Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissAKF.pdf: 1115886 bytes, checksum: 522e86b0776e4eba05d6b4ea1822d056 (MD5) Previous issue date: 2003-08-22 / Financiadora de Estudos e Projetos / The evaluation of genetic relationships among broodstocks is a useful tool for culture management programs. In the present work, the relationships amongst four broodstocks of the marine shrimp Litopenaeus vannamei were established based on sequencing of 16S rRNA and COI regions from mtDNA. Farfantepenaeus subtilis was used as outgoup in mtDNA analysis. No divergence was found when sequences of the 16S rRNA gene were compared, likely due to the conservativeness of such region. Otherwise, at the dendrogram obtained from COI gene sequencing, clustering between Aqua-044 and Aqua-045 broodstocks and between Aqua-046 and Aqua-051 broodstocks was observed. The formation of these groupings may be related to the origin of the broodstocks as well as to the effects of genetic drift suffered by the founder populations. The results obtained in the present work may constitute a very useful tool for the delineation of more appropriate management programs for the analyzed broodstocks. / O estudo das relações genéticas entre estoques constitui-se em uma ferramenta de grande utilidade em programas de cultivo. No presente trabalho foram estabelecidas as relações entre cinco plantéis de reprodutores do camarão marinho Litopenaeus vannamei, com base no seqüenciamento das regiões RNAr 16S e COI do DNAmt. A espécie Farfantepenaeus subtilis foi utilizada como grupo externo. Não foram encontradas divergências genéticas entre as seqüências do gene 16S RNAr, possivelmente, devido ao fato de se tratar de uma região conservada. Já no dendrograma obtido a partir do seqüenciamento do gene COI pôde-se observar a formação de dois agrupamentos, um deles envolvendo os plantéis Aqua-044 e Aqua-045, e o outro, os plantéis Aqua-046 e Aqua-051. A formação desses agrupamentos pode estar relacionada à origem dos plantéis, bem como aos efeitos de deriva genética sofridos pelas populações fundadoras. Os resultados obtidos no presente trabalho podem constituir-se numa ferramenta de grande utilidade para o delineamento de programas de manejo mais adequados para os plantéis estudados.

Este trabalho tem como objetivo discutir o conceito formal de distância em matemática, visando depois apresentar exemplos do conceito de distância em situações do dia a dia. Em geral com esse trabalho pretendemos que o leitor menos familiarizado entenda a importância do conceito matemático de distância. Distância é muito mais que o comprimento do segmento entre dois pontos e isso será apresentado em cada capítulo. O assunto foi inspirado pelo livro Encyclopedia of Distances Deza Michel Marie (2009), no qual são apresentados, espaços métricos, métricas em várias áreas e aplicações. No segundo capítulo, será apresentado a definição de espaços métricos. No terceiro capítulo serão apresentados alguns exemplos de métricas. As três primeiras métricas, as mais comuns: métricas euclidiana e máxima em R e R2. Também serão apresentadas as generalizações de cada uma delas em Rn. O próximo capítulo, o quarto, é destinado a apresentar o estudo sobre espaços normados, pois por meio desses conceitos pode-se analisar as distâncias entre vetores e matrizes. Veremos que a relevância dessas distâncias auxilia, por exemplo, na compreensão de aproximações de soluções de sistemas. No capítulo de distância de funções será apresentado um breve comentário sobre a série de Fourier, com relação ao método da aproximação através da decomposição de funções periódicas. Para analisar o quanto as funções trigonométricas estão se aproximando, usa-se o conceito de distância entre funções, as medições são feitas de acordo com as aproximações vão aumentando, essa distância \"erro\" entre elas tende a zero. Na teoria dos códigos, é preciso introduzir o conceito de distância entre \"palavras\", isso permite verificar se o código enviado teve alguma alteração, provocada por uma interferência ou ruídos durante a trajetória. Em algumas situações, o código consegue corrigir e compreender a palavra enviada mesmo tendo sofrido alterações no percurso. Nestes casos, há o estudo da métrica de Hamming. Já pela métrica de Hausdoorf, proposta pelo matemático de mesmo nome, é possível calcular com maior precisão a distância entre conjuntos fechados e limitados. Esta métrica pode ser utilizada em estudos de reconhecimento facial, por exemplo, pois as imagens das faces são transformadas em nuvens de pontos. Além disso, através do algoritmo de Dijkstra será apresentado a distância entre os vértices de um grafo convexo. Existem várias aplicações de distância entre grafos e uma delas é a questão de minimizar o custo decorrente do deslocamento entre uma transportadora e o local de entrega por exemplo. Para finalizar à discussão da importância do consenso de distância, será apresentada uma distância entre genes. Dentro deste tema, o principal cientista foi Thomas Morgan, que por meio de seus estudos conseguiu criar o primeiro mapeamento genético. Com isto, pode relacionar o conceito de distância entre genes à taxa de recombinação gênica. Finalmente, foi elaborada uma atividade com alunos do ensino médio com o objetivo de analisar os conhecimentos que os estudantes têm sobre distância. Esta atividade também foi importante para que os alunos pudessem compreender a necessidade de formalizar matematicamente este conceito e, principalmente, motivá-los por meio da apresentação de aplicações sobre distância, em diferentes âmbitos. / This work has as objective to discuss the formal concept of distance in mathematics, aiming to present examples of the distance concept in everyday situations. In general with this work we want the less familiar reader to understand the importance of the mathematical concept of distance. Distance is much more than the length of the segment between two points and this will be presented in each chapter. The subject was inspired by the book Encyclopedia of Distances Deza Michel Marie (2009), in which are presented, metric spaces, metrics in different areas and applications. In the second chapter, the definition of metric spaces will be presented. In the third chapter some examples of metrics will be presented. The