Made available in DSpace on 2016-06-02T19:06:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6270.pdf: 1934927 bytes, checksum: f1e2441b9a2d898dfdbfdefc98c82a23 (MD5) Previous issue date: 2014-03-14 / Universidade Federal de Sao Carlos / Complex data, like images, face semantic problems in your queries that might compromise results quality. Such problems have their source on the differences found between the semantic interpretation of the data and its low level machine language. In this representation are utilized feature vectors that describe intrinsic characteristics (like color, shape and texture) into qualifying attributes. Analyzing the similarity in complex data, perceives that these intrinsic characteristics complemented the representation of data, as well as is carried out by human perception and for this reason the use of multiple descriptors tend to improve the ability of discrimination data. In this context, another relevant fact is that in a data set, some subsets may present essential specific intrinsic characteristics to better show their rest of the data elements. Based in such premises, this work proposes the use of boundary conditions to identify these subsets and then use the best descriptor combination balancing for each of these, aiming to decrease the existing semantic gap in similarity queries. Throughout the conducted experiments the use of the proposed technique had better results when compared to use individual descriptor using the same boundary conditions and also using descriptors combination for the whole set without the use of boundary conditions. / Dados complexos, como imagens, enfrentam problemas semânticos em suas consultas que comprometem a qualidade dos resultados. Esses problemas são caracterizados pela divergência entre a interpretação semântica desses dados e a forma como são representados computacionalmente em características de baixo nível. Nessa representação são utilizados vetores de características que descrevem características intrínsecas (como cor, forma e textura) em atributos qualificadores. Ao analisar a similaridade em dados complexos percebe-se que essas características intrínsecas se complementam na representação do dado, bem como é realizada pela percepção humana e por este motivo a utilização de múltiplos descritores tende a melhorar a capacidade de discriminação dos dados. Nesse contexto, outro fato relevante é que em um conjunto de dados, alguns subconjuntos podem apresentar características intrínsecas específicas essenciais que melhor evidenciam seus elementos do restante dos dados. Com base nesses preceitos, este trabalho propõe a utilização de condições de contorno para delimitar estes subconjuntos e determinar o melhor balanceamento de múltiplos descritores para cada um deles, com o objetivo de diminuir o gap semântico nas consultas por similaridade. Em todos os experimentos realizados a utilização da técnica proposta sempre apresentou melhores resultados. Em comparação a utilização de descritores individuais com as mesmas condições de contorno e sem condições de contorno, e também a combinação de descritores para o conjunto todo sem a utilização de condições de contorno.

Submitted by Filipe Marcel Fernandes Gonçalves null (filipemfg@gmail.com) on 2016-10-13T22:19:26Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Mestrado_Filipe_Marcel_Fernandes_Gonçalves.pdf: 6479864 bytes, checksum: 4596171ab4ce8e8c1a6ce9723f335b36 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-10-19T18:04:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 goncalves_fmf_me_sjrp.pdf: 6479864 bytes, checksum: 4596171ab4ce8e8c1a6ce9723f335b36 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-19T18:04:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 goncalves_fmf_me_sjrp.pdf: 6479864 bytes, checksum: 4596171ab4ce8e8c1a6ce9723f335b36 (MD5) Previous issue date: 2016-08-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O grande volume de imagens disponível na Web gerado em diferentes domínios requer um conhecimento