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Etiologia da mancha bacteriana do eucalipto no Brasil / Etiology of bacterial leaf spot on eucalyptus in Brazil

Gonçalves, Rivadalve Coelho 06 November 2003 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-04-26T17:14:04Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1563780 bytes, checksum: 6d7bfb0f3753694df6bc43773053fdf8 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-26T17:14:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1563780 bytes, checksum: 6d7bfb0f3753694df6bc43773053fdf8 (MD5) Previous issue date: 2003-11-06 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Estudou-se a etiologia da mancha bacteriana do eucalipto a partir de amostras de folhas de plantas, coletadas em condições de viveiro e campo nos Estados do Rio Grande do Sul, São Paulo, Minas Gerais, Bahia, Mato Grosso do Sul, Amapá e Pará. Os sintomas da doença são caracterizados por anasarca, lesões internervurais no limbo, perfurações no centro das lesões, lesões no pecíolo e nos ramos, concentração de lesões ao longo da nervura principal e lesões lineares nas bordas e no ápice da folha. Identificaram-se vinte e cinco isolados incitadores de reação de hipersensibilidade (HR) em plantas não-hospedeiras e patogênicos a Eucalyptus spp., quando inoculados nas folhas por injeção. Baseado em testes bioquímicos, utilização de fontes de carbono (MicroLog BIOLOG), análise filogenética de rDNA16S e perfil de ácidos graxos, identificaram-se dez isolados de Xanthomonas axonopodis, quatro de X. campestris, quatro de Pseudomonas syringae, dois de Pseudomonas putida, dois de Pseudomonas cichorii, dois de Rhizobium sp. e um de Erwinia sp. Apenas os isolados de P. syringae e Erwinia sp. não foram patogênicos a Eucalyptus spp. quando inoculados, por atomização de suspensão de inóculo (10 8 ufc/mL), em mudas. Tendo em vista a maior freqüência de isolados de X. axonopodis, avaliou-se sua gama de hospedeiros por meio de inoculações por atomização de inóculo (10 8 ufc/mL) em mudas de espécies ou clones pertencentes às seguintes famílias botânicas: Myrtaceae (Corymbia maculata, Eugenia jambolana, E. camaldulensis, E. cloeziana, E. grandis, E. robusta, E. saligna, E. urophylla, E. urophylla x E. maidenii, E. globulus, Myrciaria jaboticaba e Psidium guajava), Caricaceae (Carica papaya), Fabaceae (Phaseolus vulgaris e Pisum sativum), Rosaceae (Prunus persicae), Rutaceae (Citrus limon) e Solanaceae (Lycopersicon esculentum). Apenas as plantas da família Myrtaceae foram suscetíveis, e dentre essas, apenas espécies de Corymbia e Eucalyptus apresentaram sintomas. A freqüência de plantas com sintomas variou com a espécie, sendo que E. cloeziana e o clone de E. urophylla x E. maidenii foram os materiais mais suscetíveis. Para embasar a quantificação da doença em eucalipto, desenvolveu-se uma escala diagramática contendo oito níveis de severidade. Na validação da escala por três grupos de avaliadores inexperientes, concluiu-se que não houve acurácia nas estimativas com ou sem a escala, mas houve tendência de maior precisão para avaliadores com a escala sem treinamento prévio. / The etiology of Eucalyptus bacterial leaf blight was studied on plants in nurseries and plantations in the states of Rio Grande do Sul, São Paulo, Minas Gerais, Bahia, Mato Grosso do Sul, Amapá and Pará. The disease is characterized by water soaked, angular and interveinal spots on the leaf limb followed by shot holes and lesions in petioles and branches. The lesions can be found along the main vein, at the leave edge and at the upper portion of the limb. Of the several isolates obtained during isolations, 25 induced hypersensitive reaction in non-host plants, and were pathogenic to Eucalyptus spp.. Identification of these isolates by biochemical tests using carbon sources (MicroLog BIOLOG), filogenetic analysis of rDNA16S and FAME profile, revealed that 10 isolates belonged to Xanthomonas axonopodis, four each to X. campestris and Pseudomonas syringae, two each to P. putida, P. cichorii, and Rhizobium sp., and one to Erwinia sp.. When the Eucalyptus seedlings were inoculated by spraying the bacterial suspension (10 8 ufc/ml) of any isolate, only P. syringae e Erwinia sp. did not produce typical disease symptoms. Because of the higher frequency of X. axonopodis isolates, it was evaluated for its host range. Plants from the botanical families Myrtaceae (Corymbia maculata, Eugenia jambolana, E. camaldulensis, E. cloeziana, E. grandis, E. robusta, E. saligna, E. urophylla, E. urophylla x E. maidenii, E. globulus, Myrciaria jaboticaba and Psidium guajava), Caricaceae (Carica papaya), Fabaceae (Phaseolus vulgaris and Pisum sativum), Rosaceae (Prunus persicae), Rutaceae (Citrus limon) and Solanaceae (Lycopersicon esculentum) were spray inoculated with the bacterial suspension (10 8 ufc/ml). Only plants of Myrtaceae family showed susceptibility, but the symptoms developed only seedlings of Eucalyptus and Corymbia. The frequency of symptomatic plants varied among the species with E. urophylla x E. maidenii clones and E. cloeziana being the more susceptible hosts. A diagrammatic scale of eight disease severity levels was developed for disease quantification on eucalyptus leaves. The validation of the scale by three groups of inexperienced evaluators showed that although there was no accuracy in disease estimation with or without the scale, the group of untrained evaluators using the scale had higher precision. / Tese importada do Alexandria
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Etiology and de novo transcriptome analysis of the powdery mildew pathogen on Eucalyptus in Brazil / Etiologia e análise de novo do transcriptoma do patógeno causador de oídio em Eucalyptus no Brasil

Fonseca, Natália Risso 25 August 2016 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-06-20T17:30:34Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1425926 bytes, checksum: ee624a74ef4a36d197d9316ae8fe4072 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-20T17:30:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1425926 bytes, checksum: ee624a74ef4a36d197d9316ae8fe4072 (MD5) Previous issue date: 2016-08-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Oídio do eucalipto é uma importante doença que ocorre principalmente em casas de vegetação e minijardins clonais protegidos de eucalipto (Eucalyptus spp.) no Brasil. O fungo infecta folhas jovens e brotações. Sobre o tecido afetado, observam-se colônias superficiais isoladas ou agrupadas do fungo de coloração branca, que podem atingir toda superfície foliar e induzir malformação dos órgãos afetados e resultar em redução do crescimento e da produção de brotos para estaquia. Devido ao aumento da incidência e importância dessa doença nos últimos anos e também à falta de pesquisas relacionadas a esse patossistema, esse estudo objetivou: i) determinar a etiologia do oídio do eucalipto por meio do sequenciamento da região ITS e 28S do rDNA e de análises morfológicas de isolados de oídio coletados em diferentes regiões geográficas do Brasil; e ii) analisar o transcriptoma do patógeno durante a infecção em Eucalyptus urophylla gerado pelo sequenciamento do transcriptoma (RNA-Seq) e montagem de novo. Baseado nos resultados de análises filogenéticas e caracterização morfológica, todos os 42 