first three metrics, the most common: usual, Euclidean, and maximum metrics in R and R2. Also the generalizations of each of them were presented in Rn. The next chapter, the fourth, is intended to show the study on normed spaces, because through these concepts we can analyze the distances between vectors and matrices. We will see that the relevance of these distances helps in the understanding of systems solutions approximation. In the chapter on distance of functions, a brief comment about Fourier series was presented, regarding the method of approximation through the decomposition of periodic functions. In order to analyze how the trigonometric functions are approaching, the concept of distance between functions is used, the measurements are made as the approximations increase, this distance \"error\" between them tends to zero. In codes theory, it is necessary to introduce the concept of distance between \"words\", this allows to verify if the code had some alteration, caused by an interference or noises during the trajectory. In some situations, the code can correct and understand the sent word even though it has undergone changes in the route. In these cases, there is Hammings metrics study. By the Hausdoorf metric, proposed by the mathematician of the same name, it is possible to calculate with more precision the distance between closed and limited sets. This metric can be used in face recognition studies, for example, because face images are transformed into clouds of dots. Then, through the Dijkstras algorithm will be presented the distance between the vertices of a convex graphic. There are several applications of distance between graphics and one of them is the issue of minimizing the cost of moving between a local carrier company and the place of delivery, for example. To finish the discussion about the importance of distance consensus, the distance between genes will be presented. Within this theme, the main scientist was Thomas Morgan, who through his studies managed to create the first genetic mapping. With this, he was able to relate the concept of distance between genes to the rate of gene recombination. Finally, an activity was elaborated with high school students with the objective of analyzing students knowledge about distance. This activity was also important so that the students could understand about a necessity to formalize this concept mathematically and, mainly, to motivate them through the presentation of applications on distance, in different scopes.

O gênero Pilumnus apresenta um total de 143 espécies válidas sendo representado por caranguejos distribuídos em oceanos tropicais e temperados. Estudos anteriores acerca da sistemática do gênero evidenciam um alto grau de incertezas quanto à sua classificação, provavelmente decorrente do pouco conhecimento sobre as espécies, somada a abundância de seus representantes. A classificação inicial do gênero foi baseada em caracteres morfológicos, compartilhados por diversos gêneros de Brachyura, inclusive posicionados em famílias distintas. A utilização de ferramentas moleculares tem se mostrado bastante eficaz, principalmente quando em conjunto com estudos morfológicos, no auxílio de trabalhos taxonômicos e contribuindo na construção de hipóteses filogenéticas mais robustas para os crustáceos decápodos. Além de uma análise comparativa empírica das espécies de Pilumnus do Atlântico ocidental, foram realizadas análises moleculares baseadas nos genes mitocondriais 16S rRNA e o Citocromo Oxidase I (COI) (mesma sequência do barcoding) que resultaram em 17 espécies distintas, incluíndo duas espécies novas. Foi observado uma possível estruturação genética entre populações de P. reticulatus provenientes de diferentes regiões zoogeográficas (Caribe e Brasil), e a ausência de estruturação nas espécies P. caribaeus, P. dasypodus, P. floridanus e P. vinaceus que apresentam uma ampla distribuição. Os dados morfológicos e moleculares permitiu a avaliar o status taxonômico de 21 espécies de ocorrência no Atlântico ocidental em que foi corroborada a proposição de P. brasiliensis como sinônimo júnior de P. caribaeus. Ademais, os nomes P. dasypodus e P. vinaceus devem ser considerados válidos, sendo necessário a ressurreição do último, considerado anteriormente sinônimo júnior de P. dasypodus. Com base na nossa revisão, 20 espécies são consideradas válidas e a distribuição reportada de P. diomedeae, P. longleyi e P. spinosissimus é restrita. / The genus Pilumnus has 143 valid species being represented by crabs distributed in tropical and temperate oceans. Previous studies about the systematics of the genus evidenced a high degree of uncertainty regarding its classification, probably due to the lack of knowledge about the species, in addition to the abundance of its representatives. The initial classification of the genus was based on morphological characters, shared by several genera of Brachyura, even in different families. The use of molecular tools has been shown to be very effective, especially when combined with morphological studies, in the aid of taxonomic works and contributing to the construction of more robust phylogenetic hypotheses for decapod crustaceans. In addition to an empirical comparative analysis of Pilumnus species from the western Atlantic, molecular analyzes based on mitochondrial 16S rRNA and Cytochrome Oxidase I (COI) genes were performed, resulting in 17 distinct species, including two new species. It was observed a possible genetic structuring between P. reticulatus populations from different zoogeographic regions (Caribbean and Brazil), and the absence of genetic structuring in the species P. caribaeus, P. dasypodus, P. floridanus and P. vinaceus that present a wide distribution. The morphological and molecular data allowed evaluating the taxonomic status of 21 species with occurrence in the western Atlantic in which the proposition of P. brasiliensis as a junior synonym of P. caribaeus was corroborated. In addition, the names P. dasypodus and P. vinaceus should be considered valid, being necessary the resurrection of the last, previously considered junior synonym of P. dasypodus. Based on our review, 20 species are considered valid and the reported distribution of P. diomedeae, P. longleyi and P. spinosissimus is restricted.