especializado para sua a análise e identificação. Nesse sentido, recentes avanços ocorreram com desenvolvimento de técnicas de recuperação de imagens baseadas nas características visuais. Entretanto, o gap semântico entre as características de baixo-nível das imagens e aquilo que a imagem representa ainda é um grande desafio. Uma solução para diminuir o gap semântico consiste em combinar a informação de características visuais das imagens com o conhecimento do domínio de tais imagens. Nesse sentido, ontologias podem auxiliar, já que estruturam o conhecimento. Desse modo, o presente trabalho apresenta uma nova abordagem denominada Recuperação Interativa de Imagens Guiada por Semântica (Semantic Interactive Image Retrieval – SIIR) que combina técnicas de recuperação de imagens baseadas no conteúdo (Content Based Image Retrieval – CBIR) e aprendizado não supervisionado, com o conhecimento definido em ontologias. Desse modo, o trabalho em questão propõe uma nova abordagem a fim de simular o papel dos biólogos na classificação de famílias de Angiospermas a partir de uma imagem e seu conteúdo. Para tanto, foi desenvolvida uma ontologia de estruturas e propriedades de plantas com flor e fruto, de modo a conceitualizar e relacionar tais atributos visando a classificação de famílias de Angiospermas. Para análise das características visuais foram utilizados métodos de extração de características de baixo-nível das imagens. Com relação ao aprendizado não supervisionado foi utilizado o algoritmo RL-Sim a fim de melhorar a eficácia da recuperação das imagens. A abordagem combina técnicas CBIR com ontologias ao utilizar um grafo bipartido e um grafo discriminativo de atributos. O grafo discriminativo de atributos permite a análise semântica utilizada para selecionar o atributo que melhor classifica a planta da imagem de busca. Os atributos selecionados são utilizados para formular uma interação com um usuário, de modo a melhorar a eficácia da recuperação e diminuir os esforços necessários na identificação da planta. O método proposto foi avaliado nos conjuntos de dados públicos Oxford Flowers 17 e 102 Classes, de modo que os resultados demonstram alta eficácia para ambos os conjuntos de dados quando comparados com outras abordagens. / A large amount of images is currently generated in many domains, thus requiring specialized knowledge on the identification and analysis. From one standpoint, many advances have been accomplished in the development of image retrieval techniques based on visual image properties. However, the semantic gap between low-level features and high level concepts still represents a challenge scenario. One another standpoint, knowledge has also been structured in many fields by ontologies. A promising solution for bridging the semantic gap consists in combining the information from low-level features with semantic knowledge. This work proposes a new approach denominated Semantic Interactive Image Retrieval (SIIR) which combines Content Based Image Retrieval (CBIR) and unsupervised learning with ontology techniques. We present a novel approach aiming to simulate the biologists role in the classification of Angiosperm families from image sources and their content. In order to achieve this goal, we developed a domain ontology from plant properties and structures, hence relating features from the Angiosperm families. In regard to Unsupervised Learning, we used the RL-Sim algorithm to improve image classification. The proposed approach combines CBIR techniques with ontologies using a bipartite graph and a discriminative attribute graph. Such graph structures allow a semantic analysis used for the selection of the attribute that best classify the plant. The selected attributes are used for formulating the user interactions, improving the effectiveness and reducing the user efforts required. The proposed method was evaluated on the popular Oxford Flowers 17 and 102 Classes datasets, yielding very high effectiveness results in both datasets when compared to other approaches.