isolados coletados foram identificados como Podosphaera pannosa, também conhecido como agente etiológico do oídio das roseiras. Inoculações cruzadas com isolados de P. pannosa de roseira e eucalipto demonstraram que P. pannosa pode infectar ambas as espécies. O sequenciamento do transcriptoma de P. pannosa pela plataforma Illumina resultou em 12.107 transcritos. Entre os 10 transcritos mais abundantes, encontram-se os genes codificadores de enzimas envolvidas no estabelecimento e crescimento do fungo. A predição do secretoma do fungo resultou em 217 proteínas, das quais 14 foram consideradas como candidatas a efetores. Além disso, 242 pares de primers foram desenhados a partir das sequências do transcriptoma com potencial para amplificar regiões microssatélites (Simple Sequence Repeats - SSR) de P. pannosa. Os resultados gerados neste trabalho demonstram que apenas a espécie P. pannosa causa doença no eucalipto. Além disso, fornece informações úteis para novos avanços nos estudos sobre a doença por oferecer uma base para a melhor compreensão sobre o patossistema P. pannosa- eucalipto. / Eucalypt powdery mildew is an important disease that occurs mainly in greenhouses and protected clonal hedges of eucalypt (Eucalyptus spp.) in Brazil. The fungal pathogen infects new leaves and shoots. White superficial colonies isolated or grouped that grow over the affected plant tissue are observed, which can subsequently spread to all leaf surface, causing leaf malformation and reduction on growth and production of shoots for mini-cutting. Because this disease has increased in incidence and importance in recent years, and research on this pathosystem is largely lacking, the objectives of this study were to i) determine the etiology of the disease through ITS and 28S rDNA sequencing and morphological analyses of powdery mildew pathogens isolates collected in different regions in Brazil; and ii) analyze the transcriptome of the powdery mildew pathogen during infection on Eucalyptus urophylla generated by RNA sequencing (RNA-Seq) and de novo assembly. Based on the results of phylogenetic analyses and morphological characteristics, all 42 pathogen isolates collected were identified as Podosphaera pannosa, also known to cause rose powdery mildew. Cross inoculations with pathogen isolates from rose (Rosa spp.) and eucalypt demonstrated that P. pannosa can infect both host species. The transcriptome sequencing by Illumina platform resulted in 12,107 transcripts. Among the 10 most abundant transcripts included genes encoding enzymes involved in fungal establishment and growth. The secretome prediction resulted in 217 proteins, of which 14 were considered as candidate effectors. In addition, 242 primer pairs were designed from the transcriptome sequences with potential to amplify P. pannosa microsatellites (Simple Sequence Repeats – SSR) regions. The results demonstrate that P. pannosa is the only causal agent found for eucalypt powdery mildew. In addition, this study provides technological advances in the study of this disease that will provide a basis for a better understanding of the P. pannosa- eucalypt pathosystem.
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Diversidade genética e agressividade de isolados de Calonectria pteridis no Brasil / Genetic diversity and aggressiveness of Calonectria pteridis isolates in Brazil

Freitas, Rodrigo Galvão de 27 July 2016 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-22T11:26:41Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 764280 bytes, checksum: d05cab1466cd8efeeae95e1353106805 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-22T11:26:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 764280 bytes, checksum: d05cab1466cd8efeeae95e1353106805 (MD5) Previous issue date: 2016-07-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A mancha-de-pteridis, causada por Calonectria pteridis, é, atualmente, uma das principais doenças foliares em plantações de eucalipto no Brasil. Em regiões de clima quente e úmido, a doença pode ser um fator limitante para o plantio de genótipos suscetíveis. O método mais eficaz de controle da doença no campo é o plantio de material resistente, o que requer o conhecimento da variabilidade genética e fisiológica na população do patógeno para a seleção de plantas. Neste trabalho avaliaram-se a diversidade genética e a agressividade de C. pteridis obtidos de vários clones de eucalipto em diferentes regiões do Brasil. Estudaram-se 90 isolados provenientes principalmente dos estados do Pará e Maranhão. Para o estudo da diversidade genética, dentre os 16 primers ISSR testados, empregaram-se cinco que foram polimórficos e reprodutíveis. Análises de diversidade genética permitiram identificar 33 genótipos entre os 90 isolados estudados, porém geneticamente próximos, indicando uma baixa diversidade entre eles. Para o estudo da agressividade inocularam-se em dois clones híbridos de Eucalyptus grandis x E. urophylla, sob condições controladas, 16 isolados selecionados com base na origem geográfica e na diversidade genética. A avaliação da severidade foi feita através do percentual de desfolha e por atribuição de notas de acordo com uma escala diagramática, sendo analisada a correlação entre elas. Não houve correlação entre a variabilidade genética e fisiológica, pois os indivíduos diferiram em agressividade. Houve uma alta correlação entre as duas formas de avaliação para apenas um dos clones utilizados. Os isolados GFP004, LPF059 e LPF294 foram os mais agressivos e devem ser empregados nas inoculações para selecionar plantas resistentes à mancha-de-pteridis. / Calonectria leaf blight caused by Calonectria pteridis, is, currently, one of the major foliar diseases of eucalyptus plantations in Brazil. In humid and warm regions, it may be a limiting factor for growing suscetible genotypes. The most effective method of disease control in the field is by planting resistant plant material, which requires knowledge of the genetic and physiological variability in the pathogen population for screening for plants. In this work we evaluated the genetic diversity and the aggressiveness of C. pteridis obtained by several eucalyptus clones in different regions of Brazil. We studied 90 isolates collected mainly from the states of Pará and Maranhão. To study the genetic diversity, among 16 ISSR primers tested, five who were polymorphic and reproducible were used. Genetic diversity analysis have identified 33 genotypes among the 90 isolates studied, but genetically related, indicating a low diversity among them. To study the aggressiveness, we inoculated into two hybrid clones of Eucalyptus grandis x E. urophylla, under controlled conditions, 16 isolates selected based on the geographic origin and genetic diversity. The severity assessment was performed using the percentage of defoliation and attribution of notes through a diagrammatic scale, and subsequently analyzed the correlation between them. There was no correlation between the genetic and physiological variability, because individuals differ in aggressiveness. There was a high correlation between the two forms of evaluation to only one of the clones used. The GFP004, LPF059 and LPF294 isolates were the most aggressive and should be used in inoculations to select plants resistant to Calonectria leaf blight.