A superfamília Majoidea é dividida em seis famílias: Epialtidae, Hymenosamatidae, Inachidae, lnachoididae, Majidae e Oregoniidae. A família Epialtidae engloba 76 gêneros, dentre eles Acanthonyx e Epialtus com 17 e 11 espécies, respectivamente. No litoral brasileiro, ocorrem três espécies do gênero Acanthonyx, A. dissimulatus, A. scutiformis e A. petiverii; e duas de Epialtus, E. bituberculatus e E. brasiliensis. As dúvidas quanto à sistemática destes gêneros, a diversidade de formas de seus indivíduos e a escassez de revisões abordando-os, destaca a necessidade de uma revisão taxonômica das espécies brasileiras combinando diferentes ferramentas metodológicas como morfologia e análise molecular. Uma lista de caracteres foi analisada e apresentada nas descrições de A. dissimulatus, A. petiverii, A. scutiformis, E. bituberculatus e E. brasiliensis. Adicionalmente, exemplares das cinco espécies reportadas para o Brasil, oriundas de diferentes localidades, tiveram DNA amplificado usando marcadores para os genes mitocondriais 16S e COI. As sequências resultantes foram comparadas no sistema BLAST para confirmação de suas identidades, editadas e alinhadas em CIustal W no programa BioEdit. As distâncias genéticas foram calculadas no programa MEGA5 e representadas por meio de matrizes. Os filogramas foram construídos pelo método de Máxima Verossimilhança na plataforma online CIPRES. As redes de haplótipos foram obtidas pelo Median-Joining no programa Network. As três espécies de Acanthonyx são muito semelhantes e difíceis de identificar. Os filogramas e as redes de haplótipos mostraram que E. brasiliensis inseriu-se no grupo de E. bituberculatus, e que A. dissimulatus e A. scutiformis se inserem em A. petiverii, permitindo questionar a validade taxonômica destas espécies. Os dados moleculares corroboraram a morfologia de Acanthonyx; a divisão dos espécimes de A. petiverii em dois grupos distintos e bem suportados indicou que há diferenças genéticas entre estas populações, mas que ainda ocorre fluxo gênico. Entre as espécies de Epialtus, não houve alta divergência genética e o compartilhamento de haplótipos indicou fluxo gênico entre E. brasiliensis e E. bituberculatus, indicando a presença de uma única espécie no Brasil. Dessa forma, pode ser que a presença ou ausência do espinho proximal ventral nos últimos pares de pernas locomotoras seja um caráter plástico em relação ao meio em que vivem. Nos filogramas e nas redes de haplótipos, os espécimes de Epialtus separaram-se em Caribe e Brasil, mas não foram distinguidos morfologicamente. Por fim, sugere-se a sinonimização de A. dissimulatus e A. scutiformis com A. petiverii, e a ocorrência de E. bituberculatus no Caribe e E. brasiliensis no Brasil. / The Superfamily Majoidea consists of six families: Epialtidae, Hymenosamatidae, Inachidae, Inachoididae, Majidae and Oregoniidae. The family Epialtidae includes 76 genera, among them Acanthonyx and Epialtus with 17 and 11 valid species, respectively. In the Brazilian coast there are three Acanthonyx species, A. dissimulatus, A. scutiformis and A. petiverii; and two Epialtus, E. bituberculatus and E. brasiliensis. Doubts about the systematic of these genus, the high diversity of forms and the lack of revisions addressing them, highlight the necessity for a taxonomic revision of the Brazilian species using different methodological tools such as morphology and molecular analysis together. A list of characters was analyzed and descriptions were made for A. dissimulatus, A. petiverii, A. scutiformis, E. bituberculatus and E. brasiliensis. For molecular data, DNA of specimens from different localities was amplified using markers for the mitochondrial genes 16S and COI. AII sequences were confirmed in BLAST system; they were edited and aligned using Clustal W with interface to BioEdit. Genetic distances were calculated in the program Mega5 and represented through matrices. The construction of the trees was performed using Maximum Likelihood in the online platform CIPRES. Haplotype networks were based on Median-Joining analysis and performed in the program Network. The three species of Acanthonyx were similar morphologically and could not be separated. Trees and the haplotype network showed that E. brasiliensis was into the group of E. bituberculatus; and A. dissimulatus and A. scutiformis were within A. petiverii branch, which means that taxonomic status of these species may be questioned. There is a correspondence between morphologic and molecular data among the three species of Acanthonyx; the division in two distinct groups observed in specimens of A. petiverii was weII supported and indicated that there are genetic differences between these populations, but gene flow still occurs. Between both species of Epialtus, the results from molecular markers were in conflict with the morphological classification, and sharing of haplotypes indicated gene flow between E. brasiliensis and E. bituberculatus, which means that there is only one species in Brazil. Hence, the presence or absence of the spine on the propodus\'s ventral surface in the Iast ambulatory pereopods can be related to ecological plasticity developed in response to the environment where these crabs Iive. Phylograms and the haplotype network showed that specimens of Epialtus were separated in two groups, Caribbean and Brazil, but they were not distinguished morphologically. In this way, we propose that A. dissimulatus and A. scutiformis as junior synonyms of A. petiverii; and the occurrence of E. bituberculatus in the Caribbean and E. brasiliensis in Brazil.