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:55:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DaviBB.pdf: 1037005 bytes, checksum: 218c25a038f89588a46ddca7509b0705 (MD5) Previous issue date: 2006-07-06 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / The aim of this work is to characterize and use the characteristic parameters of the planar structures constructed with fin lines looking for their applications in devices, using PBG Photonic Band Gap photonic materials as substrate, operating in the millimeter and optic wave bands.The PBG theory will be applied for the relative permittivity attainment for the PBG photonic substrate s and p polarizations. The parameters considered in the structures characterization are the complex propagation constant and the characteristic impedance of unilateral and bilateral fin lines that were obtained by the use of the TTL Transverse Transmission Line Method, together with the Method of the Moments. The final part of this work comprises studies related to the behavior of the asymmetric unilateral fin line coupler with photonic substrate. This research opens perspectives for new works in this modern area. Numerical results are shown by means of bi-dimensional and three-dimensional graphics. Conclusions and suggestions for future works are also presented / O presente trabalho tem como objetivo caracterizar e utilizar os par?metros de estruturas planares constru?das com linhas de l?minas visando a sua utiliza??o em circuitos, com materiais fot?nicos do tipo PBG Photonic Band Gap como substrato, operando nas faixas de ondas milim?tricas e ?pticas. A teoria PBG ser? aplicada para a obten??o da permissividade relativa para as polariza??es s e p dos substratos compostos de material fot?nico PBG. Os par?metros considerados na caracteriza??o das estruturas s?o a constante de propaga??o complexa e a imped?ncia caracter?stica, de linhas de l?mina unilaterais e bilaterais, que foram obtidos atrav?s da utiliza??o do m?todo da Linha de Transmiss?o Transversa LTT com o aux?lio do M?todo dos Momentos. Nesse trabalho foi realizado ainda, um estudo do funcionamento do acoplador com linha de l?mina unilateral assim?trica com substrato fot?nico. Esta pesquisa abre perspectivas para novos trabalhos nesta moderna ?rea. A an?lise te?rica computacional desse trabalho se mostrou precisa, com compara??es de outros trabalhos, podendo ser empregada em outros dispositivos que utilizem a linha de l?mina como estrutura b?sica, e materiais ?pticos. Resultados num?rico-computacionais em forma de gr?fico em duas e tr?s dimens?es para todas as an?lises realizadas s?o apresentados, para as estruturas propostas que tem como substratos materiais fot?nicos. S?o apresentadas conclus?es e sugest?es para a continuidade deste trabalho

Neste trabalho foram efetuados estudos importantes e pioneiros sobre as propriedades estruturais, eletrônicas e termodinâmicas dos nitretos e de suas ligas, através de dois métodos de primeiros princípios distintos, o FLAPW (\"Full-potential Linear Augmented Plane Wave\") e o pseudopotencial combinado com a aproximação quasequímica generalizada. Na primeira parte, utilizando o método FLAPW, calculamos as estruturas de bandas para os nitretos cúbicos do grupo-IH, BN, AIN, GaN e InN. Foram obtidos valores para a constante de rede e \"bulk modulus\" para os nitretos do grupo-III através de cálculos relativísticos da energia total. Através das estruturas de bandas e analisando o topo da banda de valência e o fundo da banda de condução perto do ponto r ou, no ponto k correspondente ao mínimo da banda de condução, derivamos os respectivos valores para as massas efetivas de elétron e de buraco pesado, leve e de \"split-off\' e correspondentes parâmetros de Luttinger. Todos os resultados são comparados com dados experimentais e teóricos existentes na literatura. Na segunda parte, utilizando o método FLAPW, estudamos a influência da impureza de Mg na estrutura eletrônica do GaN cúbico (c-). Realizamos cálculos da otimização da geometria, incluindo deslocamentos dos primeiros e segundos vizinhos, para os casos da impureza com estados de carga neutro e negativo. Obtivemos o valor de 190 meV para o deslocamento de Franck-Condon da energia térmica, o qual apresenta um bom acordo com os dados experimentais de fotoluminescência e efeito Hall. Nós concluímos que os primeiros e segundos vizinhos desempenham um papel importante na determinação das energias do nível aceitador resultante da dopagem do c-GaN com Mg. Na terceira parte, nós apresentamos cálculos das propriedades eletrônicas, estruturais e termodinâmicas de ligas cúbicas envolvendo os nitretos do grupo-III, InxGa1-xN, InxAl-xN, AlxGal-xN, BxGal-xN e BxA1-xN. Nós combinamos o método de expansão de \"clusters\" através da aproximação quasequímica generalizada (\"Generalized Quasichemical Approximation -GQCA\") com cálculos de pseudopotenciais \"ab