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Viruses of phytopathogens: adaptation and modulation of pathogenesis in Ralstonia spp. and Alternaria alternata / Vírus de fitopatógenos: adaptação e modulação da patogênese em Ralstonia spp. e Alternaria alternata

Xavier, André da Silva 31 August 2016 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-22T17:53:29Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4424231 bytes, checksum: 751c03b840d885ffe4706122e3be0086 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-22T17:53:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4424231 bytes, checksum: 751c03b840d885ffe4706122e3be0086 (MD5) Previous issue date: 2016-08-31 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Viruses of phytophatogens are present in the most diverse groups of hosts, infecting from Spiroplasma to nematode and playing an important role in the ecology of these hosts. Because of the potential as biological control agents, the discoveries about these viruses have increased which encourages the ecological management of plant diseases. In this context, this study aimed: isolate and characterize viruses that infect plant pathogenic fungi (1) and Ralstonia spp. in the Americas (2) and investigate antiviral defense mechanisms in Ralstonia spp. (3). In this thesis, three viruses were characterized at biological and molecular level. Two viruses infect bacteria, Ralstonia spp. and the third infect a fungus, Alternaria alternata. The bacterial virus displayed two propagation modes: pseudolysogenic for the RsIBR1 inovirus (Inoviridae) and lytic for the phiAP1 phikmvvirus (Podoviridae). RsIBR1 has been shown to dramatically change the phenotype of the host, while not causing cell lysis, converting the phytopathogenic R. pseudosolanacearum into a commensal bacterium. PhiAP1 was characterized as a new member of the genus Phikmvvirus, and the presence of exolisinas, in addition to the bactericidal properties and EPS degradation make this virus attractive for future proposals of the bacterial wilt management. In A. alternata, it was characterized Alternaria alternata parititivirus 1 (AtPV1), a new divergent mycovirus related to genus Gammapartitivirus. Its persistent lifestyle prevented to dissect completely the interaction, because in the absence of isogenic lineage, it is unclear whether the viral infection led to a conversion of a pathogen in a epiphytic or still if is responsible for controlling phenotypic plasticity expressed by the host. The presence of canonical CRISPR loci in Ralstonia spp. isolates suggested that, in these hosts, this system could compose the antiviral defense arsenal. However, here was demonstrated that in R. solanacearum, the CRISPR-Cas system is unable to acquire new spacers or interfere with foreign DNA, even in a state of priming. The expression of the Cas genes was not detected; indicating that Cas operon apparently is a suppressed transcriptional unit. Two genes h-ns, expressed in R. solanacearum CFBP2957 are candidates to the putative transcriptional repression of CRISPR. The BIMs (Bacteriophages Insensitive Mutants) who escaped of infection by an alternative strategy to the CRISPR, were less competent, but still permissive to viral adsorption, and were able to survive under high inoculum pressure, which excludes the presence of abortive systems. Viral replication was also not detected and sequencing of two BIMs genome revealed the presence of particular mutations in genes encoding components of the secretory and motility pathways (such as Type II and Type IV), potentially involved in the antiviral resistance. Additional analyzes are being conducted to characterize in detail this defense strategy. In conclusion, the discovery and characterization of viruses infecting phytopathogens in Brazil expand the information on this diversity, little known in America, exposes the biotechnological potential of these natural enemies and reveals the important role of these viruses in the modulation and evolutionary course of their hosts / Vírus que infectam fitopatógenos são encontrados nos mais diversificados grupos de hospedeiros, infectando desde spiroplasmas a nematóides e desempenhando papel relevante na ecologia desses hospedeiros. Graças ao potencial como agentes de controle biológico, as descobertas sobre esses vírus tem aumentado o que amplia as perspectivas do manejo ecológico de doenças de plantas. Neste contexto, este trabalho objetivou: Isolar e caracterizar vírus que infectam fungos fitopatogênicos (1) e os que infectam Ralstonia spp. no continente americano (2) e Investigar mecanismos de defesa antiviral in Ralstonia spp (3). Nesse trabalho, três vírus foram caracterizados a nível biológico e molecular. Dois deles infectam bactérias do complexo Ralstonia spp. e o terceiro infecta um fungo, Alternaria alternata. Os virus de bacterias isolados possuem dois modos de propagação distintos: pseudolisogênico, o inovírus RsIBR1 (Inoviridae) e lítico, o phikmvvirus phiAP1 (Podoviridae). RsIBR1 demonstrou ser capaz de alterar drasticamente o fenótipo do hospedeiro, convertendo a bactéria fitopatogênica R. pseudosolanacearum em uma comensal. PhiAP1 foi caracterizado como um novo membro do gênero Phikmvvirus, e a presença de exolisinas em adição as propriedades bactericida e de degradação de EPS o tornam atrativo para futuras propostas de manejo da murcha-bacteriana. Em A. alternata, foi caracterizado o Alternaria alternata parititivirus 1 (AtPV1), um novo micovírus divergente, relacionado ao gênero Gammapartitivirus. Seu estilo de vida persistente impediu dissecar por completo a interação, pois na ausência da linhagem isogênica, não foi possível confirmar se a infecção viral conduziu a uma conversão de um patógeno em um epifítico ou ainda se é responsável pelo controle da plasticidade fenotípica manifestada pelo hospedeiro. A presença de loci CRISPR canônicos entre isolados de Ralstonia spp. sugeriu que nesses hospedeiros esse sistema pudesse compor o arsenal de defesa antiviral. No entanto, aqui foi demonstrado que em R. solanacearum, o sistema CRISPR é incapaz de adquirir novos spacers ou interferir com DNA invasor, mesmo em estado de priming. A expressão dos genes Cas não foi detectada, indicando que o operon Cas aparentemente é uma unidade transcricional reprimida. Dois genes h-ns, expressos em R. solanacearum CFBP2957 são candidatos na execução da provável repressão do CRISPR. Foram obtidos BIMs (Bacteriophages Insensitive Mutants) que escaparam da infecção por uma estratégia alternativa ao CRISPR. Os BIMs foram menos competentes, mas ainda permissivos a adsorção viral, e foram hábeis para sobreviver sob alta pressão de inóculo, o que exclui a presença de sistemas abortivos. A replicação viral também não foi detectada e o sequenciamento do genoma de dois BIMs revelou a presença de algumas mutações em genes que codificam proteínas componentes das maquinarias de secreção e motilidade bacteriana (Tipo II e Tipo IV), potencialmente envolvidas com o fenótipo da resistência. Análises adicionais estão sendo conduzidas para caracterizar em detalhes essa(s) estratégia(s) de defesa. Em conclusão, a descoberta e caracterização de vírus que infectam fitopatógenos no Brasil, além de ampliar as informações sobre essa diversidade, pouco conhecida na América, expõe o potencial biotecnológico desses inimigos naturais e revela o papel relevante desses vírus na modulação e curso evolutivo dos seus hospedeiros.