A superfamília Majoidea é dividida em seis famílias: Epialtidae, Hymenosamatidae, Inachidae, lnachoididae, Majidae e Oregoniidae. A família Epialtidae engloba 76 gêneros, dentre eles Acanthonyx e Epialtus com 17 e 11 espécies, respectivamente. No litoral brasileiro, ocorrem três espécies do gênero Acanthonyx, A. dissimulatus, A. scutiformis e A. petiverii; e duas de Epialtus, E. bituberculatus e E. brasiliensis. As dúvidas quanto à sistemática destes gêneros, a diversidade de formas de seus indivíduos e a escassez de revisões abordando-os, destaca a necessidade de uma revisão taxonômica das espécies brasileiras combinando diferentes ferramentas metodológicas como morfologia e análise molecular. Uma lista de caracteres foi analisada e apresentada nas descrições de A. dissimulatus, A. petiverii, A. scutiformis, E. bituberculatus e E. brasiliensis. Adicionalmente, exemplares das cinco espécies reportadas para o Brasil, oriundas de diferentes localidades, tiveram DNA amplificado usando marcadores para os genes mitocondriais 16S e COI. As sequências resultantes foram comparadas no sistema BLAST para confirmação de suas identidades, editadas e alinhadas em CIustal W no programa BioEdit. As distâncias genéticas foram calculadas no programa MEGA5 e representadas por meio de matrizes. Os filogramas foram construídos pelo método de Máxima Verossimilhança na plataforma online CIPRES. As redes de haplótipos foram obtidas pelo Median-Joining no programa Network. As três espécies de Acanthonyx são muito semelhantes e difíceis de identificar. Os filogramas e as redes de haplótipos mostraram que E. brasiliensis inseriu-se no grupo de E. bituberculatus, e que A. dissimulatus e A. scutiformis se inserem em A. petiverii, permitindo questionar a validade taxonômica destas espécies. Os dados moleculares corroboraram a morfologia de Acanthonyx; a divisão dos espécimes de A. petiverii em dois grupos distintos e bem suportados indicou que há diferenças genéticas entre estas populações, mas que ainda ocorre fluxo gênico. Entre as espécies de Epialtus, não houve alta divergência genética e o compartilhamento de haplótipos indicou fluxo gênico entre E. brasiliensis e E. bituberculatus, indicando a presença de uma única espécie no Brasil. Dessa forma, pode ser que a presença ou ausência do espinho proximal ventral nos últimos pares de pernas locomotoras seja um caráter plástico em relação ao meio em que vivem. Nos filogramas e nas redes de haplótipos, os espécimes de Epialtus separaram-se em Caribe e Brasil, mas não foram distinguidos morfologicamente. Por fim, sugere-se a sinonimização de A. dissimulatus e A. scutiformis com A. petiverii, e a ocorrência de E. bituberculatus no Caribe e E. brasiliensis no Brasil. / The Superfamily Majoidea consists of six families: Epialtidae, Hymenosamatidae, Inachidae, Inachoididae, Majidae and Oregoniidae. The family Epialtidae includes 76 genera, among them Acanthonyx and Epialtus with 17 and 11 valid species, respectively. In the Brazilian coast there are three Acanthonyx species, A. dissimulatus, A. scutiformis and A. petiverii; and two Epialtus, E. bituberculatus and E. brasiliensis. Doubts about the systematic of these genus, the high diversity of forms and the lack of revisions addressing them, highlight the necessity for a taxonomic revision of the Brazilian species using different methodological tools such as morphology and molecular analysis together. A list of characters was analyzed and descriptions were made for A. dissimulatus, A. petiverii, A. scutiformis, E. bituberculatus and E. brasiliensis. For molecular data, DNA of specimens from different localities was amplified using markers for the mitochondrial genes 16S and COI. AII sequences were confirmed in BLAST system; they were edited and aligned using Clustal W with interface to BioEdit. Genetic distances were calculated in the program Mega5 and represented through matrices. The construction of the trees was performed using Maximum Likelihood in the online platform CIPRES. Haplotype networks were based on Median-Joining analysis and performed in the program Network. The three species of Acanthonyx were similar morphologically and could not be separated. Trees and the haplotype network showed that E. brasiliensis was into the group of E. bituberculatus; and A. dissimulatus and A. scutiformis were within A. petiverii branch, which means that taxonomic status of these species may be questioned. There is a correspondence between morphologic and molecular data among the three species of Acanthonyx; the division in two distinct groups observed in specimens of A. petiverii was weII supported and indicated that there are genetic differences between these populations, but gene flow still occurs. Between both species of Epialtus, the results from molecular markers were in conflict with the morphological classification, and sharing of haplotypes indicated gene flow between E. brasiliensis and E. bituberculatus, which means that there is only one species in Brazil. Hence, the presence or absence of the spine on the propodus\'s ventral surface in the Iast ambulatory pereopods can be related to ecological plasticity developed in response to the environment where these crabs Iive. Phylograms and the haplotype network showed that specimens of Epialtus were separated in two groups, Caribbean and Brazil, but they were not distinguished morphologically. In this way, we propose that A. dissimulatus and A. scutiformis as junior synonyms of A. petiverii; and the occurrence of E. bituberculatus in the Caribbean and E. brasiliensis in Brazil.