initio\" DFT-LDA. Para todas a ligas, exceto a de AlxGal-xN, encontramos separação de fase para temperaturas próximas das temperaturas de crescimento. Generalizamos o método de expansão de \"c1usters\" para estudar a influência da tensão biaxial. Encontramos uma significativa supressão da separação de fase induzida pela tensão para as ligas de InxGal-xN e InxAh-xN, sendo no caso da liga de InxGal_xN confirmado experimentalmente. Observamos também que flutuações da energia do \"gap\" da liga de InxGal-xN permitem definir valores mínimo e médio para a energia do \"gap\" com diferentes valores para o \"bowing\". Observamos que a tensão biaxial reduz as flutuações da energia do \"gap\", resultando em uma diminuição do valor do \"bowing\". Através deste estudo mostramos uma possível explicação para a discrepância experimental para valores do \"bowing\". / In this work we performed a pioneer theoretical study of structural, electronic and thermodynamic properties of the group-III nitrides and their alloys, by using two distinct first principles methods, the FLAPW full potential linear augmented plane wave and the pseudopotential-plane-wave method combined with the generalized quasichemical approximation. In the first part of our work, by using the FLAPW, we present the electronic band structures ofthe zinc-blende-type group-III nitrides compounds, BN, AIN, GaN, and InN. Lattice constant and bulk modulus are obtained from fuH relativistic total-energy calculations. Electron, heavy-, light-, and split-off-hole effective masses and corresponding Luttinger parameters are extracted from the band-structure calculations. A comparison with other available theoretical results and experimental data is made. In the second part of our work, by using the FLAPW method, the electronic structure of Mg impurity in zinc-blende (c-) GaN is investigated. Full geometry optimization calculations, including nearest and next-nearest neighbor displacements, were performed for the impurity in the neutral and negatively charged states. A value of 190 meV was obtained for the Franck-Condon shift to the thermal energy, which is in good agreement with that observed in recent low temperature photoluminescence and Hall-effect measurements. We conclude that the nearest and the next-nearest neighbors of the Mg impurity replacing Ga in c-GaN undergo outward relaxations which play an important role in the determination ofthe center acceptor energies. In the third part of our work, we present a study of electronic, structural, and thermodynamic properties of the cubic group-III nitrides alloys, InxGal-xN, InxAll_xN, AlxGal-xN, BxGal-xN e BxAll-xN. We combined the generalized quasichemical approximation (GQCA) with an ab initio pseudopotential-plane-wave method. For alI alIoys, except the AlxGal-xN, we observe a miscibility gap for temperatures near those of the growth. The cluster treatment is generalized to study the influence of biaxial strain. We find a remarkable suppression ofphase separation in InxGal-xN and InxAll-xN induced by strain which is confirmed by experiments on the InxGal_xN alloy. We also observed that the gap fluctuations in the InxGal-xN alloy allow the definition of a minimum gap and an average gap with different bowing parameters. Biaxial strain drastically reduces the gap fluctuations, resulting in a reduction of the bowing. The different gaps and the strain influence investigated provide an explanation for the discrepancies found in the experimental values of the bowing parameter.

Made available in DSpace on 2016-03-15T19:37:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Chrystianne Rocha.pdf: 2924776 bytes, checksum: a1d74db138a8b87f0518f3a6ef67c404 (MD5) Previous issue date: 2014-08-07 / This master thesis presents the proposal of assigning the cognitive ability to a gap filler. Differently from the usual repeaters found on the market, the adaptive gap filler is able to automatically monitor tuned channels with the intention of verifying if the protection ratio described in Resolution nº398 from Anatel is being respected. Spectrum sensing techniques and the concepts related to coverage area will be addressed. Tests were carried out on the Matlab and GNU Radio Software with the purpose of analyzing the adaptive gap filler performance on real channels. / Este trabalho apresenta a proposta de atribuir ao gap filler a capacidade cognitiva . Diferentemente dos repetidores encontrados no mercado, o gap filler adaptativo tem como função monitorar, de forma autônoma, os canais sintonizados para verificar se a relação de proteção descrita na Resolução nº 398 da Anatel está sendo respeitada. Como fundamentos dessa proposta são abordadas as técnicas de sensoriamento do espectro e os conceitos relacionados às áreas de cobertura. Em uma abordagem prática, os testes foram desenvolvidos no Matlab e no GNU Radio, em que se analisa a atuação do gap filler adaptativo em canais reais.