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Characterization of LTR-Retrotransposons on Hemileia vastatrix genome

Rocha, Rafaela Leite Prado 31 March 2017 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-09-06T11:58:15Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 410924 bytes, checksum: de4370c4260d84bdd59fd21fbdd7f5a6 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-06T11:58:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 410924 bytes, checksum: de4370c4260d84bdd59fd21fbdd7f5a6 (MD5) Previous issue date: 2017-03-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O Brasil é o maior produtor e exportador de café do mundo. O país, como o resto das regiões produtoras de café, sofre com a doença da ferrugem do cafeeiro. A ferrugem é causada pelo fungo biotrófico Hemileia vastatrix. Esta doença pode levar a quedas drásticas na produtividade quando não controlada. Esse patógeno apresenta altos níveis de variabilidade genética, o que resulta em aparecimento de novas raças fisiológicas e, consequentemente, a suplantação da resistência de variedades de café obtidas pelos programas de melhoramento genético. O mecanismo que causa essa variabilidade ainda não é conhecido, uma vez que o fungo tem reprodução assexuada e o estádio sexual não foi observado na natureza. Tem sido relatado que os genomas das ferrugens apresentam alta porcentagem de elementos repetitivos, incluido os elementos transponíveis (ET). Como a atividade de ET tem sido sugerida como uma fonte importante de geração de variabilidade, existe a possibilidade de que os ETs sejam um dos responsáveis pela grande variabilidade genética encontrada em H. vastatrix. Portanto, este estudo teve como objetivo identificar a presença, a frequência e a localização de LTR retrotransposons no genoma de H. vastatrix, bem como verificar a relação entre LTR retrotransposons e a variabilidade encontrada nesse patógeno. Foram identificados no genoma analisado 6.516 genes codificadores de proteínas e 1.109 retrotransposons do tipo LTR completos. Dos genes codificadores de proteínas, 65 estavam próximos de retrotransposons do tipo LTR. Observou-se que os retrotransposons LTR geralmente se inserem a 5.000 pb de um gene codificador de proteínas no genoma desse patógeno. Os resultados encontrados demonstraram que retrotransposons LTR inserem-se em regiões conservadas ricas em AT. Assim, os dados sugerem que a inserção dos retrotransposons LTR em H. vastatrix podem se direcionar com base na composição nucleotídica de uma região. Além disso, foram identificados retrotransposons próximos de regiões codificadoras, o que poderia contribuir para modulação da expressão gênica e, consequentente, afetar a variabilidade do patógeno. / Brazil is the biggest producer and exporter of coffee in the world. The country, as the rest of coffee growing regions, suffers with coffee rust disease. Rust, one of the earliest coffee diseases studied scientifically, is caused by the obligate biotrophic fungus Hemileia vastatrix. This disease is the most harmful that affects coffee trees, which may cause drastic drops in productivity if not controlled. The fungus infects coffee leaves penetrating through stomata and develops powdery orange pustules on the abaxial surface. The pathogen displays high levels of genetic variability leading to appearance of new physiological races and supplanting the resistance of coffee varieties obtained in breeding programs. The mechanism that causes such variability is yet not known, since it is accepted that the fungus relies on asexual reproduction and the sexual stage has not been observed in nature. The genome of H. vastatrix has been reported as one of the largest known rust genome. A very large fraction of the published rust genomes has shown a high percentage of repetitive elements, such as transposable elements (TEs). In this sense, TEs activity is suggested as an important source for generation of variability. Thus, there is a chance that the transposable DNA elements are responsible for increasing genetic variability of H. vastatrix. Therefore, this study aimed to identify presence, frequency and location of transposable elements, as well as verify the relationship between transposable elements and the high variability found on genome of H. vastatrix. We found 6,516 gene- coding proteins and 1,109 complete LTR retrotransposons in the genome. From these gene-coding proteins, 65 were close to LTR retrotransposons. The results suggested that LTR retrotransposon generally insert itself 5,000bp from a gene-coding protein. Also, LTR retrotransposons identified insert itself on AT-rich conserved regions. Thus, the found data suggest that insertion of LTR retrotransposons in H. vastatrix genome could be targeting its integration site based on nucleotide composition. Moreover, we identified LTR retrotransposons located close to coding regions, which could be contributing with gene expression modulation and hence affecting pathogen variability. / O autor não apresentou título em português.
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Caracterização de raças fisiológicas e análise de proteínas candidatas a efetoras em população de Hemileia vastatrix no Brasil / Characterization of physiological races and analysis of effector candidate proteins in the population of Hemileia vastatrix in Brazil

Silva, Rosemeire Alves da 31 July 2017 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-01-24T13:20:44Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1041271 bytes, checksum: e6cb275e1e3701318178f9c961a02320 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-24T13:20:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1041271 bytes, checksum: e6cb275e1e3701318178f9c961a02320 (MD5) Previous issue date: 2017-07-31 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A ferrugem do cafeeiro, causada pelo fungo Hemileia vastatrix Berkeley & Broome, é considerada a principal doença da cultura. O fungo está amplamente distribuído nas regiões produtoras de café, causando severos danos econômicos. Novas raças fisiológicas de H. vastatrix tem surgido, com frequência em todo mundo, infectando algumas cultivares de café lançadas comercialmente como resistentes à ferrugem. Dessa forma, a obtenção de cafeeiros resistentes tem sido um desafio devido ao alto potencial adaptativo do fungo e tem se tornado cada vez mais difícil a caracterização dos patótipos por meio da coleção de cafeeiros diferenciadores de raça. Além disso, as informações acerca da interação de cafeeiros com as raças existentes são escassas, embora o processo infeccioso de H. vastatrix seja bem estudado. Estudos genômicos estão ajudando no entendimento dos mecanismos moleculares envolvidos no processo de interação entre planta e patógeno e no desenvolvimento de técnicas moleculares para a identificação de isolados. Nosso objetivo foi caracterizar as raças de H. vastatrix encontradas nas principais regiões produtoras de café do Brasil, e estudar as proteínas candidatas a efetoras preditas para H. vastatrix que possam contribuir para patogenicidade nas diferentes raças do fungo. Foram utilizados 56 isolados monopustular coletados de diferentes espécies de café, Coffea canephora, C. arabica e Híbrido de Timor (C. canephora x C. arabica) e multiplicados em cafeeiro suscetível C. arabica variedade Caturra. Cada isolado foi inoculado em cafeeiros que compõe a série diferenciadora de raças, com três repetições. O DNA dos 56 isolados monopustulares foram extraídos para os estudos genômico. Foram utilizadas 47 combinações de primer para amplificar genes de candidatos a efetores. Sete genes foram amplificados, sequenciados e tiveram sua expressão validada em cafeeiros resistente e suscetível. As sequências obtidas foram alinhadas para os 46 isolados, usando o programa DNA Baser. Estudo de domínio conservado foram realizados no programa Pfam e a categorização das proteínas no Blast2GO. O alinhamento das sequências de nucleotídeos, proteínas e agrupamento dos isolados