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2016-08-02T15:07:16Z No. of bitstreams: 1 Lucemberg de Araujo Pedrosa.pdf: 3265244 bytes, checksum: 674b5892ba98761c5fb9c4acb7dd8e2c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-02T15:07:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lucemberg de Araujo Pedrosa.pdf: 3265244 bytes, checksum: 674b5892ba98761c5fb9c4acb7dd8e2c (MD5) Previous issue date: 2013-07-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Due to the large amount of data that is generated in the area of molecular genetics the need of new fast and precise methods for data analysis is increasingly needed. In the present study we discuss the concept of entropy to analyse DNA sequences, where the notion of entropic distance is defined. In order to check its efficiency the Mantel test was performed, which makes the correlation between the two distances matrices, the entropic distance and the genetic distance in which the Jukes - Cantor (JC69) distance. Nine types of genetic sequences were analysed, first the gene BoLA, where was conducted a more detailed study, showing a descriptive statistics and performing the dendograms. Subsequently sequences of larger size were analyzed, the stingless bees Melipona quinquefasciata, and finaly a much larger sequence, the chromosome 5 of Homo Sapiens. 6 simulations were also conducted to verify the behavior of results, in each of these three analysis the alignment was performed before the JC69 distance. It was possible to obtain good results when used the conditional entropy, which was introduced the concept of entropy in blocks, the method proved to be more effective in very long sequences. / Diante da grande quantidade de dados que é gerada na área da genética molecular, sente-se cada vez mais a necessidade de novos métodos para análise dos dados de maneira rápida e precisa. Assim, no presente estudo abordamos o conceito de entropia para análise de sequências de DNA, onde utiliza-se a distância entrópica. Para verificar a sua eficiência foi realizado o teste de Mantel, que faz a correlação entre as duas matrizes de distâncias, a distância entrópica e a distância genética, na qual foi utilizada a distância de Jukes – Cantor (JC69). Foram analisadas nove tipos de sequências genéticas, primeiramente o gene BoLA, onde foi realizado um estudo mais detalhado, mostrando uma estatística descritiva e realizando os dendogramas. Posteriormente analisamos sequências de tamanho maiores, que foram as abelhas sem ferrão Melipona quinquefasciata, e em seguida analisamos sequências muito maiores, o cromossomo 5 do Homo Sapiens. Foram realizadas também 6 simulações para verificar o comportamento dos resultados, em cada uma dessas nove análises foi realizado o alinhamento antes da distância de JC69. Foi possível obter bons resultados quando utilizou-se entropia condicional, onde foi introduzido o conceito de entropia em blocos, o método mostrou ser mais eficiente em sequências de grande comprimento.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-05-18T13:36:49Z No. of bitstreams: 1 Stenio Lopes Paixao.pdf: 457914 bytes, checksum: 8c7ca4487f5ce61cd685ce52bd511af5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-18T13:36:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Stenio Lopes Paixao.pdf: 457914 bytes, checksum: 8c7ca4487f5ce61cd685ce52bd511af5 (MD5) Previous issue date: 2012-12-20 / This research aimed the morphological characterization the evaluation of the genetic divergence of Opuntia ficus-indica genotypes through multivariate techniques, as well as the estimation of genetic parameters and selection of progenies by REML/BLUP methodology. They were realizing two experiments in the Experimental Station of Pernambuco, Agricultural Research Institute – IPA, Northeast Brazil. The experiment 1 was installed at the São Bento do Una in 2006, with the goal of assessing the genetic divergence among eight Opuntia sp. and Nopalea sp. clones (Algerian, Copena F1, Chile Fruit, “Gigante”, IPA-20, “Miúde”, “Orelha de Elefante Africana” and “Redonda”), estimate the importance of each character for the genetic divergence and the linear correlation using 13 quantitative traits. Analysis of variance revealed significant differences between genotypes and can detect the formation of three genetically distinct groups. The group 1, formed by Algerian genotypes, Chile Fruit, Copena F1, Gigante, IPA-20; the group 2 with “Orelha de Elefante Africana” and “Redonda” varieties; and group 3, comprised by “Miúda” variety. The traits that most contribute for the genetic divergence were width and length of cladodes, with 48.32% of the total variation. The most significant correlations occurred between length and the perimeter of cladode (r = 0.83) and number of cladodes from first order with number of cladodes of the second order (r = 0.82). Therefore, concluded that there was phenotypic divergence among the eight Opuntia and Nopalea genotypes studied, showing potential for use in breeding programs. In the experiment 2, located in the Arcoverde Experimental Station, the aim was to evaluate 11 Opuntia sp. sib progenies obtained from the crossing of seven genotypes (“Gigante”, “Redonda”, IPA-20, Algerian, Copena F1, Chile Fruit and SB1), in order to select superior genotypes as well as estimate the components of variance and genotypic parameters, using the REML/BLUP methodology. Estimates of heritability in the broad sense were