Made available in DSpace on 2016-03-15T19:32:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Helio Cardoso Pereira Jr.pdf: 1824752 bytes, checksum: 8d2ffb781a4283f3a9637649b3c2a686 (MD5) Previous issue date: 2011-08-11 / Fundo Mackenzie de Pesquisa / Studies have attempted to assess the quality of information provided by information systems in organizational context have been developed by several researchers, who were faced with the arduous task of identifying the various attributes that are related to the quality of information. This research sought to verify the existence of a gap in perception regarding the quality of accounting information received by information systems and quality expected by its users. We also sought to verify that the information systems used in organizations provide financial information about the quality necessary for good decision making. Methodological procedures were used for quantitative description, by a non-probability sample of the type of convenience that included 65 respondents. The instrument used was an electronic questionnaire survey type, containing predominantly closed questions, and issues in order to characterize the respondent and his company. In the processing of the data that were collected between February and May 2011 were used quantitative techniques such as descriptive statistics, mean test, reliability test, correlation and factor analysis. Some results indicate that users showed a difference of perception on some constructs related to quality of accounting information, among which: 1) accessibility, 2) amount of information, 3) completion, 4) credibility, 5) brevity, 6 ) consistency, 7) ease of operation, 8) without error, 9) interpretability, 10) objectivity, 11) relevance, 12) reputation, 13) security, 14) and opportunity 15) comprehensibility. The survey also indicated a strong correlation between the quality of accounting information and information system that provides this information. / Estudos buscando avaliar a qualidade das informações fornecidas por sistemas de informação, no contexto organizacional já foram desenvolvidos por diversos pesquisadores, que se depararam com árdua tarefa de identificar os vários atributos que estão relacionados à qualidade da informação. Com esta pesquisa buscou-se verificar a existência de um gap de percepção com relação à qualidade da informação contábil recebida pelos sistemas de informação e a qualidade esperada por seus usuários. Procurou-se também verificar se os sistemas de informação utilizados nas organizações fornecem informações contábeis com a qualidade necessárias para uma boa tomada de decisão. Foram utilizados procedimentos metodológicos de natureza quantitativa descritiva, mediante uma amostra do tipo não probabilística por conveniência que contemplou 65 respondentes. O instrumento de coleta utilizado foi um questionário eletrônico tipo survey, contendo questões predominantemente fechadas, além de questões visando caracterizar o respondente e sua empresa. No processamento dos dados que foram coletados entre de fevereiro e maio de 2011 utilizaram-se técnicas quantitativas como a estatística descritiva, teste de médias, teste de confiabilidade, correlação e análise fatorial. Alguns resultados indicam que os usuários demonstraram uma diferença de percepção quanto a alguns construtos relacionados à qualidade da informação contábil, dentre os quais destacam: 1) acessibilidade, 2) quantidade de informação, 3) completude, 4) credibilidade, 5) concisão, 6) consistência, 7) facilidade de operação, 8) sem erro, 9) interpretabilidade, 10) objetividade, 11) relevância, 12) reputação, 13) segurança, 14) oportunidade e 15) compreensibilidade. A pesquisa também indicou uma forte correlação entre a qualidade da informação contábil e o sistema de informação que fornece essa informação.