foi feito no programa Clustalw e as diferença de nucleotídeo foi analisada no Weblogo. Os dados obtidos foram usados para o estudo de diversidade. Por meio da inoculação na série diferenciada, foram identificadas sete raças, sendo cinco já descritas no Brasil e duas pela primeira vez (raça XXIX e XXX). Não foi possível caracterizar 15 combinações dos genes de virulência, sendo assim consideradas novas raças. A análise da coleção de isolados permitiu inferir a presença de pelo menos seis novos genes na série diferenciadora, o que possibilitou diferenciar dois isolados descritos como raças III. Na análise genômica, os 47 genes candidatos a efetores estudados se mostraram conservados em todos os isolados e estão ligados a 15 processos biológicos do desenvolvimento do fungo. Foram identificados 14 domínios nas proteínas provenientes desses genes. Para os sete genes sequenciados nos diferentes isolados, observou-se diferença na sequência dos nucleotídeos e presença de indivíduos heterozigoto e homozigoto. Com análise de diversidade foi possível discriminar os indivíduos, sendo o isolado Hv-09 o mais divergente. As informações geradas nesta pesquisa poderão ampliar o entendimento da interação entre H. vastatrix e o cafeeiro. O conhecimento dos genes que estão envolvidos no processo infeccioso auxiliará o entendimento dos mecanismos moleculares que levam à suplantação da resistência por novas raças do fungo. / Coffee rust, caused by the fungus Hemileia vastatrix Berkeley & Broome, is considered the main disease of the crop. The fungus is widely distributed in the coffee producing regions, causing severe economic damage. New physiological races of H. vastatrix have arisen, often all over the world, infecting some commercially released coffee cultivars as resistant to rust. Thus, obtaining resistant coffee trees has been a challenge due to the high adaptive potential of the fungus and it has become increasingly difficult to characterize the pathotypes through the collection of coffee races. In addition, information on the interaction of coffee trees with the existing races is scarce, although the infectious process of H. vastatrix is well studied. Genomic studies are helping to understand the molecular mechanisms involved in the process of interaction between plant and pathogen and in the development of molecular techniques for the identification of isolates. Our objective was to characterize the H. vastatrix race found in the main coffee producing regions of Brazil and to study the effector candidate proteins predicted for H. vastatrix that may contribute to pathogenicity in the different fungus races. Fifty six monopustular isolates collected from different coffee species, Coffea canephora, C. arabica and Hybrid of Timor (C. canephora x C. arabica) were used and multiplied in susceptible coffee C. arabica variety Caturra. Each isolate was inoculated in coffee plants that make up the differentiating series of races, with three replicates. The DNA of the 56 monopustular isolates were extracted for genomic studies. We used 47 primer combinations to amplify effector candidate genes. Seven genes were amplified, sequenced and had their validated expression in resistant and susceptible coffee trees. The sequences obtained were aligned for the 46 isolates using the DNA Baser program. A conserved domain study was performed on the Pfam program and the protein categorization in Blast2GO. The alignment of the nucleotide sequences, proteins and clustering of the isolates was done in the Clustalw program and the nucleotide differences were analyzed in Weblogo. The data obtained were used for the study of diversity. Through inoculation in the differentiated series, seven races were identified, five of which were already described in Brazil and two for the first time (races XXIX and XXX). It was not possible to characterize 15 combinations of the virulence genes, thus being considered new races. The analysis of the collection of isolates allowed to infer the presence of at least six new genes in the differentiator series, which made it possible to differentiate two isolates described as breeds III. In genomic analysis, the 47 candidate effector genes studied have been conserved in all isolates and are linked to 15 biological processes of fungus development. 14 domains were identified in proteins from these genes. For the seven genes sequenced in the different isolates, we observed a difference in nucleotide sequence and presence of heterozygous and homozygous individuals. With diversity analysis it was possible to discriminate individuals, being the Hv-09 isolate the most divergent. The information generated in this research may broaden the understanding of the interaction between H. vastatrix and the coffee tree. The knowledge of the genes that are involved in the infectious process will help the understanding of the molecular mechanisms that lead to the supplanting of resistance by new races of the fungus.
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Associação genômica para resistência de soja à pústula-bacteriana / Genome-wide association study of resistance to bacterial-pustule in soybean

Barbosa, Rosângela Maria 29 August 2017 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-04-11T18:56:25Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 956880 bytes, checksum: 9c1c12f9f76e60035b27129c264ec216 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-11T18:56:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 956880 bytes, checksum: 9c1c12f9f76e60035b27129c264ec216 (MD5) Previous issue date: 2017-08-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A pústula-bacteriana em soja é causada pela bactéria Xanthomonas axonopodis pv. glycines. Esta doença teve aumento expressivo em sua agressividade nos cultivares de soja nas últimas safras. O principal método de controle da pústula-bacteriana é o uso de cultivares resistentes. A identificação de fontes de resistência à pústula-bacteriana é um desafio para os melhoristas, uma vez que existem várias estirpes da fitobactéria e interação genótipos x estirpes para a resistência ao patógeno. O que pode ser resolvido com o auxílio de marcadores moleculares SNPs via análise de associação genômica ampla. Diante disso, objetivou-se caracterizar fenotipicamente 118 genótipos de soja quanto à resistência a X. axonopodis pv. glycines; identificar marcadores moleculares do tipo SNPs ligados a genes responsáveis pela resistência à pústula-bacteriana e identificar cultivares de soja portadores de alelos de resistência à pústula bacteriana. Foram inoculados 118 genótipos de soja com os isolados XAG2440 p e XAG2447. O delineamento experimental foi o inteiramente casualizados, com sete repetições. A parcela experimental foi um pote plástico de 200 ml de volume com uma planta. A severidade da doença foi avaliada 15 dias após a inoculação com uma escala de notas de severidade de pústula bacteriana de 1 a 5, em que 1= a ausência de pústulas e 5= maior severidade de pústula bacteriana. O agrupamento das médias de severidade da doença dos genótipos pelo teste de Skott-Knott permitiu a formação de cinco grupos de genótipos quando se usou a estirpe XAG2440 p e três grupos com a estirpe XAG2447.O genótipo CD244RR foi resistente a ambas as estirpes. Já o genótipo TMG 7161RR foi o primeiro a apresentar sintomas de pústula bacteriana, mostrando-se altamente suscetível à ação de ambas as estirpes. Foram identificados onze potenciais marcadores SNPs em cinco cromossomos associados com a resistência à pústula-bacteriana causada pela estirpe XAG2440 p . O marcador Gm03_46214163_C_T é o mais fortemente associado com a resistência à pústula-bacteriana causada pela estirpe XAG2440 p e está localizado no cromossomo 3. Para a estirpe XAG2447 foram identificados cinco potenciais marcadores SNPs em três cromossomos. O marcador Gm17_7280661_C_T localizado no cromossomo 17 é o marcador mais fortemente associado à resistência à pústula- bacteriana causada pela estirpe XAG2447. Com base