of high magnitude for plant height, width and length of the cladodes, showing good control and the possibility of genetic advances with significant genetic selection. For the ordering of genotypic averages, P6 progenies (Copena F1 x “Gigante”) and P10 (Algerian x “Redonda”) were classified as the best. / Os trabalhos que compõem esta tese têm por fim a caracterização morfológica e avaliação da divergência genética de clones de palma forrageira por meio de técnicas multivariadas, bem como a estimação de parâmetros genéticos e seleção de progênies pelo procedimento REML/BLUP. O experimento 1 foi instalado na Estação Experimental do Instituto Agronômico de Pernambuco – IPA, São Bento do Una – PE, no ano de 2006, com o objetivo de avaliar a divergência genética entre oito clones de palma forrageira dos gêneros Opuntia e Nopalea (Algerian, Copena F1, Chile Fruit, Gigante, IPA-20, Miúda, Orelha de elefante africana e Redonda), estimar a importância de cada caráter para a divergência e a correlação linear utilizando 13 caracteres quantitativos. As análises de variância revelaram diferenças significativas entre os clones, sendo possível detectar a formação de três grupos geneticamente distintos. O grupo 1, formado pelos clones Algerian, Chile Fruit, Copena F1, Gigante, IPA-20, o grupo 2 com os clones Orelha de elefante africana e Redonda e grupo 3 formado pelo clone Miúda. Os caracteres que mais contribuem para a divergência genética foram largura e comprimento do cladódio com 48,32% da variação encontrada. As correlações mais relevantes ocorreram entre comprimento do cladódio e perímetro do cladódio (r = 0,83) e número de cladódios de primeira ordem com número de cladódios de segunda ordem (r = 0,82). Portanto, concluí-se que houve divergência fenotípica entre os oito clones de palma forrageira estudados, evidenciando potencial para uso em programas de melhoramento. O experimento 2, instalado no município de Arcoverde – PE, teve por objetivo avaliar 11 progênies de irmãos germanos de palma forrageira, obtidos a partir do cruzamento de sete clones (Gigante, Redonda, IPA-20, Algerian, Copena F1, Chile Fruit e S.B.1), com a finalidade de selecionar os acessos superiores, bem como estimar os componentes de variância e parâmetros genotípicos, usando o procedimento REML/BLUP. As estimativas de herdabilidade, no sentido amplo, foram de elevada magnitude para altura da planta, largura da planta e comprimento do cladódio evidenciando o bom controle genético e a possibilidade de avanços genéticos expressivos com a seleção. Pela ordenação das médias genotípicas, as progênies P6 (Copena F1 x Gigante) e P10 (Redonda x Algerian) foram as melhores classificadas quanto aos caracteres avaliados.

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-06-30T19:17:25Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Pablo Roberto da Silva Ozório.pdf: 773168 bytes, checksum: 226550639f3d6045ccb166d38e42a2c4 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-06T17:36:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Pablo Roberto da Silva Ozório.pdf: 773168 bytes, checksum: 226550639f3d6045ccb166d38e42a2c4 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-06T17:42:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Pablo Roberto da Silva Ozório.pdf: 773168 bytes, checksum: 226550639f3d6045ccb166d38e42a2c4 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-06T17:42:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Pablo Roberto da Silva Ozório.pdf: 773168 bytes, checksum: 226550639f3d6045ccb166d38e42a2c4 (MD5) Previous issue date: 2013-06-26 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The genetic diversity among 18 guarana cultivars was characterized using 20 morphological descriptors including production aiming to support the selection of genetically divergent parents for controlled crosses. The similarity between cultivars was calculated using Gower general similarity coefficient. The dendrogram was constructed based on similarity matrix using the UPGMA clustering criterion. The scatter diagram of the cultivars was constructed based on the method of Principal Coordinates Analysis (PCO). Data were analyzed using the computational resources of the GENES program and MVSP v.3.22. Pairs of similar genotypes were BRS CG505 and BRS CG612 (0,823); BRS Amazonas and BRS CG608 (0,820); BRS Mundurucânia and BRS CG189 (0,807); BRS Cereçaporanga and BRS Andirá (0,805); BRS Marabitana and BRS Maués (0,796); BRS CG189 and BRS CG611 (0,784); BRS Andirá and BRS CG850 (0,771); BRS CG610 and BRS CG505 (0,770); BRS Saterê and BRS CG372 (0,717); BRS CG648 and BRS Andirá (0,703). Genotype pairs were less similar: BRS and BRS Marabitana CG850 (0.699); BRS BRS CG611 and CG882 (0.688); CG505 BRS and BRS Saterê (0.663); BRS BRS CG850 and CG612 (0.646); CG189 BRS and BRS Luzéia (0.640); Saterê BRS and BRS Andirá (0.628); BRS BRS CG189 and CG850 (0.585); BRS 372 and BRS CG850 CG (0.573). The dendrogram formed by the UPGMA method, obtained from the genetic distance Gower using a cutoff value of 0.64 allowed the formation of four groups, and indicated that there is high genetic diversity among cultivars currently recommended for planting in the State Amazon Embrapa Western Amazon. The graphic dispersion analysis method PCO showed good agreement with the cluster analysis by UPGMA method and showed great genetic variability among cultivars evaluated guarana in this work. / A divergência genética entre 18 cultivares de guaraná foi caracterizada utilizando 20 