannuelles des dates de fin de saison plus notable sur les latitudes du Nord plus quedans les basses latitudes au sud.‒ La distribution spatiale des variétés de mil et de sorgho photopériodiques est étroitement liée à larépartition spatiale et temporelle de la variabilité des dates de débuts et de fin de la saison de pluies. Lesvariétés photopériodiques se localisent essentiellement dans les basses latitudes ou la variabilité des datesde début de saison est plus élevée que celle des dates de fin de saison plus stable.‒ La réponse phénologique des variétés de mil et de sorgho photopériodiques est strictement dépendantede la date de semis et de la latitude. Les effets de la latitude sur la phénologie et la réactionphotopériodique des variétés est proportionnelle à la distance entre la zone de culture d’une variété et salatitude d’origine.‒ Le modèle de développement des céréales photopériodiques « Impatience » calibré et corrigé à cet effet(effet de la latitude) prévois et défini avec plus de précision les zones d’adaptation variétale optimale pourles variétés de mil et de sorgho photopériodiques en Afrique de l’Ouest.‒ L’adéquation entre la durée du cycle phénologique calibrée par le modèle de culture corrigé de l’effet dela latitude et celle observée dans les systèmes agraires à base de mil et de sorgho photopériodiques dansles agro-systèmes villageois au Mali valide le modèle les cartes d’adaptation variétale optimale. / Structured in three main chapters; this study addresses multidisciplinary approach combining spatial and temporalanalysis of interannual variability of rainfall, multi-locations trials of a large and representative sample of photoperiodicvarieties of sorghum and millet combined with a photoperiod response crop model and Geographic Information System(GIS). It allowed identifying specific target environment to promote the vulgarization of photoperiodic varieties ofsorghum and millet in West Africa. This study depicted significant relationships between phenology, PP sensitivityresponses and environmental factors, where the mains components are listed below:‒ The interannual rainfall variability in West Africa over the past fifty years (1950-2000) was marked by ageneral decrease in annual rainfall characterized by high variability in the onset of growing period at lowerlatitudes and an increase in the interannual variability of the end of growing period in the northern latitudeswith least significant variability through climatic periods.‒ The spatial distribution of PP sensitivity varieties of millet and sorghum is closely related to the spatial andtemporal distribution of the interannual variability of the onset and end dates of growing period. Photoperiodsensitive varieties are located mainly at lower latitudes where the interannual variability in the onset of thegrowing period is much higher than the end of the growing period.‒ Phonological response and expression of photoperiod sensitivity are strictly dependent on sowing date andlatitude. Effects of latitude on the expression of photoperiod sensitivity and phenology are proportional tolatitude.‒ The "impatience" sub-crop model calibrated and corrected for latitudinal effect predicts and identifies moreaccurately optimal varietal adaptation areas for sorghum and millet varieties in West Africa.‒ The adequacy between calibrated duration of the phonological cycle by the crop model adjusted for latitudinaleffect and that observed in farming systems in agro-systems in Mali, allowed to validate the predicted optimalvarietal adaptation maps by defined the model.

Les pratiques culturales modifient l'architecture des couverts de manière à augmenter ou diminuer le développement des épidémies mais les processus mis en jeu sont complexes ; des modèles mécanistes simulant l'interaction entre plante et pathogène devraient aider à les clarifier. Les modèles de Plantes Virtuelles, qui permettent de décrire explicitement la structure tridimensionnelle de la plante, semblent particulièrement prometteurs pour exprimer les effets de l'architecture de la plante sur le développement des épidémies. L'objectif de cette étude est d'examiner la possibilité de simuler l'effet de l'architecture des plantes sur le développement de la maladie en utilisant un modèle Plante Virtuelle. Dans ce travail, nous nous intéressons au pathosystème blé-Septoria tritici, dans lequel l'architecture joue un rôle important. En effet, les spores de Septoria tritici sont propagées par les éclaboussures de pluie depuis les feuilles infectées du bas du couvert vers les nouvelles feuilles saines. Notre travail s'est appuyé sur un modèle pré-existant d'épidémie de la septoriose, Septo3D. L'architecture du blé a été étudiée pour une gamme de densités et de date de semis. Les différences de phyllochrone entre traitements ont été dans une gamme susceptible de modifier le développement de la septoriose. Ces variations ont été représentées par un modèle descriptif qui tient compte du nombre de feuilles final et de la photopériode. Une description détaillée des variables d'architecture à l'échelle des organes et du couvert a fourni une documentation originale et complète sur la plasticité de l'architecture du blé. Ces données ont été utilisées pour paramétrer la description du blé dans Septo3D. Globalement, les traitements étudiés ont conduit à de fortes différences de la densité de végétation au cours du temps. Les dynamiques de développement de la septoriose ont été suivies pour trois traitements de densités contrastées. Les cinétiques de la maladie simulées par le modèle étaient conformes aux mesures expérimentales. Bien que, l'approche nécessite davantage de validation, les résultats confirment que l'approche Plante Virtuelle apporte un nouvel éclairage sur les processus et les caractéristiques des plantes qui impactent les épidémies. En conclusion, nous proposons quelques perspectives en vue de nouvelles applications et améliorations de l'approche. / Agronomic practices modify crop architecture in ways that may facilitate or hamper disease development. The processes involved are complex and mechanistic models simulating plant-pathogen interaction should help clarifying them. Virtual Plants, i.e. models in which the three-dimensional structure of the plant is explicitly described, appear specially promising to express the effects of the plant architecture on the epidemic development. The objective of this study is to examine the ability to simulate the effect of plant architecture on disease development using a Virtual Plant model.The work focuses on the pathosystem wheat-Septoria tritici, in which architecture plays an important role because spores of Septoria are propagated from infected leaves to upper healthy leaves by rain splash. We build on a pre-existing model of Septoria epidemics, Septo3D. Wheat architecture was examined for a range of sowing date and density treatments. Differences of phyllochron between treatments were in a range sufficient to likely modify epidemic development; they were well represented by a descriptive model depending on photoperiod and final leaf number. A detailed description of architectural variables at the organ and canopy scale provided an original and comprehensive documentation of the plastic response of wheat, which was used for parameterising the wheat description in Septo3D. Overall, the investigated treatments resulted in strong differences in the time course of vegetation density. Septoria dynamics were monitored in a subset of three treatments of contrasted densities. Simulated disease kinetics were consistent with field measurements. Although, the approach needs further validation, results support that virtual plant modelling provides new insights into the processes and plant traits that impact epidemics. We conclude with prospects for further improvements and applications.