nos marcadores recomendamos fvcruzamentos envolvendo as cultivares CD244RR, CD243RR, CD5969, FUNDACEP55RR e FUNDACEP58RR para obter genótipos portadores de todos os alelos de resistência à estirpe XAG2440 p . Esses marcadores, depois de validados, poderão ser utilizados para seleção assistida por marcadores, de forma a aumentar a frequência de alelos de resistência à ação das estirpes XAG2440 p e XAG2447. / Bacterial pustule in soybean is caused by the bacterium Xanthomonas axonopodis pv. glycines. This disease had an expressive increase in its aggressiveness in soybean cultivars in the last harvests. The main method control of bacterial pustule is the use of resistant cultivars. The identification of sources of resistance to bacterial pustule is a challenge for breeders as there are several strains of this phytobacteria and interaction genotypes x strains for resistance to the pathogen. What can be solved with the identification of molecular markers SNPs with Genome-wide association studies. On this, the objective of this study was to characterize phenotypically 118 soybean genotypes for resistance to X. axonopodis pv. glycines; to identify molecular markers of the SNPs type linked to genes responsible for resistance to bacterial pustule and to identify soybean cultivars carrying resistance alleles to bacterial pustule. 118 soybean genotypes were inoculated with the isolates XAG2440p and XAG2447. The experimental design was the completely randomized with seven replications. The experimental plot was a plastic pot of 200 ml volume with a plant per pot. After 15 days of inoculation plants were examined for lesions characteristic of bacterial pustule with a scale of bacterial pustule severity scores from 1 to 5, where 1 = absence of pustules and 5 = greater severity of bacterial pustule. The clustering of disease severity averages of the genotypes by the Skott-Knott test allowed the formation of five genotype groups when using the strain XAG2440p and three groups with the strain XAG2447. The genotype CD244RR was resistant to both strains. The genotype TMG 7161RR was the first to present symptoms of bacterial pustule, being highly susceptible to the action of both strains. Eleven potential SNPs markers were identified on five chromosomes associated with resistance to bacterial pustule caused by strain XAG2440p. The marker Gm03_46214163_C_T is most strongly associated with resistance to bacterial pustule caused by strain XAG2440p and is located on chromosome 3. For the strain XAG2447 were identified five potential SNPs markers on three chromosomes. The marker Gm17_7280661_C_T located on chromosome 17 is the marker most strongly associated with resistance to bacterial pustule caused by strain XAG2447. Based on the markers we recommend crosses involving the cultivars CD244RR, CD243RR, CD5969, FUNDACEP55RR and FUNDACEP58RR to obtain genotypes carrying all the strain resistance alleles XAG2440p. These markers, once validated, may be used for marker- assisted selection in order to increase the frequency of resistance alleles to strains XAG2440p and XAG2447.
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Preferência do pulgão-preto por feijão-de-corda coletado em estados do Nordeste brasileiro / Preference of the black aphid for cowpea collected in states of northeastern Brazil

Nere, Daniel Rodrigues January 2016 (has links)
NERE, Daniel Rodrigues. Preferência do pulgão-preto por feijão-de-corda coletado em estados do Nordeste brasileiro. 2016. 51 f. Dissertação (Mestrado em Fitotecnia)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2016. / Submitted by Weslayne Nunes de Sales (weslaynesales@ufc.br) on 2016-08-26T14:40:54Z No. of bitstreams: 1 2016_dis_drnere.pdf: 3432554 bytes, checksum: dedbeba2f45e7c305f52da2eda42b9a5 (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2016-08-26T18:27:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_dis_drnere.pdf: 3432554 bytes, checksum: dedbeba2f45e7c305f52da2eda42b9a5 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-26T18:27:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_dis_drnere.pdf: 3432554 bytes, checksum: dedbeba2f45e7c305f52da2eda42b9a5 (MD5) Previous issue date: 2016 / The black aphid stands out as one of the most important pests of cowpea, as it causes direct and indirect damages to the plant. A measure of efficient control and easy to use by producers is resistant varieties, which have the ability to reduce infestation or damage caused by this insect. In this sense, this work had the purpose of seeking new sources of cowpea genotypes resistant to black aphid, preserved by farmers, in two distinct regions of the State of Ceará (Cariri and Curu Valley) and landraces collected sparsely in some states of the Northeast. The experiment was conducted in a greenhouse in the UFC-Fortaleza and IFCE - Umirim with a randomized complete block design with four replications, testing seventy-one genotypes distributed in three tests according to the collection area. For comparison, in each assay, were used four genotypes with known resistance. To evaluate the resistance of genotypes, we used the following variables: number of live adults, number of live nymphs and the effective resistance. The results indicated 10 highly resistant genotypes: Rabo-de-tatu (CCE-115), Corujinha (CCE-055), Leandro-do-monte (CCE-112), Paulistinha (CCE-068) Branco-do-marinheiro (CCE-078), Costela-de-vaca (CCE-046), Recife-marrom (CCE-094) Rabo-de-peba (CCE-118), Moitinha (CCE-077) and Passo II (SCC-091), which represent a source resistance to black aphid and may be used in genetic improvement of the cowpea around the world, through backcrossing. Finally, it was found that in all regions studied, there was found cowpea genotypes resistant to Aphis craccivora and, independent of the area, where they were collected, it was found genetic diversity. The mechanisms involved in genotypes resistance to adult aphids may possible be antibiosis and / or antixenosis and for nymphs the results indicate antibiosis. / O pulgão-preto destaca-se como uma das mais importantes pragas do feijão-de-corda, por causar danos diretos e indiretos às plantas. Uma medida de controle eficiente e de fácil emprego pelo produtor é a utilização de variedades resistentes, que têm a possibilidade de reduzir a infestação ou os danos causados por este inseto. Nesse sentido, esta pesquisa objetiva-se buscar novas fontes de resistência ao pulgão-preto e inferir que mecanismos de resistência poderiam estar envolvidos, em genótipos de feijão-de-corda preservados por agricultores, de duas regiões distintas do Estado do Ceará (região do Cariri e Vale do Curu) e em materiais coletados, dispersamente, por alguns estados do Nordeste. O experimento foi conduzido em telado na UFC-Fortaleza e no IFCE – Umirim, com delineamento em blocos ao acaso, com quatro repetições e setenta e um tratamentos, distribuídos em três ensaios, conforme a região de coleta. Para efeito de comparação, em cada ensaio, foram testados quatro genótipos padrões, com resistência conhecida. Para avaliar a resistência dos genótipos, as seguintes variáveis foram usadas: número de adultos vivos, número de ninfas vivas e Resistencia efetiva. Os resultados indicaram 10 genótipos altamente resistentes, – Rabo-de-tatu (CCE-115), Corujinha (CCE-055), Leandro-do-monte (CCE-112), Paulistinha (CCE-068), Branco-do-marinheiro (CCE-078), Costela-de-vaca (CCE-046), Recife-marrom (CCE-094), Rabo-de-peba (CCE-118), Moitinha (CCE-077) e Passo II (CCE-091), e que representam fonte de resistência ao pulgão-preto e podem ser utilizados para melhoramento genético do feijão-de-corda, em todo o mundo, através de retrocruzamentos. Ao final, verificou-se que, em todas as regiões estudadas, foram encontrados genótipos de feijão-de-corda resistentes ao Aphis craccivora e que, independentemente das regiões de coleta, existe diversidade genética. Os prováveis mecanismos de resistência envolvidos são antibiose e/ou antixenose para adultos e antibiose para ninfas.