descritores morfoagronômicos inclusive produção visando subsidiar a seleção de genitores geneticamente mais divergentes para cruzamentos controlados. A similaridade entre as cultivares foi calculada utilizando o coeficiente de similaridade geral de Gower. O dendrograma foi calculado com base na matriz de semelhança, utilizando o método UPGMA como critério de agrupamento. O diagrama de dispersão das cultivares foi construído com base no método de Análise das Coordenadas Principais (PCO). Os dados foram analisados utilizando-se os recursos computacionais do programa GENES e do programa MVSP v.3.22. Os pares de genótipos mais similares foram: BRS CG505 e BRS CG612 (0,823); BRS Amazonas e BRS CG608 (0,820); BRS Mundurucânia e BRS CG189 (0,807); BRS Cereçaporanga e BRS Andirá (0,805); BRS Marabitana e BRS Maués (0,796); BRS CG189 e BRS CG611 (0,784); BRS Andirá e BRS CG850 (0,771); BRS CG610 e BRS CG505 (0,770); BRS Saterê e BRS CG372 (0,717); BRS CG648 e BRS Andirá (0,703). Os pares de genótipos menos similares foram: BRS Marabitana e BRS CG850 (0,699); BRS CG611 e BRS CG882 (0,688); BRS CG505 e BRS Saterê (0,663); BRS CG850 e BRS CG612 (0,646); BRS CG189 e BRS Luzéia (0,640); BRS Saterê e BRS Andirá (0,628); BRS CG189 e BRS CG850 (0,585); BRS CG 372 e BRS CG850 (0,573). O dendrograma formado pelo método hierárquico UPGMA, obtido a partir da distância genética de Gower utilizando como ponto de corte o valor de 0,64 permitiu a formação de quatro grupos, e indicou que existe alta divergência genética entre as cultivares atualmente recomendadas para plantio no Estado do Amazonas pela Embrapa Amazônia Ocidental. A análise de dispersão gráfica pelo método PCO apresentou boa concordância com a análise de agrupamento pelo método hierárquico UPGMA e evidenciou grande variabilidade genética entre as cultivares de guaraná avaliadas no trabalho.

Made available in DSpace on 2014-08-20T14:06:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_naciele_marini.pdf: 2585701 bytes, checksum: 33b5a6dcb2a064ddfbf3b977f715ecff (MD5) Previous issue date: 2013-12-07 / There is a constant need for studies aiming to increase yield and quality traits in rice, which have to consider abiotic stress tolerance and genetic variability. This work had as objective to characterize rice mutant families regarding rice iron stress tolerance and validate a technique based on retrotransposons with the goal of detecting genetic variability in rice. Also, to analyse gene expression of genes involved in starch synthesis in the rice grain. Therefore, nine mutant families were characterized for phenotypic traits and iron content in hydroponic conditions. Twenty genotypes were molecularly characterized with the REMAP technique and three cultivars were analysed the profiled for starch biosynthesis related gene expression by qRT-PCR. The results obtained demonstrate that the genotypes BR-IRGA 409 and BRS7-Taim characterized as sensitive presented a higher accumulation of Fe2+ in the shoots. The mutant families CGF-Z-M9-444CD, CGF-Z-M9-328 and CGF-Z-M9-243, were ranked in this study as tolerant. The genotype CGF-Z-M9-444CD was one of the mutants that accumulated less iron in the tissues under stress conditions, being also characterized as resistant in the phenotypic analysis. The variables root length, number of roots, iron, zinc and manganese, were altered in response to hydroponic culture growth with excess iron. In the gene expression study, it was possible to detect contrasting genotypes regarding amylose content presented differential expression for some of the analysed genes. Some of these genes have their expression levels altered at the beginning of starch biosynthesis, suggesting a higher contribution at the beginning of grain filling and other genes at the end of grain maturation. There is a tendency, mainly, for the cultivar BRS Firmeza, to increase the activity of studied genes 20 days after flowering with a decrease at 25 days after flowering and a new increase at 30 days after flowering, indicating an association between the activity of these genes and the stay-green character and the late starch accumulation in this genotype. Also, according with the studies performed, it was possible to measure the genetic variability in the rice germplasm used using the REMAP with a combination of low cost and simple protocols. Therefore, it is possible to discriminate genotypes at DNA level with the goal of predicting genetic distance and directed crosses between elite genotypes, thus exploiting population variability and transgressive segregants within breeding programs / Existe a constante necessidade de estudos visando o aumento da produtividade e da qualidade de grãos de arroz, auxiliados por avaliações de tolerância a estresses abióticos e, detecção da variabilidade genética. Portanto, este trabalho teve por objetivo caracterizar famílias mutantes de arroz quanto à tolerância ao estresse por toxidez de ferro, validar uma técnica de marcadores moleculares baseados em retrotransposons, com o intuito de detectar variabilidade genética em genótipos de arroz e analisar a expressão dos genes envolvidos na síntese do amido no endosperma de grãos de arroz. Sendo assim, nove famílias mutantes foram caracterizadas para caracteres fenotípicos e conteúdo de ferro em condições de hidroponia. 