Made available in DSpace on 2016-03-15T19:32:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Wagner Lima da Silva.pdf: 533048 bytes, checksum: 307be37580f5223b6a1e8468d9b7282d (MD5) Previous issue date: 2012-03-23 / Fundo Mackenzie de Pesquisa / Information security has become an issue that reaches the organizations, once it puts at risk the continuity of the businesses. As the accounting is the responsible area for consolidating all the information of the organization, it becomes relevant evaluate the perception of users of accounting information regarding the subject. This research, on the basis of literature review identified six constructs of information security (Integrity, Availability, Confidentiality, Equipment, Policies and Procedures and People). These constructs had been used in a survey electronic questionnaire, where one sample composed by 129 users of accounting information from various Brazilian organizations provided their perceptions regarding information security. These data allowed the realization of a gap analysis which consisted in comparing the means of assessment (how the respondent evaluates information security in your organization) and importance (how much the respondent considers information security important) attributed to each construct of information security. As a result, it was evidenced the existence of statistically significant gaps for all the six constructs of information security checked, showing that the organizations are giving less importance to the matter than expected by respondents. The users of accounting information are aware of the importance of information security and had shown to be unsatisfied with the equipment, policies and procedures used to guarantee the information security in the organizations. People construct presented the largest gap of this research, suggesting that the organizations face difficulties to control the human component in information security, and people are not aware of the importance of their role in the effectiveness of information security in the organizations. The research findings suggest that managers should focus their efforts on employee awareness and implementation of security policies and procedures, aiming at the establishment of information security culture in the organization. / A segurança da informação se tornou um problema que atinge as organizações, uma vez que coloca em risco a continuidade dos negócios. Sendo a contabilidade a área responsável por consolidar todas as informações da organização, torna-se relevante avaliar a percepção dos usuários da informação contábil a respeito do tema. Esta pesquisa, com base na revisão da literatura, identificou seis construtos de segurança da informação (Integridade,Disponibilidade, Confidencialidade, Equipamentos, Políticas e Procedimentos e Pessoas).Estes construtos foram utilizados em um questionário eletrônico do tipo survey, em que uma amostra composta por 129 usuários da informação contábil de diversas organizações brasileiras forneceram a sua percepção a respeito da segurança da informação. Estes dados possibilitaram a realização de uma análise de gap que consistiu na comparação das médias de avaliação (como o respondente avalia a segurança da informação na sua organização) e importância (o quanto o respondente considera a segurança da informação importante) atribuída a cada construto de segurança da informação. Como resultado, constatou-se a existência de gaps estatisticamente significativos para todos os seis construtos de segurança da informação estudados, evidenciando que as organizações estão atribuindo menor importância ao tema do que o esperado pelos respondentes. Os usuários da informação contábil estão conscientes da importância da segurança da informação e demonstraram estarem insatisfeitos com os equipamentos, políticas e procedimentos utilizados para garantir a segurança da informação nas organizações. O construto Pessoas apresentou o maior gap desta pesquisa, sugerindo que as organizações enfrentam dificuldades para controlar o componente humano na segurança da informação, e as pessoas não estão conscientes da importância do seu papel para a eficácia da segurança da informação nas organizações. Os resultados desta pesquisa sugerem que os gestores devem direcionar seus esforços na conscientização dos funcionários e na implantação de políticas e procedimentos de segurança, objetivando a instituição da cultura de segurança da informação na organização.

Le contrôle des ondes électromagnétiques joue un rôle fondamental dans les technologies photoniques actuelles. De nos jours, on assiste à une demande croissante de composants agiles capable d'absorber efficacement les ondes électromagnétiques dans divers gamme de fréquences. Habituellement, ces absorbeurs s'appuient sur les résonances plasmoniques qui apparaissent dans les métaux nobles dans la gamme visible. Cependant, l'extension des propriétés plasmoniques aux spectres infrarouge et THz nécessite des matériaux adéquats ayant un comportement métallique à ces fréquences. Dans ce travail, nous étudions numériquement et expérimentalement les structures métal-isolant-métal (MIM) réalisées à partir de semi-conducteur hautement dopé Si: InAsSb qui a un comportement métallique dans la gamme infrarouge. Dans la deuxième partie, nous avons amélioré l'efficacité des résonateurs MIM en utilisant des métamatériaux hyperboliques qui miniaturisent les résonateurs. Dans la dernière partie, nous proposons un design universel ultra-mince qui permet de dépasser les contraintes associées au choix des matériaux et permettant la réalisation d'un absorbeur fonctionnant sur une gamme spectrale allant de l'infrarouge aux micro-onde. / The control of light absorbance plays a fundamental role in today's photonic technologies. And the urge to design and develop flexible structures that can absorb electromagnetic waves is very growing these days. Usually, these absorbers relies on plasmonic resonances that arise in noble metals in the visible range. However, the extension of the plasmonic properties to the infrared and THz spectra requires adequate materials that have a metallic behavior at these frequencies. In this work, we study numerically and experimentally the metal-insulator-metal (MIM) structures realized from highly doped semiconductor Si:InAsSb that has a metallic behavior in the infrared range. In the second, part we improved the efficiency of the MIM resonators by using hyperbolic metamaterials that also miniaturize the resonators. In the last part, we propose an ultra-thin universal design that overcomes the material barrier so that the total absorption can be achieved for different spectral ranges without changing the material.