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Physiological and biochemical aspects of the mango-Ceratocystis fimbriata interaction / Aspectos fisiológicos e bioquímicos da interação mangueira-Ceratocystis fimbriata

Bispo, Wilka Messner da Silva 19 February 2014 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-01-21T13:43:56Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 597722 bytes, checksum: 94726dd820a5669d8e6984841531f6bd (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-21T13:43:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 597722 bytes, checksum: 94726dd820a5669d8e6984841531f6bd (MD5) Previous issue date: 2014-02-19 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A seca-da-mangueira, causada por Ceratocystis fimbriata Ellis & Halsted, tem grande impacto econômico, sendo uma das doenças que mais afeta a produção de manga no mundo. Observações empíricas têm mostrado grande variabilidade entre as cultivares em termos de seu nível basal de resistência à seca-da-mangueira, no entanto, poucos esforços tem sido realizados no sentido de elucidar os mecanismos fisiológicos envolvidos na resposta do hospedeiro ao processo de infecção. Considerando a lacuna de informações existente na literatura acerca da fisiologia da doença, este estudo teve como objetivo principal, investigar alterações fisiológicas nas plantas das cultivares de manga Ubá, Tommy Atkins e Palmer, as quais apresentam diferentes níveis de resistência basal à seca-da-mangueira. As relações entre a severidade da doença e as mudanças fisiológicas do hospedeiro foram avaliadas em três experimentos distintos, em que a cv. Ubá, considerada resistente, confrontou as cvs. Tommy Atkins (moderadamente resistente) e Palmer (suscetível). Os dois primeiros experimentos compararam o comportamento das cvs. Ubá e Tommy Atkins em relação às possíveis alterações no status hídrico das plantas e na ativação do sistema antioxidativo em resposta a infecção por C. fimbriata. Em suma, diminuições mais pronunciadas na condutância hidráulica aparente, na assimilação líquida de CO2 e na condutância estomática foram observadas na cv. Tommy Atkins, bem como a diminuição na concentração de clorofila e aumentos na concentração de aminoácidos livres totais, prolina e peroxidação lipídica. Plantas da cv. Tommy Atkins também apresentaram aumentos mais significativos na atividade das enzimas dismutase do superóxido (SOD), peroxidases não-específicas (POX), peroxidase do ascorbato (APX), peroxidase daglutationa (GPX) e redutase da glutationa (GR), e concentrações de metabolitos (peróxido de hidrogênio e compostos fenólicos totais) relacionados às respostas ao estresse oxidativo. Essas modificações foram mínimas na cv. Ubá. Maior severidade da doença foi também encontrada nas plantas da cv. Palmer durante o terceiro experimento, quando comparada com a cv. Ubá. Além de reduzido desempenho fotossintético, a cv. Palmer mostrou a diminuição das concentrações foliares de amido e aumento na concentração de hexoses, em consonância com a reduzida atividade da pirofosforilase da ADP-glucose (AGPase) e um aumento na atividade de ambas as invertases, ácida e alcalina, o que sugere a necessidade osmólitos para a manutenção da turgescência celular e proteção de membranas e proteínas devido aos maiores danos sofridos por esta cultivar. As amostras foliares da cv. Ubá não apresentaram alterações nas concentrações de carboidratos e atividade de enzimas, como as envolvidas na síntese de amido (AGPase) e sacarose (sintase da sacarose fosfato, SPS). No entanto, ao longo do experimento, observou-se redução na concentração de amido nos tecidos caulinares, sugerindo um aumento da remobilização de reservas para a produção de compostos de defesa no local da infecção. Conclui-se, então, que os sintomas da doença desenvolveram-se mais rapidamente nas cvs. Tommy Atkins e Palmer e foram associados às maiores restrições nas relações hídricas e trocas gasosas, além de sintomas de estresse oxidativo, quando em estádios mais avançados da infecção fúngica. Em contraste, a cv. Ubá mostrou-se capaz de atuar diretamente no local da infecção, adiando a colonização do patógeno pelos tecidos e o desenvolvimento dos sintomas de murcha. / The mango (Mangifera indica L.) wilt, caused by Ceratocystis fimbriata Ellis & Halsted, has great economic impact, being one of the most important diseases affecting mango production worldwide. Empirical observations have shown great variability among mango cultivars in terms of their basal level of resistance to the mango wilt; nevertheless, to date, few attempts have been made to elucidate the physiological mechanisms underlying how mango respond to fungal infection. Considering the lack of information about the mango wilt physiology, this study aimed to investigate some physiological alterations in mango plants from cultivars Ubá, Tommy Atkins and Palmer, which present different levels of basal resistance to the mango wilt. The relationships between disease severity and the host physiological changes were assessed in three distinct experiments, in which cv. Ubá, considered resistant, confronted both cvs. Tommy Atkins (moderately resistant) and Palmer (susceptible). The first two experiments confronted cvs. Ubá and Tommy Atkins for the possible changes in plant water relations and the differences in the antioxidative responses upon fungal inoculation. The more pronounced decreases in apparent hydraulic conductance, net CO2 assimilation rate and stomatal conductance were observed in cv. Tommy Atkins relative to cv. Ubá upon fungal inoculation, as well as decreases in total chlorophyll concentration and increases in total free amino acids, proline concentration and lipid peroxidation. Plants from cv. Tommy Atkins also presented more prominent increases in the activity of the superoxide dismutase (SOD), non- specific peroxidases (POX), ascorbate peroxidase (APX), glutathione peroxidase (GPX) and glutathione reductase (GR) enzymes and concentrations of metabolites (hydrogen peroxide and total phenolics) related to the oxidative stress responses. These modifications were minimal in cv. Ubá. Greater disease severity was also found for plants from cv. Palmer in the third experiment when compared to cv. Ubá. In addition to reduced photosynthetic performance, leaves from cv. Palmer showed decreased concentrations of starch and increases in hexoses concentrations as disease progressed, in accordance with the reduced activity of ADP-glucose pyrophosphorylase (AGPase) and increased activity of both acid and alkaline invertases, suggesting the need for osmolytes to maintain cell turgor and the protection of membranes and proteins due to the higher damages. By contrast, leaf samples from cv. Ubá showed no changes in carbohydrates concentration and on the activity of enzymes, such as those involved in the synthesis of starch (AGPase) and sucrose (sucrose phosphate synthase, SPS). Nevertheless, throughout the experiment, reduced starch concentrations were found in the stem tissues of cv. Ubá suggesting an increased remobilization of reserves for the production of defense compounds at the infection sites. It can be concluded that disease symptoms developed faster on plants from cv. Tommy Atkins and Palmer and were associated with a more pronounced impairment of water relations and gas exchange coupled with symptoms of oxidative stress at advanced stages of fungal infection. In sharp contrast, cv. Ubá was better able to act locally at the site of infection, postponing pathogen spread and the development of wilt symptoms.