20 genótipos foram caracterizados com a técnica de REMAP e três cultivares de arroz tiveram a sua expressão gênica caracterizada por qRT-PCR. Os resultados obtidos demonstram que os genótipos BR-IRGA 409 e BRS 7 Taim, apresentam maior acúmulo de Fe2+ na parte aérea. As famílias de mutantes CGF-Z-M9-444CD, CGF-Z-M9-328 e CGF-Z-M9-243 foram classificadas neste estudo como tolerantes. O genótipo CGF-Z-M9-444CD foi um dos mutantes que menos acumulou ferro nos tecidos sob condição de estresse, sendo também caracterizado como tolerantes na analise visual. As variáveis comprimento de raiz, número de raiz, ferro, zinco e manganês, sofreram alterações em resposta ao estresse por ferro em condições hidropônicas. No estudo de expressão gênica para qualidade de grão foi possível constatar que constituições genéticas contrastantes quanto ao teor de amilose apresentam expressão diferencial para alguns genes analisados. Alguns destes genes tem seus níveis de expressão alterados no início do desenvolvimento do endosperma, indicando uma maior contribuição no inicio do enchimento dos grãos e que outros genes tem maior atividade no final do ciclo de desenvolvimento. Existe uma tendência, principalmente, para a cultivar BRS Firmeza de aumento na atividade dos genes estudados aos 20 dias após o florescimento com um declínio aos 25 dias após o florescimento e um aumento novamente aos 30 dias após o florescimento, evidenciando a relação existente entre a atividade destes genes com o caráter stay-green e a acumulação tardia de amido no endosperma deste genótipo. Também de acordo com os estudos realizados foi possível mensurar a variabilidade genética no germoplasma de arroz utilizando a técnica REMAP com baixo custo de execução e sem a demanda de equipamentos caros. Assim, é possível identificar indivíduos mais diferentes a nível de DNA, com o objetivo de utilizar essa informação para a realização de cruzamentos entre genitores distantes geneticamente, explorando assim a variabilidade em populações de segregantes transgressivos dentro de programas de melhoramento.

O gênero Persephona Leach, 1817 é restrito a América e é constituído por dez espécies com ocorrência no Atlântico Ocidental e Pacífico Oriental, estando inserido na subfamília Ebaliinae, a qual não se encontra taxonomicamente bem estabelecida. Ao longo dos anos, este gênero foi alocado em diferentes subfamílias e sua classificação é mal definida. Além disso, existem chaves de identificação que não permitem a correta identificação das espécies dentro do gênero. Estas infomações são indicativos de uma forte necessidade de estudos enfocando Persephona, os quais podem fornecer uma melhor compreensão sobre a história evolutiva do gênero. Neste contexto, o presente estudo pretendeu realizar uma ampla revisão taxonômica do gênero Persephona, incluindo caracteres que possuem grande variabilidade dentro do gênero (número e tamanho dos espinhos, quelípodos, etc), caracteres tradicionalmente utilizados na diagnose das espécies, além de outros selecionados a partir do presente estudo (gonópodos, coloração, etc), além de incluir pela primeira vez para o gênero, análises de dados moleculares. Dois genes mitocondriais, o 16S rRNA e o Citocromo Oxidase I (COI) foram utilizados como marcadores. As análises morfológicas revelaram uma ausência de diferenças entre algumas espécies propostas para o gênero Persephona, as quais foram corroboradas pelas análises moleculares. Desta forma, são propostas modificações a respeito da taxonomia de Persephona: P. finneganae é um sinônimo júnior de P. lichtensteinii. O nome P. crinita é valido apenas para os espécimes de ocorrência no Golfo do México; os espécimes de P. mediterranea com ocorrência no Golfo do México, correspondem a P. aquilonaris e aqueles com ocorrência no Caribe e Atlântico Sul, correspondem a P. mediterranea e além do exposto, Iliacantha hancocki é um sinônimo júnior de P. subovata. / The genus Persephona Leach, 1817 is restricted to America and consists of ten species occurring in the Western Atlantic and Eastern Pacific. It belongs to the subfamily Ebaliinae, which is not taxonomically well established. Over the years, Persephona was placed in different subfamilies and its classification is still poorly defined. Also, existing identification keys do not allow a correct classification of the species within the genus. These informations are indicatives of a strong need of studies focusing on Persephona, which can provide a better understanding concerning its evolutionary history. In this context, the present study intends to undertake a broad taxonomic revision of the genus Persephona, including characters possessing great variability within the genus (number and size of the spines, cheliped, etc.), characters traditionally used in the diagnosis of the species, and others selected from the present study (gonopod, coloration, etc.), including for the first time for the genus, analyses of molecular data. As guides for the molecular analyses, two mitochondrial genes, the 16S rRNA and the Cytochrome Oxidase I (COI) were used as markers. The morphological analyses revealed an absence of differences among some species proposed for the genus Persephona, wich were corroborated by molecular and phylogenetic analysis. In this way, is propose modifications regarding Persephona taxonomy: P. finneganae is a junior synonym of P. lichtensteinii: the name P. crinita is valid only for specimens occurring in the Gulf of Mexico; the specimens of P. mediterranea with occurence in the Gulf of Mexico, correspond to P. aquilonaris and those with occurence in the Caribbean and South Atlantic correspond to P. mediterranea, moreover I. hancocki is a junior synonym of P. subovata.