La thèse porte sur l’étude des 2 premières enzymes de la voie du MEP: la DXS et DXR. La voie du MEP conduit à la biosynthèse des isoprénoïdes chez la plupart des bactéries, dont des pathogènes. Etant absente chez l’homme, les enzymes de cette voie cible idéale pour la recherche de nouveaux antimicrobiens. L’objectif principal était d’améliorer le développement de nouveaux antimicrobiens. Nous avons utilisé des outils computationnels : méthodes de docking et de mécanique moléculaire couplée à la méthode MM/PBSA. Nous avons identifié les résidus contribuant significativement à la fixation d’un ligand dans le site actif de la DXR. Ces résultats ont été utilisés lors de la conception de nouveaux candidats inhibiteurs de type bisubstrat, biligand et difluoro phosphonate, dont 2 ont pu être synthétisés. Nous avons également développé une méthode de synthèse donnant accès au L- et D-GAP énantiomeriquement purs, dans le but d’étudier l’énantiospécificité de la DXS face à son substrat D-GAP. / This thesis concerns the study of the 2 first enzymes of the MEP pathway: DXS and DXR. The MEP pathway permits the biosynthesis of isoprénoïdes in most bacteria, including pathogenic one. As it is not present in human, enzymes of MEP pathway are effective targets in the research of new antimicrobial drugs. The objective was to advance the development of new antimicrobiotic compounds. We used computational tools: molecular docking and molecular dynamics simulations coupled with an MM/PBSA approach. We were able to identify residues that contribute significantly to the ligand binding in the DXR active site. These results were used to guide the conception of new inhibitor models, such as bisubstrates, biligands and α,α-difluoro phosphonates, two of which were synthetized. We also developed a synthesis method to obtain L- and D-GAP as enantiomerically pure molecules. The goal was to study the enantiospecificity of DXS to its substrate, D-GAP.

Master of Science / Department of Physics / Kristan L. Corwin / We investigate the nonlinear spectroscopy of acetylene in the near infrared region inside a photonic band gap fiber. The near infrared region of the optical spectrum is an area of intensive research due to its relevance to telecommunication and optical metrology. Acetylene provides a large number of reference transitions coincident with the international telecommunication band. Acetylene contains about 50 strong lines between 1510 nm and 1540 nm in the ν1+ν3 ro-vibrational combination band. We have observed the Doppler-free saturated spectrum of several of these lines. The light from a tunable diode laser at ~1531 nm, resonant with the P(11) transition, is amplified by an erbium doped fiber amplifier and split into a strong pump beam and weak probe beam which counter-propagate inside the gas-filled fiber. The measured Doppler linewidth of the P(11) line at room temperature is about 467 MHz wide. The sub-Doppler profile over a pressure range of 200-1600 mT appears as a narrow absorption feature about 20-40 MHz wide, even at the low pump power of ~10 mW. It is found that for a fiber with an 80 cm length, 20 core size, pumped with 29 mw, the optimum pressure is ~530mT. But the optimum pressure condition will further decrease when the fiber length increases.