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Multi-site fungicides associated with DMIs and QoIs: a new strategy to control asian soybean rust / Fungicidas multisítios associados com DMIs e QoIs: uma nova estratégia de controle da ferrugem asiática da soja

Ponce Ortiz, Roberto Baruch 31 July 2015 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-04-19T10:26:46Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 347393 bytes, checksum: fc58ddd1620fea443ab644f380046b6f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-19T10:26:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 347393 bytes, checksum: fc58ddd1620fea443ab644f380046b6f (MD5) Previous issue date: 2015-07-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A ferrugem asiática da soja, causada pelo fungo Phakopsora pachyrhizi, desde que foi relatada pela primeira vez no Brasil, tem sido alvo de estudos quanto ao emprego de fungicidas para seu controle. Entretanto, devido ao uso indiscriminado destes produtos, em especial provenientes do grupo DMI (“Demethylation inhibitor”) e QoI (“Quinone outside inhibitor”), também conhecidos respectivamente como triazóis e estrubirulinas, relatos de resistência estão cada vez mais comuns atualmente. Com intuito de estudar novas estratégias para o controle químico da ferrugem, experimentos foram conduzidos a nível de laboratório, casa-de-vegetação e campo para avaliar o efeito da associação de fungicidas pertencentes ao grupos dos DMIs e QoIs com fungicidas de múlti-sítios. Os experimentos realizados a nível de laboratório e casa-de-vegetação estudaram o efeito sistêmico e translaminar de diferentes fungicidas comerciais à base de triazóis (Epoxiconazol, Ciproconazol, Protioconazol, Flutriafol e Tebuconazol) e estrubirulinas (Piraclostrobina e Trifloxistrobina), sendo que para o experimento em casa-vegetação foi adicionado diferentes fungicidas multi-sítios (Mancozebe e Chlorothalonil), Com base nos resultados obtidos em laboratório e em casa-de-vegetação, foram realizados experimentos a nível de campo para avaliar o efeito de fungicidas à base dos triazóis; Epoxiconazol e Ciproconazol, e das estrubirulinas Piraclostrobina e Azoxistrobina, em associação com Mancozebe, Metiram e Chlorothalonil. A ferrugem asiática foi avaliada por médio da severidade com auxílio de escala diagramática e os dados obtidos foram integrados para calcular a área abaixo da curva de progresso da doença (AACPD). Além da avaliação de doença, foi determinado rendimento de grãos (kg/ha) de cada parcela. O bioensaio realizado no laboratório e estufa mostraram que os tratamentos fungicidas utilizados obtiveram uma eficiência mínima de controle da ferrugem asiática da soja de 92 %, comparado com a testemunha. Ensaios de campo, demonstraram que todas as combinações fungicidas empregadas foram eficazes para controlar a ferrugem asiática e consequentemente favorecer um maior ganho de produtividade em comparação com a testemunha. Ao analisar a eficácia de controle da ferrugem asiática nos terços inferior, médio e superior, mostrou que a aplicação de Expoxiconazole com piraclostrobina e Ciproconazol com azoxistrobina reduz ASR (inferior, médio e superior) a queda de folha (%), e aumento no rendimento (kg/ha). Observou-se que a incidência do ASR diferiu entre as partes de dossel. A gravidade aumentou de inferior para a parte superior Ficou evidenciado nesse trabalho, que a aplicação das misturas entre DMI, QoI e multi- sítios promoveu de forma eficaz a redução da doença, propiciou ganho de produtividade e evitou a desfolha das plantas. O emprego de misturas que combinam fungicidas com alto risco de resistência (DMI e QoI) com fungicidas de baixo risco (multi-sítios) podem ser uma nova estratégia para o manejo da ferrugem a curto e a longo prazo. Além disso, em função do efeito residual e protetor de fungicidas multi-sítios promover maior longevidade de moléculas e redução do número de aplicação de fungicidas sistêmicos do grupo dos DMI e QoI. / Asian soybean rust (ASR), caused by the fungus Phakopsora pachyrhizi, since it was first reported in Brazil, has been the subject of studies regarding the use of fungicides to its control. However, due to the indiscriminate use of this products, especially from the DMIs ("demethylation inhibitors") and QoIs ("Quinone outside inhibitor") groups, also known respectively as triazoles and strobilurins, resistance reports are increasingly common nowadays. In order to study new strategies for chemical control of ASR, experiments were conducted in laboratory, greenhouse and field to evaluate the effect of fungicides belonging to the DMIs and QoIs groups associated with multi-site fungicides. Experiments were carried out at laboratory and greenhouse in order to study the systemic and translaminar effect of triazoles (Epoxiconazole, Cyproconazole, Prothioconazole, Flutriafol and Tebuconazole) and Strobilurins (Pyraclostrobin and Trifloxystrobin), and for the experiment in greenhouse were mixed these lasts with multi-site fungicides like (Mancozeb and Chlorothalonil). Based on the results obtained in the laboratory and greenhouse, field trial experiments were conducted to evaluate the effect of fungicides compounded with triazole like Epoxiconazole and Cyproconazole, and strobilurins like Pyraclostrobin and Azoxystrobin with Mancozeb, Metiram and Chlorothalonil. ASR was assessed by the severity using a diagrammatic scale and the data were integrated to calculate the area under the disease progress curve (AUDPC). Besides the evaluation of disease, it was determined grain yield (kg/ha) for each plot. The bioassay conducted in the laboratory and greenhouse showed that the fungicide treatments obtained a minimum efficacy of 92 % against ASR, compared to the control. The field trials showed that all combinations of fungicides used were effective to control ASR and promoted greater yield gain compared to the control. Analyzing the effectiveness to control ASR in the lower, medium and upper part of the canopy, showed that application of Expoxiconazole with Pyraclostrobin, and Cyproconazole with Azoxystrobin reduced ASR (lower, medium and upper) and leaf fall (%), and increased yield gain (kg/ha). It was observed that the incidence of the ASR differed between the canopy parts. The severity increased from lower to the upper part. It was evidenced in this work, that the application of DMI, QoI and multi-site fungicides in association promoted effectively the disease reduction, increased yield and avoided the leaf fall. The use of commercial formulation fungicides with high risk of resistance (DMI and QoI) combined to low risk ones (multi-site) could be a new strategy for the management of the ASR at short and long term. Furthermore, due to the residual effect and protective of multi-site fungicides like Mancozeb, Chlorothalonil and Metiram, can promote higher longevity of DMI and QoI molecules and reduce the number of application of systemic fungicides. / Sem lattes

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